view test-data/test_MQ_proteingroups.tabular @ 0:80b40b9ab835 draft

"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/msstats commit d2341b64b690d975bc6e29c81f7d13b66c0c5b7f"
author galaxyp
date Sat, 25 Jul 2020 13:21:47 -0400
parents
children
line wrap: on
line source

Protein IDs	Majority protein IDs	Peptide counts (all)	Peptide counts (razor+unique)	Peptide counts (unique)	Fasta headers	Number of proteins	Peptides	Razor + unique peptides	Unique peptides	Peptides qx017084.raw.thermo.raw	Peptides qx017098.raw.thermo.raw	Peptides qx017108.raw.thermo.raw	Peptides qx017142.raw.thermo.raw	Razor + unique peptides qx017084.raw.thermo.raw	Razor + unique peptides qx017098.raw.thermo.raw	Razor + unique peptides qx017108.raw.thermo.raw	Razor + unique peptides qx017142.raw.thermo.raw	Unique peptides qx017084.raw.thermo.raw	Unique peptides qx017098.raw.thermo.raw	Unique peptides qx017108.raw.thermo.raw	Unique peptides qx017142.raw.thermo.raw	Sequence coverage [%]	Unique + razor sequence coverage [%]	Unique sequence coverage [%]	Mol. weight [kDa]	Sequence length	Sequence lengths	Q-value	Score	Sequence coverage qx017084.raw.thermo.raw [%]	Sequence coverage qx017098.raw.thermo.raw [%]	Sequence coverage qx017108.raw.thermo.raw [%]	Sequence coverage qx017142.raw.thermo.raw [%]	Intensity	Intensity qx017084.raw.thermo.raw	Intensity qx017098.raw.thermo.raw	Intensity qx017108.raw.thermo.raw	Intensity qx017142.raw.thermo.raw	LFQ intensity qx017084.raw.thermo.raw	LFQ intensity qx017098.raw.thermo.raw	LFQ intensity qx017108.raw.thermo.raw	LFQ intensity qx017142.raw.thermo.raw	MS/MS count qx017084.raw.thermo.raw	MS/MS count qx017098.raw.thermo.raw	MS/MS count qx017108.raw.thermo.raw	MS/MS count qx017142.raw.thermo.raw	MS/MS count	Only identified by site	Reverse	Potential contaminant	id	Peptide IDs	Peptide is razor	Mod. peptide IDs	Evidence IDs	MS/MS IDs	Best MS/MS
CON__P00761;sp|Q9BYE2|TMPSD_HUMANTransmembraneproteaseserine13OS=HomosapiensOX=9606GN=TMPRSS13PE=2SV=5	CON__P00761	12;1	12;1	11;0		2	12	12	11	11	9	6	7	11	9	6	7	11	8	6	6	55.8	55.8	52.4	24.409	231	231;586	0	323.31	52.4	42.4	25.1	28.6	315290000000	69471000000	104380000000	85482000000	55957000000	81547000000	90521000000	73698000000	69308000000	52	55	24	17	148			+	0	191;1309;1310;1734;1735;1950;1951;2169;2550;2725;2741;3032	True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True	191;1309;1310;1734;1735;1950;1951;2169;2550;2725;2741;3032	642;3773;3774;3775;3776;3777;3778;3779;3780;3781;3782;3783;3784;3785;3786;3787;3788;3789;3790;3791;4894;4895;4896;4897;4898;4899;4900;4901;4902;4903;4904;4905;4906;4907;4908;4909;4910;4911;4912;4913;4914;4915;4916;4917;4918;4919;4920;4921;4922;4923;4924;4925;4926;4927;4928;4929;4930;4931;4932;4933;4934;4935;4936;4937;4938;4939;4940;4941;4942;4943;4944;4945;4946;4947;4948;4949;5510;5511;5512;5513;5514;5515;5516;5517;5518;5519;5520;6324;6325;7230;7231;7232;7233;7234;7235;7236;7237;7238;7239;7240;7241;7242;7243;7244;7664;7665;7666;7667;7698;8571;8572;8573;8574;8575;8576;8577;8578;8579;8580;8581;8582;8583;8584;8585;8586;8587;8588;8589;8590;8591;8592;8593;8594;8595;8596;8597;8598;8599;8600	