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comparison test-data/test_extract_quality_90_ge.vcf @ 0:76ad0b7865b9 draft default tip

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date Mon, 27 Jan 2014 09:26:27 -0500
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27 ##INFO=<ID=CpG,Number=0,Type=Flag,Description="CpG site (either CpG, TpG or CpA)">
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73 20 68660 . C A 99.0 PASS NS=370;DP=2608;AC=2;AN=740;AF=0.0027027;RA=2591;AA=14;SR=1221|1370;SA=8|6;SB=0.57143;AB=0.44;ABR=11;ABA=14;RUN=2;SNP;TV
74 20 68667 . T G 99.0 PASS NS=370;DP=2607;AC=2;AN=740;AF=0.0027027;RA=2584;AA=15;SR=1201|1383;SA=5|10;SB=0.33333;AB=0.41176;ABR=7;ABA=10;RUN=2;SNP;TV
75 20 68749 . T C 99.0 PASS NS=368;DP=2323;AC=426;AN=736;AF=0.5788;RA=983;AA=1334;SR=457|526;SA=640|694;SB=0.47976;AB=0.47215;ABR=568;ABA=632;RUN=1;SNP;TS;CpG
76 20 69094 . G A 99.0 PASS NS=362;DP=2092;AC=318;AN=724;AF=0.43923;RA=1227;AA=857;SR=691|536;SA=451|406;SB=0.52625;AB=0.49681;ABR=389;ABA=392;RUN=1;SNP;TS
77 20 69408 . C T 99.0 PASS NS=366;DP=2154;AC=38;AN=732;AF=0.051913;RA=2013;AA=133;SR=894|1119;SA=60|73;SB=0.45113;AB=0.51685;ABR=138;ABA=128;RUN=1;SNP;TS;CpG
78 20 70785 . A G 99.0 PASS NS=368;DP=1990;AC=14;AN=736;AF=0.019022;RA=1938;AA=40;SR=1005|933;SA=20|20;SB=0.5;AB=0.51852;ABR=42;ABA=38;RUN=1;SNP;TS
79 20 70920 . A G 99.0 PASS NS=368;DP=2172;AC=13;AN=736;AF=0.017663;RA=2121;AA=45;SR=1084|1037;SA=24|21;SB=0.53333;AB=0.38462;ABR=25;ABA=40;RUN=2;SNP;TS
80 20 70980 . G A 99.0 PASS NS=368;DP=2339;AC=39;AN=736;AF=0.052989;RA=2221;AA=106;SR=1223|998;SA=71|35;SB=0.66981;AB=0.57416;ABR=120;ABA=89;RUN=1;SNP;TS
81 20 71079 . C T 99.0 PASS NS=370;DP=2338;AC=60;AN=740;AF=0.081081;RA=2168;AA=166;SR=1421|747;SA=102|64;SB=0.61446;AB=0.53086;ABR=129;ABA=113;RUN=1;SNP;TS
82 20 71093 . G A 99.0 PASS NS=365;DP=2393;AC=93;AN=730;AF=0.1274;RA=2085;AA=299;SR=1382|703;SA=194|105;SB=0.64883;AB=0.5317;ABR=260;ABA=225;RUN=1;SNP;TS
83 20 71549 . G T 99.0 PASS NS=370;DP=2354;AC=49;AN=740;AF=0.066216;RA=2139;AA=210;SR=769|1370;SA=208|2;SB=0.99048;AB=0.68065;ABR=211;ABA=99;RUN=4;SNP;TV
84 20 72036 . G A 99.0 PASS NS=349;DP=2037;AC=6;AN=698;AF=0.008596;RA=2022;AA=11;SR=1106|916;SA=5|6;SB=0.45455;AB=0.60714;ABR=17;ABA=11;RUN=1;SNP;TS;CpG
85 20 72632 . G T 99.0 PASS NS=367;DP=2170;AC=21;AN=734;AF=0.02861;RA=2099;AA=67;SR=1017|1082;SA=36|31;SB=0.53731;AB=0.54167;ABR=65;ABA=55;RUN=2;SNP;TV
86 20 72665 . G A 99.0 PASS NS=365;DP=2216;AC=3;AN=730;AF=0.0041096;RA=2198;AA=11;SR=1006|1192;SA=3|8;SB=0.27273;AB=0.5;ABR=10;ABA=10;RUN=2;SNP;TS
87 20 72719 . C T 99.0 PASS NS=360;DP=2045;AC=12;AN=720;AF=0.016667;RA=2005;AA=33;SR=968|1037;SA=19|14;SB=0.57576;AB=0.52174;ABR=36;ABA=32;RUN=3;SNP;TS
88 20 72892 . G A 99.0 PASS NS=365;DP=2011;AC=36;AN=730;AF=0.049315;RA=1913;AA=88;SR=863|1050;SA=43|45;SB=0.48864;AB=0.56647;ABR=98;ABA=73;RUN=5;SNP;TS
89 20 73719 . C A 99.0 PASS NS=277;DP=997;AC=18;AN=554;AF=0.032491;RA=964;AA=30;SR=443|521;SA=18|12;SB=0.6;AB=0.40909;ABR=9;ABA=13;RUN=1;SNP;TV
90 20 73852 . T G 99.0 PASS NS=335;DP=1416;AC=7;AN=670;AF=0.010448;RA=1377;AA=28;SR=855|522;SA=8|20;SB=0.28571;AB=0.375;ABR=9;ABA=15;RUN=2;SNP;TV
91 20 73858 . C T 96.7 PASS NS=341;DP=1497;AC=9;AN=682;AF=0.013196;RA=1483;AA=13;SR=916|567;SA=8|5;SB=0.61538;AB=0.64516;ABR=20;ABA=11;RUN=1;SNP;TS
92 20 74247 . T C 99.0 PASS NS=365;DP=2372;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2353;AA=9;SR=1194|1159;SA=2|7;SB=0.22222;AB=0.3;ABR=3;ABA=7;RUN=1;SNP;TS;CpG
93 20 74347 . G A 99.0 PASS NS=371;DP=2504;AC=76;AN=742;AF=0.10243;RA=2237;AA=253;SR=1152|1085;SA=127|126;SB=0.50198;AB=0.52459;ABR=224;ABA=203;RUN=1;SNP;TS
94 20 75254 . C A 99.0 PASS NS=362;DP=2018;AC=255;AN=724;AF=0.35221;RA=1339;AA=657;SR=615|724;SA=345|312;SB=0.52511;AB=0.52083;ABR=450;ABA=401;RUN=2;SNP;TV
95 20 75516 . A G 99.0 PASS NS=369;DP=2296;AC=5;AN=738;AF=0.0067751;RA=2273;AA=14;SR=1217|1056;SA=3|11;SB=0.21429;AB=0.42105;ABR=8;ABA=11;RUN=1;SNP;TS
96 20 75729 . C G 99.0 PASS NS=368;DP=2200;AC=13;AN=736;AF=0.017663;RA=2156;AA=37;SR=1063|1093;SA=19|18;SB=0.51351;AB=0.50667;ABR=38;ABA=36;RUN=1;SNP;TV
97 20 75999 . T C 99.0 PASS NS=371;DP=2394;AC=21;AN=742;AF=0.028302;RA=2315;AA=63;SR=1290|1025;SA=41|22;SB=0.65079;AB=0.50794;ABR=64;ABA=61;RUN=1;SNP;TS
98 20 76388 . G A 99.0 PASS NS=371;DP=2615;AC=3;AN=742;AF=0.0040431;RA=2588;AA=14;SR=1183|1405;SA=7|7;SB=0.5;AB=0.54167;ABR=13;ABA=11;RUN=1;SNP;TS;CpG
