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changeset 0:5130880b8e0a draft

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author grau
date Tue, 12 Nov 2013 12:55:52 -0500
parents
children bb3dbb63607a
files DimontDataExtractor.xml DimontPredictorWeb.jar DimontPredictorWeb.xml DimontWeb.jar DimontWeb.xml extract_data_single_galaxy.pl test-data/.DS_Store test-data/Test/Motif_(rc)1.png test-data/Test/Motif_(rc)3.png test-data/Test/Motif_0.png test-data/Test/Motif_2.png test-data/Test/Test_html.html test-data/TestPred/Motif0.png test-data/TestPred/Motif_(rc)1.png test-data/TestPred/TestPred_html.html test-data/dimont_test.fasta test-data/mini.bed test-data/mini2.bed test-data/mini2_extracted.fa test-data/mini_extracted.fa test-data/minigenome.fa test-data/predictor_test.xml tool_dependencies.xml
diffstat 23 files changed, 4574 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/DimontDataExtractor.xml	Tue Nov 12 12:55:52 2013 -0500
@@ -0,0 +1,70 @@
+<tool id="DimontDataExtractor" name="Dimont Data Extractor" version="0.1">
+<description>prepares data in the format required by Dimont</description>
+<command interpreter="perl">extract_data_single_galaxy.pl $genomefa $regions $chromcol $startcol $seccol $seccoord $width $statcol $extracted</command>
+<inputs>
+	<param type="data" format="bed,gtf,txt,tabular" name="regions" label="Genomic regions" value="" optional="false" help="The genomic regions to be extracted in a BED-like file format, e.g., BED, GTF, narrowPeak." />
+	<param type="data" format="fasta" name="genomefa" label="Genome sequence" value="" optional="false" help="The input genome to which the genomic regions refer." />
+	<param type="data_column" data_ref="regions" force_select="true" name="chromcol" label="Chromosome column" value="1" optional="false" help="The column of the regions file, which contains the chromosome information." />
+	<param type="data_column" data_ref="regions" force_select="true" name="startcol" label="Start column" value="2" optional="false" help="The column of the Regions file containing the start position of the genomic region." />
+	<param type="select" name="seccol" label="Meaning of second coordinate" optional="false" help="The meaning of the second genomic coordinate. This may either be the position of the peak summit relative to the position in Start, or the end position of the peak.">
+		<option value="end">End of peak (in global coordinates)</option>
+		<option value="center">Center of peak (relative to start)</option>
+	</param>
+	<param type="data_column" data_ref="regions" force_select="true" name="seccoord" label="Second coordinate" value="3" optional="false" help="The second genomic coordinate with meaning specified by parameter &quot;Meaning of second coordinate&quot;" />
+	<param type="data_column" data_ref="regions" force_select="true" name="statcol" label="Statistics column" value="7" optional="false" help="The column containing the peak statistics information (or another measure of peak confidence)." />
+	<param type="integer" name="width" label="Width" value="1000" optional="false" help="The width of the genomic region to be extracted. Recommended values: 1000 for ChIP-seq and 100 for ChIP-exo." />
+</inputs>
+<outputs>
+	<data format="fasta" name="extracted">
+	</data>
+</outputs>
+<tests>
+	<test>
+		<param name="regions" value="mini.bed" />
+		<param name="genomefa" value="minigenome.fa" />
+		<param name="chromcol" value="1" />
+		<param name="startcol" value="2" />
+		<param name="seccol" value="end" />
+		<param name="seccoord" value="3" />
+		<param name="statcol" value="7" />
+		<param name="width" value="200" />
+		<output name="extracted" file="mini_extracted.fa" /> 
+	</test>
+	<test>
+		<param name="regions" value="mini2.bed" />
+		<param name="genomefa" value="minigenome.fa" />
+		<param name="chromcol" value="1" />
+		<param name="startcol" value="2" />
+		<param name="seccol" value="center" />
+		<param name="seccoord" value="3" />
+		<param name="statcol" value="7" />
+		<param name="width" value="200" />
+		<output name="extracted" file="mini2_extracted.fa" /> 
+	</test>
+</tests>
+<help>
+**Dimont Data Extractor** prepares an annotated FastA file as required by Dimont from a genome (in FastA format) and a tabular file (e.g., BED, GTF, narrowPeak,...). The regions specified in the tabular file are used to determine the center of the extracted sequences. All extracted sequences have the same length as specified by parameter "Width".
+
+In case of ChIP data, the center position could for instance be the peak summit.
+An annotated FastA file for ChIP-exo data comprising sequences of length 100 centered around the peak summit might look like::
+	
+	> peak: 50; signal: 515
+	ggccatgtgtatttttttaaatttccac...
