--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/fastqc_data_hisat.txt	Fri Nov 24 08:18:41 2017 -0500
@@ -0,0 +1,448 @@
+##FastQC	0.11.5
+>>Basic Statistics	pass
+#Measure	Value
+Filename	hisat_output_1_bam
+File type	Conventional base calls
+Encoding	Sanger / Illumina 1.9
+Total Sequences	20
+Sequences flagged as poor quality	0
+Sequence length	70
+%GC	43
+>>END_MODULE
+>>Per base sequence quality	pass
+#Base	Mean	Median	Lower Quartile	Upper Quartile	10th Percentile	90th Percentile
+1	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+2	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+3	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+4	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+5	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+6	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+7	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+8	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+9	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+10	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+11	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+12	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+13	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+14	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+15	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+16	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+17	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+18	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+19	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+20	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+21	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+22	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+23	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+24	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+25	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+26	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+27	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+28	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+29	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+30	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+31	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+32	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+33	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+34	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+35	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+36	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+37	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+38	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+39	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+40	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+41	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+42	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+43	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+44	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+45	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+46	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+47	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+48	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+49	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+50	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+51	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+52	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+53	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+54	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+55	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+56	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+57	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+58	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+59	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+60	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+61	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+62	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+63	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+64	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+65	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+66	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+67	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+68	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+69	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+70	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
+>>END_MODULE
+>>Per sequence quality scores	fail
+#Quality	Count
+17	20.0
+>>END_MODULE
+>>Per base sequence content	fail
+#Base	G	A	T	C
+1	20.0	5.0	35.0	40.0
+2	10.0	10.0	45.0	35.0
+3	35.0	20.0	20.0	25.0
+4	35.0	30.0	25.0	10.0
+5	20.0	20.0	30.0	30.0
+6	20.0	35.0	20.0	25.0
+7	15.0	40.0	35.0	10.0
+8	20.0	15.0	45.0	20.0
+9	20.0	25.0	35.0	20.0
+10	20.0	20.0	30.0	30.0
+11	15.0	20.0	45.0	20.0
+12	10.0	40.0	35.0	15.0
+13	25.0	35.0	20.0	20.0
+14	35.0	20.0	20.0	25.0
+15	30.0	35.0	15.0	20.0
+16	10.0	45.0	25.0	20.0
+17	25.0	25.0	40.0	10.0
+18	25.0	35.0	10.0	30.0
+19	5.0	30.0	25.0	40.0
+20	20.0	15.0	40.0	25.0
+21	25.0	25.0	25.0	25.0
+22	15.0	30.0	20.0	35.0
+23	20.0	5.0	45.0	30.0
+24	10.0	30.0	35.0	25.0
+25	30.0	40.0	15.0	15.0
+26	15.0	35.0	20.0	30.0
+27	15.0	35.0	30.0	20.0
+28	25.0	25.0	30.0	20.0
+29	15.0	30.0	20.0	35.0
+30	20.0	35.0	30.0	15.0
+31	20.0	35.0	25.0	20.0
+32	35.0	15.0	35.0	15.0
+33	30.0	35.0	15.0	20.0
+34	25.0	25.0	25.0	25.0
+35	25.0	20.0	35.0	20.0
+36	30.0	25.0	20.0	25.0
+37	15.0	45.0	25.0	15.0
+38	30.0	25.0	35.0	10.0
+39	20.0	45.0	15.0	20.0
+40	15.0	35.0	20.0	30.0
+41	35.0	25.0	20.0	20.0
+42	30.0	30.0	35.0	5.0
+43	25.0	15.0	40.0	20.0
+44	40.0	20.0	30.0	10.0
+45	15.0	35.0	25.0	25.0
+46	15.0	30.0	40.0	15.0
+47	35.0	15.0	30.0	20.0
+48	30.0	35.0	20.0	15.0
+49	10.0	55.00000000000001	30.0	5.0
+50	40.0	25.0	20.0	15.0
+51	25.0	35.0	10.0	30.0
+52	30.0	25.0	20.0	25.0
+53	30.0	10.0	30.0	30.0
+54	20.0	40.0	20.0	20.0
+55	10.0	35.0	10.0	45.0
+56	50.0	10.0	30.0	10.0
+57	15.0	45.0	30.0	10.0
+58	20.0	35.0	20.0	25.0
+59	30.0	35.0	30.0	5.0
+60	20.0	35.0	25.0	20.0
+61	25.0	15.0	35.0	25.0
+62	10.0	20.0	55.00000000000001	15.0
+63	25.0	20.0	35.0	20.0
+64	20.0	35.0	25.0	20.0
+65	30.0	35.0	25.0	10.0
+66	15.0	40.0	35.0	10.0
+67	20.0	35.0	20.0	25.0
+68	20.0	25.0	30.0	25.0
+69	15.0	35.0	25.0	25.0
+70	5.0	40.0	40.0	15.0
+>>END_MODULE
+>>Per sequence GC content	fail
+#GC Content	Count
+0	0.0
+1	0.0
+2	0.0
+3	0.0
+4	0.0
+5	0.0
+6	0.0
+7	0.0
+8	0.0
+9	0.0
+10	0.0
+11	0.0
+12	0.0
+13	0.0
+14	0.0
+15	0.0
+16	0.0
+17	0.0
+18	0.0
+19	0.0
+20	0.0
+21	0.0
+22	0.0
+23	0.0
+24	0.0
+25	0.0
+26	0.0
+27	0.0
+28	0.0
+29	0.5
+30	1.0
+31	0.5
+32	0.5
+33	1.0
+34	0.5
+35	0.0
+36	0.0
+37	0.0
+38	1.0
+39	2.5
+40	3.0
+41	2.0
+42	1.5
+43	2.0
+44	2.5
+45	2.5
+46	1.0
+47	0.0
+48	0.5
+49	0.5
+50	0.0
+51	1.5
+52	1.5
+53	0.0
+54	0.5
+55	0.5
+56	0.0
+57	0.0
+58	0.0
+59	0.0
+60	0.0
+61	0.0
+62	0.0
+63	0.0
+64	0.0
+65	0.0
+66	0.0
+67	0.0
+68	0.0
+69	0.0
+70	0.0
+71	0.0
+72	0.0
+73	0.0
+74	0.0
+75	0.0
+76	0.0
+77	0.0
+78	0.0
+79	0.0
+80	0.0
+81	0.0
+82	0.0
+83	0.0
+84	0.0
+85	0.0
+86	0.0
+87	0.0
+88	0.0
+89	0.0
+90	0.0
+91	0.0
+92	0.0
+93	0.0
+94	0.0
+95	0.0
+96	0.0
+97	0.0
+98	0.0
+99	0.0
+100	0.0
+>>END_MODULE
+>>Per base N content	pass
+#Base	N-Count
+1	0.0
+2	0.0
+3	0.0
+4	0.0
+5	0.0
+6	0.0
+7	0.0
+8	0.0
+9	0.0
+10	0.0
+11	0.0
+12	0.0
+13	0.0
+14	0.0
+15	0.0
+16	0.0
+17	0.0
+18	0.0
+19	0.0
+20	0.0
+21	0.0
+22	0.0
+23	0.0
+24	0.0
+25	0.0
+26	0.0
+27	0.0
+28	0.0
+29	0.0
+30	0.0
+31	0.0
+32	0.0
+33	0.0
+34	0.0
+35	0.0
+36	0.0
+37	0.0
+38	0.0
+39	0.0
+40	0.0
+41	0.0
+42	0.0
+43	0.0
+44	0.0
+45	0.0
+46	0.0
+47	0.0
+48	0.0
+49	0.0
+50	0.0
+51	0.0
+52	0.0
+53	0.0
+54	0.0
+55	0.0
+56	0.0
+57	0.0
+58	0.0
+59	0.0
+60	0.0
+61	0.0
+62	0.0
+63	0.0
+64	0.0
+65	0.0
+66	0.0
+67	0.0
+68	0.0
+69	0.0
+70	0.0
+>>END_MODULE
+>>Sequence Length Distribution	pass
+#Length	Count
+70	20.0
+>>END_MODULE
+>>Sequence Duplication Levels	pass
+#Total Deduplicated Percentage	100.0
+#Duplication Level	Percentage of deduplicated	Percentage of total
+1	100.0	100.0
+2	0.0	0.0
+3	0.0	0.0
+4	0.0	0.0
+5	0.0	0.0
+6	0.0	0.0
+7	0.0	0.0
+8	0.0	0.0
+9	0.0	0.0
+>10	0.0	0.0
+>50	0.0	0.0
+>100	0.0	0.0
+>500	0.0	0.0
+>1k	0.0	0.0
+>5k	0.0	0.0
+>10k+	0.0	0.0
+>>END_MODULE
+>>Overrepresented sequences	fail
+#Sequence	Count	Percentage	Possible Source
+GCGGTATTGCTTCTGCTCTTGCTGGTGGCGCCATGTCTAAATTGTTTGGAGGCGGTCAAAAAGCCGCCTC	1	5.0	No Hit
+CCATACAAAACAGGGTCGCCAGCAATATCGGTATAAGTCAAAGCACCTTTAGCGTTAAGGTACTGAATCT	1	5.0	No Hit
+TAAGCATTTGTTTCAGGGTTATTTGAATATCTATAACAACTATTTTCAAGCGCCGAGGATGCGTGACCGT	1	5.0	No Hit
+CTCGCCAAATGACGACTTCTACCACATCTATTGACATTATGGGTCTGCAAGCTGCTTATGCTAATTTGCA	1	5.0	No Hit
+CTGGCACTTCTGCCGTTTCTGATAAGTTGCTTGATTTGGTTGGACTTGGTGGCAAGTCTGCCGCTGATAA	1	5.0	No Hit
+TCTGCGTTTGCTGATGAACTAAGTCAACCTCAGCACTAACCTTGCGAGTCATTTCATTGATTTGGTCATT	1	5.0	No Hit
+GCGTTAAGGTACTGAATCTCTTTAGTCGCAGTAGGCGGAAAACGAACAAGCGCAAGAGTAAACATAGTGC	1	5.0	No Hit
+CTGAATGGAATTAAGAAAACCACCAATACCAGCATTAACCTTCAAACTATCAAAATATAACGTTGACGAT	1	5.0	No Hit
+CTCAAATCCGGCGTCAACCATACCAGCATAGGAAGCATCAGCACCAGCACGCTCCCAAGCATTAATCTCA	1	5.0	No Hit