99 20 76526 . G A 97.7 PASS NS=365;DP=2372;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2355;AA=6;SR=1100|1255;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0.625;ABR=10;ABA=6;RUN=1;SNP;TS
100 20 76915 . A G 99.0 PASS NS=366;DP=2285;AC=3;AN=732;AF=0.0040984;RA=2256;AA=11;SR=1262|994;SA=8|3;SB=0.72727;AB=0.5;ABR=10;ABA=9;RUN=1;SNP;TS
101 20 76962 . T C 99.0 PASS NS=369;DP=2127;AC=599;AN=738;AF=0.81165;RA=436;AA=1670;SR=226|210;SA=898|772;SB=0.53772;AB=0.51024;ABR=299;ABA=281;RUN=2;SNP;TS;CpG
102 20 77025 . A G 99.0 PASS NS=370;DP=2398;AC=4;AN=740;AF=0.0054054;RA=2351;AA=24;SR=1035|1316;SA=5|19;SB=0.20833;AB=0.57143;ABR=24;ABA=18;RUN=1;SNP;TS;CpG
103 20 77816 . G A 99.0 PASS NS=369;DP=2224;AC=16;AN=738;AF=0.02168;RA=2161;AA=45;SR=1004|1157;SA=21|24;SB=0.46667;AB=0.53571;ABR=45;ABA=37;RUN=1;SNP;TS
104 20 78254 . C T 99.0 PASS NS=345;DP=1534;AC=11;AN=690;AF=0.015942;RA=1494;AA=34;SR=751|743;SA=18|16;SB=0.52941;AB=0.58824;ABR=50;ABA=34;RUN=1;SNP;TS
105 20 78455 . G A 99.0 PASS NS=342;DP=1209;AC=3;AN=684;AF=0.004386;RA=1190;AA=12;SR=657|533;SA=5|7;SB=0.41667;AB=0.45;ABR=9;ABA=11;RUN=1;SNP;TS;CpG
106 20 79234 . T C 99.0 PASS NS=185;DP=299;AC=221;AN=370;AF=0.5973;RA=126;AA=171;SR=83|43;SA=113|58;SB=0.66082;AB=0.57447;ABR=27;ABA=20;RUN=1;SNP;TS
107 20 80071 . G A 99.0 PASS NS=299;DP=809;AC=271;AN=598;AF=0.45318;RA=473;AA=335;SR=453|20;SA=325|10;SB=0.97015;AB=0.53559;ABR=158;ABA=137;RUN=1;SNP;TS
108 20 80481 . G C 99.0 PASS NS=368;DP=2442;AC=48;AN=736;AF=0.065217;RA=2286;AA=149;SR=1092|1194;SA=62|87;SB=0.41611;AB=0.50794;ABR=128;ABA=122;RUN=1;SNP;TV
109 20 80655 . A G 99.0 PASS NS=366;DP=2328;AC=646;AN=732;AF=0.88251;RA=331;AA=1993;SR=147|184;SA=829|1164;SB=0.41596;AB=0.56156;ABR=260;ABA=203;RUN=1;SNP;TS
110 20 80728 . C G 99.0 PASS NS=366;DP=2029;AC=17;AN=732;AF=0.023224;RA=1969;AA=56;SR=983|986;SA=27|29;SB=0.48214;AB=0.5045;ABR=56;ABA=55;RUN=1;SNP;TV
111 20 81071 . A G 99.0 PASS NS=363;DP=1794;AC=6;AN=726;AF=0.0082645;RA=1756;AA=20;SR=873|883;SA=8|12;SB=0.4;AB=0.38462;ABR=10;ABA=16;RUN=1;SNP;TS
112 20 81298 . G A 99.0 PASS NS=360;DP=1942;AC=5;AN=720;AF=0.0069444;RA=1923;AA=17;SR=1058|865;SA=11|6;SB=0.64706;AB=0.40909;ABR=9;ABA=13;RUN=1;SNP;TS
113 20 82215 . G A 99.0 PASS NS=313;DP=849;AC=97;AN=626;AF=0.15495;RA=715;AA=126;SR=411|304;SA=85|41;SB=0.6746;AB=0.49645;ABR=70;ABA=71;RUN=1;SNP;TS;CpG
114 20 82217 . G A 99.0 PASS NS=314;DP=864;AC=493;AN=628;AF=0.78503;RA=182;AA=666;SR=108|74;SA=392|274;SB=0.58859;AB=0.46875;ABR=75;ABA=83;RUN=1;SNP;TS;CpG
115 20 82223 . C T 99.0 PASS NS=325;DP=994;AC=20;AN=650;AF=0.030769;RA=956;AA=34;SR=548|408;SA=18|16;SB=0.52941;AB=0.53488;ABR=23;ABA=19;RUN=1;SNP;TS
116 20 82416 . T C 99.0 PASS NS=369;DP=1849;AC=16;AN=738;AF=0.02168;RA=1813;AA=31;SR=1060|753;SA=14|17;SB=0.45161;AB=0.57627;ABR=34;ABA=25;RUN=1;SNP;TS
117 20 82701 . T C 99.0 PASS NS=351;DP=1848;AC=103;AN=702;AF=0.14672;RA=1578;AA=267;SR=848|730;SA=159|108;SB=0.59551;AB=0.5063;ABR=241;ABA=235;RUN=1;SNP;TS
118 20 82898 . C T 99.0 PASS NS=367;DP=2131;AC=3;AN=734;AF=0.0040872;RA=2111;AA=11;SR=1035|1076;SA=7|4;SB=0.63636;AB=0.68966;ABR=20;ABA=9;RUN=3;SNP;TS
119 20 83196 . A T 99.0 PASS NS=368;DP=1931;AC=14;AN=736;AF=0.019022;RA=1884;AA=39;SR=936|948;SA=18|21;SB=0.46154;AB=0.47619;ABR=30;ABA=33;RUN=3;SNP;TV
120 20 83570 . T G 99.0 PASS NS=366;DP=2101;AC=53;AN=732;AF=0.072404;RA=1942;AA=152;SR=1026|916;SA=88|64;SB=0.57895;AB=0.47685;ABR=103;ABA=113;RUN=3;SNP;TV
121 20 83611 . C A 99.0 PASS NS=367;DP=2005;AC=13;AN=734;AF=0.017711;RA=1959;AA=41;SR=1062|897;SA=20|21;SB=0.4878;AB=0.51852;ABR=42;ABA=38;RUN=1;SNP;TV
122 20 83929 . G A 99.0 PASS NS=365;DP=2235;AC=2;AN=730;AF=0.0027397;RA=2216;AA=10;SR=999|1217;SA=2|8;SB=0.2;AB=0.61538;ABR=16;ABA=10;RUN=1;SNP;TS
123 20 83996 . C G 99.0 PASS NS=366;DP=2129;AC=25;AN=732;AF=0.034153;RA=2061;AA=56;SR=1024|1037;SA=22|34;SB=0.39286;AB=0.5283;ABR=56;ABA=50;RUN=1;SNP;TV
124 20 84201 . G A 99.0 PASS NS=355;DP=1809;AC=4;AN=710;AF=0.0056338;RA=1784;AA=14;SR=830|954;SA=9|5;SB=0.64286;AB=0.5;ABR=11;ABA=11;RUN=2;SNP;TS
125 20 84666 . G A 99.0 PASS NS=368;DP=2163;AC=3;AN=736;AF=0.0040761;RA=2140;AA=15;SR=1118|1022;SA=6|9;SB=0.4;AB=0.28571;ABR=4;ABA=10;RUN=4;SNP;TS;CpG
126 20 84892 . C T 99.0 PASS NS=368;DP=2536;AC=8;AN=736;AF=0.01087;RA=2499;AA=25;SR=1170|1329;SA=12|13;SB=0.48;AB=0.55102;ABR=27;ABA=21;RUN=1;SNP;TS
127 20 84906 . T C 99.0 PASS NS=369;DP=2485;AC=7;AN=738;AF=0.0094851;RA=2422;AA=30;SR=1127|1295;SA=20|10;SB=0.66667;AB=0.58491;ABR=31;ABA=20;RUN=1;SNP;TS;CpG
128 20 85116 . C T 99.0 PASS NS=367;DP=2259;AC=49;AN=734;AF=0.066757;RA=2119;AA=129;SR=989|1130;SA=54|75;SB=0.4186;AB=0.50679;ABR=112;ABA=106;RUN=1;SNP;TS