+	> peak: 50; signal: 199
+	GGTCCCCTGGGAGGATGGGGACGTGCTG...
+	...
+
+where the center is given as 50 for the first two sequences, and the confidence amounts to 515 and 199, respectively.
+
+We also provide an example_ input file and a stand alone Perl script_ for preparing data in the format required by Dimont_.
+
+
+If you experience problems using Dimont Data Extractor, please contact_ us.
+
+.. _example: http://www.jstacs.de/downloads/dimont-example.fa
+.. _script: http://www.jstacs.de/index.php/Dimont#Data_preparation
+.. _Dimont: http://jstacs.de/index.php/Dimont
+.. _contact: mailto:grau@informatik.uni-halle.de
+</help>
+</tool>
+
Binary file DimontPredictorWeb.jar has changed
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/DimontPredictorWeb.xml	Tue Nov 12 12:55:52 2013 -0500
@@ -0,0 +1,108 @@
+<tool id="DimontPredictor" name="DimontPredictor" version="0.1" force_history_refresh="true">
+<description>for predicting binding sites using a Dimont model</description>
+<command>java -Xms256M -Xmx2G -jar \$JAR_PATH/DimontPredictorWeb.jar --run $script_file $summary $summary.id $__new_file_path__ $summary.extra_files_path</command>
+<inputs>
+<param type="text" size="40" name="DimontPredictor_jobname" label="Job name" value="" optional="true" help="Please enter a name for your job that should be used in the history (optional)">
+</param>
+<param type="data" format="xml" name="DimontPredictor_ps_Dimont" label="&lt;hr /&gt;Dimont" help="The trained Dimont classifier, i.e. the &quot;Dimont&quot; output of a previous Dimont run." value="" optional="false">
+</param>
+
+<param type="data" format="fasta" name="DimontPredictor_ps_Input_sequences" label="&lt;hr /&gt;Input sequences" help="The input sequences for de-novo motif discovery (can be uploaded using &quot;GetData&quot; -&gt; &quot;Upload File&quot;), annotated FastA format. The required format is described in the help section." value="" optional="false">
+</param>
+
+<param type="text" size="40" name="DimontPredictor_ps_Value_tag" label="Value tag" help="The tag for the value information in the FastA-annotation of the input file" value="" optional="false">
+</param>
+
+<param type="text" size="40" name="DimontPredictor_ps_Weighting_factor" label="Weighting factor" help="The value for weighting the data; either a value between 0 and 1, or a description relative to the standard deviation (e.g. +4sd)" value="0.2" optional="false">
+</param>
+
+<param type="float" name="DimontPredictor_ps_p_value" label="&lt;hr /&gt;p-value" help="The maximum p-value allowed for predicted binding sites" value="0.0010" optional="false">
+<validator type="in_range" min="0.0" max="1.0" message="Value is not in the specified range [0.0, 1.0]."/></param>
+
+</inputs>
+<requirements>
+	<requirement type="set_environment">JAR_PATH</requirement>
+	<requirement type="binary" version=">=1.6">java</requirement>
+</requirements>
+<configfiles>
+<configfile name="script_file">
+&lt;DimontPredictor_ps_Dimont&gt;
+&lt;value&gt;
+${DimontPredictor_ps_Dimont}&lt;/value&gt;
+&lt;extension&gt;
+${DimontPredictor_ps_Dimont.ext}&lt;/extension&gt;
+&lt;/DimontPredictor_ps_Dimont&gt;
+
+&lt;DimontPredictor_ps_Input_sequences&gt;
+&lt;value&gt;
+${DimontPredictor_ps_Input_sequences}&lt;/value&gt;
+&lt;extension&gt;
+${DimontPredictor_ps_Input_sequences.ext}&lt;/extension&gt;
+&lt;/DimontPredictor_ps_Input_sequences&gt;
+
+&lt;DimontPredictor_ps_Value_tag&gt;
+${DimontPredictor_ps_Value_tag}&lt;/DimontPredictor_ps_Value_tag&gt;
+
+&lt;DimontPredictor_ps_Weighting_factor&gt;
+${DimontPredictor_ps_Weighting_factor}&lt;/DimontPredictor_ps_Weighting_factor&gt;
+
+&lt;DimontPredictor_ps_p_value&gt;
+${DimontPredictor_ps_p_value}&lt;/DimontPredictor_ps_p_value&gt;
+
+</configfile>
+</configfiles>
+<outputs>
+<data format="html" name="summary" label="#if str($DimontPredictor_jobname) == '' then $tool.name + ' on ' + $on_string else $DimontPredictor_jobname#">
+</data>
+</outputs>
+<tests>
+ <test>
+ 	<param name="DimontPredictor_jobname" value="Test" />
+	<param name="DimontPredictor_ps_Dimont" value="predictor_test.xml" ftype="xml" />
+	<param name="DimontPredictor_ps_Input_sequences" value="dimont_test.fasta" />
+	<param name="DimontPredictor_ps_Value_tag" label="Value tag" value="maxT" />
+	<param name="DimontPredictor_ps_Weighting_factor" value="0.2" />
+	<param name="DimontPredictor_ps_p_value" value="0.0010" />
+	<output name="summary" file="TestPred/TestPred_html.html" />
+ </test>
+</tests>
+<help>
+**DimontPredictor** allows for predicting binding sites in new data using a previously trained Dimont model. For training a Dimont model see tool "Dimont".
