# HG changeset patch # User galaxyp # Date 1495067007 14400 # Node ID 90ecb65017a0478590550e3dd1257fcddbed9251 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tools/bumbershoot/psm2sam commit 9910ed076e4b8a3f083351b89fa861d0a4a93beb diff -r 000000000000 -r 90ecb65017a0 PSM2SAM.R --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/PSM2SAM.R Wed May 17 20:23:27 2017 -0400 @@ -0,0 +1,149 @@ +#!/usr/bin/env Rscript + +## begin warning handler +withCallingHandlers({ + +library(methods) # Because Rscript does not always do this + +options('useFancyQuotes' = FALSE) + +suppressPackageStartupMessages(library("optparse")) +suppressPackageStartupMessages(library("RGalaxy")) + + +option_list <- list() + +option_list$exon_anno <- make_option('--exon_anno', type='character') +option_list$proteinseq <- make_option('--proteinseq', type='character') +option_list$procodingseq <- make_option('--procodingseq', type='character') +option_list$bam_file <- make_option('--bam', type='character') +option_list$idpDB_file <- make_option('--idpDB', type='character') +option_list$pepXmlTab_file <- make_option('--pepXmlTab', type='character') +option_list$peptideShakerPsmReport_file <- make_option('--peptideShakerPsmReport', type='character') +option_list$variantAnnotation_file <- make_option('--variantAnnotation', type='character') +option_list$searchEngineScore <- make_option('--searchEngineScore', type='character') + + +opt <- parse_args(OptionParser(option_list=option_list)) + + +psm2sam <- function( + exon_anno_file = GalaxyInputFile(required=TRUE), + proteinseq_file = GalaxyInputFile(required=TRUE), + procodingseq_file = GalaxyInputFile(required=TRUE), + bam_file = GalaxyInputFile(required=TRUE), + idpDB_file = GalaxyInputFile(required=FALSE), + pepXmlTab_file = GalaxyInputFile(required=FALSE), + peptideShakerPsmReport_file = GalaxyInputFile(required=FALSE), + variantAnnotation_file = GalaxyInputFile(required=FALSE), + searchEngineScore = GalaxyCharacterParam(required=FALSE) + ) +{ + options(stringsAsFactors = FALSE) + + if (length(bam_file) == 0) + { + stop("BAM file must be specified to provide sequence headers") + } + + outputHeader = grep("^@(?!PG)", readLines(bam_file, n=500, warn=FALSE), value=TRUE, perl=TRUE) + if (length(outputHeader) == 0) + { + stop("failed to read header lines from bam_file") + } + + # load customProDB from GitHub (NOTE: downloading the zip is faster than cloning the repo with git2r or devtools::install_github) + download.file("https://github.com/chambm/customProDB/archive/master.zip", "customProDB.zip", quiet=TRUE) + unzip("customProDB.zip") + devtools::load_all("customProDB-master") + + # load proBAMr from GitHub + download.file("https://github.com/chambm/proBAMr/archive/master.zip", "proBAMr.zip", quiet=TRUE) + unzip("proBAMr.zip") + devtools::load_all("proBAMr-master") + + psmInputLength = length(idpDB_file)+length(pepXmlTab_file)+length(peptideShakerPsmReport_file) + if (psmInputLength == 0) + { + stop("one of the input PSM file parameters must be specified") + } + else if (psmInputLength > 1) + { + stop("only one of the input PSM file parameters can be specified") + } + + if (length(idpDB_file) > 0) + { + if (length(searchEngineScore) == 0) + stop("searchEngineScore parameter must be specified when reading IDPicker PSMs, e.g. 