# HG changeset patch
# User genouest
# Date 1693993812 0
# Node ID ac13de10667725f7ce31a611dac4e209eda22a39
# Parent cf241e076f7bca05d9afca507eee042817071f97
planemo upload for repository https://github.com/genouest/galaxy-tools/tree/master/tools/braker commit d6e73c0417506d93c905b4aeb77d92350b662fbb
diff -r cf241e076f7b -r ac13de106677 README.rst
--- a/README.rst Tue Sep 05 09:40:27 2023 +0000
+++ b/README.rst Wed Sep 06 09:50:12 2023 +0000
@@ -1,41 +1,24 @@
-Braker3
+Braker
=======
-This tool is not in IUC because of the license issues with GeneMark and
-ProtHint that makes it impossible to test it using CI.
-
-GeneMark and ProtHint
----------------------
+This tool is not in IUC because of the license issues with GeneMark and ProtHint that makes it impossible to test it using CI.
-Braker requires GeneMark to predict gene, but due to licensing issues, we
-are not allowed to distribute GeneMark automatically.
+GeneMark
+---------
-Braker also requires ProtHint to use protein sequences as hints to predict
-genes, but, again, due to licensing issues, we are not allowed to distribute
-ProtHint automatically.
+Braker can use GeneMark to predict gene, but due to licensing issues, we are not allowed to distribute GeneMark automatically.
-To use Braker3, the Galaxy administrator needs to install
-GeneMark, and set the ``GENEMARK_PATH`` variable on the job destination.
+If you want to use it, the Galaxy administrator needs to install GeneMark, and set the `GENEMARK_PATH` variable on the job destination.
-The only working version of GeneMark to install needs to be downloaded from
-http://topaz.gatech.edu/GeneMark/etp.for_braker.tar.gz
-This archive also contains ProtHint and various other tools in specific versions needed by Braker3.
+ProtHint
+---------
+Braker can use ProtHint to use protein sequences as hints to predict genes, but due to licensing issues, we are not allowed to distribute ProtHint automatically.
-Unzip it, and set the ``GENEMARK_PATH`` variable to point to the extracted ``bin``
-directory.
-
-Also set the ``PROTHINT_PATH`` variable on the job destination, pointing to the extracted
-``bin/gmes/ProtHint/bin/`` directory
+If you want to use it, the Galaxy administrator needs to install ProtHint, and set the `PROTHINT_PATH` variable on the job destination.
Running tests
--------------
-
-Tests require working GeneMark and ProtHint installations, which means
-both GENEMARK_PATH and PROTHINT_PATH are set in job_conf_braker3.xml.
+--------------
-You should then use the ``--job_config_file job_conf_braker3.xml``
-option for planemo commands.
+Tests require working GeneMark and ProtHint installations, which means both GENEMARK_PATH and PROTHINT_PATH are set.
-You should also copy a valid GeneMark license (from
-http://topaz.gatech.edu/GeneMark/license_download.cgi) in
-test-data/gm_key_64.
+You should also copy a valid GeneMark license (from http://topaz.gatech.edu/GeneMark/license_download.cgi) in test-data/genemark_license.gm_key
diff -r cf241e076f7b -r ac13de106677 braker.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/braker.xml Wed Sep 06 09:50:12 2023 +0000
@@ -0,0 +1,159 @@
+
+
+
+ macros.xml
+
+
+
+
+
+ &2 ; exit 1 ; fi &&
+if [ ! -f "\$GENEMARK_PATH/gmes_petap.pl" ] ; then echo "GeneMark is not installed properly on this Galaxy server." >&2 ; exit 1 ; fi &&
+## GeneMark only search for license in ~/.gm_key
+cp '${genemark_license}' ~/.gm_key &&
+
+braker.pl
+--genome '${genome}'
+
+$softmasking
+
+#if $evidences.bam:
+ --bam ${evidences.bam}
+#end if
+
+#if $evidences.prot_seq:
+ --prot_seq ${evidences.prot_seq}
+#end if
+
+## No hints, use esmode
+#if not $evidences.bam and not $evidences.prot_seq
+ --esmode
+#end if
+
+## Both proteins and rnaseq hints, use etpmode
+#if $evidences.bam and $evidences.prot_seq
+ --etpmode
+#end if
+
+#if $output_format == 'gff3'
+ --gff3
+#end if
+
+$genemark.fungus
+
+$augustus.crf
+--rounds $augustus.rounds
+
+$advanced.UTR
+
+$advanced.filterOutShort
+
+#if $advanced.eval:
+ --eval ${advanced.eval}
+#end if
+
+#if $advanced.eval_pseudo:
+ --eval_pseudo ${advanced.eval_pseudo}
+#end if
+
+--cores \${GALAXY_SLOTS:-2}
+ ]]>
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ output_format == 'gtf'
+
+
+ output_format == 'gff3'
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
diff -r cf241e076f7b -r ac13de106677 braker3.xml
--- a/braker3.xml Tue Sep 05 09:40:27 2023 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,203 +0,0 @@
-
- genome annotation
-
- macros.xml
-
-
-
-
-
- &2 ; exit 1 ; fi &&
-if [ ! -f "\$GENEMARK_PATH/gmes/gmes_petap.pl" ] ; then echo "GeneMark is not installed properly on this Galaxy server." >&2 ; exit 1 ; fi &&
-
-## This specific GeneMark version has some tools bundled with it, forced to use it.
-## I feel dirty. Pardon me.
-
-export PATH="\$GENEMARK_PATH/../tools/:\$PATH" &&
-
-## GeneMark only search for license in ~/.gm_key
-cp '${genemark_license}' ~/.gm_key &&
-
-braker.pl
---genome '${genome}'
-
-$softmasking
-
-#if $evidences.bam:
- --bam ${evidences.bam}
-#end if
-
-#if $evidences.prot_seq:
- --prot_seq ${evidences.prot_seq}
-#end if
-
-## No hints, use esmode
-#if not $evidences.bam and not $evidences.prot_seq
- --esmode
-#end if
-
-#if $output_format == 'gff3'
- --gff3
-#end if
-
-$genemark.fungus
-
-$augustus.crf
---rounds $augustus.rounds
-$augustus.AUGUSTUS_ab_initio
-$augustus.keepCrf
-
-$advanced.UTR
-
-$advanced.filterOutShort
-
-#if $advanced.eval:
- --eval ${advanced.eval}
-#end if
-
-#if $advanced.eval_pseudo:
- --eval_pseudo ${advanced.eval_pseudo}
-#end if
-
-#if $species:
- --species '$species'
-#end if
-
-$advanced.alternatives_from_evidence
-
-#if $dev.splice_sites:
- --splice_sites '$dev.splice_sites'
-#end if
-
-#if $dev.min_contig:
- --min_contig $dev.min_contig
-#end if
-
---gc_probability $dev.gc_probability
---downsampling_lambda $dev.downsampling_lambda
-
-#if $dev.gm_max_intergenic:
---gm_max_intergenic $dev.gm_max_intergenic
-#end if
-
---threads \${GALAXY_SLOTS:-2}
-]]>
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
- output_format == 'gtf'
-
-
- output_format == 'gff3'
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
diff -r cf241e076f7b -r ac13de106677 job_conf_braker3.xml
--- a/job_conf_braker3.xml Tue Sep 05 09:40:27 2023 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,20 +0,0 @@
-
-
-
-
-
-
-
-
-
- /home/abretaud/softs/etp.for_braker/bin/
- /home/abretaud/softs/etp.for_braker/bin/gmes/ProtHint/bin/
-
-
- false
-
-
-
-
-
-
diff -r cf241e076f7b -r ac13de106677 macros.xml
--- a/macros.xml Tue Sep 05 09:40:27 2023 +0000
+++ b/macros.xml Wed Sep 06 09:50:12 2023 +0000
@@ -1,10 +1,10 @@
- 3.0.3
- 0
+ 2.1.6
+ 1
- braker3
+ braker2
diff -r cf241e076f7b -r ac13de106677 test-data/SRR7458692.bam
Binary file test-data/SRR7458692.bam has changed
diff -r cf241e076f7b -r ac13de106677 test-data/genome_masked.fa
--- a/test-data/genome_masked.fa Tue Sep 05 09:40:27 2023 +0000
+++ b/test-data/genome_masked.fa Wed Sep 06 09:50:12 2023 +0000
@@ -4313,10104 +4313,7 @@
CATGTCAAGTATTATTATCGAGCAACTACAAACGAAATACAAACATACAT
TTAATTGCCAAGAATGTTCCTAGCCAAACAAATGTCGAAATAATGTCGGG
CCACGGCCAAAGATTTATCATATTCACTCGACTGTCATAAAAAGCAATTA
-GGCCCGGGCGAAAGATACACGACCGGCAGTCCCGAAATGTAATAAAAAaa
-taacaaaatACACCGAAGGGGCGCAGCGAAAGAAGAAAGAAACGATGTGT
-GATTTGAAGTTGTTTCTGGTTTTCGGTTTCGCTTAATGAGTTTGCCGCAC
-AAAAAGTCGCTTCGAGGGAAGCGATTAAAGATTCCACATCCAGTGCGGCA
-CGTCGGGGTTGTTGCTTCTGTAGCGGATGGTCCTGCACCCGAAAAAATAA
-TTTCACTCGAGGCTATCAGAAAATGGTGTAGCGGTGTGGTCCAGATATGC
-CTCCAGATATTGAGTACGCCGTGTCAGTGAATTTGAATTCAAAAAATGTT
-TGAAAACTTTAATTGTTTTCCTCTCTCCTGATGATAACTACTTTGAACGA
-CGGAAAAACGTACTATAAACAAAGTATAATTAAATCTTTTCCATTTGTTA
-TAGAGTACTCTTTACTTAAATAGTTTGAATTTGGCCTAAAAGTTATCAGT
-GATAACTGAGCGTTATTCATCACGTTATTCTTTGGTCGACTTCTTAGATT
-TTTTGGATGGAGTCTAAGTCTGCCTAATTTCAGATTTCAGATAATTTAAT
-TTAAATGAGTGGGACAATTTCTTTAAGTGCAGCGTGTCTCTTGTAATTAG
-TATGCCTGCACACTCGCCGTGCCctgtgccctgtgccctTCGAAATAAAA
-GCGGAAGCGGAGGTCCCCGCGAACAGTTGGCCCTTTGGGACAGAGAAAGG
-CAGGTTCGGTTTGAAGGGCACTCGTCAGCAGAAACGAAAGGTGGGGAGGG
-GCGGCGATACTATCCACGTTCCGATCCGAAAACAAGCGACCTGCCGATTC
-GGATTGGTGTGAAAAGTCCGCCCCATGGCAACTGGCCTTGTTTTTTCCGT
-CTGTTGCATATTTTCACAAGTAATTAACATGTGCCCGACGTTGTCCTTGT
-CCGTAGCCAGGGATCCGGGAAGCCAGCCTGTTCCCGCGCAACTGTCCAAA
-CAGGCTGCCCCGTTGTTGTTCGTCAGCGGGGTAACAAAGCGCTGCCTCCG
-CATTAATTTGCATTATTTTCACATTTAACTTTCAAGCGAGTGCGCCTGCC
-GAAGTTGCACTCTGCCGGCGAGCGGACAGGTGGAGCAGGTGGAACTGAAG
-TGCCACTTCTAATTGTGCGGTGATTGGGGCACGGCTTTGAAAGATTCCGT
-TCGAATGGCTTCCATCGGCAAACACCAACTATCGTCCCTGCCTTGATTGA
-GTTAATAAGGGTTTAGGAATAATTTGATTGGCGTTAATAAAATATTGgta
-aaacatcggtaaaacgTTATGTTGTATGCAAGTTTCACAATGAAGCTACA
-ATAATATGATAATTTGCTTTAGCGAAGATTAGTACCAATAATTTGATTta
-ATTTGAGTCGAAACTTTAAATATCAATTAATTCATTAACCGGGAGGGTAT
-GATTAAAATATGCACCCTGTTGCTAAAATTAAATTTATGGTTTCTGTTGC
-AAAGAATTTTACAGTGATGACAGAATGACGAGAGACACATTTCTGATCAA
-CCTCTCCACCTCAGAAAAGATCTCAAATTTTAAGCAGCAGTTGCATCCAC
-TTACTTTAAAACGACAACTTATAATTTGATCAGTGCTCTCAACATATATC
-CAATTTATTAGATTTCCATGGCACCAATTCGATTTTTACTTTTAAATGGA
-AAATCAAAAAGGGGAGAGAATCCCGGAAAGAGGAGCACTGATTTCTAGAA
-TATTTATTTAGGAACATTTTAATATTGAATTCTTCAAGCCGGAGGAACAT
-GCCACTTACAGTTCAATAGTTTTTACTTAGAAATTACATATCATTGCTAT
-CATTACTTTTCGATCGCTATTCAGTGTTTATTTTATGGCTTTCGATCCCC
-AAACTGTGTTAGGCTTAAGTTTAAATAATATTCCTTCGATTCTAGAACGC
-TGTGCCCTGTTTCATAAACTTACATAGTTCATGGGCGGAAAACTTactta
-ctgactgGCGATGATGCTGCCCCATTGCCCCATTTGGGCCATTTAGTTCG
-CCGTTGATGATAAATTCTGCACTATGGCCCCGGGCGAATGTGCAATAAAA
-TGCTCCCCGCGCTCCGCACAGCAACAAACCTTGCAACATAAATTAAGGCG
-CAAAATGTTTATTTACGCTGCGGGAGGGAGTCGGAGGGAAGTCGGGAGAA
-AGGGGCAAACACGCCGGCTGTTTCCTGCGCAACATTTGCATTTTGACGCC
-GCATTACGCGTGATGTGAGGAGCCCCGGCCACTCGGCTTATCAGCCCAGA
-GAAATCAAACGGCGCAGAAGTCGGCGGAGATTGTGGAGTTGCACGTCCAC
-TGCCCGCAGCATCTTGCAACATTTTGTTTTAATTTCGCACTCTTGAAAAG
-TGGCAGCCGCCACTCGGACGGTTTTTGAATTGGCCAAGTGAATTGCCACG
-GACCACAGCGGCAGGGAATGTAGTAGAGTCCAAGACAGGGAATGGAGCCA
-GCTGCTGGTCGATCTCACCTAGGGAATGGAGTCCATCGCTTTCCTTTCCC
-CTTTGCAATGCTGCAATACCTTAAGATATTTCCTATACTTCGGCTTTAAT
-ttggaaaaaaaaGTAACACTTACTAAGGTAAAATGAAATCTCGTATCTCT
-GCTTAAGTAAAATTAGAATCAGTAGGGAACATTCCAAGTGCTTTGGAATA
-TTAAACTTCATATCATACCAAGAATGATATTTCTCTGCCCTGAATTTATC
-ACTCATTGTCGGTTCATTCAAGTGATTCCTTTTTTAAATATGATTATTGA
-TTATCAATTTCTTTCATGTTGAGTCCCATTCCCCTTGCAACAGAAAACTT
-CACACTCGGCTGTTTTTTCAGGCATTTTTAAAATCAAGGGGCCCACATCA
-AAGGGCATTGCCTAAGAAACGAAGCCAATTGTATCTGCGTCCCAGTGCGT
-GTATACACGTATCTGcatctgtatctgtaGTATATCAGtataTCAATGGC
-CGTATCTGAAGGTGCGAGTTTTGATTGCGTTCGCTCTGTCAGGCAGAGGG
-ACAGAAGGGCGCTTTATTTGATTTCAAGTTATGTTGTTTTTAGTGAGTTC
-CTCTGGCACTCCCCTCCAGGTTTTTTGGCTTTTGTTTGTTGAACTTTGGC
-TGACTAATAGCTGGTGAAGGGGGACCTCCAGGGGAGTGGGGCAGTTATGA
-CGATGCCATAGTTTTTCGAACACATCCGAACATGTGTATTTATTACCGCC
-TGATGCGGGCTGTTTGTTCCCAGCGCCCTGCACCGTGATTTGATTTATTT
-GTACACAGTTTTATGATATTTACATGTCTGCAACTGAGGGTCCATGGTGT
-GGCAAGGAGGGGTTGGTGGCCAGCGGTGCGGCAGGAGCAGCAAATGCAAT
-CTACACCAGTGATTCAATTCTAGGTTCATCGAGTTCGCCTTGCACTTCTT
-CGTTTTGTTCAAGGGTTATACAATAGTAGGTTAAGTTATTATATAAAAAT
-ATGTTATGCGGCTCATAGTACGCCAGTACATAGAAAGCGCTGAGTTTAAA
-ATTTGATTGCCGCTCCGGATTAATTTGTATTTTATTCGATCATAGTAAAT
-GACGTTTTCAAATTAAAGTATAAATTGTGTGTTTTTTGATTGCATTGATG
-GCGTTCTTTCTAAACTATATTTTGGGGTAGTGTAGTATTGCTCCTAAAAC
-TTGTACGTCATGTGATCCGAACGTCAAATATAATAGTTTGAAGTTGAATT
-GCCCACAAAAGAAATGTAAATTATAGGGAAGAGATATTTCAACTTTCGTT
-TGATCTGACGCTTTTAAGTTTGTGGTTTATGTTAGGTTAATAATGCAAAG
-TAATAGTACAGTAATTTATAACTTCAGTTTACATCAGGCTAGTGATTATG
-CTATGCAACCCTGCGCCTGATAATTACAAAAGTAATTGAAGGCAATGATA
-GGAGGCAGTTCCATCCTGTGCCTCGTTATTATTTTGTAAAAGCTTCTGGG
-CCAGACAACTTCCTCTGTAGCGTTTTTCCAGCGATTCCTAAACTGCCGTA
-ATTACGCCTCATTTGGGCTGGCCGCCATTAGCCGCCCGACCCCAATTCCC
-GTCCCGACTCGTATCCCAGGCCGATTCCGAACCAAAGACTCCAAACCCAA
-TCAAGTGCAGCCGTTGAAGATGAGAAGCCCTCCTCCCGGACAGTGCTTAT
-CTATCGCTGCTCATCGACAGTTCCTCGGGGGCTGAACTCTGGCCATTATC
-AATTCATGTCCCGTCATAATTAATAAGGCTCGGGTGGAAATTGGAGGGGA
-AAACCAACACGCAAGACGGCAATCAGTTGGCATTGTGTTGGGTCTtcgga
-tgtgggatatggaatatgtgatagggaatatggaatatgagtttcgggat
-acgggAGTTCTGGTTCTGAAGCCTGAtgtctgaagtctgaggtctgaagt
-ctgGGTGCGACCTTATCGGGCAACAGCTGCCGTTCCAATAAAGGAGCAAT
-CCCCCTCCACACTCCACAGCCGGTTACTTTGGCGATGTCTGTTGTTTGCT
-CAAGCGCTCCTGGCCAATTACAGCTTCCTGTTGTGCGAATTTCCGTCGTT
-CCCCTTTCCATTTGGTGCACGGCGAGAAGGGAGACTACAGTCTTACGAAA
-TTAAATTCGATCATGGCGAATGATACTGTCTAAAGTATTCGCATATTttt
-tttTCCGTGTTCGGATATCCTATTCTGAGTCAGTCGGGTTTTTTATCCAC
