Mercurial > repos > devteam > indels_3way
diff test-data/3way.maf @ 0:5ad24b81dd10 draft default tip
Uploaded tool tarball.
author | devteam |
---|---|
date | Wed, 25 Sep 2013 11:24:53 -0400 |
parents | |
children |
line wrap: on
line diff
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/3way.maf Wed Sep 25 11:24:53 2013 -0400 @@ -0,0 +1,76 @@ +##maf version=1 +a score=56674.0 +s hg18.chr1 46772 143 + 247249719 TTACAGAAACTCAGAATGATTCTAT----TTTTTCTTTTATATTTGTATATGTTTTTCCAATACCTCTGAAAAAACTGATCCAAAAAAAA--TACAAATTTTAATTGTAGCCAGTCAATTCAGGAAGGATAAAGGTCAAAAACTTTCAA +s panTro2.chrUn 9712379 145 + 58616431 TTACAGAAACTCAGAATGATTCTAT----TTTTTCTTTTATATTTGTATATGTTTTTCCAATACCTCTGAAAAAACTGATCCAAAAAAAAAATACAAATTTTAATTGTAGCCAGTCAATTCAGGAAGGATAAAGGTCAAAAACTTTCAA +s canFam2.chr30 39837824 145 - 43206070 TTACAAACACTCAAAATAACTCCCTATATTTTTCCTCTTTTGTGTTTGTATGTTTTCCACTGATCTCTTAAGAAATTGATCCAATAATG---TACAAATTTTACTTTTAGTCAGTTAACTCAGAAAAAATAAAG-TTAAAAGCACTCAA + +a score=597116.0 +s hg18.chr1 46915 1380 + 247249719 AGAAACCTTCAGCCCCAACACACTAAACTTTGGGAGCACAGGTTGGCATCCAGAGGTAAACATTTGCTATAACTGATAACAGGAGAAGGATCCATTTATTCACCTGTTATCAATTACAGGCATTGTATTTAAAGATCAGATGTTTTATATTTATTTCTTCAAATTTCATTCATGGTGCCATAAGTGAAGGTATCTCTGTCCACCCTGAATATATTTTCACTCCC--------TCATCTCAGTCATTCCGAACAATTCACACACTAAGATTACCCATGCTAAATGGGGATTCTTTTTTACTAGCCAATGTAGTACCTCAAATCCTTCCTTCCCTCCCCCTATTTCATCAGCAGGCAAT---TCTTTTGATACTTTTGTCAAGGGGAAATTG-TGTGACTCAGAGATCTAGT-CCCCAAGAGAAACTAATAATGGGCTGGGTATTGTCTGTCTCAGCAGCATCAGTGGGTCCCTCTCCTGTGCAGCTAATTAGCTTCCTTTCCAATATGAAGAATCTTATATATAGCTTTGTCTTTGGGGT-------ATTACATAAATGAAGATTAAGCTATCTGAATTTCTCCTTCTCCTAAAAATGCACATCCTATGACTGAAAAGACAGGTAAAAGAGATGC-TTTTAATTACAAAACTTT----------CCCTGTCGTGGTTGCT----TCTCTCTATCCTTCTAAACTCCCTTTCAATTTCTTCTCTTCTGTAACATATTTGTGCCCAAAATCTTCTGCTTTCTGAAATATTTT-ATCTTTTTCTTCCACACTATCTCT---TATTTTCCAATTTTAATCATTAAATTATATTATGTCTTATAAAACTAATCCCACATATAAAC-----CCCTATGATAATTTCAGTTTGTCCC--TAGTATGAAGTTCTTTAAAGATGTGTAGTTTTCTAACTTTCATGCTCTCCAATTAATTATAAACTTCATTTTCCAC--TCTGAAAAGGAGATGTCTGATCTCAGCTATTTCCATCCTATTTGAAAACCAGATTTAGTTTTAAACCAGAGGAAGGGAATCTCAAGTCTTTACCTCCCACAGTCTGGTGTGATTCTCTCTCTTTTGGTATTACCTTCCTCCACATTGGAACACTCCAGCCAATGCATAGGCTGAGAGGCTAT-CTCAGATTCAGAAAGATT-TGGCCTCATCCCAGGGGAGGGTACAGAGGAGCTGATGACTATGAATTCTGAAATGG----AACTGTTCCAGG--------------TTGAAGAAATAAGAAAGGGAATTGGGAAGAGCAATGCCCAGTGAAAAAGAAGAAATAATATTTTAGGAAGTGAATGCTAATTTTATTTTAAACAAAATAAGAACTCAAGGAATAAGAGGGTTCTTCCAA-TAGGTTAGAGTGATCCTGTCAAACATATATGCTTCTAGATTTTTTTAAAGACTGTTTCTACT +s panTro2.chrUn 9712524 1384 + 58616431 AGAAACCTTCAGCCCCAACACGCTAAACTTTGGGAGCACAGGTTGGCATCCAGAGGTAAACATTTGCTATAACTGATAACAGGAGAAGGATCCATTTATTCACCTGTTATCAATTACAGGCATTGTATTTAAAGATCAGATGTTTTATATTTATTTCTTCAAATTTCATTCATGGTGCCATAAGTGAAGGTATGTCTGTCCACCCTGAATATATTTTCACTCCC--------TCATCTCGGTCATTCCGAACAATTCACACACTAAGATTACCCATGCTAAATGGGGATTCTTTTTTACTAGCCAATGTAGTACCTCACATCCTTCCTTCCTTCCCCCTATTTCATCAGCAGGCAAT---TCTTTCGATACTTTTGTCAAGGGGAAATTG-TGTGACTCAGAGATTTAGT-CCCCAAGAGAAACTAATAATGGGCTGGGTATTGTCTGTCTCAGCAGCATCAGTGGGTCCCTCTCCTGTGCAGCTAATTAGCTTCCTTTCCAATATGAAGAATCTTATATATAGCTTTGTCTTTGGGGT-------ATTACATAAATGAAGATTAAGCTATCTGAATTTCTCCTTCTCCTAAAAATGCACATCCTATGACTGAAAAGACAGGTAAAAGAGATGC-TTTTAATTACAAAACTTT----------CCCTGTCGTGGTTGCT----TCTCTCTATCCTTCTAAACTCCCTTTCAATTTCTTCTCTTCTGTAACATATTTGTGCCCAAAATCTTCTGCTTTCTGAAATATTTT-ATCTTTTTCTTCCACACTATCTCT---TATTTTCAAATTTTAATCATTAAATTATATTATGTCTTATAAAACTAATCCCACATATAAAC-----CCCTATGATAATTTCAGTTTGTCCC--TAGTATGAAGTTCTTTAAAGATGTGTAGTTTTCTAACTTTCATGCTCTCCAATTCATTATAAACTTCATTTTCCAC--TCTGAAAAGGAGATGTCTGATCTCAGCTATTTCCATCCTATTTGAAAACCGGATTTAGTTTTAAACCAGAGGAAGGGAATCTCAAGTCTTTACCTCCCACAGTCTGGTGTGATTCTCTCTCTTTTGGTATTACCTTCCTCCACATTGGAACACTCCAGCCAATGCATAGGCTGAGAGGCTAT-CTCAGATTCAGAAAGATT-TGGCCTCATCCCAGGGGAGGGTACAGAGGAGCTGATGGCTATGAATTCTGAAATGG----AACTGTTCCAGG----------TTGTTTGAAGAAATACGAAAGGGAATTGGGAAGAGCAATGCCCAGTGAAAAAGAAGAAATAATATTTTAGGAAGTGAATGCTAATTTTATTTTAAACAAAATAAGAACTCAAGGAAAAAGAGGGTTCTTCCCA-TAGGTTAGAGTGATCCTGTCAAACATATATGCTTCTAGATTTTTTTAAAGACTGTTTCTACT +s canFam2.chr30 39838143 1415 - 43206070 AGAAGACTTTATCTTCAACACTCCAAAGTTTGGGACTGCAGGTAAATCTACAAAGGTAAACACTGGCTATAATTGATAACAGAAAAGTGATCTATTTATTCCCCTACTGTCAGTTGTAAGAATTATCTTTACATATCAGAGCTTTTATATCTATCTCTTCAAGTT-------TGGTACTACAAGTGAAGATATATCTGTCCATTTAGGTTATGTTTTCACACCCTCATCCCATCATCTCAGTACTTTCAAACAATTCATGC-CAAATATCATGTAACCTATACAGGGATATTTTTACACAAACCAATATATTGCCTCAAAATCTTCCCTCTTCCTCTTGGTTTCATAACCAGGCAATTTCTCTTTCACTATTTCTCTCATGGGAAAACCAATGTGATTCAAGGATTTAGTCCCCCAAGAGGAACAAATAATGGGCTCAGTATTGGCCTTCTCTGAGACAACAGTAGGTCACTCTCCTGTGTGCCTAATTAACTTATTTTCCATTTAGAAGAATATTATATATAGCTTTGTCTTTGAAGGAAGATTATATACAGATATTAAGACTAAGCTCTCTGAACTACTATTTTT-CCAAAAATGTAAATCCTGTGGCTGAACAGGCAGGTAGGAAAACTGCTTTTTAATTATAAAACTACAAGGGATGCAACCGGTCATGGTTGCATCCCTTGCTCTATCCCCCTTAACACTGCTTCAGTGTTTGCTCTTCTGTAAAATATCTGCATCAGAAATTTTCTCCTTTTGAAAATAGTTTCATCCTTTTATTCTACACCATCACTCTCTATTCTCAAATTGCAATCACTGAATTGCAT--TGTCTTATCAAATCGATTCCACACACACACACACATCTTTTGATATGTTTAATTTATCTCCTTGATGTGAAAATTTTTCAAGATTCATGTGCTTCTGATTTTTGTGCTCTCCAACTCATTTTAAAATTTTCCCCCCGCTGTATAAAAAAGAGACATTTGGCCTTAATTATTTCTACCTTATTTGAGAACCAAATTTTGTTTTAAACCAGAGGGAGGAAATCTCAATCCTCAACTTCCAGGATTCTGGTGTGATTCCCTCCCCTTCAGTATTAATTTCCTCTGCATTGGAAGGAACCAGCCAATGCCTAGTCTGAGAGGCTGTGCTCAGAGTCAAAGAGCTTCTGGTCCTGTGCCAGGGGATGGTAGAGGGGAACTGGTGGTTATAAATTCTGAGATGGAAGTAAGTGTTCAAGGACTGACTAGTTTGTGTGAAGAAACAGGAAAGCGGGTTAGGAAGAGCAAG---------------ATAAAT-GTCTTTCAGGAAG-GAAGGCCAATTTTATTTTAAAT-GAATAAAAACTCATGGTTGAATAGGATACTTTCAGTTAGGTTAGAGTGATCCTTTGAAATATAAATAATTCTAGCTTTTTTCA-----TGACTCTATT + +a score=213480.0 +s hg18.chr1 48332 455 + 247249719 CTGGAATTTAGGAGGTCTGCCTTCTGATTCTGACTTCTTGAATGTATT---------------GTTAGCCATTTAACCACACTGTGTTGTTTCTCATTCTACCTGTAGAA---------------------TCTCAAAGTTCTTTCCCACTTCTATACAAAACTATAATTCTGAACATCCTTTTTGTTTAATATAAGTCTGCATTTCCTGTTTGAAGATATGTGTCCC-AGACCCTAAATGACTGACAAATTTTAAATCTCCAATAGGAAAGATGACAAACTCTATGGAAACTTGGCTTCTGAAGAACTCCTAGAAGCTTTCCAAAGTCATCAGTGTTTCCTAAGAAGGCAGAGAAATCAAACACATGGTCTTTTCCTCCAGACAAGCTCCTTTGGGTCATCAGGATTTCTTCAACAATAAAATGTAATAATTCCAAATGTTTGTAACAGAATGGGTAGGACTTTCTTCACTTATTTAAATACTCCCTTTTT +s panTro2.chrUn 9714242 455 + 58616431 CTGGAATTTAGGAGGTCTGCCTTCTGATTCTGACTTCTTGAATGTATT---------------GTTAGCCATTTAACCACACTGTGTTGTTTCTCATTCTACCTGTAGAA---------------------TCTCAAAGTTCTTTCCCACTTCTATACAAAACTATAATTCTGAACATCCTTTTTGTTTAATATAAGTCTGCATTTCCTGTTTGAAGATATGTGTCCC-AGACCCTAAATGACTGACAAATTTTAAATCTCCAATAGGAAAGATGACAAACTCTATGGAAATTTGGCTTCTGAAGAACTCCTAGAAGCTTTCCAAAGTCATCAGTGTTTCCTAAGAAGGCAGAGAAATCAAACACATGGTCTTTTCCTCCAGACAAGCTCCTTTGGGTCATCAGGATTTCTTCAACAATAAAATGTAATAATTCCAAATGTTTGTAACAGAATGGGTAGGACTTTCTTCACTTATTTAAATACTCCCTTTTT +s canFam2.chr30 39839594 483 - 43206070 