'MyriMatch:MVH'") + passedPSM = readIdpDB(idpDB_file, searchEngineScore) + } + else if (length(pepXmlTab_file) > 0) + { + if (length(searchEngineScore) == 0) + stop("searchEngineScore parameter must be specified when reading pepXmlTab PSMs, e.g. 'mvh'") + passedPSM = readPepXmlTab(pepXmlTab_file, searchEngineScore) + } + else if (length(peptideShakerPsmReport_file) > 0) + { + if (length(searchEngineScore) > 0) + warning("searchEngineScore parameter is ignored when reading PeptideShaker PSM report") + passedPSM = readPeptideShakerPsmReport(peptideShakerPsmReport_file) + } + + load(exon_anno_file) + load(proteinseq_file) + load(procodingseq_file) + + if (length(variantAnnotation_file) > 0) + { + load(variantAnnotation_file) # variantAnnotation list, with members snvprocoding/snvproseq and indelprocoding/indelproseq + + varprocoding = unique(rbind(variantAnnotation$snvprocoding, variantAnnotation$indelprocoding)) + varproseq = unique(rbind(variantAnnotation$snvproseq, variantAnnotation$indelproseq)) + } + else + { + varprocoding = NULL + varproseq = NULL + } + + # add proBAMr program key + outputHeader = c(outputHeader, paste0("@PG\tID:proBAMr\tVN:", packageVersion("proBAMr"))) + + # first write header lines to the output SAM + writeLines(outputHeader, "output.sam") + + # then write the PSM "reads" + PSMtab2SAM(passedPSM, exon, + proteinseq, procodingseq, + varproseq, varprocoding, + outfile = "output.sam", + show_progress = FALSE) + + invisible(NULL) +} + +params <- list() +for(param in names(opt)) +{ + if (!param == "help") + params[param] <- opt[param] +} + +setClass("GalaxyRemoteError", contains="character") +wrappedFunction <- function(f) +{ + tryCatch(do.call(f, params), + error=function(e) new("GalaxyRemoteError", conditionMessage(e))) +} + + +suppressPackageStartupMessages(library(RGalaxy)) +do.call(psm2sam, params) + +## end warning handler +}, warning = function(w) { + cat(paste("Warning:", conditionMessage(w), "\n")) + invokeRestart("muffleWarning") +}) diff -r 000000000000 -r 90ecb65017a0 PSM2SAM.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/PSM2SAM.xml Wed May 17 20:23:27 2017 -0400 @@ -0,0 +1,167 @@ + + Generate SAM files from PSMs. + + r-base + + bioconductor-rgalaxy + bioconductor-biocinstaller + bioconductor-variantannotation + r-devtools + r-xml + r-rmysql + r-testthat + r-getoptlong + r-stringi + r-stringr + r-data.table + r-sqldf + r-gsubfn + r-chron + r-proto + r-plyr + r-fastmatch + r-ahocorasicktrie + + + + + &1 +]]> + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +**Description** + +Generate SAM files from confident peptide-spectrum-matches (PSMs). + + \ No newline at end of file diff -r 000000000000 -r 90ecb65017a0 README.md --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/README.md Wed May 17 20:23:27 2017 -0400 @@ -0,0 +1,58 @@ +GalaxyP - PSM2SAM +=================== + +* Home: +* Galaxy Tool Shed: +* Tool ID: `psm_to_sam` + + +Description +----------- + +The interpretation of proteomics data is significantly enhanced by genomic annotation. +Using proBAMr, peptide-spectrum-matches can be easily reannotated using user-specified gene annotation +schemes and assembled into both protein and gene identifications. Using the genome as a common reference, +proBAMr facilitates seamless proteomics and proteogenomics data integration. ProBAM files can be readily +visualized in genome browsers and thus bring proteomics data analysis to a general audience beyond the +proteomics community. + +See: + +* + + +GalaxyP Community +----------------- + +Current governing community policies for [GalaxyP](https://github.com/galaxyproteomics/) and other information can be found at: + + + + +License +------- + +Copyright (c) 2017 Authors listed below. + +To the extent possible under law, the author(s) have dedicated all copyright and related and neighboring rights to this software to the public domain worldwide. This software is distributed without any warranty. + +You should have received a copy of the CC0 Public Domain Dedication along with this software. If not, see . + +You can copy, modify, distribute and perform the work, even for commercial purposes, all without asking permission. + + +Contributing +------------ + +Contributions to this repository are reviewed through pull requests. If you would like your work acknowledged, please also add yourself to the Authors section. If your pull request is accepted, you will also be acknowledged in + + +Authors +------- + +Authors and contributors: + +* Matt Chambers + +* Xiaojing Wang + Baylor Medical College diff -r 000000000000 -r 90ecb65017a0 test-data/hg19/exon_anno.RData Binary file test-data/hg19/exon_anno.RData has changed diff -r 000000000000 -r 90ecb65017a0 test-data/hg19/hg19_headers.sam --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/hg19/hg19_headers.sam Wed May 17 20:23:27 2017 -0400 @@ -0,0 +1,95 @@ +@HD VN:1.0 SO:coordinate +@SQ SN:chr10 LN:135534747 +@SQ SN:chr11 LN:135006516 +@SQ SN:chr11_gl000202_random LN:40103 +@SQ SN:chr12 LN:133851895 +@SQ SN:chr13 LN:115169878 +@SQ SN:chr14 LN:107349540 +@SQ SN:chr15 LN:102531392 +@SQ SN:chr16 LN:90354753 +@SQ SN:chr17_ctg5_hap1 LN:1680828 +@SQ SN:chr17 LN:81195210 +@SQ SN:chr17_gl000203_random LN:37498 +@SQ SN:chr17_gl000204_random LN:81310 +@SQ SN:chr17_gl000205_random LN:174588 +@SQ SN:chr17_gl000206_random LN:41001 +@SQ SN:chr18 LN:78077248 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of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V +Mo_Tai_iTRAQ_f9 0.1.3553 0 chr6 145173705 255 45M * 0 0 GCCAGAGACGCCCCAGAACCACAAGGCGAAGAGGCAGTGGAGAGG * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:ARDAPEPQGEEAVER XR:Z:ARDAPEPQGEEAVEG XC:i:3 XS:f:NA XQ:f:0e+00 XM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V +Mo_Tai_iTRAQ_f5 0.1.5021 0 chr11 89015730 255 36M * 0 0 GCCAGTGCTGCACAGCCAGACTCTATAGGAGTCAAG * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:ASAAQPDSIGVK XR:Z:ASAAQPDSVGVK XC:i:2 XS:f:NA XQ:f:0e+00 XM:Z:iTRAQ 4-plex of