Mercurial > repos > ecology > stoc_maketable

comparison ExemakeTableAnalyseGalaxy.r @ 0:22a784d2b0e0 draft

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"planemo upload for repository https://github.com/Alanamosse/Galaxy-E/tree/stoctool/tools/stoc commit f82f897ab22464de40c878e17616333855814e25"
author ecology
date Thu, 02 Apr 2020 03:33:29 -0400
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comparison
equal deleted inserted replaced
-1:000000000000 0:22a784d2b0e0
1 #!/usr/bin/env Rscript
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3 ##################################################################################################################
4 ################ Data transformation for population evolution trend analyses function:makeTableAnalyse #########
5 ##################################################################################################################
6 ###########
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8 library(data.table)
9 #delcaration des arguments et variables/ declaring some variables and load arguments
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11 args = commandArgs(trailingOnly=TRUE) ##### par defaut prends les arguments comme du texte !!!! / default behaviour is to take the arguments as text !!!
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13 if (length(args)==0) {
14 stop("At least one argument must be supplied, an input dataset file (.tabular).", call.=FALSE) #si pas d'arguments -> affiche erreur et quitte / if no args -> error and exit1
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16 } else {
17 ImportduSTOC<-args[1] ###### Nom du fichier importé depuis la base de données STOCeps avec son extension / file name imported from the STOCeps database with the file type ".filetype"
18 source(args[2])### chargement des fonctions / load the functions
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20 }
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22 ##### Le tableau de données doit posséder 4 variables en colonne: abondance ("abond"), les carrés ou sont réalisés les observatiosn ("carre"), la ou les années des observations ("annee"), et le code de ou des espèces ("espece")
23 ##### Data must be a dataframe with 4 variables in column: abundance ("abond"), plots where observation where made ("carre"), year(s) of the different sampling ("annee"), and the species code ("espece")
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26 #Import des données / Import data
27 data<- fread(ImportduSTOC,sep="\t",dec=".",header=TRUE,encoding="UTF-8") #
28 vars_data<-c("carre","annee","espece","abond")
29 err_msg_data<-"The input dataset filtered doesn't have the right format. It need to have the following 4 variables :\n- carre\n- annee\n- espece\n- abond\n"
30 check_file(data,err_msg_data,vars_data,4)
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35 #########
36 #Do your analysis
37 tableAnalyse<-makeTableAnalyse(data) #la fonction a un 'return' il faut donc stocker le resultat dans une nouvelle variable
38 #save the data in a output file in a tabular format
39 filename <- "Datatransformedforfiltering_trendanalysis.tabular"
40 write.table(tableAnalyse, filename,row.names=FALSE,sep="\t",dec=".",fileEncoding="UTF-8")
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42 cat(paste("\nWrite table with data transformed for filtering. \n--> \"",filename,"\"\n",sep=""))