# HG changeset patch
# User genouest
# Date 1693906827 0
# Node ID cf241e076f7bca05d9afca507eee042817071f97
# Parent ca7c125668947972e36699e4af422f06c8b81d15
planemo upload for repository https://github.com/genouest/galaxy-tools/tree/master/tools/braker commit be0db9109388c0660c9f901f6b7129c0e3e5105c
diff -r ca7c12566894 -r cf241e076f7b README.md
--- a/README.md Thu Oct 21 09:56:31 2021 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,21 +0,0 @@
-# Braker
-
-This tool is not in IUC because of the license issues with GeneMark and ProtHint that makes it impossible to test it using CI.
-
-## GeneMark
-
-Braker can use GeneMark to predict gene, but due to licensing issues, we are not allowed to distribute GeneMark automatically.
-
-If you want to use it, the Galaxy administrator needs to install GeneMark, and set the `GENEMARK_PATH` variable on the job destination.
-
-## ProtHint
-
-Braker can use ProtHint to use protein sequences as hints to predict genes, but due to licensing issues, we are not allowed to distribute ProtHint automatically.
-
-If you want to use it, the Galaxy administrator needs to install ProtHint, and set the `PROTHINT_PATH` variable on the job destination.
-
-## Running tests
-
-Tests require working GeneMark and ProtHint installations, which means both GENEMARK_PATH and PROTHINT_PATH are set.
-
-You should also copy a valid GeneMark license (from http://topaz.gatech.edu/GeneMark/license_download.cgi) in test-data/genemark_license.gm_key
diff -r ca7c12566894 -r cf241e076f7b README.rst
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README.rst Tue Sep 05 09:40:27 2023 +0000
@@ -0,0 +1,41 @@
+Braker3
+=======
+
+This tool is not in IUC because of the license issues with GeneMark and
+ProtHint that makes it impossible to test it using CI.
+
+GeneMark and ProtHint
+---------------------
+
+Braker requires GeneMark to predict gene, but due to licensing issues, we
+are not allowed to distribute GeneMark automatically.
+
+Braker also requires ProtHint to use protein sequences as hints to predict
+genes, but, again, due to licensing issues, we are not allowed to distribute
+ProtHint automatically.
+
+To use Braker3, the Galaxy administrator needs to install
+GeneMark, and set the ``GENEMARK_PATH`` variable on the job destination.
+
+The only working version of GeneMark to install needs to be downloaded from
+http://topaz.gatech.edu/GeneMark/etp.for_braker.tar.gz
+This archive also contains ProtHint and various other tools in specific versions needed by Braker3.
+
+Unzip it, and set the ``GENEMARK_PATH`` variable to point to the extracted ``bin``
+directory.
+
+Also set the ``PROTHINT_PATH`` variable on the job destination, pointing to the extracted
+``bin/gmes/ProtHint/bin/`` directory
+
+Running tests
+-------------
+
+Tests require working GeneMark and ProtHint installations, which means
+both GENEMARK_PATH and PROTHINT_PATH are set in job_conf_braker3.xml.
+
+You should then use the ``--job_config_file job_conf_braker3.xml``
+option for planemo commands.
+
+You should also copy a valid GeneMark license (from
+http://topaz.gatech.edu/GeneMark/license_download.cgi) in
+test-data/gm_key_64.
diff -r ca7c12566894 -r cf241e076f7b braker.xml
--- a/braker.xml Thu Oct 21 09:56:31 2021 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,149 +0,0 @@
-
-
-
- macros.xml
-
-
-
-
-
- &2 ; exit 1 ; fi &&
-if [ ! -f "\$GENEMARK_PATH/gmes_petap.pl" ] ; then echo "GeneMark is not installed properly on this Galaxy server." >&2 ; exit 1 ; fi &&
-## GeneMark only search for license in ~/.gm_key
-cp '${genemark_license}' ~/.gm_key &&
-
-braker.pl
---genome '${genome}'
-
-$softmasking
-
-#if $evidences.bam:
- --bam ${evidences.bam}
-#end if
-
-#if $evidences.prot_seq:
- --prot_seq ${evidences.prot_seq}
-#end if
-
-## No hints, use esmode
-#if not $evidences.bam and not $evidences.prot_seq
- --esmode
-#end if
-
-## Both proteins and rnaseq hints, use etpmode
-#if $evidences.bam and $evidences.prot_seq
- --etpmode
-#end if
-
-#if $output_format == 'gff3'
- --gff3
-#end if
-
-$genemark.fungus
-
-$augustus.crf
---rounds $augustus.rounds
-
-$advanced.UTR
-
-$advanced.filterOutShort
-
-#if $advanced.eval:
- --eval ${advanced.eval}
-#end if
-
-#if $advanced.eval_pseudo:
- --eval_pseudo ${advanced.eval_pseudo}
-#end if
-
---cores \${GALAXY_SLOTS:-2}
- ]]>
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
- output_format == 'gtf'
-
-
- output_format == 'gff3'
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
diff -r ca7c12566894 -r cf241e076f7b braker3.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/braker3.xml Tue Sep 05 09:40:27 2023 +0000
@@ -0,0 +1,203 @@
+
+ genome annotation
+
+ macros.xml
+
+
+
+
+
+ &2 ; exit 1 ; fi &&
+if [ ! -f "\$GENEMARK_PATH/gmes/gmes_petap.pl" ] ; then echo "GeneMark is not installed properly on this Galaxy server." >&2 ; exit 1 ; fi &&
+
+## This specific GeneMark version has some tools bundled with it, forced to use it.
+## I feel dirty. Pardon me.
+
+export PATH="\$GENEMARK_PATH/../tools/:\$PATH" &&
+
+## GeneMark only search for license in ~/.gm_key
+cp '${genemark_license}' ~/.gm_key &&
+
+braker.pl
+--genome '${genome}'
+
+$softmasking
+
+#if $evidences.bam:
+ --bam ${evidences.bam}
+#end if
+
+#if $evidences.prot_seq:
+ --prot_seq ${evidences.prot_seq}
+#end if
+
+## No hints, use esmode
+#if not $evidences.bam and not $evidences.prot_seq
+ --esmode
+#end if
+
+#if $output_format == 'gff3'
+ --gff3
+#end if
+
+$genemark.fungus
+
+$augustus.crf
+--rounds $augustus.rounds
+$augustus.AUGUSTUS_ab_initio
+$augustus.keepCrf
+
+$advanced.UTR
+
+$advanced.filterOutShort
+
+#if $advanced.eval:
+ --eval ${advanced.eval}
+#end if
+
+#if $advanced.eval_pseudo:
+ --eval_pseudo ${advanced.eval_pseudo}
+#end if
+
+#if $species:
+ --species '$species'
+#end if
+
+$advanced.alternatives_from_evidence
+
+#if $dev.splice_sites:
+ --splice_sites '$dev.splice_sites'
+#end if
+
+#if $dev.min_contig:
+ --min_contig $dev.min_contig
+#end if
+
+--gc_probability $dev.gc_probability
+--downsampling_lambda $dev.downsampling_lambda
+
+#if $dev.gm_max_intergenic:
+--gm_max_intergenic $dev.gm_max_intergenic
+#end if
+
+--threads \${GALAXY_SLOTS:-2}
+]]>
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ output_format == 'gtf'
+
+
+ output_format == 'gff3'
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
diff -r ca7c12566894 -r cf241e076f7b job_conf_braker3.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/job_conf_braker3.xml Tue Sep 05 09:40:27 2023 +0000
@@ -0,0 +1,20 @@
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ /home/abretaud/softs/etp.for_braker/bin/
+ /home/abretaud/softs/etp.for_braker/bin/gmes/ProtHint/bin/
+
+
+ false
+
+
+
+
+
+
diff -r ca7c12566894 -r cf241e076f7b macros.xml
--- a/macros.xml Thu Oct 21 09:56:31 2021 +0000
+++ b/macros.xml Tue Sep 05 09:40:27 2023 +0000
@@ -1,10 +1,10 @@
- 2.1.6
+ 3.0.3
0
- braker2
+ braker3
diff -r ca7c12566894 -r cf241e076f7b test-data/SRR7458692.bam
Binary file test-data/SRR7458692.bam has changed
diff -r ca7c12566894 -r cf241e076f7b test-data/genome_masked.fa
--- a/test-data/genome_masked.fa Thu Oct 21 09:56:31 2021 +0000
+++ b/test-data/genome_masked.fa Tue Sep 05 09:40:27 2023 +0000
@@ -4313,7 +4313,10104 @@
CATGTCAAGTATTATTATCGAGCAACTACAAACGAAATACAAACATACAT
TTAATTGCCAAGAATGTTCCTAGCCAAACAAATGTCGAAATAATGTCGGG
CCACGGCCAAAGATTTATCATATTCACTCGACTGTCATAAAAAGCAATTA
-GGCCCGGGCGAAAGATACACGACCGGCAGTCCCGAAATGT
+GGCCCGGGCGAAAGATACACGACCGGCAGTCCCGAAATGTAATAAAAAaa
+taacaaaatACACCGAAGGGGCGCAGCGAAAGAAGAAAGAAACGATGTGT
+GATTTGAAGTTGTTTCTGGTTTTCGGTTTCGCTTAATGAGTTTGCCGCAC
+AAAAAGTCGCTTCGAGGGAAGCGATTAAAGATTCCACATCCAGTGCGGCA
+CGTCGGGGTTGTTGCTTCTGTAGCGGATGGTCCTGCACCCGAAAAAATAA
+TTTCACTCGAGGCTATCAGAAAATGGTGTAGCGGTGTGGTCCAGATATGC
+CTCCAGATATTGAGTACGCCGTGTCAGTGAATTTGAATTCAAAAAATGTT
+TGAAAACTTTAATTGTTTTCCTCTCTCCTGATGATAACTACTTTGAACGA
+CGGAAAAACGTACTATAAACAAAGTATAATTAAATCTTTTCCATTTGTTA
+TAGAGTACTCTTTACTTAAATAGTTTGAATTTGGCCTAAAAGTTATCAGT
+GATAACTGAGCGTTATTCATCACGTTATTCTTTGGTCGACTTCTTAGATT
+TTTTGGATGGAGTCTAAGTCTGCCTAATTTCAGATTTCAGATAATTTAAT
+TTAAATGAGTGGGACAATTTCTTTAAGTGCAGCGTGTCTCTTGTAATTAG
+TATGCCTGCACACTCGCCGTGCCctgtgccctgtgccctTCGAAATAAAA
+GCGGAAGCGGAGGTCCCCGCGAACAGTTGGCCCTTTGGGACAGAGAAAGG
+CAGGTTCGGTTTGAAGGGCACTCGTCAGCAGAAACGAAAGGTGGGGAGGG
+GCGGCGATACTATCCACGTTCCGATCCGAAAACAAGCGACCTGCCGATTC
+GGATTGGTGTGAAAAGTCCGCCCCATGGCAACTGGCCTTGTTTTTTCCGT
+CTGTTGCATATTTTCACAAGTAATTAACATGTGCCCGACGTTGTCCTTGT
+CCGTAGCCAGGGATCCGGGAAGCCAGCCTGTTCCCGCGCAACTGTCCAAA
+CAGGCTGCCCCGTTGTTGTTCGTCAGCGGGGTAACAAAGCGCTGCCTCCG
+CATTAATTTGCATTATTTTCACATTTAACTTTCAAGCGAGTGCGCCTGCC
+GAAGTTGCACTCTGCCGGCGAGCGGACAGGTGGAGCAGGTGGAACTGAAG
+TGCCACTTCTAATTGTGCGGTGATTGGGGCACGGCTTTGAAAGATTCCGT
+TCGAATGGCTTCCATCGGCAAACACCAACTATCGTCCCTGCCTTGATTGA
+GTTAATAAGGGTTTAGGAATAATTTGATTGGCGTTAATAAAATATTGgta
+aaacatcggtaaaacgTTATGTTGTATGCAAGTTTCACAATGAAGCTACA
+ATAATATGATAATTTGCTTTAGCGAAGATTAGTACCAATAATTTGATTta
+ATTTGAGTCGAAACTTTAAATATCAATTAATTCATTAACCGGGAGGGTAT
+GATTAAAATATGCACCCTGTTGCTAAAATTAAATTTATGGTTTCTGTTGC
+AAAGAATTTTACAGTGATGACAGAATGACGAGAGACACATTTCTGATCAA
+CCTCTCCACCTCAGAAAAGATCTCAAATTTTAAGCAGCAGTTGCATCCAC
+TTACTTTAAAACGACAACTTATAATTTGATCAGTGCTCTCAACATATATC
+CAATTTATTAGATTTCCATGGCACCAATTCGATTTTTACTTTTAAATGGA
+AAATCAAAAAGGGGAGAGAATCCCGGAAAGAGGAGCACTGATTTCTAGAA
+TATTTATTTAGGAACATTTTAATATTGAATTCTTCAAGCCGGAGGAACAT
+GCCACTTACAGTTCAATAGTTTTTACTTAGAAATTACATATCATTGCTAT
+CATTACTTTTCGATCGCTATTCAGTGTTTATTTTATGGCTTTCGATCCCC
+AAACTGTGTTAGGCTTAAGTTTAAATAATATTCCTTCGATTCTAGAACGC
+TGTGCCCTGTTTCATAAACTTACATAGTTCATGGGCGGAAAACTTactta
+ctgactgGCGATGATGCTGCCCCATTGCCCCATTTGGGCCATTTAGTTCG
+CCGTTGATGATAAATTCTGCACTATGGCCCCGGGCGAATGTGCAATAAAA
+TGCTCCCCGCGCTCCGCACAGCAACAAACCTTGCAACATAAATTAAGGCG
+CAAAATGTTTATTTACGCTGCGGGAGGGAGTCGGAGGGAAGTCGGGAGAA
+AGGGGCAAACACGCCGGCTGTTTCCTGCGCAACATTTGCATTTTGACGCC
+GCATTACGCGTGATGTGAGGAGCCCCGGCCACTCGGCTTATCAGCCCAGA
+GAAATCAAACGGCGCAGAAGTCGGCGGAGATTGTGGAGTTGCACGTCCAC
+TGCCCGCAGCATCTTGCAACATTTTGTTTTAATTTCGCACTCTTGAAAAG
+TGGCAGCCGCCACTCGGACGGTTTTTGAATTGGCCAAGTGAATTGCCACG
+GACCACAGCGGCAGGGAATGTAGTAGAGTCCAAGACAGGGAATGGAGCCA
+GCTGCTGGTCGATCTCACCTAGGGAATGGAGTCCATCGCTTTCCTTTCCC
+CTTTGCAATGCTGCAATACCTTAAGATATTTCCTATACTTCGGCTTTAAT
+ttggaaaaaaaaGTAACACTTACTAAGGTAAAATGAAATCTCGTATCTCT
+GCTTAAGTAAAATTAGAATCAGTAGGGAACATTCCAAGTGCTTTGGAATA
+TTAAACTTCATATCATACCAAGAATGATATTTCTCTGCCCTGAATTTATC
+ACTCATTGTCGGTTCATTCAAGTGATTCCTTTTTTAAATATGATTATTGA
+TTATCAATTTCTTTCATGTTGAGTCCCATTCCCCTTGCAACAGAAAACTT
+CACACTCGGCTGTTTTTTCAGGCATTTTTAAAATCAAGGGGCCCACATCA
+AAGGGCATTGCCTAAGAAACGAAGCCAATTGTATCTGCGTCCCAGTGCGT
+GTATACACGTATCTGcatctgtatctgtaGTATATCAGtataTCAATGGC
+CGTATCTGAAGGTGCGAGTTTTGATTGCGTTCGCTCTGTCAGGCAGAGGG
+ACAGAAGGGCGCTTTATTTGATTTCAAGTTATGTTGTTTTTAGTGAGTTC
+CTCTGGCACTCCCCTCCAGGTTTTTTGGCTTTTGTTTGTTGAACTTTGGC
+TGACTAATAGCTGGTGAAGGGGGACCTCCAGGGGAGTGGGGCAGTTATGA
+CGATGCCATAGTTTTTCGAACACATCCGAACATGTGTATTTATTACCGCC
+TGATGCGGGCTGTTTGTTCCCAGCGCCCTGCACCGTGATTTGATTTATTT
+GTACACAGTTTTATGATATTTACATGTCTGCAACTGAGGGTCCATGGTGT
+GGCAAGGAGGGGTTGGTGGCCAGCGGTGCGGCAGGAGCAGCAAATGCAAT
+CTACACCAGTGATTCAATTCTAGGTTCATCGAGTTCGCCTTGCACTTCTT
+CGTTTTGTTCAAGGGTTATACAATAGTAGGTTAAGTTATTATATAAAAAT
+ATGTTATGCGGCTCATAGTACGCCAGTACATAGAAAGCGCTGAGTTTAAA
+ATTTGATTGCCGCTCCGGATTAATTTGTATTTTATTCGATCATAGTAAAT
+GACGTTTTCAAATTAAAGTATAAATTGTGTGTTTTTTGATTGCATTGATG
+GCGTTCTTTCTAAACTATATTTTGGGGTAGTGTAGTATTGCTCCTAAAAC
+TTGTACGTCATGTGATCCGAACGTCAAATATAATAGTTTGAAGTTGAATT
+GCCCACAAAAGAAATGTAAATTATAGGGAAGAGATATTTCAACTTTCGTT
+TGATCTGACGCTTTTAAGTTTGTGGTTTATGTTAGGTTAATAATGCAAAG
+TAATAGTACAGTAATTTATAACTTCAGTTTACATCAGGCTAGTGATTATG
+CTATGCAACCCTGCGCCTGATAATTACAAAAGTAATTGAAGGCAATGATA
+GGAGGCAGTTCCATCCTGTGCCTCGTTATTATTTTGTAAAAGCTTCTGGG
+CCAGACAACTTCCTCTGTAGCGTTTTTCCAGCGATTCCTAAACTGCCGTA
+ATTACGCCTCATTTGGGCTGGCCGCCATTAGCCGCCCGACCCCAATTCCC
+GTCCCGACTCGTATCCCAGGCCGATTCCGAACCAAAGACTCCAAACCCAA
+TCAAGTGCAGCCGTTGAAGATGAGAAGCCCTCCTCCCGGACAGTGCTTAT
+CTATCGCTGCTCATCGACAGTTCCTCGGGGGCTGAACTCTGGCCATTATC
+AATTCATGTCCCGTCATAATTAATAAGGCTCGGGTGGAAATTGGAGGGGA
+AAACCAACACGCAAGACGGCAATCAGTTGGCATTGTGTTGGGTCTtcgga
+tgtgggatatggaatatgtgatagggaatatggaatatgagtttcgggat
+acgggAGTTCTGGTTCTGAAGCCTGAtgtctgaagtctgaggtctgaagt
+ctgGGTGCGACCTTATCGGGCAACAGCTGCCGTTCCAATAAAGGAGCAAT
+CCCCCTCCACACTCCACAGCCGGTTACTTTGGCGATGTCTGTTGTTTGCT
+CAAGCGCTCCTGGCCAATTACAGCTTCCTGTTGTGCGAATTTCCGTCGTT
+CCCCTTTCCATTTGGTGCACGGCGAGAAGGGAGACTACAGTCTTACGAAA
+TTAAATTCGATCATGGCGAATGATACTGTCTAAAGTATTCGCATATTttt
+tttTCCGTGTTCGGATATCCTATTCTGAGTCAGTCGGGTTTTTTATCCAC
+CTACGACccctacgacccctTTGGCAGGAATGAAAACATAACACACGCTC
+AATTTCAAGTGTCGAAATGTCCGACAGCTGAAATAATAGAGTGGAAATGG
+GTGCGCATCGCATCTCCTTCTTTCGGCTTTTAGCCATCCCCGGGGGCCAA
+CGGTAACTAAAGTCTCAGAATAAACAACGCCGGCAAACAATTTATGAAAT
+CATTTTCGCATTAAAAATGCGAGGCCAGGCAAATAAAAAATGGAAAACAT
+AAAGTACAATAACCGACAGCGGCACACATGCGGCCGAGGAGCGAAAACAA
+TTGCAATTGCAGGCAATTTGCTTGATTttctttttttttttCAAATACTC
+GTACCATATTGTTTTTCTTTGAGCAGAAGGTCCGAGGGAGGGTGAATTTT
+GAGCCTGCCAGAGCGTGCCGTGCAACAAGAGAATCCAATTTCGTAGAATT
+TGATTGTCAACTGAAATGACGGAGAAGTCCATAAAGTGACGCAGGACAAT
+CAGTGTTGCCCATTTGGCGGTTTTCTAAGCCATCTACATAGATAACACGT
+TTTGAGTTTCCGATTTAAGTTCCAAATAATGTAGTAAAAAACGTATAAAC
+AAGTCTTTCAGAATATTTGGTATAAGCCAACAGACCTGGGTAATATAAGG
+CTCTATTCAGGATATCCTTTTGAGCCCATCCATGTCTAATCTCTACTTCT
+CGCTTTGTTTCCATTCCAACCTCACTGTGTTAACAATGGAGACAGAGGCA
+GCAGACCCGAGTTCATCGGATTCATAAATACTTGTATTGCCATCCGACGC
