# HG changeset patch # User galaxyp # Date 1502284723 14400 # Node ID cd0746ee47969429e8927a5ec778d1cccc407211 # Parent f9bc00c0ebed7f9f73f2f8002f8feeb2452e468c planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/openms commit 9a14ed1f2d3c9abdfb080251b3419dd9e0c52a14 diff -r f9bc00c0ebed -r cd0746ee4796 XTandemAdapter.xml --- a/XTandemAdapter.xml Wed Mar 01 12:31:29 2017 -0500 +++ b/XTandemAdapter.xml Wed Aug 09 09:18:43 2017 -0400 @@ -1,7 +1,7 @@ - + Annotates MS/MS spectra using X! Tandem. 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+ + @@ -1746,6 +2690,7 @@ + @@ -1877,7 +2822,6 @@ - @@ -1902,23 +2846,28 @@ + + + - + - - + + + + @@ -1939,6 +2888,226 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1950,6 +3119,7 @@ + @@ -1967,9 +3137,11 @@ + + @@ -1983,6 +3155,7 @@ + @@ -2004,6 +3177,7 @@ + @@ -2035,6 +3209,7 @@ + @@ -2045,6 +3220,8 @@ + + @@ -2137,7 +3314,7 @@ - + @@ -2147,6 +3324,7 @@ + @@ -2210,10 +3388,16 @@ + + + + + + @@ -2229,6 +3413,7 @@ + @@ -2296,6 +3481,7 @@ + @@ -2306,6 +3492,7 @@ + @@ -2320,6 +3507,7 @@ + @@ -2360,13 +3548,16 @@ + + + + - - + @@ -2436,48 +3627,353 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - 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- - + + + + + + + + + + - - - - + + + - - - - - - - - - - + + + + + - - - - + + Annotates MS/MS spectra using X! Tandem. diff -r f9bc00c0ebed -r cd0746ee4796 datatypes_conf.xml --- a/datatypes_conf.xml Wed Mar 01 12:31:29 2017 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,33 +0,0 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - diff -r f9bc00c0ebed -r cd0746ee4796 filetypes.txt --- a/filetypes.txt Wed Mar 01 12:31:29 2017 -0500 +++ b/filetypes.txt Wed Aug 09 09:18:43 2017 -0400 @@ -14,7 +14,7 @@ consensusXML consensusxml galaxy.datatypes.proteomics:ConsensusXML application/xml edta tabular galaxy.datatypes.tabular:Tabular featureXML featurexml galaxy.datatypes.proteomics:FeatureXML application/xml -idXML idxml galaxy.datatypes.proteomics:IdXM application/xml +idXML idxml galaxy.datatypes.proteomics:IdXML application/xml mzML mzml galaxy.datatypes.proteomics:MzML application/xml mzXML mzxml galaxy.datatypes.proteomics:MzXML application/xml pepXML pepxml galaxy.datatypes.proteomics:PepXml application/xml @@ -26,4 +26,4 @@ msp msp galaxy.datatypes.proteomics:Msp mzid mzid galaxy.datatypes.proteomics:MzIdentML application/xml png png galaxy.datatypes.images:Png image/png -mgf mgf galaxy.datatypes.proteomics:Mgf \ No newline at end of file +mgf mgf galaxy.datatypes.proteomics:Mgf diff -r f9bc00c0ebed -r cd0746ee4796 macros.xml --- a/macros.xml Wed Mar 01 12:31:29 2017 -0500 +++ b/macros.xml Wed Aug 09 09:18:43 2017 -0400 @@ -2,7 +2,7 @@ - openms + openms xtandem fido msgf_plus diff -r f9bc00c0ebed -r cd0746ee4796 readme.md --- a/readme.md Wed Mar 01 12:31:29 2017 -0500 +++ b/readme.md Wed Aug 09 09:18:43 2017 -0400 @@ -14,15 +14,29 @@ Generating OpenMS wrappers ========================== - * install OpenMS (you can do this automatically through the Tool Shed) + * install OpenMS (you can do this automatically through Conda) * create a folder called CTD - * inside of your new installed openms/bin folder, execute the following command: + * if you installed openms as a binary in a specific directory, execute the following command in the `openms/bin` directory: ```bash for binary in `ls`; do ./$binary -write_ctd /PATH/TO/YOUR/CTD; done; ``` - * `MetaProSIP.ctd` includes a not supported character: To use it, search for `²` and replace it (e.g. with `^2`). + * if there is no binary release (e.g. as with version 2.2), download and unpack the Conda package, find the `bin` folder and create a list of the tools as follow: + + ```bash + ls >> tools.txt + ``` + + * search for the `bin` folder of your conda environment containing OpenMS and do: + + ```bash + while read p; do + ./PATH/TO/BIN/$p -write_ctd /PATH/TO/YOUR/CTD; + done ``` - * In `PeakPickerHiRes.xml`, the parameter `report_FWHM_unit` has to be put in quotation marks. Look for the following line + + * In `IDFileConverter.xml` the following is needed in the command section at the beginning (check your file to know what to copy where): - -algorithm:report_FWHM_unit $param_algorithm_report_FWHM_unit - - and change it to + ``` + + ``` + + * In `IDFileConverter.xml` and `FileConverter.xml` add `auto_format="true"` to the output, e.g.: - + - `` + - `` * To add an example test case to `DecoyDatabase.xml` add the following after the output section. If standard settings change you might have to adjust the options and/or the test files. diff -r f9bc00c0ebed -r cd0746ee4796 tool.conf --- a/tool.conf Wed Mar 01 12:31:29 2017 -0500 +++ b/tool.conf Wed Aug 09 09:18:43 2017 -0400 @@ -6,13 +6,7 @@ -

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- - @@ -22,13 +16,17 @@ + + +

+ @@ -44,7 +42,6 @@ - @@ -62,12 +59,14 @@ + + @@ -78,6 +77,7 @@ +

@@ -154,9 +154,7 @@ - -