K(12), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V +Mo_Tai_iTRAQ_f4 0.1.3129 0 chr9 44607471 255 60M * 0 0 GCCAGTGCTGGCCCTGGAGGAGGGGGCACACAGCCACAGCCACAGATGAACCAGTTGAAG * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:ASAGPGGGGTQPQPQMNQLK XR:Z:ASAGPGGGGTQPQPQLNQLK XC:i:3 XS:f:NA XQ:f:0e+00 XM:Z:Oxidation of M(16), iTRAQ 4-plex of K(20), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V +Mo_Tai_iTRAQ_f8 0.1.5955 0 chr11 115176450 255 54M * 0 0 GCAGTGGACCCAGACTCATCGGCGGAGGCGTCTGGACTCCGGGCCCAGGACCGA 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121445445 255 45M * 0 0 CTACCCCTGAACCTCTTGGGACACGACATGTCACCCCGTCAATTC * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:DGDLENPVLYSGAVK XR:Z:DGDLENPVLYNGAVK XC:i:3 XS:f:NA XQ:f:0e+00 XM:Z:iTRAQ 4-plex of K(15), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V +Mo_Tai_iTRAQ_f9 0.1.6579 0 chr6 115890569 255 24M * 0 0 GACGGTCTGTTGGTAGGCCTGAAA * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:DGLLVGLK XR:Z:EGLLVGLK XC:i:3 XS:f:NA XQ:f:1.25e-01 XM:Z:iTRAQ 4-plex of K(8), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V +Mo_Tai_iTRAQ_f4 0.1.7295 16 chr19 41886851 255 30M * 0 0 CTGTACGACGGGACGAAGGGCCGTCCGGAC * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:DMLPCFPAGL XR:Z:DMLPCFPEGL XC:i:2 XS:f:NA XQ:f:1.937985e-03 XM:Z:Carbamidomethylation of C(5), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V +Mo_Tai_iTRAQ_f8 0.1.6543 0 chr2 152704644 255 57M * 0 0 GATCCAGCAGCCGTGACTGAATCCAAAGAGGAGTCAACAGAGGCGTCGGCATCGAAG * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:DPAAVTESKEESTEASASK XR:Z:DPAAETESKEESTEASASK XC:i:3 XS:f:NA XQ:f:0e+00 XM:Z:iTRAQ 4-plex of K(9, 19), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V +Mo_Tai_iTRAQ_f6 0.1.16115 16 chr4 118162493 255 57M * 0 0 CTGTCGTGCCAATAACTGGTGTGAGACGGGTGTGGCCTTCGTCGGCTCAAGGACTTC * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:DSTVIDHTLPTPEAAEFLK XR:Z:DSMVIDHTLPTPEAAEFLK XC:i:3 XS:f:NA XQ:f:0e+00 XM:Z:iTRAQ 4-plex of K(19), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V +Mo_Tai_iTRAQ_f6 0.1.13810 16 chr18 6220853 255 72M * 0 0 CTATGACGATAATGGTCACTATTTGGTCGACGACGTCAGCCTTACCGACCATCAAAATGGCTACGACTTTCT * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:DTAITSDKPAAAVGMAGSFTDAER XR:Z:DIAITSDKPAAAVGMAGSFTDAER XC:i:3 XS:f:NA XQ:f:0e+00 XM:Z:iTRAQ 4-plex of K(8), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V +Mo_Tai_iTRAQ_f4 0.1.6058 16 chr3 104825449 255 21M3057N27M * 0 0 CTACACGTCCTGAGTCATTGACAAAGATTACTTCAGGTTTGATGGTTC * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:DVQDSVTVSNEVQTTK XR:Z:DVQDSVTVSNEIQTTK XC:i:3 XS:f:NA XQ:f:0e+00 XM:Z:iTRAQ 4-plex of K(16), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V +Mo_Tai_iTRAQ_f9 0.1.4258 16 chr4 43518270 255 30M102N3M * 0 0 CCCCTTCAGCTTCTTCTGGAGGGCCTGCTGCTC * XA:Z:0 NH:i:4 XL:i:1 XP:Z:EAETRAEFAER XR:Z:EAETRAEFAER XC:i:3 XS:f:NA XQ:f:2.967359e-03 XM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:N +Mo_Tai_iTRAQ_f9 0.1.4258 0 chr3 90089857 255 3M150N30M * 0 0 GAGGCAGAGACCCGTGCTGAGTTTGCTGAAAGA * XA:Z:0 NH:i:4 XL:i:1 XP:Z:EAETRAEFAER XR:Z:EAETRAEFAER XC:i:3 