# HG changeset patch
# User galaxy-australia
# Date 1675830668 0
# Node ID f78303e25f3e581a39581e2b686ea429bccf4c73
"planemo upload for repository https://github.com/usegalaxy-au/tools-au/tree/master/tools/ipa commit 835a903a68cae7f23fd35f3adc4af28b8f508a51"
diff -r 000000000000 -r f78303e25f3e README.md
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README.md Wed Feb 08 04:31:08 2023 +0000
@@ -0,0 +1,32 @@
+*A Galaxy Wrapper of IPA HiFi Genome Assembler*
+
+**Description**
+
+This repo contains the implementation of the IPA HiFi Genome Assembler. It's currently implemented as a Snakemake workflow (workflow/ipa.snakefile) and runs the following stages:
+
+1. Building the SeqDB and SeedDB from the input reads.
+2. Overlapping using the Pancake overlapper.
+3. Phasing the overlaps using the Nighthawk phasing tool.
+4. Filtering the overlaps using Falconc m4Filt.
+5. Contig construction using Falcon's ovlp_to_graph and graph_to_contig tools.
+6. Read tracking for read-to-contig assignment.
+7. Polishing using Racon.
+
+For more info: https://github.com/PacificBiosciences/pbipa and https://github.com/PacificBiosciences/pbbioconda/wiki/Improved-Phased-Assembler
+
+*test-data*
+
+
+The test data can be downloaded from ([bam](https://downloads.pacbcloud.com/public/dataset/2021-11-Microbial-96plex/demultiplexed-reads/m64004_210929_143746.bc2046.bam)) or select one of the bam files [here](https://downloads.pacbcloud.com/public/dataset/2021-11-Microbial-96plex/demultiplexed-reads/) or a small ccs bam (85MB) bam file [here](https://downloads.pacbcloud.com/public/dataset/ISMB_workshop/isoseq3/alz.ccs.bam)
+
+*planemo test*
+
+1. download the m64004_210929_143746.bc2046.bam file into test-data folder
+2. create a softlink (test.bam) pointing to m64004_210929_143746.bc2046.bam
+
+3. run planemo test (i.e. planemo test --galaxy_root=/path/to/your/galaxy/folder ipa.xml)
+or
+3. run planemo test --update_test_data (i.e. planemo test --galaxy_root=/path/to/your/galaxy/folder ipa.xml) to update the test data
+or
+3. run planemoe test (i.e. planemo test --galaxy_root=/path/to/your/galaxy/folder ipa.xml)
+
diff -r 000000000000 -r f78303e25f3e ipa.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/ipa.xml Wed Feb 08 04:31:08 2023 +0000
@@ -0,0 +1,240 @@
+
+ IPA HiFi Genome Assembler
+
+ macros.xml
+
+
+
+
+ > 'RUN/config.yaml' &&
+ #end if
+ cat 'RUN/ipa.log' > '$log' &&
+ cat 'RUN/input.fofn' > '$fofn' &&
+ cat 'RUN/config.yaml' > '$config' &&
+ cat $fofn | awk '{print "\nreads_fn: " $1}' >> '$config' &&
+ python3 -m snakemake -j \${GALAXY_SLOTS:-6} -p -s "\$IPA_PATH/etc/ipa.snakefile" --configfile '$config' --reason
+ ]]>
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ `_.