ctagaagttagg----ctgacttctagttctggatctgtgaacatactgctgtgaacacactggctagccatttaccctcatggggttggctc----tctacacgtacaaggaagtaactgaaaaagattctctcaaagttctttcccacttctatacacgtctataattctGA-TATCCTTTTTGTTCAATATGTATCTATATTTCCTGTTTAATGATGGGTCTTCCTAGACCCTGAATAACTGAAAAAGTTTACATCTCCAAGAGGAAGGATACCAAACTGTATGGGAACTTGGCCTCTGAGAAATTCTTGAGAGCTTCACAAAGTCATCAGAGTTTTCTAAAAAGGCAGAGAAACCAAGTGCATGGTCTTTTTCTCCCAGCAAGCTCTCTCTGGTCATAAGGATTTCCTCATCAATGATACATGCTAATTCCAGACATCTGGAAGAAGGGGGGTAGAAATTTCTTCACTCAGTTAAATACTCATTTTTT + +a score=83239.0 +s hg18.chr1 52524 183 + 247249719 TTTTATGCATTC--------TTTTCCAGTTTCTTAAGATG-CTAATAAGTTCATGTATTTGAGCAATTGAGAAC-ATTTAAAGCAATAGACTGCCTCTGAGCACAGCTTTGTCCATATTACATTAACCTTTTATACCCTGGGTTCCCACTAGTTTTTAAATAATCTACTATCAAATAA----AAGATTTGTTAATAA +s panTro2.chrUn 9718427 183 + 58616431 TTTTATGCATTC--------TTTTCCAATTTCTTAAGATG-CTAATAAGTTCATGTATTTGAGCAATTGAGAAC-ATTTAAAACAATAGACTGCCTCTGAGCACAGCTTTGTCCATATTACATTAACCTTTTATACCCTGGGTTCCCACTAGTTTTTAAATAATCTACTATCAAATAA----AAGATTTGTTAATAA +s canFam2.chr30 39841235 193 - 43206070 TTTTATACATCCTTTTCTAGTTTTCTAGTTTCTTAAATTGCCTGCTTACTCCATGTACATGAACAAATAAGAGCAATTTAAAGCAATAGACTGCCTCTGAGTGCAGCTTTGGTCATACTACCAAA----CTCATATCCCGGGTTCCCATTAATTTGTAAATAATTTACTATCAATTAAATACAAGATCTGTCAATAG + +a score=28580.0 +s hg18.chr1 52707 115 + 247249719 TAA---ATTTTAAATCATTAACACTTAACGCATTATTTTCAGTCACACTAA-GTTGATTCC----TTCGTTTCTTTCAGGTTGCTTCAGAGTCTTCCCTTCTATCTGATTCAGTGGACCAAGT +s panTro2.chrUn 9718610 115 + 58616431 TAC---ATTTTAAATCATTAACACTTAACGCATTATTTTCAGTCACACTAA-GTTGATTCC----TTCCTTTCTTTCAGGTTGCTTCAGAGTCTTCCCTTCTATCTGATTCAATGGACCAAGT +s canFam2.chr30 39841428 118 - 43206070 ---CTAGTATTAAATTATCAACATTCAAGACATTTTTTT--AGTACCTTAACATTGATTCCCTTTCTCATTTCTTTCAGATCACTTCAGAGTCTTCTCTTCCTTATGATTCAATGGACCAAGT + +a score=751514.0 +s hg18.chr1 52822 1040 + 247249719 AAATGACTCTCTGGTAACAGAATTTGTATTACTTGGACTTGCACAATCCTTGGAAATGCAGTTTTTCCTTTTTCTCTTCTTCTCTTTATTCTATGTGGGAATTATCCTGGGAAAACTCTTCATTGTGTTCACAGTGATCTTTGATCCTCACTTACACTCCCCCATGTATATTCTGCTGGCCAACCTATCGCTCATTGACTTGAGCCTTTCATCTACCACAGTTCCTAGGTTGATCTACGATCTTTTTACTGATTGTAAAGTTATTTCCTTCCATAATTGCATGATACAAAAGTTCTTTATCCATGTTATGGGAGGAGTTGAAATGGTGCTGCTGATAGTCATGGCATATGATAGGTACACTGCGATCTGCAAGCCTCTCCACTATCCAACTATTATGAATCCCAAAATGTGCATGTTTTTGGTAGCAGCAGCTTGGGTCATTGGGGTGATTCATGCTATGTCTCAGTTTGTTTTTGTCATAAATTTACCCTTCTGTGGCCCTAATAATGTGGGGAGCTTTTATTGTGATTTTCCTCGGGTTATTAAACTTGCATGCATGGACACTTATGGGCTAGAATTTGTGGTCACTGCCAACAGTGGATTCATATCGATGGGCACCTTCTTTTTCTTAATTGTATCATACATTTTTATTCTGGTCACTGTCCAACGACATTCCTCAAATGATTTATCCAAAGCATTCTTCACTTCGTCGGCTCACATCACCGTAGTGGTTTTGTTTTTTGCTCCATGCATGTTTCTCTACGTGTGGCCTTTCCCTACTAAGTCATTGGATAAATTTTTTGCCATCATGAACTTTGTTGTCACCCCTGTCGTAAATCCTGCCATCTATACTTTAAGGAACAAAGATATGAAGTTTGCAATGAGAAGGCTGAATCAACATATTTTAAATTCTATGGAGACGACATAACACATTTGGTTGATGAGAGCACAGGATAAATGCCATGGACCATCAAGACTCCTGTGATCACCATGATCACTATGGAACGCGCACATTTTTAGTATTGCC-TGAAAAAACTGAA +s panTro2.chrUn 9718725 1040 + 58616431 AAATGACTCTCTGGTAACAGAATTTGTATTACTTGGACTTGCACAATCCTTGGAAATGCAGTTTTTCCTTTTTCTCTTCTTCTCTTTATTCTATGTGGGAATTATCCTGGGAAACCTCTTCATTGTGTTCACAGTGATCTTTGATCCTCACTTACACTCCCCCATGTATATTCTGCTGGCCAACCTATCGCTCATTGACTTGAGCCTTTCATCTACCACAGTTCCTAGATTGATCTATGATCTTTTTACTGATTGTAAAGTTATTTCCTTCCATAATTGTATGATACAAATGTTCTTTATCCATGTTACGGGAGGAGTTGAAATGGTGCTGCTGATAGTCATGGCATATGATAGGTACACTGCGATCTGCAAGCCTCTCCACTATCCAACTATTATGAATCCCAAAATGTGCATGCTTTTGGTAGCAGCAGCTTGGGTCATTGGGGTGATTCATGCTATGTCTCAGTTTGTTTTTGTCATAAATTTACCCTTCTGTGGCCCTAATAATGTGGGGAGCTTTTATTGTGATTTTCCTCGGGTTATTAAACTTGCATGCATGGACACTTACGGGCTAGAATTTGTGGTCACTGCCAACAGTGGATTCATATCTATGGGCACCTTCTTTTTCTTAATTGTATCATACATTTTTATTCTGGTCACTGTCCGACGACATTCCTCAAATGATTTATCCAAAGCGTTCTTCACTTCGTCGGCTCACATCACCGTAGTGGTTTTGTTTTTTGCTCCATGCATGTTTCTCTACGTGTGGCCTTTCCCTACTAAGTCATTGGATAAATTTTTTGCCATCATGAACTTTGTGGTCACCCCTGTCTTAAATCCTGCCATCTACACTTTAAGGAACAAAGATATGAAGTTTGCAATGAGAAGGCTGAATCAACATATTTTAAATTCTATGGAGACGACATAACAGATTTGGTTGATGAGAGCACAGGATAAATGCCATGGACCATCAAGACTCCTGTGATCACCATGATCACTATGGAACGCGCACATTTTTAGTATTGCC-TGAAAAAACTGAA +s canFam2.chr30 39841546 1041 - 43206070 AAATGGCTCTTTGGTAACTGAATTTGTGTTACTGGGACTTGCACAATCCTTGGGAATGCAGATTTTCCTTTTTGTTTTTTTCTCTTTATTCTATGTTGGAATTATCTTAGGAAACCTCTTCATTATGTTAACAGTGATTTTTGATTCTCACTTACACTCCCCAATGTATATCCTGCTGGCCAACCTATCACTCATTGATGTGGGCCTTTCATCCACCACAGTTCCTAGAATGATCTCTGATCTTTTCAGTGGTTGTAAAATCATTTCCTTCCACAACTGCATGATACAAATGTTCTTTATTCATGTTATGGGAGGAGTTGAGATGGTGTTGCTCATAGCCATGGCATTTGACAGGTACACAGCGATCTGCAAGCCTCTCCACTATCTCACTACCATGAATACCAAAACGTGCATGCTTTTGGTAGTGGCTGCTTGGATCATTGGGGTGATTCATGCTGTATCTCAGTTTGTTTTTGTCATAAATTTACCTTTTTGTGGCCCTAATAATGTAGGGAGCTTTTATTGTGATTTTCCTAGGGTTATTAAACTTGCATGCATGGACACATACAGACTAGAATTTGTGGTCACTGCCAACAGTGGCTTCATATCTATGGGCACATTCTTTTTCTTAATTGTATCATACATCTTTATTCTGGCCACTGTTAGACAGCATTCTTCAAAAGACTTGTCCAAAGCATTTGTCACTCTGTCAGCTCACATCACTGTGTTGGTTTTGTTTTTCACTCCATGCATGTTTCTCTATGTGTGGCCTTTCCCTACCAAGTCAATGGATAAATTTTTTGCCATTGTGGATTTTGTTATCACTCCTGTATTAAATCCTGCCATCTATACTCTAAGGAACAGAGATATGAAGGTGGCAATGGGAAGGCTGAGTCGACAAGTTGTAAGTTCTAGAGACATACCATAACAGATTTTATTGGTAAGAGCACAAGATGAATGTTGTGGACCTTCAGGACCCTCGTGATCACCATGAACACTATGGATTATGTACAATTTCATTATTGCCTTTAAAAAACTGAG + +a score=139278.0 +s hg18.chr1 53862 335 + 247249719 AAATCTGC----AAAAAGGATGCATTAAATCTAAGAATTGTA-TTTCAGATAAAGTTGCAACATT-TTTTGTTAATCATAAAA--------AGTATATATTTCTATCTAATGTGTGTATCTAA-------TTAACAGCAATGACTACCTTTAATTTTGATGTAGTTATTTTATATCTGTATATAAGCACATACACATATATATGACCTAGGTTTATTTATCAGTATTTTTATGCTGATAATAAGCATCACTGGAAATTAAT-----TTTCTTATGGAAATTATGTGGATCCAATGGATAAAATATGAGTTTATATAAATTAGTAAATGC-CAAAATCAAGGAAGAAACAATTTTTATTTTAA +s panTro2.chrUn 9719765 335 + 58616431 AAATCTGC----AAAAAGGATGCATTAAATCTAAGAATTGTA-TTTCAGATAAAGTTGCAACATT-TTTTGTTAATCATAAAA--------AGTATGTATTTCTATCTAATGTGTGTATCTAA-------TTAACAGCAATGACTATCTTTAATTTTGATGTAGTTATTTTATATCTGTATATAAGCACATACACATATATATGACCTAGGTTTATTTATCAGTATTTTCATGCTGATAATAAGCATCACTGGAAATTAAT-----TTTCTTATGGAAATTATGGGGATCCAATGGATAAAATATGAGTTTATATAAATTAGTAAATGC-CAAAATCAAGGAAGAAACAATTTTTATTTTAA +s canFam2.chr30 39842587 356 - 43206070 ATATCTATGTAAAAAAAGGAT--ATTAAATCAAAGAACTATACTTTCAAATAGGGTTGCTGTAATAATCTGTTAAGTATGAAAAATAAAGTGTCATACATTCCTACCTAACCTATAAAACTAAGTTGCAATTATCATCAATGACCACATTCAATTTTCATGTAATTGTTTTATATCTCTATATAAATATATACATGTACATATGATTGAGC----TTTATCAGTATCTTCATACTGATCATAAGCATCACTGGAAATCAATTAATGTTTCTTATAGAAATTATGTGGATCCAATGGATAAAATATGAGTTTATACAAACCAGCAGCCATGAAAAATCAAGAAAGAAACAATTCTTATCCTAA + +a score=268726.0 +s hg18.chr1 54530 582 + 247249719 AGACTCTAGTACTCTGTATTATGCAAAATTTGTCTATGTTACACTTTTTT-AACAACACAATCCTATTGCCCTTGAAATCTTCTTCAAAGCATTTCTCGAGTCACTCTTAAAAAGCATCTACAACC-TAAAAGTATAGGAAGAGATTTATTTCCTGGAGAAGAG-ACCCCATTGAGATCTTAAAAGCACATTTAATGTGCCTGTGCTTAACTTAAGGT----GCTTAGGACAAAGAAGGCGATTGACATCTTT------------------CAGGTAAAACCTGGTAAGTTTGGT-GGTCAAGGAACACAACTGAGACATCACTTGGATGTATTCCTATGACTATTTTAAGAAACATAAATTGTGGTGACTCACTCAGCTCACTTTTAACTACTGCATGGTAATTAAAGATGCAAAATAAAATAAGTTACAAGAAGTGAGG----TTTTTTATTGGTTAAAGCAATTTTT-CTATATTTTCTCCGCAAGTTGGTCATAAAAGTTCTAAGCATTCCTCTTTTTATAAAATCGAAGCATTATTACTTACTCTCTTGTTAACCTATCTGGATTTTAATTTTGTAACTTTATTATATTTGTTTTGCTGTGATTCTTT +s panTro2.chrUn 9720721 585 + 58616431 aGACTCCAGTACTCTGTATTATGCAAAATTTGTCTATGTTACACTTTTTT-AACAACACAATCCTATTGCCCTTGAAATCTTCTTCAAAGCATTTCTCGAGTCACTCTTAAAAAGCATCTACAACC-TAAAAGTATAGGAAGAGATTTATTTCCTGGAGAAGAG-ACTCCATTGAGATCTTAAAAGCACATTTAATGTGCCCGTGCTTAACTTAAGGTAGGTGCTTAGGACAAAGAAGACGATTGACATCTTT------------------CAGGTAAAACCTGGTAAGTTTGGT-GGTCAAGGAACACAACTGAGACATCACTTGGATGTATTTCTATGACTATTTTAAGAAACATAAATTGTGGTGACTCACTCAGCTCACTTTTAACTACTGCATGGTAATTAAAGATGCAAAATAAAATAAGTTACAAGAAGTGAGG----TTTTTTATTGGTTAAAGCAATTTTT-CTATATTTT-TCCGCAAGTTGGTCCTAAAAGTTCTAAGCATTCCTCTTTTTATAAAATCGAAGCATTATTACTTACTCTCTTGTTAACCTATCTGGATTTTAATTTTGTAACTTTATTATATTTGTTTTGCTGTGATTCTTT +s canFam2.chr30 39843049 600 - 43206070 AGATTCTAGCATTTTGCATTATGCAAAATTTGTCTGTGTTCTATTTTTTTCAACAGCAAATTTCTGTTGTCCTTGCAGTCTTCTTCAAAGCATTTCTTGATTCAC-CCTAAAGAGTATCTACAATTATAAAAGTATTTTAAGGATCTTATTACCTAAAGAAAGGTACTCAACTCAGATCTCAA---CTTATTTAATGTACCTGTTCTTAAGCCAGGGT----GCTTAGGACAAAGAAGATGATTGACATCTTTACTTTTACTTTACTTTTCCAAATAAAACTTGGAAAGTCTGATGGGTCAAGGAGCACAATTGAGAAATCACTTGGGTATATTCCTGTGACTAATATAAGAAATGTAAATTGTAGTGACTA----AACTCGGTTGTAACTGCTGCATTGTAGTTAAAGCTGTTCAATAAAATGGCAAATAATGAATGAGACTTTCTTATTATTGGTCGAGGTATTTTTCCCTATATTTTATCCA-AAATTAGTCATAAGTGCTATAAGCTCTCCTCTTTTTATAATATCAAAGCATTATTATTTATTGTCTTCTTAATCCATCTGGATTTTAATTTCAGAACTTTATCTTATTGGTTTTACTATGATTCTTT + +a score=149740.0 +s hg18.chr1 55112 367 + 247249719 AAAAAGCACCTTTAGACTCAGTGAGATAGCAAAAATATCCAAATAGGCCAAAAAATTGTGGCAATGTCCTCTCACTCAGGAAAATTCTGTGTGTTTTCTCTAATGGCCAAGGGAAAACTTGTGAGACTATAAAAGTTAGTCTCAGTACACAAAGCTCAGACTGGCTATTCCCAGATCTCTTCAGGTACATCTAGTCCATTCATAAAGGGCTTTTAATTAACCAAGTGGTTTACTAAAAAGGACAATTCA-CTACATATTATTCTCTTA-CAGTTTTTATG-----------------------------------CCTCATT-CTGTGAAAATTGCTGTAGTCTCTTCCAGTTATGAAGAAGGTAGGTGGA--AACAAAGACAAAACACATATATTAGAAGAATGAA +s panTro2.chrUn 9721306 402 + 58616431 AAAAAGCACCTTTAGACTCAGTGAGATAGCAAAAATATCCAAATAGGCCAAAAAATTGTGGCAATGTCCTCTCACTCAGGAAAATTCTGTGTGTTTTCTCTAATGGCCAAGGGAAAACTTGTGAGACTATAAAAGTTAGTCTCAGTACACAAAGCTCAGACTGGCTATTCCCAGATCTCTTCAGGTACATCTAGTCCATTCATAAAGGGCTTTTAATTAACCAAGTGGTTTACTAAAAAGGACAATTCA-CTACATATTATTCTCTTA-CAGTTTTTATGCTTCAAGGCAGTGCAAATAAAGGGAAATTTGTACTCCTCATT-CTGTGAAAATTGCTGTAGTCTCTTCCAGTTATGAAGAAGGTAGGTGGA--AACAAAGATAAAACAAATATATTAGAAGAATGAA +s canFam2.chr30 39844287 382 - 43206070 AAAAATCATCTTTAGATTC-GTGAGGTAGTAGAAATACCTAAGTGAGCAAATAGCTTGAGATGACAGTCCCTAACTCAAGAAGATTTTGTGTGTATGTCCT------TAAGGGAAAACCAGTGACACTATATGACTTAGTCTCAGTACTCAAACTTCAGGCTGGATATTTCCAGATCTCCTCAACTGCCTCTGGTC-ATTCATAAATGGCTC----TTAACCAAGTGG-------AGGAGGATGATTCAGACAGACTTTATTCTCTTGGAAATTTT--TCCTTCAAGACAAAGTGCAAAATGGAAAATCTGTACTCTTCCTTGCTCTGAAAATTGCCGTAGCATCTTCCAGTTATGAAGGAGGTAGGTGGAATAATGATCATGAA----CTATATTAGCAGAACTAA + +a score=103163.0 +s hg18.chr1 55740 272 + 247249719 TCTTTCCCCAGGTCCGGTGTTTTCTTACCCACCTCCT-TCCCTCCTTTTTATAATACCAGTGAAACTTGGTTTGGAGCATTTCTTTCACATAAAGGTACAaatcatactgctagagttgtgaggat-----ttttacagcttttgaaagaataaactcattttaaaaacaggaaagctaaggcccagagatttttaaatgatattcccatgatcacactgtgaatttgtgccagaa--cccaaatgcct--actc-----------------------------------ccatctcactgaGACTTACTATAAGGA +s panTro2.chrUn 9721736 307 + 58616431 TCTTTCCTCAGGTCCGGTGTTTTCTTACCCACCTCCT-TCCCTCCTTTTTATAATACCAGTGAAACTTGGTTTGGAGCATTTCTTTCACATAAAGGTACAaatcatactgctagagttgtgaggat-----ttttagagcttttgaaagaataaactcattttaaaaacaggaaagctaaggcccagagatttttaaatgatattcccatgatcacactgtgaatttctgccagaa--cccaaatgcct--actcccaatatatattatataaatataacatatattttaCCATCTCACTGAGACTTACTATAAAAA +s canFam2.chr30 39844941 265 - 43206070 ATATACTTCAGATTCAGTGTTCTTTTACCCACCTTTTCCCCCTCTTTCCTGCAATCCCAATGAAGTCTGTTTTAGGATATTTCTTTCACATAAAGGTGCAAATCATACTCCTAACATTGTGGAATTTTGTCTTTAAGAGCTTTTGATCCAAAGAGCTCA-----------Ggaaaactaaggcttggaga-ttctaaatgacatg-tcaaaatcacacagtaaat-tgtactaatattcccaaatctcctgactt-----------------------------------caaTCTCAGTGAAATT---TATGAAGA + +a score=1417.0 +s hg18.chr1 56012 19 + 247249719 CATAAGGCatttatatata +s panTro2.chrUn 9722043 19 + 58616431 CATAATACATTTTtatata +s canFam2.chr30 39845206 19 - 43206070 CTTTAGGCATTTTTCTTTA + +a score=335729.0 +s hg18.chr1 56589 802 + 247249719 GATTCTGAAGGACTCCTTTAATAAGCCTAAACTTAATGTTCAACTTAGAATAAATACAATTCTTCTAATTTTTTTTGAATAATTTTTAAAAAGTCAGAAATGAGCTTTGAAAGAATTATGGTGGTGAAGGATCC---------------------------------CCTCAGCAGCACAAATTCAGGAGA-GAGATGTCTTAACTACGTTAGCAAGAAATTCCTTTTGCTAAAGAATAGCATTCCTGAATTCTTACTAACAGCCATGATAGAAAGTCTTTT-GCTACAGATGAGAACCCTCGGGTCAACC-TCATCCTTGGCATATTTCATGTGAAGATAT-AACTTCAAGATTGTCCTTGCCTATCAATGAAATGAATTAATTTTATGTCAATGCATATTTAAGGTCTATTCTAAATTGCACACTTTGATTCAAAAGAAACAGTCCAACCAACCAGTCAGGACAGAAATTATCTCACAATAAAAATCCTATCGTTTGTACTGTCAATGATTAGTATGATTATATTTATTACCGTGCTAAGCAGAAGAGAAATGAAGTGAATGTTCATGATTTATTCCACTATTAGACTTCTCTTTATTCTTAAAAATA--TTTAAGATCACTAAATTTTTATAGGACTTTAAAAACAGTAATGTGCTGCTTTGAGTGTGTAGGACTAAGAAATGGGATTCAGAGTAGTAAAGAGAAAAGTGGAATTTCCAAGCACTATGAATTACTGTTCTTTAAAAAACAGCAAAAATCAAATAACAGTATTCCTCCAAAAAAGATGGCAAGTGTAAACT-CTATACCTTCATGTCTCCCGTGGAATGTTAGTGATCAA +s panTro2.chrUn 9723768 801 + 58616431 GATTCTGAAGAACTCCTTTAATAAGCCTAAACTTAATGTTCAACTTAGAATAAATACAATTCTTCTAAATTTTTTTGAATAATTTTTGAAAAGTCAGAAATGAGCTTTGAAAGAATTATGGTGGTGAAGGATCC---------------------------------CCTCAGCAGCACAAATTCAGGAGA-GAGATGTCTTAACTACGTTAGCAAGAAATTCCTTTTGCTGAAGAATAGCATTCCTGAATTCTTACTAACAACCATGATAGAAAGTCTTTT-GCTACAGATGAGAACCCTCGGGTCAACC-TCATCCTTGGCATATTTCATGTGAAGATAT-AACTTCAAGATTGTCCTTGCCTATCAATGAAATGAATTAATTTTATGTCAATGCATATTTAAGGTCTATTCTAAATTGCACACTTTGATTCAAAAGAAACAGTCCAACCAACCAGTCAGGACAGAAATTATCTCACAATAAAAATCCTATCATTTGTACTGTCAATGATTAGTATGATTATATTTATTACCGTGCTAAGCAGAAGAGAACTGAAGTGAATGTTCATGATTTATTCCACTATTAGACTTCTCTTTATTCTTAAAAATA--TTTAAGATCACTAAATTTTTATAGGACTTTAAAAACAGTAATGTGCTGCTT-GAGTGTGTAGGACTAAGAAATGGGATTCAGAGTAGTAAAGAGAAAAGTGGAATTTCCAAGCACTATGAATTACTGTTCTTTAAAAAACAGCAAAAAACAAATAACAGTATTCCTCCAAAAAAGATGGCAAGTGTAAACT-CTATACCTTCATGTCTCCCGTGGAATGTTAGTGATCAA +s canFam2.chr30 39845358 805 - 43206070 GATTCTGGAGAACTTCTTCAGT------AAACTTAATATCTAACTTAGAATCAAAAGAATTCTTCTAAAACCCCTTGAACCGCTTTTGAAGAATCAGATATGAGCTT-GAAAGGATTACAGCAGTGAAGGATCCCCTGTAACTGAGAATCCCCTATCATCACTCACTCCTCAGTAGCATATACTCAGGAAATGAGATGTCTTAACTAAGTGAACAAGAAATTCTTTTTGCTGAAGTACAGCATATCTGAATTCTGACTTGTTACCATGGTATAAAGTCTTTTCACTGCAAAAGAGAAACCACTGGTCAGCTATCACCCTTGGTATATTTCTTATGGAGATATGAGCATCGAATTCATCC-------TCAGTGAAATGAGATGGTTGTACATAAGTAAATATTGAATTTCCATTCTAAGTTGCATACTTTGATTCTTAAC---CATCCTAACCAATCAGTCACATCAGAAATGATCTCACAATAAGAATACCATCCTCTTTATTGTCAGTGATTACAATGATTGTATTTACTACTGTGCTAAGCAGAAGGGAACAGAGG-----GTTTATTTCTTGTTTTACTCTTAGACTTCTCCTTATACTTGAAAATAAAATTAGAATTGTCAAATTCTTACAGGACTTTGAAAGCAGTAATAAGGAGCAT-TAG-GGATAGGGCTAAGGAATGGGATTTGGAAT-----AATGAAAAGTGTAACTTCCAAGGGTGTTGCAATAACCACAATCAGGCAGTGTTGAAAA--AAATAATACCACTCCTCCAAAAAATTTGGTAAGAGTAACCCACTATATTTTCACATGTCCCTAGGACC--TATTGA---- + +a