XS:f:NA XQ:f:2.967359e-03 XM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:N +Mo_Tai_iTRAQ_f9 0.1.4258 16 chr9 67031069 255 30M353N3M * 0 0 GCCCTTGAGTTTCTTTTGCAGTGACACCAGCTC * XA:Z:0 NH:i:4 XL:i:1 XP:Z:EAETRAEFAER XR:Z:EAETRAEFAER XC:i:3 XS:f:NA XQ:f:2.967359e-03 XM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:N +Mo_Tai_iTRAQ_f9 0.1.4258 0 chr8 72147117 255 3M78N30M * 0 0 GAGGCTGAGACCCGAGCTGAGTTTGCAGAAAGG * XA:Z:0 NH:i:4 XL:i:1 XP:Z:EAETRAEFAER XR:Z:EAETRAEFAER XC:i:3 XS:f:NA XQ:f:2.967359e-03 XM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:N +Mo_Tai_iTRAQ_f9 0.1.4180 16 chr4 43518270 255 30M102N3M * 0 0 CCCCTTCAGCTTCTTCTGGAGGGCCTGCTGCTC * XA:Z:0 NH:i:4 XL:i:1 XP:Z:EAETRAEFAER XR:Z:EAETRAEFAER XC:i:2 XS:f:NA XQ:f:0e+00 XM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:N +Mo_Tai_iTRAQ_f9 0.1.4180 0 chr3 90089857 255 3M150N30M * 0 0 GAGGCAGAGACCCGTGCTGAGTTTGCTGAAAGA * XA:Z:0 NH:i:4 XL:i:1 XP:Z:EAETRAEFAER XR:Z:EAETRAEFAER XC:i:2 XS:f:NA XQ:f:0e+00 XM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:N +Mo_Tai_iTRAQ_f9 0.1.4180 16 chr9 67031069 255 30M353N3M * 0 0 GCCCTTGAGTTTCTTTTGCAGTGACACCAGCTC * XA:Z:0 NH:i:4 XL:i:1 XP:Z:EAETRAEFAER XR:Z:EAETRAEFAER XC:i:2 XS:f:NA XQ:f:0e+00 XM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:N +Mo_Tai_iTRAQ_f9 0.1.4180 0 chr8 72147117 255 3M78N30M * 0 0 GAGGCTGAGACCCGAGCTGAGTTTGCAGAAAGG * XA:Z:0 NH:i:4 XL:i:1 XP:Z:EAETRAEFAER XR:Z:EAETRAEFAER XC:i:2 XS:f:NA XQ:f:0e+00 XM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:N +Mo_Tai_iTRAQ_f9 0.1.4339 16 chr4 43518270 255 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XA:Z:0 NH:i:4 XL:i:1 XP:Z:EAETRAEFAER XR:Z:EAETRAEFAER XC:i:3 XS:f:NA XQ:f:3.021148e-03 XM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:N +Mo_Tai_iTRAQ_f9 0.1.4404 0 chr3 90089857 255 3M150N30M * 0 0 GAGGCAGAGACCCGTGCTGAGTTTGCTGAAAGA * XA:Z:0 NH:i:4 XL:i:1 XP:Z:EAETRAEFAER XR:Z:EAETRAEFAER XC:i:3 XS:f:NA XQ:f:3.021148e-03 XM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:N +Mo_Tai_iTRAQ_f9 0.1.4404 16 chr9 67031069 255 30M353N3M * 0 0 GCCCTTGAGTTTCTTTTGCAGTGACACCAGCTC * XA:Z:0 NH:i:4 XL:i:1 XP:Z:EAETRAEFAER XR:Z:EAETRAEFAER XC:i:3 XS:f:NA XQ:f:3.021148e-03 XM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:N +Mo_Tai_iTRAQ_f9 0.1.4404 0 chr8 72147117 255 3M78N30M * 0 0 GAGGCTGAGACCCGAGCTGAGTTTGCAGAAAGG * XA:Z:0 NH:i:4 XL:i:1 XP:Z:EAETRAEFAER XR:Z:EAETRAEFAER XC:i:3 XS:f:NA XQ:f:3.021148e-03 XM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:N +Mo_Tai_iTRAQ_f5 0.1.12797 0 chrX 104498320 255 24M * 0 0 GAATGTATGGTGACCACTCCGAAA * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 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XS:f:NA XQ:f:0e+00 XM:Z:iTRAQ 4-plex of K(21), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V +Mo_Tai_iTRAQ_f4 0.1.4679 16 chr2 65238407 255 24M * 0 0 TCGCAGGGCCTAGGGCATGGGGCG * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:SVPDPVPR XR:Z:SVPDPLPR XC:i:2 XS:f:NA XQ:f:1.992032e-03 XM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V +Mo_Tai_iTRAQ_f8 0.1.5840 16 chr14 33162860 255 60M * 0 0 