# HG changeset patch # User galaxyp # Date 1502284664 14400 # Node ID b6ec0f32ad4e55a2f46d686c6fcf108e4bab5eb7 # Parent c427a8628cbe904228eb3c4df94bde7b9293024d planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/openms commit 9a14ed1f2d3c9abdfb080251b3419dd9e0c52a14 diff -r c427a8628cbe -r b6ec0f32ad4e IDFilter.xml --- a/IDFilter.xml Thu Apr 27 13:23:26 2017 -0400 +++ b/IDFilter.xml Wed Aug 09 09:17:44 2017 -0400 @@ -1,7 +1,7 @@ - + Filters results from protein or peptide identification engines based on different criteria. IDFilter @@ -54,12 +54,6 @@ #if $param_score_prot: -score:prot $param_score_prot #end if -#if $param_thresh_pep: - -thresh:pep $param_thresh_pep -#end if -#if $param_thresh_prot: - -thresh:prot $param_thresh_prot -#end if #if $param_whitelist_proteins: -whitelist:proteins $param_whitelist_proteins #end if @@ -122,6 +116,31 @@ #end if #end for #end if +#if $param_digest_fasta: + -digest:fasta $param_digest_fasta +#end if +#if $param_digest_enzyme: + -digest:enzyme + #if " " in str($param_digest_enzyme): + "$param_digest_enzyme" + #else + $param_digest_enzyme + #end if +#end if +#if $param_digest_specificity: + -digest:specificity + #if " " in str($param_digest_specificity): + "$param_digest_specificity" + #else + $param_digest_specificity + #end if +#end if +#if $param_digest_missed_cleavages: + -digest:missed_cleavages $param_digest_missed_cleavages +#end if +#if $param_digest_methionine_cleavage: + -digest:methionine_cleavage +#end if #if $param_mz_error: -mz:error $param_mz_error #end if @@ -146,6 +165,12 @@ #if $adv_opts.param_force: -force #end if + #if $adv_opts.param_thresh_pep: + -thresh:pep $adv_opts.param_thresh_pep +#end if + #if $adv_opts.param_thresh_prot: + -thresh:prot $adv_opts.param_thresh_prot +#end if #if $adv_opts.param_rt_p_value: -rt:p_value $adv_opts.param_rt_p_value #end if @@ -199,8 +224,6 @@ - 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@@ -2007,23 +2964,28 @@ + + + - + - - + + + + @@ -2044,6 +3006,226 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -2055,6 +3237,7 @@ + @@ -2072,9 +3255,11 @@ + + @@ -2088,6 +3273,7 @@ + @@ -2109,6 +3295,7 @@ + @@ -2140,6 +3327,7 @@ + @@ -2150,6 +3338,8 @@ + + @@ -2242,7 +3432,7 @@ - + @@ -2252,6 +3442,7 @@ + @@ -2315,10 +3506,16 @@ + + + + + + @@ -2334,6 +3531,7 @@ + @@ -2401,6 +3599,7 @@ + @@ -2411,6 +3610,7 @@ + @@ -2425,6 +3625,7 @@ + @@ -2465,13 +3666,16 @@ + + + + - - + @@ -2541,48 +3745,353 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - 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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - diff -r c427a8628cbe -r b6ec0f32ad4e filetypes.txt --- a/filetypes.txt Thu Apr 27 13:23:26 2017 -0400 +++ b/filetypes.txt Wed Aug 09 09:17:44 2017 -0400 @@ -14,7 +14,7 @@ consensusXML consensusxml galaxy.datatypes.proteomics:ConsensusXML application/xml edta tabular galaxy.datatypes.tabular:Tabular featureXML featurexml galaxy.datatypes.proteomics:FeatureXML application/xml -idXML idxml galaxy.datatypes.proteomics:IdXM application/xml +idXML idxml galaxy.datatypes.proteomics:IdXML application/xml mzML mzml galaxy.datatypes.proteomics:MzML application/xml mzXML mzxml galaxy.datatypes.proteomics:MzXML application/xml pepXML pepxml galaxy.datatypes.proteomics:PepXml application/xml @@ -26,4 +26,4 @@ msp msp galaxy.datatypes.proteomics:Msp mzid mzid galaxy.datatypes.proteomics:MzIdentML application/xml png png galaxy.datatypes.images:Png image/png -mgf mgf galaxy.datatypes.proteomics:Mgf \ No newline at end of file +mgf mgf galaxy.datatypes.proteomics:Mgf diff -r c427a8628cbe -r b6ec0f32ad4e macros.xml --- a/macros.xml Thu Apr 27 13:23:26 2017 -0400 +++ b/macros.xml Wed Aug 09 09:17:44 2017 -0400 @@ -2,7 +2,7 @@ - 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- - @@ -22,13 +16,17 @@ + + +

+ @@ -44,7 +42,6 @@ - @@ -62,12 +59,14 @@ + + @@ -78,6 +77,7 @@ +

@@ -154,9 +154,7 @@ - -