711;4091;4092;4093;4094;4095;4096;4097;4098;4099;4100;4101;4102;4103;4104;4105;4106;4107;4108;4109;4110;4111;4112;4113;5259;5260;5261;5262;5263;5264;5265;5266;5267;5268;5269;5270;5271;5272;5273;5274;5275;5276;5277;5278;5279;5280;5281;5282;5283;5284;5285;5286;5287;5288;5289;5290;5291;5292;5293;5294;5295;5296;5297;5298;5299;5300;5301;5302;5303;5304;5305;5306;5307;5308;5309;5310;5311;5312;5313;5314;5315;5316;5317;5318;5319;5320;5321;5322;5323;5324;5325;5326;5327;5920;5921;5922;5923;5924;5925;5926;5927;5928;5929;5930;5931;5932;6876;6877;7873;7874;7875;7876;7877;7878;7879;7880;7881;7882;7883;7884;7885;7886;7887;7888;7889;7890;7891;8330;8331;8332;8333;8334;8335;8336;8337;8338;8370;9324;9325;9326;9327;9328;9329;9330;9331;9332;9333;9334;9335;9336;9337;9338;9339;9340;9341;9342;9343;9344;9345;9346;9347;9348;9349;9350;9351;9352;9353	711;4096;4113;5280;5325;5928;5932;6877;7873;8336;8370;9326
CON__Streptavidin	CON__Streptavidin	5	5	5		1	5	5	5	5	5	4	4	5	5	4	4	5	5	4	4	38.1	38.1	38.1	16.622	160	160	0	323.31	38.1	38.1	35.6	35.6	83940000000	21814000000	18233000000	23239000000	20655000000	18280000000	17665000000	23044000000	21752000000	105	89	114	96	404			+	5	2113;2750;3335;3336;3420	True;True;True;True;True	2113;2750;3335;3336;3420	5934;5935;5936;5937;5938;5939;5940;5941;5942;5943;5944;5945;5946;5947;5948;5949;5950;5951;5952;5953;5954;5955;5956;5957;5958;5959;5960;5961;5962;5963;5964;5965;5966;5967;5968;5969;5970;5971;5972;5973;5974;5975;5976;5977;5978;5979;5980;5981;5982;5983;5984;5985;5986;5987;5988;5989;5990;5991;5992;5993;5994;5995;5996;5997;5998;5999;6000;6001;6002;6003;6004;6005;6006;6007;6008;6009;6010;6011;6012;6013;6014;6015;6016;6017;6018;6019;6020;6021;6022;6023;6024;6025;6026;6027;6028;6029;6030;6031;6032;6033;6034;6035;6036;6037;6038;6039;6040;6041;6042;6043;6044;6045;6046;6047;6048;6049;6050;6051;6052;6053;6054;6055;6056;6057;6058;6059;6060;6061;6062;6063;6064;6065;6066;6067;6068;6069;6070;6071;6072;6073;6074;6075;6076;6077;6078;6079;6080;6081;6082;6083;6084;6085;6086;6087;6088;6089;6090;6091;6092;6093;6094;6095;6096;6097;6098;6099;6100;6101;6102;6103;6104;6105;6106;6107;6108;6109;6110;6111;6112;6113;6114;6115;6116;6117;6118;6119;6120;6121;6122;6123;6124;7721;7722;7723;7724;7725;7726;9435;9436;9437;9438;9439;9440;9441;9442;9443;9444;9445;9446;9447;9448;9449;9450;9451;9452;9453;9454;9455;9456;9457;9458;9459;9460;9461;9462;9463;9464;9465;9466;9467;9468;9469;9470;9471;9472;9473;9474;9475;9476;9477;9478;9479;9480;9481;9482;9483;9484;9485;9486;9487;9488;9489;9490;9491;9492;9493;9494;9495;9722;9723;9724;9725;9726;9727;9728;9729	