+ ]]>
+
+ @ARTICLE{Kim07aninterior-point,
+ author = {Ivan Sovic, Zev Kronenberg, Christopher Dunn, Derek Barnett, Sarah Kingan, James Drake},
+ title = {Improved Phased Assembler},
+ abstract = {Improved Phased Assembler (IPA) is the official PacBio software for HiFi genome assembly. IPA was designed to utilize the accuracy of PacBio HiFi reads to produce high-quality phased genome assemblies. IPA is an end-to-end solution, starting with input reads and resulting in a polished assembly. IPA is fast, providing an easy to use local run mode or a distributed pipeline for a cluster},
+ }
+
+ @misc{IPA_github,
+ title={IPA Github page},
+ url = {https://github.com/PacificBiosciences/pbipa},}
+
+
+
diff -r 000000000000 -r f78303e25f3e macros.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml Wed Feb 08 04:31:08 2023 +0000
@@ -0,0 +1,76 @@
+
+ 1.8.0
+ 0
+
+
+ ipa_hifi
+
+
+
+
+ pbipa
+
+
+
+
+
+
+
+
+ if [ -z "\$IPA_PATH" ]; then export IPA_PATH=\$(dirname \$(dirname \$(readlink -e \$(which ipa)))); fi
+
+ &1 | head -1
+ ]]>
+
+
+
+
+
+
+
+
+ $pacbio_input_file
+
+
+
+
+
+ > $pacbio_list_file &&
+ $pacbio_input_files.append($pacbio_input_file)
+ #end for
+ ]]>
+
+
+ #echo ' '.join($pacbio_input_files)#
+
+
+ $pacbio_list_file
+
+
diff -r 000000000000 -r f78303e25f3e test-data/alternative_ctg.fasta
diff -r 000000000000 -r f78303e25f3e test-data/final_purged_haplotigs.fasta
diff -r 000000000000 -r f78303e25f3e test-data/final_purged_primary.fasta
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/final_purged_primary.fasta Wed Feb 08 04:31:08 2023 +0000
@@ -0,0 +1,28 @@
+>ctg/p/l/000000/0 LN:i:9444 RC:i:16 XC:f:1.000000
+AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCAGTTAAGGGACGTGTTTTATTTCATAGCTTTCTGCAAGCAAAATTGCTCTGATACAAAATGAGTTCAATGATACAGGTGCTACTGTCCACTCAAGCAAAAGAAAACCTCACATGTATATGAACGCACTTTATACTTATATTCTTACAGTATAATAGGTCTAATATCCAGGATGCCTCTGGCCTCATTGAAAGCAATGGCAGAGAAATGCTGCAAGGTACTTGAATATCATAGTACTGGCAAGTGCTTGAAGTAACTTCCTGTGAGTTCTCTGTCAGATACTGCAAAGACTGCGTGTGGGTGTGTTTGTCTTTTTGTCTTCCATCTTTTGGTTTACATTTAAATCATCTCAAAAAATATCCCCTGCATGTATCATTCAGCTTCTCAGAGTTTCCATAAAAACAGGAAAATGTCATGAGGTATCCCTAACGTCAGGGATTGATGTAGTGCTGTGGCTGTCAGAGAGGATGTAGACTTACCTGTAGGTACAGTAACTGAGTTTAGTGTGTGCCCGGCACGTTACAGTGCAGAAATGTTAGTTCATGTTAAACTTTTCCTCCTCACATATGATGTGACTTTAACCCCAGAATATCTGACAAAAAAAATTATACAGATAAAATAAAAAGACAAATACACAAATAAGGCCATCTGCAGAATTTTAAACTCGCCTCTTGCAATATTTCACAAGAATTTCTACACCATATTTTACATCGTTCAAACTTAAATAATAAATGCTCAAGGAAGGGCCTTGGTAGAACCAATTGCACTATCTCTTTGAGGACTTGTCCAATTTGCTGGCAGGTGATTTCCTCTGGGGCGTGGGGATTTTTGAAGGCTTCGCTGTGGATGGCCGAGAACCTGCTCGGGGTGTAGGTCTGTGTGTCTGGGGGACAGTTTCCACATCTGAGCACACGGACTGGATTTCTGAAATGTCAAAGTCTGATGCATCACTGCCTCGGCGGCTGCTGGCCCTGCTGCCAGCTTTGCTTCCAGCTCGACTTCCTGGTCGGCTGGGAGTCTTCTTGGAATCAGCAAACTGTGTTCGGACTCTGGCAGCTGCAGTTGTTATCAAGCCACTGTCCTCCCCAGAGTGGAAGCCTTTCCCTGATAAATATCCTGGAAGTCGAAGCTTGCTTCCTTGTATTGGCGTTCCCTCTGCAGATGGCACGGGAAAGTCTGAGCACTCTGCTGCTTTACAAGGAGTTGACATTTTGCTGTTTGTCAACCATGGTTTACCATAATTGCGTGTTAAAGGATGGAGAATCTTGGGTGTGGTGGTGGCAGGGACCTGTGGGGAGGCCGCCTGCGCAGCCTGACTGGACACAGAAGTGGATCTGTTGGGTGAAGCGCCTCGTGATGATGGCCGGGATCTTCGGCCTCGGGGTCGGAAAGCAGCCATACCCTGGCTGGCACCATCTGCTAAAATGAACTTCTCACGCAGTTCCATGTTTGTCCTTCCTTTGGCCCTGCAAGGATCATTTTTCACTAAGAACTCATCAAGTGCCATCCATCCACCTCCAACACGAACCATCACAGTACTCCGCAGGATCCGGACCAGTCGCAGTTGCTGGGAGTCTCCAAACTGATTTCCCAGGAAGAACCTGTATTTATTATCACCAATCTGCTCAACTTGAAATCGCTTTGCACATTTACACTTAGCTACCTGCCTTGTCACCTCATCTTCGATTTTGTCGGCATCTGTGATAGGTTTATATGCATCTTTATTTGGGTGAAGGGCTGCTACAAATTCATAGTAGTCAATATATCCATCGCCATCTCTGTCAAAGATGTCTGCAACTGCGCTCATCTCCAAGCGACTGGTTGGAAACTTTGAGGAAAGAATTCCATCAATAAATTCCTGCCGCGTTATTTTCCCATCCTGGTCTTTATCAATTCTCCTGAAGAAGTCCATCACTCGAGATTTCTTGTGATTCATCCATCGCATGTATTTTTTGCGCCAGATATCAAAATCAAAGTTAGCAAATTCCCTCAGCTCCTCTAGTCTGTCCAAGGCATCATTGAGTTTCCTCCTTCTTTCCAACGCCAGGAGCCAGACTTGCTGCCATTTGCTCACCAGTAAGTTTACCCTAGGATTTTTGGTTTCAATTTGTGTCTGTGACCCAGAGGGATACAAGCTTGATGCTGGAAAGCGTTTTCTTCCTGCTCGTCCCTTATCCAAGACTGGAATATGGGATTGTAATGAGGAAGGATCAGCAGCTCTCCTCTTATAGGTCTTCGTTACTTTATCAACATCAGGCTGTTTTCTGGTCATTTCCTCCATGAAGGTCTGGTGTTCTGCAATGAGTGCTTTCACCTCTTCGATCTCCTGGGGGATGACTTCTTTATCCTTATCAGTAAGTGTAGTTTCAGCCCATTGCAACCAAGCCAGCAAAGCTTCCAACAATTCCTGTTTGGCAATAAGCCCAGCCAGAGCACTTGCTAATCTCTGCTGATGTTGCTTTGCCCAGGCCAGCACCTCCTCAAACCTCGCCCGGATGATTGTTATCCAGTGCTTAATGGTAGTGATGGAGTCGGGGTGGCAGATAGCCAAAACGGTGTCGCCCATAGTGGTGGCTTTATTTAGTTCAGCTCTCTTTTCTTCCAGTTTCTTCATGAATTCTTTATGCTGATCAATGAGAGTCCGGAGAGCATCCTCATCATCTGGGAGGACACCATGGAAACGCAGGGTTTGCTCCGCCTCAGCCAGCCACTCCAAGAGGGCATGTACCACCGAGTGGAATTCCTCTGCCTGACGCAGGGCTGCTTCTAACCGTGTTTGCTTTGATATAGAAAGTGCACACACGGTCTCCCAGCGTGTGCTTAATTCCTGCATCTGGACCTTGACCCAGGAGGAGTCATCCCGACTGCCTTCTATGAGTTCTCGGGCTGAGCGCTTCAGGGCCTGCACACTGCTGGTCCTCTTCCCCAACTCTTTTTGGAAGGCCTTGTGATTATCGATCAGATTCATCACCAAATCAATGTCTCCATGAACAGGCTGGTCTTCTGCCAGCTGGGGTTCAACTCTATATAACCAATCAATGAGAGCCTGTAGGGCATCTGTGAATTGTCCAGAAAATAACAGGGCTTCCTCCAATTTGTTTTGTCTTTCCACAGATTTTCCACATATGGTATCCCATTTGTCTCTGAGTTCACTCAGCATGTCATCCAGTTTCAGGTTGTCATCAGCCAGGGAGGTTTTCTCCTTCAGAGAACGTCCAGTCCTGTTGGTGGTGTCGTAGACAGAATGCTTGGCTCCGAGTGATTTCTGAAACTCCTTATGTTGTGCAAGTTGTGTTTTTATTTTGTCTGGATCATTTGCGATTTCCAGTTCAGAATCCAAAGACTTTTCTGACTCTTCTAGCCACTCCATAAGTTTACTCCAAGCTTCATGGAACTGCTTGGCTCTCTTCCTTGCATCATCCAAAGATCTTCCTCTCTCTACCAACCGTTGAACCACTTTTTCCCATCGACTTTGTACACTGATAAGTAGATTCTTGATTAGAACAACATCTTGTTTCTGACTAAAATATTTTAGGTGGGTTCCAGTTTTGTCCAGCTCTATTATCTGCTCACGATGAGAATTTACTTCATTGGCAAAAACCTTGTGTTCGTCAATTTGAAATAAGACTGTGTCCAAGATGAGACTTGGCCGAGAAGCTACATTTAGGGTCTGTTCAGCCTGAGTAAGCCAGTTGATGAAGTCTTGGAGAGAATTGTGGAACTCCATTGCCAAGTTGAGAGCCTCTTCCAGTTTAGTTTTCCTTTCATTGAGTTTGGTTTCCACCGATTCCCATTTTTCTTTCAAGTTATTTATGTCTTGGTCAATATTTGTCTCTGCAGATTTTGGGCATCTTGCAAGCATCTGCTGGCCTTTCTGCATCAGACTCTTATATGTTTCTTCTTTAGCTTCAAAGGCAGCACAGACTTCCATATGGACATTAAGCTGCTCCTTGGCTGTTTCCGGTAAACCTCCCAGCGGTTTAGATGCCAACAGATGACGCTCCGTGTCAGTCAGCCACTGCTGCAAATCCTCAATTTCGCCATGGAACCCTTTGGCCTGGCGCAAGGCACCATCCAGCTGCTGCTTCCTTTGTTCTGTTTTTTCCAAAACATTTTGCCAGCGTTGATTTAAAACCTCTAGCTTGTTCTGAAGGTTGCTTGCTTCTTCTCCTGCACTTGATTCAATTAGATCATTTCCTGCTTTATTAACGGCTTCCACTGTGGACTGATGGGCTAATACATCATTTTGGAGCACATGATGCTTGGCAAGTTCAATTTCAATGGCTTTAGGGTCTCCTCCAACAGGTTTCTGCTCACTTAGCAAGCCCTCGGTGTGTGTCAGCCATGCCAGGAGCTCATCCAGGGCATGTTGGAACTGACCCAAGGCTAATAGAGCACCCTCCAGTTTATGCTGTCTGTTGATGATTCTCTCCTCCAGGCTATCCCATATCAATTTCAGTTCCATTAATGGGTCTTGAACAGTGTGTTTGTCACTCTCTTCTGTTACTTTCTTTAGCAAAAGCTCTGCTTGATGATTCAGTCTTTCCATTTCTATCTGCTGTTGATAGGCCTCAGACTTAAATTGCTTTAGCTCTTCAATCTGCTGCTTGACAGTTTCGAGATCTGTTCCAATTGGAGACATTGAAGCTAATTTACCACCTGCAATATCTACCCAGTCAAATACCGCCTGCAGTCCATCCTGGTACTGAACGGCAGCCTGCATTGCCTCCTCAAGTTTGTCAATCCGGTCTTTCCAAGCTTTATTTAGAGAATCCCATGCTGAATTTAACTCATCTATACTCTTCTTGACAATGGGTTTATCAGGCTCCCCACATGCCGCAATGAGTTCAGAACCTAGGTTAATAACTATATCCAGCTCCTCCTGTAGTCCATCTATTTCTTCCCTTATGGTCTCTGCTGCTTCTTGCTGTTGTTTTACTACTGAAGGATCAATTCCAGGATCTTCCAGGTCCCGGATGAAATCTTGAGTATCTTTAATGGTAACTATCAATGACATGTGATCACACCAGAACTTTTCTGCTAGCTCCATCACATCCAGTAGTTTGGCTTCCCTCTCTTCCACCAGTGTGTGTATGTTCTCCCAAATGAAAACCATTTGGTCAAGCTTATCCTGAACAGCTTTGGCAGATATGTCTTTATCAGTCCCCCCAGATCTAGCAATCATTTCCTCTCCCCTCTGTTTAAGAGTTTCATACAACGGCTGTAGCTTTTCCATGTCTACTGACACATTCTTATTTTCACTGATCTGTTCCTTGATCTTCTCAACCTCTGCAGAGATAGAGGGTGGCTGCCTCAGACGTTCCACGATGCGTTCCAGGCTCTCAAGGATCTGATCTATCTTGTCATGGAACTGAGTTGATTGAGAAATGGCTTCATCCAGTGCCACAGCACGCTTTTTGACATCTTCTTTAATTTGACTGTAAAGGGTGTCGGCTGCCACATACTTCTCTTGGATAGAAAAGCCTTCCCCAGGGCTCAATTCCAGTAACTGTGGCCCAGTTTTGTTCATCTTATCTATATGAGGCTTGTGTTCAGCTATCAACTCACGCAGTTGCCGATGTTCTTCCTGCTGCTGCCTTAGAGTTTCATATTCAAGGGCTGGGGCGGGAAGCTGAGAGATGATTGATTGTGTTTCTGTCAGCCATGGCCAAAGTTCTTCATATGTTTCCCAGAATTGGTTAACCAGGGACTGTGCCCGTTCCAGCTGCAGATACCTTTCTGAATTAATCTGGCAGATGGTATCATAGTTCTTCAGTACCTTGTCCAGTTTTTTCTTCATTGATTGCTTTTCCTCTTCACTGCATGCGGTCATGATTTTATGCCCAGATTTAACAAGGTCATCAATAATATCCTTGTGTCTCAAAATCTCCATGGTGAATGTCTTTTGAACTTGAAGCTGAGCAGAAGTCTGGTCTTGCTCAAGCCTGATGTCACCCAGAGACATCAATTTTTTTTCTGTTTCAGTAATCCAGGATAACTCAGCATCAGCTGCTTGGTCAAACTGCTGTGATCGCAGAATGGCTGCATCGATCTCCTCCACCTTCTGAGTGATGGTGTCGCTCACTAATCGGTAGCGCTCATTGTCCTCAGCTACCATTTTCTCAAGTCCTTCTCTTGCCCTCCATGGTACCAGTTCCAGCAAAGCACTGCTCACTTCATTAAGGGAGTCCAGTAAGGCTTTGTTGTTCTTAGCTTCCTTTTTCAGTTCCTTTGGTCTCATTTGTGCTTGACTTGCTTCTTCTCCTTTCAGAACCTGAGTTTCATATGAAAGTAATTCCACCTCCACTTTGTCCAGCCAGGTACACAGCTCTTCGTGTGTGGAGTGCAGCCGCCTTGCAAGCTGCAGCGCCTGTTCCAGAGTCTTGGCCACATCAGTGCTCAGTTTAGTAATGTCTTTGTACCTTGCTTTAATGGCTTCCAATTTATCTTGAATTATTAAAACTTCATCACCTGTGGTTTGTTTAAGTAGTTCTAAACCATTTAGTAAAGCCTGATCTACATTTTGTTTCCTGAGTAAGATGTCCTCTTGCAGAACTTTGTGCTGTGCAATTTGTTCCTCAAGTTTAGATGCTTGGGTTCCTATGGGTTCACAATTCACCAGCCTCTTTTCTATGGTTGTAAGCCACTCGTTCAGTGGTTCTAAGGTTTCATGAAATTGCTGTGCTACCACCGAGATACCTTCCAACTGACGATTCCTTGTTTCAGCTTTATTAAGCAATGCCTCCCATCTGCTATCCAAGAGACTGAGCTGTTTCAAAATCTTCACTTTATCTGCGGGCTCTGCTGTTGTAGCAATTTTTTCTCCTTCTCGTTTGATTACCTCCACCGTAGATTTTCGGTCATCCAACAATCTCTGGAGAAGCTTTTGTTCTTGTATCTGGGCCTTTACCACTTTGAACTCAGCCGACGGGGGCTTCTGATTGGCCACAAGCTCCTCAGTGTCCACCATCCAGCTGAGCAGGGACTCCAGGGCATCCTGGAACCTCCCACAGTGCAGCAAGGCCTCCTGCAGCTGGGCTGCTCGCTGAGCCACCTTCTTATTGAGAGTCTTCCACCGTGCATTGACATCATCCAGGTCATGCTCCAAGCCCTGAGTGCTAGTGCTTTTGGCAGCACTCTGAATAAGGCCTTGACCTAACCAGTTTACATCTTGCTGTTTACCTTGCAAGGGTTCAATCTCTTCTTTCTGGAATACCTTGAACATGTTAAGCTGCTGATTAATTGTCTCCGTTTCCATACCAACAGGACCTTGTGACTCTTCATGTTCTTCGGCTTTCTGGAGCAGAATAGAAAATTCTTTCAATTTGCTGTAAAATTCTTCAAGGCGCTTAATTGTCCCTTCAACCTGCTCTTCTCTGGCTTGGGCTCGGTCCAGTAACTTGTTGCATTGTTTGCTTAAGGCCTCCAAGTCCCTTTTGATTCCAACAAGGTCAGGAGAGGTTTCTTCTGTGGCTAACATCATCTTGCAGGTTTTATTGGCATTGTCATTGCTTGCTATGAGGGCTTCTAGTTTCTTTAGAAAGGCTTTTATAGTTTCCTTTTGCTTTTGCAATGTTTCTGCATCTCTCCCCACTGGAGCCATGCTATCCAGTTCATCATCAAACTCTGCGAACTGAGAAAACATTTCTCGAATGGTATTCTGGAAATGCCCAATGCCCTGAAGCTTGGTTTCTAAGAAAGAACACTTTTCATCAACCTGCTGACTTAGTGTACTATGCTCTTGAGCTATGGTTTCCACTTGTAATAAAACATCAGAGGCTCCCTTTGAGTCTGAGGCCTCTACCACAAGGTCCTGTGCAAGTCTTTTAGCCAAATCTACCTGATGCTTCAAGGCCTGAAGTGATTTCTGCTGAGTTTGCAACATGGTCAGGTATTTGTTACTGTAAGCCTGGGATCCCAGCGAATCATGGATATCTAGCTGCTCCTTTGCACACTGAAGCTGCCTTTTAGATTCTTTGGAAACTTCTTGAAATTCTTTAAACTTCTGAGTCATGTTCTCCAGACAGAATTTCTTACTGTGAAGTTGTTCAGTGACCATGTCCACCTTCTGGATCAGTGACTTATTCTCATCTGTAACAACTTCTTTATCTATCTCACAGACACTGAGCAAGCTATTGGCTGTGTTGTTCAGTAATTCTACCATACCAAAGTGTTGGTCCATTTCCTTCTGCAGAGACTTTAACTTGGCAATAGAATTCTCTCCTTCAGCAGGATCCAAGCAAAATTTTATTTCCTCCAGGTTGTTTTGGCATTTGTCTATCCATGGCCAGAGAGTCTCTACTTGCTCTTTATACTTAAGGGCTTTTTCCAATGACTCTTTTAACTTGTTTTCTCTTTCTTTCACCTGCTTATTAAATGTATCCCAATTGGTTTTAATTGTATTAAGCTGTAACTGTAAGGCTGCCTTCTCAGACCCTTGTGTTTTTAATAACAGATTTTCACCTTCTGCAATGGTTTTTTCATACATATGAGACTGAGCGGTCAAAGTTTTACTAAAGTCTTTATGATCTTTAATTAATGACTCCAAGACATCGAGTTTGGCAGATATTGGATGAGATTTGTTTTGCTCTTCTTTCTTTGTATCCAGCCAAGCCTGAAAATCTCTAGACATTTGCTGAAATTGATGAGAGCTTGCACAGGCCGACTGAAGGTGCTGGACATGATTCTCTGCTTTCTGTTCAACATCCTTAAATGATTTTAAGATGCCTTCTAGTTGCCTACTAAGTTCTGCTTTCAAGTACTCTTCTTTAACCAGTGCTGACAAATCCTCACAGAGTGCCTGGGCCACTTTTATCTGCTTCTTTTCCTGCTGTATCTCCTGCTTCATTTTTTGGGCTGTTTCCAACTGTTGGTTCATAGCATCAGGGTGCGTGCTCACAGCCAGACTGCTGCTGAGTTTATTATCCAAGTCACTCAGTTTATCAGAAAGGCTTCTCAGCAGGCTTTGATACTGTGTGCTTTTAACAATGGCTTGGTCAATCCAGTCACATCTGTCACTCAATTGCCCTGTTAGGCTATCCCATTTTTGGGTCACAGCTGCCAGTTGCTCTTTCACAATCCCACGTAAAGAAGGGTCTTCTCCAGGCCTGCTCAGAATGCCCTGACCAGCTGCTGTCAGCTGTTCATATTGAGGTTTCCGAGTGGCGAATTCTTGCAGCAAAATCTGCACCTGCTGCCTTTGTGTGTTTAGCATATTTGGGTCAATTGACAAGGGCCCAAGAACACTGACCATAAGTTCTTTTTCCACAAGCCACTGTTTCAATTGGGCCTCTACAGTCTGGAACTGGGTTAGATTATTGGAGGATTCTTCCAGTTTTTGTTGTCTATCAATTGTTAATTGATTGAGTTCTTGCCACTTAGAATCTATTTC
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+INFO: Dependencies
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+This program comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; it is intended for
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+
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+ipa_purge_dups Version: 1.2.5
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+++ b/test-data/primary_ctg.fasta Wed Feb 08 04:31:08 2023 +0000
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