Mercurial > repos > galaxyp > diapysef
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"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/diapysef commit d4b6dd6bf42d2e8faa335bcd77b681938e56a9e4"
| author | galaxyp |
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| date | Fri, 06 Mar 2020 07:16:26 -0500 |
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| files | diapysef.xml test-data/evidence_cut.tabular test-data/irtassays.tabular test-data/msms_cut.tabular test-data/rtcalibration1.pdf test-data/rtcalibration2.pdf |
| diffstat | 6 files changed, 834 insertions(+), 0 deletions(-) [+] |
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/diapysef.xml Fri Mar 06 07:16:26 2020 -0500 @@ -0,0 +1,111 @@ +<tool id="diapysef" name="diapysef library generation" version="0.3.5.0"> + <description>generates spectral library for DIA analysis</description> + <requirements> + <requirement type="package" version="0.3.5">diapysef</requirement> + <requirement type="package" version="1.0.1">pandas</requirement> + </requirements> + <command detect_errors="aggressive"> + <![CDATA[ + + python '${diapysef_script}' + + ]]> + </command> + <configfiles> + <configfile name="diapysef_script"><![CDATA[ + +import diapysef as dp +import pandas as pd + +msms = pd.read_csv("$input_msms", sep="\t") +evidence = pd.read_csv("$input_evidence", sep="\t") +irt = pd.read_csv("$input_irtassays", sep="\t") +ptsv = dp.pasef_to_tsv(evidence, msms, irt_file=irt, ion_mobility=None, rt_alignment="$alignment") +ptsv.to_csv("$output_tabular", sep="\t", index=False) + + + ]]></configfile> + </configfiles> + <inputs> + <param name="input_msms" type="data" format="tabular" label="MaxQuant output file msms.txt" help="" /> + <param name="input_evidence" type="data" format="tabular" label="MaxQuant output file evidence.txt" help="" /> + <param name="input_irtassays" type="data" format="tabular" label="Retention time alignment peptides" help="tabular file containing peptides for the alignment, e.g. iRTs or ciRTs" /> + <param name="alignment" type="select" display="radio" label="RT alignment method" help="" > + <option value="linear" selected="True">linear</option> + <option value="nonlinear">lowess</option> + </param> + </inputs> + <outputs> + <data name="output_tabular" format="tabular" label="${tool.name} on ${on_string}: spectral library" from_work_dir="mqout.tabular" /> + <data name="output_pdf" format="pdf" label="${tool.name} on ${on_string}: RT calibration curves" from_work_dir="rtcalibration.pdf" /> + </outputs> + <tests> + <test> + <param name="input_msms" value="msms_cut.tabular" ftype="tabular" /> + <param name="input_evidence" value="evidence_cut.tabular" ftype="tabular" /> + <param name="input_irtassays" value="irtassays.tabular" ftype="tabular" /> + <param name="alignment" value="linear" /> + <output name="output_pdf" file="rtcalibration1.pdf" compare="sim_size"/> + </test> + <test> + <param name="input_msms" value="msms_cut.tabular" ftype="tabular" /> + <param name="input_evidence" value="evidence_cut.tabular" ftype="tabular" /> + <param name="input_irtassays" value="irtassays.tabular" ftype="tabular" /> + <param name="alignment" value="nonlinear" /> + <output name="output_pdf" file="rtcalibration2.pdf" compare="sim_size"/> + </test> + <test> + <param name="input_msms" value="msms_cut.tabular" ftype="tabular" /> + <param name="input_evidence" value="evidence_cut.tabular" ftype="tabular" /> + <param name="input_irtassays" value="irtassays.tabular" ftype="tabular" /> + <param name="alignment" value="nonlinear" /> + <output name="output_tabular" > + <assert_contents> + <has_text text="transition_group_id" /> + <has_text text="LibraryIntensity" /> + <has_text text="(Acetylation)DGLDAASYYAPVR" /> + <has_text text="sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion" /> + <has_text text="sp|Biognosys_pep-k|iRT-Kit_WR_fusion" /> + <has_n_columns n="11" /> + </assert_contents> + </output> + </test> + </tests> + <help> +<![CDATA[ + + +Diapysef enables generating a DIA library. For more information: http://openswath.org/en/latest/docs/librarygeneration.html + +For most data-independent acquisition (DIA) analysis, a well-represented spectral library is