6361;6362;6363;6364;6365;6366;6367;6368;6369;6370;6371;6372;6373;6374;6375;6376;6377;6378;6379;6380;6381;6382;6383;6384;6385;6386;6387;6388;6389;6390;6391;6392;6393;6394;6395;6396;6397;6398;6399;6400;6401;6402;6403;6404;6405;6406;6407;6408;6409;6410;6411;6412;6413;6414;6415;6416;6417;6418;6419;6420;6421;6422;6423;6424;6425;6426;6427;6428;6429;6430;6431;6432;6433;6434;6435;6436;6437;6438;6439;6440;6441;6442;6443;6444;6445;6446;6447;6448;6449;6450;6451;6452;6453;6454;6455;6456;6457;6458;6459;6460;6461;6462;6463;6464;6465;6466;6467;6468;6469;6470;6471;6472;6473;6474;6475;6476;6477;6478;6479;6480;6481;6482;6483;6484;6485;6486;6487;6488;6489;6490;6491;6492;6493;6494;6495;6496;6497;6498;6499;6500;6501;6502;6503;6504;6505;6506;6507;6508;6509;6510;6511;6512;6513;6514;6515;6516;6517;6518;6519;6520;6521;6522;6523;6524;6525;6526;6527;6528;6529;6530;6531;6532;6533;6534;6535;6536;6537;6538;6539;6540;6541;6542;6543;6544;6545;6546;6547;6548;6549;6550;6551;6552;6553;6554;6555;6556;6557;6558;6559;6560;6561;6562;6563;6564;6565;6566;6567;6568;6569;6570;6571;6572;6573;6574;6575;6576;6577;6578;6579;6580;6581;6582;6583;6584;6585;6586;6587;6588;6589;6590;6591;6592;6593;6594;6595;6596;6597;6598;6599;6600;6601;6602;6603;6604;6605;6606;6607;6608;6609;6610;6611;6612;6613;6614;6615;6616;6617;6618;6619;6620;6621;6622;6623;6624;6625;6626;6627;6628;6629;6630;6631;6632;6633;6634;6635;6636;6637;6638;6639;6640;6641;6642;6643;6644;8393;8394;8395;8396;8397;8398;10223;10224;10225;10226;10227;10228;10229;10230;10231;10232;10233;10234;10235;10236;10237;10238;10239;10240;10241;10242;10243;10244;10245;10246;10247;10248;10249;10250;10251;10252;10253;10254;10255;10256;10257;10258;10259;10260;10261;10262;10263;10264;10265;10266;10267;10268;10269;10270;10271;10272;10273;10274;10275;10276;10277;10278;10279;10280;10281;10282;10283;10284;10285;10286;10287;10288;10289;10290;10291;10292;10293;10294;10295;10296;10297;10298;10299;10300;10301;10302;10303;10304;10305;10306;10307;10308;10309;10310;10311;10312;10313;10314;10315;10316;10317;10318;10319;10320;10321;10322;10323;10324;10325;10326;10327;10328;10329;10330;10331;10332;10333;10334;10335;10336;10337;10584;10585;10586;10587;10588;10589;10590;10591;10592	6366;8397;10253;10336;10584
sp|O00571|DDX3X_HUMANATP-dependentRNAhelicaseDDX3XOS=HomosapiensOX=9606GN=DDX3XPE=1SV=3;sp|O15523|DDX3Y_HUMANATP-dependentRNAhelicaseDDX3YOS=HomosapiensOX=9606GN=DDX3YPE=1SV=2;sp|Q9NQI0|DDX4_HUMANProbableATP-dependentRNAhelicaseDDX4OS=HomosapiensOX=9606GN=DDX4PE=1SV=2	sp|O00571|DDX3X_HUMANATP-dependentRNAhelicaseDDX3XOS=HomosapiensOX=9606GN=DDX3XPE=1SV=3;sp|O15523|DDX3Y_HUMANATP-dependentRNAhelicaseDDX3YOS=HomosapiensOX=9606GN=DDX3YPE=1SV=2	16;12;1	15;11;1	15;11;1	sp|O00571|DDX3X_HUMAN ATP-dependent RNA helicase DDX3X OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DDX3X PE=1 SV=3;sp|O15523|DDX3Y_HUMAN ATP-dependent RNA helicase DDX3Y OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DDX3Y PE=1 SV=2	3	16	15	15	6	8	10	7	5	7	9	7	5	7	9	7	30.5	28.9	28.9	73.243	662	662;660;724	0	139.71	11.9	14.5	18.1	15.1	208140000	33627000	77909000	43548000	53059000	49987000	73419000	39452000	45285000	6	8	9	8	31				36	385;414;596;1187;1194;1700;2068;2417;2446;2586;2687;2780;3109;3116;3383;3411	