+ACAAGTGTCAATTGCAGCTGACACGACAACGGCTCTCGGTTATTAGTTGG
+CCATCAAACGTGCATGACACTTTAGTGGGTTTCTGcttctgcttctccct
+gtacatgTGGCCCCCCGTCTCTTTCTTCCACAGCTacccgtctctttctA
+GGCAGTTTTGGCCAGCAGTTGGGCCAAATTGACGTTCGGTGTTCTCGGTC
+ACCAGGGAGCGAAGTGAATGCGGGTGGGCGGATGTGCAACCATAGAGTGC
+GAAAAGATTCAAAACTATCACTCTATGAAATACGAAATGGCCGCGACTTT
+AATCAGGAACGAACGATATATTTTTCAAGTTGGGTGATTCAACTCATAGA
+TACCCTTTTATatgccctttGACATTATATTAGAAACAAAACACTTTGAA
+AGCTCATTCAAAATTTGAAGTCGAAGTCCATTCACTTAGACGCTATACCT
+CAAATCATTGGAGGTTCGTACTTGGTAAAATGCTAAATTAGTTAAGTAAA
+CGCTGTCATTGTGATAAGAAAGCAGATGAGAATGGTAGTCCGAACAGGTC
+TGTCTCAAGTTCCTTTAGAATTCGAGTCCCGGAGGATTGTCGACAGCACT
+CCCAGATCGCTTAAACAGCTTCAATCACTCTCCCTTCCCATTCCCCGATT
+CATTCAGGTTCAGGGCGCCCACTTAGCCATCCTTCCCTGGCAAATCACCC
+CGCAGCTCCGAGGAACGACTATGAATTCACGGCAATCTGGTAACCGGCAC
+CATCGGATGGGTGGAAGCCCGTGGGGTTTCGTTGAACCGAGTGAAACAGT
+AAAAAGCTGTGCCCAAATTTAGCGGCCGGTTCACTGCACTTCGCCTGTGT
+GtgtgtttgcgtttgagttCGTCTGGAAAAAATGGAAATAAATAAATGCC
+GACACAACTGTCAATTATAGTCGTGGTGCTCGTGGGATCGACTCCGACTG
+AGGCCATACATCCACGAACCACGAACGGCAACAATAGATAGATGCGAGTA
+CGTAGATATTTTATATAAACAGCAGCAGTTCAATTTGTTGATTCGCCGCC
+CGCTTGCCTTTCGATTGATGGCAACGTAGGACGCGGACAGGGACACCCAT
+TTGAAAGAGCCATATGTGGCAGCAAAACTAAGTCCATACACTTGGAGAAA
+GTGGTGTAGAGTTTTCTTTATAATTGAATTATTTAAAGAGGATAGCGTGA
+AACACAGTAATTCACTCATTCAATTCTATTTTCAAGATAATCTCGAAACA
+ACACTTTGTTTACTAATCCGATACTGTAAAAGGACTTACAGCATTTCTTG
+TGGCATCATTTAAtcatttaAAAACGAAATAACATTAGTCGTTTTTGTAG
+CTTGTTGCTTTGTAGTTTAGCTCAGCAAGCTCGACAAACCTAACATTTTT
+TAAAACGCAGACTAAACTTAATCGTTGTTACCGGAGCTATGCCTTACAAA
+CTAAAGGGTTATTGCCAATACCATATACTTATTAGTTTTATCACATGGTA
+GATGAATTAATTATGAATATCTCGTTCAAATTTAATGTCCTCCTGTTGAT
+TAAGAAAAATTATCCGAACAAATACTTATTTCTtttgggcaaacaaaaaa
+aaaaaaacaaaaaaaaaatGGGATAACAAACTTGTTTCCAAAATAGTAAA
+TTCCTTTGCACAAAAGCATTCATTTATAAAATAataaaatAGTtttccaa
+aaattttagtttttgggggAGTGTATTTAGATACGATAATGTGGAATGCA
+ACGTCAAAGTCATTTGTCACGCGCCGGGAACGACAACAACCACGGGCGAT
+GTCAATGAGCGAACAATGAACCGGGCGGGCAAACAAACCGCCCCTGCGCC
+CCGCATCCCCTGGCACCTTTCCACTGCATCGAACCTGAACCGCAGGGAAA
+TAAAAAGCGAGCACTAAATCAACAATTACCAGATAAGCGAACGGCCGGCA
+GTGAGCCCAATTCAAGAGTTCGAACACATCTGCGATTTAAATGTCAGGCT
+CAACACACTTCCGCATTTATTTACAATGCCCCATGAAGTGCAGCGTTCTA
+TGCCTCATTTCAGTTCGTCACCAAACTGGCGAGGCACTCGAAATTAGTGG
+GACAAATGTGAAGGAAAAGGGCGCAGCCAGTTCTGAGCACCGAGGCTCGA
+AGCGAAAGACCCTGCACCCAGAAAAATCCCAGCCAGGAACGCACCAAGCT
+TGGTCGAGAGGGGTTTTAGAAATTAGGTATTGAATGATCATCCAACAATA
+GTAAAGATATTCTTTATAATTGCTGAAAGGAATTGGGTGAAAAATATATA
+TTATGTATTTAAGCTCATATTTACTAAATGAGAAGAAACAACGAAACGCA
+CATTTTCAACCATTTTCCCCGACATTTTGAAATGTTTATTGTAACGAATT
+TGGTATATAATTAACTAGAACATTATATTATCAAAAATTGAACACAATAA
+CGGACGGTGGATACTAATAAATAATTCATATTATTTATTTACTACGATTC
+TAATATAAATAGTTTAAATGTCTCCTTAACTGAGTGGCAAACTAAGAGTG
+AAATCAATATGCACTCAGCAAGGGTATACAAATTACATACAAACAAATCA
+AAAGTTGTTCCGCACATATAAGAAAACAGGGGAATGATAAAAAATTATAA
+GAACCGGGTGCATAAAATGTGTAACTACATATGGAGCTGTAATAAtgtaa
+taatgtaataaaatagtaaGCTCTTTATATCAGCTGTGAAAATAACCATT
+TAAGTAAAATCGTTTGTTTGAGTTCTTTTTCTAATCAGCCTCATTTCCCC
+CTTTTCAAATGCATCATCGTACGCCCCTGGTGATCCCAGCGAACCAACCG
+TTCCGTTCATGAGCAAAACTCCAGGCAGTTTGTAATTTCATGCACTTAAA
+CTCGCATTATGTTCCTCCCTCCCAGATATTTTTTGCTGCGTTCTGTTAAT
+TCGGTTGCTTGTCCGATTttcttttttcccatttggggttattgtttttt
+CCAGCTACGAATCTTTTTCGGTACGTCATCGTTTCCTTGTTTCGTTCTGA
+TATCTCGCTGGAAAAAACCTCGGGCTTAAATTTATATTTGGTATGTTGTG
+TGCCCCTGTCCAATTTGAGGTGTAGTCATTACCCGGGAACTGGGCGAAGG
+GGTGTGCCTGGCCGACTGCGTGCTGCTTTCGTAATTACATTGATGGCGCG
+CAGGGTCCGGACTTTGTCTGCTGGTCTCTCAAATTACAAGCATGAGCACT
+CGGTGCATTTACGGGTTACGGTTAGCAGTTACCCACTTCCCGAACCGAAC
+CCTTTCCCCGTCTCCGTTCCTGGACTGCGTTTAGAATTTAGACGGGGTCC
+CTCACTATTATTAACTGCTTATTAAAAAAGCAGATGAAGAGTTTTTGGGA
+TGCGTTCCTTATGAATCGAGTGGGAATTAATTATAATAATAAATTGAATA
+CAGGCATTAAAAGCTTTTGAAGCGACATCGGGAACAGGTCCAGCTGTGTC
+CTTCAAATATATTACAGACCAGCTGGTAATTGTAACTCAAAAAGTGTATT
+TTTTATAATTGAAAGGTTTTACTGGTTAAAGAGGCGAAGTATATACCTTT
+CAATCCATTTAGCCCAtttactgcttaaagaggcgaagtatatacctttc
+aatccatttagcccattACGAAATCCTTATTTTTAATATGTGTTAATCAT
+TTCGAACCTTCAAATTGTAGTAATTAATTTGACTCGCCCTCTCCAAGCTC
+GATTTCCACAGATCCACTTTAATGTTGTCTTCACGGGCGCACATTTTTCG
+CTACCCAGAAATAACTGCTTGAGGTGACCCATTTCGGTTGCACAGTGCCT
+GCCATTTAGCATTCAccatttgccattcagcattGTGCCAGCTTAACCTC
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-sample AUGUSTUS exon 123328 123512 . + . transcript_id "file_1_g18.t1"; gene_id "file_1_g18";
-sample AUGUSTUS intron 123513 133208 0.5 + . transcript_id "file_1_g18.t1"; gene_id "file_1_g18";
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-sample GeneMark.hmm3 CDS 10817 11104 . - 0 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t"; cds_type "file_2_Initial"; count "file_2_1_5";
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-sample AUGUSTUS exon 6039 6450 . - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
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-sample AUGUSTUS CDS 7716 8362 0.49 - 0 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
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-sample AUGUSTUS CDS 8726 10495 0.23 - 0 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
-sample AUGUSTUS exon 8726 10495 . - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
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-sample AUGUSTUS intron 10795 10852 0.95 - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
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-sample AUGUSTUS CDS 194518 194669 0.21 + 2 transcript_id "file_1_g23.t1"; gene_id "file_1_g23";
-sample AUGUSTUS gene 194065 194669 0.06 + . g23
-sample AUGUSTUS transcript 194065 194669 0.06 + . g23.t1
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-sample AUGUSTUS gene 116548 119382 0.85 + . g17
-sample AUGUSTUS transcript 116548 119382 0.85 + . g17.t1
-sample AUGUSTUS start_codon 143824 143826 . + 0 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
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-sample AUGUSTUS intron 143831 144252 0.74 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
-sample AUGUSTUS CDS 144253 144559 0.19 + 2 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
-sample AUGUSTUS exon 144253 144559 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
-sample AUGUSTUS intron 144560 145804 0.24 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
-sample AUGUSTUS CDS 145805 146055 0.13 + 1 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
-sample AUGUSTUS exon 145805 146055 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
-sample AUGUSTUS intron 146056 149018 0.23 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
-sample AUGUSTUS CDS 149019 149244 0.28 + 2 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
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-sample AUGUSTUS exon 149412 149586 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
-sample AUGUSTUS intron 149587 149672 0.43 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
-sample AUGUSTUS CDS 149673 149917 0.27 + 0 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
-sample AUGUSTUS exon 149673 149917 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
-sample AUGUSTUS intron 149918 152341 0.26 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
-sample AUGUSTUS CDS 152342 152429 0.26 + 1 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
-sample AUGUSTUS exon 152342 152429 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
-sample AUGUSTUS intron 152430 152495 0.32 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
-sample AUGUSTUS CDS 152496 152751 0.41 + 0 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
-sample AUGUSTUS exon 152496 152751 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
-sample AUGUSTUS intron 152752 153206 0.42 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
-sample AUGUSTUS CDS 153207 159043 0.51 + 2 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
-sample AUGUSTUS gene 143824 159043 0.02 + . g19
-sample AUGUSTUS transcript 143824 159043 0.02 + . g19.t1
-sample AUGUSTUS exon 153207 159043 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
-sample AUGUSTUS stop_codon 159041 159043 . + 0 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
-sample AUGUSTUS start_codon 58640 58642 . + 0 transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
-sample AUGUSTUS CDS 58640 58677 0.01 + 0 transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
-sample AUGUSTUS exon 58640 58677 . + . transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
-sample AUGUSTUS intron 58678 59091 0.01 + . transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
-sample AUGUSTUS CDS 59092 59204 0.01 + 1 transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
-sample AUGUSTUS exon 59092 59204 . + . transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
-sample AUGUSTUS intron 59205 69536 0.01 + . transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
-sample AUGUSTUS CDS 69537 69745 0.01 + 2 transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
-sample AUGUSTUS gene 58640 69745 0 + . g12
-sample AUGUSTUS transcript 58640 69745 . + . g12.t1
-sample AUGUSTUS exon 69537 69745 . + . transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
-sample AUGUSTUS stop_codon 69743 69745 . + 0 transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
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-sample AUGUSTUS CDS 22811 24038 1 - 1 transcript_id "file_1_g5.t1"; gene_id "file_1_g5";
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-sample GeneMark.hmm3 gene 209044 210492 . - . gene_id "file_2_21_g"; transcript_id "file_2_21_t";
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-sample AUGUSTUS gene 115274 116488 0.87 + . g16
-sample AUGUSTUS transcript 115274 116488 0.87 + . g16.t1
-sample AUGUSTUS stop_codon 100542 100544 . - 0 transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
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-sample AUGUSTUS transcript 100542 108299 0.02 - . g15.t1
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-sample AUGUSTUS start_codon 108297 108299 . - 0 transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
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-sample AUGUSTUS transcript 27589 28143 0.2 - . g6.t1
-sample GeneMark.hmm3 stop_codon 56484 56486 . - 0 gene_id "file_2_10_g"; transcript_id "file_2_10_t";
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-sample GeneMark.hmm3 gene 56484 56885 . - . gene_id "file_2_10_g"; transcript_id "file_2_10_t";
-sample GeneMark.hmm3 mRNA 56484 56885 . - . gene_id "file_2_10_g"; transcript_id "file_2_10_t";
-sample GeneMark.hmm3 start_codon 56883 56885 . - 0 gene_id "file_2_10_g"; transcript_id "file_2_10_t";
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-sample AUGUSTUS intron 56822 57445 0.37 - . transcript_id "file_1_g11.t1"; gene_id "file_1_g11";
-sample AUGUSTUS CDS 57446 57566 0.07 - 0 transcript_id "file_1_g11.t1"; gene_id "file_1_g11";
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-sample AUGUSTUS transcript 56484 57566 0.06 - . g11.t1
-sample AUGUSTUS exon 57446 57566 . - . transcript_id "file_1_g11.t1"; gene_id "file_1_g11";
-sample AUGUSTUS start_codon 57564 57566 . - 0 transcript_id "file_1_g11.t1"; gene_id "file_1_g11";
-sample GeneMark.hmm3 start_codon 40638 40640 . + 0 gene_id "file_2_7_g"; transcript_id "file_2_7_t";
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-sample GeneMark.hmm3 gene 40638 44130 . + . gene_id "file_2_7_g"; transcript_id "file_2_7_t";
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-sample GeneMark.hmm3 mRNA 74172 80527 . - . gene_id "file_2_11_g"; transcript_id "file_2_11_t";
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-sample GeneMark.hmm3 gene 46749 47339 . - . gene_id "file_2_9_g"; transcript_id "file_2_9_t";
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-sample AUGUSTUS exon 73851 74116 . - . transcript_id "file_1_g13.t1"; gene_id "file_1_g13";
-sample AUGUSTUS intron 74117 79000 . - . transcript_id "file_1_g13.t1"; gene_id "file_1_g13";
-sample AUGUSTUS CDS 79001 79010 0.01 - 0 transcript_id "file_1_g13.t1"; gene_id "file_1_g13";
-sample AUGUSTUS gene 73851 79010 0 - . g13
-sample AUGUSTUS transcript 73851 79010 . - . g13.t1
-sample AUGUSTUS exon 79001 79010 . - . transcript_id "file_1_g13.t1"; gene_id "file_1_g13";
-sample AUGUSTUS start_codon 79008 79010 . - 0 transcript_id "file_1_g13.t1"; gene_id "file_1_g13";
-sample GeneMark.hmm3 CDS 2258 3224 . + 1 gene_id "file_2_1_g"; transcript_id "file_2_1_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_1_3";
-sample GeneMark.hmm3 intron 3225 3283 . + 0 gene_id "file_2_1_g"; transcript_id "file_2_1_t";
-sample GeneMark.hmm3 CDS 3284 3755 . + 0 gene_id "file_2_1_g"; transcript_id "file_2_1_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_2_3";
-sample GeneMark.hmm3 intron 3756 4934 . + 1 gene_id "file_2_1_g"; transcript_id "file_2_1_t";
-sample GeneMark.hmm3 gene 2258 5707 . + . gene_id "file_2_1_g"; transcript_id "file_2_1_t";
-sample GeneMark.hmm3 mRNA 2258 5707 . + . gene_id "file_2_1_g"; transcript_id "file_2_1_t";
-sample GeneMark.hmm3 CDS 4935 5707 . + 2 gene_id "file_2_1_g"; transcript_id "file_2_1_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_3_3";
-sample GeneMark.hmm3 stop_codon 5705 5707 . + 0 gene_id "file_2_1_g"; transcript_id "file_2_1_t";
