0
+ − 1 #!/usr/bin/perl-w
+ − 2
+ − 3 use strict;
+ − 4
+ − 5 use warnings;
+ − 6
+ − 7 use Getopt::Long;
+ − 8
+ − 9 use Pod::Usage;
+ − 10
+ − 11 use File::Basename;
+ − 12
+ − 13 # Date: 14-05-2010
+ − 14
+ − 15 # This program takes a fastq file containing paired-end reads in interleaved format as input and returns two separate files containing read 1 and read 2 in the correct order.
+ − 16
+ − 17 # Author: Ram Vinay Pandey
+ − 18
+ − 19
+ − 20
+ − 21 # Define the variables
+ − 22
+ − 23 my $input="";
+ − 24
+ − 25 my $output="";
+ − 26
+ − 27 my $help=0;
+ − 28
+ − 29 my $test=0;
+ − 30
+ − 31 my $verbose=1;
+ − 32
+ − 33
+ − 34
+ − 35 my $usage="perl $0 --input interleaved_fastq_file.fastq --output output.fastq\n";
+ − 36
+ − 37
+ − 38
+ − 39 GetOptions(
+ − 40
+ − 41 "input=s" =>\$input,
+ − 42
+ − 43 "output=s" =>\$output,
+ − 44
+ − 45 "test" =>\$test,
+ − 46
+ − 47 "help" =>\$help
+ − 48
+ − 49 ) or pod2usage(-msg=>"Wrong options",-verbose=>1);
+ − 50
+ − 51
+ − 52
+ − 53 pod2usage(-verbose=>2) if $help;
+ − 54
+ − 55 Test::runTests() if $test;
+ − 56
+ − 57
+ − 58
+ − 59 pod2usage(-msg=>"\n\tProvide an input file!!\n\n\t\t$usage\n\n",-verbose=>1) unless -e $input;
+ − 60
+ − 61 pod2usage(-msg=>"\n\tProvide an output file!!\n\n\t\t$usage\n\n",-verbose=>1) unless $output;
+ − 62
+ − 63
+ − 64
+ − 65
+ − 66
+ − 67 my ( $name, $path, $extension ) = File::Basename::fileparse ( $output, '\..*' );
+ − 68
+ − 69 my $output1 = $name."-read1.fastq";
+ − 70
+ − 71 my $output2 = $name."-read2.fastq";
+ − 72
+ − 73
+ − 74
+ − 75 open my $ofh1, ">$output1" or die "Could not open output file";
+ − 76
+ − 77 open my $ofh2, ">$output2" or die "Could not open output file";
+ − 78
+ − 79
+ − 80
+ − 81
+ − 82
+ − 83 open (IN, "<$input") or die ("Could not open file $input for reading\n");
+ − 84
+ − 85
+ − 86
+ − 87 while (<IN>) {
+ − 88
+ − 89 chomp;
+ − 90
+ − 91 s/\r/\n/g;
+ − 92
+ − 93 # discard blank line
+ − 94
+ − 95 if (m/^\s*$/g) {
+ − 96
+ − 97 next;
+ − 98
+ − 99 }
+ − 100
+ − 101 else {
+ − 102
+ − 103 # Reading all lines for read 1
+ − 104
+ − 105 if (m/^\s*\@.*1$/) {
+ − 106
+ − 107
+ − 108
+ − 109 print $ofh1 "$_\n";
+ − 110
+ − 111 my $ct=0;
+ − 112
+ − 113 while(my $l = <IN>) {
+ − 114
+ − 115
+ − 116
+ − 117 $ct++;
+ − 118
+ − 119 chomp $l;
+ − 120
+ − 121 s/\r/\n/g;
+ − 122
+ − 123 print $ofh1 "$l\n";
+ − 124
+ − 125
+ − 126
+ − 127 last if($ct ==3);
+ − 128
+ − 129
+ − 130
+ − 131 }
+ − 132
+ − 133
+ − 134
+ − 135 }
+ − 136
+ − 137 # Reading all lines for read 2
+ − 138
+ − 139 if (m/^\s*\@.*2$/) {
+ − 140
+ − 141
+ − 142
+ − 143 print $ofh2 "$_\n";
+ − 144
+ − 145 my $ct=0;
+ − 146
+ − 147 while(my $l = <IN>) {
+ − 148
+ − 149
+ − 150
+ − 151 $ct++;
+ − 152
+ − 153 chomp $l;
+ − 154
+ − 155 s/\r/\n/g;
+ − 156
+ − 157 print $ofh2 "$l\n";
+ − 158
+ − 159
+ − 160
+ − 161 last if($ct ==3);
+ − 162
+ − 163 }
+ − 164
+ − 165
+ − 166
+ − 167
+ − 168
+ − 169 }
+ − 170
+ − 171
+ − 172
+ − 173 }
+ − 174
+ − 175 }
+ − 176
+ − 177
+ − 178
+ − 179 close IN;
+ − 180
+ − 181 close $ofh1;
+ − 182
+ − 183 close $ofh2;
+ − 184
+ − 185
+ − 186
+ − 187
+ − 188
+ − 189
+ − 190
+ − 191 =head1 NAME
+ − 192
+ − 193
+ − 194
+ − 195 split-interleaved-fastq.pl - TThis program takes a fastq file containing paired-end reads in interleaved format as input and returns two separate files containing read 1 and read 2 in the correct order.