129 20 85937 . G C 99.0 PASS NS=369;DP=2379;AC=3;AN=738;AF=0.004065;RA=2348;AA=15;SR=1362|986;SA=9|6;SB=0.6;AB=0.38095;ABR=8;ABA=13;RUN=1;SNP;TV
130 20 86115 . G A 99.0 PASS NS=356;DP=2026;AC=16;AN=712;AF=0.022472;RA=1969;AA=51;SR=1039|930;SA=28|23;SB=0.54902;AB=0.48837;ABR=42;ABA=44;RUN=1;SNP;TS;CpG
131 20 87112 . G A 99.0 PASS NS=350;DP=1657;AC=181;AN=700;AF=0.25857;RA=1252;AA=400;SR=740|512;SA=233|167;SB=0.5825;AB=0.51139;ABR=247;ABA=236;RUN=4;SNP;TS;CpG
132 20 87254 . C T 99.0 PASS NS=333;DP=1705;AC=3;AN=666;AF=0.0045045;RA=1687;AA=11;SR=755|932;SA=5|6;SB=0.45455;AB=0.5;ABR=4;ABA=4;RUN=2;SNP;TS
133 20 87362 . A G 99.0 PASS NS=345;DP=1823;AC=26;AN=690;AF=0.037681;RA=1732;AA=89;SR=879|853;SA=46|43;SB=0.51685;AB=0.46809;ABR=66;ABA=75;RUN=1;SNP;TS
134 20 87416 . A C 99.0 PASS NS=357;DP=1755;AC=511;AN=714;AF=0.71569;RA=537;AA=1217;SR=259|278;SA=650|567;SB=0.5341;AB=0.48414;ABR=290;ABA=309;RUN=3;SNP;TV
135 20 87790 . C T 99.0 PASS NS=345;DP=1766;AC=16;AN=690;AF=0.023188;RA=1705;AA=49;SR=867|838;SA=32|17;SB=0.65306;AB=0.5102;ABR=50;ABA=46;RUN=2;SNP;TS
136 20 88072 . C T 99.0 PASS NS=372;DP=2307;AC=6;AN=744;AF=0.0080645;RA=2286;AA=17;SR=1310|976;SA=6|11;SB=0.35294;AB=0.54545;ABR=18;ABA=15;RUN=1;SNP;TS;CpG
137 20 88155 . T C 99.0 PASS NS=364;DP=2136;AC=17;AN=728;AF=0.023352;RA=2082;AA=41;SR=1144|938;SA=30|11;SB=0.73171;AB=0.60494;ABR=49;ABA=32;RUN=1;SNP;TS
138 20 88827 . C A 99.0 PASS NS=328;DP=1379;AC=133;AN=656;AF=0.20274;RA=1086;AA=290;SR=531|555;SA=135|155;SB=0.46552;AB=0.4788;ABR=192;ABA=209;RUN=6;SNP;TV
139 20 90008 . C A 99.0 PASS NS=346;DP=1902;AC=69;AN=692;AF=0.099711;RA=1671;AA=228;SR=919|752;SA=125|103;SB=0.54825;AB=0.48;ABR=168;ABA=182;RUN=4;SNP;TV
140 20 90407 . G A 99.0 PASS NS=368;DP=2398;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2378;AA=11;SR=1117|1261;SA=3|8;SB=0.27273;AB=0.35714;ABR=5;ABA=9;RUN=2;SNP;TS;CpG
141 20 90541 . C T 99.0 PASS NS=371;DP=2334;AC=4;AN=742;AF=0.0053908;RA=2300;AA=23;SR=1229|1071;SA=11|12;SB=0.47826;AB=0.41667;ABR=15;ABA=21;RUN=1;SNP;TS;CpG
142 20 90984 . A G 99.0 PASS NS=361;DP=2035;AC=150;AN=722;AF=0.20776;RA=1619;AA=410;SR=766|853;SA=181|229;SB=0.44146;AB=0.5;ABR=331;ABA=330;RUN=1;SNP;TS
143 20 91088 . C T 99.0 PASS NS=363;DP=2177;AC=616;AN=726;AF=0.84848;RA=386;AA=1782;SR=187|199;SA=833|949;SB=0.46745;AB=0.49684;ABR=236;ABA=239;RUN=1;SNP;TS
144 20 91227 . C T 99.0 PASS NS=369;DP=2355;AC=25;AN=738;AF=0.033875;RA=2274;AA=74;SR=1302|972;SA=44|30;SB=0.59459;AB=0.46018;ABR=52;ABA=61;RUN=3;SNP;TS
145 20 91346 . G A 99.0 PASS NS=369;DP=2207;AC=150;AN=738;AF=0.20325;RA=1744;AA=456;SR=974|770;SA=250|206;SB=0.54825;AB=0.49656;ABR=361;ABA=363;RUN=2;SNP;TS
146 20 91508 . G A 99.0 PASS NS=369;DP=2483;AC=621;AN=738;AF=0.84146;RA=424;AA=2039;SR=222|202;SA=1036|1003;SB=0.50809;AB=0.52604;ABR=303;ABA=270;RUN=1;SNP;TS
147 20 91707 . C T 99.0 PASS NS=369;DP=2273;AC=112;AN=738;AF=0.15176;RA=1930;AA=291;SR=948|982;SA=137|154;SB=0.47079;AB=0.53738;ABR=230;ABA=197;RUN=1;SNP;TS
148 20 91716 . C T 99.0 PASS NS=368;DP=2309;AC=6;AN=736;AF=0.0081522;RA=2285;AA=18;SR=1117|1168;SA=7|11;SB=0.38889;AB=0.60465;ABR=26;ABA=17;RUN=2;SNP;TS
149 20 91951 . G A 99.0 PASS NS=364;DP=2528;AC=3;AN=728;AF=0.0041209;RA=2504;AA=12;SR=1185|1319;SA=5|7;SB=0.41667;AB=0.62069;ABR=18;ABA=11;RUN=1;SNP;TS
150 20 91971 . G A 99.0 PASS NS=367;DP=2448;AC=4;AN=734;AF=0.0054496;RA=2412;AA=26;SR=1136|1276;SA=9|17;SB=0.34615;AB=0.54545;ABR=24;ABA=20;RUN=1;SNP;TS
151 20 91991 . G C 99.0 PASS NS=367;DP=2461;AC=12;AN=734;AF=0.016349;RA=2421;AA=30;SR=1104|1317;SA=12|18;SB=0.4;AB=0.525;ABR=21;ABA=19;RUN=2;SNP;TV
152 20 92080 . T C 99.0 PASS NS=363;DP=2461;AC=10;AN=726;AF=0.013774;RA=2425;AA=32;SR=1182|1243;SA=15|17;SB=0.46875;AB=0.46341;ABR=19;ABA=22;RUN=1;SNP;TS
153 20 92366 . A G 99.0 PASS NS=359;DP=2411;AC=131;AN=718;AF=0.18245;RA=1937;AA=464;SR=930|1007;SA=219|245;SB=0.47198;AB=0.50995;ABR=282;ABA=269;RUN=1;SNP;TS
154 20 92527 . A G 99.0 PASS NS=371;DP=2105;AC=644;AN=742;AF=0.86792;RA=317;AA=1752;SR=144|173;SA=822|930;SB=0.46918;AB=0.51415;ABR=218;ABA=198;RUN=1;SNP;TS;CpG
155 20 92891 . A G 99.0 PASS NS=353;DP=2023;AC=99;AN=706;AF=0.14023;RA=1744;AA=258;SR=877|867;SA=137|121;SB=0.53101;AB=0.47804;ABR=185;ABA=200;RUN=1;SNP;TS
156 20 93169 . C T 99.0 PASS NS=352;DP=2227;AC=25;AN=704;AF=0.035511;RA=2133;AA=88;SR=999|1134;SA=36|52;SB=0.40909;AB=0.44681;ABR=63;ABA=77;RUN=1;SNP;TS
157 20 93327 . T C 99.0 PASS NS=352;DP=1862;AC=25;AN=704;AF=0.035511;RA=1797;AA=60;SR=792|1005;SA=20|40;SB=0.33333;AB=0.53535;ABR=53;ABA=46;RUN=3;SNP;TS
