Mercurial > repos > earlhaminst > ete
diff test-data/lineage-full.txt @ 4:87b6de3ef63e draft
planemo upload for repository https://github.com/TGAC/earlham-galaxytools/tree/master/tools/ete commit 41e40314a9b25a9f3c06a13422d367b68334f593
author | earlhaminst |
---|---|
date | Thu, 22 Mar 2018 13:25:38 -0400 |
parents | 03c10736e497 |
children | f1eca1158f21 |
line wrap: on
line diff
--- a/test-data/lineage-full.txt Mon Mar 12 12:51:48 2018 -0400 +++ b/test-data/lineage-full.txt Thu Mar 22 13:25:38 2018 -0400 @@ -1,62 +1,63 @@ -Latimeria chalumnae Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA NA NA NA NA NA Coelacanthiformes NA NA NA NA Coelacanthidae NA NA NA Latimeria NA NA NA Latimeria chalumnae NA NA NA -Xenopus tropicalis Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Amphibia NA NA NA Batrachia Anura NA NA NA Pipoidea Pipidae Xenopodinae NA NA Xenopus Silurana NA NA Xenopus tropicalis NA NA NA -Ornithorhynchus anatinus Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA NA Monotremata NA NA NA NA Ornithorhynchidae NA NA NA Ornithorhynchus NA NA NA Ornithorhynchus anatinus NA NA NA -Macropus eugenii Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA NA Diprotodontia NA NA NA NA Macropodidae NA NA NA Notamacropus NA NA NA Notamacropus eugenii NA NA NA -Sarcophilus harrisii Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA NA Dasyuromorphia NA NA NA NA Dasyuridae NA NA NA Sarcophilus NA NA NA Sarcophilus harrisii NA NA NA -Monodelphis domestica Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA NA Didelphimorphia NA NA NA NA Didelphidae Didelphinae NA NA Monodelphis NA NA NA Monodelphis domestica NA NA NA -Echinops telfairi Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Afrotheria NA NA NA NA NA Tenrecidae Tenrecinae NA NA Echinops NA NA NA Echinops telfairi NA NA NA -Procavia capensis Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Afrotheria Hyracoidea NA NA NA NA Procaviidae NA NA NA Procavia NA NA NA Procavia capensis NA NA NA -Loxodonta africana Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Afrotheria Proboscidea NA NA NA NA Elephantidae NA NA NA Loxodonta NA NA NA Loxodonta africana NA NA NA -Dasypus novemcinctus Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Xenarthra Cingulata NA NA NA NA Dasypodidae NA NA NA Dasypus NA NA NA Dasypus novemcinctus NA NA NA -Choloepus hoffmanni Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Xenarthra Pilosa Folivora NA NA NA Megalonychidae NA NA NA Choloepus NA NA NA Choloepus hoffmanni NA NA NA -Ochotona princeps Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Euarchontoglires Lagomorpha NA NA NA NA Ochotonidae NA NA NA Ochotona NA NA NA Ochotona princeps NA NA NA -Oryctolagus cuniculus Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Euarchontoglires Lagomorpha NA NA NA NA Leporidae NA NA NA Oryctolagus NA NA NA Oryctolagus cuniculus NA NA NA -Cavia porcellus Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Euarchontoglires Rodentia Hystricomorpha NA NA NA Caviidae NA NA NA Cavia NA NA NA Cavia porcellus NA NA NA -Ictidomys tridecemlineatus Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Euarchontoglires Rodentia Sciuromorpha NA NA NA Sciuridae Xerinae Marmotini NA Ictidomys NA NA NA Ictidomys tridecemlineatus NA NA NA -Dipodomys ordii Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Euarchontoglires Rodentia Castorimorpha NA NA NA Heteromyidae Dipodomyinae NA NA Dipodomys NA NA NA Dipodomys ordii NA NA NA -Rattus norvegicus Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Euarchontoglires Rodentia Myomorpha NA NA NA Muridae Murinae NA NA Rattus NA NA NA Rattus norvegicus NA NA NA -Mus musculus Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Euarchontoglires Rodentia Myomorpha NA NA NA Muridae Murinae NA NA Mus Mus NA NA Mus musculus NA NA NA -Tupaia belangeri Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Euarchontoglires Scandentia NA NA NA NA Tupaiidae NA NA NA Tupaia NA NA NA Tupaia belangeri NA NA NA -Otolemur garnettii Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Euarchontoglires Primates Strepsirrhini Lorisiformes NA NA Galagidae NA NA NA Otolemur NA NA NA Otolemur garnettii NA NA NA -Microcebus murinus Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Euarchontoglires Primates Strepsirrhini Lemuriformes NA NA Cheirogaleidae NA NA NA Microcebus NA NA NA Microcebus murinus NA NA NA -Tarsius syrichta Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Euarchontoglires Primates Haplorrhini Tarsiiformes NA NA Tarsiidae NA NA NA Carlito NA NA NA Carlito syrichta NA NA NA -Callithrix jacchus Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Euarchontoglires Primates Haplorrhini Simiiformes Platyrrhini NA Cebidae Callitrichinae NA NA Callithrix Callithrix NA NA Callithrix jacchus NA NA NA -Chlorocebus sabaeus Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Euarchontoglires Primates Haplorrhini Simiiformes Catarrhini Cercopithecoidea Cercopithecidae Cercopithecinae NA NA Chlorocebus NA NA NA Chlorocebus sabaeus NA NA NA -Papio anubis Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Euarchontoglires Primates Haplorrhini Simiiformes Catarrhini Cercopithecoidea Cercopithecidae Cercopithecinae NA NA Papio NA NA NA Papio anubis NA NA NA -Macaca mulatta Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Euarchontoglires Primates Haplorrhini Simiiformes Catarrhini Cercopithecoidea Cercopithecidae Cercopithecinae NA NA Macaca NA NA NA Macaca mulatta NA NA NA -Nomascus leucogenys Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Euarchontoglires Primates Haplorrhini Simiiformes Catarrhini Hominoidea Hylobatidae NA NA NA Nomascus NA NA NA Nomascus leucogenys NA NA NA -Pongo abelii Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Euarchontoglires Primates Haplorrhini Simiiformes Catarrhini Hominoidea Hominidae Ponginae NA NA Pongo NA NA NA Pongo abelii NA NA NA -Gorilla gorilla gorilla Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Euarchontoglires Primates Haplorrhini Simiiformes Catarrhini Hominoidea Hominidae Homininae NA NA Gorilla NA NA NA Gorilla gorilla Gorilla gorilla gorilla NA NA -Pan troglodytes Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Euarchontoglires Primates Haplorrhini Simiiformes Catarrhini Hominoidea Hominidae Homininae NA NA Pan NA NA NA Pan troglodytes NA NA NA -Homo sapiens Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Euarchontoglires Primates Haplorrhini Simiiformes Catarrhini Hominoidea Hominidae Homininae NA NA Homo NA NA NA Homo sapiens NA NA NA -Sorex araneus Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Laurasiatheria Insectivora NA NA NA NA Soricidae Soricinae NA NA Sorex NA NA NA Sorex araneus NA NA NA -Erinaceus europaeus Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Laurasiatheria Insectivora NA NA NA NA Erinaceidae Erinaceinae NA NA Erinaceus NA NA NA Erinaceus europaeus NA NA NA -Pteropus vampyrus Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Laurasiatheria Chiroptera Megachiroptera NA NA NA Pteropodidae Pteropodinae NA NA Pteropus NA NA NA Pteropus vampyrus NA NA NA -Myotis lucifugus Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Laurasiatheria Chiroptera Microchiroptera NA NA NA Vespertilionidae NA NA NA Myotis NA NA NA Myotis lucifugus NA NA NA -Felis catus Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Laurasiatheria Carnivora Feliformia NA NA NA Felidae Felinae NA NA Felis NA NA NA Felis catus NA NA NA -Canis lupus familiaris Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Laurasiatheria Carnivora Caniformia NA NA NA Canidae NA NA NA Canis NA NA NA Canis lupus Canis lupus familiaris NA NA -Mustela