--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/bwa_wrapper_out2.sam	Thu Jun 05 15:15:34 2014 -0400
@@ -0,0 +1,30 @@
+seq1	16	phiX174	322	25	36M	*	0	0	GATATTTTAAAGGAGCGTGGATTACTATCTGAGTCC	B&&I13A$G$*%$IIIIIII9(.+5$IIIIIII#II	XT:A:U	NM:i:2	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:2	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:2C8A24
+seq2	0	phiX174	141	37	36M	*	0	0	ATTCGACCTATCCTTGCGCAGCTCGAGAAGCTCTTA	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:0	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:36
+seq3	0	phiX174	505	37	36M	*	0	0	GTAACAAAGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTG	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:0	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:36
+seq4	4	*	0	0	*	*	0	0	AGCCGCTCGTCTTTTATGTAGGTGGTCAACCATTTT	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII
+seq5	0	phiX174	4985	25	36M	*	0	0	CAGTTATATGGCTTTTGGTTTCTATGTGGCTTAATA	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:2	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:2	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:13G17A4
+seq6	0	phiX174	925	37	11M1D25M	*	0	0	AGGCGCTCGTCTTGGTATGTAGGTGGTCAACAATTT	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:1	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	MD:Z:11^T25
+seq7	0	phiX174	943	37	13M1I22M	*	0	0	TGTAGGTGGTCAACCAATTTTAATTGCAGGGGCTTC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:1	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	MD:Z:35
+seq8	4	*	0	0	*	*	0	0	ACACCCGTCCTTTACGTCATGCGCTCTATTCTCTGG	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII
+seq9	0	phiX174	2596	37	16M1I19M	*	0	0	GCCGCTATTCAGGTTGTTTTCTGTTGGTGCTGATAT	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:2	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:1	XG:i:1	MD:Z:7A27
+seq10	0	phiX174	4149	37	17M1D19M	*	0	0	ATTCTTTCTTTTCGTATCAGGGCGTTGAGTTCGATA	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:2	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:1	XG:i:1	MD:Z:5G11^G19
+seq11	0	phiX174	4072	37	18M1D18M	*	0	0	GCATTTCTACTCCTTCTCATCCCCAATGCTTGGCTT	II#IIIIIII$5+.(9IIIIIII$%*$G$A31I&&B	XT:A:U	NM:i:2	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:1	XG:i:1	MD:Z:12T5^A18
+seq12	4	*	0	0	*	*	0	0	CGCGCTTCGATAAAAATGGGATTGGCGTTTCCAACC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII
+seq13	4	*	0	0	*	*	0	0	ATTTCTACTCTTTCTCATCCCCAATCCTTGCCTTCC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIAAIIIIIIIIIIIII
+seq14	0	phiX174	3998	37	21M1D15M	*	0	0	CCCTTTTGAATGTCACGCTGATATTTTGACTTTGAG	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:2	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:1	XG:i:1	MD:Z:5C15^T15
+seq15	4	*	0	0	*	*	0	0	CCAACTTACCAAGGTGGGTTACGAAACGCGACGCCG	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII
+seq16	4	*	0	0	*	*	0	0	TCAGGGTATTAAAAGAGATTATTTTTCTCCAGCCAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII
+seq17	0	phiX174	3034	37	19M1D17M	*	0	0	GTGATGTGCTTGCTACCGAAACAATACTTTAGGCAT	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:2	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:1	XG:i:1	MD:Z:19^T9G7
+seq18	4	*	0	0	*	*	0	0	TCAATCCCCCATGCTTGGCCGTTCCATAAGCAGATG	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII
+seq19	4	*	0	0	*	*	0	0	TTCCTGCGCTTAATGCTTGAGCGTCCTGGTGCTGAT	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII
+seq20	0	phiX174	1082	37	36M	*	0	0	CTTATTACCATTTCAACTACTCCGGTTATCGCTGGC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:0	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:36
+seq21	0	phiX174	1344	37	15M1D21M	*	0	0	CTGATACCAATAAAACCCTAAGCATTTGGTTCAGGG	II#IIIIIII$5+.(9IIIIIII$%*$G$A31I&&B	XT:A:U	NM:i:2	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:1	XG:i:1	MD:Z:15^T13T7
+seq22	4	*	0	0	*	*	0	0	AATCAAACTTACCAAGGGGTTACGACGCGACGCCGT	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII
+seq23	4	*	0	0	*	*	0	0	TGTGCTTCCCCAACTTGATTTAATAACCCTATAGAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII
+seq24	0	phiX174	4084	37	17M1I18M	*	0	0	TTTCTCAATCCCCAATGCCTTGGCTTCCCTAAGCAG	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:2	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:1	XG:i:1	MD:Z:27A7
+seq25	0	phiX174	520	37	16M1I19M	*	0	0	TTGCTACTGACCGCTCTTCGTGCTCGTTGCTGCGTT	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:2	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:1	XG:i:1	MD:Z:26C8
+seq26	0	phiX174	1976	37	36M	*	0	0	CCGCGTGAAATTTCTATGAAGGATGTTTTCCGTTCT	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:0	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:36
+seq27	0	phiX174	2598	37	20M1I15M	*	0	0	CGCTAATCAAGTTGTTTCTGTTTGGTGCTGATATTG	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:2	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:1	XG:i:1	MD:Z:9G25
+seq28	4	*	0	0	*	*	0	0	AAAGAGATTATTTGTCGGTCCAGCCACTAAAGTGAG	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII
+seq29	4	*	0	0	*	*	0	0	CAAATTAATGCGCGCTTCGATAATGATTGGGGTATC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII
+seq30	0	phiX174	4091	37	18M1I17M	*	0	0	ATCCCCTATGCTTGGCTTACCATAAGCAGATGGATA	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:2	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:1	XG:i:1	MD:Z:6A28