-CTACGACccctacgacccctTTGGCAGGAATGAAAACATAACACACGCTC
-AATTTCAAGTGTCGAAATGTCCGACAGCTGAAATAATAGAGTGGAAATGG
-GTGCGCATCGCATCTCCTTCTTTCGGCTTTTAGCCATCCCCGGGGGCCAA
-CGGTAACTAAAGTCTCAGAATAAACAACGCCGGCAAACAATTTATGAAAT
-CATTTTCGCATTAAAAATGCGAGGCCAGGCAAATAAAAAATGGAAAACAT
-AAAGTACAATAACCGACAGCGGCACACATGCGGCCGAGGAGCGAAAACAA
-TTGCAATTGCAGGCAATTTGCTTGATTttctttttttttttCAAATACTC
-GTACCATATTGTTTTTCTTTGAGCAGAAGGTCCGAGGGAGGGTGAATTTT
-GAGCCTGCCAGAGCGTGCCGTGCAACAAGAGAATCCAATTTCGTAGAATT
-TGATTGTCAACTGAAATGACGGAGAAGTCCATAAAGTGACGCAGGACAAT
-CAGTGTTGCCCATTTGGCGGTTTTCTAAGCCATCTACATAGATAACACGT
-TTTGAGTTTCCGATTTAAGTTCCAAATAATGTAGTAAAAAACGTATAAAC
-AAGTCTTTCAGAATATTTGGTATAAGCCAACAGACCTGGGTAATATAAGG
-CTCTATTCAGGATATCCTTTTGAGCCCATCCATGTCTAATCTCTACTTCT
-CGCTTTGTTTCCATTCCAACCTCACTGTGTTAACAATGGAGACAGAGGCA
-GCAGACCCGAGTTCATCGGATTCATAAATACTTGTATTGCCATCCGACGC
-ACAAGTGTCAATTGCAGCTGACACGACAACGGCTCTCGGTTATTAGTTGG
-CCATCAAACGTGCATGACACTTTAGTGGGTTTCTGcttctgcttctccct
-gtacatgTGGCCCCCCGTCTCTTTCTTCCACAGCTacccgtctctttctA
-GGCAGTTTTGGCCAGCAGTTGGGCCAAATTGACGTTCGGTGTTCTCGGTC
-ACCAGGGAGCGAAGTGAATGCGGGTGGGCGGATGTGCAACCATAGAGTGC
-GAAAAGATTCAAAACTATCACTCTATGAAATACGAAATGGCCGCGACTTT
-AATCAGGAACGAACGATATATTTTTCAAGTTGGGTGATTCAACTCATAGA
-TACCCTTTTATatgccctttGACATTATATTAGAAACAAAACACTTTGAA
-AGCTCATTCAAAATTTGAAGTCGAAGTCCATTCACTTAGACGCTATACCT
-CAAATCATTGGAGGTTCGTACTTGGTAAAATGCTAAATTAGTTAAGTAAA
-CGCTGTCATTGTGATAAGAAAGCAGATGAGAATGGTAGTCCGAACAGGTC
-TGTCTCAAGTTCCTTTAGAATTCGAGTCCCGGAGGATTGTCGACAGCACT
-CCCAGATCGCTTAAACAGCTTCAATCACTCTCCCTTCCCATTCCCCGATT
-CATTCAGGTTCAGGGCGCCCACTTAGCCATCCTTCCCTGGCAAATCACCC
-CGCAGCTCCGAGGAACGACTATGAATTCACGGCAATCTGGTAACCGGCAC
-CATCGGATGGGTGGAAGCCCGTGGGGTTTCGTTGAACCGAGTGAAACAGT
-AAAAAGCTGTGCCCAAATTTAGCGGCCGGTTCACTGCACTTCGCCTGTGT
-GtgtgtttgcgtttgagttCGTCTGGAAAAAATGGAAATAAATAAATGCC
-GACACAACTGTCAATTATAGTCGTGGTGCTCGTGGGATCGACTCCGACTG
-AGGCCATACATCCACGAACCACGAACGGCAACAATAGATAGATGCGAGTA
-CGTAGATATTTTATATAAACAGCAGCAGTTCAATTTGTTGATTCGCCGCC
-CGCTTGCCTTTCGATTGATGGCAACGTAGGACGCGGACAGGGACACCCAT
-TTGAAAGAGCCATATGTGGCAGCAAAACTAAGTCCATACACTTGGAGAAA
-GTGGTGTAGAGTTTTCTTTATAATTGAATTATTTAAAGAGGATAGCGTGA
-AACACAGTAATTCACTCATTCAATTCTATTTTCAAGATAATCTCGAAACA
-ACACTTTGTTTACTAATCCGATACTGTAAAAGGACTTACAGCATTTCTTG
-TGGCATCATTTAAtcatttaAAAACGAAATAACATTAGTCGTTTTTGTAG
-CTTGTTGCTTTGTAGTTTAGCTCAGCAAGCTCGACAAACCTAACATTTTT
-TAAAACGCAGACTAAACTTAATCGTTGTTACCGGAGCTATGCCTTACAAA
-CTAAAGGGTTATTGCCAATACCATATACTTATTAGTTTTATCACATGGTA
-GATGAATTAATTATGAATATCTCGTTCAAATTTAATGTCCTCCTGTTGAT
-TAAGAAAAATTATCCGAACAAATACTTATTTCTtttgggcaaacaaaaaa
-aaaaaaacaaaaaaaaaatGGGATAACAAACTTGTTTCCAAAATAGTAAA
-TTCCTTTGCACAAAAGCATTCATTTATAAAATAataaaatAGTtttccaa
-aaattttagtttttgggggAGTGTATTTAGATACGATAATGTGGAATGCA
-ACGTCAAAGTCATTTGTCACGCGCCGGGAACGACAACAACCACGGGCGAT
-GTCAATGAGCGAACAATGAACCGGGCGGGCAAACAAACCGCCCCTGCGCC
-CCGCATCCCCTGGCACCTTTCCACTGCATCGAACCTGAACCGCAGGGAAA
-TAAAAAGCGAGCACTAAATCAACAATTACCAGATAAGCGAACGGCCGGCA
-GTGAGCCCAATTCAAGAGTTCGAACACATCTGCGATTTAAATGTCAGGCT
-CAACACACTTCCGCATTTATTTACAATGCCCCATGAAGTGCAGCGTTCTA
-TGCCTCATTTCAGTTCGTCACCAAACTGGCGAGGCACTCGAAATTAGTGG
-GACAAATGTGAAGGAAAAGGGCGCAGCCAGTTCTGAGCACCGAGGCTCGA
-AGCGAAAGACCCTGCACCCAGAAAAATCCCAGCCAGGAACGCACCAAGCT
-TGGTCGAGAGGGGTTTTAGAAATTAGGTATTGAATGATCATCCAACAATA
-GTAAAGATATTCTTTATAATTGCTGAAAGGAATTGGGTGAAAAATATATA
-TTATGTATTTAAGCTCATATTTACTAAATGAGAAGAAACAACGAAACGCA
-CATTTTCAACCATTTTCCCCGACATTTTGAAATGTTTATTGTAACGAATT
-TGGTATATAATTAACTAGAACATTATATTATCAAAAATTGAACACAATAA
-CGGACGGTGGATACTAATAAATAATTCATATTATTTATTTACTACGATTC
-TAATATAAATAGTTTAAATGTCTCCTTAACTGAGTGGCAAACTAAGAGTG
-AAATCAATATGCACTCAGCAAGGGTATACAAATTACATACAAACAAATCA
-AAAGTTGTTCCGCACATATAAGAAAACAGGGGAATGATAAAAAATTATAA
-GAACCGGGTGCATAAAATGTGTAACTACATATGGAGCTGTAATAAtgtaa
-taatgtaataaaatagtaaGCTCTTTATATCAGCTGTGAAAATAACCATT
-TAAGTAAAATCGTTTGTTTGAGTTCTTTTTCTAATCAGCCTCATTTCCCC
-CTTTTCAAATGCATCATCGTACGCCCCTGGTGATCCCAGCGAACCAACCG
-TTCCGTTCATGAGCAAAACTCCAGGCAGTTTGTAATTTCATGCACTTAAA
-CTCGCATTATGTTCCTCCCTCCCAGATATTTTTTGCTGCGTTCTGTTAAT
-TCGGTTGCTTGTCCGATTttcttttttcccatttggggttattgtttttt
-CCAGCTACGAATCTTTTTCGGTACGTCATCGTTTCCTTGTTTCGTTCTGA
-TATCTCGCTGGAAAAAACCTCGGGCTTAAATTTATATTTGGTATGTTGTG
-TGCCCCTGTCCAATTTGAGGTGTAGTCATTACCCGGGAACTGGGCGAAGG
-GGTGTGCCTGGCCGACTGCGTGCTGCTTTCGTAATTACATTGATGGCGCG
-CAGGGTCCGGACTTTGTCTGCTGGTCTCTCAAATTACAAGCATGAGCACT
-CGGTGCATTTACGGGTTACGGTTAGCAGTTACCCACTTCCCGAACCGAAC
-CCTTTCCCCGTCTCCGTTCCTGGACTGCGTTTAGAATTTAGACGGGGTCC
-CTCACTATTATTAACTGCTTATTAAAAAAGCAGATGAAGAGTTTTTGGGA
-TGCGTTCCTTATGAATCGAGTGGGAATTAATTATAATAATAAATTGAATA
-CAGGCATTAAAAGCTTTTGAAGCGACATCGGGAACAGGTCCAGCTGTGTC
-CTTCAAATATATTACAGACCAGCTGGTAATTGTAACTCAAAAAGTGTATT
-TTTTATAATTGAAAGGTTTTACTGGTTAAAGAGGCGAAGTATATACCTTT
-CAATCCATTTAGCCCAtttactgcttaaagaggcgaagtatatacctttc
-aatccatttagcccattACGAAATCCTTATTTTTAATATGTGTTAATCAT
-TTCGAACCTTCAAATTGTAGTAATTAATTTGACTCGCCCTCTCCAAGCTC
-GATTTCCACAGATCCACTTTAATGTTGTCTTCACGGGCGCACATTTTTCG
-CTACCCAGAAATAACTGCTTGAGGTGACCCATTTCGGTTGCACAGTGCCT
-GCCATTTAGCATTCAccatttgccattcagcattGTGCCAGCTTAACCTC
-ATTTCGAAGCAAATGCTAAAGAATTACATTAAACCCCGAGTGACAAGCCG
-AAATGCAAACgcaaaatcaaagaaaagaaaattaacatGAAGTGAATTTC
-GAAAGGGGGGCGGACGGACACGGGCACAGAcggacggacAGCCGGGAAAA
-ATGCCGGGGGCGGTGGGAAACTTTGGCAAAGAGTCGGGCACGTGCTTATA
-GCGCAGAAATTTGGAAACTTTTGTGTTTCCTCAGAGACCCAAAGAGACAG
-CTAGACGACATGGACGTGACGGACCCAGACCGACAAGCGAAcagacggac
-ggacggataggcggacggtCGACGTAATCATGAGGCAATTTCTTCTGGGC
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-sample GeneMark.hmm3 exon 17296 18284 0 - . transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
-sample GeneMark.hmm3 intron 18285 18377 . - 0 transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
-sample GeneMark.hmm3 CDS 18378 19482 . - 0 transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
-sample GeneMark.hmm3 exon 18378 19482 0 - . transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
-sample GeneMark.hmm3 intron 19483 19637 . - 0 transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
-sample GeneMark.hmm3 CDS 19638 21542 . - 0 transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
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-sample AUGUSTUS intron 40397 40658 1 + . transcript_id "g6.t1"; gene_id "g6";
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-sample AUGUSTUS gene 42754 44130 . + . g7
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-sample AUGUSTUS CDS 43116 43311 1 + 2 transcript_id "g7.t1"; gene_id "g7";
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-sample AUGUSTUS CDS 43372 43609 1 + 1 transcript_id "g7.t1"; gene_id "g7";
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-sample AUGUSTUS gene 45527 47339 . - . g8
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-sample AUGUSTUS CDS 46214 46330 1 - 1 transcript_id "g8.t1"; gene_id "g8";
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-sample AUGUSTUS gene 56484 56885 . - . g9
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-sample AUGUSTUS gene 57390 69736 . - . g10
-sample AUGUSTUS transcript 57390 69736 0.52 - . g10.t1
-sample AUGUSTUS stop_codon 57390 57392 . - 0 transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
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-sample AUGUSTUS exon 57390 57581 . - . transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
-sample AUGUSTUS intron 57582 59048 0.93 - . transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
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-sample AUGUSTUS intron 59247 60229 0.97 - . transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
-sample AUGUSTUS CDS 60230 60381 0.86 - 2 transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
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-sample AUGUSTUS CDS 69427 69478 1 - 0 transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
-sample AUGUSTUS exon 69427 69478 . - . transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
-sample AUGUSTUS intron 69479 69538 1 - . transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
-sample AUGUSTUS CDS 69539 69736 0.65 - 0 transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
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-sample AUGUSTUS gene 79532 95583 . + . g11
-sample AUGUSTUS transcript 79532 95583 0.3 + . g11.t1
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-sample AUGUSTUS intron 80475 94562 0.7 + . transcript_id "g11.t1"; gene_id "g11";
-sample AUGUSTUS CDS 94563 94732 1 + 2 transcript_id "g11.t1"; gene_id "g11";
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-sample AUGUSTUS intron 94733 94872 1 + . transcript_id "g11.t1"; gene_id "g11";
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-sample AUGUSTUS gene 95635 102130 . + . g12
-sample AUGUSTUS transcript 95635 102130 0.28 + . g12.t1
-sample AUGUSTUS start_codon 95635 95637 . + 0 transcript_id "g12.t1"; gene_id "g12";
-sample AUGUSTUS CDS 95635 95748 0.75 + 0 transcript_id "g12.t1"; gene_id "g12";
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-sample AUGUSTUS intron 95749 100931 0.54 + . transcript_id "g12.t1"; gene_id "g12";
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-sample AUGUSTUS intron 101094 102052 0.7 + . transcript_id "g12.t1"; gene_id "g12";
-sample AUGUSTUS CDS 102053 102130 0.7 + 0 transcript_id "g12.t1"; gene_id "g12";
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-sample AUGUSTUS gene 102510 111303 . - . g13
-sample AUGUSTUS transcript 102510 111303 0.51 - . g13.t1
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-sample AUGUSTUS intron 103152 103228 0.99 - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
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-sample AUGUSTUS CDS 103505 103835 0.56 - 1 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
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-sample AUGUSTUS intron 103836 104037 0.56 - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
-sample AUGUSTUS CDS 104038 104075 0.65 - 0 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
-sample AUGUSTUS exon 104038 104075 . - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
-sample AUGUSTUS intron 104076 104143 0.65 - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
-sample AUGUSTUS CDS 104144 104813 0.8 - 1 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
-sample AUGUSTUS exon 104144 104813 . - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
-sample AUGUSTUS intron 104814 106068 0.99 - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
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-sample AUGUSTUS CDS 106862 106972 0.98 - 1 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
-sample AUGUSTUS exon 106862 106972 . - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
-sample AUGUSTUS intron 106973 107029 0.98 - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
-sample AUGUSTUS CDS 107030 107069 1 - 2 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
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-sample AUGUSTUS intron 107070 107897 1 - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
-sample AUGUSTUS CDS 107898 107963 0.99 - 2 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
-sample AUGUSTUS exon 107898 107963 . - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
-sample AUGUSTUS intron 107964 108532 0.98 - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
-sample AUGUSTUS CDS 108533 108601 0.99 - 2 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
-sample AUGUSTUS exon 108533 108601 . - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
-sample AUGUSTUS intron 108602 111230 0.98 - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
-sample AUGUSTUS CDS 111231 111303 0.99 - 0 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
-sample AUGUSTUS exon 111231 111303 . - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
-sample AUGUSTUS start_codon 111301 111303 . - 0 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
-sample AUGUSTUS gene 115274 125239 . + . g14
-sample AUGUSTUS transcript 115274 125239 0.37 + . g14.t1
-sample AUGUSTUS start_codon 115274 115276 . + 0 transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
-sample AUGUSTUS CDS 115274 115628 0.92 + 0 transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