putorius furo Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Laurasiatheria Carnivora Caniformia NA NA NA Mustelidae Mustelinae NA NA Mustela NA NA NA Mustela putorius Mustela putorius furo NA NA -Ailuropoda melanoleuca Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Laurasiatheria Carnivora Caniformia NA NA NA Ursidae NA NA NA Ailuropoda NA NA NA Ailuropoda melanoleuca NA NA NA -Equus caballus Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Laurasiatheria Perissodactyla NA NA NA NA Equidae NA NA NA Equus Equus NA NA Equus caballus NA NA NA -Vicugna pacos Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Laurasiatheria NA Tylopoda NA NA NA Camelidae NA NA NA Vicugna NA NA NA Vicugna pacos NA NA NA -Sus scrofa Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Laurasiatheria NA NA Suina NA NA Suidae NA NA NA Sus NA NA NA Sus scrofa NA NA NA -Tursiops truncatus Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Laurasiatheria Cetacea Odontoceti NA NA NA Delphinidae NA NA NA Tursiops NA NA NA Tursiops truncatus NA NA NA -Ovis aries Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Laurasiatheria NA Ruminantia Pecora NA NA Bovidae Caprinae NA NA Ovis NA NA NA Ovis aries NA NA NA -Bos taurus Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Mammalia NA NA NA Laurasiatheria NA Ruminantia Pecora NA NA Bovidae Bovinae NA NA Bos NA NA NA Bos taurus NA NA NA -Anolis carolinensis Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA NA NA NA NA Lepidosauria Squamata Iguania NA NA NA Dactyloidae NA NA NA Anolis NA NA NA Anolis carolinensis NA NA NA -Pelodiscus sinensis Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA NA NA NA NA NA Testudines Cryptodira NA NA NA Trionychidae NA NA NA Pelodiscus NA NA NA Pelodiscus sinensis NA NA NA -Taeniopygia guttata Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Aves NA NA NA Neognathae Passeriformes NA NA NA Passeroidea Estrildidae Estrildinae NA NA Taeniopygia NA NA NA Taeniopygia guttata NA NA NA -Ficedula albicollis Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Aves NA NA NA Neognathae Passeriformes NA NA NA NA Muscicapidae NA NA NA Ficedula NA NA NA Ficedula albicollis NA NA NA -Anas platyrhynchos Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Aves NA NA NA Neognathae Anseriformes NA NA NA NA Anatidae NA NA NA Anas NA NA NA Anas platyrhynchos NA NA NA -Meleagris gallopavo Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Aves NA NA NA Neognathae Galliformes NA NA NA NA Phasianidae Meleagridinae NA NA Meleagris NA NA NA Meleagris gallopavo NA NA NA -Gallus gallus Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata NA Aves NA NA NA Neognathae Galliformes NA NA NA NA Phasianidae Phasianinae NA NA Gallus NA NA NA Gallus gallus NA NA NA -Lepisosteus oculatus Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata Actinopterygii Actinopteri Neopterygii Holostei NA NA Semionotiformes NA NA NA NA Lepisosteidae NA NA NA Lepisosteus NA NA NA Lepisosteus oculatus NA NA NA -Danio rerio Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata Actinopterygii Actinopteri Neopterygii Teleostei NA Cypriniphysae Cypriniformes NA NA NA Cyprinoidea Cyprinidae NA NA NA Danio NA NA NA Danio rerio NA NA NA -Astyanax mexicanus Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata Actinopterygii Actinopteri Neopterygii Teleostei NA Characiphysae Characiformes Characoidei NA NA NA Characidae NA NA NA Astyanax NA NA NA Astyanax mexicanus NA NA NA -Gadus morhua Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata Actinopterygii Actinopteri Neopterygii Teleostei NA NA Gadiformes Gadoidei NA NA NA Gadidae NA NA NA Gadus NA NA NA Gadus morhua NA NA NA -Oreochromis niloticus Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata Actinopterygii Actinopteri Neopterygii Teleostei NA Cichlomorphae Cichliformes