-sample AUGUSTUS start_codon 167121 167123 . + 0 transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
-sample AUGUSTUS CDS 167121 168360 1 + 0 transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
-sample AUGUSTUS exon 167121 168360 . + . transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
-sample AUGUSTUS intron 168361 168721 1 + . transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
-sample AUGUSTUS CDS 168722 169167 1 + 2 transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
-sample AUGUSTUS exon 168722 169167 . + . transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
-sample AUGUSTUS intron 169168 172584 0.87 + . transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
-sample AUGUSTUS CDS 172585 172957 0.81 + 0 transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
-sample AUGUSTUS exon 172585 172957 . + . transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
-sample AUGUSTUS intron 172958 180019 0.41 + . transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
-sample AUGUSTUS CDS 180020 180579 0.57 + 2 transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
-sample AUGUSTUS gene 167121 180579 0.22 + . g21
-sample AUGUSTUS transcript 167121 180579 0.22 + . g21.t1
-sample AUGUSTUS exon 180020 180579 . + . transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
-sample AUGUSTUS stop_codon 180577 180579 . + 0 transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
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-sample AUGUSTUS exon 14247 14659 . - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
-sample AUGUSTUS intron 14660 14793 0.68 - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
-sample AUGUSTUS CDS 14794 14952 1 - 2 transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
-sample AUGUSTUS exon 14794 14952 . - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
-sample AUGUSTUS intron 14953 15360 1 - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
-sample AUGUSTUS CDS 15361 17164 1 - 0 transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
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-sample AUGUSTUS gene 14247 21542 0.62 - . g4
-sample AUGUSTUS transcript 14247 21542 0.62 - . g4.t1
-sample AUGUSTUS exon 19607 21542 . - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
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-sample GeneMark.hmm3 intron 103152 103222 . - 0 gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t";
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-sample GeneMark.hmm3 gene 97476 113919 . - . gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t";
-sample GeneMark.hmm3 mRNA 97476 113919 . - . gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t";
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-sample GeneMark.hmm3 start_codon 113917 113919 . - 0 gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t";
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-sample AUGUSTUS stop_codon 34843 34845 . - 0 transcript_id "file_1_g7.t1"; gene_id "file_1_g7";
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-sample AUGUSTUS stop_codon 40166 40168 . - 0 transcript_id "file_1_g8.t1"; gene_id "file_1_g8";
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-sample AUGUSTUS transcript 40166 40531 0.99 - . g8.t1
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-sample4 AUGUSTUS intron 3225 3283 0.33 + . transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
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-sample4 AUGUSTUS intron 3513 3807 0.22 + . transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
-sample4 AUGUSTUS CDS 3808 3863 0.59 + 2 transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
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+sample AUGUSTUS gene 2126 3863 . + . g1
+sample AUGUSTUS transcript 2126 3863 0.33 + . g1.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 2126 2128 . + 0 transcript_id "g1.t1"; gene_id "g1";
+sample AUGUSTUS CDS 2126 2199 1 + 0 transcript_id "g1.t1"; gene_id "g1";
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+sample AUGUSTUS CDS 2258 3224 1 + 1 transcript_id "g1.t1"; gene_id "g1";
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+sample AUGUSTUS intron 3225 3283 1 + . transcript_id "g1.t1"; gene_id "g1";
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+sample AUGUSTUS intron 3491 3548 0.53 + . transcript_id "g1.t1"; gene_id "g1";
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+sample AUGUSTUS intron 3604 3768 0.43 + . transcript_id "g1.t1"; gene_id "g1";
+sample AUGUSTUS CDS 3769 3863 0.42 + 2 transcript_id "g1.t1"; gene_id "g1";
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+sample AUGUSTUS stop_codon 3861 3863 . + 0 transcript_id "g1.t1"; gene_id "g1";
+sample AUGUSTUS gene 4248 6494 . - . g2
+sample AUGUSTUS transcript 4248 6494 1 - . g2.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 4248 4250 . - 0 transcript_id "g2.t1"; gene_id "g2";
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+sample AUGUSTUS exon 4248 4759 . - . transcript_id "g2.t1"; gene_id "g2";
+sample AUGUSTUS intron 4760 4929 1 - . transcript_id "g2.t1"; gene_id "g2";
+sample AUGUSTUS CDS 4930 5539 1 - 0 transcript_id "g2.t1"; gene_id "g2";
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+sample AUGUSTUS intron 5540 6038 1 - . transcript_id "g2.t1"; gene_id "g2";
+sample AUGUSTUS CDS 6039 6494 1 - 0 transcript_id "g2.t1"; gene_id "g2";
+sample AUGUSTUS exon 6039 6494 . - . transcript_id "g2.t1"; gene_id "g2";
+sample AUGUSTUS start_codon 6492 6494 . - 0 transcript_id "g2.t1"; gene_id "g2";
+sample AUGUSTUS gene 7691 11104 . - . g3
+sample AUGUSTUS transcript 7691 11104 0.91 - . g3.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 7691 7693 . - 0 transcript_id "g3.t1"; gene_id "g3";
+sample AUGUSTUS CDS 7691 8385 0.99 - 2 transcript_id "g3.t1"; gene_id "g3";
+sample AUGUSTUS exon 7691 8385 . - . transcript_id "g3.t1"; gene_id "g3";
+sample AUGUSTUS intron 8386 8706 0.98 - . transcript_id "g3.t1"; gene_id "g3";
+sample AUGUSTUS CDS 8707 10515 0.95 - 2 transcript_id "g3.t1"; gene_id "g3";
+sample AUGUSTUS exon 8707 10515 . - . transcript_id "g3.t1"; gene_id "g3";
+sample AUGUSTUS intron 10516 10646 0.96 - . transcript_id "g3.t1"; gene_id "g3";
+sample AUGUSTUS CDS 10647 10794 1 - 0 transcript_id "g3.t1"; gene_id "g3";
+sample AUGUSTUS exon 10647 10794 . - . transcript_id "g3.t1"; gene_id "g3";
+sample AUGUSTUS intron 10795 10852 1 - . transcript_id "g3.t1"; gene_id "g3";
+sample AUGUSTUS CDS 10853 11104 0.97 - 0 transcript_id "g3.t1"; gene_id "g3";
+sample AUGUSTUS exon 10853 11104 . - . transcript_id "g3.t1"; gene_id "g3";
+sample AUGUSTUS start_codon 11102 11104 . - 0 transcript_id "g3.t1"; gene_id "g3";
+sample AUGUSTUS gene 14247 28143 . - . g4
+sample AUGUSTUS transcript 14247 28143 0.88 - . g4.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 14247 14249 . - 0 transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS CDS 14247 14707 1 - 2 transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS exon 14247 14707 . - . transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS intron 14708 14793 1 - . transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS CDS 14794 14995 1 - 0 transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS exon 14794 14995 . - . transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS intron 14996 15100 1 - . transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS CDS 15101 15289 1 - 0 transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS exon 15101 15289 . - . transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS intron 15290 15352 1 - . transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS CDS 15353 17188 1 - 0 transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS exon 15353 17188 . - . transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS intron 17189 17295 1 - . transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS CDS 17296 18284 0.99 - 2 transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS exon 17296 18284 . - . transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS intron 18285 18377 1 - . transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS CDS 18378 19482 1 - 0 transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS exon 18378 19482 . - . transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS intron 19483 19637 1 - . transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS CDS 19638 21484 1 - 2 transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS exon 19638 21484 . - . transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS intron 21485 22156 1 - . transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS CDS 22157 22240 0.94 - 2 transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS exon 22157 22240 . - . transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS intron 22241 22908 0.94 - . transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS CDS 22909 24117 0.94 - 2 transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS exon 22909 24117 . - . transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS intron 24118 26111 1 - . transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS CDS 26112 27098 1 - 2 transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS exon 26112 27098 . - . transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS intron 27099 27632 1 - . transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS CDS 27633 28143 0.95 - 0 transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS exon 27633 28143 . - . transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS start_codon 28141 28143 . - 0 transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample GeneMark.hmm3 transcript 14247 21542 . - . g4.t2
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 14247 14249 . - 0 transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 14247 14707 . - 2 transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
+sample GeneMark.hmm3 exon 14247 14707 0 - . transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
+sample GeneMark.hmm3 intron 14708 14793 . - 0 transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 14794 14995 . - 0 transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
+sample GeneMark.hmm3 exon 14794 14995 0 - . transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
+sample GeneMark.hmm3 intron 14996 15100 . - 0 transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 15101 15289 . - 0 transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
+sample GeneMark.hmm3 exon 15101 15289 0 - . transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
+sample GeneMark.hmm3 intron 15290 15352 . - 0 transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 15353 17188 . - 0 transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
+sample GeneMark.hmm3 exon 15353 17188 0 - . transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
+sample GeneMark.hmm3 intron 17189 17295 . - 2 transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 17296 18284 . - 2 transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
+sample GeneMark.hmm3 exon 17296 18284 0 - . transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
+sample GeneMark.hmm3 intron 18285 18377 . - 0 transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 18378 19482 . - 0 transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
+sample GeneMark.hmm3 exon 18378 19482 0 - . transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
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+sample GeneMark.hmm3 CDS 19638 21542 . - 0 transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
+sample GeneMark.hmm3 exon 19638 21542 0 - . transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 21540 21542 . - 0 transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS gene 34843 35679 . - . g5
+sample AUGUSTUS transcript 34843 35679 0.85 - . g5.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 34843 34845 . - 0 transcript_id "g5.t1"; gene_id "g5";
+sample AUGUSTUS CDS 34843 35679 0.85 - 0 transcript_id "g5.t1"; gene_id "g5";
+sample AUGUSTUS exon 34843 35679 . - . transcript_id "g5.t1"; gene_id "g5";
+sample AUGUSTUS start_codon 35677 35679 . - 0 transcript_id "g5.t1"; gene_id "g5";
+sample AUGUSTUS gene 39864 42107 . + . g6
+sample AUGUSTUS transcript 39864 42107 0.19 + . g6.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 39864 39866 . + 0 transcript_id "g6.t1"; gene_id "g6";
+sample AUGUSTUS CDS 39864 39896 0.75 + 0 transcript_id "g6.t1"; gene_id "g6";
+sample AUGUSTUS exon 39864 39896 . + . transcript_id "g6.t1"; gene_id "g6";
+sample AUGUSTUS intron 39897 40008 0.51 + . transcript_id "g6.t1"; gene_id "g6";
+sample AUGUSTUS CDS 40009 40028 0.53 + 0 transcript_id "g6.t1"; gene_id "g6";
+sample AUGUSTUS exon 40009 40028 . + . transcript_id "g6.t1"; gene_id "g6";
+sample AUGUSTUS intron 40029 40090 0.95 + . transcript_id "g6.t1"; gene_id "g6";
+sample AUGUSTUS CDS 40091 40116 0.47 + 1 transcript_id "g6.t1"; gene_id "g6";
+sample AUGUSTUS exon 40091 40116 . + . transcript_id "g6.t1"; gene_id "g6";
+sample AUGUSTUS intron 40117 40178 0.37 + . transcript_id "g6.t1"; gene_id "g6";