-sample AUGUSTUS exon 115274 115628 . + . transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
-sample AUGUSTUS intron 115629 122976 0.75 + . transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
-sample AUGUSTUS CDS 122977 123031 0.94 + 2 transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
-sample AUGUSTUS exon 122977 123031 . + . transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
-sample AUGUSTUS intron 123032 123106 1 + . transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
-sample AUGUSTUS CDS 123107 123215 1 + 1 transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
-sample AUGUSTUS exon 123107 123215 . + . transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
-sample AUGUSTUS intron 123216 123257 0.99 + . transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
-sample AUGUSTUS CDS 123258 123374 0.99 + 0 transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
-sample AUGUSTUS exon 123258 123374 . + . transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
-sample AUGUSTUS intron 123375 125227 0.45 + . transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
-sample AUGUSTUS CDS 125228 125239 0.46 + 0 transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
-sample AUGUSTUS exon 125228 125239 . + . transcript_id "g14.t1"; gene_id "g14";
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-sample AUGUSTUS gene 133134 136346 . + . g15
-sample AUGUSTUS transcript 133134 136346 0.94 + . g15.t1
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-sample AUGUSTUS CDS 133134 133142 0.99 + 0 transcript_id "g15.t1"; gene_id "g15";
-sample AUGUSTUS exon 133134 133142 . + . transcript_id "g15.t1"; gene_id "g15";
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-sample AUGUSTUS CDS 133209 134539 1 + 0 transcript_id "g15.t1"; gene_id "g15";
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-sample AUGUSTUS exon 134602 135510 . + . transcript_id "g15.t1"; gene_id "g15";
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-sample AUGUSTUS CDS 135569 136346 1 + 1 transcript_id "g15.t1"; gene_id "g15";
-sample AUGUSTUS exon 135569 136346 . + . transcript_id "g15.t1"; gene_id "g15";
-sample AUGUSTUS stop_codon 136344 136346 . + 0 transcript_id "g15.t1"; gene_id "g15";
-sample AUGUSTUS gene 144294 164495 . + . g16
-sample AUGUSTUS transcript 144294 164495 0.7 + . g16.t1
-sample AUGUSTUS start_codon 144294 144296 . + 0 transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
-sample AUGUSTUS CDS 144294 144551 0.72 + 0 transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
-sample AUGUSTUS exon 144294 144551 . + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
-sample AUGUSTUS intron 144552 149011 0.99 + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
-sample AUGUSTUS CDS 149012 149244 1 + 0 transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
-sample AUGUSTUS exon 149012 149244 . + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
-sample AUGUSTUS intron 149245 149366 1 + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
-sample AUGUSTUS CDS 149367 149588 1 + 1 transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
-sample AUGUSTUS exon 149367 149588 . + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
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-sample AUGUSTUS CDS 149654 149897 1 + 1 transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
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-sample AUGUSTUS intron 149898 149951 1 + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
-sample AUGUSTUS CDS 149952 150099 1 + 0 transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
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-sample AUGUSTUS intron 150100 152313 1 + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
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-sample AUGUSTUS intron 152752 153260 0.96 + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
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-sample AUGUSTUS gene 167121 171473 . + . g17
-sample AUGUSTUS transcript 167121 171473 0.97 + . g17.t1
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-sample AUGUSTUS intron 168361 168721 1 + . transcript_id "g17.t1"; gene_id "g17";
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-sample AUGUSTUS exon 168722 169208 . + . transcript_id "g17.t1"; gene_id "g17";
-sample AUGUSTUS intron 169209 171394 1 + . transcript_id "g17.t1"; gene_id "g17";
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-sample AUGUSTUS gene 176699 178889 . - . g18
-sample AUGUSTUS transcript 176699 178889 0.68 - . g18.t1
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-sample AUGUSTUS exon 176699 176824 . - . transcript_id "g18.t1"; gene_id "g18";
-sample AUGUSTUS intron 176825 176886 1 - . transcript_id "g18.t1"; gene_id "g18";
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-sample AUGUSTUS exon 176887 177172 . - . transcript_id "g18.t1"; gene_id "g18";
-sample AUGUSTUS intron 177173 178872 1 - . transcript_id "g18.t1"; gene_id "g18";
-sample AUGUSTUS CDS 178873 178889 0.69 - 0 transcript_id "g18.t1"; gene_id "g18";
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-sample AUGUSTUS gene 180028 180825 . - . g19
-sample AUGUSTUS transcript 180028 180825 0.91 - . g19.t1
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-sample AUGUSTUS gene 183489 187380 . - . g20
-sample AUGUSTUS transcript 183489 187380 0.99 - . g20.t1
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-sample AUGUSTUS intron 183644 183709 1 - . transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
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-sample AUGUSTUS CDS 183921 184054 1 - 1 transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
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-sample AUGUSTUS CDS 186057 186178 1 - 0 transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
-sample AUGUSTUS exon 186057 186178 . - . transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
-sample AUGUSTUS intron 186179 186323 1 - . transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
-sample AUGUSTUS CDS 186324 186442 1 - 2 transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
-sample AUGUSTUS exon 186324 186442 . - . transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
-sample AUGUSTUS intron 186443 187313 1 - . transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
-sample AUGUSTUS CDS 187314 187380 0.99 - 0 transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
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-sample AUGUSTUS gene 192004 194669 . + . g21
-sample AUGUSTUS transcript 192004 194669 0.75 + . g21.t1
-sample AUGUSTUS start_codon 192004 192006 . + 0 transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
-sample AUGUSTUS CDS 192004 192067 0.75 + 0 transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
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-sample AUGUSTUS intron 192068 193548 1 + . transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
-sample AUGUSTUS CDS 193549 193658 1 + 2 transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
-sample AUGUSTUS exon 193549 193658 . + . transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
-sample AUGUSTUS intron 193659 194040 1 + . transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
-sample AUGUSTUS CDS 194041 194455 1 + 0 transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
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-sample AUGUSTUS intron 194456 194517 1 + . transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
-sample AUGUSTUS CDS 194518 194669 1 + 2 transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
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-sample GeneMark.hmm3 transcript 193500 194669 . + . g21.t2
-sample GeneMark.hmm3 start_codon 193500 193502 . + 0 transcript_id "g21.t2"; gene_id "g21";
-sample GeneMark.hmm3 CDS 193500 193658 . + 0 transcript_id "g21.t2"; gene_id "g21";
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-sample GeneMark.hmm3 CDS 194041 194455 . + 0 transcript_id "g21.t2"; gene_id "g21";
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-sample GeneMark.hmm3 CDS 194518 194669 . + 2 transcript_id "g21.t2"; gene_id "g21";
-sample GeneMark.hmm3 exon 194518 194669 0 + . transcript_id "g21.t2"; gene_id "g21";
-sample GeneMark.hmm3 stop_codon 194667 194669 . + 0 transcript_id "g21.t2"; gene_id "g21";
-sample AUGUSTUS gene 208597 210483 . - . g22
-sample AUGUSTUS transcript 208597 210483 0.96 - . g22.t1
-sample AUGUSTUS stop_codon 208597 208599 . - 0 transcript_id "g22.t1"; gene_id "g22";
-sample AUGUSTUS CDS 208597 208813 1 - 1 transcript_id "g22.t1"; gene_id "g22";
-sample AUGUSTUS exon 208597 208813 . - . transcript_id "g22.t1"; gene_id "g22";
-sample AUGUSTUS intron 208814 209047 1 - . transcript_id "g22.t1"; gene_id "g22";
-sample AUGUSTUS CDS 209048 210483 0.96 - 0 transcript_id "g22.t1"; gene_id "g22";
-sample AUGUSTUS exon 209048 210483 . - . transcript_id "g22.t1"; gene_id "g22";
-sample AUGUSTUS start_codon 210481 210483 . - 0 transcript_id "g22.t1"; gene_id "g22";
-sample AUGUSTUS gene 213085 214811 . - . g23
-sample AUGUSTUS transcript 213085 214811 0.22 - . g23.t1
-sample AUGUSTUS stop_codon 213085 213087 . - 0 transcript_id "g23.t1"; gene_id "g23";
-sample AUGUSTUS CDS 213085 213306 0.92 - 0 transcript_id "g23.t1"; gene_id "g23";
-sample AUGUSTUS exon 213085 213306 . - . transcript_id "g23.t1"; gene_id "g23";
-sample AUGUSTUS intron 213307 214670 0.92 - . transcript_id "g23.t1"; gene_id "g23";
-sample AUGUSTUS CDS 214671 214811 0.22 - 0 transcript_id "g23.t1"; gene_id "g23";
-sample AUGUSTUS exon 214671 214811 . - . transcript_id "g23.t1"; gene_id "g23";
-sample AUGUSTUS start_codon 214809 214811 . - 0 transcript_id "g23.t1"; gene_id "g23";
-sample AUGUSTUS gene 247941 253489 . + . g24
-sample AUGUSTUS transcript 247941 253489 0.82 + . g24.t1
-sample AUGUSTUS start_codon 247941 247943 . + 0 transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
-sample AUGUSTUS CDS 247941 248171 0.99 + 0 transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
-sample AUGUSTUS exon 247941 248171 . + . transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
-sample AUGUSTUS intron 248172 248225 1 + . transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
-sample AUGUSTUS CDS 248226 248260 0.88 + 0 transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
-sample AUGUSTUS exon 248226 248260 . + . transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
-sample AUGUSTUS intron 248261 248312 0.87 + . transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
-sample AUGUSTUS CDS 248313 248429 0.98 + 1 transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
-sample AUGUSTUS exon 248313 248429 . + . transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
-sample AUGUSTUS intron 248430 253419 0.96 + . transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
-sample AUGUSTUS CDS 253420 253489 0.96 + 1 transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
-sample AUGUSTUS exon 253420 253489 . + . transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
-sample AUGUSTUS stop_codon 253487 253489 . + 0 transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
-sample AUGUSTUS gene 273844 275247 . + . g25
-sample AUGUSTUS transcript 273844 275247 0.41 + . g25.t1
-sample AUGUSTUS start_codon 273844 273846 . + 0 transcript_id "g25.t1"; gene_id "g25";
-sample AUGUSTUS CDS 273844 275247 0.41 + 0 transcript_id "g25.t1"; gene_id "g25";
-sample AUGUSTUS exon 273844 275247 . + . transcript_id "g25.t1"; gene_id "g25";
-sample AUGUSTUS stop_codon 275245 275247 . + 0 transcript_id "g25.t1"; gene_id "g25";
-sample AUGUSTUS gene 279082 282365 . - . g26
-sample AUGUSTUS transcript 279082 282365 0.97 - . g26.t1
-sample AUGUSTUS stop_codon 279082 279084 . - 0 transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
-sample AUGUSTUS CDS 279082 279253 1 - 1 transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
-sample AUGUSTUS exon 279082 279253 . - . transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