158 20 93406 . T C 99.0 PASS NS=350;DP=1595;AC=7;AN=700;AF=0.01;RA=1573;AA=18;SR=651|922;SA=10|8;SB=0.55556;AB=0.55;ABR=22;ABA=18;RUN=1;SNP;TS
159 20 93440 . A G 99.0 PASS NS=327;DP=1360;AC=157;AN=654;AF=0.24006;RA=1041;AA=315;SR=395|646;SA=136|179;SB=0.43175;AB=0.50992;ABR=180;ABA=172;RUN=2;SNP;TS
160 20 93499 . T C 99.0 PASS NS=365;DP=1887;AC=82;AN=730;AF=0.11233;RA=1681;AA=203;SR=679|1002;SA=79|124;SB=0.38916;AB=0.48855;ABR=128;ABA=134;RUN=1;SNP;TS;CpG
161 20 93718 . T C 99.0 PASS NS=260;DP=565;AC=55;AN=520;AF=0.10577;RA=498;AA=64;SR=267|231;SA=37|27;SB=0.57812;AB=0.5;ABR=30;ABA=30;RUN=2;SNP;TS
162 20 93739 . A G 99.0 PASS NS=278;DP=706;AC=75;AN=556;AF=0.13489;RA=582;AA=91;SR=316|266;SA=55|36;SB=0.6044;AB=0.48235;ABR=41;ABA=44;RUN=1;SNP;TS;CpG
163 20 93931 . G A 99.0 PASS NS=325;DP=1064;AC=167;AN=650;AF=0.25692;RA=811;AA=248;SR=366|445;SA=126|122;SB=0.50806;AB=0.55128;ABR=129;ABA=105;RUN=1;SNP;TS
164 20 94036 . G A 99.0 PASS NS=355;DP=1929;AC=25;AN=710;AF=0.035211;RA=1850;AA=68;SR=1138|712;SA=44|24;SB=0.64706;AB=0.48958;ABR=47;ABA=49;RUN=1;SNP;TS
165 20 94091 . T C 99.0 PASS NS=363;DP=1926;AC=93;AN=726;AF=0.1281;RA=1686;AA=228;SR=919|767;SA=116|112;SB=0.50877;AB=0.4822;ABR=149;ABA=156;RUN=1;SNP;TS
166 20 94528 . T G 99.0 PASS NS=349;DP=1836;AC=84;AN=698;AF=0.12034;RA=1656;AA=177;SR=898|758;SA=96|81;SB=0.54237;AB=0.52747;ABR=144;ABA=129;RUN=1;SNP;TV
167 20 94592 . T A 99.0 PASS NS=365;DP=2021;AC=89;AN=730;AF=0.12192;RA=1806;AA=212;SR=1024|782;SA=123|89;SB=0.58019;AB=0.5216;ABR=169;ABA=155;RUN=3;SNP;TV
168 20 94624 . G T 99.0 PASS NS=361;DP=1991;AC=15;AN=722;AF=0.020776;RA=1949;AA=39;SR=1051|898;SA=25|14;SB=0.64103;AB=0.5;ABR=17;ABA=17;RUN=2;SNP;TV
169 20 94704 . G A 99.0 PASS NS=361;DP=2028;AC=2;AN=722;AF=0.0027701;RA=2015;AA=8;SR=958|1057;SA=4|4;SB=0.5;AB=0.41667;ABR=5;ABA=7;RUN=1;SNP;TS;CpG
170 20 94760 . A G 99.0 PASS NS=356;DP=2012;AC=22;AN=712;AF=0.030899;RA=1957;AA=50;SR=987|970;SA=19|31;SB=0.38;AB=0.55046;ABR=60;ABA=48;RUN=2;SNP;TS
171 20 94952 . G T 99.0 PASS NS=360;DP=2103;AC=157;AN=720;AF=0.21806;RA=1678;AA=422;SR=854|824;SA=209|213;SB=0.49526;AB=0.49323;ABR=255;ABA=262;RUN=3;SNP;TV
172 20 95093 . T G 99.0 PASS NS=364;DP=1944;AC=95;AN=728;AF=0.13049;RA=1730;AA=212;SR=840|890;SA=99|113;SB=0.46698;AB=0.46619;ABR=131;ABA=150;RUN=1;SNP;TV
173 20 95627 . C T 99.0 PASS NS=368;DP=2216;AC=6;AN=736;AF=0.0081522;RA=2175;AA=22;SR=1082|1093;SA=10|12;SB=0.45455;AB=0.40541;ABR=15;ABA=21;RUN=1;SNP;TS;CpG
174 20 96369 . A G 99.0 PASS NS=366;DP=2148;AC=9;AN=732;AF=0.012295;RA=2087;AA=37;SR=1003|1084;SA=14|23;SB=0.37838;AB=0.5;ABR=21;ABA=20;RUN=2;SNP;TS;CpG
175 20 96923 . C A 99.0 PASS NS=363;DP=2448;AC=20;AN=726;AF=0.027548;RA=2358;AA=85;SR=1286|1072;SA=56|29;SB=0.65882;AB=0.45385;ABR=59;ABA=71;RUN=2;SNP;TV
176 20 96931 . A G 99.0 PASS NS=365;DP=2424;AC=256;AN=730;AF=0.35068;RA=1586;AA=831;SR=882|704;SA=463|368;SB=0.55716;AB=0.50916;ABR=389;ABA=373;RUN=1;SNP;TS;CpG
177 20 97122 . C T 99.0 PASS NS=366;DP=2087;AC=168;AN=732;AF=0.22951;RA=1606;AA=470;SR=818|788;SA=230|240;SB=0.48936;AB=0.49234;ABR=257;ABA=261;RUN=1;SNP;TS
178 20 97371 . G A 99.0 PASS NS=365;DP=2386;AC=16;AN=730;AF=0.021918;RA=2319;AA=54;SR=1350|969;SA=26|28;SB=0.48148;AB=0.48958;ABR=47;ABA=49;RUN=1;SNP;TS
179 20 97394 . A G 99.0 PASS NS=346;DP=2074;AC=185;AN=692;AF=0.26734;RA=1552;AA=509;SR=904|648;SA=280|229;SB=0.5501;AB=0.46933;ABR=176;ABA=199;RUN=2;SNP;TS;CpG
180 20 98008 . T C 99.0 PASS NS=335;DP=1359;AC=19;AN=670;AF=0.028358;RA=1305;AA=48;SR=640|665;SA=24|24;SB=0.5;AB=0.48571;ABR=34;ABA=36;RUN=3;SNP;TS
181 20 98439 . T C 99.0 PASS NS=369;DP=2319;AC=29;AN=738;AF=0.039295;RA=2221;AA=84;SR=1227|994;SA=55|29;SB=0.65476;AB=0.56627;ABR=94;ABA=71;RUN=1;SNP;TS
182 20 98447 . T G 99.0 PASS NS=371;DP=2416;AC=29;AN=742;AF=0.039084;RA=2311;AA=89;SR=1239|1072;SA=49|40;SB=0.55056;AB=0.52941;ABR=81;ABA=72;RUN=2;SNP;TV
183 20 98491 . C T 99.0 PASS NS=370;DP=2385;AC=2;AN=740;AF=0.0027027;RA=2364;AA=8;SR=1167|1197;SA=6|2;SB=0.75;AB=0.55556;ABR=10;ABA=8;RUN=1;SNP;TS
184 20 98688 . T C 99.0 PASS NS=362;DP=2160;AC=28;AN=724;AF=0.038674;RA=2090;AA=64;SR=1092|998;SA=29|35;SB=0.45312;AB=0.54839;ABR=68;ABA=55;RUN=2;SNP;TS;CpG
185 20 98741 . C T 99.0 PASS NS=367;DP=2469;AC=26;AN=734;AF=0.035422;RA=2377;AA=81;SR=1083|1294;SA=40|41;SB=0.49383;AB=0.51538;ABR=67;ABA=63;RUN=2;SNP;TS;CpG
186 20 98792 . G C 99.0 PASS NS=371;DP=2401;AC=32;AN=742;AF=0.043127;RA=2291;AA=92;SR=1124|1167;SA=41|51;SB=0.44565;AB=0.52632;ABR=80;ABA=70;RUN=1;SNP;TV