+
+This tool may be useful if you, for instance, want to predict binding sites of a previously discovered motifs in other data sets, or if you want to try different p-values for filtering predictions.
+
+Input sequences must be supplied in an annotated FastA format as a file uploaded by the "Upload File" task in section "Get Data" of Galaxy or generated using the "Dimont Data Extractor" tool.
+In the annotation of each sequence, you need to provide a value that reflects the confidence that this sequence is bound by the factor of interest.
+Such confidences may be peak statistics (e.g., number of fragments under a peak) for ChIP data or signal intensities for PBM data.
+
+For instance, an annotated FastA file for ChIP-exo data could look like::
+	
+	> signal: 515
+	ggccatgtgtatttttttaaatttccac...
+	> signal: 199
+	GGTCCCCTGGGAGGATGGGGACGTGCTG...
+	...
+
+where the confidence for the first two sequences amounts to 515 and 199, respectively.
+The FastA comment may contain additional annotations of the format ``key1 : value1; key2: value2;...``.
+We also provide an example_ input file.
+
+Accordingly, you would need to set the parameter "Value tag" to ``signal`` for this input file.
+
+The parameter "Weighting factor" defines the proportion of sequences that you expect to be bound by the targeted factor with high confidence. For ChIP data, the default value of ``0.2`` typically works well. 
+For PBM data, containing a large number of unspecific probes, this parameter should be set to a lower value, e.g. ``0.01``.
+
+The parameter "p-value" defines a threshold on the p-values of predicted binding sites, and only binding sites with a lower p-value are reported by DimontPredictor.
+The Dimont tool uses a p-value threshold of ``1E-3``, which is also the default value of DimontPredictor.
+
+You can also install this web-application within your local Galaxy server. Instructions can be found at the Dimont_ page of Jstacs. 
+There you can also download a command line version of DimontPredictor.
+
+If you experience problems using DimontPredictor, please contact_ us.
+
+.. _example: http://www.jstacs.de/downloads/dimont-example.fa
+.. _Dimont: http://jstacs.de/index.php/Dimont
+.. _contact: mailto:grau@informatik.uni-halle.de
+</help>
+</tool>
+
Binary file DimontWeb.jar has changed
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/DimontWeb.xml	Tue Nov 12 12:55:52 2013 -0500
@@ -0,0 +1,155 @@
+<tool id="Dimont" name="Dimont" version="0.1" force_history_refresh="true">
+<description>- a universal tool for de-novo motif discovery.</description>
+<command>java -Xms256M -Xmx2G -jar \$JAR_PATH/DimontWeb.jar --run $script_file $summary $summary.id $__new_file_path__ $summary.extra_files_path</command>
+<inputs>
+<param type="text" size="40" name="Dimont_jobname" label="Job name" value="" optional="true" help="Please enter a name for your job that should be used in the history (optional)">
+</param>
+<param type="data" format="fasta" name="Dimont_ps_Input_sequences" label="&lt;hr /&gt;Input sequences" help="The input sequences for de-novo motif discovery (can be uploaded using &quot;GetData&quot; -&gt; &quot;Upload File&quot;), annotated FastA format. The required format is described in the help section." value="" optional="false">
+</param>
+
+<param type="text" size="40" name="Dimont_ps_Position_tag" label="Position tag" help="The tag for the position information in the FastA-annotation of the input file" value="" optional="false">
+</param>
+
+<param type="text" size="40" name="Dimont_ps_Value_tag" label="Value tag" help="The tag for the value information in the FastA-annotation of the input file" value="" optional="false">
+</param>
+
+<param type="float" name="Dimont_ps_Standard_deviation" label="Standard deviation" help="The standard deviation of the position distribution centered at the position specified by the position tag" value="75.0" optional="false">
+<validator type="in_range" min="1.0" max="10000.0" message="Value is not in the specified range [1.0, 10000.0]."/></param>
+
+<param type="text" size="40" name="Dimont_ps_Weighting_factor" label="Weighting factor" help="The value for weighting the data; either a value between 0 and 1, or a description relative to the standard deviation (e.g. +4sd)" value="0.2" optional="false">
+</param>
+
+<param type="integer" name="Dimont_ps_Starts" label="&lt;hr /&gt;Starts" help="The number of pre-optimization runs." value="20" optional="false">