required for precursors, peptide, and protein identifications. Currently, we support library generation with the diapysef package directly from a MaxQuant analysis of several DDA runs. + +**Inputs** + + - msms.txt and evidence.txt (output files from MaxQuant) + - peptides used for retention time alignment e.g. iRTs or ciRTs + + - Tabular file with at least three columns for precursor charge, normalized retention time and modified peptide sequence + - The headers of the columns must be named "PrecursorCharge" "NormalizedRetentionTime" "ModifiedPeptideSequence" + + + :: + + PrecursorCharge NormalizedRetentionTime ModifiedPeptideSequence + 2 53.2 ADVTPADFSEWSK + 3 52.9 ADVTPADFSEWSK + 2 43.6 DGLDAASYYAPVR + ... + ... + + +**Potential next Steps** + +After generating the spectral library with diapysef, the tabular file can be imported into OpenSwathAssayGenerator and OpenSwathDecoyGenerator to refine the library. + + +]]> + </help> + <citations> + <citation type="doi">10.1038/nbt.2841</citation> + </citations> +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/evidence_cut.tabular Fri Mar 06 07:16:26 2020 -0500 @@ -0,0 +1,253 @@ +Sequence Length Modifications Modified sequence Oxidation (M) Probabilities Oxidation (M) Score Diffs Acetyl (Protein N-term) Oxidation (M) Missed cleavages Proteins Leading proteins Leading razor protein Type Raw file Experiment MS/MS m/z Charge m/z Mass Resolution Uncalibrated - Calibrated m/z [ppm] Uncalibrated - Calibrated m/z [Da] Mass error [ppm] Mass error [Da] Uncalibrated mass error [ppm] Uncalibrated mass error [Da] Max intensity m/z 0 Retention time Retention length Calibrated retention time Calibrated retention time start Calibrated retention time finish Retention time calibration Match time difference Match m/z difference Match q-value Match score Number of data points Number of scans Number of isotopic peaks PIF Fraction of total spectrum Base peak fraction PEP MS/MS count MS/MS scan number Score Delta score Combinatorics Intensity Reporter PIF Reporter fraction Reverse Potential contaminant id Protein group IDs Peptide ID Mod. peptide ID MS/MS IDs Best MS/MS Oxidation (M) site IDs +ADVTPADFSEWSK 13 Unmodified _ADVTPADFSEWSK_ 0 0 0 sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion MULTI-MSMS TN11 11 726.835815429688 2 726.835714 1451.65687 40804.6628538042 0.47975 0.0003487 -0.42588 -0.00030955 0.053864 3.9151E-05 726.835759737833 36.159 1.7086 36.159 35.604 37.313 0 330 80 6 0 0 0 4.8078E-17 3 16235 136.48 125.32 1 495900000 2316 81 275 290 1661;1662;1663 1662 +ADVTPADFSEWSK 13 Unmodified _ADVTPADFSEWSK_ 0 0 0 sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion MULTI-MSMS TN12 12 726.835754394531 2 726.835714 1451.65687 40733.5039557695 0.28206 0.00020501 -0.326 -0.00023695 -0.043932 -3.1931E-05 726.835855182069 36.158 1.8394 36.111 35.499 37.338 -0.047638 315 84 6 0 0 0 2.3068E-25 3 15525 150.94 138.31 1 489410000 2317 81 275 290 1664;1665;1666 1665 +ADVTPADFSEWSK 13 Unmodified _ADVTPADFSEWSK_ 0 0 0 sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion MULTI-MSMS TN12 12 484.893768310547 3 484.892901 1451.65687 51095.7993548774 0.71313 0.00034579 -0.18584 -9.0112E-05 0.52729 0.00025568 484.892685329051 36.134 0.50261 36.086 35.82 36.322 -0.047638 47 21 4 0 0 0 0.010643 1 15366 37.594 27.285 1 1296100 2318 81 275 290 1667 1667 +ADVTPADFSEWSK 13 Unmodified _ADVTPADFSEWSK_ 0 0 0 sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion MULTI-MSMS TN13 13 726.8359375 2 726.835714 1451.65687 40891.9643909921 0.33925 0.00024658 -0.27471 -0.00019967 0.064533 4.6905E-05 726.835958778748 36.271 1.7322 36.121 35.55 37.282 -0.15025 349 86 6 0 0 0 8.4539E-18 2 15661 141.1 120.31 1 465130000 2319 81 275 290 1668;1669 1669 +ADVTPADFSEWSK 13 Unmodified _ADVTPADFSEWSK_ 0 0 0 sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion MULTI-MSMS TN14 14 726.835876464844 2 726.835714 1451.65687 40698.3675005038 0.24084 0.00017505 -0.072029 -5.2354E-05 0.16881 0.0001227 726.836090026682 36.259 1.7324 36.213 35.616 37.348 -0.046562 315 80 6 0 0 0 2.3068E-25 3 16070 150.94 135.08 1 398680000 2320 81 275 290 1670;1671;1672 1671 +ADVTPADFSEWSK 13 Unmodified _ADVTPADFSEWSK_ 0 0 0 sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion MULTI-MSMS TN15 15 484.893768310547 3 484.892901 1451.65687 51620.3679636657 0.71267 0.00034557 0.05977 2.8982E-05 0.77244 0.00037455 484.893022251297 36.108 0.60837 36.157 35.84 36.448 0.049464 43 29 2 0 0 0 0.049208 1 15764 24.964 17.599 1 1345800 2321 81 275 290 1673 1673 +ADVTPADFSEWSK 13 Unmodified _ADVTPADFSEWSK_ 0 0 0 sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion MULTI-MSMS TN15 15 726.836059570313 2 726.835714 1451.65687 40737.6924372013 0.41759 0.00030352 -0.27897 -0.00020276 0.13862 0.00010076 726.835989270798 36.107 1.7198 36.157 35.599 37.318 0.049464 344 80 6 0 0 0 4.7965E-17 1 15921 136.49 121.15 1 442360000 2322 81 275 290 1674 1674 +ADVTPADFSEWSK 13 Unmodified _ADVTPADFSEWSK_ 0 0 0 sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion MULTI-MSMS TN16 16 726.835632324219 2 726.835714 1451.65687 41294.9940127078 0.20003 0.00014539 -0.18379 -0.00013359 0.016238 1.1802E-05 726.83608277559 36.053 1.9616 36.206 35.526 37.487 0.15318 356 90 7 0 0 0 9.982E-34 2 15895 152.07 131.66 1 529730000 2323 81 275 290 1675;1676 1676 +ADVTPADFSEWSK 13 Unmodified _ADVTPADFSEWSK_ 0 0 0 sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion MULTI-MSMS TN17 17 726.835693359375 2 726.835714 1451.65687 40779.6032358211 0.21606 0.00015704 -0.28166 -0.00020472 -0.065601 -4.7681E-05 726.836084051453 35.951 1.6837 36.204 35.67 37.354 0.25303 322 77 6 0 0 0 2.3068E-25 2 16273 150.94 139.45 1 537480000 2324 81 275 290 1677;1678 1678 +ADVTPADFSEWSK 13 Unmodified _ADVTPADFSEWSK_ 0 0 0 sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion MULTI-MSMS TN18 18 726.835693359375 2 726.835714 1451.65687 40707.0399127058 0.29526 0.0002146 -0.2623 -0.00019065 0.032959 2.3955E-05 726.835858765806 35.935 1.79 36.187 35.65 37.44 0.25147 323 81 6 0 0 0 1.862E-25 2 16022 151.15 128.03 1 505420000 2325 81 275 290 1679;1680 1680 +ADVTPADFSEWSK 13 Unmodified _ADVTPADFSEWSK_ 0 0 0 sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion MULTI-MSMS TN19 19 726.835876464844 2 726.835714 1451.65687 40376.6948201121 0.56086 0.00040765 -0.46329 -0.00033673 0.097568 7.0916E-05 726.835876282992 35.953 1.8095 36.202 35.63 37.439 0.24947 304 83 6 0 0 0 2.6592E-35 2 15290 161.67 127.48 1 513270000 2326 81 275 290 1681;1682 1682 +ADVTPADFSEWSK 13 Unmodified _ADVTPADFSEWSK_ 0 0 0 sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion MULTI-MSMS TN20 20 726.835693359375 2 726.835714 1451.65687 40838.9328901659 0.079042 5.7451E-05 0.028235 2.0522E-05 0.10728 7.7973E-05 726.836305120478 35.766 1.7361 36.217 35.682 37.418 0.45065 349 83 6 0 0 0 1.7286E-45 2 16275 169.65 138.18 1 630310000 2327 81 275 290 1683;1684 1684 +ADVTPADFSEWSK 13 Unmodified _ADVTPADFSEWSK_ 0 0 0 sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion MULTI-MSMS TN21 21 726.835998535156 2 726.835714 1451.65687 40900.0783808448 0.1682 0.00012225 -0.20963 -0.00015237 -0.041435 -3.0116E-05 726.835898374394 35.792 1.5973 36.249 35.72 37.317 0.45635 305 71 6 0 0 0 1.7892E-45 1 16184 169.58 149.5 1 548820000 2328 81 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NaN 0 974960 41299 82 4986 5247 +GTFIIDPGGVIR 12 Unmodified _GTFIIDPGGVIR_ 0 0 0 sp|Biognosys_pep-i|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-i|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-i|iRT-Kit_WR_fusion MULTI-MATCH TN15 15 2 622.853512 1243.69247 47519.7488601773 0.26233 0.00016339 0.0039121 2.4367E-06 0.26624 0.00016583 622.853442969768 43.599 0.62582 43.649 43.369 43.995 0.049464 -0.016932 -0.00043738 NaN 53.683 45 27 3 NaN NaN NaN NaN 0 NaN NaN 0 1144000 41300 82 4986 5247 +GTFIIDPGGVIR 12 Unmodified _GTFIIDPGGVIR_ 0 0 0 sp|Biognosys_pep-i|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-i|iRT-Kit_WR_fusion sp|Biognosys_pep-i|iRT-Kit_WR_fusion MULTI-MATCH TN16 16 2 622.853512 1243.69247 46258.6508755398 0.21411 0.00013336 0.69203 0.00043103 0.90614 0.00056439 622.853728562914 43.456 0.64133 43.609 43.281 43.922 0.15318 -0.056903 0.00041981 NaN 53.683 45 27 2 NaN NaN NaN NaN 0 NaN NaN 0 1270400 41301 82 4986 5247 +GTFIIDPGGVIR 12 Unmodified _GTFIIDPGGVIR_ 0 0 0 sp|Biognosys_pep-i|iRT-Kit_WR_fusion 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