--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/bwa_wrapper_out3.sam	Tue Oct 23 13:14:29 2012 -0400
@@ -0,0 +1,63 @@
+@SQ	SN:phiX174	LN:5386
+@RG	ID:abcdefg	LB:lib-mom-A	PL:ILLUMINA	SM:mom	DS:descrip	DT:2010-11-01	PI:400
+@PG	ID:bwa	PN:bwa	VN:0.5.9-r16
+seq1	113	phiX174	340	37	18M	=	322	-18	GGATTACTATCTGAGTCC	II9(.+5$IIIIIII#II	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:25	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:18
+seq1	177	phiX174	322	25	18M	=	340	18	GATATTTTAAAGGAGCGT	B&&I13A$G$*%$IIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:2	SM:i:25	AM:i:25	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:2	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:2C8A6
+seq2	65	phiX174	141	37	18M	=	159	18	ATTCGACCTATCCTTGCG	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:18
+seq2	129	phiX174	159	37	18M	=	141	-18	CAGCTCGAGAAGCTCTTA	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:18
+seq3	65	phiX174	505	37	18M	=	523	18	GTAACAAAGTTTGGATTG	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:18
+seq3	129	phiX174	523	37	18M	=	505	-18	CTACTGACCGCTCTCGTG	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:18
+seq4	69	phiX174	945	0	*	=	945	0	AGCCGCTCGTCTTTTATG	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg
+seq4	137	phiX174	945	23	18M	=	945	0	TAGGTGGTCAACCATTTT	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:23	AM:i:0	X0:i:1	X1:i:1	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:12A5	XA:Z:phiX174,+945,17M1S,2;
+seq5	65	phiX174	4985	37	18M	=	5003	18	CAGTTATATGGCTTTTGG	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:13G4
+seq5	129	phiX174	5003	37	18M	=	4985	-18	TTTCTATGTGGCTTAATA	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:13A4
+seq6	65	phiX174	925	37	11M1D7M	=	944	19	AGGCGCTCGTCTTGGTAT	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	MD:Z:11^T7
+seq6	129	phiX174	944	37	18M	=	925	-19	GTAGGTGGTCAACAATTT	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:18
+seq7	65	phiX174	943	25	18M	=	960	17	TGTAGGTGGTCAACCAAT	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:2	SM:i:25	AM:i:25	X0:i:1	X1:i:1	XM:i:2	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:14A1T1	XA:Z:phiX174,+943,13M1I4M,2;
+seq7	129	phiX174	960	37	18M	=	943	-17	TTTAATTGCAGGGGCTTC	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:25	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:18
+seq8	69	phiX174	1715	0	*	=	1715	0	ACACCCGTCCTTTACGTC	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg
+seq8	137	phiX174	1715	37	18M	=	1715	0	ATGCGCTCTATTCTCTGG	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:0	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:10A7
+seq9	65	phiX174	2596	37	18M	=	2613	17	GCCGCTATTCAGGTTGTT	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:7A10
+seq9	129	phiX174	2613	37	18M	=	2596	-17	TTCTGTTGGTGCTGATAT	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:18
+seq10	65	phiX174	4149	25	18M	=	4168	19	ATTCTTTCTTTTCGTATC	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:2	SM:i:25	AM:i:25	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:2	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:5G11G0
+seq10	129	phiX174	4168	37	18M	=	4149	-19	AGGGCGTTGAGTTCGATA	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:25	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:18
+seq11	65	phiX174	4072	37	18M	=	4091	19	GCATTTCTACTCCTTCTC	II#IIIIIII$5+.(9II	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:12T5
+seq11	129	phiX174	4091	37	18M	=	4072	-19	ATCCCCAATGCTTGGCTT	IIIII$%*$G$A31I&&B	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:18
+seq12	65	phiX174	5349	37	18M	=	5365	16	CGCGCTTCGATAAAAATG	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:25	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:18
+seq12	129	phiX174	5365	25	18M	=	5349	-16	GGATTGGCGTTTCCAACC	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:2	SM:i:25	AM:i:25	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:2	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:0T9A7
+seq13	65	phiX174	4074	37	18M	=	4093	19	ATTTCTACTCTTTCTCAT	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:25	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:17A0
+seq13	129	phiX174	4093	25	18M	=	4074	-19	CCCCAATCCTTGCCTTCC	IIIAAIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:2	SM:i:25	AM:i:25	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:2	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:7G4G5
+seq14	65	phiX174	3998	37	18M	=	4016	18	CCCTTTTGAATGTCACGC	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:5C12
+seq14	129	phiX174	4016	37	3M1D15M	=	3998	-18	TGATATTTTGACTTTGAG	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	MD:Z:3^T15
+seq15	65	phiX174	5198	37	18M	=	5216	18	CCAACTTACCAAGGTGGG	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:13C4