+CAAATTAGCATAAGCAGCTTGCAGACCCATAATGTCAATAGATGTGGTAGAAGTCGTCATTTGGCTAGAA	1	5.0	No Hit
+GTGAAATTTCTAGGAAGGATGTTTTCCGTTCTGGTGATTCGTCTAAGAAGTTTAAGATTGCTGAGGGTCA	1	5.0	No Hit
+TGTTTTCCGTAAATTCAGCGCCTTCCATGATGCGACAGGCCGTTTGAATGTTGACGGGATGAACATAATA	1	5.0	No Hit
+CCTTTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAAAACTGACGCGTTGGATGAGGAGAAGTGGCTTAATATGCT	1	5.0	No Hit
+TGGCGCTCTCCGTCTTTCTCCATTTCGTCGTGGCCTTGCTATTGACTCTACTGTAGACATTTTTACTTTT	1	5.0	No Hit
+GCGACCATTCAAAGGATAAACATCATAGGCAGTCGGGAGGGTAGTCGGAACCGACGAAGACTCAAAGCGA	1	5.0	No Hit
+TTTCGGATATTTCTGATGAGTCGAAAAATTATCTTGATAAAGCAGTAATTACTACTGCTTGTTTACGAAT	1	5.0	No Hit
+TTCTGGTGATTTGCAAGAACGCGTACTTATTCGCCACCATGATTATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAG	1	5.0	No Hit
+CTCGCGATTCAATCATGACTTCGTGATAAAAGATTGAGTGTGAGGTTATAACGCCGAAGCGGTAAAAAAT	1	5.0	No Hit
+ACCATAAACGCAAGCCTCAACGCAGCGACGAGCACGAGAGCGGTCAGTAGCAATCCAAACTTTGTTACTC	1	5.0	No Hit
+TTAGGTGTGTGTAAAACAGGTGCCGAAGAAGCTGGATTAACAGAATTGAGAACCAGCTTATCAGAAAAAA	1	5.0	No Hit
+>>END_MODULE
+>>Adapter Content	pass
+#Position	Illumina Universal Adapter	Illumina Small RNA 3' Adapter	Illumina Small RNA 5' Adapter	Nextera Transposase Sequence	SOLID Small RNA Adapter
+1	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+2	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+3	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+4	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+5	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+6	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+7	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+8	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+9	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+10	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+11	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+12	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+13	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+14	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+15	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+16	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+17	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+18	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+19	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+20	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+21	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+22	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+23	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+24	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+25	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+26	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+27	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+28	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+29	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+30	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+31	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+32	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+33	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+34	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+35	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+36	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+37	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+38	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+39	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+40	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+41	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+42	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+43	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+44	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+45	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+46	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+47	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+48	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+49	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+50	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+51	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+52	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+53	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+54	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+55	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+56	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+57	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+58	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
+>>END_MODULE
+>>Kmer Content	pass
+>>END_MODULE