# HG changeset patch # User galaxy-australia # Date 1675830668 0 # Node ID f78303e25f3e581a39581e2b686ea429bccf4c73 "planemo upload for repository https://github.com/usegalaxy-au/tools-au/tree/master/tools/ipa commit 835a903a68cae7f23fd35f3adc4af28b8f508a51" diff -r 000000000000 -r f78303e25f3e README.md --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/README.md Wed Feb 08 04:31:08 2023 +0000 @@ -0,0 +1,32 @@ +*A Galaxy Wrapper of IPA HiFi Genome Assembler* + +**Description** + +This repo contains the implementation of the IPA HiFi Genome Assembler. It's currently implemented as a Snakemake workflow (workflow/ipa.snakefile) and runs the following stages: + +1. Building the SeqDB and SeedDB from the input reads. +2. Overlapping using the Pancake overlapper. +3. Phasing the overlaps using the Nighthawk phasing tool. +4. Filtering the overlaps using Falconc m4Filt. +5. Contig construction using Falcon's ovlp_to_graph and graph_to_contig tools. +6. Read tracking for read-to-contig assignment. +7. Polishing using Racon. + +For more info: https://github.com/PacificBiosciences/pbipa and https://github.com/PacificBiosciences/pbbioconda/wiki/Improved-Phased-Assembler + +*test-data* + + +The test data can be downloaded from ([bam](https://downloads.pacbcloud.com/public/dataset/2021-11-Microbial-96plex/demultiplexed-reads/m64004_210929_143746.bc2046.bam)) or select one of the bam files [here](https://downloads.pacbcloud.com/public/dataset/2021-11-Microbial-96plex/demultiplexed-reads/) or a small ccs bam (85MB) bam file [here](https://downloads.pacbcloud.com/public/dataset/ISMB_workshop/isoseq3/alz.ccs.bam) + +*planemo test* + +1. download the m64004_210929_143746.bc2046.bam file into test-data folder +2. create a softlink (test.bam) pointing to m64004_210929_143746.bc2046.bam + +3. run planemo test (i.e. planemo test --galaxy_root=/path/to/your/galaxy/folder ipa.xml) +or +3. run planemo test --update_test_data (i.e. planemo test --galaxy_root=/path/to/your/galaxy/folder ipa.xml) to update the test data +or +3. run planemoe test (i.e. planemo test --galaxy_root=/path/to/your/galaxy/folder ipa.xml) + diff -r 000000000000 -r f78303e25f3e ipa.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/ipa.xml Wed Feb 08 04:31:08 2023 +0000 @@ -0,0 +1,240 @@ + + IPA HiFi Genome Assembler + + macros.xml + + + + + > 'RUN/config.yaml' && + #end if + cat 'RUN/ipa.log' > '$log' && + cat 'RUN/input.fofn' > '$fofn' && + cat 'RUN/config.yaml' > '$config' && + cat $fofn | awk '{print "\nreads_fn: " $1}' >> '$config' && + python3 -m snakemake -j \${GALAXY_SLOTS:-6} -p -s "\$IPA_PATH/etc/ipa.snakefile" --configfile '$config' --reason + ]]> + + + + + +
+ + + + + +