187 20 98930 . G A 99.0 PASS NS=370;DP=2431;AC=159;AN=740;AF=0.21486;RA=1920;AA=502;SR=1041|879;SA=269|233;SB=0.53586;AB=0.54773;ABR=350;ABA=287;RUN=1;SNP;TS
188 20 98957 . A G 99.0 PASS NS=370;DP=2423;AC=2;AN=740;AF=0.0027027;RA=2404;AA=13;SR=1270|1134;SA=6|7;SB=0.46154;AB=0.41176;ABR=7;ABA=10;RUN=1;SNP;TS
189 20 99500 . C A 99.0 PASS NS=366;DP=2130;AC=35;AN=732;AF=0.047814;RA=2048;AA=75;SR=792|1256;SA=26|49;SB=0.34667;AB=0.512;ABR=64;ABA=60;RUN=1;SNP;TV
190 20 99667 . C T 99.0 PASS NS=367;DP=2225;AC=5;AN=734;AF=0.006812;RA=2197;AA=21;SR=1101|1096;SA=9|12;SB=0.42857;AB=0.54545;ABR=24;ABA=20;RUN=1;SNP;TS
191 20 99801 . G A 99.0 PASS NS=367;DP=1968;AC=88;AN=734;AF=0.11989;RA=1750;AA=214;SR=977|773;SA=103|111;SB=0.48131;AB=0.46021;ABR=133;ABA=154;RUN=1;SNP;TS
192 20 100190 . A T 99.0 PASS NS=360;DP=2144;AC=20;AN=720;AF=0.027778;RA=2093;AA=43;SR=1027|1066;SA=23|20;SB=0.53488;AB=0.56044;ABR=51;ABA=40;RUN=1;SNP;TV
193 20 100272 . C T 99.0 PASS NS=352;DP=1860;AC=85;AN=704;AF=0.12074;RA=1684;AA=174;SR=855|829;SA=90|84;SB=0.51724;AB=0.48826;ABR=104;ABA=109;RUN=6;SNP;TS
194 20 100279 . T C 99.0 PASS NS=349;DP=1846;AC=9;AN=698;AF=0.012894;RA=1829;AA=13;SR=926|903;SA=3|10;SB=0.23077;AB=0.52381;ABR=11;ABA=10;RUN=2;SNP;TS
195 20 100339 . C A 99.0 PASS NS=356;DP=1834;AC=18;AN=712;AF=0.025281;RA=1785;AA=45;SR=760|1025;SA=16|29;SB=0.35556;AB=0.50667;ABR=38;ABA=37;RUN=2;SNP;TV
196 20 100495 . G A 99.0 PASS NS=359;DP=2056;AC=85;AN=718;AF=0.11838;RA=1866;AA=181;SR=948|918;SA=93|88;SB=0.51381;AB=0.548;ABR=137;ABA=113;RUN=1;SNP;TS
197 20 100505 . T C 99.0 PASS NS=357;DP=2026;AC=83;AN=714;AF=0.11625;RA=1853;AA=167;SR=909|944;SA=83|84;SB=0.49701;AB=0.57025;ABR=138;ABA=104;RUN=1;SNP;TS
198 20 100645 . C T 99.0 PASS NS=355;DP=1769;AC=2;AN=710;AF=0.0028169;RA=1753;AA=12;SR=929|824;SA=8|4;SB=0.66667;AB=0.42857;ABR=9;ABA=12;RUN=1;SNP;TS;CpG
199 20 100678 . C T 99.0 PASS NS=351;DP=1593;AC=77;AN=702;AF=0.10969;RA=1411;AA=177;SR=563|848;SA=177|0;SB=1;AB=0.69182;ABR=220;ABA=97;RUN=4;SNP;TS
200 20 100699 . C T 99.0 PASS NS=348;DP=1572;AC=178;AN=696;AF=0.25575;RA=1157;AA=387;SR=473|684;SA=178|209;SB=0.45995;AB=0.49265;ABR=201;ABA=204;RUN=2;SNP;TS
201 20 100767 . T G 99.0 PASS NS=355;DP=1827;AC=8;AN=710;AF=0.011268;RA=1795;AA=25;SR=765|1030;SA=6|19;SB=0.24;AB=0.45714;ABR=16;ABA=19;RUN=1;SNP;TV
202 20 100854 . T A 93.6 PASS NS=346;DP=1891;AC=1;AN=692;AF=0.0014451;RA=1877;AA=10;SR=914|963;SA=4|6;SB=0.4;AB=0.33333;ABR=4;ABA=8;RUN=2;SNP;TV
203 20 101355 . T C 99.0 PASS NS=362;DP=2122;AC=25;AN=724;AF=0.03453;RA=2066;AA=51;SR=947|1119;SA=17|34;SB=0.33333;AB=0.58036;ABR=65;ABA=47;RUN=1;SNP;TS
204 20 101362 . G A 99.0 PASS NS=362;DP=2073;AC=86;AN=724;AF=0.11878;RA=1825;AA=242;SR=817|1008;SA=107|135;SB=0.44215;AB=0.54505;ABR=242;ABA=202;RUN=3;SNP;TS
205 20 101437 . C T 99.0 PASS NS=364;DP=1982;AC=21;AN=728;AF=0.028846;RA=1917;AA=58;SR=1001|916;SA=24|34;SB=0.41379;AB=0.46667;ABR=42;ABA=48;RUN=1;SNP;TS
206 20 101449 . A G 99.0 PASS NS=362;DP=1984;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=1971;AA=10;SR=1065|906;SA=5|5;SB=0.5;AB=0;ABR=0;ABA=10;RUN=1;SNP;TS
207 20 101513 . T C 99.0 PASS NS=364;DP=2010;AC=3;AN=728;AF=0.0041209;RA=1985;AA=11;SR=952|1033;SA=4|7;SB=0.36364;AB=0.47059;ABR=8;ABA=9;RUN=1;SNP;TS
208 20 101905 . G C 99.0 PASS NS=370;DP=2159;AC=13;AN=740;AF=0.017568;RA=2107;AA=46;SR=1075|1032;SA=30|16;SB=0.65217;AB=0.46988;ABR=39;ABA=44;RUN=1;SNP;TV
209 20 101918 . C T 99.0 PASS NS=368;DP=2159;AC=29;AN=736;AF=0.039402;RA=2069;AA=83;SR=1068|1001;SA=46|37;SB=0.55422;AB=0.59296;ABR=118;ABA=80;RUN=3;SNP;TS
210 20 102181 . T C 99.0 PASS NS=370;DP=2299;AC=310;AN=740;AF=0.41892;RA=1354;AA=940;SR=740|614;SA=508|432;SB=0.54043;AB=0.51446;ABR=427;ABA=401;RUN=2;SNP;TS
211 20 102203 . T C 99.0 PASS NS=369;DP=2327;AC=7;AN=738;AF=0.0094851;RA=2305;AA=15;SR=1223|1082;SA=11|4;SB=0.73333;AB=0.72727;ABR=24;ABA=9;RUN=2;SNP;TS
212 20 102441 . T C 99.0 PASS NS=370;DP=2720;AC=18;AN=740;AF=0.024324;RA=2616;AA=92;SR=1328|1288;SA=36|56;SB=0.3913;AB=0.51075;ABR=95;ABA=91;RUN=1;SNP;TS
213 20 102464 . G C 99.0 PASS NS=368;DP=2753;AC=4;AN=736;AF=0.0054348;RA=2720;AA=13;SR=1339|1381;SA=9|4;SB=0.69231;AB=0.56667;ABR=17;ABA=13;RUN=1;SNP;TV
214 20 102524 . A G 99.0 PASS NS=370;DP=2710;AC=31;AN=740;AF=0.041892;RA=2605;AA=99;SR=1195|1410;SA=45|54;SB=0.45455;AB=0.54082;ABR=106;ABA=90;RUN=1;SNP;TS
215 20 102799 . G A 99.0 PASS NS=367;DP=2411;AC=188;AN=734;AF=0.25613;RA=1818;AA=585;SR=812|1006;SA=250|335;SB=0.42735;AB=0.49346;ABR=377;ABA=383;RUN=1;SNP;TS
