[up]
|
|
drwxr-xr-x |
112_annotation_output.tabular
|
596 |
-rw-r--r-- |
112_auto_combined.ibd
|
537552 |
-rw-r--r-- |
112_auto_combined.imzml
|
25811 |
-rw-r--r-- |
112_auto_combined.imzml.txt
|
118 |
-rw-r--r-- |
112_auto_combined_QC.pdf
|
8008 |
-rw-r--r-- |
123_annotation.ibd
|
436764 |
-rw-r--r-- |
123_annotation.imzml
|
21166 |
-rw-r--r-- |
123_annotation.tabular
|
248 |
-rw-r--r-- |
123_annotation_output.tabular
|
332 |
-rw-r--r-- |
123_auto_combined.imzml.txt
|
118 |
-rw-r--r-- |
123_combine.rdata
|
255623 |
-rw-r--r-- |
123_combined.RData
|
255526 |
-rw-r--r-- |
123_combined.ibd
|
436764 |
-rw-r--r-- |
123_combined.imzml
|
21511 |
-rw-r--r-- |
123_combined.imzml.txt
|
118 |
-rw-r--r-- |
123_combined_QC.pdf
|
7948 |
-rw-r--r-- |
123_combined_auto.ibd
|
436764 |
-rw-r--r-- |
123_combined_auto.imzml
|
21514 |
-rw-r--r-- |
123_combined_auto.imzml.txt
|
118 |
-rw-r--r-- |
123_combined_auto.pdf
|
6077 |
-rw-r--r-- |
123_combined_auto.tabular
|
258 |
-rw-r--r-- |
123_combined_picked.rdata
|
46595 |
-rw-r--r-- |
123_combined_picked2.rdata
|
22614 |
-rw-r--r-- |
12_annotation_output.tabular
|
344 |
-rw-r--r-- |
12_combined.ibd
|
335976 |
-rw-r--r-- |
12_combined.imzml
|
17217 |
-rw-r--r-- |
12_combined.imzml.txt
|
118 |
-rw-r--r-- |
12_combined_QC.pdf
|
7920 |
-rw-r--r-- |
2123_annotation_output.tabular
|
421 |
-rw-r--r-- |
2123_auto_combined.ibd
|
638340 |
-rw-r--r-- |
2123_auto_combined.imzml
|
30107 |
-rw-r--r-- |
2123_auto_combined.imzml.txt
|
118 |
-rw-r--r-- |
2123_auto_combined_QC.pdf
|
6001 |
-rw-r--r-- |
3_files_combined.RData
|
255563 |
-rw-r--r-- |
Analyze75.hdr
|
384 |
-rwxr-xr-x |
Analyze75.img
|
801684 |
-rwxr-xr-x |
Analyze75.t2m
|
178152 |
-rwxr-xr-x |
Example_Continuous.ibd
|
47976 |
-rwxr-xr-x |
Example_Continuous.imzML
|
16845 |
-rwxr-xr-x |
Example_Processed.ibd
|
604744 |
-rw-r--r-- |
Example_Processed.imzML
|
23929 |
-rw-r--r-- |
Heatmaps_LM8_file16.pdf
|
4913 |
-rw-r--r-- |
Heatmaps_analyze75.pdf
|
9155 |
-rw-r--r-- |
Heatmaps_imzml.pdf
|
6977 |
-rw-r--r-- |
Heatmaps_rdata.pdf
|
6980 |
-rw-r--r-- |
Plot_analyze75.pdf
|
20081 |
-rw-r--r-- |
Plot_analyze75_allpixels.pdf
|
59037 |
-rw-r--r-- |
Plot_empty_spectra.pdf
|
60691 |
-rw-r--r-- |
Plot_imzml.pdf
|
26962 |
-rw-r--r-- |
Plot_rdata.pdf
|
37890 |
-rw-r--r-- |
QC_analyze75.pdf
|
200964 |
-rw-r--r-- |
QC_empty_spectra.pdf
|
5317 |
-rw-r--r-- |
QC_imzml.pdf
|
267615 |
-rw-r--r-- |
