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date Mon, 27 Jan 2014 09:29:09 -0500
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##INFO=<ID=RUN,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolymer run length: the number of consecutive nucleotides in the reference genome matching the alternate allele prior to the current position">
##INFO=<ID=SR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
##INFO=<ID=CpG,Number=0,Type=Flag,Description="CpG site (either CpG, TpG or CpA)">
##INFO=<ID=MNP,Number=0,Type=Integer,Description="Length of MNP allele, if present">
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##INFO=<ID=SB,Number=1,Type=Float,Description="Strand bias for the alternate allele: a number between 0 and 1 representing the ratio of forward strand sequence reads showing the alternate allele to all reads, considering only reads from individuals called as heterozygous">
##INFO=<ID=SA,Number=1,Type=Integer,Description="Number of alternate observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
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20	66890	.	G	T	6.54	Q9	NS=313;DP=1102;AC=1;AN=626;AF=0.0015974;RA=1097;AA=4;SR=670|427;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
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20	82415	.	A	C	23.9	NS360	NS=369;DP=1845;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=1831;AA=10;SR=1068|763;SA=6|4;SB=0.6;AB=0.25;ABR=1;ABA=3;RUN=1;SNP;TV
20	82416	.	T	C	99.0	NS360	NS=369;DP=1849;AC=16;AN=738;AF=0.02168;RA=1813;AA=31;SR=1060|753;SA=14|17;SB=0.45161;AB=0.57627;ABR=34;ABA=25;RUN=1;SNP;TS
20	82446	.	C	G	59.2	PASS	NS=359;DP=1707;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=1700;AA=4;SR=909|791;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.42857;ABR=3;ABA=4;RUN=1;SNP;TV
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20	103517	.	A	T	99.0	NS360	NS=362;DP=1991;AC=307;AN=724;AF=0.42403;RA=1246;AA=741;SR=604|642;SA=340|401;SB=0.45884;AB=0.49821;ABR=278;ABA=279;RUN=1;SNP;TV
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20	105239	.	A	C	7.74	Q9	NS=353;DP=1694;AC=1;AN=706;AF=0.0014164;RA=1682;AA=6;SR=893|789;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.4;ABR=2;ABA=3;RUN=1;SNP;TV
20	105359	.	G	T	85.9	PASS	NS=343;DP=1740;AC=3;AN=686;AF=0.0043732;RA=1730;AA=7;SR=780|950;SA=5|2;SB=0.71429;AB=0.5;ABR=7;ABA=7;RUN=1;SNP;TV
20	105407	.	T	C	6.06	Q9	NS=347;DP=1867;AC=1;AN=694;AF=0.0014409;RA=1860;AA=2;SR=843|1017;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
20	105450	.	A	G	1.12	Q9	NS=353;DP=1846;AC=1;AN=706;AF=0.0014164;RA=1842;AA=2;SR=803|1039;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
20	105477	.	A	G	0.259	Q9	NS=350;DP=1929;AC=1;AN=700;AF=0.0014286;RA=1925;AA=2;SR=871|1054;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.84615;ABR=11;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
20	105540	.	A	G	2.1	Q9	NS=348;DP=1862;AC=1;AN=696;AF=0.0014368;RA=1855;AA=4;SR=957|898;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
20	105930	.	G	T	11.5	NS360	NS=362;DP=2051;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=2038;AA=2;SR=1081|957;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
20	106063	.	T	C	0.044	Q9;NS360	NS=362;DP=2061;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=2041;AA=5;SR=905|1136;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
20	106098	.	A	G	99.0	NS360	NS=362;DP=1933;AC=14;AN=724;AF=0.019337;RA=1875;AA=55;SR=915|960;SA=20|35;SB=0.36364;AB=0.43023;ABR=37;ABA=49;RUN=1;SNP;TS
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