216 20 103308 . A T 99.0 PASS NS=367;DP=1956;AC=21;AN=734;AF=0.02861;RA=1908;AA=46;SR=920|988;SA=23|23;SB=0.5;AB=0.56061;ABR=37;ABA=29;RUN=1;SNP;TV
217 20 103351 . C A 99.0 PASS NS=362;DP=2013;AC=23;AN=724;AF=0.031768;RA=1954;AA=58;SR=1062|892;SA=37|21;SB=0.63793;AB=0.49438;ABR=44;ABA=45;RUN=4;SNP;TV
218 20 103487 . A G 99.0 PASS NS=367;DP=2018;AC=26;AN=734;AF=0.035422;RA=1949;AA=62;SR=873|1076;SA=26|36;SB=0.41935;AB=0.52577;ABR=51;ABA=46;RUN=1;SNP;TS
219 20 103517 . A T 99.0 PASS NS=362;DP=1991;AC=307;AN=724;AF=0.42403;RA=1246;AA=741;SR=604|642;SA=340|401;SB=0.45884;AB=0.49821;ABR=278;ABA=279;RUN=1;SNP;TV
220 20 103642 . C G 99.0 PASS NS=361;DP=1999;AC=90;AN=722;AF=0.12465;RA=1791;AA=200;SR=906|885;SA=106|94;SB=0.53;AB=0.50545;ABR=139;ABA=134;RUN=1;SNP;TV
221 20 103813 . G A 99.0 PASS NS=362;DP=1974;AC=23;AN=724;AF=0.031768;RA=1909;AA=59;SR=1009|900;SA=35|24;SB=0.59322;AB=0.58779;ABR=77;ABA=54;RUN=1;SNP;TS
222 20 104114 . G C 99.0 PASS NS=361;DP=2017;AC=4;AN=722;AF=0.0055402;RA=2002;AA=12;SR=921|1081;SA=3|9;SB=0.25;AB=0.5;ABR=11;ABA=11;RUN=1;SNP;TV
223 20 104520 . A G 99.0 PASS NS=366;DP=2249;AC=90;AN=732;AF=0.12295;RA=1999;AA=247;SR=942|1057;SA=126|121;SB=0.51012;AB=0.52493;ABR=200;ABA=181;RUN=2;SNP;TS
224 20 104534 . T C 99.0 PASS NS=371;DP=2257;AC=27;AN=742;AF=0.036388;RA=2156;AA=93;SR=1027|1129;SA=49|44;SB=0.52688;AB=0.51852;ABR=84;ABA=78;RUN=1;SNP;TS
225 20 104604 . T C 99.0 PASS NS=364;DP=2148;AC=30;AN=728;AF=0.041209;RA=2078;AA=61;SR=1065|1013;SA=29|32;SB=0.47541;AB=0.52632;ABR=50;ABA=42;RUN=1;SNP;TS;CpG
226 20 104899 . C T 99.0 PASS NS=358;DP=1718;AC=155;AN=716;AF=0.21648;RA=1331;AA=378;SR=675|656;SA=191|187;SB=0.50529;AB=0.49703;ABR=251;ABA=251;RUN=2;SNP;TS
227 20 106098 . A G 99.0 PASS NS=362;DP=1933;AC=14;AN=724;AF=0.019337;RA=1875;AA=55;SR=915|960;SA=20|35;SB=0.36364;AB=0.43023;ABR=37;ABA=49;RUN=1;SNP;TS
228 20 106411 . C A 99.0 PASS NS=353;DP=1798;AC=6;AN=706;AF=0.0084986;RA=1782;AA=15;SR=908|874;SA=8|7;SB=0.53333;AB=0.5;ABR=13;ABA=13;RUN=3;SNP;TV
229 20 106613 . A G 99.0 PASS NS=363;DP=1933;AC=17;AN=726;AF=0.023416;RA=1878;AA=52;SR=795|1083;SA=23|29;SB=0.44231;AB=0.45833;ABR=44;ABA=52;RUN=1;SNP;TS
230 20 106635 . G A 99.0 PASS NS=364;DP=1892;AC=261;AN=728;AF=0.35852;RA=1263;AA=626;SR=506|757;SA=246|380;SB=0.39297;AB=0.48309;ABR=300;ABA=321;RUN=1;SNP;TS;CpG
231 20 107160 . C G 99.0 PASS NS=312;DP=969;AC=4;AN=624;AF=0.0064103;RA=951;AA=12;SR=546|405;SA=5|7;SB=0.41667;AB=0.4;ABR=6;ABA=9;RUN=2;SNP;TV
232 20 107201 . G A 99.0 PASS NS=317;DP=936;AC=24;AN=634;AF=0.037855;RA=883;AA=51;SR=486|397;SA=36|15;SB=0.70588;AB=0.40278;ABR=29;ABA=43;RUN=1;SNP;TS;CpG
233 20 107457 . T C 99.0 PASS NS=350;DP=1623;AC=91;AN=700;AF=0.13;RA=1430;AA=185;SR=730|700;SA=101|84;SB=0.54595;AB=0.52964;ABR=134;ABA=117;RUN=1;SNP;TS
234 20 107613 . T G 99.0 PASS NS=350;DP=1383;AC=68;AN=700;AF=0.097143;RA=1287;AA=95;SR=532|755;SA=36|59;SB=0.37895;AB=0.58621;ABR=68;ABA=48;RUN=1;SNP;TV
235 20 108187 . A G 99.0 PASS NS=357;DP=1712;AC=83;AN=714;AF=0.11625;RA=1508;AA=195;SR=874|634;SA=103|92;SB=0.52821;AB=0.54895;ABR=157;ABA=128;RUN=1;SNP;TS
236 20 108192 . G A 99.0 PASS NS=359;DP=1741;AC=3;AN=718;AF=0.0041783;RA=1721;AA=14;SR=975|746;SA=7|7;SB=0.5;AB=0.33333;ABR=6;ABA=12;RUN=4;SNP;TS
237 20 108286 . T G 99.0 PASS NS=360;DP=1849;AC=159;AN=720;AF=0.22083;RA=1402;AA=404;SR=743|659;SA=205|199;SB=0.50743;AB=0.46593;ABR=253;ABA=274;RUN=1;SNP;TV
238 20 108328 . A C 99.0 PASS NS=362;DP=2007;AC=628;AN=724;AF=0.8674;RA=315;AA=1690;SR=139|176;SA=829|861;SB=0.49053;AB=0.52174;ABR=204;ABA=187;RUN=1;SNP;TV
239 20 108711 . A C 99.0 PASS NS=227;DP=741;AC=10;AN=454;AF=0.022026;RA=723;AA=15;SR=265|458;SA=7|8;SB=0.46667;AB=0.51724;ABR=15;ABA=14;RUN=1;SNP;TV
240 20 108889 . G C 99.0 PASS NS=353;DP=1305;AC=22;AN=706;AF=0.031161;RA=1259;AA=38;SR=644|615;SA=22|16;SB=0.57895;AB=0.5;ABR=21;ABA=21;RUN=2;SNP;TV
241 20 108949 . T G 99.0 PASS NS=329;DP=1082;AC=61;AN=658;AF=0.092705;RA=988;AA=92;SR=653|335;SA=70|22;SB=0.76087;AB=0.53;ABR=53;ABA=47;RUN=1;SNP;TV
242 20 108958 . A C 99.0 PASS NS=324;DP=1013;AC=125;AN=648;AF=0.1929;RA=809;AA=201;SR=551|258;SA=141|60;SB=0.70149;AB=0.5503;ABR=93;ABA=75;RUN=2;SNP;TV
243 20 109272 . C G 99.0 PASS NS=367;DP=2020;AC=90;AN=734;AF=0.12262;RA=1774;AA=241;SR=983|791;SA=127|114;SB=0.52697;AB=0.50142;ABR=177;ABA=175;RUN=2;SNP;TV
244 20 109288 . G C 99.0 PASS NS=364;DP=1921;AC=90;AN=728;AF=0.12363;RA=1686;AA=221;SR=898|788;SA=120|101;SB=0.54299;AB=0.51133;ABR=158;ABA=148;RUN=1;SNP;TV
245 20 109377 . A C 99.0 PASS NS=361;DP=2239;AC=21;AN=722;AF=0.029086;RA=2161;AA=75;SR=1073|1088;SA=46|29;SB=0.61333;AB=0.49635;ABR=68;ABA=68;RUN=2;SNP;TV
