# HG changeset patch
# User galaxyp
# Date 1681944647 0
# Node ID 0a18ac48ac53ef02dbe4effc116acb506220dbab
# Parent 8337ff96a54b8e0a49d504d0f42d47886b9bebc5
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/cardinal commit eeeb69463a2037a6ee620b9223cb152fcc39f1b0
diff -r 8337ff96a54b -r 0a18ac48ac53 test-data/ComBat_results_Example_processed_file.ibd
Binary file test-data/ComBat_results_Example_processed_file.ibd has changed
diff -r 8337ff96a54b -r 0a18ac48ac53 test-data/ComBat_results_Example_processed_file.imzml
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+++ b/test-data/ComBat_results_Example_processed_file.imzml Wed Apr 19 22:50:47 2023 +0000
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diff -r 8337ff96a54b -r 0a18ac48ac53 test-data/ComBat_results_Example_processed_file.imzml.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ComBat_results_Example_processed_file.imzml.txt Wed Apr 19 22:50:47 2023 +0000
@@ -0,0 +1,4 @@
+imzML file:
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+-rw-r--r-- 1 ubuntu ubuntu 1663576 Feb 15 11:25 ibd
+-rw-r--r-- 1 ubuntu ubuntu 18593 Feb 15 11:25 imzml
diff -r 8337ff96a54b -r 0a18ac48ac53 test-data/ComBat_results_Example_processed_file_preprocessing.pdf
Binary file test-data/ComBat_results_Example_processed_file_preprocessing.pdf has changed
diff -r 8337ff96a54b -r 0a18ac48ac53 test-data/Combat_40pixel.ibd
Binary file test-data/Combat_40pixel.ibd has changed
diff -r 8337ff96a54b -r 0a18ac48ac53 test-data/Combat_40pixel.imzML
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/Combat_40pixel.imzML Wed Apr 19 22:50:47 2023 +0000
@@ -0,0 +1,1240 @@
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+++ b/test-data/Example_processed_ComBat_annotation.tabular Wed Apr 19 22:50:47 2023 +0000
@@ -0,0 +1,10 @@
+spectra_names x_values y_values batch_id condition
+xy_1_1 1 1 B_1 A
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+xy_3_3 3 3 B_2 A
diff -r 8337ff96a54b -r 0a18ac48ac53 test-data/annotation_40pixel.tabular
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/annotation_40pixel.tabular Wed Apr 19 22:50:47 2023 +0000
@@ -0,0 +1,41 @@
+xy_x_y x y TMA_Batch Sample Tissue
+xy_10_29 10 29 TMA_397 TMA_397_C-2_Tumor Tumor
+xy_22_14 22 14 TMA_402 TMA_402_C-3_Stroma Stroma
+xy_22_27 22 27 TMA_394 TMA_394_A-1_Stroma Stroma
+xy_23_7 23 7 TMA_402 TMA_402_C-3_Stroma Stroma
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+xy_29_45 29 45 TMA_394 TMA_394_A-1_Tumor Tumor
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+xy_34_43 34 43 TMA_394 TMA_394_A-1_Tumor Tumor
+xy_34_5 34 5 TMA_400 TMA_400_A-4_Tumor Tumor
+xy_36_3 36 3 TMA_400 TMA_400_A-4_Tumor Tumor
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+xy_3_4 3 4 TMA_402 TMA_402_C-3_Tumor Tumor
+xy_48_5 48 5 TMA_400 TMA_400_A-4_Stroma Stroma
+xy_49_11 49 11 TMA_400 TMA_400_A-4_Stroma Stroma
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+xy_51_6 51 6 TMA_400 TMA_400_A-4_Stroma Stroma
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+xy_55_8 55 8 TMA_400 TMA_400_A-4_Stroma Stroma
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+xy_5_5 5 5 TMA_402 TMA_402_C-3_Tumor Tumor
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+xy_6_4 6 4 TMA_402 TMA_402_C-3_Tumor Tumor
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+xy_6_7 6 7 TMA_402 TMA_402_C-3_Tumor Tumor
+xy_71_8 71 8 TMA_398 TMA_398_E-2_Stroma Stroma
+xy_73_6 73 6 TMA_398 TMA_398_E-2_Stroma Stroma
+xy_73_7 73 7 TMA_398 TMA_398_E-2_Stroma Stroma
+xy_74_7 74 7 TMA_398 TMA_398_E-2_Stroma Stroma
+xy_7_53 7 53 TMA_397 TMA_397_C-2_Stroma Stroma
+xy_8_55 8 55 TMA_397 TMA_397_C-2_Stroma Stroma
+xy_8_56 8 56 TMA_397 TMA_397_C-2_Stroma Stroma
+xy_9_52 9 52 TMA_397 TMA_397_C-2_Stroma Stroma
+xy_9_53 9 53 TMA_397 TMA_397_C-2_Stroma Stroma
+xy_9_56 9 56 TMA_397 TMA_397_C-2_Stroma Stroma
diff -r 8337ff96a54b -r 0a18ac48ac53 test-data/preprocessing_results_combat_40pixel.ibd
Binary file test-data/preprocessing_results_combat_40pixel.ibd has changed
diff -r 8337ff96a54b -r 0a18ac48ac53 test-data/preprocessing_results_combat_40pixel.imzml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/preprocessing_results_combat_40pixel.imzml Wed Apr 19 22:50:47 2023 +0000
@@ -0,0 +1,1240 @@
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