+sample AUGUSTUS CDS 40179 40396 0.37 + 2 transcript_id "g6.t1"; gene_id "g6";
+sample AUGUSTUS exon 40179 40396 . + . transcript_id "g6.t1"; gene_id "g6";
+sample AUGUSTUS intron 40397 40658 1 + . transcript_id "g6.t1"; gene_id "g6";
+sample AUGUSTUS CDS 40659 41193 1 + 0 transcript_id "g6.t1"; gene_id "g6";
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+sample AUGUSTUS CDS 41707 42107 1 + 2 transcript_id "g6.t1"; gene_id "g6";
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+sample GeneMark.hmm3 transcript 40223 42107 . + . g6.t2
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+sample AUGUSTUS gene 42754 44130 . + . g7
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+sample AUGUSTUS CDS 43116 43311 1 + 2 transcript_id "g7.t1"; gene_id "g7";
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+sample AUGUSTUS CDS 43372 43609 1 + 1 transcript_id "g7.t1"; gene_id "g7";
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+sample AUGUSTUS stop_codon 44128 44130 . + 0 transcript_id "g7.t1"; gene_id "g7";
+sample AUGUSTUS gene 45527 47339 . - . g8
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+sample AUGUSTUS CDS 45527 46157 1 - 1 transcript_id "g8.t1"; gene_id "g8";
+sample AUGUSTUS exon 45527 46157 . - . transcript_id "g8.t1"; gene_id "g8";
+sample AUGUSTUS intron 46158 46213 1 - . transcript_id "g8.t1"; gene_id "g8";
+sample AUGUSTUS CDS 46214 46330 1 - 1 transcript_id "g8.t1"; gene_id "g8";
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+sample AUGUSTUS intron 46331 46752 1 - . transcript_id "g8.t1"; gene_id "g8";
+sample AUGUSTUS CDS 46753 47339 1 - 0 transcript_id "g8.t1"; gene_id "g8";
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+sample AUGUSTUS start_codon 47337 47339 . - 0 transcript_id "g8.t1"; gene_id "g8";
+sample AUGUSTUS gene 56484 56885 . - . g9
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+sample AUGUSTUS stop_codon 56484 56486 . - 0 transcript_id "g9.t1"; gene_id "g9";
+sample AUGUSTUS CDS 56484 56885 1 - 0 transcript_id "g9.t1"; gene_id "g9";
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+sample AUGUSTUS start_codon 56883 56885 . - 0 transcript_id "g9.t1"; gene_id "g9";
+sample AUGUSTUS gene 57390 69736 . - . g10
+sample AUGUSTUS transcript 57390 69736 0.52 - . g10.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 57390 57392 . - 0 transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS CDS 57390 57581 0.97 - 0 transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
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+sample AUGUSTUS intron 57582 59048 0.93 - . transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS CDS 59049 59246 0.96 - 0 transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS exon 59049 59246 . - . transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS intron 59247 60229 0.97 - . transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS CDS 60230 60381 0.86 - 2 transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS exon 60230 60381 . - . transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS intron 60382 69426 0.86 - . transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS CDS 69427 69478 1 - 0 transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS exon 69427 69478 . - . transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS intron 69479 69538 1 - . transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS CDS 69539 69736 0.65 - 0 transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
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+sample AUGUSTUS gene 79532 95583 . + . g11
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+sample AUGUSTUS intron 80475 94562 0.7 + . transcript_id "g11.t1"; gene_id "g11";
+sample AUGUSTUS CDS 94563 94732 1 + 2 transcript_id "g11.t1"; gene_id "g11";
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+sample AUGUSTUS intron 94733 94872 1 + . transcript_id "g11.t1"; gene_id "g11";
+sample AUGUSTUS CDS 94873 95583 0.75 + 0 transcript_id "g11.t1"; gene_id "g11";
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+sample AUGUSTUS stop_codon 95581 95583 . + 0 transcript_id "g11.t1"; gene_id "g11";
+sample AUGUSTUS gene 95635 102130 . + . g12
+sample AUGUSTUS transcript 95635 102130 0.28 + . g12.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 95635 95637 . + 0 transcript_id "g12.t1"; gene_id "g12";
+sample AUGUSTUS CDS 95635 95748 0.75 + 0 transcript_id "g12.t1"; gene_id "g12";
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+sample AUGUSTUS intron 95749 100931 0.54 + . transcript_id "g12.t1"; gene_id "g12";
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+sample AUGUSTUS exon 100932 101093 . + . transcript_id "g12.t1"; gene_id "g12";
+sample AUGUSTUS intron 101094 102052 0.7 + . transcript_id "g12.t1"; gene_id "g12";
+sample AUGUSTUS CDS 102053 102130 0.7 + 0 transcript_id "g12.t1"; gene_id "g12";
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+sample AUGUSTUS gene 102510 111303 . - . g13
+sample AUGUSTUS transcript 102510 111303 0.51 - . g13.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 102510 102512 . - 0 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS CDS 102510 103151 1 - 0 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
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+sample AUGUSTUS intron 103152 103228 0.99 - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS CDS 103229 103441 0.98 - 0 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS exon 103229 103441 . - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS intron 103442 103504 0.99 - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS CDS 103505 103835 0.56 - 1 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS exon 103505 103835 . - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS intron 103836 104037 0.56 - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS CDS 104038 104075 0.65 - 0 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
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+sample AUGUSTUS intron 104076 104143 0.65 - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS CDS 104144 104813 0.8 - 1 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS exon 104144 104813 . - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS intron 104814 106068 0.99 - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS CDS 106069 106194 0.99 - 1 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS exon 106069 106194 . - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS intron 106195 106861 0.97 - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS CDS 106862 106972 0.98 - 1 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS exon 106862 106972 . - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS intron 106973 107029 0.98 - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS CDS 107030 107069 1 - 2 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
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+sample AUGUSTUS intron 107070 107897 1 - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS CDS 107898 107963 0.99 - 2 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS exon 107898 107963 . - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS intron 107964 108532 0.98 - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS CDS 108533 108601 0.99 - 2 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS exon 108533 108601 . - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS intron 108602 111230 0.98 - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS CDS 111231 111303 0.99 - 0 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS exon 111231 111303 . - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS start_codon 111301 111303 . - 0 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS gene 115274 125239 . + . g14
+sample AUGUSTUS transcript 115274 125239 0.37 + . g14.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 115274 115276 . + 0 transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
+sample AUGUSTUS CDS 115274 115628 0.92 + 0 transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
+sample AUGUSTUS exon 115274 115628 . + . transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
+sample AUGUSTUS intron 115629 122976 0.75 + . transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
+sample AUGUSTUS CDS 122977 123031 0.94 + 2 transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
+sample AUGUSTUS exon 122977 123031 . + . transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
+sample AUGUSTUS intron 123032 123106 1 + . transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
+sample AUGUSTUS CDS 123107 123215 1 + 1 transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
+sample AUGUSTUS exon 123107 123215 . + . transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
+sample AUGUSTUS intron 123216 123257 0.99 + . transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
+sample AUGUSTUS CDS 123258 123374 0.99 + 0 transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
+sample AUGUSTUS exon 123258 123374 . + . transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
+sample AUGUSTUS intron 123375 125227 0.45 + . transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
+sample AUGUSTUS CDS 125228 125239 0.46 + 0 transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
+sample AUGUSTUS exon 125228 125239 . + . transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
+sample AUGUSTUS stop_codon 125237 125239 . + 0 transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
+sample AUGUSTUS gene 133134 136346 . + . g15
+sample AUGUSTUS transcript 133134 136346 0.94 + . g15.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 133134 133136 . + 0 transcript_id "g15.t1"; gene_id "g15";
+sample AUGUSTUS CDS 133134 133142 0.99 + 0 transcript_id "g15.t1"; gene_id "g15";
+sample AUGUSTUS exon 133134 133142 . + . transcript_id "g15.t1"; gene_id "g15";
+sample AUGUSTUS intron 133143 133208 0.99 + . transcript_id "g15.t1"; gene_id "g15";
+sample AUGUSTUS CDS 133209 134539 1 + 0 transcript_id "g15.t1"; gene_id "g15";
+sample AUGUSTUS exon 133209 134539 . + . transcript_id "g15.t1"; gene_id "g15";
+sample AUGUSTUS intron 134540 134601 0.95 + . transcript_id "g15.t1"; gene_id "g15";
+sample AUGUSTUS CDS 134602 135510 0.95 + 1 transcript_id "g15.t1"; gene_id "g15";
+sample AUGUSTUS exon 134602 135510 . + . transcript_id "g15.t1"; gene_id "g15";
+sample AUGUSTUS intron 135511 135568 1 + . transcript_id "g15.t1"; gene_id "g15";
+sample AUGUSTUS CDS 135569 136346 1 + 1 transcript_id "g15.t1"; gene_id "g15";
+sample AUGUSTUS exon 135569 136346 . + . transcript_id "g15.t1"; gene_id "g15";
+sample AUGUSTUS stop_codon 136344 136346 . + 0 transcript_id "g15.t1"; gene_id "g15";
+sample AUGUSTUS gene 144294 164495 . + . g16
+sample AUGUSTUS transcript 144294 164495 0.7 + . g16.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 144294 144296 . + 0 transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS CDS 144294 144551 0.72 + 0 transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS exon 144294 144551 . + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
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+sample AUGUSTUS CDS 149012 149244 1 + 0 transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS exon 149012 149244 . + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS intron 149245 149366 1 + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS CDS 149367 149588 1 + 1 transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS exon 149367 149588 . + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS intron 149589 149653 1 + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS CDS 149654 149897 1 + 1 transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS exon 149654 149897 . + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS intron 149898 149951 1 + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS CDS 149952 150099 1 + 0 transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS exon 149952 150099 . + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS intron 150100 152313 1 + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS CDS 152314 152429 1 + 2 transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS exon 152314 152429 . + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS intron 152430 152495 1 + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS CDS 152496 152751 1 + 0 transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS exon 152496 152751 . + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS intron 152752 153260 0.96 + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS CDS 153261 159010 0.96 + 2 transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS exon 153261 159010 . + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS intron 159011 159149 1 + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS CDS 159150 164495 1 + 0 transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS exon 159150 164495 . + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS stop_codon 164493 164495 . + 0 transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS gene 167121 171473 . + . g17