246 20 109422 . T A 99.0 PASS NS=366;DP=2242;AC=24;AN=732;AF=0.032787;RA=2159;AA=76;SR=1039|1120;SA=30|46;SB=0.39474;AB=0.48387;ABR=60;ABA=64;RUN=1;SNP;TV
247 20 109783 . T C 99.0 PASS NS=342;DP=1544;AC=26;AN=684;AF=0.038012;RA=1472;AA=66;SR=641|831;SA=28|38;SB=0.42424;AB=0.46364;ABR=51;ABA=57;RUN=2;SNP;TS
248 20 109901 . A G 99.0 PASS NS=364;DP=2112;AC=28;AN=728;AF=0.038462;RA=2028;AA=78;SR=1064|964;SA=39|39;SB=0.5;AB=0.46479;ABR=66;ABA=74;RUN=1;SNP;TS
249 20 110058 . G C 99.0 PASS NS=338;DP=1651;AC=146;AN=676;AF=0.21598;RA=1306;AA=340;SR=717|589;SA=189|151;SB=0.55588;AB=0.4978;ABR=226;ABA=226;RUN=1;SNP;TV
250 20 110082 . A G 99.0 PASS NS=337;DP=1696;AC=5;AN=674;AF=0.0074184;RA=1677;AA=14;SR=1008|669;SA=5|9;SB=0.35714;AB=0.47826;ABR=11;ABA=12;RUN=1;SNP;TS
251 20 110098 . A G 99.0 PASS NS=347;DP=1831;AC=242;AN=694;AF=0.3487;RA=1250;AA=577;SR=767|483;SA=353|224;SB=0.61179;AB=0.51826;ABR=298;ABA=277;RUN=3;SNP;TS
252 20 110366 . C A 99.0 PASS NS=340;DP=1634;AC=7;AN=680;AF=0.010294;RA=1602;AA=28;SR=724|878;SA=18|10;SB=0.64286;AB=0.39474;ABR=15;ABA=23;RUN=3;SNP;TV
253 20 110702 . C T 99.0 PASS NS=244;DP=491;AC=104;AN=488;AF=0.21311;RA=368;AA=102;SR=39|329;SA=6|96;SB=0.058824;AB=0.50617;ABR=41;ABA=38;RUN=1;SNP;TS;CpG
254 20 110875 . C T 99.0 PASS NS=165;DP=461;AC=14;AN=330;AF=0.042424;RA=439;AA=21;SR=7|432;SA=0|21;SB=0;AB=0.52941;ABR=18;ABA=16;RUN=2;SNP;TS;CpG
255 20 110970 . G A 99.0 PASS NS=88;DP=160;AC=37;AN=176;AF=0.21023;RA=125;AA=32;SR=6|119;SA=0|32;SB=0;AB=0.54545;ABR=12;ABA=9;RUN=1;SNP;TS;CpG
256 20 110979 . A G 99.0 PASS NS=41;DP=61;AC=39;AN=82;AF=0.47561;RA=29;AA=30;SR=4|25;SA=0|30;SB=0;AB=0.375;ABR=3;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
257 20 116545 . G A 95.2 PASS NS=65;DP=84;AC=19;AN=130;AF=0.14615;RA=70;AA=13;SR=67|3;SA=13|0;SB=1;AB=0.5;ABR=3;ABA=3;RUN=1;SNP;TS;CpG
258 20 116787 . A G 99.0 PASS NS=293;DP=885;AC=195;AN=586;AF=0.33276;RA=619;AA=263;SR=450|169;SA=196|67;SB=0.74525;AB=0.52709;ABR=107;ABA=95;RUN=2;SNP;TS;CpG
259 20 117254 . T C 99.0 PASS NS=360;DP=1886;AC=3;AN=720;AF=0.0041667;RA=1869;AA=10;SR=1183|686;SA=6|4;SB=0.6;AB=0.6087;ABR=14;ABA=9;RUN=1;SNP;TS
260 20 117290 . T G 99.0 PASS NS=358;DP=1981;AC=49;AN=716;AF=0.068436;RA=1888;AA=79;SR=1178|710;SA=41|38;SB=0.51899;AB=0.7807;ABR=267;ABA=74;RUN=2;SNP;TV
261 20 117719 . T C 99.0 PASS NS=363;DP=2041;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=2030;AA=8;SR=948|1082;SA=7|1;SB=0.875;AB=0.36364;ABR=4;ABA=7;RUN=2;SNP;TS
262 20 117892 . C T 99.0 PASS NS=363;DP=2099;AC=4;AN=726;AF=0.0055096;RA=2082;AA=14;SR=1169|913;SA=6|8;SB=0.42857;AB=0.56667;ABR=17;ABA=13;RUN=1;SNP;TS;CpG
263 20 118008 . G A 99.0 PASS NS=369;DP=2249;AC=98;AN=738;AF=0.13279;RA=1978;AA=264;SR=1025|953;SA=161|103;SB=0.60985;AB=0.51459;ABR=194;ABA=183;RUN=1;SNP;TS
264 20 118087 . A G 99.0 PASS NS=366;DP=2284;AC=95;AN=732;AF=0.12978;RA=1966;AA=308;SR=1170|796;SA=194|114;SB=0.62987;AB=0.51454;ABR=230;ABA=214;RUN=1;SNP;TS;CpG
265 20 118150 . A G 99.0 PASS NS=366;DP=2270;AC=96;AN=732;AF=0.13115;RA=1946;AA=312;SR=1208|738;SA=191|121;SB=0.61218;AB=0.50302;ABR=250;ABA=246;RUN=1;SNP;TS;CpG
266 20 118222 . A G 99.0 PASS NS=367;DP=2462;AC=20;AN=734;AF=0.027248;RA=2368;AA=84;SR=1080|1288;SA=41|43;SB=0.4881;AB=0.47134;ABR=74;ABA=82;RUN=1;SNP;TS;CpG
267 20 118410 . T C 99.0 PASS NS=366;DP=2417;AC=3;AN=732;AF=0.0040984;RA=2365;AA=26;SR=1156|1209;SA=17|9;SB=0.65385;AB=0.52174;ABR=12;ABA=11;RUN=1;SNP;TS
268 20 118535 . G A 99.0 PASS NS=370;DP=2547;AC=25;AN=740;AF=0.033784;RA=2432;AA=98;SR=1401|1031;SA=47|51;SB=0.47959;AB=0.51872;ABR=97;ABA=89;RUN=1;SNP;TS;CpG
269 20 119056 . A C 99.0 PASS NS=368;DP=2408;AC=22;AN=736;AF=0.029891;RA=2343;AA=61;SR=1089|1254;SA=30|31;SB=0.4918;AB=0.57895;ABR=77;ABA=55;RUN=4;SNP;TV
270 20 119534 . A G 99.0 PASS NS=360;DP=2109;AC=39;AN=720;AF=0.054167;RA=1989;AA=114;SR=879|1110;SA=47|67;SB=0.41228;AB=0.47396;ABR=91;ABA=101;RUN=3;SNP;TS
271 20 119596 . A G 99.0 PASS NS=366;DP=2103;AC=39;AN=732;AF=0.053279;RA=2004;AA=97;SR=874|1130;SA=41|56;SB=0.42268;AB=0.54706;ABR=93;ABA=76;RUN=1;SNP;TS
272 20 119730 . A G 99.0 PASS NS=308;DP=1035;AC=49;AN=616;AF=0.079545;RA=956;AA=69;SR=376|580;SA=24|45;SB=0.34783;AB=0.52427;ABR=54;ABA=48;RUN=1;SNP;TS;CpG
273 20 119986 . T A 99.0 PASS NS=348;DP=1647;AC=34;AN=696;AF=0.048851;RA=1580;AA=64;SR=781|799;SA=29|35;SB=0.45312;AB=0.55046;ABR=60;ABA=49;RUN=3;SNP;TV
274 20 120093 . T C 99.0 PASS NS=336;DP=1402;AC=35;AN=672;AF=0.052083;RA=1335;AA=61;SR=744|591;SA=39|22;SB=0.63934;AB=0.53153;ABR=59;ABA=52;RUN=1;SNP;TS