+<validator type="in_range" min="1" max="100" message="Value is not in the specified range [1, 100]."/></param>
+
+<param type="integer" name="Dimont_ps_Initial_motif_width" label="&lt;hr /&gt;Initial motif width" help="The motif width that is used initially, may be adjusted during optimization." value="15" optional="false">
+<validator type="in_range" min="1" max="50" message="Value is not in the specified range [1, 50]."/></param>
+
+<param type="integer" name="Dimont_ps_Markov_order_of_motif_model" label="Markov order of motif model" help="The Markov order of the model for the motif." value="0" optional="false">
+<validator type="in_range" min="0" max="3" message="Value is not in the specified range [0, 3]."/></param>
+
+<param type="integer" name="Dimont_ps_Markov_order_of_background_model" label="Markov order of background model" help="The Markov order of the model for the background sequence and the background sequence, -1 defines uniform distribution." value="-1" optional="false">
+<validator type="in_range" min="-1" max="5" message="Value is not in the specified range [-1, 5]."/></param>
+
+<param type="float" name="Dimont_ps_Equivalent_sample_size" label="&lt;hr /&gt;Equivalent sample size" help="Reflects the strength of the prior on the model parameters." value="4.0" optional="false">
+<validator type="in_range" min="0.0" max="Infinity" message="Value is not in the specified range [0.0, Infinity]."/></param>
+
+<param type="boolean" name="Dimont_ps_Delete_BSs_from_profile" label="Delete BSs from profile" help="A switch for deleting binding site positions of discovered motifs from the profile before searching for futher motifs." checked="True" optional="false">
+</param>
+
+</inputs>
+<requirements>
+	<requirement type="set_environment">JAR_PATH</requirement>
+	<requirement type="binary" version=">=1.6">java</requirement>
+</requirements>
+<configfiles>
+<configfile name="script_file">
+&lt;Dimont_ps_Input_sequences&gt;
+&lt;value&gt;
+${Dimont_ps_Input_sequences}&lt;/value&gt;
+&lt;extension&gt;
+${Dimont_ps_Input_sequences.ext}&lt;/extension&gt;
+&lt;/Dimont_ps_Input_sequences&gt;
+
+&lt;Dimont_ps_Position_tag&gt;
+${Dimont_ps_Position_tag}&lt;/Dimont_ps_Position_tag&gt;
+
+&lt;Dimont_ps_Value_tag&gt;
+${Dimont_ps_Value_tag}&lt;/Dimont_ps_Value_tag&gt;
+
+&lt;Dimont_ps_Standard_deviation&gt;
+${Dimont_ps_Standard_deviation}&lt;/Dimont_ps_Standard_deviation&gt;
+
+&lt;Dimont_ps_Weighting_factor&gt;
+${Dimont_ps_Weighting_factor}&lt;/Dimont_ps_Weighting_factor&gt;
+
+&lt;Dimont_ps_Starts&gt;
+${Dimont_ps_Starts}&lt;/Dimont_ps_Starts&gt;
+
+&lt;Dimont_ps_Initial_motif_width&gt;
+${Dimont_ps_Initial_motif_width}&lt;/Dimont_ps_Initial_motif_width&gt;
+
+&lt;Dimont_ps_Markov_order_of_motif_model&gt;
+${Dimont_ps_Markov_order_of_motif_model}&lt;/Dimont_ps_Markov_order_of_motif_model&gt;
+
+&lt;Dimont_ps_Markov_order_of_background_model&gt;
+${Dimont_ps_Markov_order_of_background_model}&lt;/Dimont_ps_Markov_order_of_background_model&gt;
+
+&lt;Dimont_ps_Equivalent_sample_size&gt;
+${Dimont_ps_Equivalent_sample_size}&lt;/Dimont_ps_Equivalent_sample_size&gt;
+
+&lt;Dimont_ps_Delete_BSs_from_profile&gt;
+${Dimont_ps_Delete_BSs_from_profile}&lt;/Dimont_ps_Delete_BSs_from_profile&gt;
+
+</configfile>
+</configfiles>
+<outputs>
+<data format="html" name="summary" label="#if str($Dimont_jobname) == '' then $tool.name + ' on ' + $on_string else $Dimont_jobname#">
+</data>
+</outputs>
+<tests>
+	<test>
+		<param name="Dimont_jobname" value="Test" />
+		<param name="Dimont_ps_Input_sequences" value="dimont_test.fasta" />
+		<param name="Dimont_ps_Position_tag" value="peakSummit" />
+		<param name="Dimont_ps_Value_tag" value="maxT" />
+		<param name="Dimont_ps_Standard_deviation" value="75.0" />
+		<param name="Dimont_ps_Weighting_factor" value="0.2" />
+		<param name="Dimont_ps_Starts" value="20" />
+		<param name="Dimont_ps_Initial_motif_width" value="15" />
+		<param name="Dimont_ps_Markov_order_of_motif_model" value="0" />
+		<param name="Dimont_ps_Markov_order_of_background_model" value="-1" />
+		<param name="Dimont_ps_Equivalent_sample_size" value="4.0" />
+		<param name="Dimont_ps_Delete_BSs_from_profile" value="True" />
+		<output name="summary" file="Test/Test_html.html" />
+	</test>
+</tests>
+<help>
+**Dimont** is a universal tool for de-novo motif discovery. Dimont has successfully been applied to ChIP-seq, ChIP-exo and protein-binding microarray (PBM) data.
