# HG changeset patch
# User erasmus-medical-center
# Date 1531837868 14400
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planemo upload for repository https://github.com/ErasmusMC-Bioinformatics/galaxytools-emc/tree/master/tools/gfa_to_fa commit 5d58728b8831bcdd98b8162e6163035bfd00d0d6

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+++ b/gfa_to_fa.xml	Tue Jul 17 10:31:08 2018 -0400
@@ -0,0 +1,35 @@
+<tool id="gfa_to_fa" name="GFA to Fasta" version="0.1.0">
+    <description>Convert GFA files to Fasta </description>
+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+cat $in_gfa | python $convert > '$out_fa'
+]]>
+    </command>
+    <configfiles>
+        <configfile name="convert"><![CDATA[
+from __future__ import print_function
+import sys		
+for line in sys.stdin:
+    if line.startswith("S"):
+        l,h,s,x = line.strip().split()
+	print("> " + h)
+	print(s)
+]]>
+        </configfile>
+    </configfiles>
+    <inputs>
+        <param name="in_gfa" type="data" format="tabular" label="Input GFA file" />
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data name="out_fa" format="fasta" label="${tool.name} on ${on_string}: Fasta file" />
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="in_gfa" value="test.gfa"/>
+            <output name="out_fa" file="out.fa"/>
+        </test>
+    </tests>
+    <help><![CDATA[
+gfa_to_fa converts a GFA file to a Fasta File. The column two from the GFA file is used as sequence header.
+    ]]></help>
+</tool>
+
diff -r 000000000000 -r a9447e4a5634 test-data/out.fa
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/out.fa	Tue Jul 17 10:31:08 2018 -0400
@@ -0,0 +1,28 @@
+> utg000001l
+GAAATCATCAGGCGTTTTTCACGATATGGACGGGAAGATGCGGAAATAGGCAGGAGGACATAGAAATGCCTGAGGGGTCTGGGATGGTGCGGGCAACGGATGTTATGGTAAATAAGCTTCCGTTGGTAAACCTGTAAGTTTTCAGGAACGAGACTCGTTTAGAACATCTAAAAAGCACATGAATGCTGCTATAGAAGCGACTGTTTGATGGTTCATGGTTTTATATTAAGGTAGATGAAAACTCAATACAGCGCTATTTAGAGACGCTTAAATGGCATTCTTGTATTTTAACGATGCAGAGTAACAGGCTCTAGCTAGTTATAGTACATCGAAAAGTTCATATAGGGACAAAACAAAGGGACTGAAATACATAGCCATAAGCTCGCTTCAAAGTCCTAACCACCAGCTATATTGCATGGGTTTGGTTAAGACATACGTCATGTCTTTGGGGCATATTATGGTGAAAAACGCGTTCATCTACACCAATATTTATACATTTCTCTTCAATAATGACGCCGTTTCCAGCCAACTTTGCTATATGGGTGACAATTTTCGCTTTTAAACGGAGATGTCTCCATGATTGAGCAGATCTAAAAATCTGCATTTTGTGCTGTGCAGGCATTACCATTCTTTCTATGCACAAACGTGCCGCGTCTTGCATTCTGCTTTGTATGCGGAGGTGCTCAATGAGGCTTTAACTACTCCCCTCCGTTAACGCCGTTCGTGTTTTAAACCGCCTTCTCGATAAAGAGTTTCACAGGTGCTGAAGAAATTCGCCTTTACGATGATCAGGGCGGGTGATTGGTACATCAACAACAGGCTTCTTGTTCTGTTTTGAGAGCATGAAGATCAGCCGCGATGGTAATATGTTCGTGTATTTGTCTCAAATACATTGATGACTATTACAACCGTCGTGAGTATCAGTTTAGTCAGCAGAGGCATGCTGTCGCTGTGCTCGTCAGCATAGAAAAGCCTCTACGGCCGCTCGTTTGCTTTTATCGCTAGGTGAGCTTGTCCCAGAAAGTATCCGTATGATTCTTGCGCTAATGATGATTAGGGGATATTATGTTTCTGGGGTTATTTTGTTGTTTTGCTGGCTTTCTCTACTATTAGAGAGCTTGGGGTTTCTTGGAAACGTTGAATGGGGTCCTCTAGCATGATTTGTTTGAGCTTCATCTGGTCTATGAAGCAGTCAGGAAGAGTCTTAAGCACGATGTTGGGTCTTAAACTAGACTAAAAATATAATATGCGAGCTTTTAACTCATAGACGTGTAGTTTTCACTCTTTTTGCTGGTGTTCTAAGCAAAAACTTCTGCATTACGCCTGTTTGTGGTTGCCTGTTATAAGATAACAGTAAAATCCATGCGTTTCTAAGGAGAAAATGAACAAAAGCTATCACTAAATCGTATTTCCAATAGAGGTTTCGTCCTCTTTGAAAGGGGTAGTTCATGAAAATTAGTTCATGGAAATGTTTATGATTTAGGTTGGAGTTATTAGGCGCAAAGAAGAAATATAAAAGGATAATTGAAGTTCTAAATCATTATGGTGATTGAGAGGCGTTATGAGCACAGCTAAGGAAAGTTAAGGAAAAAGGCACTCCAATGAGTAGTGCCAATGAATATTCTGGTCGTGATAGTATGAATCAAGATTACATCTAGGCAATCCATGGATATTATTATAGGTTTCTGTGGGCTGTTGGTTCGGTATTAAGTCAATTGTAGATGTAACCGAAGAAGAACTGAAGATTTAGGATACGAAGTATATAGGATAAGAGTTAGCGATCTTATCAGAAACTTTTTCTGAGTGGTGGGGATACATCTACTCCATTCAAAAGATATAATTCCTTGCGGGATTTTGGTGATTCCTTAAGATGTAGAGTACTACCCACACATACTAGCTGAAGCTGTAATTCATGAAATAAAGATAGAAAAATCTAGAAGGAAAATCAAAGGTTAAAGAAACGACTTTCCTTATGAATCAACTAAAAACATAAGATGAAGTGAGTTGCCCAAGTGGTCTAACATAATTTCTATTTATTAGGTGATAGGGCGAAACTGAAAGAAAAGAAATCTTCGAGATAGGGGTTTAAGCAAATCTGAAGTTGATATAATCATCCATCATGACAGGAGTCTGAGCACCCTTATGGCCAGCAAACAGCAAAAGCTATACTTGATGCTGACTATTTTGTTAAAATAATCAGGCCAGAGCTCACCTTAAATCTAAGTTAAACGCTTTCTTGGTCTATTCATGGGCTTAATGGCCTTACGCCAAACGCGCATGAGGAAGACATGTACGCAGCTCATTCTGCCTCTTTACAATCTGCATGTCTTTCCAGACAGGTAGGTGCTGCTATTTTAGATATAAAGGAAATTTAATTGCTGTTGGGCGCAATGATGTTCTAAATTTAACAGTGTGGCCTTTATAGTGCTGATGATGGTGAATGATCATCGCTGTGTCTACAAAGGTGGCAAATGTTACAATGAAGCAAGAAAATTAAATAAAGATAAATACAGCAAATATTGCTTTTCTGATAGGTTAAGAATTTGTCTGTTCAGTTAACTCAAGAACAAGCAGAAAAGGTTGCTGGAATGTCTACGAAGGTACTCCTGTATCATCAATCGACAGTACTCGCTCTATTCATGCTGAAATGGATGCTTCACAGCCCATCTTGCTAGACTCGAGATAGTGGTTTTGAAGATAAGGTTTTATATACAACTACGTTCCCCTGTCATAATTGTGCAGGGTATATTGTTGCTGTTGGTATCAATAAAGTTGTTTATTGAACATATGAAAAAGCAGCTTTAGAGTTGCTGATGATGCAATAACTAGAAGTTAACGAAAGTGGTAAAGTTTTATTTGAGTCCTTTGAAGGGGTTTCTACTGGAATATCATAGAAGTTCTTCTTTTCTACAGATGAAAGGATAGTAAGGTAATGCGGAGAAATATTCAACGAAGTATAAGAATCATATTGATATACAGTTTATTGATAGTTGGATTTTAATCGTGTGGCGGATATTTTCATTAACACAAAACAGATGCTGAAGCTCAAGTAGCCGTTCCATCTGGGACATAGTTAATCCGCTTCTGCCACCGATTCTCGACACCACCAACATCGGGTATGAATCTGTGACTCTGATGTTACAGAGCTTAATCTTGTGTACCAAAAACCACCATACCAACGGTGGTTTTCTCTGAGCTACTGCTCTTTGAGCCGAGGTAACTGGCTTGGAGGAGCTCAGTCACCAAAACTTGTTCTTTCAGTTTAGCCTTAACAGGCGCACAACTTAAGATGCTCCTCTAAATCAGTTACCAGTGGCTGCTGCCAGTGGCGCTTTGTCGTGCCTTCTGGGTTGGACTCAAGACGATAGTTACCGGGGCAGGCGCAGCGGTCGGACTGAACGGGGTTCGTGCGCTGGTCAGCTTGGGCGAACTGCCTGCGGAACGCTGAGTGTCAGGCGATGAGTAAAGTTTAAACAGCCATAACAGCAGGTGAAGAGCACCCCGGTGCCAAACCGAAGGCAGGAACAGAGCGCAGGGAGCTACCGGGGAAACGCAGGATCTTTATAGTCCTGTCCGGGTTTCGCCACCATGATTTGAGCGTCAGATTCTGTGATGCTTGTCAGGGGGCGGAGCCTATCGGAAAACCGGCAACGCGGCCTTTCTTGTTGCTTCTCCCATTCTCTCATTGCCTATGGCTTAATGTCTCTGTTCCCTCCGCTCGCCGCAGCGAACGACCGAGCGGGCGAGTCAGTGAGCGGAAGCGGAATATCTGCGGGCTTCTCTTTGGCACCGTACGCCATAGCGCATTTTAATACGATGCAGAATAGGGCGGGTACGCCGCAAAGTGACGTCACCTGACGTTCTGGATTACAAAGGTTAAAGCAGCGGACAGGAAATGTTTTGTGCCTAGCTATGCTATTCACAAGTAGCAGGACAGATGTGTTTTGGAGTACCATGACATAAAGACTCTGGTTAGCTCCCGCATGTTTGCTATCTTTGCTACCATTTGCTACTTTTGCTATCTCCAGGGTCTTCTGGTCTTTCAGTTGCTATCCTTTTGCTACTTTTGCTATCAAAATGCTACCTCTCCCTTCTTGCAATAAATGACCAAGGCACGTTAGCGATGTATACATCGCGCACCATAAGTGCCCCTTCCGAATCCCGTTCATCACTGTGTGATTAATCGAGGTTAAATCGACTACCAACGTAAAATCCTGCCATGCCTGACGGCTGACAACGCCCTCACGGTCGCGCAGTAAACTGCGCGCCCCTTTCACCGTTATCGGTGGGGTTCGTGGTGGCTTTCAGGGCGCTCGCCGGATTTTAACCGCTAAAATGAGCGATCCATGCGTTCGTG
+> utg000002l