-sample AUGUSTUS intron 279254 279728 1 - . transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
-sample AUGUSTUS CDS 279729 279797 1 - 1 transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
-sample AUGUSTUS exon 279729 279797 . - . transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
-sample AUGUSTUS intron 279798 279922 1 - . transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
-sample AUGUSTUS CDS 279923 279949 1 - 1 transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
-sample AUGUSTUS exon 279923 279949 . - . transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
-sample AUGUSTUS intron 279950 280227 1 - . transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
-sample AUGUSTUS CDS 280228 280375 1 - 2 transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
-sample AUGUSTUS exon 280228 280375 . - . transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
-sample AUGUSTUS intron 280376 280550 1 - . transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
-sample AUGUSTUS CDS 280551 280656 0.99 - 0 transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
-sample AUGUSTUS exon 280551 280656 . - . transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
-sample AUGUSTUS intron 280657 281008 0.97 - . transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
-sample AUGUSTUS CDS 281009 281282 1 - 1 transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
-sample AUGUSTUS exon 281009 281282 . - . transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
-sample AUGUSTUS intron 281283 282297 1 - . transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
-sample AUGUSTUS CDS 282298 282365 1 - 0 transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
-sample AUGUSTUS exon 282298 282365 . - . transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
-sample AUGUSTUS start_codon 282363 282365 . - 0 transcript_id "g26.t1"; gene_id "g26";
-sample AUGUSTUS gene 291438 299620 . - . g27
-sample AUGUSTUS transcript 291438 299620 0.83 - . g27.t1
-sample AUGUSTUS stop_codon 291438 291440 . - 0 transcript_id "g27.t1"; gene_id "g27";
-sample AUGUSTUS CDS 291438 291524 0.97 - 0 transcript_id "g27.t1"; gene_id "g27";
-sample AUGUSTUS exon 291438 291524 . - . transcript_id "g27.t1"; gene_id "g27";
-sample AUGUSTUS intron 291525 298411 0.83 - . transcript_id "g27.t1"; gene_id "g27";
-sample AUGUSTUS CDS 298412 299620 0.83 - 0 transcript_id "g27.t1"; gene_id "g27";
-sample AUGUSTUS exon 298412 299620 . - . transcript_id "g27.t1"; gene_id "g27";
-sample AUGUSTUS start_codon 299618 299620 . - 0 transcript_id "g27.t1"; gene_id "g27";
-sample AUGUSTUS gene 309405 309879 . + . g28
-sample AUGUSTUS transcript 309405 309879 0.7 + . g28.t1
-sample AUGUSTUS start_codon 309405 309407 . + 0 transcript_id "g28.t1"; gene_id "g28";
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-sample AUGUSTUS exon 309405 309421 . + . transcript_id "g28.t1"; gene_id "g28";
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-sample AUGUSTUS gene 411785 414072 . - . g42
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-sample AUGUSTUS CDS 413728 414072 1 - 0 transcript_id "g42.t1"; gene_id "g42";
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-sample AUGUSTUS gene 428479 429748 . - . g43
-sample AUGUSTUS transcript 428479 429748 0.77 - . g43.t1
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-sample AUGUSTUS gene 444429 445393 . - . g44
-sample AUGUSTUS transcript 444429 445393 0.98 - . g44.t1
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-sample AUGUSTUS gene 446127 447711 . + . g45
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-sample AUGUSTUS exon 446127 446275 . + . transcript_id "g45.t1"; gene_id "g45";
-sample AUGUSTUS intron 446276 446338 1 + . transcript_id "g45.t1"; gene_id "g45";
-sample AUGUSTUS CDS 446339 446553 0.99 + 1 transcript_id "g45.t1"; gene_id "g45";
-sample AUGUSTUS exon 446339 446553 . + . transcript_id "g45.t1"; gene_id "g45";
-sample AUGUSTUS intron 446554 446618 0.97 + . transcript_id "g45.t1"; gene_id "g45";
-sample AUGUSTUS CDS 446619 446926 0.71 + 2 transcript_id "g45.t1"; gene_id "g45";
-sample AUGUSTUS exon 446619 446926 . + . transcript_id "g45.t1"; gene_id "g45";
-sample AUGUSTUS intron 446927 446982 0.74 + . transcript_id "g45.t1"; gene_id "g45";
-sample AUGUSTUS CDS 446983 447105 0.95 + 0 transcript_id "g45.t1"; gene_id "g45";
-sample AUGUSTUS exon 446983 447105 . + . transcript_id "g45.t1"; gene_id "g45";
-sample AUGUSTUS intron 447106 447168 0.96 + . transcript_id "g45.t1"; gene_id "g45";
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-sample AUGUSTUS gene 448259 449551 . - . g46
-sample AUGUSTUS transcript 448259 449551 1 - . g46.t1
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-sample AUGUSTUS gene 450575 450829 . + . g47
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-sample AUGUSTUS gene 452690 453334 . + . g48
-sample AUGUSTUS transcript 452690 453334 0.85 + . g48.t1
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-sample AUGUSTUS gene 454412 457661 . - . g49
-sample AUGUSTUS transcript 454412 457661 0.55 - . g49.t1
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-sample AUGUSTUS CDS 454412 454610 0.93 - 1 transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
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-sample AUGUSTUS intron 454611 454696 0.93 - . transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
-sample AUGUSTUS CDS 454697 455256 0.93 - 0 transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
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-sample AUGUSTUS intron 455257 456126 0.93 - . transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
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-sample AUGUSTUS intron 456249 456441 0.71 - . transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
-sample AUGUSTUS CDS 456442 457045 0.89 - 0 transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
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-sample AUGUSTUS intron 457046 457412 1 - . transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
-sample AUGUSTUS CDS 457413 457661 0.88 - 0 transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
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-sample GeneMark.hmm3 transcript 454412 457592 . - . g49.t2
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-sample GeneMark.hmm3 intron 455257 456126 . - 2 transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
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-sample GeneMark.hmm3 intron 456249 456441 . - 0 transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
-sample GeneMark.hmm3 CDS 456442 457045 . - 0 transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
-sample GeneMark.hmm3 exon 456442 457045 0 - . transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
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-sample AUGUSTUS gene 459062 462454 . + . g50
-sample AUGUSTUS transcript 459062 462454 1 + . g50.t1
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-sample AUGUSTUS CDS 459191 459594 1 + 1 transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
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-sample AUGUSTUS CDS 459805 460154 1 + 2 transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
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-sample AUGUSTUS intron 460155 460212 1 + . transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
-sample AUGUSTUS CDS 460213 461658 1 + 0 transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
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-sample AUGUSTUS intron 461659 461725 1 + . transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
-sample AUGUSTUS CDS 461726 462148 1 + 0 transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
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-sample AUGUSTUS intron 462149 462262 1 + . transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
-sample AUGUSTUS CDS 462263 462454 1 + 0 transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
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-sample AUGUSTUS stop_codon 462452 462454 . + 0 transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
-sample AUGUSTUS gene 462819 463679 . - . g51
-sample AUGUSTUS transcript 462819 463679 0.48 - . g51.t1
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-sample AUGUSTUS intron 463033 463292 0.74 - . transcript_id "g51.t1"; gene_id "g51";
-sample AUGUSTUS CDS 463293 463593 0.55 - 2 transcript_id "g51.t1"; gene_id "g51";
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-sample AUGUSTUS intron 463594 463651 0.73 - . transcript_id "g51.t1"; gene_id "g51";
-sample AUGUSTUS CDS 463652 463679 0.66 - 0 transcript_id "g51.t1"; gene_id "g51";
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-sample AUGUSTUS start_codon 463677 463679 . - 0 transcript_id "g51.t1"; gene_id "g51";
-sample AUGUSTUS gene 464311 466939 . - . g52
-sample AUGUSTUS transcript 464311 466939 0.65 - . g52.t1
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-sample AUGUSTUS intron 464577 464632 1 - . transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
-sample AUGUSTUS CDS 464633 464814 1 - 1 transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
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-sample AUGUSTUS intron 464815 464873 1 - . transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
-sample AUGUSTUS CDS 464874 465617 1 - 1 transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
-sample AUGUSTUS exon 464874 465617 . - . transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
-sample AUGUSTUS intron 465618 465911 1 - . transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
-sample AUGUSTUS CDS 465912 466039 0.93 - 0 transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
-sample AUGUSTUS exon 465912 466039 . - . transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
-sample AUGUSTUS intron 466040 466747 0.81 - . transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
-sample AUGUSTUS CDS 466748 466939 0.71 - 0 transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
-sample AUGUSTUS exon 466748 466939 . - . transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
-sample AUGUSTUS start_codon 466937 466939 . - 0 transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
-sample AUGUSTUS gene 469730 472415 . - . g53
-sample AUGUSTUS transcript 469730 472415 0.21 - . g53.t1
-sample AUGUSTUS stop_codon 469730 469732 . - 0 transcript_id "g53.t1"; gene_id "g53";
-sample AUGUSTUS CDS 469730 470658 0.75 - 2 transcript_id "g53.t1"; gene_id "g53";
-sample AUGUSTUS exon 469730 470658 . - . transcript_id "g53.t1"; gene_id "g53";
-sample AUGUSTUS intron 470659 472336 0.21 - . transcript_id "g53.t1"; gene_id "g53";
-sample AUGUSTUS CDS 472337 472415 0.21 - 0 transcript_id "g53.t1"; gene_id "g53";
-sample AUGUSTUS exon 472337 472415 . - . transcript_id "g53.t1"; gene_id "g53";
-sample AUGUSTUS start_codon 472413 472415 . - 0 transcript_id "g53.t1"; gene_id "g53";
-sample GeneMark.hmm3 gene 469730 477951 . - . g54
-sample GeneMark.hmm3 transcript 469730 477951 . - . g54.t1
-sample GeneMark.hmm3 stop_codon 469730 469732 . - 0 transcript_id "g54.t1"; gene_id "g54";
-sample GeneMark.hmm3 CDS 469730 470674 . - 0 transcript_id "g54.t1"; gene_id "g54";
-sample GeneMark.hmm3 exon 469730 470674 0 - . transcript_id "g54.t1"; gene_id "g54";
-sample GeneMark.hmm3 intron 470675 477843 . - 0 transcript_id "g54.t1"; gene_id "g54";
-sample GeneMark.hmm3 CDS 477844 477951 . - 0 transcript_id "g54.t1"; gene_id "g54";
-sample GeneMark.hmm3 exon 477844 477951 0 - . transcript_id "g54.t1"; gene_id "g54";
-sample GeneMark.hmm3 start_codon 477949 477951 . - 0 transcript_id "g54.t1"; gene_id "g54";
-sample AUGUSTUS gene 479876 481823 . + . g55
-sample AUGUSTUS transcript 479876 481823 0.53 + . g55.t1
-sample AUGUSTUS start_codon 479876 479878 . + 0 transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