+sample AUGUSTUS transcript 167121 171473 0.97 + . g17.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 167121 167123 . + 0 transcript_id "g17.t1"; gene_id "g17";
+sample AUGUSTUS CDS 167121 168360 1 + 0 transcript_id "g17.t1"; gene_id "g17";
+sample AUGUSTUS exon 167121 168360 . + . transcript_id "g17.t1"; gene_id "g17";
+sample AUGUSTUS intron 168361 168721 1 + . transcript_id "g17.t1"; gene_id "g17";
+sample AUGUSTUS CDS 168722 169208 1 + 2 transcript_id "g17.t1"; gene_id "g17";
+sample AUGUSTUS exon 168722 169208 . + . transcript_id "g17.t1"; gene_id "g17";
+sample AUGUSTUS intron 169209 171394 1 + . transcript_id "g17.t1"; gene_id "g17";
+sample AUGUSTUS CDS 171395 171473 0.97 + 1 transcript_id "g17.t1"; gene_id "g17";
+sample AUGUSTUS exon 171395 171473 . + . transcript_id "g17.t1"; gene_id "g17";
+sample AUGUSTUS stop_codon 171471 171473 . + 0 transcript_id "g17.t1"; gene_id "g17";
+sample AUGUSTUS gene 176699 178889 . - . g18
+sample AUGUSTUS transcript 176699 178889 0.68 - . g18.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 176699 176701 . - 0 transcript_id "g18.t1"; gene_id "g18";
+sample AUGUSTUS CDS 176699 176824 1 - 0 transcript_id "g18.t1"; gene_id "g18";
+sample AUGUSTUS exon 176699 176824 . - . transcript_id "g18.t1"; gene_id "g18";
+sample AUGUSTUS intron 176825 176886 1 - . transcript_id "g18.t1"; gene_id "g18";
+sample AUGUSTUS CDS 176887 177172 0.99 - 1 transcript_id "g18.t1"; gene_id "g18";
+sample AUGUSTUS exon 176887 177172 . - . transcript_id "g18.t1"; gene_id "g18";
+sample AUGUSTUS intron 177173 178872 1 - . transcript_id "g18.t1"; gene_id "g18";
+sample AUGUSTUS CDS 178873 178889 0.69 - 0 transcript_id "g18.t1"; gene_id "g18";
+sample AUGUSTUS exon 178873 178889 . - . transcript_id "g18.t1"; gene_id "g18";
+sample AUGUSTUS start_codon 178887 178889 . - 0 transcript_id "g18.t1"; gene_id "g18";
+sample AUGUSTUS gene 180028 180825 . - . g19
+sample AUGUSTUS transcript 180028 180825 0.91 - . g19.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 180028 180030 . - 0 transcript_id "g19.t1"; gene_id "g19";
+sample AUGUSTUS CDS 180028 180698 1 - 2 transcript_id "g19.t1"; gene_id "g19";
+sample AUGUSTUS exon 180028 180698 . - . transcript_id "g19.t1"; gene_id "g19";
+sample AUGUSTUS intron 180699 180755 1 - . transcript_id "g19.t1"; gene_id "g19";
+sample AUGUSTUS CDS 180756 180825 0.91 - 0 transcript_id "g19.t1"; gene_id "g19";
+sample AUGUSTUS exon 180756 180825 . - . transcript_id "g19.t1"; gene_id "g19";
+sample AUGUSTUS start_codon 180823 180825 . - 0 transcript_id "g19.t1"; gene_id "g19";
+sample AUGUSTUS gene 183489 187380 . - . g20
+sample AUGUSTUS transcript 183489 187380 0.99 - . g20.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 183489 183491 . - 0 transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS CDS 183489 183643 1 - 2 transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS exon 183489 183643 . - . transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS intron 183644 183709 1 - . transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS CDS 183710 183862 1 - 2 transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS exon 183710 183862 . - . transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS intron 183863 183920 1 - . transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS CDS 183921 184054 1 - 1 transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
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+sample AUGUSTUS intron 184055 186056 1 - . transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS CDS 186057 186178 1 - 0 transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS exon 186057 186178 . - . transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS intron 186179 186323 1 - . transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS CDS 186324 186442 1 - 2 transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS exon 186324 186442 . - . transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS intron 186443 187313 1 - . transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS CDS 187314 187380 0.99 - 0 transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS exon 187314 187380 . - . transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS start_codon 187378 187380 . - 0 transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS gene 192004 194669 . + . g21
+sample AUGUSTUS transcript 192004 194669 0.75 + . g21.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 192004 192006 . + 0 transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
+sample AUGUSTUS CDS 192004 192067 0.75 + 0 transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
+sample AUGUSTUS exon 192004 192067 . + . transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
+sample AUGUSTUS intron 192068 193548 1 + . transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
+sample AUGUSTUS CDS 193549 193658 1 + 2 transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
+sample AUGUSTUS exon 193549 193658 . + . transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
+sample AUGUSTUS intron 193659 194040 1 + . transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
+sample AUGUSTUS CDS 194041 194455 1 + 0 transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
+sample AUGUSTUS exon 194041 194455 . + . transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
+sample AUGUSTUS intron 194456 194517 1 + . transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
+sample AUGUSTUS CDS 194518 194669 1 + 2 transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
+sample AUGUSTUS exon 194518 194669 . + . transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
+sample AUGUSTUS stop_codon 194667 194669 . + 0 transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
+sample GeneMark.hmm3 transcript 193500 194669 . + . g21.t2
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 193500 193502 . + 0 transcript_id "g21.t2"; gene_id "g21";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 193500 193658 . + 0 transcript_id "g21.t2"; gene_id "g21";
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+sample GeneMark.hmm3 intron 193659 194040 . + 0 transcript_id "g21.t2"; gene_id "g21";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 194041 194455 . + 0 transcript_id "g21.t2"; gene_id "g21";
+sample GeneMark.hmm3 exon 194041 194455 0 + . transcript_id "g21.t2"; gene_id "g21";
+sample GeneMark.hmm3 intron 194456 194517 . + 2 transcript_id "g21.t2"; gene_id "g21";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 194518 194669 . + 2 transcript_id "g21.t2"; gene_id "g21";
+sample GeneMark.hmm3 exon 194518 194669 0 + . transcript_id "g21.t2"; gene_id "g21";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 194667 194669 . + 0 transcript_id "g21.t2"; gene_id "g21";
+sample AUGUSTUS gene 208597 210483 . - . g22
+sample AUGUSTUS transcript 208597 210483 0.96 - . g22.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 208597 208599 . - 0 transcript_id "g22.t1"; gene_id "g22";
+sample AUGUSTUS CDS 208597 208813 1 - 1 transcript_id "g22.t1"; gene_id "g22";
+sample AUGUSTUS exon 208597 208813 . - . transcript_id "g22.t1"; gene_id "g22";
+sample AUGUSTUS intron 208814 209047 1 - . transcript_id "g22.t1"; gene_id "g22";
+sample AUGUSTUS CDS 209048 210483 0.96 - 0 transcript_id "g22.t1"; gene_id "g22";
+sample AUGUSTUS exon 209048 210483 . - . transcript_id "g22.t1"; gene_id "g22";
+sample AUGUSTUS start_codon 210481 210483 . - 0 transcript_id "g22.t1"; gene_id "g22";
+sample AUGUSTUS gene 213085 214811 . - . g23
+sample AUGUSTUS transcript 213085 214811 0.22 - . g23.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 213085 213087 . - 0 transcript_id "g23.t1"; gene_id "g23";
+sample AUGUSTUS CDS 213085 213306 0.92 - 0 transcript_id "g23.t1"; gene_id "g23";
+sample AUGUSTUS exon 213085 213306 . - . transcript_id "g23.t1"; gene_id "g23";
+sample AUGUSTUS intron 213307 214670 0.92 - . transcript_id "g23.t1"; gene_id "g23";
+sample AUGUSTUS CDS 214671 214811 0.22 - 0 transcript_id "g23.t1"; gene_id "g23";
+sample AUGUSTUS exon 214671 214811 . - . transcript_id "g23.t1"; gene_id "g23";
+sample AUGUSTUS start_codon 214809 214811 . - 0 transcript_id "g23.t1"; gene_id "g23";
+sample AUGUSTUS gene 247941 253489 . + . g24
+sample AUGUSTUS transcript 247941 253489 0.82 + . g24.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 247941 247943 . + 0 transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
+sample AUGUSTUS CDS 247941 248171 0.99 + 0 transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
+sample AUGUSTUS exon 247941 248171 . + . transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
+sample AUGUSTUS intron 248172 248225 1 + . transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
+sample AUGUSTUS CDS 248226 248260 0.88 + 0 transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
+sample AUGUSTUS exon 248226 248260 . + . transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
+sample AUGUSTUS intron 248261 248312 0.87 + . transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
+sample AUGUSTUS CDS 248313 248429 0.98 + 1 transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
+sample AUGUSTUS exon 248313 248429 . + . transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
+sample AUGUSTUS intron 248430 253419 0.96 + . transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
+sample AUGUSTUS CDS 253420 253489 0.96 + 1 transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
+sample AUGUSTUS exon 253420 253489 . + . transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
+sample AUGUSTUS stop_codon 253487 253489 . + 0 transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
+sample AUGUSTUS gene 273844 275247 . + . g25
+sample AUGUSTUS transcript 273844 275247 0.41 + . g25.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 273844 273846 . + 0 transcript_id "g25.t1"; gene_id "g25";
+sample AUGUSTUS CDS 273844 275247 0.41 + 0 transcript_id "g25.t1"; gene_id "g25";
+sample AUGUSTUS exon 273844 275247 . + . transcript_id "g25.t1"; gene_id "g25";
+sample AUGUSTUS stop_codon 275245 275247 . + 0 transcript_id "g25.t1"; gene_id "g25";
+sample AUGUSTUS gene 279082 282365 . - . g26
+sample AUGUSTUS transcript 279082 282365 0.97 - . g26.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 279082 279084 . - 0 transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
+sample AUGUSTUS CDS 279082 279253 1 - 1 transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
+sample AUGUSTUS exon 279082 279253 . - . transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
+sample AUGUSTUS intron 279254 279728 1 - . transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
+sample AUGUSTUS CDS 279729 279797 1 - 1 transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
+sample AUGUSTUS exon 279729 279797 . - . transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
+sample AUGUSTUS intron 279798 279922 1 - . transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
+sample AUGUSTUS CDS 279923 279949 1 - 1 transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
+sample AUGUSTUS exon 279923 279949 . - . transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
+sample AUGUSTUS intron 279950 280227 1 - . transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
+sample AUGUSTUS CDS 280228 280375 1 - 2 transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
+sample AUGUSTUS exon 280228 280375 . - . transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
+sample AUGUSTUS intron 280376 280550 1 - . transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
+sample AUGUSTUS CDS 280551 280656 0.99 - 0 transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
+sample AUGUSTUS exon 280551 280656 . - . transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
+sample AUGUSTUS intron 280657 281008 0.97 - . transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
+sample AUGUSTUS CDS 281009 281282 1 - 1 transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
+sample AUGUSTUS exon 281009 281282 . - . transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
+sample AUGUSTUS intron 281283 282297 1 - . transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
+sample AUGUSTUS CDS 282298 282365 1 - 0 transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
+sample AUGUSTUS exon 282298 282365 . - . transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
+sample AUGUSTUS start_codon 282363 282365 . - 0 transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
+sample AUGUSTUS gene 291438 299620 . - . g27
+sample AUGUSTUS transcript 291438 299620 0.83 - . g27.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 291438 291440 . - 0 transcript_id "g27.t1"; gene_id "g27";
+sample AUGUSTUS CDS 291438 291524 0.97 - 0 transcript_id "g27.t1"; gene_id "g27";
+sample AUGUSTUS exon 291438 291524 . - . transcript_id "g27.t1"; gene_id "g27";
+sample AUGUSTUS intron 291525 298411 0.83 - . transcript_id "g27.t1"; gene_id "g27";
+sample AUGUSTUS CDS 298412 299620 0.83 - 0 transcript_id "g27.t1"; gene_id "g27";
+sample AUGUSTUS exon 298412 299620 . - . transcript_id "g27.t1"; gene_id "g27";
+sample AUGUSTUS start_codon 299618 299620 . - 0 transcript_id "g27.t1"; gene_id "g27";
