diff test-data/freebayes-phix174-test1.vcf @ 30:ef2c525bd8cd draft

"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/freebayes commit 24f33bda62a7b6771ad42a39fe8c683e09f6d8b8"
author iuc
date Wed, 06 Nov 2019 17:02:57 -0500
parents 156b60c1530f
children 8a7a42541080
line wrap: on
line diff
--- a/test-data/freebayes-phix174-test1.vcf	Wed Oct 25 08:29:45 2017 -0400
+++ b/test-data/freebayes-phix174-test1.vcf	Wed Nov 06 17:02:57 2019 -0500
@@ -1,4 +1,6 @@
 ##fileformat=VCFv4.2
+##fileDate=20191030
+##source=freeBayes v1.3.1-dirty
 ##reference=localref.fa
 ##contig=<ID=phiX174,length=5386>
 ##phasing=none
@@ -66,7 +68,9 @@
 phiX174	1445	.	C	A	0.147157	.	AB=0.285714;ABP=5.80219;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=6.91895;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.36782;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=76;QR=273;RO=5;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=6.91895;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:7:5,2:5:273:2:76:-2.52649,0,-12.4911
 phiX174	1577	.	A	C	0.0123232	.	AB=0.222222;ABP=9.04217;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.8634;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60;QR=460;RO=7;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=10.7656;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=4;SRP=3.32051;SRR=3;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:9:7,2:7:460:2:60:-1.81064,0,-19.8257
 phiX174	1631	.	T	G	0.00100612	.	AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=28;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.3701;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=500;RO=8;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.0103;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=3;SRP=4.09604;SRR=5;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:10:8,2:8:500:2:68:-1.52818,0,-17.3788
+phiX174	1665	.	C	A	0.0164128	.	AB=0.166667;ABP=14.5915;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=37;MQMR=30.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.57635;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=65;QR=587;RO=9;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=4;SRP=3.25157;SRR=5;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:12:9,2:9:587:2:65:-2.35331,0,-21.269
 phiX174	1772	.	T	G	0.0180574	.	AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=31;MQMR=31.8571;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.48067;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=425;RO=7;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=1;SRP=10.7656;SRR=6;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:10:7,2:7:425:2:59:-1.97686,0,-17.3816
+phiX174	1786	.	T	G	7.94817e-05	.	AB=0.166667;ABP=14.5915;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.87889;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.4;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.9085;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=537;RO=10;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=6.48466;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=1;SRP=16.9077;SRR=9;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:12:10,2:10:537:2:59:-0.861483,0,-25.1364
 phiX174	1945	.	T	G	1.01422	.	AB=0.333333;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1.3354;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=263;RO=4;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:6:4,2:4:263:2:59:-3.25425,0,-11.8637
 phiX174	2230	.	T	G	0.00580188	.	AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.61746;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=80;QR=491;RO=8;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=4.09604;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=3;SRP=4.09604;SRR=5;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:10:8,2:8:491:2:80:-2.28934,0,-22.3591
 phiX174	2699	.	C	A	2.04855	.	AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.517362;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=76;QR=109;RO=2;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:4:2,2:2:109:2:76:-3.4054,0,-5.58455
@@ -76,10 +80,14 @@
 phiX174	2983	.	T	G	1.55467	.	AB=0.4;ABP=3.44459;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.843116;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=57;QR=150;RO=3;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:5:3,2:3:150:2:57:-3.34311,0,-7.61298
 phiX174	3110	.	T	C	1.16857	.	AB=0.333333;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1.17522;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=94;QR=361;RO=6;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=3.0103;RPR=3;RUN=1;SAF=1;SAP=3.73412;SAR=2;SRF=1;SRP=8.80089;SRR=5;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:9:6,3:6:361:3:94:-4.02963,0,-16.4039
 phiX174	3155	.	T	G	5.42491	.	AB=0.285714;ABP=5.80219;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=29.8;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.911202;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=299;RO=5;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.44459;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=4;SRP=6.91895;SRR=1;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:7:5,2:5:299:2:75:-4.38484,0,-11.5688
+phiX174	3184	.	A	C	0.000128182	.	AB=0.153846;ABP=16.5402;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.20771;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.7273;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.4306;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=738;RO=11;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=4.78696;RPR=1;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=8;SRP=7.94546;SRR=3;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:13:11,2:11:738:2:75:-0.695464,0,-29.8019
 phiX174	3325	.	A	C	0.0705175	.	AB=0.333333;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.11232;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=58;QR=284;RO=4;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:6:4,2:4:284:2:58:-2.65031,0,-9.66348
+phiX174	3413	.	T	G	0.00284067	.	AB=0.181818;ABP=12.6832;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=31.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.33194;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=57;QR=537;RO=9;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.25157;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=8;SRP=14.8328;SRR=1;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:11:9,2:9:537:2:57:-1.59087,0,-22.4183
 phiX174	3418	.	A	C	0.000937887	.	AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.44033;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60;QR=526;RO=8;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=4.09604;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=5;SRP=4.09604;SRR=3;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:10:8,2:8:526:2:60:-1.49768,0,-21.0207
+phiX174	3490	.	A	C	0.00226584	.	AB=0.181818;ABP=12.6832;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=9.04217;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=34.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.5581;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66;QR=543;RO=9;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=9.04217;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=9;SRP=22.5536;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:11:9,2:9:543:2:66:-2.09471,0,-24.3433
 phiX174	3729	.	C	T	0.295112	.	AB=0.333333;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.65478;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=63;QR=232;RO=4;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=11.6962;SRR=4;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:6:4,2:4:232:2:63:-3.28331,0,-11.7007
 phiX174	4031	.	T	G	0.0784807	.	AB=0.25;ABP=7.35324;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=27;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.00441;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=85;QR=322;RO=6;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=8.80089;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:8:6,2:6:322:2:85:-3.02817,0,-11.6802
 phiX174	4502	.	A	C	0.232919	.	AB=0.333333;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.89868;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=55;QR=284;RO=4;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=11.6962;RPR=1;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:6:4,2:4:284:2:55:-2.57533,0,-11.8832
 phiX174	4558	.	C	G	0.076247	.	AB=0.333333;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=28;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.03372;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=204;RO=4;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=11.6962;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:6:4,2:4:204:2:59:-2.68445,0,-8.4362
 phiX174	4655	.	T	G	0.399408	.	AB=0.333333;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.33999;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=193;RO=4;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=11.6962;SRR=4;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:6:4,2:4:193:2:70:-2.81796,0,-11.1489
+phiX174	4704	.	T	C	0.000171782	.	AB=0.166667;ABP=14.5915;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=10.8276;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=33.4;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.1378;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=58;QR=621;RO=10;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.87889;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=4;SRP=3.87889;SRR=6;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:12:10,2:10:621:2:58:-1.1962,0,-26.2058