-sample AUGUSTUS CDS 479876 480089 1 + 0 transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
-sample AUGUSTUS exon 479876 480089 . + . transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
-sample AUGUSTUS intron 480090 480294 1 + . transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
-sample AUGUSTUS CDS 480295 481339 0.9 + 2 transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
-sample AUGUSTUS exon 480295 481339 . + . transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
-sample AUGUSTUS intron 481340 481393 1 + . transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
-sample AUGUSTUS CDS 481394 481823 0.58 + 1 transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
-sample AUGUSTUS exon 481394 481823 . + . transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
-sample AUGUSTUS stop_codon 481821 481823 . + 0 transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
-sample AUGUSTUS gene 481882 483023 . - . g56
-sample AUGUSTUS transcript 481882 483023 1 - . g56.t1
-sample AUGUSTUS stop_codon 481882 481884 . - 0 transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
-sample AUGUSTUS CDS 481882 482039 1 - 2 transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
-sample AUGUSTUS exon 481882 482039 . - . transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
-sample AUGUSTUS intron 482040 482101 1 - . transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
-sample AUGUSTUS CDS 482102 482358 1 - 1 transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
-sample AUGUSTUS exon 482102 482358 . - . transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
-sample AUGUSTUS intron 482359 482667 1 - . transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
-sample AUGUSTUS CDS 482668 483023 1 - 0 transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
-sample AUGUSTUS exon 482668 483023 . - . transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
-sample AUGUSTUS start_codon 483021 483023 . - 0 transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
-sample AUGUSTUS gene 483985 484545 . + . g57
-sample AUGUSTUS transcript 483985 484545 1 + . g57.t1
-sample AUGUSTUS start_codon 483985 483987 . + 0 transcript_id "g57.t1"; gene_id "g57";
-sample AUGUSTUS CDS 483985 484545 1 + 0 transcript_id "g57.t1"; gene_id "g57";
-sample AUGUSTUS exon 483985 484545 . + . transcript_id "g57.t1"; gene_id "g57";
-sample AUGUSTUS stop_codon 484543 484545 . + 0 transcript_id "g57.t1"; gene_id "g57";
-sample AUGUSTUS gene 484891 485565 . - . g58
-sample AUGUSTUS transcript 484891 485565 1 - . g58.t1
-sample AUGUSTUS stop_codon 484891 484893 . - 0 transcript_id "g58.t1"; gene_id "g58";
-sample AUGUSTUS CDS 484891 485565 1 - 0 transcript_id "g58.t1"; gene_id "g58";
-sample AUGUSTUS exon 484891 485565 . - . transcript_id "g58.t1"; gene_id "g58";
-sample AUGUSTUS start_codon 485563 485565 . - 0 transcript_id "g58.t1"; gene_id "g58";
-sample AUGUSTUS gene 491960 494260 . + . g59
-sample AUGUSTUS transcript 491960 494260 0.64 + . g59.t1
-sample AUGUSTUS start_codon 491960 491962 . + 0 transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
-sample AUGUSTUS CDS 491960 492057 0.64 + 0 transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
-sample AUGUSTUS exon 491960 492057 . + . transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
-sample AUGUSTUS intron 492058 493172 1 + . transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
-sample AUGUSTUS CDS 493173 493452 1 + 1 transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
-sample AUGUSTUS exon 493173 493452 . + . transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
-sample AUGUSTUS intron 493453 493540 1 + . transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
-sample AUGUSTUS CDS 493541 493621 1 + 0 transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
-sample AUGUSTUS exon 493541 493621 . + . transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
-sample AUGUSTUS intron 493622 493682 1 + . transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
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-sample AUGUSTUS exon 493683 493822 . + . transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
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-sample AUGUSTUS CDS 627927 628231 0.79 - 0 transcript_id "g80.t1"; gene_id "g80";
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-sample AUGUSTUS gene 633872 636343 . - . g81
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-sample AUGUSTUS exon 633991 634146 . - . transcript_id "g81.t1"; gene_id "g81";
-sample AUGUSTUS intron 634147 634507 0.85 - . transcript_id "g81.t1"; gene_id "g81";
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-sample AUGUSTUS intron 634713 635127 1 - . transcript_id "g81.t1"; gene_id "g81";
-sample AUGUSTUS CDS 635128 635353 1 - 2 transcript_id "g81.t1"; gene_id "g81";
-sample AUGUSTUS exon 635128 635353 . - . transcript_id "g81.t1"; gene_id "g81";
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-sample AUGUSTUS gene 695981 696998 . - . g89
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-sample AUGUSTUS transcript 701680 706445 1 + . g92.t1
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-sample AUGUSTUS exon 702726 702738 . + . transcript_id "g92.t1"; gene_id "g92";
-sample AUGUSTUS intron 702739 702960 1 + . transcript_id "g92.t1"; gene_id "g92";
-sample AUGUSTUS CDS 702961 703967 1 + 2 transcript_id "g92.t1"; gene_id "g92";
-sample AUGUSTUS exon 702961 703967 . + . transcript_id "g92.t1"; gene_id "g92";
-sample AUGUSTUS intron 703968 704029 1 + . transcript_id "g92.t1"; gene_id "g92";
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-sample AUGUSTUS exon 704030 704178 . + . transcript_id "g92.t1"; gene_id "g92";
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-sample AUGUSTUS CDS 705324 705462 1 + 1 transcript_id "g92.t1"; gene_id "g92";
-sample AUGUSTUS exon 705324 705462 . + . transcript_id "g92.t1"; gene_id "g92";
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-sample AUGUSTUS CDS 705538 705741 1 + 0 transcript_id "g92.t1"; gene_id "g92";
-sample AUGUSTUS exon 705538 705741 . + . transcript_id "g92.t1"; gene_id "g92";
-sample AUGUSTUS intron 705742 705806 1 + . transcript_id "g92.t1"; gene_id "g92";
-sample AUGUSTUS CDS 705807 705992 1 + 0 transcript_id "g92.t1"; gene_id "g92";
-sample AUGUSTUS exon 705807 705992 . + . transcript_id "g92.t1"; gene_id "g92";
-sample AUGUSTUS intron 705993 706052 1 + . transcript_id "g92.t1"; gene_id "g92";
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-sample AUGUSTUS intron 706203 706265 1 + . transcript_id "g92.t1"; gene_id "g92";
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-sample AUGUSTUS gene 707157 710057 . - . g93
-sample AUGUSTUS transcript 707157 710057 1 - . g93.t1
-sample AUGUSTUS stop_codon 707157 707159 . - 0 transcript_id "g93.t1"; gene_id "g93";
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-sample AUGUSTUS start_codon 710055 710057 . - 0 transcript_id "g93.t1"; gene_id "g93";
-sample AUGUSTUS gene 710985 715813 . + . g94
-sample AUGUSTUS transcript 710985 715813 0.66 + . g94.t1
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-sample AUGUSTUS exon 710985 711079 . + . transcript_id "g94.t1"; gene_id "g94";
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-sample AUGUSTUS exon 713471 713597 . + . transcript_id "g94.t1"; gene_id "g94";
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+sample AUGUSTUS intron 80475 87860 0.49 + . transcript_id "file_1_g14.t1"; gene_id "file_1_g14";
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+sample AUGUSTUS intron 95334 95584 0.51 + . transcript_id "file_1_g14.t1"; gene_id "file_1_g14";
+sample AUGUSTUS CDS 95585 95762 0.35 + 1 transcript_id "file_1_g14.t1"; gene_id "file_1_g14";
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+sample AUGUSTUS start_codon 210481 210483 . - 0 transcript_id "file_1_g24.t1"; gene_id "file_1_g24";
+sample AUGUSTUS gene 209044 210483 0.38 - . g24
+sample AUGUSTUS transcript 209044 210483 0.38 - . g24.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 2126 2128 . + 0 transcript_id "file_1_g2.t1"; gene_id "file_1_g2";
+sample AUGUSTUS CDS 2126 2199 1 + 0 transcript_id "file_1_g2.t1"; gene_id "file_1_g2";
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+sample AUGUSTUS intron 2200 2257 1 + . transcript_id "file_1_g2.t1"; gene_id "file_1_g2";
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+sample AUGUSTUS exon 2258 3224 . + . transcript_id "file_1_g2.t1"; gene_id "file_1_g2";
+sample AUGUSTUS intron 3225 3283 0.29 + . transcript_id "file_1_g2.t1"; gene_id "file_1_g2";
+sample AUGUSTUS CDS 3284 3512 0.16 + 0 transcript_id "file_1_g2.t1"; gene_id "file_1_g2";
+sample AUGUSTUS exon 3284 3512 . + . transcript_id "file_1_g2.t1"; gene_id "file_1_g2";
+sample AUGUSTUS intron 3513 3807 0.22 + . transcript_id "file_1_g2.t1"; gene_id "file_1_g2";
+sample AUGUSTUS CDS 3808 3863 0.54 + 2 transcript_id "file_1_g2.t1"; gene_id "file_1_g2";
+sample AUGUSTUS gene 2126 3863 0.1 + . g2
+sample AUGUSTUS transcript 2126 3863 0.1 + . g2.t1
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+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 15344 15346 . - 0 gene_id "file_2_4_g"; transcript_id "file_2_4_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 15344 17164 . - 0 gene_id "file_2_4_g"; transcript_id "file_2_4_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_5_5";
+sample GeneMark.hmm3 intron 17165 17295 . - 0 gene_id "file_2_4_g"; transcript_id "file_2_4_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 17296 18096 . - 0 gene_id "file_2_4_g"; transcript_id "file_2_4_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_4_5";
+sample GeneMark.hmm3 intron 18097 18220 . - 0 gene_id "file_2_4_g"; transcript_id "file_2_4_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 18221 18259 . - 0 gene_id "file_2_4_g"; transcript_id "file_2_4_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_3_5";
+sample GeneMark.hmm3 intron 18260 18462 . - 0 gene_id "file_2_4_g"; transcript_id "file_2_4_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 18463 19499 . - 2 gene_id "file_2_4_g"; transcript_id "file_2_4_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_2_5";
+sample GeneMark.hmm3 intron 19500 19606 . - 1 gene_id "file_2_4_g"; transcript_id "file_2_4_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 15344 21542 . - . gene_id "file_2_4_g"; transcript_id "file_2_4_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 15344 21542 . - . gene_id "file_2_4_g"; transcript_id "file_2_4_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 19607 21542 . - 0 gene_id "file_2_4_g"; transcript_id "file_2_4_t"; cds_type "file_2_Initial"; count "file_2_1_5";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 21540 21542 . - 0 gene_id "file_2_4_g"; transcript_id "file_2_4_t";
+sample AUGUSTUS start_codon 119778 119780 . + 0 transcript_id "file_1_g18.t1"; gene_id "file_1_g18";
+sample AUGUSTUS CDS 119778 120378 1 + 0 transcript_id "file_1_g18.t1"; gene_id "file_1_g18";
+sample AUGUSTUS exon 119778 120378 . + . transcript_id "file_1_g18.t1"; gene_id "file_1_g18";
+sample AUGUSTUS intron 120379 123327 0.98 + . transcript_id "file_1_g18.t1"; gene_id "file_1_g18";
+sample AUGUSTUS CDS 123328 123512 0.99 + 2 transcript_id "file_1_g18.t1"; gene_id "file_1_g18";
+sample AUGUSTUS exon 123328 123512 . + . transcript_id "file_1_g18.t1"; gene_id "file_1_g18";
+sample AUGUSTUS intron 123513 133208 0.5 + . transcript_id "file_1_g18.t1"; gene_id "file_1_g18";
+sample AUGUSTUS CDS 133209 134539 1 + 0 transcript_id "file_1_g18.t1"; gene_id "file_1_g18";
+sample AUGUSTUS exon 133209 134539 . + . transcript_id "file_1_g18.t1"; gene_id "file_1_g18";
+sample AUGUSTUS intron 134540 134667 1 + . transcript_id "file_1_g18.t1"; gene_id "file_1_g18";
+sample AUGUSTUS CDS 134668 135510 1 + 1 transcript_id "file_1_g18.t1"; gene_id "file_1_g18";
+sample AUGUSTUS exon 134668 135510 . + . transcript_id "file_1_g18.t1"; gene_id "file_1_g18";
+sample AUGUSTUS intron 135511 135568 1 + . transcript_id "file_1_g18.t1"; gene_id "file_1_g18";