QC_rdata.pdf
|
488173 |
-rw-r--r-- |
analyze75.svg
|
1635 |
-rw-r--r-- |
analyze75_filtered2.pdf
|
6770 |
-rw-r--r-- |
annotations.tabular
|
188 |
-rw-r--r-- |
annotations_file1.tabular
|
188 |
-rw-r--r-- |
annotations_file2.tabular
|
188 |
-rw-r--r-- |
annotations_file3.tabular
|
206 |
-rw-r--r-- |
annotations_rdata.tabular
|
160 |
-rw-r--r-- |
centroids_rdata.pdf
|
160711 |
-rw-r--r-- |
classes_ssc.tabular
|
191 |
-rw-r--r-- |
cluster_skm.RData
|
524429 |
-rw-r--r-- |
cluster_skm.tabular
|
301 |
-rw-r--r-- |
empty_spectra.rdata
|
156496 |
-rw-r--r-- |
features_out1.tabular
|
115166 |
-rw-r--r-- |
features_out3.tabular
|
115166 |
-rw-r--r-- |
features_test1.tabular
|
0 |
-rw-r--r-- |
features_test2.tabular
|
397014 |
-rw-r--r-- |
features_test3.tabular
|
0 |
-rw-r--r-- |
features_test4.tabular
|
395001 |
-rw-r--r-- |
features_test5.tabular
|
0 |
-rw-r--r-- |
features_test6.tabular
|
319108 |
-rw-r--r-- |
features_test7.tabular
|
372004 |
-rw-r--r-- |
featuresofinterest5.tabular
|
399 |
-rw-r--r-- |
imzml_filtered3.pdf
|
7540 |
-rw-r--r-- |
imzml_filtered4.pdf
|
6716 |
-rw-r--r-- |
imzml_filtered5.pdf
|
7567 |
-rw-r--r-- |
inputcalibrantfile1.tabular
|
18 |
-rwxr-xr-x |
inputcalibrantfile2.txt
|
39 |
-rwxr-xr-x |
inputpeptides.tabular
|
34 |
-rw-r--r-- |
inputpeptides2.tabular
|
27 |
-rw-r--r-- |
inputpixels_2column.tabular
|
37 |
-rw-r--r-- |
int_matrix1.tabular
|
84687 |
-rw-r--r-- |
int_matrix3.tabular
|
84687 |
-rw-r--r-- |
kmeans_analyze.pdf
|
347681 |
-rw-r--r-- |
mean_out2.tabular
|
174389 |
-rw-r--r-- |
msidata_1.RData
|
115643 |
-rw-r--r-- |
msidata_2.RData
|
169058 |
-rw-r--r-- |
msidata_3.RData
|
122067 |
-rw-r--r-- |
out3.ibd
|
9616 |
-rw-r--r-- |
out3.imzml
|
8282 |
-rw-r--r-- |
out3.imzml.txt
|
113 |
-rw-r--r-- |
out4.ibd
|
28792 |
-rw-r--r-- |
out4.imzml
|
11141 |
-rw-r--r-- |
out4.imzml.txt
|
115 |
-rw-r--r-- |
out5.ibd
|
380 |
-rw-r--r-- |
out5.imzml
|
12508 |
-rw-r--r-- |
out5.imzml.txt
|
115 |
-rw-r--r-- |
out6.ibd
|
146896 |
-rw-r--r-- |
out6.imzml
|
16868 |
-rw-r--r-- |
out6.imzml.txt
|
118 |
-rw-r--r-- |
out7.ibd
|
95976 |
-rw-r--r-- |
out7.imzml
|
16846 |
-rw-r--r-- |
out7.imzml.txt
|
116 |
-rw-r--r-- |
pca_imzml.pdf
|
45996 |
-rw-r--r-- |
picked.ibd
|
157984 |
-rw-r--r-- |
picked.imzml
|
35012 |
-rw-r--r-- |
picked.imzml.txt
|
118 |
-rw-r--r-- |
picked.tabular
|
205 |
-rw-r--r-- |
picked_QC.pdf
|
5998 |
-rw-r--r-- |
pixel_annotation_file1.tabular