+AAGTTGTCCGGTGTCTTTGTGGTTTCGCATTTATCGTGTATATCGCGTTTTCGTGCGCCCTTCATTGTGGTTCAAGGTACGTTAGCGATGTATACATCGCCGCTGGTACCTTCAGTCCCGTTCATCTGTGTGCTGATTAATCGGGGTTAAATCCGACCCCCTTAATAAATCTGCCATGCCTGACATTTTGGCAACGCCTCACGGTCGCACAGTAAACCGCGCCCTTTCACCGTTATCGGTGGGTTCGTGGTGGCTCGCGGGGCGCTCGCCGGATTTTAACCCGCTAAATGACGTCCATGCGTTCGTGCATAGCCATGCAGACGCGAAGAAATCATCAGGCGCGTTTTTCACGATATGGACAGGAAGATGCCGGAAATAGGCAGGAGGACGCAGAAATGCCTGAGAGTCTGAGATGGTGCGGGCGGCTGTTATGGTAAATAGCCAGGATGGTAAAGTATGCCAATGCAAGTTTTCAGGGTTTGAGACTCGTTTAGAACATCTATAAAAAGCACATGAATGCTGCTATAAAGAAGCGACTGTTTGATGGTTCTGGTTTACCGATGGGTAGATGAAAACTCAATACAGCGCTATTTAGAACGCTTAAATGGCATTCTTGTATTTTTAACGATGCAGGTAAGGCTCTAGGTTATGGTACCTCAGTTCCTTATAGGGACAAAACAAAGGGACTTTGAAGCTACACCAACCATAAAGCTCGCTTCAAAGTCTTCTGTATATTGCATGGGTTTGGTTAAGACGTCATGTCTTTGGGGCATATGGTGAAAACGTTCGCGTCTACACCAATATTTATACATTTCTCTTCAATATTGACGCCGTTTCAGCCAACTTTTGCTATGAACAGCAATTTCCTTTTAAAACGGAGATGTCTCCATGATTGAGCATGATCTAAAATCTGCATTTATTATGTGCAGGCATTATATTCTTTCTGTACAAACGTGCCGCGTCTTGCATTCTGCTTTTGTATGCGGAGGTGCTCAGCGAGCTTTAACTACTCCCTCGTTAATATAACGCCGTTCTAGGTGTTTAAACCGCCTTCTCGATAAAGAGTTTCTGAGTGCTGAAGAAATTCGCCTTTACGATCAGGGCGGGTGATTGAGTCCCATCAACAACAGGCTTCTTGTTCCTGTTTGAGCATGAAGATCAGCCGCGATGGTGAGTATGTTCGTGTCTGGTATTTGTCTCAGAGCCATTGACTAATACAACCGTCGTGATCAGTTTAGTCAGCAGGGCATGCTGTCGCTGTTGCTCGTCGGCATAGAAAAGCCTCTACGGCCGCTCGTTGCTTTTATCACTAAGGTGAAACTGTCCAGAAAGTATCGTATGATTCTTGCTGCTAATGATGATTAGGATATTATGTTTCTGGGGTTATTTGTTGTTTTGCTGGCTTTCTCTACCTATTAAGAGAGCAGGGTTTCTTCTGGAAACGTTGAATGGGAGTGCTCTCGCCATGATTTGTTTTAATTTCATCTGGTCTATGAAGCGGTAGGGAGAAGAGTGCTTAAGCACGATATTTAGGTCTTAAACTAGACTAAAAGCTCGCAATATACGAGCTTTTATTTATTTCATAGACATTATTCACTCTTTTTGCTGGTGTTCAACAAAAACTTCTTCTGCACCCGGCCACGCCTGTTTGTGGTTGCCTGTTATAAAGATAACAGTAAAATCCATGCGTTTCGCAGGAGAAAATATATGAGCAAAATATCACTAAATCGTATTTCCAATAGAGTTTCGTCCTCTTTGAAAGGGGTAGTTCATGAAAAGTGGTTCATGGAAATGTTTATGATTTGGAGTTGGGTTATTAAGGCGCAAGAAGAAGCTATAAAAGGATGAAGATTCTAAATTTAAAATGGTGAGAGGCGTTATGAGCTAGGAAGTTAAAGGAAAAAGAACATCCAATGGTAATGAATATTTCTGATGTTGATAGTATAGATCAAGGAATTACATCTAGGCAATCCATGGATATTATAGGTTTCTGTGGGGCTGTTGGTTCCAGTGATGCAAGTCAGTGATGTAACCGAAGAAGAACTGGAAGATTGGGATACGAAGTATATAGGATAAGAGTTAGCGATCTTATGCAGAAACTTTCTGGTGGTGTGAGGCATCTACTCCATTCAAAGATATAATTCCTTGCAGGATTTTGGTGATTCCTTAAGATGAAGTACTACCCACACATACTAGCTGAAGCTGTAATTCATGAAATAAAGATGAAAAATCTGAAGGAAATCAAAGTTGAGCAGGCTTTCCTTATAGATCAACTAACACCAAGATGAAATTGAGTTGCTTAGAATGGTCTATCAACATAATTTCTATTTATTGGAATGTTATTAGGAGCGAGACTGAAAGAAAAGAAATCTTCGAGATGAGGTTTAGCAAATCTGATTGATATAATCATCATCATGACGGAAGTCTGAGCACCCTTATGGCCAGCAAACAGCAGAAAGCTATACTTGATGCGGCTATTTTGTTAAAATCAAGGCCAGAGCTCACCTTAATCTAAAGTTAAACGCTTTCTTGGTCCTGGTCATGGGCTTAATGGCTACGCCAAACAGCATGAGAAGAGGGCATGTACGCAGCTCATTCTGCCTCTTTACAATCTGCGTAACCAGACAGTAGGTGCTGCTATTTTAGATATAAAGGAAATTTAATTGCTGTTGGGCGCAATGATGTTCCTAAATTTAACGGTGGCCTTATAGTGCGTGATGGAGTGAATGGTCATCATGTGTCTACAAAGGTGGCAAATGTTACAATAGTAAGAAAATTAAAATAAGATAAATACAGCAAATATTGCTTTCTGATAAAGTTAGGAGTTGTCTGTTCAGTTAACTCAAGAACAAGCGAAAAGGTTGCTGGAATCTACAGAAAGGTACTCCTGTATCATCAATCATTGGTACTCTCTATTCATGCTGAAATGGATGCTTGTACATCTCTTGCTAGACTCGGGAATGGTGGTTTTGAAGATAAGGTTTATATACAACTACGTTCCCCTGTCATAGTATTGAGACATATTGTTGCTGTTGGTATCAATAAGTTGTTTGTTGAACCTTATGAAAAAGCAGCTTTAGGTTGCACGATGATGCAACAGGATTGAGAGTGGTGGTTTATTTGAGTCCTTTGAAGGTTTCACCAAGGAGATATCATAAGTTCTTCTTTCTGAATGAAAGGAAGGATAGTAAAAGGTAATGCGGAGAAATATTCAACGAAGTATAAGAATCATATTGATATACAGTTTATTGATAGTTATGGTTTTGAAAATCGTGGCGGATATTTTCATGTGCCCGCAAAGCAGATGCTGAAGCTCAAGTAGCCGTTCATCTGGGACATGATTAATCCTTCTGCCACCGATTCTCCGACCACCAACATCGGTATGAAGATCTATTGACTCTGATGTTACACAGAGCTTAATCTTGTCTTGCAAGCAAGCACCGCTACCAACATTGGTTTTCTTCGAGCTGCAACTCTTTGAACCGAGGTAACTGTGGGAGCTCAGTCACCAAAACTTTGTTTCAGTTTAATAACAGGCGCACAACTGAACTGCTCCTCGTTACCAGTGGCTGCTGCCAGTGGCGCTGTCGTGCCTTCTCGGGTTGGACTCAAGACGACATTAGTTACCGGGGCAGGCAGCGGTGGACTGGTGGGGGTTCGTGCATACAGTCCAGCTTGGGTGGGCTTGCTGCCCGGAACTGAGTGTCAGGCGTGGAATGAGACAAACGCGGCCATAACACCTGTGGAATGACACCGGTAAACCGAGAGCTAGGAACGGAGGCGCACGAGGGGAGCTGGGGAAACGCACGGGATCTTTATAGTCTGTCGGGTTTCGCCACCACTGTTTGACGTCAGATTCTGTGATGCTTGTCGGGGCGGAGCCTATGGTCGGCAACGCCGCGGCCTCTTGTTGCTTCTCCATTCTCTCTCATTGCTATGTGTCTCTGTTCCTCCGCTCGCCGCAGCCGAACGACCGAGCGGGCGAGTCAGTGAGCGAGGAAGCGGAATATCTGCGGGCTTCTCTTTGGCACCGTACGCGCCGCTAGCTGCATTTTTAATACGATGCAGGATGGGGCGAACGCCGCAAGTGACGTCTGCGTTCTGGATTACAAGGTTAAAGCAGCGGACAGGAAATGTTTTGTGCCCACAGCTATGCTGGCTTATTCACAAAACGGACAAGATGTGTTTTGGAGTACCGCCGGCCCTTTAAAGACTCTGGTTAGCTCCCGCATGTTGCTATCTTTTGCTACCATTTGCTACTTTTGCTATCTCCAGAGTCTTCTGGTCTTTCAGTTGCTATCCTTTG
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