+sample AUGUSTUS CDS 135569 136346 0.99 + 1 transcript_id "file_1_g18.t1"; gene_id "file_1_g18";
+sample AUGUSTUS gene 119778 136346 0.49 + . g18
+sample AUGUSTUS transcript 119778 136346 0.49 + . g18.t1
+sample AUGUSTUS exon 135569 136346 . + . transcript_id "file_1_g18.t1"; gene_id "file_1_g18";
+sample AUGUSTUS stop_codon 136344 136346 . + 0 transcript_id "file_1_g18.t1"; gene_id "file_1_g18";
+sample AUGUSTUS stop_codon 183489 183491 . - 0 transcript_id "file_1_g22.t1"; gene_id "file_1_g22";
+sample AUGUSTUS CDS 183489 183643 0.43 - 2 transcript_id "file_1_g22.t1"; gene_id "file_1_g22";
+sample AUGUSTUS exon 183489 183643 . - . transcript_id "file_1_g22.t1"; gene_id "file_1_g22";
+sample AUGUSTUS intron 183644 183709 0.4 - . transcript_id "file_1_g22.t1"; gene_id "file_1_g22";
+sample AUGUSTUS CDS 183710 183954 0.24 - 1 transcript_id "file_1_g22.t1"; gene_id "file_1_g22";
+sample AUGUSTUS exon 183710 183954 . - . transcript_id "file_1_g22.t1"; gene_id "file_1_g22";
+sample AUGUSTUS intron 183955 186056 0.28 - . transcript_id "file_1_g22.t1"; gene_id "file_1_g22";
+sample AUGUSTUS CDS 186057 186166 0.43 - 0 transcript_id "file_1_g22.t1"; gene_id "file_1_g22";
+sample AUGUSTUS gene 183489 186166 0.22 - . g22
+sample AUGUSTUS transcript 183489 186166 0.22 - . g22.t1
+sample AUGUSTUS exon 186057 186166 . - . transcript_id "file_1_g22.t1"; gene_id "file_1_g22";
+sample AUGUSTUS start_codon 186164 186166 . - 0 transcript_id "file_1_g22.t1"; gene_id "file_1_g22";
+sample4 GeneMark.hmm3 stop_codon 5997 5999 . - 0 gene_id "file_2_23_g"; transcript_id "file_2_23_t";
+sample4 GeneMark.hmm3 CDS 5997 6450 . - 1 gene_id "file_2_23_g"; transcript_id "file_2_23_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_1_1";
+sample4 GeneMark.hmm3 gene 5997 6450 . - . gene_id "file_2_23_g"; transcript_id "file_2_23_t";
+sample4 GeneMark.hmm3 mRNA 5997 6450 . - . gene_id "file_2_23_g"; transcript_id "file_2_23_t";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 14247 14249 . - 0 gene_id "file_2_3_g"; transcript_id "file_2_3_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 14247 14672 . - 0 gene_id "file_2_3_g"; transcript_id "file_2_3_t"; cds_type "file_2_Single"; count "file_2_1_1";
+sample GeneMark.hmm3 gene 14247 14672 . - . gene_id "file_2_3_g"; transcript_id "file_2_3_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 14247 14672 . - . gene_id "file_2_3_g"; transcript_id "file_2_3_t";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 14670 14672 . - 0 gene_id "file_2_3_g"; transcript_id "file_2_3_t";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 94831 94833 . + 0 gene_id "file_2_12_g"; transcript_id "file_2_12_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 94831 95333 . + 0 gene_id "file_2_12_g"; transcript_id "file_2_12_t"; cds_type "file_2_Initial"; count "file_2_1_2";
+sample GeneMark.hmm3 intron 95334 95386 . + 2 gene_id "file_2_12_g"; transcript_id "file_2_12_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 94831 95762 . + . gene_id "file_2_12_g"; transcript_id "file_2_12_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 94831 95762 . + . gene_id "file_2_12_g"; transcript_id "file_2_12_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 95387 95762 . + 1 gene_id "file_2_12_g"; transcript_id "file_2_12_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_2_2";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 95760 95762 . + 0 gene_id "file_2_12_g"; transcript_id "file_2_12_t";
+sample4 GeneMark.hmm3 CDS 2258 3224 . + 1 gene_id "file_2_22_g"; transcript_id "file_2_22_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_1_3";
+sample4 GeneMark.hmm3 intron 3225 3283 . + 0 gene_id "file_2_22_g"; transcript_id "file_2_22_t";
+sample4 GeneMark.hmm3 CDS 3284 3755 . + 0 gene_id "file_2_22_g"; transcript_id "file_2_22_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_2_3";
+sample4 GeneMark.hmm3 intron 3756 4934 . + 1 gene_id "file_2_22_g"; transcript_id "file_2_22_t";
+sample4 GeneMark.hmm3 gene 2258 5707 . + . gene_id "file_2_22_g"; transcript_id "file_2_22_t";
+sample4 GeneMark.hmm3 mRNA 2258 5707 . + . gene_id "file_2_22_g"; transcript_id "file_2_22_t";
+sample4 GeneMark.hmm3 CDS 4935 5707 . + 2 gene_id "file_2_22_g"; transcript_id "file_2_22_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_3_3";
+sample4 GeneMark.hmm3 stop_codon 5705 5707 . + 0 gene_id "file_2_22_g"; transcript_id "file_2_22_t";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 183489 183491 . - 0 gene_id "file_2_19_g"; transcript_id "file_2_19_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 183489 183658 . - 2 gene_id "file_2_19_g"; transcript_id "file_2_19_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_3_3";
+sample GeneMark.hmm3 intron 183659 183709 . - 1 gene_id "file_2_19_g"; transcript_id "file_2_19_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 183710 183924 . - 1 gene_id "file_2_19_g"; transcript_id "file_2_19_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_2_3";
+sample GeneMark.hmm3 intron 183925 186056 . - 2 gene_id "file_2_19_g"; transcript_id "file_2_19_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 183489 186166 . - . gene_id "file_2_19_g"; transcript_id "file_2_19_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 183489 186166 . - . gene_id "file_2_19_g"; transcript_id "file_2_19_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 186057 186166 . - 0 gene_id "file_2_19_g"; transcript_id "file_2_19_t"; cds_type "file_2_Initial"; count "file_2_1_3";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 186164 186166 . - 0 gene_id "file_2_19_g"; transcript_id "file_2_19_t";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 5997 5999 . - 0 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 5997 6450 . - 1 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_5_5";
+sample GeneMark.hmm3 intron 6451 7715 . - 2 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 7716 8385 . - 2 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_4_5";
+sample GeneMark.hmm3 intron 8386 8706 . - 1 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 8707 10499 . - 1 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_3_5";
+sample GeneMark.hmm3 intron 10500 10642 . - 2 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 10643 10794 . - 0 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_2_5";
+sample GeneMark.hmm3 intron 10795 10816 . - 0 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 5997 11104 . - . gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 5997 11104 . - . gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 10817 11104 . - 0 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t"; cds_type "file_2_Initial"; count "file_2_1_5";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 11102 11104 . - 0 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t";
+sample AUGUSTUS stop_codon 4248 4250 . - 0 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS CDS 4248 4738 0.48 - 2 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS exon 4248 4738 . - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS intron 4739 4929 0.48 - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS CDS 4930 5539 0.45 - 0 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS exon 4930 5539 . - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS intron 5540 6038 0.26 - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS CDS 6039 6450 0.42 - 1 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS exon 6039 6450 . - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS intron 6451 7715 0.85 - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS CDS 7716 8362 0.49 - 0 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS exon 7716 8362 . - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS intron 8363 8725 0.31 - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS CDS 8726 10495 0.23 - 0 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS exon 8726 10495 . - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS intron 10496 10662 0.22 - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS CDS 10663 10794 0.45 - 0 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS exon 10663 10794 . - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS intron 10795 10852 0.95 - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS CDS 10853 11104 0.72 - 0 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS gene 4248 11104 0.01 - . g3
+sample AUGUSTUS transcript 4248 11104 0.01 - . g3.t1
+sample AUGUSTUS exon 10853 11104 . - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS start_codon 11102 11104 . - 0 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS start_codon 194065 194067 . + 0 transcript_id "file_1_g23.t1"; gene_id "file_1_g23";
+sample AUGUSTUS CDS 194065 194461 0.19 + 0 transcript_id "file_1_g23.t1"; gene_id "file_1_g23";
+sample AUGUSTUS exon 194065 194461 . + . transcript_id "file_1_g23.t1"; gene_id "file_1_g23";
+sample AUGUSTUS intron 194462 194517 0.12 + . transcript_id "file_1_g23.t1"; gene_id "file_1_g23";
+sample AUGUSTUS CDS 194518 194669 0.21 + 2 transcript_id "file_1_g23.t1"; gene_id "file_1_g23";
+sample AUGUSTUS gene 194065 194669 0.06 + . g23
+sample AUGUSTUS transcript 194065 194669 0.06 + . g23.t1
+sample AUGUSTUS exon 194518 194669 . + . transcript_id "file_1_g23.t1"; gene_id "file_1_g23";
+sample AUGUSTUS stop_codon 194667 194669 . + 0 transcript_id "file_1_g23.t1"; gene_id "file_1_g23";
+sample AUGUSTUS start_codon 116548 116550 . + 0 transcript_id "file_1_g17.t1"; gene_id "file_1_g17";
+sample AUGUSTUS CDS 116548 119382 0.85 + 0 transcript_id "file_1_g17.t1"; gene_id "file_1_g17";
+sample AUGUSTUS exon 116548 119382 . + . transcript_id "file_1_g17.t1"; gene_id "file_1_g17";
+sample AUGUSTUS stop_codon 119380 119382 . + 0 transcript_id "file_1_g17.t1"; gene_id "file_1_g17";
+sample AUGUSTUS gene 116548 119382 0.85 + . g17
+sample AUGUSTUS transcript 116548 119382 0.85 + . g17.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 143824 143826 . + 0 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 143824 143830 0.99 + 0 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS exon 143824 143830 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS intron 143831 144252 0.74 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 144253 144559 0.19 + 2 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS exon 144253 144559 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS intron 144560 145804 0.24 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 145805 146055 0.13 + 1 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS exon 145805 146055 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS intron 146056 149018 0.23 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 149019 149244 0.28 + 2 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS exon 149019 149244 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS intron 149245 149411 0.66 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 149412 149586 0.26 + 1 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS exon 149412 149586 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS intron 149587 149672 0.43 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 149673 149917 0.27 + 0 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS exon 149673 149917 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS intron 149918 152341 0.26 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 152342 152429 0.26 + 1 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS exon 152342 152429 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS intron 152430 152495 0.32 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 152496 152751 0.41 + 0 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS exon 152496 152751 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS intron 152752 153206 0.42 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 153207 159043 0.51 + 2 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS gene 143824 159043 0.02 + . g19
+sample AUGUSTUS transcript 143824 159043 0.02 + . g19.t1
