# HG changeset patch
# User devteam
# Date 1395948377 14400
# Node ID cba1944e3ed091b6f5c3472dd436e4168ca3a59b
Uploaded tool and dependency definition.
diff -r 000000000000 -r cba1944e3ed0 samtools_phase.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/samtools_phase.xml Thu Mar 27 15:26:17 2014 -0400
@@ -0,0 +1,138 @@
+
+ heterozygous SNPs
+
+ samtools
+
+ samtools phase -b "phase_wrapper"
+ #if str($option_set.option_sets) == 'advanced':
+ ${option_set.ignore_chimeras}
+ -k $option_set.block_length
+ -q $option_set.min_het
+ -Q $option_set.min_bq
+ -D $option_set.read_depth
+ ${option_set.drop_ambiguous}
+ #else
+ -k 13 -q 37 -Q 13 -D 256
+ #end if
+ "$input_bam" > "$phase_sets"
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+**What it does**
+
+Call and phase heterozygous SNPs
+
+------
+
+.. list-table:: **Options**
+ :widths: 5 5 40 10
+ :header-rows: 1
+
+ * - Flag
+ - Type
+ - Description
+ - Default
+ * - -k
+ - INT
+ - Block length
+ - 13
+ * - -b
+ - STR
+ - Prefix of BAM file output
+ - *null*
+ * - -q
+ - INT
+ - Minimum het phred-LOD
+ - 37
+ * - -Q
+ - INT
+ - Min base quality in het calling
+ - 13
+ * - -D
+ - INT
+ - Max read depth
+ - 256
+ * - -D
+ - BOOLEAN
+ - Do not attempt to fix chimeras
+ - *off*
+ * - -A
+ - BOOLEAN
+ - Drop reads with ambiguous phase
+ - *off*
+
+------
+
+**Citation**
+
+For the underlying tool, please cite `Li H, Handsaker B, Wysoker A, Fennell T, Ruan J, Homer N, Marth G, Abecasis G, Durbin R; 1000 Genome Project Data Processing Subgroup. The Sequence Alignment/Map format and SAMtools. Bioinformatics. 2009 Aug 15;25(16):2078-9. <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19505943>`_
+
+
+If you use this tool in Galaxy, please cite Blankenberg D, et al. *In preparation.*
+
+
+
diff -r 000000000000 -r cba1944e3ed0 test-data/empty_file.bam
diff -r 000000000000 -r cba1944e3ed0 test-data/samtools_phase_in_1.bam
Binary file test-data/samtools_phase_in_1.bam has changed
diff -r 000000000000 -r cba1944e3ed0 test-data/samtools_phase_in_2.bam
Binary file test-data/samtools_phase_in_2.bam has changed
diff -r 000000000000 -r cba1944e3ed0 test-data/samtools_phase_out_1_log.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/samtools_phase_out_1_log.txt Thu Mar 27 15:26:17 2014 -0400
@@ -0,0 +1,30 @@
+CC
+CC Descriptions:
+CC
+CC CC comments
+CC PS start of a phase set
+CC FL filtered region
+CC M[012] markers; 0 for singletons, 1 for phased and 2 for filtered
+CC EV supporting reads; SAM format
+CC // end of a phase set
+CC
+CC Formats of PS, FL and M[012] lines (1-based coordinates):
+CC
+CC PS chr phaseSetStart phaseSetEnd
+CC FL chr filterStart filterEnd
+CC M? chr PS pos allele0 allele1 hetIndex #supports0 #errors0 #supp1 #err1
+CC
+CC
+PS chrI 1187 1290
+M1 chrI 1187 1187 T A 1 2 0 4 0
+M1 chrI 1187 1216 T A 2 3 0 4 0
+M1 chrI 1187 1222 C A 3 3 0 3 1
+M1 chrI 1187 1290 A T 4 1 0 0 0
+EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 AAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:1 YS:i:1164
+EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TTC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1141
+EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 AAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1147
+EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 AAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1176
+EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TTC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1157
+EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 AAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1145
+EV 0 chrI 2 40 3M * 0 0 TCA * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1215
+//
diff -r 000000000000 -r cba1944e3ed0 test-data/samtools_phase_out_1_phase0.bam
Binary file test-data/samtools_phase_out_1_phase0.bam has changed
diff -r 000000000000 -r cba1944e3ed0 test-data/samtools_phase_out_1_phase1.bam
Binary file test-data/samtools_phase_out_1_phase1.bam has changed
diff -r 000000000000 -r cba1944e3ed0 test-data/samtools_phase_out_2_log.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/samtools_phase_out_2_log.txt Thu Mar 27 15:26:17 2014 -0400
@@ -0,0 +1,65 @@
+CC
+CC Descriptions:
+CC
+CC CC comments
+CC PS start of a phase set
+CC FL filtered region
+CC M[012] markers; 0 for singletons, 1 for phased and 2 for filtered
+CC EV supporting reads; SAM format
+CC // end of a phase set
+CC
+CC Formats of PS, FL and M[012] lines (1-based coordinates):
+CC
+CC PS chr phaseSetStart phaseSetEnd
+CC FL chr filterStart filterEnd
+CC M? chr PS pos allele0 allele1 hetIndex #supports0 #errors0 #supp1 #err1
+CC
+CC
+PS chrI 1412 1542
+M1 chrI 1412 1412 T C 1 7 0 9 0
+M1 chrI 1412 1414 G A 2 7 0 9 0
+M1 chrI 1412 1421 G A 3 7 0 9 0
+M1 chrI 1412 1471 T C 4 5 0 6 0
+M1 chrI 1412 1542 C T 5 3 0 2 0
+EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1340
+EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1374
+EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1346
+EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1366
+EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 TGGT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1409
+EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1359
+EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1353
+EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1343
+EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1379
+EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1350
+EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1389
+EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1348
+EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 TGGT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1407
+EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1358
+EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1341
+EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1392
+EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 CT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1462
+EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1468
+EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1444
+EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 CT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1457
+EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1461
+//
+PS chrI 3611 3731
+M1 chrI 3611 3611 T A 6 5 0 4 0
+M1 chrI 3611 3659 C T 7 9 0 6 0
+M1 chrI 3611 3731 T A 8 4 0 1 1
+EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3578
+EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3569
+EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3590
+EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3571
+EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3576
+EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3559
+EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3569
+EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3568
+EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3609
+EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3651
+EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3647
+EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 TA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3644
+EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3644
+EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 TT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:1 YO:i:1 YS:i:3657
+EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3637
+//
diff -r 000000000000 -r cba1944e3ed0 test-data/samtools_phase_out_2_phase0.bam
Binary file test-data/samtools_phase_out_2_phase0.bam has changed
diff -r 000000000000 -r cba1944e3ed0 test-data/samtools_phase_out_2_phase1.bam
Binary file test-data/samtools_phase_out_2_phase1.bam has changed
diff -r 000000000000 -r cba1944e3ed0 test-data/samtools_phase_out_3_log.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/samtools_phase_out_3_log.txt Thu Mar 27 15:26:17 2014 -0400
@@ -0,0 +1,65 @@
+CC
+CC Descriptions:
+CC
+CC CC comments
+CC PS start of a phase set
+CC FL filtered region
+CC M[012] markers; 0 for singletons, 1 for phased and 2 for filtered
+CC EV supporting reads; SAM format
+CC // end of a phase set
+CC
+CC Formats of PS, FL and M[012] lines (1-based coordinates):
+CC
+CC PS chr phaseSetStart phaseSetEnd
+CC FL chr filterStart filterEnd
+CC M? chr PS pos allele0 allele1 hetIndex #supports0 #errors0 #supp1 #err1
+CC
+CC
+PS chrI 1412 1542
+M1 chrI 1412 1412 T C 1 7 0 9 0
+M1 chrI 1412 1414 G A 2 7 0 9 0
+M1 chrI 1412 1421 G A 3 7 0 9 0
+M1 chrI 1412 1471 T C 4 5 0 6 0
+M1 chrI 1412 1542 C T 5 3 0 2 0
+EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1340
+EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1374
+EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1346
+EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1366
+EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 TGGT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1409
+EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1359
+EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1353
+EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1343
+EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1379
+EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1350
+EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1389
+EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1348
+EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 TGGT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1407
+EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1358
+EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1341
+EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1392
+EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 CT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1462
+EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1468
+EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1444
+EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 CT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1457
+EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1461
+//
+PS chrI 3611 3731
+M1 chrI 3611 3611 T A 6 5 0 4 0
+M1 chrI 3611 3659 C T 7 9 0 6 0
+M1 chrI 3611 3731 T A 8 4 0 1 1
+EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3578
+EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3569
+EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3590
+EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3571
+EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3576
+EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3559
+EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3569
+EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3568
+EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3609
+EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3651
+EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3647
+EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 TA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3644
+EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3644
+EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 TT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:1 YO:i:1 YS:i:3657
+EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3637
+//
diff -r 000000000000 -r cba1944e3ed0 test-data/samtools_phase_out_3_phase0.bam
Binary file test-data/samtools_phase_out_3_phase0.bam has changed
diff -r 000000000000 -r cba1944e3ed0 test-data/samtools_phase_out_3_phase1.bam
Binary file test-data/samtools_phase_out_3_phase1.bam has changed
diff -r 000000000000 -r cba1944e3ed0 tool_dependencies.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_dependencies.xml Thu Mar 27 15:26:17 2014 -0400
@@ -0,0 +1,6 @@
+
+
+
+
+
+