+sample AUGUSTUS gene 309405 309879 . + . g28
+sample AUGUSTUS transcript 309405 309879 0.7 + . g28.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 309405 309407 . + 0 transcript_id "g28.t1"; gene_id "g28";
+sample AUGUSTUS CDS 309405 309421 0.72 + 0 transcript_id "g28.t1"; gene_id "g28";
+sample AUGUSTUS exon 309405 309421 . + . transcript_id "g28.t1"; gene_id "g28";
+sample AUGUSTUS intron 309422 309677 0.7 + . transcript_id "g28.t1"; gene_id "g28";
+sample AUGUSTUS CDS 309678 309879 0.72 + 1 transcript_id "g28.t1"; gene_id "g28";
+sample AUGUSTUS exon 309678 309879 . + . transcript_id "g28.t1"; gene_id "g28";
+sample AUGUSTUS stop_codon 309877 309879 . + 0 transcript_id "g28.t1"; gene_id "g28";
+sample AUGUSTUS gene 310793 312445 . - . g29
+sample AUGUSTUS transcript 310793 312445 0.83 - . g29.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 310793 310795 . - 0 transcript_id "g29.t1"; gene_id "g29";
+sample AUGUSTUS CDS 310793 312445 0.83 - 0 transcript_id "g29.t1"; gene_id "g29";
+sample AUGUSTUS exon 310793 312445 . - . transcript_id "g29.t1"; gene_id "g29";
+sample AUGUSTUS start_codon 312443 312445 . - 0 transcript_id "g29.t1"; gene_id "g29";
+sample AUGUSTUS gene 317645 328409 . + . g30
+sample AUGUSTUS transcript 317645 328409 0.48 + . g30.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 317645 317647 . + 0 transcript_id "g30.t1"; gene_id "g30";
+sample AUGUSTUS CDS 317645 317818 0.59 + 0 transcript_id "g30.t1"; gene_id "g30";
+sample AUGUSTUS exon 317645 317818 . + . transcript_id "g30.t1"; gene_id "g30";
+sample AUGUSTUS intron 317819 327391 0.75 + . transcript_id "g30.t1"; gene_id "g30";
+sample AUGUSTUS CDS 327392 327485 0.75 + 0 transcript_id "g30.t1"; gene_id "g30";
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+sample AUGUSTUS intron 327486 328371 0.71 + . transcript_id "g30.t1"; gene_id "g30";
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+sample AUGUSTUS gene 366730 381098 . + . g34
+sample AUGUSTUS transcript 366730 381098 0.7 + . g34.t1
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+sample AUGUSTUS transcript 391781 393693 0.53 + . g37.t1
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+sample AUGUSTUS gene 394465 395171 . + . g38
+sample AUGUSTUS transcript 394465 395171 0.47 + . g38.t1
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+sample AUGUSTUS gene 400223 404294 . - . g39
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+sample AUGUSTUS gene 405144 410393 . - . g40
+sample AUGUSTUS transcript 405144 410393 0.31 - . g40.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 405144 405146 . - 0 transcript_id "g40.t1"; gene_id "g40";
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+sample AUGUSTUS intron 407252 407476 0.39 - . transcript_id "g40.t1"; gene_id "g40";
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+sample AUGUSTUS intron 407596 407655 1 - . transcript_id "g40.t1"; gene_id "g40";
+sample AUGUSTUS CDS 407656 407903 0.99 - 0 transcript_id "g40.t1"; gene_id "g40";
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+sample AUGUSTUS intron 407904 407988 0.99 - . transcript_id "g40.t1"; gene_id "g40";
+sample AUGUSTUS CDS 407989 408492 0.92 - 0 transcript_id "g40.t1"; gene_id "g40";
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+sample AUGUSTUS intron 408493 408839 0.92 - . transcript_id "g40.t1"; gene_id "g40";
+sample AUGUSTUS CDS 408840 409305 0.94 - 1 transcript_id "g40.t1"; gene_id "g40";
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+sample AUGUSTUS gene 410695 411102 . - . g41
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+sample AUGUSTUS gene 411785 414072 . - . g42
+sample AUGUSTUS transcript 411785 414072 0.98 - . g42.t1
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+sample AUGUSTUS gene 428479 429748 . - . g43
+sample AUGUSTUS transcript 428479 429748 0.77 - . g43.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 428479 428481 . - 0 transcript_id "g43.t1"; gene_id "g43";
+sample AUGUSTUS CDS 428479 429006 1 - 0 transcript_id "g43.t1"; gene_id "g43";
+sample AUGUSTUS exon 428479 429006 . - . transcript_id "g43.t1"; gene_id "g43";
+sample AUGUSTUS intron 429007 429079 1 - . transcript_id "g43.t1"; gene_id "g43";
+sample AUGUSTUS CDS 429080 429273 1 - 2 transcript_id "g43.t1"; gene_id "g43";
+sample AUGUSTUS exon 429080 429273 . - . transcript_id "g43.t1"; gene_id "g43";
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+sample AUGUSTUS CDS 429470 429578 1 - 0 transcript_id "g43.t1"; gene_id "g43";
+sample AUGUSTUS exon 429470 429578 . - . transcript_id "g43.t1"; gene_id "g43";
+sample AUGUSTUS intron 429579 429643 1 - . transcript_id "g43.t1"; gene_id "g43";
+sample AUGUSTUS CDS 429644 429748 0.77 - 0 transcript_id "g43.t1"; gene_id "g43";
+sample AUGUSTUS exon 429644 429748 . - . transcript_id "g43.t1"; gene_id "g43";
+sample AUGUSTUS start_codon 429746 429748 . - 0 transcript_id "g43.t1"; gene_id "g43";
+sample AUGUSTUS gene 444429 445393 . - . g44
+sample AUGUSTUS transcript 444429 445393 0.98 - . g44.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 444429 444431 . - 0 transcript_id "g44.t1"; gene_id "g44";
+sample AUGUSTUS CDS 444429 445125 1 - 1 transcript_id "g44.t1"; gene_id "g44";
+sample AUGUSTUS exon 444429 445125 . - . transcript_id "g44.t1"; gene_id "g44";
+sample AUGUSTUS intron 445126 445190 1 - . transcript_id "g44.t1"; gene_id "g44";
+sample AUGUSTUS CDS 445191 445393 0.98 - 0 transcript_id "g44.t1"; gene_id "g44";
+sample AUGUSTUS exon 445191 445393 . - . transcript_id "g44.t1"; gene_id "g44";
+sample AUGUSTUS start_codon 445391 445393 . - 0 transcript_id "g44.t1"; gene_id "g44";
+sample AUGUSTUS gene 446127 447711 . + . g45
+sample AUGUSTUS transcript 446127 447711 0.69 + . g45.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 446127 446129 . + 0 transcript_id "g45.t1"; gene_id "g45";
+sample AUGUSTUS CDS 446127 446275 1 + 0 transcript_id "g45.t1"; gene_id "g45";
+sample AUGUSTUS exon 446127 446275 . + . transcript_id "g45.t1"; gene_id "g45";
+sample AUGUSTUS intron 446276 446338 1 + . transcript_id "g45.t1"; gene_id "g45";
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+sample AUGUSTUS intron 446554 446618 0.97 + . transcript_id "g45.t1"; gene_id "g45";
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+sample AUGUSTUS intron 446927 446982 0.74 + . transcript_id "g45.t1"; gene_id "g45";
+sample AUGUSTUS CDS 446983 447105 0.95 + 0 transcript_id "g45.t1"; gene_id "g45";
+sample AUGUSTUS exon 446983 447105 . + . transcript_id "g45.t1"; gene_id "g45";
+sample AUGUSTUS intron 447106 447168 0.96 + . transcript_id "g45.t1"; gene_id "g45";
+sample AUGUSTUS CDS 447169 447711 0.99 + 0 transcript_id "g45.t1"; gene_id "g45";
+sample AUGUSTUS exon 447169 447711 . + . transcript_id "g45.t1"; gene_id "g45";
+sample AUGUSTUS stop_codon 447709 447711 . + 0 transcript_id "g45.t1"; gene_id "g45";
+sample AUGUSTUS gene 448259 449551 . - . g46
+sample AUGUSTUS transcript 448259 449551 1 - . g46.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 448259 448261 . - 0 transcript_id "g46.t1"; gene_id "g46";
+sample AUGUSTUS CDS 448259 449551 1 - 0 transcript_id "g46.t1"; gene_id "g46";
+sample AUGUSTUS exon 448259 449551 . - . transcript_id "g46.t1"; gene_id "g46";
+sample AUGUSTUS start_codon 449549 449551 . - 0 transcript_id "g46.t1"; gene_id "g46";
+sample AUGUSTUS gene 450575 450829 . + . g47
+sample AUGUSTUS transcript 450575 450829 0.55 + . g47.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 450575 450577 . + 0 transcript_id "g47.t1"; gene_id "g47";
+sample AUGUSTUS CDS 450575 450829 0.55 + 0 transcript_id "g47.t1"; gene_id "g47";
+sample AUGUSTUS exon 450575 450829 . + . transcript_id "g47.t1"; gene_id "g47";
+sample AUGUSTUS stop_codon 450827 450829 . + 0 transcript_id "g47.t1"; gene_id "g47";
+sample AUGUSTUS gene 452690 453334 . + . g48
+sample AUGUSTUS transcript 452690 453334 0.85 + . g48.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 452690 452692 . + 0 transcript_id "g48.t1"; gene_id "g48";
+sample AUGUSTUS CDS 452690 453334 0.85 + 0 transcript_id "g48.t1"; gene_id "g48";
+sample AUGUSTUS exon 452690 453334 . + . transcript_id "g48.t1"; gene_id "g48";
+sample AUGUSTUS stop_codon 453332 453334 . + 0 transcript_id "g48.t1"; gene_id "g48";
+sample AUGUSTUS gene 454412 457661 . - . g49
+sample AUGUSTUS transcript 454412 457661 0.55 - . g49.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 454412 454414 . - 0 transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
+sample AUGUSTUS CDS 454412 454610 0.93 - 1 transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
+sample AUGUSTUS exon 454412 454610 . - . transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
+sample AUGUSTUS intron 454611 454696 0.93 - . transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
+sample AUGUSTUS CDS 454697 455256 0.93 - 0 transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
+sample AUGUSTUS exon 454697 455256 . - . transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
+sample AUGUSTUS intron 455257 456126 0.93 - . transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
+sample AUGUSTUS CDS 456127 456248 0.73 - 2 transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
+sample AUGUSTUS exon 456127 456248 . - . transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
+sample AUGUSTUS intron 456249 456441 0.71 - . transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
+sample AUGUSTUS CDS 456442 457045 0.89 - 0 transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
+sample AUGUSTUS exon 456442 457045 . - . transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
+sample AUGUSTUS intron 457046 457412 1 - . transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
+sample AUGUSTUS CDS 457413 457661 0.88 - 0 transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
+sample AUGUSTUS exon 457413 457661 . - . transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
+sample AUGUSTUS start_codon 457659 457661 . - 0 transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 transcript 454412 457592 . - . g49.t2
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 454412 454414 . - 0 transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 454412 454610 . - 1 transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 exon 454412 454610 0 - . transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 intron 454611 454696 . - 0 transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 454697 455256 . - 0 transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 exon 454697 455256 0 - . transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 intron 455257 456126 . - 2 transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 456127 456248 . - 2 transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 exon 456127 456248 0 - . transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 intron 456249 456441 . - 0 transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 456442 457045 . - 0 transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 exon 456442 457045 0 - . transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 intron 457046 457412 . - 0 transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 457413 457592 . - 0 transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 exon 457413 457592 0 - . transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 457590 457592 . - 0 transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample AUGUSTUS gene 459062 462454 . + . g50
+sample AUGUSTUS transcript 459062 462454 1 + . g50.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 459062 459064 . + 0 transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS CDS 459062 459150 1 + 0 transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS exon 459062 459150 . + . transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS intron 459151 459190 1 + . transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS CDS 459191 459594 1 + 1 transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS exon 459191 459594 . + . transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS intron 459595 459804 1 + . transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS CDS 459805 460154 1 + 2 transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS exon 459805 460154 . + . transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS intron 460155 460212 1 + . transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS CDS 460213 461658 1 + 0 transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS exon 460213 461658 . + . transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS intron 461659 461725 1 + . transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS CDS 461726 462148 1 + 0 transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS exon 461726 462148 . + . transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS intron 462149 462262 1 + . transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS CDS 462263 462454 1 + 0 transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS exon 462263 462454 . + . transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS stop_codon 462452 462454 . + 0 transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS gene 462819 463679 . - . g51