+sample AUGUSTUS exon 153207 159043 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS stop_codon 159041 159043 . + 0 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS start_codon 58640 58642 . + 0 transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS CDS 58640 58677 0.01 + 0 transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS exon 58640 58677 . + . transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS intron 58678 59091 0.01 + . transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS CDS 59092 59204 0.01 + 1 transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS exon 59092 59204 . + . transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS intron 59205 69536 0.01 + . transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS CDS 69537 69745 0.01 + 2 transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS gene 58640 69745 0 + . g12
+sample AUGUSTUS transcript 58640 69745 . + . g12.t1
+sample AUGUSTUS exon 69537 69745 . + . transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS stop_codon 69743 69745 . + 0 transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS stop_codon 22811 22813 . - 0 transcript_id "file_1_g5.t1"; gene_id "file_1_g5";
+sample AUGUSTUS CDS 22811 24038 1 - 1 transcript_id "file_1_g5.t1"; gene_id "file_1_g5";
+sample AUGUSTUS exon 22811 24038 . - . transcript_id "file_1_g5.t1"; gene_id "file_1_g5";
+sample AUGUSTUS intron 24039 26107 1 - . transcript_id "file_1_g5.t1"; gene_id "file_1_g5";
+sample AUGUSTUS CDS 26108 27111 0.98 - 0 transcript_id "file_1_g5.t1"; gene_id "file_1_g5";
+sample AUGUSTUS gene 22811 27111 0.98 - . g5
+sample AUGUSTUS transcript 22811 27111 0.98 - . g5.t1
+sample AUGUSTUS exon 26108 27111 . - . transcript_id "file_1_g5.t1"; gene_id "file_1_g5";
+sample AUGUSTUS start_codon 27109 27111 . - 0 transcript_id "file_1_g5.t1"; gene_id "file_1_g5";
+sample AUGUSTUS stop_codon 214566 214568 . - 0 transcript_id "file_1_g25.t1"; gene_id "file_1_g25";
+sample AUGUSTUS CDS 214566 214811 0.19 - 0 transcript_id "file_1_g25.t1"; gene_id "file_1_g25";
+sample AUGUSTUS exon 214566 214811 . - . transcript_id "file_1_g25.t1"; gene_id "file_1_g25";
+sample AUGUSTUS start_codon 214809 214811 . - 0 transcript_id "file_1_g25.t1"; gene_id "file_1_g25";
+sample AUGUSTUS gene 214566 214811 0.19 - . g25
+sample AUGUSTUS transcript 214566 214811 0.19 - . g25.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 45527 45529 . - 0 transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS CDS 45527 46157 0.51 - 1 transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS exon 45527 46157 . - . transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS intron 46158 46752 0.42 - . transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS CDS 46753 47379 0.43 - 1 transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS exon 46753 47379 . - . transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS intron 47380 49616 0.44 - . transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS CDS 49617 49792 0.45 - 0 transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS gene 45527 49792 0.15 - . g10
+sample AUGUSTUS transcript 45527 49792 0.15 - . g10.t1
+sample AUGUSTUS exon 49617 49792 . - . transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS start_codon 49790 49792 . - 0 transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS start_codon 159171 159173 . + 0 transcript_id "file_1_g20.t1"; gene_id "file_1_g20";
+sample AUGUSTUS CDS 159171 164495 0.95 + 0 transcript_id "file_1_g20.t1"; gene_id "file_1_g20";
+sample AUGUSTUS exon 159171 164495 . + . transcript_id "file_1_g20.t1"; gene_id "file_1_g20";
+sample AUGUSTUS stop_codon 164493 164495 . + 0 transcript_id "file_1_g20.t1"; gene_id "file_1_g20";
+sample AUGUSTUS gene 159171 164495 0.95 + . g20
+sample AUGUSTUS transcript 159171 164495 0.95 + . g20.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 1092 1094 . - 0 transcript_id "file_1_g1.t1"; gene_id "file_1_g1";
+sample AUGUSTUS CDS 1092 1364 0.68 - 0 transcript_id "file_1_g1.t1"; gene_id "file_1_g1";
+sample AUGUSTUS exon 1092 1364 . - . transcript_id "file_1_g1.t1"; gene_id "file_1_g1";
+sample AUGUSTUS start_codon 1362 1364 . - 0 transcript_id "file_1_g1.t1"; gene_id "file_1_g1";
+sample AUGUSTUS gene 1092 1364 0.68 - . g1
+sample AUGUSTUS transcript 1092 1364 0.68 - . g1.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 40692 40694 . + 0 transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS CDS 40692 41193 0.54 + 0 transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS exon 40692 41193 . + . transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS intron 41194 41706 0.54 + . transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS CDS 41707 42103 0.64 + 2 transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS exon 41707 42103 . + . transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS intron 42104 43371 0.21 + . transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS CDS 43372 43609 0.14 + 1 transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS exon 43372 43609 . + . transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS intron 43610 43677 0.46 + . transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS CDS 43678 44130 0.46 + 0 transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS gene 40692 44130 0.05 + . g9
+sample AUGUSTUS transcript 40692 44130 0.05 + . g9.t1
+sample AUGUSTUS exon 43678 44130 . + . transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS stop_codon 44128 44130 . + 0 transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 209044 209046 . - 0 gene_id "file_2_21_g"; transcript_id "file_2_21_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 209044 210492 . - 0 gene_id "file_2_21_g"; transcript_id "file_2_21_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_1_1";
+sample GeneMark.hmm3 gene 209044 210492 . - . gene_id "file_2_21_g"; transcript_id "file_2_21_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 209044 210492 . - . gene_id "file_2_21_g"; transcript_id "file_2_21_t";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 194065 194067 . + 0 gene_id "file_2_20_g"; transcript_id "file_2_20_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 194065 194428 . + 0 gene_id "file_2_20_g"; transcript_id "file_2_20_t"; cds_type "file_2_Initial"; count "file_2_1_2";
+sample GeneMark.hmm3 intron 194429 194517 . + 1 gene_id "file_2_20_g"; transcript_id "file_2_20_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 194065 194669 . + . gene_id "file_2_20_g"; transcript_id "file_2_20_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 194065 194669 . + . gene_id "file_2_20_g"; transcript_id "file_2_20_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 194518 194669 . + 2 gene_id "file_2_20_g"; transcript_id "file_2_20_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_2_2";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 194667 194669 . + 0 gene_id "file_2_20_g"; transcript_id "file_2_20_t";
+sample AUGUSTUS start_codon 115274 115276 . + 0 transcript_id "file_1_g16.t1"; gene_id "file_1_g16";
+sample AUGUSTUS CDS 115274 116488 0.87 + 0 transcript_id "file_1_g16.t1"; gene_id "file_1_g16";
+sample AUGUSTUS exon 115274 116488 . + . transcript_id "file_1_g16.t1"; gene_id "file_1_g16";
+sample AUGUSTUS stop_codon 116486 116488 . + 0 transcript_id "file_1_g16.t1"; gene_id "file_1_g16";
+sample AUGUSTUS gene 115274 116488 0.87 + . g16
+sample AUGUSTUS transcript 115274 116488 0.87 + . g16.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 100542 100544 . - 0 transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS CDS 100542 100756 0.3 - 2 transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS exon 100542 100756 . - . transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS intron 100757 102520 0.32 - . transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS CDS 102521 103133 0.26 - 0 transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS exon 102521 103133 . - . transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS intron 103134 103264 0.25 - . transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS CDS 103265 104819 0.09 - 1 transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS exon 103265 104819 . - . transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS intron 104820 108228 0.15 - . transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS CDS 108229 108299 0.42 - 0 transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS gene 100542 108299 0.02 - . g15
+sample AUGUSTUS transcript 100542 108299 0.02 - . g15.t1
+sample AUGUSTUS exon 108229 108299 . - . transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS start_codon 108297 108299 . - 0 transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 45489 45491 . - 0 gene_id "file_2_8_g"; transcript_id "file_2_8_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 45489 45611 . - 0 gene_id "file_2_8_g"; transcript_id "file_2_8_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_2_2";
+sample GeneMark.hmm3 intron 45612 45727 . - 0 gene_id "file_2_8_g"; transcript_id "file_2_8_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 45489 46114 . - . gene_id "file_2_8_g"; transcript_id "file_2_8_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 45489 46114 . - . gene_id "file_2_8_g"; transcript_id "file_2_8_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 45728 46114 . - 0 gene_id "file_2_8_g"; transcript_id "file_2_8_t"; cds_type "file_2_Initial"; count "file_2_1_2";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 46112 46114 . - 0 gene_id "file_2_8_g"; transcript_id "file_2_8_t";
+sample AUGUSTUS stop_codon 27589 27591 . - 0 transcript_id "file_1_g6.t1"; gene_id "file_1_g6";
+sample AUGUSTUS CDS 27589 28143 0.2 - 0 transcript_id "file_1_g6.t1"; gene_id "file_1_g6";
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+sample AUGUSTUS start_codon 28141 28143 . - 0 transcript_id "file_1_g6.t1"; gene_id "file_1_g6";
+sample AUGUSTUS gene 27589 28143 0.2 - . g6
+sample AUGUSTUS transcript 27589 28143 0.2 - . g6.t1
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 56484 56486 . - 0 gene_id "file_2_10_g"; transcript_id "file_2_10_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 56484 56885 . - 0 gene_id "file_2_10_g"; transcript_id "file_2_10_t"; cds_type "file_2_Single"; count "file_2_1_1";
+sample GeneMark.hmm3 gene 56484 56885 . - . gene_id "file_2_10_g"; transcript_id "file_2_10_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 56484 56885 . - . gene_id "file_2_10_g"; transcript_id "file_2_10_t";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 56883 56885 . - 0 gene_id "file_2_10_g"; transcript_id "file_2_10_t";
+sample AUGUSTUS stop_codon 56484 56486 . - 0 transcript_id "file_1_g11.t1"; gene_id "file_1_g11";
+sample AUGUSTUS CDS 56484 56821 0.37 - 2 transcript_id "file_1_g11.t1"; gene_id "file_1_g11";
+sample AUGUSTUS exon 56484 56821 . - . transcript_id "file_1_g11.t1"; gene_id "file_1_g11";
+sample AUGUSTUS intron 56822 57445 0.37 - . transcript_id "file_1_g11.t1"; gene_id "file_1_g11";
+sample AUGUSTUS CDS 57446 57566 0.07 - 0 transcript_id "file_1_g11.t1"; gene_id "file_1_g11";
+sample AUGUSTUS gene 56484 57566 0.06 - . g11
+sample AUGUSTUS transcript 56484 57566 0.06 - . g11.t1
+sample AUGUSTUS exon 57446 57566 . - . transcript_id "file_1_g11.t1"; gene_id "file_1_g11";
+sample AUGUSTUS start_codon 57564 57566 . - 0 transcript_id "file_1_g11.t1"; gene_id "file_1_g11";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 40638 40640 . + 0 gene_id "file_2_7_g"; transcript_id "file_2_7_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 40638 41193 . + 0 gene_id "file_2_7_g"; transcript_id "file_2_7_t"; cds_type "file_2_Initial"; count "file_2_1_2";