NA NA NA NA Cichlidae Pseudocrenilabrinae Oreochromini NA Oreochromis NA NA NA Oreochromis niloticus NA NA NA -Poecilia formosa Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata Actinopterygii Actinopteri Neopterygii Teleostei NA Atherinomorphae Cyprinodontiformes Cyprinodontoidei NA NA NA Poeciliidae Poeciliinae NA NA Poecilia NA NA NA Poecilia formosa NA NA NA -Xiphophorus maculatus Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata Actinopterygii Actinopteri Neopterygii Teleostei NA Atherinomorphae Cyprinodontiformes Cyprinodontoidei NA NA NA Poeciliidae Poeciliinae NA NA Xiphophorus NA NA NA Xiphophorus maculatus NA NA NA -Gasterosteus aculeatus Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata Actinopterygii Actinopteri Neopterygii Teleostei NA NA Perciformes Cottioidei Gasterosteales NA NA Gasterosteidae NA NA NA Gasterosteus NA NA NA Gasterosteus aculeatus NA NA NA -Tetraodon nigroviridis Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata Actinopterygii Actinopteri Neopterygii Teleostei NA NA Tetraodontiformes Tetraodontoidei NA NA Tetradontoidea Tetraodontidae NA NA NA Tetraodon NA NA NA Tetraodon nigroviridis NA NA NA -Takifugu rubripes Eukaryota Metazoa NA NA Chordata Craniata Actinopterygii Actinopteri Neopterygii Teleostei NA NA Tetraodontiformes Tetraodontoidei NA NA Tetradontoidea Tetraodontidae NA NA NA Takifugu NA NA NA Takifugu rubripes NA NA NA +#species/taxid kingdom family +Latimeria chalumnae Metazoa Coelacanthidae +Xenopus tropicalis Metazoa Pipidae +Ornithorhynchus anatinus Metazoa Ornithorhynchidae +Macropus eugenii Metazoa Macropodidae +Sarcophilus harrisii Metazoa Dasyuridae +Monodelphis domestica Metazoa Didelphidae +Echinops telfairi Metazoa Tenrecidae +Procavia capensis Metazoa Procaviidae +Loxodonta africana Metazoa Elephantidae +Dasypus novemcinctus Metazoa Dasypodidae +Choloepus hoffmanni Metazoa Megalonychidae +Ochotona princeps Metazoa Ochotonidae +Oryctolagus cuniculus Metazoa Leporidae +Cavia porcellus Metazoa Caviidae +Ictidomys tridecemlineatus Metazoa Sciuridae +Dipodomys ordii Metazoa Heteromyidae +Rattus norvegicus Metazoa Muridae +Mus musculus Metazoa Muridae +Tupaia belangeri Metazoa Tupaiidae +Otolemur garnettii Metazoa Galagidae +Microcebus murinus Metazoa Cheirogaleidae +Tarsius syrichta Metazoa Tarsiidae +Callithrix jacchus Metazoa Cebidae +Chlorocebus sabaeus Metazoa Cercopithecidae +Papio anubis Metazoa Cercopithecidae +Macaca mulatta Metazoa Cercopithecidae +Nomascus leucogenys Metazoa Hylobatidae +Pongo abelii Metazoa Hominidae +Gorilla gorilla gorilla Metazoa Hominidae +Pan troglodytes Metazoa Hominidae +Homo sapiens Metazoa Hominidae +Sorex araneus Metazoa Soricidae +Erinaceus europaeus Metazoa Erinaceidae +Pteropus vampyrus Metazoa Pteropodidae +Myotis lucifugus Metazoa Vespertilionidae +Felis catus Metazoa Felidae +Canis lupus familiaris Metazoa Canidae +Mustela putorius furo Metazoa Mustelidae +Ailuropoda melanoleuca Metazoa Ursidae +Equus caballus Metazoa Equidae +Vicugna pacos Metazoa Camelidae +Sus scrofa Metazoa Suidae +Tursiops truncatus Metazoa Delphinidae +Ovis aries Metazoa Bovidae +Bos taurus Metazoa Bovidae +Anolis carolinensis Metazoa Dactyloidae +Pelodiscus sinensis Metazoa Trionychidae +Taeniopygia guttata Metazoa Estrildidae +Ficedula albicollis Metazoa Muscicapidae +Anas platyrhynchos Metazoa Anatidae +Meleagris gallopavo Metazoa Phasianidae +Gallus gallus Metazoa Phasianidae +Lepisosteus oculatus Metazoa Lepisosteidae +Danio rerio Metazoa Cyprinidae +Astyanax mexicanus Metazoa Characidae +Gadus morhua Metazoa Gadidae +Oreochromis niloticus Metazoa Cichlidae +Poecilia formosa Metazoa Poeciliidae +Xiphophorus maculatus Metazoa Poeciliidae +Gasterosteus aculeatus Metazoa Gasterosteidae +Tetraodon nigroviridis Metazoa Tetraodontidae +Takifugu rubripes Metazoa Tetraodontidae