+seq15	129	phiX174	5216	37	5M2I11M	=	5198	-18	TTACGAAACGCGACGCCG	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:2	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:2	MD:Z:16
+seq16	65	phiX174	2880	37	10M1I7M	=	2897	17	TCAGGGTATTAAAAGAGA	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:2	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:1	XG:i:1	MD:Z:5T11
+seq16	129	phiX174	2897	37	18M	=	2880	-17	TTATTTTTCTCCAGCCAC	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:6G11
+seq17	65	phiX174	3034	37	18M	=	3053	19	GTGATGTGCTTGCTACCG	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:25	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:18
+seq17	129	phiX174	3053	25	18M	=	3034	-19	AAACAATACTTTAGGCAT	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:2	SM:i:25	AM:i:25	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:2	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:0T9G7
+seq18	73	phiX174	4088	37	18M	=	4088	0	TCAATCCCCCATGCTTGG	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:0	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:9A8
+seq18	133	phiX174	4088	0	*	=	4088	0	CCGTTCCATAAGCAGATG	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg
+seq19	65	phiX174	3304	37	18M	=	3324	20	TTCCTGCGCTTAATGCTT	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:6A11
+seq19	129	phiX174	3324	37	18M	=	3304	-20	GAGCGTCCTGGTGCTGAT	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:6G11
+seq20	65	phiX174	1082	37	18M	=	1100	18	CTTATTACCATTTCAACT	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:18
+seq20	129	phiX174	1100	37	18M	=	1082	-18	ACTCCGGTTATCGCTGGC	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:18
+seq21	65	phiX174	1344	23	18M	=	1363	19	CTGATACCAATAAAACCC	II#IIIIIII$5+.(9II	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:23	AM:i:23	X0:i:1	X1:i:1	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:15T2	XA:Z:phiX174,+1344,15M1D3M,2;
+seq21	129	phiX174	1363	37	18M	=	1344	-19	TAAGCATTTGGTTCAGGG	IIIII$%*$G$A31I&&B	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:23	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:10T7
+seq22	69	phiX174	5215	0	*	=	5215	0	AATCAAACTTACCAAGGG	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg
+seq22	137	phiX174	5215	37	18M	=	5215	0	GTTACGACGCGACGCCGT	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:0	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:18
+seq23	65	phiX174	4289	37	18M	=	4308	19	TGTGCTTCCCCAACTTGA	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:25	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:6C11
+seq23	129	phiX174	4308	25	18M	=	4289	-19	TTTAATAACCCTATAGAC	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:2	SM:i:25	AM:i:25	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:2	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:0A8A8
+seq24	65	phiX174	4084	37	18M	=	4101	17	TTTCTCAATCCCCAATGC	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:18
+seq24	129	phiX174	4101	37	18M	=	4084	-17	CTTGGCTTCCCTAAGCAG	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:10A7
+seq25	65	phiX174	520	37	18M	=	537	17	TTGCTACTGACCGCTCTT	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:17C0
+seq25	129	phiX174	537	37	18M	=	520	-17	CGTGCTCGTTGCTGCGTT	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:9C8
+seq26	65	phiX174	1976	37	18M	=	1994	18	CCGCGTGAAATTTCTATG	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:18
+seq26	129	phiX174	1994	37	18M	=	1976	-18	AAGGATGTTTTCCGTTCT	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:18
+seq27	65	phiX174	2598	37	18M	=	2614	16	CGCTAATCAAGTTGTTTC	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:9G8
+seq27	129	phiX174	2614	37	3M1D15M	=	2598	-16	TGTTTGGTGCTGATATTG	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:2	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	MD:Z:1C1^G15
+seq28	65	phiX174	2890	25	18M	=	2906	16	AAAGAGATTATTTGTCGG	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:2	SM:i:25	AM:i:25	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:2	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:16T0C0
+seq28	129	phiX174	2906	37	18M	=	2890	-16	TCCAGCCACTAAAGTGAG	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:25	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:10T7
+seq29	73	phiX174	5339	37	18M	=	5339	0	CAAATTAATGCGCGCTTC	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:0	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:6T11
+seq29	133	phiX174	5339	0	*	=	5339	0	GATAATGATTGGGGTATC	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg
+seq30	65	phiX174	4091	37	18M	=	4108	17	ATCCCCTATGCTTGGCTT	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:6A11
+seq30	129	phiX174	4108	37	18M	=	4091	-17	ACCATAAGCAGATGGATA	IIIIIIIIIIIIIIIIII	RG:Z:abcdefg	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:0T17