# HG changeset patch # User galaxyp # Date 1481146997 18000 # Node ID 058a2ab1d46230fb97f0b07c13cb1dc9cfb9d3e3 # Parent 797c755b9e744012dd1fb7a5170fd751520f4c2f planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/msgfplus commit b4871f9659a924a68430aed3a93f4f9bad733fd6 diff -r 797c755b9e74 -r 058a2ab1d462 msgfplus.xml --- a/msgfplus.xml Sun Feb 21 11:27:00 2016 -0500 +++ b/msgfplus.xml Wed Dec 07 16:43:17 2016 -0500 @@ -3,7 +3,7 @@ Identifies peptides in tandem mass spectra using the MS-GF+ search engine. - msgfplus + msgf_plus C @@ -12,12 +12,20 @@ + Mods.txt && #set $common_mods = str($common_fixed_modifications) + "," + str($common_variable_modifications) @@ -29,10 +37,7 @@ echo '${mod.formula_or_mass},${mod.aa_specificity},${mod.fix_or_opt},${mod.position_specificity},${mod.mod_name}' >> Mods.txt && #end for - msgfjar=\$(which MSGFPlus.jar) && - ( [ -f "\$msgfjar" ] || (echo MSGFPlus.jar not found && exit 1)) && - - java -jar \$msgfjar + msgf_plus -s '$input_name' -d '$db_name' -thread \${GALAXY_SLOTS:-1} @@ -56,8 +61,20 @@ ]]> - - + + + + + + + + + + + + + @@ -203,8 +220,21 @@ - - + + + + + + + + + + + + + + + @@ -214,8 +244,9 @@ - - + + + @@ -242,12 +273,12 @@ - + - + diff -r 797c755b9e74 -r 058a2ab1d462 test-data/201208-378803-msgf-2mmu-tryptic-many_mods.mzid --- a/test-data/201208-378803-msgf-2mmu-tryptic-many_mods.mzid Sun Feb 21 11:27:00 2016 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,3039 +0,0 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - PDPNTLCDEFKADEKKFWGK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - EIAEAVSLPGK - - - - - - - - - - - - QPFPKKFPFSEFVPK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ESMKRALEYLRNRRK - - - - - - - - - - - - - - - AMGSNMEKVCLK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - LCVKEMNSGMAK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - KLSHNSMLPK - - - - - - - - - - - - - - - - - - PLMSNHSLKK - - - - - - - - - - - - - - - - - - RLYNWSILSK - - - - - - - - - - - - RLYNWSILSK - - - - - - - - - - - - RDDLLRQLLK - - - - - - - - - LLQRLLDDRK - - - - - - - - - NLNEWANNMEDISKKVEPK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - PEVKKSIDEMNNAWENLNK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - LVSDANEQYK - - - - - - - - - - - - YQENADSVLK - - - - - - - - - - - - QMEAESISSSEQKHIQK - - - - - - - - - - - - - - - - - - QQAHIGEKMSHLRELQPVK - - - - - - - - - - - - - - - - - - EDHELCLQRTFVNK - - - - - - - - - - - - - - - QEKNMAINPSK - - - - - - - - - - - - - - - - - - SFPQNPVELK - - - - - - - - - - - - TRGPAALSEEK - - - - - - - - - - - - PFMIPFCNDGQICYEECQTK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - PFMIPFCNDGQICYEECQTK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - LHQEVCLCLQK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - QLCLCVEQHLK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - NEMAMCGSNVRQK - - - - - - - - - - - - - - - - - - QRVNSGCMAMENK - - - - - - - - - - - - - - - - - - GRTRTAIRNGQVWEESLK - - - - - - - - - - - - LPQGYHPNDVEEEWGK - - - - - - - - - RFQAFMNNKRSTDKMK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MKDTSRKNNMFAQFRK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - FLGRIGGNGEESENDK - - - - - - - - - - - - DNESEEGNGGIRGLFK - - - - - - - - - - - - RCNVARPHLRAYCK - - - - - - - - - - - - - - - - - - CYARLHPRAVNCRK - - - - - - - - - - - - - - - - - - MSHLRELQPVKYK - - - - - - - - - - - - - - - - - - ERMTEIKPLLCAGK - - - - - - - - - - - - - - - - - - QLCLCVEQHLK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - QLCLCVEQHLK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ECCDKPLLEK - - - - - - - - - - - - - - - - - - LKETSSFRMRHLQSLHK - - - - - - - - - - - - - - - QESSSISEAEMQK - - - - - - - - - - - - - - - QMEAESISSSEQK - - - - - - - - - - - - - - - QEPERNECFLSHK - - - - - - - - - - - - - - - - - - HSLFCENREPEQK - - - - - - - - - - - - - - - - - - LDSMSVDKIEERLK - - - - - - - - - - - - - - - - - - LREEIKDVSMSDLK - - - - - - - - - - - - - - - - - - VASLRETYGDMADCCEK - - - - - - - - - - - - - - - - - - ECCDAMDGYTERLSAVK - - - - - - - - - - - - - - - - - - LQKVAHDLMEIEGEPAPDRK - - - - - - - - - - - - RDPAPEGEIEMLDHAVKQLK - - - - - - - - - - - - RFQAFMNNKRSTDKMK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - SMENEDKEETVAK - - - - - - - - - - - - - - - SRGVLSAVSSKSQILQEK - - - - - - - - - - - - - - - - - - SRGVLSAVSSKSQILQEK - - - - - - - - - - - - - - - - - - SRGVLSAVSSKSQILQEK - - - - - - - - - - - - - - - - - - SRGVLSAVSSKSQILQEK - - - - - - - - - - - - - - - - - - SRGVLSAVSSKSQILQEK - - - - - - - - - - - - - - - - - - SRGVLSAVSSKSQILQEK - - - - - - - - - - - - - - - - - - KSIDEMNNAWENLNK - - - - - - - - - - - - - - - - - - NLNEWANNMEDISKK - - - - - - - - - - - - - - - - - - VKESLDQLLEQYQTSK - - - - - - - - - - - - - - - - - - STQYQELLQDLSEKVK - - - - - - - - - - - - - - - - - - MAFRDVAVAFTQK - - - - - - - - - ESTLHLVLRLRGGC - - - - - - - - - - - - - - - ILWAQKKAMGSNMEKVCLK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - LCVKEMNSGMAKKQAWLIK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - VFIQMGGRLRLVLHLTSEK - - - - - - - - - ESTLHLVLRLRGGMQIFVK - - - - - - - - - QTVEAYSAAVQSQLQWMK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - diff -r 797c755b9e74 -r 058a2ab1d462 test-data/201208-378803-msgf-50ppm-semitryptic-no_mods.mzid --- a/test-data/201208-378803-msgf-50ppm-semitryptic-no_mods.mzid Sun Feb 21 11:27:00 2016 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,2619 +0,0 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ISELFDKLDSMSVDK - - - PKNDPKLKTQGK - - - EPISVSSQQMLK - - - VWGFKVAGAQDEGK - - - PTAEFQDR - - - TVMENFVAFVDK - - - ESRCSRESRCSR - - - ACCEELTAEYEKALR - - - EVEDEGFLR - - - MHQIYVQCAKL - - - KKYMRWMNHKKSR - - - LAEAEKEGR - - - AEMFEHLSEK - - - SFNQEPQYR - - - SKVNNYFWELSQTR - - - PNTEPTHHFI - - - EGVAICKAGFR - - - QLEDILVLAK - - - AAQGALQPSL - - - VNPVTALTLLEKMK - - - FEIWVELLKYLEEIRGK - - - TIFDTEIESTSPK - - - DTNIQICR - - - QLEGRLQDLR - - - RAFQECER - - - LECTNLYR - - - LMLLSRDDSGSGSK - - - ATEGTQLFNDYCEQ - - - IQNGALNCEEKLTLAK - - - CVCDECGRGFGFK - - - RMMESRQR - - - RSDVEQLDQEIK - - - WQEYQSRVD - - - RKFIIHRGKRKAAQ - - - VKDIVNLTDVNP - - - KELVDQRYDK - - - QNIDRCYPER - - - QLAQQTEQKGCR - - - IFELEEH - - - VFEEMIEPYCLHESCK - - - GLRFDWSLR - - - VLETLGINKRKIVNQLSNSLTR - - - DPDNSIELE - - - LIIQLEQGDEPWR - - - DPAPEGEIEMLDHAVK - - - EVMEHR - - - YNKCVDK - - - GFGRGCER - - - QLAQKYNCDK - - - DLGEEHF - - - DLPFLSNEYK - - - DAHQKELVDQRYDK - - - QLQEELAEHQ - - - DAENTVRGR - - - LNKDEVVTVDEAK - - - LSETEMR - - - DELVCEDNK - - - CIMKDCNYKQ - - - ALDARDDACELLDGHCCEKHVK - - - FGYEEQSLGFSQK - - - AQQCVCCVWVK - - - FFNPDDE - - - HAAEEEIY - - - ESRELWNEF - - - MPPLIPAEVDK - - - YYKVDE - - - MMSASSYNE - - - LMHDPSR - - - YDGLVEQ - - - RCYPER - - - ARGCSEELS - - - AMFEELSSLK - - - LIRRQRLRPR - - - CDDQNKR - - - EACFAVEGP - - - SKEVSNLEFSDR - - - EKTGNTSSDQ - - - WGLDMERAGGQK - - - EGQMVEEKYQK - - - NTPDVMMSDTEK - - - KECGAHSEDAVCTK - - - PDIGDPNWISGDSE - - - ELNPEEGQMVEEKYQ - - - NQDALTFFNSNQVS - - - DERDAAAESYHR - - - QSFGLSQEEYGFDGA - - - NCNGSAACGLGYDFSR - - - THKMYEAD - - - AEDEPEWPQ - - - TEGPTYETER - - - ASINPNNDSWDYALEE - - - KQEESAEAGAPG - - - PFVCLECGR - - - ENLEQAFE - - - HYCGKCCL - - - WDFDEES - - - PPGAQGAEGGGSAEG - - - NQQPSLDQAHES - - - EGDYVSR - - - EEDASSCQEQ - - - DENYYQ - - - ESEGKGCSMEAPQ - - - GEVAFCAEKDDAACCK - - - MCNFHYQG - - - HGRDWF - - - EDLVPWIEDCK - - - MGHDRCR - - - EEEKEEEE - - - TGNTSSDQ - - - CGDCKFNVC - - - YNCDKMIC - - - PRALAVAVLCTLILL - - - CTNFSSCWSDGKM - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - diff -r 797c755b9e74 -r 058a2ab1d462 test-data/201208-378803-msgf_20161026-2mmu-tryptic-many_mods.mzid --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/201208-378803-msgf_20161026-2mmu-tryptic-many_mods.mzid Wed Dec 07 16:43:17 2016 -0500 @@ -0,0 +1,1237 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + QMEAESISSSEQKHIQK + + + + + + + + + + + + + + + + + + QIHKQESSSISEAEMQK + + + + + + + + + + + + + + + + + + RFQAFMNNKRSTDKMK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + MKDTSRKNNMFAQFRK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + RDDLLRQLLK + + + + + + + + + LLQRLLDDRK + + + + + + + + + NEMAMCGSNVRQK + + + + + + + + + + + + + + + + + + QRVNSGCMAMENK + + + + + + + + + + + + + + + + + + QESSSISEAEMQK + + + + + + + + + + + + + + + QMEAESISSSEQK + + + + + + + + + + + + + + + LQKVAHDLMEIEGEPAPDRK + + + + + + + + + + + + RDPAPEGEIEMLDHAVKQLK + + + + + + + + + + + + ECCDKPLLEK + + + + + + + + + + + + + + + + + + ELLPKDCCEK + + + + + + + + + + + + + + + + + + VASLRETYGDMADCCEK + + + + + + + + + + + + + + + + + + ECCDAMDGYTERLSAVK + + + + + + + + + + + + + + + + + + LPQGYHPNDVEEEWGK + + + + + + + + + GWEEEVDNPHYGQPLK + + + + + + + + + ILWAQKKAMGSNMEKVCLK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + LCVKEMNSGMAKKQAWLIK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + SMENEDKEETVAK + + + + + + + + + + + + + + + AVTEEKDENEMSK + + + + + + + + + + + + + + + VFIQMGGRLRLVLHLTSEK + + + + + + + + + ESTLHLVLRLRGGMQIFVK + + + + + + + + + MAFRDVAVAFTQK + + + + + + + + + QTVEAYSAAVQSQLQWMK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + \ No newline at end of file diff -r 797c755b9e74 -r 058a2ab1d462 test-data/201208-378803-msgf_20161026-50ppm-semitryptic-no_mods.mzid --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/201208-378803-msgf_20161026-50ppm-semitryptic-no_mods.mzid Wed Dec 07 16:43:17 2016 -0500 @@ -0,0 +1,2620 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + ISELFDKLDSMSVDK + + + PKNDPKLKTQGK + + + EPISVSSQQMLK + + + VWGFKVAGAQDEGK + + + PTAEFQDR + + + TVMENFVAFVDK + + + ESRCSRESRCSR + + + ACCEELTAEYEKALR + + + EVEDEGFLR + + + MHQIYVQCAKL + + + KKYMRWMNHKKSR + + + LAEAEKEGR + + + AEMFEHLSEK + + + SFNQEPQYR + + + SKVNNYFWELSQTR + + + PNTEPTHHFI + + + EGVAICKAGFR + + + QLEDILVLAK + + + AAQGALQPSL + + + VNPVTALTLLEKMK + + + FEIWVELLKYLEEIRGK + + + TIFDTEIESTSPK + + + DTNIQICR + + + QLEGRLQDLR + + + RAFQECER + + + LECTNLYR + + + LMLLSRDDSGSGSK + + + ATEGTQLFNDYCEQ + + + IQNGALNCEEKLTLAK + + + CVCDECGRGFGFK + + + RMMESRQR + + + RSDVEQLDQEIK + + + WQEYQSRVD + + + RKFIIHRGKRKAAQ + + + VKDIVNLTDVNP + + + KELVDQRYDK + + + QNIDRCYPER + + + QLAQQTEQKGCR + + + IFELEEH + + + VFEEMIEPYCLHESCK + + + GLRFDWSLR + + + VLETLGINKRKIVNQLSNSLTR + + + DPDNSIELE + + + LIIQLEQGDEPWR + + + DPAPEGEIEMLDHAVK + + + EVMEHR + + + YNKCVDK + + + GFGRGCER + + + QLAQKYNCDK + + + DLGEEHF + + + DLPFLSNEYK + + + DAHQKELVDQRYDK + + + QLQEELAEHQ + + + DAENTVRGR + + + LNKDEVVTVDEAK + + + LSETEMR + + + DELVCEDNK + + + CIMKDCNYKQ + + + ALDARDDACELLDGHCCEKHVK + + + FGYEEQSLGFSQK + + + AQQCVCCVWVK + + + FFNPDDE + + + HAAEEEIY + + + MPPLIPAEVDK + + + ESRELWNEF + + + YYKVDE + + + MMSASSYNE + + + LMHDPSR + + + YDGLVEQ + + + RCYPER + + + ARGCSEELS + + + AMFEELSSLK + + + LIRRQRLRPR + + + CDDQNKR + + + EACFAVEGP + + + SKEVSNLEFSDR + + + EKTGNTSSDQ + + + WGLDMERAGGQK + + + EGQMVEEKYQK + + + NTPDVMMSDTEK + + + KECGAHSEDAVCTK + + + PDIGDPNWISGDSE + + + ELNPEEGQMVEEKYQ + + + NQDALTFFNSNQVS + + + DERDAAAESYHR + + + NCNGSAACGLGYDFSR + + + QSFGLSQEEYGFDGA + + + THKMYEAD + + + AEDEPEWPQ + + + TEGPTYETER + + + ASINPNNDSWDYALEE + + + KQEESAEAGAPG + + + PFVCLECGR + + + ENLEQAFE + + + WDFDEES + + + HYCGKCCL + + + PPGAQGAEGGGSAEG + + + NQQPSLDQAHES + + + EGDYVSR + + + EEDASSCQEQ + + + DENYYQ + + + ESEGKGCSMEAPQ + + + GEVAFCAEKDDAACCK + + + MCNFHYQG + + + HGRDWF + + + EDLVPWIEDCK + + + MGHDRCR + + + EEEKEEEE + + + TGNTSSDQ + + + YNCDKMIC + + + CGDCKFNVC + + + PRALAVAVLCTLILL + + + CTNFSSCWSDGKM + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + \ No newline at end of file