+
+Input sequences must be supplied in an annotated FastA format as a file uploaded by the "Upload File" task in section "Get Data" of Galaxy or generated using the "Dimont Data Extractor" tool.
+In the annotation of each sequence, you need to provide a value that reflects the confidence that this sequence is bound by the factor of interest.
+Such confidences may be peak statistics (e.g., number of fragments under a peak) for ChIP data or signal intensities for PBM data. In addition, you need to provide an anchor position within the sequence. 
+In case of ChIP data, this anchor position could for instance be the peak summit.
+For instance, an annotated FastA file for ChIP-exo data comprising sequences of length 100 centered around the peak summit could look like::
+	
+	> peak: 50; signal: 515
+	ggccatgtgtatttttttaaatttccac...
+	> peak: 50; signal: 199
+	GGTCCCCTGGGAGGATGGGGACGTGCTG...
+	...
+
+where the anchor point is given as 50 for the first two sequences, and the confidence amounts to 515 and 199, respectively.
+The FastA comment may contain additional annotations of the format ``key1 : value1; key2: value2;...``.
+We also provide an example_ input file and a Perl script_ for preparing data in the format required by Dimont.
+
+Accordingly, you would need to set the parameter "Position tag" to ``peak`` and the parameter "Value tag" to ``signal`` for the input file.
+
+For the standard deviation of the position prior, the initial motif length and the number of pre-optimization runs, we provide default values that worked well in our studies on ChIP and PBM data. 
+However, you may want adjust these parameters to meet your prior information.
+
+The parameter "Markov order of the motif model" sets the order of the inhomogeneous Markov model used for modeling the motif. If this parameter is set to ``0``, you obtain a position weight matrix (PWM) model. 
+If it is set to ``1``, you obtain a weight array matrix (WAM) model. You can set the order of the motif model to at most ``3``.
+
+The parameter "Markov order of the background model" sets the order of the homogeneous Markov model used for modeling positions not covered by a motif. 
+If this parameter is set to ``-1``, you obtain a uniform distribution, which worked well for ChIP data. For PBM data, orders of up to ``4`` resulted in an increased prediction performance in our case studies. The maximum allowed value is ``5``.
+
+The parameter "Weighting factor" defines the proportion of sequences that you expect to be bound by the targeted factor with high confidence. For ChIP data, the default value of ``0.2`` typically works well. 
+For PBM data, containing a large number of unspecific probes, this parameter should be set to a lower value, e.g. ``0.01``.
+
+The "Equivalent sample size" reflects the strength of the influence of the prior on the model parameters, where higher values smooth out the parameters to a greater extent.
+
+The parameter "Delete BSs from profile" defines if BSs of already discovered motifs should be deleted, i.e., "blanked out", from the sequence before searching for futher motifs.
+
+You can also install this web-application within your local Galaxy server. Instructions can be found at the Dimont_ page of Jstacs. 
+There you can also download a command line version of Dimont.
+
+If you experience problems using Dimont, please contact_ us.