+sample AUGUSTUS transcript 462819 463679 0.48 - . g51.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 462819 462821 . - 0 transcript_id "g51.t1"; gene_id "g51";
+sample AUGUSTUS CDS 462819 463032 0.98 - 1 transcript_id "g51.t1"; gene_id "g51";
+sample AUGUSTUS exon 462819 463032 . - . transcript_id "g51.t1"; gene_id "g51";
+sample AUGUSTUS intron 463033 463292 0.74 - . transcript_id "g51.t1"; gene_id "g51";
+sample AUGUSTUS CDS 463293 463593 0.55 - 2 transcript_id "g51.t1"; gene_id "g51";
+sample AUGUSTUS exon 463293 463593 . - . transcript_id "g51.t1"; gene_id "g51";
+sample AUGUSTUS intron 463594 463651 0.73 - . transcript_id "g51.t1"; gene_id "g51";
+sample AUGUSTUS CDS 463652 463679 0.66 - 0 transcript_id "g51.t1"; gene_id "g51";
+sample AUGUSTUS exon 463652 463679 . - . transcript_id "g51.t1"; gene_id "g51";
+sample AUGUSTUS start_codon 463677 463679 . - 0 transcript_id "g51.t1"; gene_id "g51";
+sample AUGUSTUS gene 464311 466939 . - . g52
+sample AUGUSTUS transcript 464311 466939 0.65 - . g52.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 464311 464313 . - 0 transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS CDS 464311 464576 0.98 - 2 transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS exon 464311 464576 . - . transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS intron 464577 464632 1 - . transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS CDS 464633 464814 1 - 1 transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS exon 464633 464814 . - . transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS intron 464815 464873 1 - . transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS CDS 464874 465617 1 - 1 transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS exon 464874 465617 . - . transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS intron 465618 465911 1 - . transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS CDS 465912 466039 0.93 - 0 transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS exon 465912 466039 . - . transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS intron 466040 466747 0.81 - . transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS CDS 466748 466939 0.71 - 0 transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS exon 466748 466939 . - . transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS start_codon 466937 466939 . - 0 transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS gene 469730 472415 . - . g53
+sample AUGUSTUS transcript 469730 472415 0.21 - . g53.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 469730 469732 . - 0 transcript_id "g53.t1"; gene_id "g53";
+sample AUGUSTUS CDS 469730 470658 0.75 - 2 transcript_id "g53.t1"; gene_id "g53";
+sample AUGUSTUS exon 469730 470658 . - . transcript_id "g53.t1"; gene_id "g53";
+sample AUGUSTUS intron 470659 472336 0.21 - . transcript_id "g53.t1"; gene_id "g53";
+sample AUGUSTUS CDS 472337 472415 0.21 - 0 transcript_id "g53.t1"; gene_id "g53";
+sample AUGUSTUS exon 472337 472415 . - . transcript_id "g53.t1"; gene_id "g53";
+sample AUGUSTUS start_codon 472413 472415 . - 0 transcript_id "g53.t1"; gene_id "g53";
+sample GeneMark.hmm3 gene 469730 477951 . - . g54
+sample GeneMark.hmm3 transcript 469730 477951 . - . g54.t1
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 469730 469732 . - 0 transcript_id "g54.t1"; gene_id "g54";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 469730 470674 . - 0 transcript_id "g54.t1"; gene_id "g54";
+sample GeneMark.hmm3 exon 469730 470674 0 - . transcript_id "g54.t1"; gene_id "g54";
+sample GeneMark.hmm3 intron 470675 477843 . - 0 transcript_id "g54.t1"; gene_id "g54";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 477844 477951 . - 0 transcript_id "g54.t1"; gene_id "g54";
+sample GeneMark.hmm3 exon 477844 477951 0 - . transcript_id "g54.t1"; gene_id "g54";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 477949 477951 . - 0 transcript_id "g54.t1"; gene_id "g54";
+sample AUGUSTUS gene 479876 481823 . + . g55
+sample AUGUSTUS transcript 479876 481823 0.53 + . g55.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 479876 479878 . + 0 transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
+sample AUGUSTUS CDS 479876 480089 1 + 0 transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
+sample AUGUSTUS exon 479876 480089 . + . transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
+sample AUGUSTUS intron 480090 480294 1 + . transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
+sample AUGUSTUS CDS 480295 481339 0.9 + 2 transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
+sample AUGUSTUS exon 480295 481339 . + . transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
+sample AUGUSTUS intron 481340 481393 1 + . transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
+sample AUGUSTUS CDS 481394 481823 0.58 + 1 transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
+sample AUGUSTUS exon 481394 481823 . + . transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
+sample AUGUSTUS stop_codon 481821 481823 . + 0 transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
+sample AUGUSTUS gene 481882 483023 . - . g56
+sample AUGUSTUS transcript 481882 483023 1 - . g56.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 481882 481884 . - 0 transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
+sample AUGUSTUS CDS 481882 482039 1 - 2 transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
+sample AUGUSTUS exon 481882 482039 . - . transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
+sample AUGUSTUS intron 482040 482101 1 - . transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
+sample AUGUSTUS CDS 482102 482358 1 - 1 transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
+sample AUGUSTUS exon 482102 482358 . - . transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
+sample AUGUSTUS intron 482359 482667 1 - . transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
+sample AUGUSTUS CDS 482668 483023 1 - 0 transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
+sample AUGUSTUS exon 482668 483023 . - . transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
+sample AUGUSTUS start_codon 483021 483023 . - 0 transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
+sample AUGUSTUS gene 483985 484545 . + . g57
+sample AUGUSTUS transcript 483985 484545 1 + . g57.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 483985 483987 . + 0 transcript_id "g57.t1"; gene_id "g57";
+sample AUGUSTUS CDS 483985 484545 1 + 0 transcript_id "g57.t1"; gene_id "g57";
+sample AUGUSTUS exon 483985 484545 . + . transcript_id "g57.t1"; gene_id "g57";
+sample AUGUSTUS stop_codon 484543 484545 . + 0 transcript_id "g57.t1"; gene_id "g57";
+sample AUGUSTUS gene 484891 485565 . - . g58
+sample AUGUSTUS transcript 484891 485565 1 - . g58.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 484891 484893 . - 0 transcript_id "g58.t1"; gene_id "g58";
+sample AUGUSTUS CDS 484891 485565 1 - 0 transcript_id "g58.t1"; gene_id "g58";
+sample AUGUSTUS exon 484891 485565 . - . transcript_id "g58.t1"; gene_id "g58";
+sample AUGUSTUS start_codon 485563 485565 . - 0 transcript_id "g58.t1"; gene_id "g58";
+sample AUGUSTUS gene 491960 494260 . + . g59
+sample AUGUSTUS transcript 491960 494260 0.64 + . g59.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 491960 491962 . + 0 transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS CDS 491960 492057 0.64 + 0 transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS exon 491960 492057 . + . transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS intron 492058 493172 1 + . transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS CDS 493173 493452 1 + 1 transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS exon 493173 493452 . + . transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS intron 493453 493540 1 + . transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS CDS 493541 493621 1 + 0 transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS exon 493541 493621 . + . transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS intron 493622 493682 1 + . transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS CDS 493683 493822 1 + 0 transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS exon 493683 493822 . + . transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS intron 493823 493881 1 + . transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS CDS 493882 494260 1 + 1 transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS exon 493882 494260 . + . transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS stop_codon 494258 494260 . + 0 transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS gene 500367 501498 . - . g60
+sample AUGUSTUS transcript 500367 501498 1 - . g60.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 500367 500369 . - 0 transcript_id "g60.t1"; gene_id "g60";
+sample AUGUSTUS CDS 500367 500502 1 - 1 transcript_id "g60.t1"; gene_id "g60";
+sample AUGUSTUS exon 500367 500502 . - . transcript_id "g60.t1"; gene_id "g60";
+sample AUGUSTUS intron 500503 500568 1 - . transcript_id "g60.t1"; gene_id "g60";
+sample AUGUSTUS CDS 500569 500738 1 - 0 transcript_id "g60.t1"; gene_id "g60";
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+sample AUGUSTUS intron 500739 501154 1 - . transcript_id "g60.t1"; gene_id "g60";
+sample AUGUSTUS CDS 501155 501314 1 - 1 transcript_id "g60.t1"; gene_id "g60";
+sample AUGUSTUS exon 501155 501314 . - . transcript_id "g60.t1"; gene_id "g60";
+sample AUGUSTUS intron 501315 501385 1 - . transcript_id "g60.t1"; gene_id "g60";
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+sample AUGUSTUS gene 580264 581041 . - . g68
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+sample AUGUSTUS intron 580854 580980 0.97 - . transcript_id "g68.t1"; gene_id "g68";
+sample AUGUSTUS CDS 580981 581041 0.97 - 0 transcript_id "g68.t1"; gene_id "g68";
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+sample AUGUSTUS gene 581605 583000 . + . g69
+sample AUGUSTUS transcript 581605 583000 1 + . g69.t1
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+sample AUGUSTUS gene 583551 584495 . - . g70
+sample AUGUSTUS transcript 583551 584495 0.89 - . g70.t1
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+sample AUGUSTUS intron 583704 583774 1 - . transcript_id "g70.t1"; gene_id "g70";
+sample AUGUSTUS CDS 583775 584276 1 - 1 transcript_id "g70.t1"; gene_id "g70";
+sample AUGUSTUS exon 583775 584276 . - . transcript_id "g70.t1"; gene_id "g70";
+sample AUGUSTUS intron 584277 584343 1 - . transcript_id "g70.t1"; gene_id "g70";
+sample AUGUSTUS CDS 584344 584495 0.89 - 0 transcript_id "g70.t1"; gene_id "g70";
+sample AUGUSTUS exon 584344 584495 . - . transcript_id "g70.t1"; gene_id "g70";
+sample AUGUSTUS start_codon 584493 584495 . - 0 transcript_id "g70.t1"; gene_id "g70";
+sample GeneMark.hmm3 transcript 583754 584495 . - . g70.t2
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 583754 583756 . - 0 transcript_id "g70.t2"; gene_id "g70";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 583754 584276 . - 1 transcript_id "g70.t2"; gene_id "g70";
+sample GeneMark.hmm3 exon 583754 584276 0 - . transcript_id "g70.t2"; gene_id "g70";
+sample GeneMark.hmm3 intron 584277 584343 . - 0 transcript_id "g70.t2"; gene_id "g70";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 584344 584495 . - 0 transcript_id "g70.t2"; gene_id "g70";
+sample GeneMark.hmm3 exon 584344 584495 0 - . transcript_id "g70.t2"; gene_id "g70";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 584493 584495 . - 0 transcript_id "g70.t2"; gene_id "g70";
+sample AUGUSTUS gene 585578 590240 . - . g71
+sample AUGUSTUS transcript 585578 590240 1 - . g71.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 585578 585580 . - 0 transcript_id "g71.t1"; gene_id "g71";
+sample AUGUSTUS CDS 585578 585707 1 - 1 transcript_id "g71.t1"; gene_id "g71";
+sample AUGUSTUS exon 585578 585707 . - . transcript_id "g71.t1"; gene_id "g71";
+sample AUGUSTUS intron 585708 585767 1 - . transcript_id "g71.t1"; gene_id "g71";
+sample AUGUSTUS CDS 585768 585970 1 - 0 transcript_id "g71.t1"; gene_id "g71";
+sample AUGUSTUS exon 585768 585970 . - . transcript_id "g71.t1"; gene_id "g71";
+sample AUGUSTUS intron 585971 586398 1 - . transcript_id "g71.t1"; gene_id "g71";
+sample AUGUSTUS CDS 586399 588180 1 - 0 transcript_id "g71.t1"; gene_id "g71";
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+sample AUGUSTUS CDS 590017 590118 1 - 0 transcript_id "g71.t1"; gene_id "g71";
+sample AUGUSTUS exon 590017 590118 . - . transcript_id "g71.t1"; gene_id "g71";
+sample AUGUSTUS intron 590119 590189 1 - . transcript_id "g71.t1"; gene_id "g71";
+sample AUGUSTUS CDS 590190 590240 1 - 0 transcript_id "g71.t1"; gene_id "g71";
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+sample AUGUSTUS gene 596012 597834 . + . g72
+sample AUGUSTUS transcript 596012 597834 0.41 + . g72.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 596012 596014 . + 0 transcript_id "g72.t1"; gene_id "g72";