275 20 120127 . T C 99.0 PASS NS=345;DP=1541;AC=39;AN=690;AF=0.056522;RA=1447;AA=87;SR=872|575;SA=51|36;SB=0.58621;AB=0.47436;ABR=74;ABA=82;RUN=1;SNP;TS
276 20 120210 . G C 99.0 PASS NS=366;DP=2009;AC=16;AN=732;AF=0.021858;RA=1951;AA=51;SR=1192|759;SA=31|20;SB=0.60784;AB=0.44595;ABR=33;ABA=40;RUN=1;SNP;TV
277 20 120234 . C A 99.0 PASS NS=363;DP=1980;AC=21;AN=726;AF=0.028926;RA=1914;AA=62;SR=1162|752;SA=31|31;SB=0.5;AB=0.53982;ABR=61;ABA=52;RUN=6;SNP;TV
278 20 120327 . A G 99.0 PASS NS=365;DP=2183;AC=3;AN=730;AF=0.0041096;RA=2172;AA=9;SR=1158|1014;SA=4|5;SB=0.44444;AB=0.52941;ABR=9;ABA=8;RUN=1;SNP;TS;CpG
279 20 120353 . T C 99.0 PASS NS=361;DP=2069;AC=15;AN=722;AF=0.020776;RA=2029;AA=35;SR=1056|973;SA=16|19;SB=0.45714;AB=0.34043;ABR=16;ABA=31;RUN=1;SNP;TS;CpG
280 20 120471 . A G 99.0 PASS NS=355;DP=2155;AC=292;AN=710;AF=0.41127;RA=1332;AA=818;SR=667|665;SA=419|399;SB=0.51222;AB=0.50122;ABR=411;ABA=408;RUN=2;SNP;TS;CpG
281 20 120553 . G A 99.0 PASS NS=363;DP=2295;AC=38;AN=726;AF=0.052342;RA=2196;AA=93;SR=1087|1109;SA=46|47;SB=0.49462;AB=0.5509;ABR=92;ABA=75;RUN=1;SNP;TS
282 20 121188 . G A 99.0 PASS NS=363;DP=1947;AC=35;AN=726;AF=0.048209;RA=1842;AA=103;SR=897|945;SA=51|52;SB=0.49515;AB=0.4069;ABR=59;ABA=86;RUN=2;SNP;TS
283 20 121310 . A C 99.0 PASS NS=358;DP=1910;AC=195;AN=716;AF=0.27235;RA=1431;AA=477;SR=602|829;SA=212|265;SB=0.44444;AB=0.52581;ABR=326;ABA=294;RUN=1;SNP;TV
284 20 121478 . C A 99.0 PASS NS=332;DP=1073;AC=248;AN=664;AF=0.37349;RA=685;AA=338;SR=373|312;SA=200|138;SB=0.59172;AB=0.49371;ABR=157;ABA=143;RUN=1;SNP;TV
285 20 121493 . C T 99.0 PASS NS=304;DP=848;AC=120;AN=608;AF=0.19737;RA=641;AA=202;SR=285|356;SA=94|108;SB=0.46535;AB=0.59302;ABR=204;ABA=137;RUN=18;SNP;TS
286 20 121609 . G C 99.0 PASS NS=362;DP=1963;AC=22;AN=724;AF=0.030387;RA=1886;AA=71;SR=987|899;SA=41|30;SB=0.57746;AB=0.496;ABR=62;ABA=63;RUN=1;SNP;TV
287 20 121824 . C T 99.0 PASS NS=366;DP=1902;AC=299;AN=732;AF=0.40847;RA=1098;AA=764;SR=470|628;SA=353|411;SB=0.46204;AB=0.48175;ABR=330;ABA=346;RUN=1;SNP;TS
288 20 121976 . G A 99.0 PASS NS=368;DP=2174;AC=320;AN=736;AF=0.43478;RA=1282;AA=888;SR=680|602;SA=467|421;SB=0.5259;AB=0.50249;ABR=404;ABA=399;RUN=1;SNP;TS;CpG
289 20 122505 . T G 99.0 PASS NS=358;DP=2049;AC=24;AN=716;AF=0.03352;RA=1985;AA=61;SR=948|1037;SA=23|38;SB=0.37705;AB=0.48936;ABR=46;ABA=48;RUN=1;SNP;TV
290 20 122508 . G A 99.0 PASS NS=358;DP=2024;AC=118;AN=716;AF=0.1648;RA=1718;AA=301;SR=831|887;SA=133|168;SB=0.44186;AB=0.51299;ABR=237;ABA=224;RUN=4;SNP;TS
291 20 122511 . T C 99.0 PASS NS=363;DP=2032;AC=20;AN=726;AF=0.027548;RA=1967;AA=59;SR=932|1035;SA=27|32;SB=0.45763;AB=0.39706;ABR=27;ABA=41;RUN=2;SNP;TS
292 20 122548 . C T 99.0 PASS NS=356;DP=1990;AC=37;AN=712;AF=0.051966;RA=1899;AA=86;SR=950|949;SA=49|37;SB=0.56977;AB=0.51471;ABR=70;ABA=66;RUN=6;SNP;TS
293 20 123037 . T C 99.0 PASS NS=367;DP=2305;AC=4;AN=734;AF=0.0054496;RA=2285;AA=13;SR=1267|1018;SA=10|3;SB=0.76923;AB=0.63333;ABR=19;ABA=11;RUN=2;SNP;TS
294 20 123318 . T C 99.0 PASS NS=367;DP=2371;AC=24;AN=734;AF=0.032698;RA=2289;AA=73;SR=1174|1115;SA=41|32;SB=0.56164;AB=0.5;ABR=56;ABA=56;RUN=1;SNP;TS
295 20 123499 . C T 99.0 PASS NS=367;DP=2330;AC=5;AN=734;AF=0.006812;RA=2298;AA=18;SR=1062|1236;SA=6|12;SB=0.33333;AB=0.38462;ABR=10;ABA=16;RUN=2;SNP;TS
296 20 124249 . A G 99.0 PASS NS=359;DP=1969;AC=41;AN=718;AF=0.057103;RA=1864;AA=101;SR=974|890;SA=55|46;SB=0.54455;AB=0.51977;ABR=92;ABA=85;RUN=1;SNP;TS;CpG
297 20 124302 . A C 99.0 PASS NS=358;DP=2007;AC=319;AN=716;AF=0.44553;RA=1185;AA=819;SR=577|608;SA=392|427;SB=0.47863;AB=0.51934;ABR=376;ABA=348;RUN=2;SNP;TV
298 20 124335 . C T 99.0 PASS NS=361;DP=2035;AC=4;AN=722;AF=0.0055402;RA=2013;AA=15;SR=929|1084;SA=10|5;SB=0.66667;AB=0.3913;ABR=9;ABA=14;RUN=1;SNP;TS
299 20 124412 . C T 99.0 PASS NS=357;DP=2005;AC=307;AN=714;AF=0.42997;RA=1207;AA=795;SR=602|605;SA=400|395;SB=0.50314;AB=0.51286;ABR=379;ABA=360;RUN=1;SNP;TS
300 20 124737 . A C 99.0 PASS NS=367;DP=2024;AC=4;AN=734;AF=0.0054496;RA=2003;AA=16;SR=1046|957;SA=11|5;SB=0.6875;AB=0.26316;ABR=5;ABA=14;RUN=1;SNP;TV
301 20 124998 . T C 99.0 PASS NS=366;DP=2204;AC=29;AN=732;AF=0.039617;RA=2131;AA=66;SR=1132|999;SA=36|30;SB=0.54545;AB=0.54902;ABR=56;ABA=46;RUN=1;SNP;TS
302 20 125121 . C T 99.0 PASS NS=364;DP=2075;AC=208;AN=728;AF=0.28571;RA=1472;AA=599;SR=826|646;SA=335|264;SB=0.55927;AB=0.49868;ABR=377;ABA=378;RUN=1;SNP;TS
303 20 125179 . C A 99.0 PASS NS=368;DP=2155;AC=7;AN=736;AF=0.0095109;RA=2127;AA=26;SR=1123|1004;SA=16|10;SB=0.61538;AB=0.36842;ABR=14;ABA=24;RUN=2;SNP;TV