+
+.. _example: http://www.jstacs.de/downloads/dimont-example.fa
+.. _script: http://www.jstacs.de/index.php/Dimont#Data_preparation
+.. _Dimont: http://jstacs.de/index.php/Dimont
+.. _contact: mailto:grau@informatik.uni-halle.de
+</help>
+</tool>
+
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/extract_data_single_galaxy.pl	Tue Nov 12 12:55:52 2013 -0500
@@ -0,0 +1,128 @@
+use strict;
+
+if(@ARGV == 0){
+die <<USAGE
+usage:
+perl extract_data.pl <chromFa> <bedfile> <chromcol> <startcol> <seccolm> <secondcol> <width> <statcol> <outfile>
+    
+    <chromFa>: the chromosome FastA containing all chromosome sequences
+    <bedfile>:  the file containing the peaks in tabular format, 
+                e.g., bed, gff, narrowPeak
+    <chromcol>: the column of <bedfile> containing the chromosome
+    <startcol>: the column of <bedfile> containing the start position relative to
+                the chromosome start
+    <seccolm>:   center: "Center of peak (relative to start)", end: "End of peak (global coordinates)"
+    <secondcol>:  the column of <bedfile> containing the peak center position (center) relative to
+                <startcol> or the column of <bedfile> containing the end position (end)
+    <width>:    fixed width of all regions
+    <statcol>:  the column of <bedfile> containing the peak statistic
+                or a similar measure of confidence
+    <outfile>:  the path to the output file, written as FastA
+USAGE
+}
+
+
+my $chromFa = $ARGV[0];
+my $bed = $ARGV[1];
+my $chromcol = $ARGV[2]-1;
+my $startcol = $ARGV[3]-1;
+my $seccolm = $ARGV[4];
+my $seccol = $ARGV[5]-1;
+my $width = $ARGV[6];
+my $statcol = $ARGV[7]-1;
+my $outfile = $ARGV[8];
+
+my $sort = 1;
+
+
+sub loadSeq{
+	my $prefix = shift;
+	print $prefix," ";
+	open(FA,$chromFa);
+	my $head = "";
+	my @lines = ();
+	while(<FA>){
+		chomp();
+		if(/^>/){
+			if($head){
+				last;
+			}
+			if(/^>\s*(${prefix}|chr${prefix})(\s.*$|$)/i){
+				$head = $_;
+			}
+		}elsif($head){
+			push(@lines,lc($_));
+		}
+	}
+	my $str = join("",@lines);
+	print "loaded\n";
+	return $str;
+}
+
+
+
+open(IN,$ARGV[1]);
+
+my @lines = ();
+
+while(<IN>){
+	chomp();
+	my @parts = split("\t",$_);
+	$parts[$chromcol] =~ s/chr0/chr/g;
+	my @vals = ();
+	if($seccolm eq "center"){
+		@vals = ($parts[$chromcol],$parts[$startcol]+$parts[$seccol],$parts[$statcol]);
+	}else{
+		@vals = ($parts[$chromcol],int(($parts[$startcol]+$parts[$seccol])/2),$parts[$statcol]);
+	}
+	push(@vals,$width);
+	push(@lines,\@vals);
+}
+
+close(IN);
+#print "Read input file ".$bed."\n";
+
+
+if($sort){
+
+	@lines = sort { ${$a}[0] cmp ${$b}[0]  } @lines;
+
+}
+
+open(OUT,">".$outfile);
+
+print "Extracting sequences...\n\n";
+
+my $oldchr = "";
+my $sequence = "";
+for my $line (@lines){
+	my @ar = @{$line};
+	my $chr = $ar[0];
+	unless($chr eq $oldchr){
+		$sequence = loadSeq($chr);
+	}
+	$oldchr = $chr;
+	my $w = $ar[3];
+	if($w <= 0){
+		print $w," -> next\n";
+		next;
+	}
+	if($w % 2 == 0){
+		$w = $w/2;
+	}else{
+		$w = ($w-1)/2;
+	}
+
+	my $start = $ar[1]-$w-1;
+
+	my $head = "> chr: ".$chr."; start: ".$start."; peak: ".($ar[1]-$start)."; signal: ".$ar[2]."\n";
+	my $curr = substr($sequence,$start,$ar[3]);
+	if($curr =~ /[^ACGTacgt]/){
+		print "Sequence for\n\t",substr($head,1),"omitted due to ambiguous nucleotides.\n\n";
+	}else{
+		print OUT $head,$curr,"\n";
+	}
+}
+
+close(OUT);
+print "\nDone.\n";
\ No newline at end of file
Binary file test-data/.DS_Store has changed
Binary file test-data/Test/Motif_(rc)1.png has changed
Binary file test-data/Test/Motif_(rc)3.png has changed
Binary file test-data/Test/Motif_0.png has changed
Binary file test-data/Test/Motif_2.png has changed
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/Test/Test_html.html	Tue Nov 12 12:55:52 2013 -0500
@@ -0,0 +1,44 @@
+<html>
+<head>
+<title>
+Summary of Dimont results</title>
+<style type="text/css">body{font-family:sans-serif;font-size:10pt}
+table{font-size:10pt;border-spacing:0px}
+th{font-weight:bold}
+div.head{font-size:15px;line-height:24px;padding:5px 10px;background:#ebd9b2;border-bottom:solid #d8b365 1px;font-weight:bold}
+div.comment{color:grey}
+h2{text-align:center}</style></head>
+<h2><title>
+Summary of Dimont results</title>
+</h2><body>