|
300 |
-rw-r--r-- |
pixel_out2.tabular
|
596 |
-rw-r--r-- |
pixel_out3.tabular
|
553 |
-rw-r--r-- |
pixels_test1.tabular
|
0 |
-rw-r--r-- |
pixels_test2.tabular
|
372 |
-rw-r--r-- |
pixels_test3.tabular
|
0 |
-rw-r--r-- |
pixels_test4.tabular
|
372 |
-rw-r--r-- |
pixels_test5.tabular
|
0 |
-rw-r--r-- |
pixels_test6.tabular
|
372 |
-rw-r--r-- |
pixels_test7.tabular
|
372 |
-rw-r--r-- |
preprocessed.RData
|
81451 |
-rw-r--r-- |
preprocessing_results1.ibd
|
96 |
-rw-r--r-- |
preprocessing_results1.imzml
|
16714 |
-rw-r--r-- |
preprocessing_results1.imzml.txt
|
115 |
-rw-r--r-- |
preprocessing_results1.pdf
|
83604 |
-rw-r--r-- |
preprocessing_results2.ibd
|
54720 |
-rw-r--r-- |
preprocessing_results2.imzml
|
21132 |
-rw-r--r-- |
preprocessing_results2.imzml.txt
|
115 |
-rw-r--r-- |
preprocessing_results2.pdf
|
209467 |
-rw-r--r-- |
preprocessing_results3.ibd
|
14216 |
-rw-r--r-- |
preprocessing_results3.imzml
|
16824 |
-rw-r--r-- |
preprocessing_results3.imzml.txt
|
115 |
-rw-r--r-- |
preprocessing_results3.pdf
|
172656 |
-rw-r--r-- |
preprocessing_results4.ibd
|
6376 |
-rw-r--r-- |
preprocessing_results4.imzml
|
16801 |
-rw-r--r-- |
preprocessing_results4.imzml.txt
|
115 |
-rw-r--r-- |
preprocessing_results4.pdf
|
113404 |
-rw-r--r-- |
preprocessing_results5.RData
|
3750 |
-rw-r--r-- |
preprocessing_results5.pdf
|
25824 |
-rw-r--r-- |
random_factors.tabular
|
228 |
-rw-r--r-- |
rdata_notfiltered.pdf
|
6669 |
-rw-r--r-- |
scores_pca.tabular
|
291 |
-rw-r--r-- |
sd_out2.tabular
|
192574 |
-rw-r--r-- |
spectra_info_123_combi.txt
|
659 |
-rw-r--r-- |
spectra_info_imzml.txt
|
479 |
-rw-r--r-- |
tabular_LM8file16.tabular
|
45 |
-rw-r--r-- |
tabular_analyze75.tabular
|
60 |
-rw-r--r-- |
tabular_imzml.tabular
|
69 |
-rw-r--r-- |
tabular_rdata.tabular
|
46 |
-rw-r--r-- |
test1.pdf
|
16692 |
-rw-r--r-- |
test2.pdf
|
78037 |
-rw-r--r-- |
test2.rdata
|
222908 |
-rw-r--r-- |
test3.pdf
|
16326 |
-rw-r--r-- |
test4.pdf
|
74426 |
-rw-r--r-- |
test4.rdata
|
259987 |
-rw-r--r-- |
test5.pdf
|
14131 |
-rw-r--r-- |
test6.pdf
|
57117 |
-rw-r--r-- |
test6.rdata
|
69054 |
-rw-r--r-- |
test7.pdf
|
8231 |
-rw-r--r-- |
test7.rdata
|
222903 |
-rw-r--r-- |
testfile_squares.rdata
|
70844 |
-rw-r--r-- |
toplabels_skm.tabular
|
1187 |
-rw-r--r-- |
toplabels_ssc.tabular
|
3185 |
-rw-r--r-- |
xy_coordinates.tabular
|
30 |
-rw-r--r-- |
xy_coordinates2.tabular
|
20 |
-rw-r--r-- |