+sample GeneMark.hmm3 intron 41194 43606 . + 1 gene_id "file_2_7_g"; transcript_id "file_2_7_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 40638 44130 . + . gene_id "file_2_7_g"; transcript_id "file_2_7_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 40638 44130 . + . gene_id "file_2_7_g"; transcript_id "file_2_7_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 43607 44130 . + 2 gene_id "file_2_7_g"; transcript_id "file_2_7_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_2_2";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 44128 44130 . + 0 gene_id "file_2_7_g"; transcript_id "file_2_7_t";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 74172 74174 . - 0 gene_id "file_2_11_g"; transcript_id "file_2_11_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 74172 74318 . - 0 gene_id "file_2_11_g"; transcript_id "file_2_11_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_2_2";
+sample GeneMark.hmm3 intron 74319 79516 . - 0 gene_id "file_2_11_g"; transcript_id "file_2_11_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 74172 80527 . - . gene_id "file_2_11_g"; transcript_id "file_2_11_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 74172 80527 . - . gene_id "file_2_11_g"; transcript_id "file_2_11_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 79517 80527 . - 0 gene_id "file_2_11_g"; transcript_id "file_2_11_t"; cds_type "file_2_Initial"; count "file_2_1_2";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 80525 80527 . - 0 gene_id "file_2_11_g"; transcript_id "file_2_11_t";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 46749 46751 . - 0 gene_id "file_2_9_g"; transcript_id "file_2_9_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 46749 47339 . - 0 gene_id "file_2_9_g"; transcript_id "file_2_9_t"; cds_type "file_2_Single"; count "file_2_1_1";
+sample GeneMark.hmm3 gene 46749 47339 . - . gene_id "file_2_9_g"; transcript_id "file_2_9_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 46749 47339 . - . gene_id "file_2_9_g"; transcript_id "file_2_9_t";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 47337 47339 . - 0 gene_id "file_2_9_g"; transcript_id "file_2_9_t";
+sample AUGUSTUS stop_codon 73851 73853 . - 0 transcript_id "file_1_g13.t1"; gene_id "file_1_g13";
+sample AUGUSTUS CDS 73851 74116 0.56 - 2 transcript_id "file_1_g13.t1"; gene_id "file_1_g13";
+sample AUGUSTUS exon 73851 74116 . - . transcript_id "file_1_g13.t1"; gene_id "file_1_g13";
+sample AUGUSTUS intron 74117 79000 . - . transcript_id "file_1_g13.t1"; gene_id "file_1_g13";
+sample AUGUSTUS CDS 79001 79010 0.01 - 0 transcript_id "file_1_g13.t1"; gene_id "file_1_g13";
+sample AUGUSTUS gene 73851 79010 0 - . g13
+sample AUGUSTUS transcript 73851 79010 . - . g13.t1
+sample AUGUSTUS exon 79001 79010 . - . transcript_id "file_1_g13.t1"; gene_id "file_1_g13";
+sample AUGUSTUS start_codon 79008 79010 . - 0 transcript_id "file_1_g13.t1"; gene_id "file_1_g13";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 2258 3224 . + 1 gene_id "file_2_1_g"; transcript_id "file_2_1_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_1_3";
+sample GeneMark.hmm3 intron 3225 3283 . + 0 gene_id "file_2_1_g"; transcript_id "file_2_1_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 3284 3755 . + 0 gene_id "file_2_1_g"; transcript_id "file_2_1_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_2_3";
+sample GeneMark.hmm3 intron 3756 4934 . + 1 gene_id "file_2_1_g"; transcript_id "file_2_1_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 2258 5707 . + . gene_id "file_2_1_g"; transcript_id "file_2_1_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 2258 5707 . + . gene_id "file_2_1_g"; transcript_id "file_2_1_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 4935 5707 . + 2 gene_id "file_2_1_g"; transcript_id "file_2_1_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_3_3";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 5705 5707 . + 0 gene_id "file_2_1_g"; transcript_id "file_2_1_t";
+sample AUGUSTUS start_codon 167121 167123 . + 0 transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
+sample AUGUSTUS CDS 167121 168360 1 + 0 transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
+sample AUGUSTUS exon 167121 168360 . + . transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
+sample AUGUSTUS intron 168361 168721 1 + . transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
+sample AUGUSTUS CDS 168722 169167 1 + 2 transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
+sample AUGUSTUS exon 168722 169167 . + . transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
+sample AUGUSTUS intron 169168 172584 0.87 + . transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
+sample AUGUSTUS CDS 172585 172957 0.81 + 0 transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
+sample AUGUSTUS exon 172585 172957 . + . transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
+sample AUGUSTUS intron 172958 180019 0.41 + . transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
+sample AUGUSTUS CDS 180020 180579 0.57 + 2 transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
+sample AUGUSTUS gene 167121 180579 0.22 + . g21
+sample AUGUSTUS transcript 167121 180579 0.22 + . g21.t1
+sample AUGUSTUS exon 180020 180579 . + . transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
+sample AUGUSTUS stop_codon 180577 180579 . + 0 transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
+sample AUGUSTUS stop_codon 14247 14249 . - 0 transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS CDS 14247 14659 0.67 - 2 transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS exon 14247 14659 . - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS intron 14660 14793 0.68 - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS CDS 14794 14952 1 - 2 transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS exon 14794 14952 . - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS intron 14953 15360 1 - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS CDS 15361 17164 1 - 0 transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS exon 15361 17164 . - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS intron 17165 17295 1 - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS CDS 17296 18096 0.99 - 0 transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS exon 17296 18096 . - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS intron 18097 18220 0.99 - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS CDS 18221 18259 0.99 - 0 transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS exon 18221 18259 . - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS intron 18260 18462 0.95 - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS CDS 18463 19499 0.99 - 2 transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS exon 18463 19499 . - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS intron 19500 19606 1 - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS CDS 19607 21542 1 - 0 transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS gene 14247 21542 0.62 - . g4
+sample AUGUSTUS transcript 14247 21542 0.62 - . g4.t1
+sample AUGUSTUS exon 19607 21542 . - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS start_codon 21540 21542 . - 0 transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 153389 153391 . + 0 gene_id "file_2_17_g"; transcript_id "file_2_17_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 153389 159010 . + 0 gene_id "file_2_17_g"; transcript_id "file_2_17_t"; cds_type "file_2_Initial"; count "file_2_1_2";
+sample GeneMark.hmm3 intron 159011 159116 . + 0 gene_id "file_2_17_g"; transcript_id "file_2_17_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 153389 164495 . + . gene_id "file_2_17_g"; transcript_id "file_2_17_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 153389 164495 . + . gene_id "file_2_17_g"; transcript_id "file_2_17_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 159117 164495 . + 0 gene_id "file_2_17_g"; transcript_id "file_2_17_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_2_2";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 164493 164495 . + 0 gene_id "file_2_17_g"; transcript_id "file_2_17_t";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 97476 97478 . - 0 gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 97476 97573 . - 2 gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_5_5";
+sample GeneMark.hmm3 intron 97574 102520 . - 1 gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 102521 103151 . - 0 gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_4_5";
+sample GeneMark.hmm3 intron 103152 103222 . - 0 gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 103223 103812 . - 2 gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_3_5";
+sample GeneMark.hmm3 intron 103813 111230 . - 1 gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 111231 111342 . - 0 gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_2_5";
+sample GeneMark.hmm3 intron 111343 113595 . - 0 gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 97476 113919 . - . gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 97476 113919 . - . gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 113596 113919 . - 0 gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t"; cds_type "file_2_Initial"; count "file_2_1_5";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 113917 113919 . - 0 gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t";
+sample4 AUGUSTUS stop_codon 1092 1094 . - 0 transcript_id "file_1_g26.t1"; gene_id "file_1_g26";
+sample4 AUGUSTUS CDS 1092 1364 0.76 - 0 transcript_id "file_1_g26.t1"; gene_id "file_1_g26";
+sample4 AUGUSTUS exon 1092 1364 . - . transcript_id "file_1_g26.t1"; gene_id "file_1_g26";
+sample4 AUGUSTUS start_codon 1362 1364 . - 0 transcript_id "file_1_g26.t1"; gene_id "file_1_g26";
+sample4 AUGUSTUS gene 1092 1364 0.76 - . g26
+sample4 AUGUSTUS transcript 1092 1364 0.76 - . g26.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 34843 34845 . - 0 transcript_id "file_1_g7.t1"; gene_id "file_1_g7";
+sample AUGUSTUS CDS 34843 35679 0.35 - 0 transcript_id "file_1_g7.t1"; gene_id "file_1_g7";
+sample AUGUSTUS exon 34843 35679 . - . transcript_id "file_1_g7.t1"; gene_id "file_1_g7";
+sample AUGUSTUS start_codon 35677 35679 . - 0 transcript_id "file_1_g7.t1"; gene_id "file_1_g7";
+sample AUGUSTUS gene 34843 35679 0.35 - . g7
+sample AUGUSTUS transcript 34843 35679 0.35 - . g7.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 40166 40168 . - 0 transcript_id "file_1_g8.t1"; gene_id "file_1_g8";
+sample AUGUSTUS CDS 40166 40531 0.99 - 0 transcript_id "file_1_g8.t1"; gene_id "file_1_g8";
+sample AUGUSTUS exon 40166 40531 . - . transcript_id "file_1_g8.t1"; gene_id "file_1_g8";
+sample AUGUSTUS start_codon 40529 40531 . - 0 transcript_id "file_1_g8.t1"; gene_id "file_1_g8";
+sample AUGUSTUS gene 40166 40531 0.99 - . g8
+sample AUGUSTUS transcript 40166 40531 0.99 - . g8.t1
+sample4 AUGUSTUS start_codon 2126 2128 . + 0 transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
+sample4 AUGUSTUS CDS 2126 2199 1 + 0 transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
+sample4 AUGUSTUS exon 2126 2199 . + . transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
+sample4 AUGUSTUS intron 2200 2257 1 + . transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
+sample4 AUGUSTUS CDS 2258 3224 0.45 + 1 transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
+sample4 AUGUSTUS exon 2258 3224 . + . transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
+sample4 AUGUSTUS intron 3225 3283 0.33 + . transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
+sample4 AUGUSTUS CDS 3284 3512 0.14 + 0 transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
+sample4 AUGUSTUS exon 3284 3512 . + . transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
+sample4 AUGUSTUS intron 3513 3807 0.22 + . transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
+sample4 AUGUSTUS CDS 3808 3863 0.59 + 2 transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
+sample4 AUGUSTUS gene 2126 3863 0.07 + . g27
+sample4 AUGUSTUS transcript 2126 3863 0.07 + . g27.t1
+sample4 AUGUSTUS exon 3808 3863 . + . transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
+sample4 AUGUSTUS stop_codon 3861 3863 . + 0 transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";