diff test-data/samtools_phase_out_2_log.txt @ 0:cba1944e3ed0 draft

Uploaded tool and dependency definition.
author devteam
date Thu, 27 Mar 2014 15:26:17 -0400
parents
children 8bfe0d1616d2
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/samtools_phase_out_2_log.txt	Thu Mar 27 15:26:17 2014 -0400
@@ -0,0 +1,65 @@
+CC
+CC	Descriptions:
+CC
+CC	  CC      comments
+CC	  PS      start of a phase set
+CC	  FL      filtered region
+CC	  M[012]  markers; 0 for singletons, 1 for phased and 2 for filtered
+CC	  EV      supporting reads; SAM format
+CC	  //      end of a phase set
+CC
+CC	Formats of PS, FL and M[012] lines (1-based coordinates):
+CC
+CC	  PS  chr  phaseSetStart  phaseSetEnd
+CC	  FL  chr  filterStart    filterEnd
+CC	  M?  chr  PS  pos  allele0  allele1  hetIndex  #supports0  #errors0  #supp1  #err1
+CC
+CC
+PS	chrI	1412	1542
+M1	chrI	1412	1412	T	C	1	7	0	9	0
+M1	chrI	1412	1414	G	A	2	7	0	9	0
+M1	chrI	1412	1421	G	A	3	7	0	9	0
+M1	chrI	1412	1471	T	C	4	5	0	6	0
+M1	chrI	1412	1542	C	T	5	3	0	2	0
+EV	0	chrI	1	40	3M	*	0	0	TGG	*	YP:i:0	YF:i:0	YI:i:3	YO:i:0	YS:i:1340
+EV	0	chrI	1	40	4M	*	0	0	CAAC	*	YP:i:1	YF:i:0	YI:i:4	YO:i:0	YS:i:1374
+EV	0	chrI	1	40	3M	*	0	0	TGG	*	YP:i:0	YF:i:0	YI:i:3	YO:i:0	YS:i:1346
+EV	0	chrI	1	40	3M	*	0	0	TGG	*	YP:i:0	YF:i:0	YI:i:3	YO:i:0	YS:i:1366
+EV	0	chrI	1	40	4M	*	0	0	TGGT	*	YP:i:0	YF:i:0	YI:i:4	YO:i:0	YS:i:1409
+EV	0	chrI	1	40	3M	*	0	0	CAA	*	YP:i:1	YF:i:0	YI:i:3	YO:i:0	YS:i:1359
+EV	0	chrI	1	40	3M	*	0	0	CAA	*	YP:i:1	YF:i:0	YI:i:3	YO:i:0	YS:i:1353
+EV	0	chrI	1	40	3M	*	0	0	CAA	*	YP:i:1	YF:i:0	YI:i:3	YO:i:0	YS:i:1343
+EV	0	chrI	1	40	4M	*	0	0	CAAC	*	YP:i:1	YF:i:0	YI:i:4	YO:i:0	YS:i:1379
+EV	0	chrI	1	40	3M	*	0	0	CAA	*	YP:i:1	YF:i:0	YI:i:3	YO:i:0	YS:i:1350
+EV	0	chrI	1	40	4M	*	0	0	CAAC	*	YP:i:1	YF:i:0	YI:i:4	YO:i:0	YS:i:1389
+EV	0	chrI	1	40	3M	*	0	0	CAA	*	YP:i:1	YF:i:0	YI:i:3	YO:i:0	YS:i:1348
+EV	0	chrI	1	40	4M	*	0	0	TGGT	*	YP:i:0	YF:i:0	YI:i:4	YO:i:0	YS:i:1407
+EV	0	chrI	1	40	3M	*	0	0	TGG	*	YP:i:0	YF:i:0	YI:i:3	YO:i:0	YS:i:1358
+EV	0	chrI	1	40	3M	*	0	0	TGG	*	YP:i:0	YF:i:0	YI:i:3	YO:i:0	YS:i:1341
+EV	0	chrI	1	40	4M	*	0	0	CAAC	*	YP:i:1	YF:i:0	YI:i:4	YO:i:0	YS:i:1392
+EV	0	chrI	4	40	2M	*	0	0	CT	*	YP:i:1	YF:i:0	YI:i:2	YO:i:0	YS:i:1462
+EV	0	chrI	4	40	2M	*	0	0	TC	*	YP:i:0	YF:i:0	YI:i:2	YO:i:0	YS:i:1468
+EV	0	chrI	4	40	2M	*	0	0	TC	*	YP:i:0	YF:i:0	YI:i:2	YO:i:0	YS:i:1444
+EV	0	chrI	4	40	2M	*	0	0	CT	*	YP:i:1	YF:i:0	YI:i:2	YO:i:0	YS:i:1457
+EV	0	chrI	4	40	2M	*	0	0	TC	*	YP:i:0	YF:i:0	YI:i:2	YO:i:0	YS:i:1461
+//
+PS	chrI	3611	3731
+M1	chrI	3611	3611	T	A	6	5	0	4	0
+M1	chrI	3611	3659	C	T	7	9	0	6	0
+M1	chrI	3611	3731	T	A	8	4	0	1	1
+EV	0	chrI	6	40	2M	*	0	0	AT	*	YP:i:1	YF:i:0	YI:i:2	YO:i:0	YS:i:3578
+EV	0	chrI	6	40	2M	*	0	0	TC	*	YP:i:0	YF:i:0	YI:i:2	YO:i:0	YS:i:3569
+EV	0	chrI	6	40	2M	*	0	0	AT	*	YP:i:1	YF:i:0	YI:i:2	YO:i:0	YS:i:3590
+EV	0	chrI	6	40	2M	*	0	0	TC	*	YP:i:0	YF:i:0	YI:i:2	YO:i:0	YS:i:3571
+EV	0	chrI	6	40	2M	*	0	0	AT	*	YP:i:1	YF:i:0	YI:i:2	YO:i:0	YS:i:3576
+EV	0	chrI	6	40	2M	*	0	0	TC	*	YP:i:0	YF:i:0	YI:i:2	YO:i:0	YS:i:3559
+EV	0	chrI	6	40	2M	*	0	0	TC	*	YP:i:0	YF:i:0	YI:i:2	YO:i:0	YS:i:3569
+EV	0	chrI	6	40	2M	*	0	0	AT	*	YP:i:1	YF:i:0	YI:i:2	YO:i:0	YS:i:3568
+EV	0	chrI	6	40	2M	*	0	0	TC	*	YP:i:0	YF:i:0	YI:i:2	YO:i:0	YS:i:3609
+EV	0	chrI	7	40	2M	*	0	0	CT	*	YP:i:0	YF:i:0	YI:i:2	YO:i:0	YS:i:3651
+EV	0	chrI	7	40	2M	*	0	0	CT	*	YP:i:0	YF:i:0	YI:i:2	YO:i:0	YS:i:3647
+EV	0	chrI	7	40	2M	*	0	0	TA	*	YP:i:1	YF:i:0	YI:i:2	YO:i:0	YS:i:3644
+EV	0	chrI	7	40	2M	*	0	0	CT	*	YP:i:0	YF:i:0	YI:i:2	YO:i:0	YS:i:3644
+EV	0	chrI	7	40	2M	*	0	0	TT	*	YP:i:1	YF:i:0	YI:i:1	YO:i:1	YS:i:3657
+EV	0	chrI	7	40	2M	*	0	0	CT	*	YP:i:0	YF:i:0	YI:i:2	YO:i:0	YS:i:3637
+//