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# Date 1377544358 14400
# Node ID 8c737b8ddc455841f982b1dae8544ac627c2793d

Uploaded tool tarball.

diff -r 000000000000 -r 8c737b8ddc45 sam2interval.py
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/sam2interval.py	Mon Aug 26 15:12:38 2013 -0400
@@ -0,0 +1,96 @@
+#!/usr/bin/env python
+
+import sys
+import optparse
+import re
+
+def stop_err( msg ):
+    sys.stderr.write( msg )
+    sys.exit()
+
+def main():
+    usage = """%prog [options]
+    
+options (listed below) default to 'None' if omitted
+    """
+    parser = optparse.OptionParser(usage=usage)
+
+    parser.add_option(
+        '-f','--input_sam_file',
+        metavar="INPUT_SAM_FILE",
+        dest='input_sam',
+        default = False,
+        help='Name of the SAM file to be filtered. STDIN is default')
+            
+    parser.add_option(
+        '-c','--flag_column',
+        dest='flag_col',
+        default = '2',
+        help='Column containing SAM bitwise flag. 1-based')
+        
+    parser.add_option(
+        '-s','--start_column',
+        dest='start_col',
+        default = '4',
+        help='Column containing position. 1-based')
+
+    parser.add_option(
+        '-g','--cigar_column',
+        dest='cigar_col',
+        default = '6',
+        help='Column containing CIGAR or extended CIGAR string')
+
+    parser.add_option(
+        '-r','--ref_column',
+        dest='ref_col',
+        default = '3',
+        help='Column containing name of the reference sequence coordinate. 1-based')
+        
+    parser.add_option(
+        '-e','--read_column',
+        dest='read_col',
+        default = '1',
+        help='Column containing read name. 1-based')
+
+    parser.add_option(
+        '-p','--print_all',
+        dest='prt_all',
+        action='store_true',
+        default = False,
+        help='Print coordinates and original SAM?')
+    
+    options, args = parser.parse_args()
+
+    if options.input_sam:
+        infile = open ( options.input_sam, 'r')
+    else:
+        infile = sys.stdin
+
+    cigar = re.compile( '\d+M|\d+N|\d+D|\d+P' )
+
+    print '#chrom\tstart\tend\tstrand\tread_name' # provide a (partial) header so that strand is automatically set in metadata
+
+    for line in infile:
+        line = line.rstrip( '\r\n' )
+        if line and not line.startswith( '#' ) and not line.startswith( '@' ) :
+            fields = line.split( '\t' )
+            start = int( fields[ int( options.start_col ) - 1 ] ) - 1
+            end = 0
+            for op in cigar.findall( fields[ int( options.cigar_col) - 1 ] ):
+                end += int( op[ 0:len( op ) - 1 ] )
+                
+            strand = '+' 
+            if bool( int( fields[ int( options.flag_col ) - 1 ] ) & 0x0010 ):
+                strand = '-'
+            read_name = fields[ int( options.read_col ) - 1 ]
+            ref_name  = fields[ int( options.ref_col ) - 1 ]
+            
+            if ref_name != '*':
+                # Do not print lines with unmapped reads that contain '*' instead of chromosome name        
+                if options.prt_all: 
+                    print '%s\t%s\t%s\t%s\t%s' % (ref_name, str(start), str(end+start), strand, line)
+                else:
+                    print '%s\t%s\t%s\t%s\t%s' % (ref_name, str(start), str(end+start), strand, read_name)
+
+if __name__ == "__main__": main()
+
diff -r 000000000000 -r 8c737b8ddc45 sam2interval.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/sam2interval.xml	Mon Aug 26 15:12:38 2013 -0400
@@ -0,0 +1,72 @@
+<tool id="sam2interval" name="Convert SAM" version="1.0.1">
+  <description>to interval</description>
+  <command interpreter="python">sam2interval.py --input_sam_file=$input1 $print_all > $out_file1
+  </command>
+  <inputs>
+    <param format="sam" name="input1" type="data" label="Select dataset to convert"/>
+    <param name="print_all" type="select" label="Print all?" help="Do you want to retain original SAM fields? See example below.">
+        <option value="-p">Yes</option>
+        <option value="">No</option>
+    </param>
+  </inputs>
+ <outputs>
+    <data format="interval" name="out_file1" label="Converted Interval" />
+  </outputs>
+<tests>
+    <test>          
+        <param name="input1" value="sam_bioinf_example.sam" ftype="sam"/>
+        <param name="print_all" value="Yes"/>
+        <output name="out_file1" file="sam2interval_printAll.dat" ftype="interval"/>
+    </test>
+    <test>          
+        <param name="input1" value="sam_bioinf_example.sam" ftype="sam"/>
+        <param name="print_all" value="No"/>
+        <output name="out_file1" file="sam2interval_noprintAll.dat" ftype="interval"/>
+    </test>
+    <test>
+        <param name="input1" value="sam2interval-test3.sam" ftype="sam"/>
+        <param name="print_all" value="No"/>
+        <output name="out_file1" file="sam2interval_with_unmapped_reads_noprintAll.dat" ftype="interval"/>
+    </test>
+
+</tests>
+  <help>
+
+**What it does**
+
+Converts positional information from a SAM dataset into interval format with 0-based start and 1-based end. CIGAR string of SAM format is used to compute the end coordinate.