True;True;True;True;True;True;False;True;True;True;True;True;True;True;True;True	385;414;596;1187;1194;1700;2068;2417;2446;2586;2687;2780;3109;3116;3383;3411	1147;1148;1149;1223;1696;1697;1698;3414;3426;3427;3428;3429;3430;3431;3432;4797;5819;5820;5821;6878;6879;6880;6961;7317;7318;7566;7567;7568;7818;8813;8814;8825;9597;9699	1242;1243;1244;1322;1809;1810;1811;3708;3720;3721;3722;3723;3724;3725;3726;5158;6242;6243;6244;7470;7471;7472;7559;7970;7971;8231;8232;8233;8494;9578;9579;9591;10441;10561	1243;1322;1809;3708;3722;5158;6243;7471;7559;7970;8233;8494;9578;9591;10441;10561
sp|O15042|SR140_HUMANU2snRNP-associatedSURPmotif-containingproteinOS=HomosapiensOX=9606GN=U2SURPPE=1SV=2	sp|O15042|SR140_HUMANU2snRNP-associatedSURPmotif-containingproteinOS=HomosapiensOX=9606GN=U2SURPPE=1SV=2	23	23	23	sp|O15042|SR140_HUMAN U2 snRNP-associated SURP motif-containing protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=U2SURP PE=1 SV=2	1	23	23	23	13	11	15	11	13	11	15	11	13	11	15	11	30.5	30.5	30.5	118.29	1029	1029	0	194.25	20.7	16.5	18.9	14.7	407370000	88901000	117120000	131340000	70007000	105870000	128020000	98409000	75078000	15	13	14	11	53				41	255;575;738;739;771;796;918;919;1594;1595;1920;1999;2002;2147;2164;2207;2356;2652;2679;2717;2875;3030;3403	True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True	255;575;738;739;771;796;918;919;1594;1595;1920;1999;2002;2147;2164;2207;2356;2652;2679;2717;2875;3030;3403	805;806;1640;2051;2052;2053;2054;2123;2124;2125;2192;2193;2194;2650;2651;2652;4536;4537;4538;5444;5647;5648;5649;5652;5653;5654;5655;6263;6311;6411;6412;6413;6414;6715;7488;7541;7542;7647;8150;8151;8152;8153;8154;8563;8564;8565;8566;9677;9678;9679;9680;9681;9682	880;881;1753;2180;2181;2182;2183;2252;2253;2254;2327;2328;2329;2884;2885;2886;4883;4884;4885;5854;6062;6063;6064;6065;6068;6069;6070;6071;6809;6861;6965;6966;6967;6968;6969;7287;8147;8206;8207;8312;8313;8881;8882;8883;8884;8885;9315;9316;9317;9318;9319;10539;10540;10541;10542;10543;10544	880;1753;2181;2183;2254;2327;2885;2886;4883;4885;5854;6063;6068;6809;6861;6965;7287;8147;8206;8312;8883;9316;10544
sp|O75340|PDCD6_HUMANProgrammedcelldeathprotein6OS=HomosapiensOX=9606GN=PDCD6PE=1SV=1	sp|O75340|PDCD6_HUMANProgrammedcelldeathprotein6OS=HomosapiensOX=9606GN=PDCD6PE=1SV=1	7	7	7	sp|O75340|PDCD6_HUMAN Programmed cell death protein 6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PDCD6 PE=1 SV=1	1	7	7	7	7	5	4	4	7	5	4	4	7	5	4	4	35.1	35.1	35.1	21.868	191	191	0	75.309	35.1	30.9	24.1	26.2	147020000	47158000	52195000	27422000	20248000	39231000	45817000	39568000	22407000	8	5	4	4	21				70	91;405;1929;2307;2626;3003;3365	True;True;True;True;True;True;True	91;405;1929;2307;2626;3003;3365	403;404;405;406;1203;1204;5463;5464;5465;5466;5467;6619;6620;7429;8486;8487;8488;9558;9559;9560;9561	465;466;467;468;1301;1302;5873;5874;5875;5876;5877;7186;7187;8084;9234;9235;9236;10401;10402;10403;10404;10405	466;1302;5874;7187;8084;9234;10403