TGACTCCTGTCTGGGCTCCTGGGTCCAAAGGTTTTACTTCCCGTTAGGGGACGACGCTTC * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:TEDRPEDPGFQNEGQSPAAK XR:Z:TEDRPEDPGFQNEGQSPAVK XC:i:3 XS:f:NA XQ:f:0e+00 XM:Z:iTRAQ 4-plex of K(20), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V +Mo_Tai_iTRAQ_f3 0.1.5607 0 chr2 120022722 255 27M * 0 0 ACAGAGTCTCGGAGCATCTCATCACGA * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:TESRSISSR XR:Z:TESQSISSR XC:i:2 XS:f:NA XQ:f:1.620795e-01 XM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V +Mo_Tai_iTRAQ_f3 0.1.5705 0 chr2 120022722 255 27M * 0 0 ACAGAGTCTCGGAGCATCTCATCACGA * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:TESRSISSR XR:Z:TESQSISSR XC:i:2 XS:f:NA XQ:f:1.481481e-01 XM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V +Mo_Tai_iTRAQ_f4 0.1.6840 0 chr2 120022722 255 27M * 0 0 ACAGAGTCTCGGAGCATCTCATCACGA * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:TESRSISSR XR:Z:TESQSISSR XC:i:2 XS:f:NA XQ:f:2.667984e-01 XM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V +Mo_Tai_iTRAQ_f5 0.1.7198 0 chr8 72147249 255 19M4474N5M * 0 0 ACAATCGATGACCTGGAAGAAAAA * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:TIDDLEEK XR:Z:TIDDLEEK XC:i:2 XS:f:NA XQ:f:2.262038e-01 XM:Z:iTRAQ 4-plex of K(8), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:N +Mo_Tai_iTRAQ_f6 0.1.8513 0 chr8 72147249 255 19M4474N5M * 0 0 ACAATCGATGACCTGGAAGAAAAA * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:TIDDLEEK XR:Z:TIDDLEEK XC:i:2 XS:f:NA XQ:f:6.17284e-03 XM:Z:iTRAQ 4-plex of K(8), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:N +Mo_Tai_iTRAQ_f6 0.1.8367 0 chr8 72147249 255 19M4474N5M * 0 0 ACAATCGATGACCTGGAAGAAAAA * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:TIDDLEEK XR:Z:TIDDLEEK XC:i:2 XS:f:NA XQ:f:3.04878e-03 XM:Z:iTRAQ 4-plex of K(8), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:N +Mo_Tai_iTRAQ_f5 0.1.3743 16 chr8 4268354 255 24M * 0 0 TGGTAGCTTAGTCTTTGACACGCA * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:TIESETVR XR:Z:SIESETVR XC:i:2 XS:f:NA XQ:f:9.578107e-02 XM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V +Mo_Tai_iTRAQ_f4 0.1.3241 16 chr8 4268354 255 24M * 0 0 TGGTAGCTTAGTCTTTGACACGCA * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:TIESETVR XR:Z:SIESETVR XC:i:2 XS:f:NA XQ:f:0e+00 XM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V +Mo_Tai_iTRAQ_f4 0.1.1279 0 chr10 108252887 255 38M400N1M * 0 0 ACTCCCCCGGGTTCCTCCTCCGCAGGCACACAGAGCAGG * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:TPPGSSSAGTQSR XR:Z:TPPGSSSAGTQSS XC:i:2 XS:f:NA XQ:f:0e+00 XM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V +Mo_Tai_iTRAQ_f6 0.1.16412 0 chr8 71358978 255 75M * 0 0 ACCCCAGTGGTCCAAGACCTGGAGCTGGGGGCTCTCTCCGAGGAGGCTGCAGGTGGCGACGAGGACCGAGAAAAG * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:TPVVQDLELGALSEEAAGGDEDREK XR:Z:TPVVQDLELGALPEEAAGGDEDREK XC:i:3 XS:f:NA XQ:f:0e+00 XM:Z:iTRAQ 4-plex of K(25), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V +Mo_Tai_iTRAQ_f6 0.1.12166 0 chr10 115409133 255 54M * 0 0 ACAAGTTCGCCGTCTCCAGCAAACTCAGATGTGGAAATGGATGGGATTGGTAGA * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:TSSPSPANSDVEMDGIGR XR:Z:TSSSSPANSDVEMDGIGR XC:i:3 XS:f:NA XQ:f:1.810345e-01 XM:Z:Oxidation of M(13), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V +Mo_Tai_iTRAQ_f8 0.1.11915 16 chr1 133624604 255 45M * 0 0 CACCGCCCCTTCGGCCACGAGTGACGATATAGTCCGCAGTGAGCC * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:VAGKPVLTAISGVTR XR:Z:VAGKPVLTAVSGVTR XC:i:3 XS:f:NA XQ:f:0e+00 XM:Z:iTRAQ 4-plex of K(4), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V +Mo_Tai_iTRAQ_f8 0.1.11078 0 chr9 103346927 255 33M * 0 0 GTGTTACCTGGTCATCCAGAACCTTTATTTAAA * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:VLPGHPEPLFK XR:Z:VLSGHPEPLLK XC:i:3 XS:f:NA XQ:f:0e+00 XM:Z:iTRAQ 4-plex of K(11), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V +Mo_Tai_iTRAQ_f9 0.1.7554 16 chr3 138959073 255 39M * 0 0 CACTTATCGTTGTTTCTCCTGCTGCAACGGCTCGAATTT * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:VNSNKEDDVAELK XR:Z:VDSNKEDDVAELK XC:i:3 XS:f:NA XQ:f:0e+00 XM:Z:iTRAQ 4-plex of K(5, 13), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V +Mo_Tai_iTRAQ_f8 0.1.14638 16 chr14 54514786 255 90M * 0 0 CATGGGAACCACCGGGGTCTCCTGGACTCTCTACTACATTAACGCTTACGGGGCTGATGTGTGTGTCTCCTCATGTCACCTCTTCTCTTT * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:VPLVAPEDLRDDVIANAPTTHTEEYSGEEK XR:Z:VPLVAPEDLRDDVIENAPTTHTEEYSGEEK XC:i:4 XS:f:NA XQ:f:0e+00 XM:Z:iTRAQ 4-plex of K(30), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V +Mo_Tai_iTRAQ_f5 0.1.16647 16 chr2 132870426 255 36M * 0 0 ATGGAACTTGGGAACGGATGAAGTGGTTTGAGGTCC * XA:Z:0 NH:i:1 XL:i:1 XP:Z:YLEPLPTSPNSR XR:Z:YLEPLPTSPNPR XC:i:3 XS:f:NA XQ:f:6.315789e-02 XM:Z:iTRAQ 4-plex of Y(1), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1) XN:i:NA XT:i:NA XG:Z:V diff -r 000000000000 -r 90ecb65017a0 tool-data/customProDB.loc.sample --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tool-data/customProDB.loc.sample Wed May 17 20:23:27 2017 -0400 @@ -0,0 +1,19 @@ +#This file lists the locations and dbkeys of all the fasta files +#under the "genome" directory (a directory that contains a directory +#for each build). The script extract_fasta.py will generate the file +#all_fasta.loc. This file has the format (white space characters are +#TAB characters): +# +# +# +#So, all_fasta.loc could look something like this: +# +#apiMel3 apiMel3 Honeybee (Apis mellifera): apiMel3 /path/to/genome/apiMel3/apiMel3.fa +#hg19canon hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Canonical /path/to/genome/hg19/hg19canon.fa +#hg19full hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Full /path/to/genome/hg19/hg19full.fa +#mm10 mm10 Mouse (Mus musculus): mm10 /path/to/genome/mm10/mm10.fa +# +#Your all_fasta.loc file should contain an entry for each individual +#fasta file. So there will be multiple fasta files for each build, +#such as with hg19 above. +# diff -r 000000000000 -r 90ecb65017a0 tool_data_table_conf.xml.sample --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tool_data_table_conf.xml.sample Wed May 17 20:23:27 2017 -0400 @@ -0,0 +1,7 @@ + + + + value, dbkey, name, path + +
+