score=65626.0 +s hg18.chr1 58409 176 + 247249719 ttctcacttcacttttgaattccctattcttttatcctctgttaatttttaagtattatatttgtgatattattttttctttttttctattttttatctttcatttcattttggcctattt--ttttctcttAAGAACTTTAATATCACCAAATAACATGTGTGCTACAAACTGTTTT +s panTro2.chrUn 9725587 176 + 58616431 ttctcacttcacttttgaattccctattcttttatcctctgttaatttttaagtattatatttgtgatattattttttctttttttctattttttatctttcatttcattttggcctattt--ttttctcttAAGAACTTTAATATCACCAAATAACATGTGTGCTACAAACTGTTTT +s canFam2.chr30 39846454 148 - 43206070 ---TCATTTCATTTCTAAATCACCT-TTCTTTAATCC--TATTATTTTCATGCTATTTTAT--------TTATTTTTTC-----TTCTATTTTTCATCTTT------ATTATGGGCTAACTCTTTTTCTTCTAAGCATTTCAATATCACTAAATGATA-----ACTACAAATTCTATT + +a score=986811.0 +s hg18.chr1 58585 1628 + 247249719 GTAGTTCAAAGAAAAAGGAGATAAACATAGAGTTATGGCATAGACTTAATCTGGCAGAGAGACAAGCATAAATAATGGTATTTTATATTAGGAATAAACCTAACATTAATGGAGAC-ACTGAGAAG-CCGAGATAACTGAATTATAAGGCATAGCCAGGGAAGTAGTGCGAGATAGAATTATGATCTT------GT-TGAATTCTGAATGTCTTTAAGTAATAGA---------------TTATAGAA---------AGTCACTGTAAGAGTGAGCAGAATGATATAAAATGAGGCTTTGAATTTGAATATAATAATTCTGACTTCCTTCTCCTTCTCTTCTTCAAGGTAACTGCAGAGGCTATTTCCTGGAATGAATCAACGAGTGAAACGAATAACTCTATGGTGACTGAATTCATTTTTCTGGGTCTCTCTGATTCTCAGGAACTCCAGACCTTCCTATTTATGTTGTTTTTTGTATTCTATGGAGGAATCGTGTTTGGAAACCTTCTTATTGTCATAACAGTGGTATCTGACTCCCACCTTCACTCTCCCATGTACTTCCTGCTAGCCAACCTCTCACTCATTGATCTGTCTCTGTCTTCAGTCACAGCCCCCAAGATGATTACTGACTTTTTCAGCCAGCGCAAAGTCATCTCTTTCAAGGGCTGCCTTGTTCAGATATTTCTCCTTCACTTCTTTGGTGGGAGTGAGATGGTGATCCTCATAGCCATGGGCTTTGACAGATATATAGCAATATGCAAGCCCCTACACTACACTACAATTATGTGTGGCAACGCATGTGTCGGCATTATGGCTGTCACATGGGGAATTGGCTTTCTCCATTCGGTGAGCCAGTTGGCGTTTGCCGTGCACTTACTCTTCTGTGGTCCCAATGAGGTCGATAGTTTTTATTGTGACCTTCCTAGGGTAATCAAACTTGCCTGTACAGATACCTACAGGCTAGATATTATGGTCATTGCTAACAGTGGTGTGCTCACTGTGTGTTCTTTTGTTCTTCTAATCATCTCATACACTATCATCCTAATGACCATCCAGCATCGCCCTTTAGATAAGTCGTCCAAAGCTCTGTCCACTTTGACTGCTCACATTACAGTAGTTCTTTTGTTCTTTGGACCATGTGTCTTTATTTATGCCTGGCCATTCCCCATCAAGTCATTAGATAAATTCCTTGCTGTATTTTATTCTGTGATCACCCCTCTCTTGAACCCAATTATATACACACTGAGGAACAAAGACATGAAGACGGCAATAAGACAGCTGAGAAAATGGGATGCACATTCTAGTGTAAAGTTTTAGATCTTATATAACTGTGAGATTAATCTCAGATAATGACACAAAATATAGTGAAGTTGGTAAGTTATTTAGTAAAGCTCATGAAAATTGTGCCCTCCATTCCCATATAATTTAGTAATTGTCTAGGAACTTCCACATACATTGCCTCAATTTATCTTTCAACAA-CTTGTGTGTTATATTTTGGAATACAGATACAAAGTTATTATGCTTTCAAAATATTCTTTTGCTAATTCTTAGAACAAAGAAAGGCATAAATATATTAGTATTTGTGTACACCTGTT----CCTTCCTGTGTGACCCTAAGTTTAGTAGAAGAAAGGAGAGAAAATATAGCCTAGCttataaatt +s panTro2.chrUn 9725763 1631 + 58616431 GTAGTTCAAAGAAAAAGGAGAAAAACATAGAGTTATGGCATAGACTTAATCTGGCAGAGAGACAAGCATAAATAATGGTATTTTATATTAGGAATAAACCTAACATTAATGGAGAC-ACTGAGAAG-CCGAGATAACTGAATTATAAGGCATAGCCAGGGAAGTAGTGCGAGATAAAATTATGATCTTT-GGTTGT-TGAATTCTGAATGTCTTTAAGTAATAGA---------------TTATAGAA---------AGTCACTGTAAGAGTGAGCAGAATGATATAAAATGAGGCTTTGAATTTGAATATAATAATTCTGACTTCCTTCTCCTTCTCTTCTTCAAGGTAACTGCAGAGGCTATTTCCTGGAATGAATCAACGAGTGAAACGAATAACTCTATGGTGACTGAATTCATTTTTCTGGGTCTCTCTGATTCTCAGGAACTCCAGACCTTCCTATT-ATGTTGTTTTTTGTATTCTATGGAGGAATCGTGTTTGGAAACCTTCTTATTGTCAGAATAGTGGTATCTGACTCCCACCTTCACTCTCCCATGTACTTCCTGCTAGCCAACCTCTCACTCATTGATCTGTCTCTGTGTTCAGTCACAGCCCCCAAGATGATTACTGACTTTTTCAGCCAGCGCAAAGTCATCTCTTTCAAGGGCTGCCTTGTTCAGATATTTCTCCTTCACTTCTTTGGTGGGAGTGAGATGGTGATCCTCATAGCCATGGGCTTTGACAGATATATAGCAATATGCAAACCCCTACACTACACTACAATTATGTGTGGCAACGCATGTGTCGGCATTATGGCTGTCGCATGGGGAATTGGCTTTCTCCATTCGGTGAGCCAGTTGGCCTTTGCCGTGCACTTACCCTTCTGTGGTCCCAATGAGGTCGATAGTTTTTATTGTGACCTTCCTAGGGTAATCAAACTTGCCTGTACAGATACCTACAGGCTAGATATTATGGTCATTGCTAACAGTGGTGTGCTCACTGTGTGTTCTTTTGTTCTTCTAATCATCTCATACACTATCATCCTAATGACCATCCAGCATCGCCCTTTAGATAAGTCGTCCAAAGCTCTGTCCACTTTGACTGCTCACATTACAGTAGTTCTTTTGTTCTTTGGACCATGTGTCTTTATTTATGCCTGGCCATTCCCCATCAAGTCATTAGATAAATTCCTTGCTGTATTTTATTCTGTGATCACCCCTCTCTTGAACCCAATTATATACACACTGAGGAACAAAGACATGAAGACGGCAATAAGACGGCTGAGAAAATGGGATGCACATTCTAGTGTAAAGTTTTAGATCTTATATAACTGTGAGATTAATCTCAGATAATGACACAAAATATAGTGAAGTTGGTAAGTTATTTAGTAAAGCTCATGAAAATTGTGCCTTCCATTCCCATATAATTTAGTAATTGTCTAGGAACTTCCACATACATTGCCTCAATTTATCTTTCAACAA-CTTGTGTGTTATATTTTGGAATACAGATACAAAGTTATTATGCTTTCAAAATATTCTTTTGCTAATTCTTGGAACAAAGAAAGGCATAAATATATTAGTATTTGTGTACACCTGTT----CCTTCCTGTGTGATCCTAAGTTTAGTAGAAGAAAGGAGAGAAAATATAGCCTAGCttataaa-t +s canFam2.chr30 39847579 1623 - 43206070 GGAGTTCAAGGGAAAAGAAGTTAAATGTAGGATGGTGGTATAAACTTAATCTGGCAGACAAAGTAGCATGAAAAAAGGTACTTT-CATTAGGAATAAGCTTAGCATAAGTGGAAATAACTGAGCAGACTTGAGTAACTGGACTATAAAGCATAATCAAAGAACGAGTGTGATATAAAAATGGAGGGTTTAGATTGTGTACAATTTGAAAGCCTTTATGATATAAAGGCTTTTTCTGTGCTTTATAGCACTATATAATAGTCATTATATGAGTGAGCAGAATGACATAAAAGGAGACT---AACTGAAATATAATAATTTTGACTTCCTTCTTACTCTATTCTCCAAGGTAACTACACCGGCTGTTTCCTGGAATGAATCAATAAGTGACATGAATTACTCCATGGTGACTGAGTTCATTTTTCTGAGACTCTCTAATTCTCAGGAATTGCAGATTTTCCCTTTTGTGTTCTTTGTTGTATTCTATGTAGGAATTGTGTGTGGAAACCTTCCTATTGTCATAACTGTGGCCTCTGACTCCTACCTTCACTCCCCCTTGTACTTCCTGCTGGCTAACCTCTCACTCATTGACCTATGTCTGTCTTCAGTCACAGCCCCCAAGATGATTGCTGACATTTTTAGTAAACACAAAGTCATTTCTTTCAAGGGCTGCCTTGCTCAGCTATTTATCCTTTACTTTTTTGGTGGGAGCAAGCTGGTGATCCTTATAGCCATGGCCTTTGACAGATATGTAACAATCTGTAAACCACCTCGCTACACTACAGTTATGTG----------TGTGTTGGCCTTGTGGCTGCTGCATGGGGAACTGGCTTCCTCCATTCAGTCAGCCAGCTGGCCTTTGCAGTGAACTTACCTTTCTGTGGTCCCAATGAGGTTGACAGTTTTTATTGTGACCTCCCTAGGGTTATCAAACTTCCTTGTACAGATATCTATAGGTTGGATATCATGGTCATTGCTAACACTGGTGTGCTCACTGTGTGTTC-TTTATTTTCCTAATCATCTCCTATGCTATCATCCTAGTGACCATCCAGCAACACCCTTCAGACAAGTCATCCAAGGCACTGTCCACTTTGACTGCTCACGTCACAGTAGTTCTTTTGTTCTTTGGACCATGTATCTTCATTTATGCCTGGCCATTCCCCATGAAGTCATTAGATGAATTCCTTCCTGTGTTTTATTATGTGGTCACTCCTGTCTTGAACCCAATTATATATACACTGAGGAACAAGGACATGAAGACTGCACTGAAATGGCTGAGAAAATGGCATGTAAACTCTAGGGTAAAGTCTTAAATCTCTCATAATTGTA-----------AGATAATGAC-----ATATGGTAAAGTTGGTGAATTACTTAGGAAACCTCATGAAAATCTTACTTTCTATTTCCATATCCCTTAATAATTATCTAAGAGGTTTCACATACACTGCCTCAATTTATCCTTTGACACTTTTGCATTTTATATTTTTG------GATACAAAGTTGATATGTTTTTAAAATATTATTTCACTAATCCTCAGAACAGT----GGCATAAATCTGTCAATATCTGTATATTCCTCTGGCTACCTACCTGAGAGGTCCTGAGTGTAACTGATGGAA--ACACAGAAACTAGCCTGGTTTATAATTT + +a score=85144.0 +s hg18.chr1 60306 230 + 247249719 TATATGTCAACTTTTAAGAGG-TTGAAAAACAAACGCCTCCCATTATAA--GTTTATACTTCACCTCCCACCACTATAACAACCCAGAA-TCCATGAGGGCATTATCAGGAGTGAGTGGAAGAGTAAGTTTGCCAATGTGAAATGTGCCTTCTAGGTCCTAGACG-TCTGTGGTAT-----AACTGCTCATAAGCAGTAGAAAGAATTTAGAGGGATCCAGGCTCTCATCACGTTGGCAC +s panTro2.chrUn 9727487 230 + 58616431 TATATGTCAACTTTTAAGAGG-TTGAAAAACAAACGCCTCCTATTATAA--GTTTATACTTCACCTCCCACCACTATAACAACCCAGAA-TCCATGAGGGCATTATCAGGAGTGAGTGGAAGAGTAAGTTTGCCAATGTGAAATGTGCCTTCTAGGTCCTAGACA-TCTGTGGTAT-----AACTGCTCATAAGCAGTAGAAAGAATTTAGAGGGATCCAGGCTCTCATCATGTTGGCAC +s canFam2.chr30 39849231 218 - 43206070 TATAAGCTAACTTTTAAGAGGTTTAGAAAAGAAACTCCTCACATTGTTATGGTTCATAGTTCCTCTCCAATCACTATAGCAACTTAAAATTCCATGAG----TTATCAGGAATGACAAGAAGAGTGAGTCTGCCAACCCAAAAGTTGCCTTATAGACACTTGACATCCTGTTGCATACAAGAAGAGCCCATTTGTAGTAAAAAATACTTA--------CAAACT----------TGGCAC +