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+ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
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+ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
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+ `_. + ]]> + + @ARTICLE{Kim07aninterior-point, + author = {Ivan Sovic, Zev Kronenberg, Christopher Dunn, Derek Barnett, Sarah Kingan, James Drake}, + title = {Improved Phased Assembler}, + abstract = {Improved Phased Assembler (IPA) is the official PacBio software for HiFi genome assembly. IPA was designed to utilize the accuracy of PacBio HiFi reads to produce high-quality phased genome assemblies. IPA is an end-to-end solution, starting with input reads and resulting in a polished assembly. IPA is fast, providing an easy to use local run mode or a distributed pipeline for a cluster}, + } + + @misc{IPA_github, + title={IPA Github page}, + url = {https://github.com/PacificBiosciences/pbipa},} + + +
diff -r 000000000000 -r f78303e25f3e macros.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Wed Feb 08 04:31:08 2023 +0000 @@ -0,0 +1,76 @@ + + 1.8.0 + 0 + + + ipa_hifi + + + + + pbipa + + + + + + + + + if [ -z "\$IPA_PATH" ]; then export IPA_PATH=\$(dirname \$(dirname \$(readlink -e \$(which ipa)))); fi + + &1 | head -1 + ]]> + + + + + + + + + $pacbio_input_file + + + + + + > $pacbio_list_file && + $pacbio_input_files.append($pacbio_input_file) + #end for + ]]> + + + #echo ' '.join($pacbio_input_files)# + + + $pacbio_list_file + + diff -r 000000000000 -r f78303e25f3e test-data/alternative_ctg.fasta diff -r 000000000000 -r f78303e25f3e test-data/final_purged_haplotigs.fasta diff -r 000000000000 -r f78303e25f3e test-data/final_purged_primary.