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+sample AUGUSTUS intron 596016 596074 0.51 + . transcript_id "g72.t1"; gene_id "g72";
+sample AUGUSTUS CDS 596075 596666 0.47 + 2 transcript_id "g72.t1"; gene_id "g72";
+sample AUGUSTUS exon 596075 596666 . + . transcript_id "g72.t1"; gene_id "g72";
+sample AUGUSTUS intron 596667 596888 0.83 + . transcript_id "g72.t1"; gene_id "g72";
+sample AUGUSTUS CDS 596889 597834 0.84 + 1 transcript_id "g72.t1"; gene_id "g72";
+sample AUGUSTUS exon 596889 597834 . + . transcript_id "g72.t1"; gene_id "g72";
+sample AUGUSTUS stop_codon 597832 597834 . + 0 transcript_id "g72.t1"; gene_id "g72";
+sample AUGUSTUS gene 598307 598764 . + . g73
+sample AUGUSTUS transcript 598307 598764 0.98 + . g73.t1
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+sample AUGUSTUS CDS 598307 598335 0.98 + 0 transcript_id "g73.t1"; gene_id "g73";
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+sample AUGUSTUS transcript 605058 615830 0.72 - . g77.t1
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+sample AUGUSTUS intron 624735 624787 0.98 - . transcript_id "g79.t1"; gene_id "g79";
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+sample AUGUSTUS CDS 625056 625616 1 - 0 transcript_id "g79.t1"; gene_id "g79";
+sample AUGUSTUS exon 625056 625616 . - . transcript_id "g79.t1"; gene_id "g79";
+sample AUGUSTUS start_codon 625614 625616 . - 0 transcript_id "g79.t1"; gene_id "g79";
+sample AUGUSTUS gene 627242 628231 . - . g80
+sample AUGUSTUS transcript 627242 628231 0.79 - . g80.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 627242 627244 . - 0 transcript_id "g80.t1"; gene_id "g80";
+sample AUGUSTUS CDS 627242 627863 1 - 1 transcript_id "g80.t1"; gene_id "g80";
+sample AUGUSTUS exon 627242 627863 . - . transcript_id "g80.t1"; gene_id "g80";
+sample AUGUSTUS intron 627864 627926 1 - . transcript_id "g80.t1"; gene_id "g80";
+sample AUGUSTUS CDS 627927 628231 0.79 - 0 transcript_id "g80.t1"; gene_id "g80";
+sample AUGUSTUS exon 627927 628231 . - . transcript_id "g80.t1"; gene_id "g80";
+sample AUGUSTUS start_codon 628229 628231 . - 0 transcript_id "g80.t1"; gene_id "g80";
+sample AUGUSTUS gene 633872 636343 . - . g81
+sample AUGUSTUS transcript 633872 636343 0.29 - . g81.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 633872 633874 . - 0 transcript_id "g81.t1"; gene_id "g81";
+sample AUGUSTUS CDS 633872 633922 0.61 - 0 transcript_id "g81.t1"; gene_id "g81";
+sample AUGUSTUS exon 633872 633922 . - . transcript_id "g81.t1"; gene_id "g81";
+sample AUGUSTUS intron 633923 633990 0.59 - . transcript_id "g81.t1"; gene_id "g81";
+sample AUGUSTUS CDS 633991 634146 0.49 - 0 transcript_id "g81.t1"; gene_id "g81";
+sample AUGUSTUS exon 633991 634146 . - . transcript_id "g81.t1"; gene_id "g81";
+sample AUGUSTUS intron 634147 634507 0.85 - . transcript_id "g81.t1"; gene_id "g81";
+sample AUGUSTUS CDS 634508 634712 0.97 - 1 transcript_id "g81.t1"; gene_id "g81";
+sample AUGUSTUS exon 634508 634712 . - . transcript_id "g81.t1"; gene_id "g81";
+sample AUGUSTUS intron 634713 635127 1 - . transcript_id "g81.t1"; gene_id "g81";
+sample AUGUSTUS CDS 635128 635353 1 - 2 transcript_id "g81.t1"; gene_id "g81";
+sample AUGUSTUS exon 635128 635353 . - . transcript_id "g81.t1"; gene_id "g81";
+sample AUGUSTUS intron 635354 635450 0.87 - . transcript_id "g81.t1"; gene_id "g81";
+sample AUGUSTUS CDS 635451 635965 0.87 - 1 transcript_id "g81.t1"; gene_id "g81";
+sample AUGUSTUS exon 635451 635965 . - . transcript_id "g81.t1"; gene_id "g81";
+sample AUGUSTUS intron 635966 636035 1 - . transcript_id "g81.t1"; gene_id "g81";
+sample AUGUSTUS CDS 636036 636343 0.67 - 0 transcript_id "g81.t1"; gene_id "g81";
+sample AUGUSTUS exon 636036 636343 . - . transcript_id "g81.t1"; gene_id "g81";
+sample AUGUSTUS start_codon 636341 636343 . - 0 transcript_id "g81.t1"; gene_id "g81";
+sample AUGUSTUS gene 636910 637339 . - . g82
+sample AUGUSTUS transcript 636910 637339 0.92 - . g82.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 636910 636912 . - 0 transcript_id "g82.t1"; gene_id "g82";
+sample AUGUSTUS CDS 636910 636965 0.92 - 2 transcript_id "g82.t1"; gene_id "g82";
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+sample AUGUSTUS intron 636966 637173 0.92 - . transcript_id "g82.t1"; gene_id "g82";
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+sample AUGUSTUS exon 637174 637339 . - . transcript_id "g82.t1"; gene_id "g82";
+sample AUGUSTUS start_codon 637337 637339 . - 0 transcript_id "g82.t1"; gene_id "g82";
+sample AUGUSTUS gene 640940 644158 . + . g83
+sample AUGUSTUS transcript 640940 644158 0.24 + . g83.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 640940 640942 . + 0 transcript_id "g83.t1"; gene_id "g83";
+sample AUGUSTUS CDS 640940 641002 0.46 + 0 transcript_id "g83.t1"; gene_id "g83";
+sample AUGUSTUS exon 640940 641002 . + . transcript_id "g83.t1"; gene_id "g83";
+sample AUGUSTUS intron 641003 641520 0.97 + . transcript_id "g83.t1"; gene_id "g83";
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+sample AUGUSTUS intron 641602 642410 0.97 + . transcript_id "g83.t1"; gene_id "g83";
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+sample AUGUSTUS stop_codon 644156 644158 . + 0 transcript_id "g83.t1"; gene_id "g83";
+sample AUGUSTUS gene 652164 653597 . - . g84
+sample AUGUSTUS transcript 652164 653597 1 - . g84.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 652164 652166 . - 0 transcript_id "g84.t1"; gene_id "g84";
+sample AUGUSTUS CDS 652164 653597 1 - 0 transcript_id "g84.t1"; gene_id "g84";
+sample AUGUSTUS exon 652164 653597 . - . transcript_id "g84.t1"; gene_id "g84";
+sample AUGUSTUS start_codon 653595 653597 . - 0 transcript_id "g84.t1"; gene_id "g84";
+sample AUGUSTUS gene 673633 681793 . + . g85
+sample AUGUSTUS transcript 673633 681793 0.04 + . g85.t1
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+sample AUGUSTUS gene 695981 696998 . - . g89
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+sample AUGUSTUS transcript 697479 699085 1 + . g90.t1
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+sample AUGUSTUS gene 699296 700743 . - . g91
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+sample AUGUSTUS CDS 700586 700743 1 - 0 transcript_id "g91.t1"; gene_id "g91";
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+sample AUGUSTUS start_codon 700741 700743 . - 0 transcript_id "g91.t1"; gene_id "g91";
+sample AUGUSTUS gene 701680 706445 . + . g92
+sample AUGUSTUS transcript 701680 706445 1 + . g92.t1
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+sample AUGUSTUS intron 701822 701882 1 + . transcript_id "g92.t1"; gene_id "g92";
+sample AUGUSTUS CDS 701883 702220 1 + 2 transcript_id "g92.t1"; gene_id "g92";
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+sample AUGUSTUS intron 702221 702725 1 + . transcript_id "g92.t1"; gene_id "g92";
+sample AUGUSTUS CDS 702726 702738 1 + 0 transcript_id "g92.t1"; gene_id "g92";
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+sample AUGUSTUS CDS 704030 704178 1 + 0 transcript_id "g92.t1"; gene_id "g92";
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+sample AUGUSTUS CDS 705324 705462 1 + 1 transcript_id "g92.t1"; gene_id "g92";
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+sample AUGUSTUS exon 705538 705741 . + . transcript_id "g92.t1"; gene_id "g92";
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+sample AUGUSTUS intron 705993 706052 1 + . transcript_id "g92.t1"; gene_id "g92";
+sample AUGUSTUS CDS 706053 706202 1 + 0 transcript_id "g92.t1"; gene_id "g92";
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+sample AUGUSTUS gene 707157 710057 . - . g93
+sample AUGUSTUS transcript 707157 710057 1 - . g93.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 707157 707159 . - 0 transcript_id "g93.t1"; gene_id "g93";
+sample AUGUSTUS CDS 707157 710057 1 - 0 transcript_id "g93.t1"; gene_id "g93";
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+sample AUGUSTUS start_codon 710055 710057 . - 0 transcript_id "g93.t1"; gene_id "g93";
+sample AUGUSTUS gene 710985 715813 . + . g94
+sample AUGUSTUS transcript 710985 715813 0.66 + . g94.t1
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+sample AUGUSTUS intron 711080 711149 1 + . transcript_id "g94.t1"; gene_id "g94";
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+sample AUGUSTUS exon 714952 715510 . + . transcript_id "g94.t1"; gene_id "g94";
+sample AUGUSTUS intron 715511 715563 1 + . transcript_id "g94.t1"; gene_id "g94";
+sample AUGUSTUS CDS 715564 715693 1 + 1 transcript_id "g94.t1"; gene_id "g94";
+sample AUGUSTUS exon 715564 715693 . + . transcript_id "g94.t1"; gene_id "g94";
+sample AUGUSTUS intron 715694 715786 1 + . transcript_id "g94.t1"; gene_id "g94";
+sample AUGUSTUS CDS 715787 715813 1 + 0 transcript_id "g94.t1"; gene_id "g94";
+sample AUGUSTUS exon 715787 715813 . + . transcript_id "g94.t1"; gene_id "g94";
+sample AUGUSTUS stop_codon 715811 715813 . + 0 transcript_id "g94.t1"; gene_id "g94";
+sample AUGUSTUS gene 716203 719804 . - . g95
+sample AUGUSTUS transcript 716203 719804 0.65 - . g95.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 716203 716205 . - 0 transcript_id "g95.t1"; gene_id "g95";
+sample AUGUSTUS CDS 716203 716319 1 - 0 transcript_id "g95.t1"; gene_id "g95";
+sample AUGUSTUS exon 716203 716319 . - . transcript_id "g95.t1"; gene_id "g95";
+sample AUGUSTUS intron 716320 716389 1 - . transcript_id "g95.t1"; gene_id "g95";
+sample AUGUSTUS CDS 716390 716663 1 - 1 transcript_id "g95.t1"; gene_id "g95";
+sample AUGUSTUS exon 716390 716663 . - . transcript_id "g95.t1"; gene_id "g95";
+sample AUGUSTUS intron 716664 716945 1 - . transcript_id "g95.t1"; gene_id "g95";
+sample AUGUSTUS CDS 716946 717057 1 - 2 transcript_id "g95.t1"; gene_id "g95";
+sample AUGUSTUS exon 716946 717057 . - . transcript_id "g95.t1"; gene_id "g95";
+sample AUGUSTUS intron 717058 717121 1 - . transcript_id "g95.t1"; gene_id "g95";
+sample AUGUSTUS CDS 717122 717574 1 - 2 transcript_id "g95.t1"; gene_id "g95";
+sample AUGUSTUS exon 717122 717574 . - . transcript_id "g95.t1"; gene_id "g95";
+sample AUGUSTUS intron 717575 717636 1 - . transcript_id "g95.t1"; gene_id "g95";
+sample AUGUSTUS CDS 717637 717859 1 - 0 transcript_id "g95.t1"; gene_id "g95";
+sample AUGUSTUS exon 717637 717859 . - . transcript_id "g95.t1"; gene_id "g95";
+sample AUGUSTUS intron 717860 717963 1 - . transcript_id "g95.t1"; gene_id "g95";
+sample AUGUSTUS CDS 717964 719015 1 - 2 transcript_id "g95.t1"; gene_id "g95";
+sample AUGUSTUS exon 717964 719015 . - . transcript_id "g95.t1"; gene_id "g95";
+sample AUGUSTUS intron 719016 719073 1 - . transcript_id "g95.t1"; gene_id "g95";
+sample AUGUSTUS CDS 719074 719307 1 - 2 transcript_id "g95.t1"; gene_id "g95";
+sample AUGUSTUS exon 719074 719307 . - . transcript_id "g95.t1"; gene_id "g95";
+sample AUGUSTUS intron 719308 719524 1 - . transcript_id "g95.t1"; gene_id "g95";
+sample AUGUSTUS CDS 719525 719804 0.65 - 0 transcript_id "g95.t1"; gene_id "g95";
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+sample4 AUGUSTUS gene 2126 3863 . + . g96
+sample4 AUGUSTUS transcript 2126 3863 0.37 + . g96.t1
+sample4 AUGUSTUS start_codon 2126 2128 . + 0 transcript_id "g96.t1"; gene_id "g96";
+sample4 AUGUSTUS CDS 2126 2199 1 + 0 transcript_id "g96.t1"; gene_id "g96";
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+sample4 AUGUSTUS intron 2200 2257 1 + . transcript_id "g96.t1"; gene_id "g96";
+sample4 AUGUSTUS CDS 2258 3224 1 + 1 transcript_id "g96.t1"; gene_id "g96";
+sample4 AUGUSTUS exon 2258 3224 . + . transcript_id "g96.t1"; gene_id "g96";
+sample4 AUGUSTUS intron 3225 3283 1 + . transcript_id "g96.t1"; gene_id "g96";
+sample4 AUGUSTUS CDS 3284 3490 0.63 + 0 transcript_id "g96.t1"; gene_id "g96";
+sample4 AUGUSTUS exon 3284 3490 . + . transcript_id "g96.t1"; gene_id "g96";
+sample4 AUGUSTUS intron 3491 3548 0.59 + . transcript_id "g96.t1"; gene_id "g96";
+sample4 AUGUSTUS CDS 3549 3603 0.54 + 0 transcript_id "g96.t1"; gene_id "g96";
+sample4 AUGUSTUS exon 3549 3603 . + . transcript_id "g96.t1"; gene_id "g96";
+sample4 AUGUSTUS intron 3604 3768 0.52 + . transcript_id "g96.t1"; gene_id "g96";
+sample4 AUGUSTUS CDS 3769 3863 0.44 + 2 transcript_id "g96.t1"; gene_id "g96";
+sample4 AUGUSTUS exon 3769 3863 . + . transcript_id "g96.t1"; gene_id "g96";
+sample4 AUGUSTUS stop_codon 3861 3863 . + 0 transcript_id "g96.t1"; gene_id "g96";
+sample4 AUGUSTUS gene 4248 6494 . - . g97
+sample4 AUGUSTUS transcript 4248 6494 1 - . g97.t1
+sample4 AUGUSTUS stop_codon 4248 4250 . - 0 transcript_id "g97.t1"; gene_id "g97";
+sample4 AUGUSTUS CDS 4248 4759 1 - 2 transcript_id "g97.t1"; gene_id "g97";
+sample4 AUGUSTUS exon 4248 4759 . - . transcript_id "g97.t1"; gene_id "g97";
+sample4 AUGUSTUS intron 4760 4929 1 - . transcript_id "g97.t1"; gene_id "g97";
+sample4 AUGUSTUS CDS 4930 5539 1 - 0 transcript_id "g97.t1"; gene_id "g97";
+sample4 AUGUSTUS exon 4930 5539 . - . transcript_id "g97.t1"; gene_id "g97";
+sample4 AUGUSTUS intron 5540 6038 1 - . transcript_id "g97.t1"; gene_id "g97";
+sample4 AUGUSTUS CDS 6039 6494 1 - 0 transcript_id "g97.t1"; gene_id "g97";
+sample4 AUGUSTUS exon 6039 6494 . - . transcript_id "g97.t1"; gene_id "g97";
+sample4 AUGUSTUS start_codon 6492 6494 . - 0 transcript_id "g97.t1"; gene_id "g97";