+
+-----
+
+**Example**
+
+Converting the following dataset::
+
+ r001 163 ref  7 30 8M2I4M1D3M = 37  39 TTAGATAAAGGATACTA *
+ r002   0 ref  9 30 3S6M1P1I4M *  0   0 AAAAGATAAGGATA    *
+ r003   0 ref  9 30       5H6M *  0   0 AGCTAA            * NM:i:1
+ r004   0 ref 16 30    6M14N5M *  0   0 ATAGCTTCAGC       *
+ r003  16 ref 29 30       6H5M *  0   0 TAGGC             * NM:i:0
+ r001  83 ref 37 30         9M =  7 -39 CAGCGCCAT         *
+
+into Interval format will produce the following if *Print all?* is set to **Yes**::
+
+ ref  6 22 + r001 163 ref  7 30 8M2I4M1D3M = 37  39 TTAGATAAAGGATACTA *
+ ref  8 19 + r002   0 ref  9 30 3S6M1P1I4M *  0   0 AAAAGATAAGGATA    *
+ ref  8 14 + r003   0 ref  9 30 5H6M       *  0   0 AGCTAA            * NM:i:1
+ ref 15 40 + r004   0 ref 16 30 6M14N5M    *  0   0 ATAGCTTCAGC       *
+ ref 28 33 - r003  16 ref 29 30 6H5M       *  0   0 TAGGC             * NM:i:0
+ ref 36 45 - r001  83 ref 37 30 9M         =  7 -39 CAGCGCCAT         *
+ 
+Setting  *Print all?* to **No** will generate the following::
+
+ ref  6 22 + r001
+ ref  8 19 + r002
+ ref  8 14 + r003
+ ref 15 40 + r004
+ ref 28 33 - r003
+ ref 36 45 - r001
+
+
+  </help>
+</tool>
diff -r 000000000000 -r 8c737b8ddc45 test-data/sam2interval-test3.sam
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/sam2interval-test3.sam	Mon Aug 26 15:12:38 2013 -0400
@@ -0,0 +1,1000 @@
+@HD	VN:1.0	SO:unsorted
+@SQ	SN:chr10	LN:135534747
+@SQ	SN:chr11	LN:135006516
+@SQ	SN:chr12	LN:133851895
+@SQ	SN:chr13	LN:115169878
+@SQ	SN:chr14	LN:107349540
+@SQ	SN:chr15	LN:102531392
+@SQ	SN:chr16	LN:90354753
+@SQ	SN:chr17	LN:81195210
+@SQ	SN:chr18	LN:78077248
+@SQ	SN:chr19	LN:59128983
+@SQ	SN:chr1	LN:249250621
+@SQ	SN:chr20	LN:63025520
+@SQ	SN:chr21	LN:48129895
+@SQ	SN:chr22	LN:51304566
+@SQ	SN:chr2	LN:243199373
+@SQ	SN:chr3	LN:198022430
+@SQ	SN:chr4	LN:191154276
+@SQ	SN:chr5	LN:180915260
+@SQ	SN:chr6	LN:171115067
+@SQ	SN:chr7	LN:159138663
+@SQ	SN:chr8	LN:146364022
+@SQ	SN:chr9	LN:141213431
+@SQ	SN:chrM	LN:16571
+@SQ	SN:chrX	LN:155270560
+@SQ	SN:chrY	LN:59373566
+@PG	ID:Bowtie	VN:0.12.7	CL:"bowtie -q -p 4 -S --phred33-quals /galaxy/data/hg19/hg19canon/bowtie_index/hg19canon /galaxy/test_database/files/000/235/dataset_235440.dat"
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+GA5:3:1:23:263#0/1	16	chrM	4097	255	76M	*	0	0	CTACTTCTAACCTCCCTGTTCTTATGAATTCGAACAGCATACCCCCGATTCCGCTGCGACCAACTCATACACCTCC	4845/324818.//78777686<;48;3667882557@;8/?@@<B==@=@A>@@@A@=:@B@BABBB=B>BB@BB	XA:i:1	MD:Z:55A20	NM:i:1
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