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/final_purged_primary.fasta Wed Feb 08 04:31:08 2023 +0000 @@ -0,0 +1,28 @@ +>ctg/p/l/000000/0 LN:i:9444 RC:i:16 XC:f:1.000000 +AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCAGTTAAGGGACGTGTTTTATTTCATAGCTTTCTGCAAGCAAAATTGCTCTGATACAAAATGAGTTCAATGATACAGGTGCTACTGTCCACTCAAGCAAAAGAAAACCTCACATGTATATGAACGCACTTTATACTTATATTCTTACAGTATAATAGGTCTAATATCCAGGATGCCTCTGGCCTCATTGAAAGCAATGGCAGAGAAATGCTGCAAGGTACTTGAATATCATAGTACTGGCAAGTGCTTGAAGTAACTTCCTGTGAGTTCTCTGTCAGATACTGCAAAGACTGCGTGTGGGTGTGTTTGTCTTTTTGTCTTCCATCTTTTGGTTTACATTTAAATCATCTCAAAAAATATCCCCTGCATGTATCATTCAGCTTCTCAGAGTTTCCATAAAAACAGGAAAATGTCATGAGGTATCCCTAACGTCAGGGATTGATGTAGTGCTGTGGCTGTCAGAGAGGATGTAGACTTACCTGTAGGTACAGTAACTGAGTTTAGTGTGTGCCCGGCACGTTACAGTGCAGAAATGTTAGTTCATGTTAAACTTTTCCTCCTCACATATGATGTGACTTTAACCCCAGAATATCTGACAAAAAAAATTATACAGATAAAATAAAAAGACAAATACACAAATAAGGCCATCTGCAGAATTTTAAACTCGCCTCTTGCAATATTTCACAAGAATTTCTACACCATATTTTACATCGTTCAAACTTAAATAATAAATGCTCAAGGAAGGGCCTTGGTAGAACCAATTGCACTATCTCTTTGAGGACTTGTCCAATTTGCTGGCAGGTGATTTCCTCTGGGGCGTGGGGATTTTTGAAGGCTTCGCTGTGGATGGCCGAGAACCTGCTCGGGGTGTAGGTCTGTGTGTCTGGGGGACAGTTTCCACATCTGAGCACACGGACTGGATTTCTGAAATGTCAAAGTCTGATGCATCACTGCCTCGGCGGCTGCTGGCCCTGCTGCCAGCTTTGCTTCCAGCTCGACTTCCTGGTCGGCTGGGAGTCTTCTTGGAATCAGCAAACTGTGTTCGGACTCTGGCAGCTGCAGTTGTTATCAAGCCACTGTCCTCCCCAGAGTGGAAGCCTTTCCCTGATAAATATCCTGGAAGTCGAAGCTTGCTTCCTTGTATTGGCGTTCCCTCTGCAGATGGCACGGGAAAGTCTGAGCACTCTGCTGCTTTACAAGGAGTTGACATTTTGCTGTTTGTCAACCATGGTTTACCATAATTGCGTGTTAAAGGATGGAGAATCTTGGGTGTGGTGGTGGCAGGGACCTGTGGGGAGGCCGCCTGCGCAGCCTGACTGGACACAGAAGTGGATCTGTTGGGTGAAGCGCCTCGTGATGATGGCCGGGATCTTCGGCCTCGGGGTCGGAAAGCAGCCATACCCTGGCTGGCACCATCTGCTAAAATGAACTTCTCACGCAGTTCCATGTTTGTCCTTCCTTTGGCCCTGCAAGGATCATTTTTCACTAAGAACTCATCAAGTGCCATCCATCCACCTCCAACACGAACCATCACAGTACTCCGCAGGATCCGGACCAGTCGCAGTTGCTGGGAGTCTCCAAACTGATTTCCCAGGAAGAACCTGTATTTATTATCACCAATCTGCTCAACTTGAAATCGCTTTGCACATTTACACTTAGCTACCTGCCTTGTCACCTCATCTTCGATTTTGTCGGCATCTGTGATAGGTTTATATGCATCTTTATTTGGGTGAAGGGCTGCTACAAATTCATAGTAGTCAATATATCCATCGCCATCTCTGTCAAAGATGTCTGCAACTGCGCTCATCTCCAAGCGACTGGTTGGAAACTTTGAGGAAAGAATTCCATCAATAAATTCCTGCCGCGTTATTTTCCCATCCTGGTCTTTATCAATTCTCCTGAAGAAGTCCATCACTCGAGATTTCTTGTGATTCATCCATCGCATGTATTTTTTGCGCCAGATATCAAAATCAAAGTTAGCAAATTCCCTCAGCTCCTCTAGTCTGTCCAAGGCATCATTGAGTTTCCTCCTTCTTTCCAACGCCAGGAGCCAGACTTGCTGCCATTTGCTCACCAGTAAGTTTACCCTAGGATTTTTGGTTTCAATTTGTGTCTGTGACCCAGAGGGATACAAGCTTGATGCTGGAAAGCGTTTTCTTCCTGCTCGTCCCTTATCCAAGACTGGAATATGGGATTGTAATGAGGAAGGATCAGCAGCTCTCCTCTTATAGGTCTTCGTTACTTTATCAACATCAGGCTGTTTTCTGGTCATTTCCTCCATGAAGGTCTGGTGTTCTGCAATGAGTGCTTTCACCTCTTCGATCTCCTGGGGGATGACTTCTTTATCCTTATCAGTAAGTGTAGTTTCAGCCCATTGCAACCAAGCCAGCAAAGCTTCCAACAATTCCTGTTTGGCAATAAGCCCAGCCAGAGCACTTGCTAATCTCTGCTGATGTTGCTTTGCCCAGGCCAGCACCTCCTCAAACCTCGCCCGGATGATTGTTATCCAGTGCTTAATGGTAGTGATGGAGTCGGGGTGGCAGATAGCCAAAACGGTGTCGCCCATAGTGGTGGCTTTATTTAGTTCAGCTCTCTTTTCTTCCAGTTTCTTCATGAATTCTTTATGCTGATCAATGAGAGTCCGGAGAGCATCCTCATCATCTGGGAGGACACCATGGAAACGCAGGGTTTGCTCCGCCTCAGCCAGCCACTCCAAGAGGGCATGTACCACCGAGTGGAATTCCTCTGCCTGACGCAGGGCTGCTTCTAACCGTGTTTGCTTTGATATAGAAAGTGCACACACGGTCTCCCAGCGTGTGCTTAATTCCTGCATCTGGACCTTGACCCAGGAGGAGTCATCCCGACTGCCTTCTATGAGTTCTCGGGCTGAGCGCTTCAGGGCCTGCACACTGCTGGTCCTCTTCCCCAACTCTTTTTGGAAGGCCTTGTGATTATCGATCAGATTCATCACCAAATCAATGTCTCCATGAACAGGCTGGTCTTCTGCCAGCTGGGGTTCAACTCTATATAACCAATCAATGAGAGCCTGTAGGGCATCTGTGAATTGTCCAGAAAATAACAGGGCTTCCTCCAATTTGTTTTGTCTTTCCACAGATTTTCCACATATGGTATCCCATTTGTCTCTGAGTTCACTCAGCATGTCATCCAGTTTCAGGTTGTCATCAGCCAGGGAGGTTTTCTCCTTCAGAGAACGTCCAGTCCTGTTGGTGGTGTCGTAGACAGAATGCTTGGCTCCGAGTGATTTCTGAAACTCCTTATGTTGTGCAAGTTGTGTTTTTATTTTGTCTGGATCATTTGCGATTTCCAGTTCAGAATCCAAAGACTTTTCTGACTCTTCTAGCCACTCCATAAGTTTACTCCAAGCTTCATGGAACTGCTTGGCTCTCTTCCTTGCATCATCCAAAGATCTTCCTCTCTCTACCAACCGTTGAACCACTTTTTCCCATCGACTTTGTACACTGATAAGTAGATTCTTGATTAGAACAACATCTTGTTTCTGACTAAAATATTTTAGGTGGGTTCCAGTTTTGTCCAGCTCTATTATCTGCTCACGATGAGAATTTACTTCATTGGCAAAAACCTTGTGTTCGTCAATTTGAAATAAGACTGTGTCCAAGATGAGACTTGGCCGAGAAGCTACATTTAGGGTCTGTTCAGCCTGAGTAAGCCAGTTGATGAAGTCTTGGAGAGAATTGTGGAACTCCATTGCCAAGTTGAGAGCCTCTTCCAGTTTAGTTTTCCTTTCATTGAGTTTGGTTTCCACCGATTCCCATTTTTCTTTCAAGTTATTTATGTCTTGGTCAATATTTGTCTCTGCAGATTTTGGGCATCTTGCAAGCATCTGCTGGCCTTTCTGCATCAGACTCTTATATGTTTCTTCTTTAGCTTCAAAGGCAGCACAGACTTCCATATGGACATTAAGCTGCTCCTTGGCTGTTTCCGGTAAACCTCCCAGCGGTTTAGATGCCAACAGATGACGCTCCGTGTCAGTCAGCCACTGCTGCAAATCCTCAATTTCGCCATGGAACCCTTTGGCCTGGCGCAAGGCACCATCCAGCTGCTGCTTCCTTTGTTCTGTTTTTTCCAAAACATTTTGCCAGCGTTGATTTAAAACCTCTAGCTTGTTCTGAAGGTTGCTTGCTTCTTCTCCTGCACTTGATTCAATTAGATCATTTCCTGCTTTATTAACGGCTTCCACTGTGGACTGATGGGCTAATACATCATTTTGGAGCACATGATGCTTGGCAAGTTCAATTTCAATGGCTTTAGGGTCTCCTCCAACAGGTTTCTGCTCACTTAGCAAGCCCTCGGTGTGTGTCAGCCATGCCAGGAGCTCATCCAGGGCATGTTGGAACTGACCCAAGGCTAATAGAGCACCCTCCAGTTTATGCTGTCTGTTGATGATTCTCTCCTCCAGGCTATCCCATATCAATTTCAGTTCCATTAATGGGTCTTGAACAGTGTGTTTGTCACTCTCTTCTGTTACTTTCTTTAGCAAAAGCTCTGCTTGATGATTCAGTCTTTCCATTTCTATCTGCTGTTGATAGGCCTCAGACTTAAATTGCTTTAGCTCTTCAATCTGCTGCTTGACAGTTTCGAGATCTGTTCCAATTGGAGACATTGAAGCTAATTTACCACCTGCAATATCTACCCAGTCAAATACCGCCTGCAGTCCATCCTGGTACTGAACGGCAGCCTGCATTGCCTCCTCAAGTTTGTCAATCCGGTCTTTCCAAGCTTTATTTAGAGAATCCCATGCTGAATTTAACTCATCTATACTCTTCTTGACAATGGGTTTATCAGGCTCCCCACATGCCGCAATGAGTTCAGAACCTAGGTTAATAACTATATCCAGCTCCTCCTGTAGTCCATCTATTTCTTCCCTTATGGTCTCTGCTGCTTCTTGCTGTTGTTTTACTACTGAAGGATCAATTCCAGGATCTTCCAGGTCCCGGATGAAATCTTGAGTATCTTTAATGGTAACTATCAATGACATGTGATCACACCAGAACTTTTCTGCTAGCTCCATCACATCCAGTAGTTTGGCTTCCCTCTCTTCCACCAGTGTGTGTATGTTCTCCCAAATGAAAACCATTTGGTCAAGCTTATCCTGAACAGCTTTGGCAGATATGTCTTTATCAGTCCCCCCAGATCTAGCAATCATTTCCTCTCCCCTCTGTTTAAGAGTTTCATACAACGGCTGTAGCTTTTCCATGTCTACTGACACATTCTTATTTTCACTGATCTGTTCCTTGATCTTCTCAACCTCTGCAGAGATAGAGGGTGGCTGCCTCAGACGTTCCACGATGCGTTCCAGGCTCTCAAGGATCTGATCTATCTTGTCATGGAACTGAGTTGATTGAGAAATGGCTTCATCCAGTGCCACAGCACGCTTTTTGACATCTTCTTTAATTTGACTGTAAAGGGTGTCGGCTGCCACATACTTCTCTTGGATAGAAAAGCCTTCCCCAGGGCTCAATTCCAGTAACTGTGGCCCAGTTTTGTTCATCTTATCTATATGAGGCTTGTGTTCAGCTATCAACTCACGCAGTTGCCGATGTTCTTCCTGCTGCTGCCTTAGAGTTTCATATTCAAGGGCTGGGGCGGGAAGCTGAGAGATGATTGATTGTGTTTCTGTCAGCCATGGCCAAAGTTCTTCATATGTTTCCCAGAATTGGTTAACCAGGGACTGTGCCCGTTCCAGCTGCAGATACCTTTCTGAATTAATCTGGCAGATGGTATCATAGTTCTTCAGTACCTTGTCCAGTTTTTTCTTCATTGATTGCTTTTCCTCTTCACTGCATGCGGTCATGATTTTATGCCCAGATTTAACAAGGTCATCAATAATATCCTTGTGTCTCAAAATCTCCATGGTGAATGTCTTTTGAACTTGAAGCTGAGCAGAAGTCTGGTCTTGCTCAAGCCTGATGTCACCCAGAGACATCAATTTTTTTTCTGTTTCAGTAATCCAGGATAACTCAGCATCAGCTGCTTGGTCAAACTGCTGTGATCGCAGAATGGCTGCATCGATCTCCTCCACCTTCTGAGTGATGGTGTCGCTCACTAATCGGTAGCGCTCATTGTCCTCAGCTACCATTTTCTCAAGTCCTTCTCTTGCCCTCCATGGTACCAGTTCCAGCAAAGCACTGCTCACTTCATTAAGGGAGTCCAGTAAGGCTTTGTTGTTCTTAGCTTCCTTTTTCAGTTCCTTTGGTCTCATTTGTGCTTGACTTGCTTCTTCTCCTTTCAGAACCTGAGTTTCATATGAAAGTAATTCCACCTCCACTTTGTCCAGCCAGGTACACAGCTCTTCGTGTGTGGAGTGCAGCCGCCTTGCAAGCTGCAGCGCCTGTTCCAGAGTCTTGGCCACATCAGTGCTCAGTTTAGTAATGTCTTTGTACCTTGCTTTAATGGCTTCCAATTTATCTTGAATTATTAAAACTTCATCACCTGTGGTTTGTTTAAGTAGTTCTAAACCATTTAGTAAAGCCTGATCTACATTTTGTTTCCTGAGTAAGATGTCCTCTTGCAGAACTTTGTGCTGTGCAATTTGTTCCTCAAGTTTAGATGCTTGGGTTCCTATGGGTTCACAATTCACCAGCCTCTTTTCTATGGTTGTAAGCCACTCGTTCAGTGGTTCTAAGGTTTCATGAAATTGCTGTGCTACCACCGAGATACCTTCCAACTGACGATTCCTTGTTTCAGCTTTATTAAGCAATGCCTCCCATCTGCTATCCAAGAGACTGAGCTGTTTCAAAATCTTCACTTTATCTGCGGGCTCTGCTGTTGTAGCAATTTTTTCTCCTTCTCGTTTGATTACCTCCACCGTAGATTTTCGGTCATCCAACAATCTCTGGAGAAGCTTTTGTTCTTGTATCTGGGCCTTTACCACTTTGAACTCAGCCGACGGGGGCTTCTGATTGGCCACAAGCTCCTCAGTGTCCACCATCCAGCTGAGCAGGGACTCCAGGGCATCCTGGAACCTCCCACAGTGCAGCAAGGCCTCCTGCAGCTGGGCTGCTCGCTGAGCCACCTTCTTATTGAGAGTCTTCCACCGTGCATTGACATCATCCAGGTCATGCTCCAAGCCCTGAGTGCTAGTGCTTTTGGCAGCACTCTGAATAAGGCCTTGACCTAACCAGTTTACATCTTGCTGTTTACCTTGCAAGGGTTCAATCTCTTCTTTCTGGAATACCTTGAACATGTTAAGCTGCTGATTAATTGTCTCCGTTTCCATACCAACAGGACCTTGTGACTCTTCATGTTCTTCGGCTTTCTGGAGCAGAATAGAAAATTCTTTCAATTTGCTGTAAAATTCTTCAAGGCGCTTAATTGTCCCTTCAACCTGCTCTTCTCTGGCTTGGGCTCGGTCCAGTAACTTGTTGCATTGTTTGCTTAAGGCCTCCAAGTCCCTTTTGATTCCAACAAGGTCAGGAGAGGTTTCTTCTGTGGCTAACATCATCTTGCAGGTTTTATTGGCATTGTCATTGCTTGCTATGAGGGCTTCTAGTTTCTTTAGAAAGGCTTTTATAGTTTCCTTTTGCTTTTGCAATGTTTCTGCATCTCTCCCCACTGGAGCCATGCTATCCAGTTCATCATCAAACTCTGCGAACTGAGAAAACATTTCTCGAATGGTATTCTGGAAATGCCCAATGCCCTGAAGCTTGGTTTCTAAGAAAGAACACTTTTCATCAACCTGCTGACTTAGTGTACTATGCTCTTGAGCTATGGTTTCCACTTGTAATAAAACATCAGAGGCTCCCTTTGAGTCTGAGGCCTCTACCACAAGGTCCTGTGCAAGTCTTTTAGCCAAATCTACCTGATGCTTCAAGGCCTGAAGTGATTTCTGCTGAGTTTGCAACATGGTCAGGTATTTGTTACTGTAAGCCTGGGATCCCAGCGAATCATGGATATCTAGCTGCTCCTTTGCACACTGAAGCTGCCTTTTAGATTCTTTGGAAACTTCTTGAAATTCTTTAAACTTCTGAGTCATGTTCTCCAGACAGAATTTCTTACTGTGAAGTTGTTCAGTGACCATGTCCACCTTCTGGATCAGTGACTTATTCTCATCTGTAACAACTTCTTTATCTATCTCACAGACACTGAGCAAGCTATTGGCTGTGTTGTTCAGTAATTCTACCATACCAAAGTGTTGGTCCATTTCCTTCTGCAGAGACTTTAACTTGGCAATAGAATTCTCTCCTTCAGCAGGATCCAAGCAAAATTTTATTTCCTCCAGGTTGTTTTGGCATTTGTCTATCCATGGCCAGAGAGTCTCTACTTGCTCTTTATACTTAAGGGCTTTTTCCAATGACTCTTTTAACTTGTTTTCTCTTTCTTTCACCTGCTTATTAAATGTATCCCAATTGGTTTTAATTGTATTAAGCTGTAACTGTAAGGCTGCCTTCTCAGACCCTTGTGTTTTTAATAACAGATTTTCACCTTCTGCAATGGTTTTTTCATACATATGAGACTGAGCGGTCAAAGTTTTACTAAAGTCTTTATGATCTTTAATTAATGACTCCAAGACATCGAGTTTGGCAGATATTGGATGAGATTTGTTTTGCTCTTCTTTCTTTGTATCCAGCCAAGCCTGAAAATCTCTAGACATTTGCTGAAATTGATGAGAGCTTGCACAGGCCGACTGAAGGTGCTGGACATGATTCTCTGCTTTCTGTTCAACATCCTTAAATGATTTTAAGATGCCTTCTAGTTGCCTACTAAGTTCTGCTTTCAAGTACTCTTCTTTAACCAGTGCTGACAAATCCTCACAGAGTGCCTGGGCCACTTTTATCTGCTTCTTTTCCTGCTGTATCTCCTGCTTCATTTTTTGGGCTGTTTCCAACTGTTGGTTCATAGCATCAGGGTGCGTGCTCACAGCCAGACTGCTGCTGAGTTTATTATCCAAGTCACTCAGTTTATCAGAAAGGCTTCTCAGCAGGCTTTGATACTGTGTGCTTTTAACAATGGCTTGGTCAATCCAGTCACATCTGTCACTCAATTGCCCTGTTAGGCTATCCCATTTTTGGGTCACAGCTGCCAGTTGCTCTTTCACAATCCCACGTAAAGAAGGGTCTTCTCCAGGCCTGCTCAGAATGCCCTGACCAGCTGCTGTCAGCTGTTCATATTGAGGTTTCCGAGTGGCGAATTCTTGCAGCAAAATCTGCACCTGCTGCCTTTGTGTGTTTAGCATATTTGGGTCAATTGACAAGGGCCCAAGAACACTGACCATAAGTTCTTTTTCCACAAGCCACTGTTTCAATTGGGCCTCTACAGTCTGGAACTGGGTTAGATTATTGGAGGATTCTTCCAGTTTTTGTTGTCTATCAATTGTTAATTGATTGAGTTCTTGCCACTTAGAATCTATTTC 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