+ − 196
+ − 197
+ − 198
+ − 199 =head1 SYNOPSIS
+ − 200
+ − 201
+ − 202
+ − 203 perl split-interleaved-fastq.pl --input interleaved_fastq_file.fastq --output output.fastq
+ − 204
+ − 205
+ − 206
+ − 207 =head1 OPTIONS
+ − 208
+ − 209
+ − 210
+ − 211 =over 4
+ − 212
+ − 213
+ − 214
+ − 215 =item B<--input>
+ − 216
+ − 217
+ − 218
+ − 219 The input file which contains read1 and read2 in a single file in FASTQ format. Mandatory parameter
+ − 220
+ − 221
+ − 222
+ − 223 =item B<--output>
+ − 224
+ − 225
+ − 226
+ − 227 The output file. Mandatory parameter
+ − 228
+ − 229
+ − 230
+ − 231 =item B<--help>
+ − 232
+ − 233
+ − 234
+ − 235 Display help for this script
+ − 236
+ − 237
+ − 238
+ − 239 =back
+ − 240
+ − 241
+ − 242
+ − 243 =head1 Details
+ − 244
+ − 245
+ − 246
+ − 247 =head2 Input
+ − 248
+ − 249
+ − 250
+ − 251 The paired-end reads in interleaved format; input file looks like following:
+ − 252
+ − 253
+ − 254
+ − 255 @fc_HWUSI-EAS613R:1:1:4:682#CATA/1
+ − 256
+ − 257 TTGTANGATTTCGTCCAGACTTATCTGGAGCATCCGGACGGTCGGGTGAAGCTCAATCCTCAGCTGGTGTTG
+ − 258
+ − 259 +fc_HWUSI-EAS613R:1:1:4:682#CATA/1
+ − 260
+ − 261 baaa\DVbbbbaaaaa`[`abaaaab`b`]aab]_aaa``Z^`a[SN^QR^`]___aXK[a\T\[UTWWMZV
+ − 262
+ − 263 @fc_HWUSI-EAS613R:1:1:4:682#CATA/2
+ − 264
+ − 265 TCGACAGCTGCTGCTCCGTATTGAGGTACGGATCGTTCACGATCATATACGCCCTCTCTTTCAAAAACCTCA
+ − 266
+ − 267 +fc_HWUSI-EAS613R:1:1:4:682#CATA/2
+ − 268
+ − 269 bbbY`[`a\S_Y][XPaUDZ__LLL]TZPWXBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+ − 270
+ − 271
+ − 272
+ − 273 =head2 Output
+ − 274
+ − 275
+ − 276
+ − 277 The output looks like as following for reads 1:
+ − 278
+ − 279
+ − 280
+ − 281 @fc_HWUSI-EAS613R:1:1:4:682#CATA/1
+ − 282
+ − 283 TTGTANGATTTCGTCCAGACTTATCTGGAGCATCCGGACGGTCGGGTGAAGCTCAATCCTCAGCTGGTGTTG
+ − 284
+ − 285 +fc_HWUSI-EAS613R:1:1:4:682#CATA/1
+ − 286
+ − 287 baaa\DVbbbbaaaaa`[`abaaaab`b`]aab]_aaa``Z^`a[SN^QR^`]___aXK[a\T\[UTWWMZV
+ − 288
+ − 289
+ − 290
+ − 291 The output looks like as following for reads 2:
+ − 292
+ − 293
+ − 294
+ − 295 @fc_HWUSI-EAS613R:1:1:4:682#CATA/2
+ − 296
+ − 297 TCGACAGCTGCTGCTCCGTATTGAGGTACGGATCGTTCACGATCATATACGCCCTCTCTTTCAAAAACCTCA
+ − 298
+ − 299 +fc_HWUSI-EAS613R:1:1:4:682#CATA/2
+ − 300
+ − 301 bbbY`[`a\S_Y][XPaUDZ__LLL]TZPWXBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+ − 302
+ − 303
+ − 304
+ − 305
+ − 306
+ − 307 =head1 AUTHORS
+ − 308
+ − 309
+ − 310
+ − 311 Ram vinay pandey
+ − 312
+ − 313
+ − 314
+ − 315 =cut
+ − 316
+ − 317