+<div class="head">
+Motif 1</div>
+<br /><img src="Motif_0.png" alt="Motif 1" width="749" height="529"/><div class="comment">
+Sequence logo of motif 1</div>
+<br /><div class="head">
+Motif 1 (rc)</div>
+<br /><img src="Motif_(rc)1.png" alt="Motif 1 (rc)" width="749" height="529"/><div class="comment">
+Sequence logo of the reverse complement of motif 1</div>
+<br /><div class="head">
+Motif 2</div>
+<br /><img src="Motif_2.png" alt="Motif 2" width="749" height="529"/><div class="comment">
+Sequence logo of motif 2</div>
+<br /><div class="head">
+Motif 2 (rc)</div>
+<br /><img src="Motif_(rc)3.png" alt="Motif 2 (rc)" width="749" height="529"/><div class="comment">
+Sequence logo of the reverse complement of motif 2</div>
+<br /><div class="head">
+Description of columns of binding site output (see history)</div>
+<br /><div>
+<table border="1"><tr><th>Column</th><th>Description</th></tr><tr><td>Sequence index</td><td>The index of the sequence</td></tr><tr><td>Position</td><td>The start position of predicted binding site (BS) within the sequence</td></tr><tr><td>Strand</td><td>The strand of the predicted BS</td></tr><tr><td>p-value</td><td>The p-value of the predicted BS</td></tr><tr><td>Binding site</td><td>The binding site as in the sequence</td></tr><tr><td>Adjusted binding site</td><td>The binding site in predicted orientation</td></tr><tr><td>Sequence annotation</td><td>The annotation of the original sequence</td></tr></table></div>
+<div class="comment">
+You can download the predictions for the motifs discovered as tab-separated file from the history.</div>
+<br /><div class="head">
+Protocol</div>
+<br /><div>
+-----------------------------------------<br />pre-optimization 0<br />consensus: NNNGGATTAgNNNNN<br />score: -0.295567005150279<br />-----------------------------------------<br />pre-optimization 1<br />consensus: NNNNNNNGCTAATCC<br />score: -0.2968705301682643<br />-----------------------------------------<br />pre-optimization 2<br />consensus: NNNNNNNNNGGATTA<br />score: -0.2998645110489622<br />-----------------------------------------<br />pre-optimization 3<br />consensus: NNNNNNNCTACCTGN<br />score: -0.3087596251574336<br />-----------------------------------------<br />pre-optimization 4<br />consensus: NNNNNNNcTAATCCN<br />score: -0.29644063340606813<br />-----------------------------------------<br />pre-optimization 5<br />consensus: NNNNNNNcTAATCCN<br />score: -0.2966054557344498<br />-----------------------------------------<br />pre-optimization 6<br />consensus: NNNNNNGGATTAgNN<br />score: -0.2960250155204568<br />-----------------------------------------<br />pre-optimization 7<br />consensus: NNNNNNNNGGATTAG<br />score: -0.29700657112246615<br />-----------------------------------------<br />pre-optimization 8<br />consensus: NNNNNNNNGGATTAG<br />score: -0.2968825997973593<br />-----------------------------------------<br />pre-optimization 9<br />consensus: NcTAATCCNNNNNNN<br />score: -0.29658902318223385<br />-----------------------------------------<br />pre-optimization 10<br />consensus: NNNNNcTAATCCNNN<br />score: -0.2956125682458301<br />-----------------------------------------<br />pre-optimization 11<br />consensus: NNNNNNNcTAATCCN<br />score: -0.296571619107918<br />-----------------------------------------<br />pre-optimization 12<br />consensus: NNNNNNNcTAATCCN<br />score: -0.2962341972836779<br />-----------------------------------------<br />pre-optimization 13<br />consensus: NcTAATCCNNNNNNN<br />score: -0.29655816176857164<br />-----------------------------------------<br />pre-optimization 14<br />consensus: NcTAATCCNNNNNNN<br />score: -0.2965258452522728<br />-----------------------------------------<br />pre-optimization 15<br />consensus: NNNNGGATTAgNNNN<br />score: -0.29611726030602253<br />-----------------------------------------<br />pre-optimization 16<br />consensus: NNNNGGATTAgNNNN<br />score: -0.29582934750532014<br />-----------------------------------------<br />pre-optimization 17<br />consensus: NNNNGGATTAgNNNN<br />score: -0.2960919285853769<br />-----------------------------------------<br />pre-optimization 18<br />consensus: NNNNCAGGTAGNNNN<br />score: -0.309349126583713<br />-----------------------------------------<br />pre-optimization 19<br />consensus: NNNNcTAATCCNNNN<br />score: -0.29618438710408135<br />-----------------------------------------<br />added: NNNGGATTAgNNNNN<br />added: NNNNNNNCTACCTGN<br />number of motifs: 2<br />+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br /><br />finalOpt 0 -----------------------------------------<br />left: 3, right: -5<br />modified motif<br />consensus: GGATTAG<br />+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br /><br />finalOpt 1 -----------------------------------------<br />left: 7, right: -1<br />modified motif<br />consensus: CTACCTG<br /><br />++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br /><br /><strong>Motif model 1</strong><br /><p><strong>motif probability:</strong> 0.906</p><p><strong>Probabilities at position 0:<strong><br/><table border="1"><tr><th>A</th><th>C</th><th>G</th><th>T</th></tr><tr><td>0.144</td><td>0.087</td><td>0.725</td><td>0.044</td></tr></table></p><p><strong>Probabilities at position 1:<strong><br/><table border="1"><tr><th>A</th><th>C</th><th>G</th><th>T</th></tr><tr><td>0.040</td><td>0.045</td><td>0.868</td><td>0.047</td></tr></table></p><p><strong>Probabilities at position 2:<strong><br/><table border="1"><tr><th>A</th><th>C</th><th>G</th><th>T</th></tr><tr><td>0.686</td><td>0.188</td><td>0.061</td><td>0.065</td></tr></table></p><p><strong>Probabilities at position 3:<strong><br/><table border="1"><tr><th>A</th><th>C</th><th>G</th><th>T</th></tr><tr><td>0.048</td><td>0.120</td><td>0.052</td><td>0.781</td></tr></table></p><p><strong>Probabilities at position 4:<strong><br/><table border="1"><tr><th>A</th><th>C</th><th>G</th><th>T</th></tr><tr><td>0.055</td><td>0.130</td><td>0.040</td><td>0.776</td></tr></table></p><p><strong>Probabilities at position 5:<strong><br/><table border="1"><tr><th>A</th><th>C</th><th>G</th><th>T</th></tr><tr><td>0.711</td><td>0.067</td><td>0.057</td><td>0.165</td></tr></table></p><p><strong>Probabilities at position 6:<strong><br/><table border="1"><tr><th>A</th><th>C</th><th>G</th><th>T</th></tr><tr><td>0.319</td><td>0.080</td><td>0.424</td><td>0.177</td></tr></table></p><br />++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br /><br /><strong>Motif model 2</strong><br /><p><strong>motif probability:</strong> 0.892</p><p><strong>Probabilities at position 0:<strong><br/><table border="1"><tr><th>A</th><th>C</th><th>G</th><th>T</th></tr><tr><td>0.104</td><td>0.451</td><td>0.177</td><td>0.268</td></tr></table></p><p><strong>Probabilities at position 1:<strong><br/><table border="1"><tr><th>A</th><th>C</th><th>G</th><th>T</th></tr><tr><td>0.063</td><td>0.032</td><td>0.152</td><td>0.753</td></tr></table></p><p><strong>Probabilities at position 2:<strong><br/><table border="1"><tr><th>A</th><th>C</th><th>G</th><th>T</th></tr><tr><td>0.729</td><td>0.063</td><td>0.147</td><td>0.061</td></tr></table></p><p><strong>Probabilities at position 3:<strong><br/><table border="1"><tr><th>A</th><th>C</th><th>G</th><th>T</th></tr><tr><td>0.048</td><td>0.847</td><td>0.061</td><td>0.044</td></tr></table></p><p><strong>Probabilities at position 4:<strong><br/><table border="1"><tr><th>A</th><th>C</th><th>G</th><th>T</th></tr><tr><td>0.045</td><td>0.827</td><td>0.078</td><td>0.051</td></tr></table></p><p><strong>Probabilities at position 5:<strong><br/><table border="1"><tr><th>A</th><th>C</th><th>G</th><th>T</th></tr><tr><td>0.046</td><td>0.078</td><td>0.105</td><td>0.771</td></tr></table></p><p><strong>Probabilities at position 6:<strong><br/><table border="1"><tr><th>A</th><th>C</th><th>G</th><th>T</th></tr><tr><td>0.242</td><td>0.081</td><td>0.603</td><td>0.074</td></tr></table></p></div>
+<div class="comment">
+The protocol of this Dimont run</div>
+<br /></body>
+</html>
+
Binary file test-data/TestPred/Motif0.png has changed
Binary file test-data/TestPred/Motif_(rc)1.png has changed
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/TestPred/TestPred_html.html	Tue Nov 12 12:55:52 2013 -0500
@@ -0,0 +1,36 @@
+<html>
+<head>
+<title>
+Summary of DimontPredictor results</title>
+<style type="text/css">body{font-family:sans-serif;font-size:10pt}
+table{font-size:10pt;border-spacing:0px}
+th{font-weight:bold}
+div.head{font-size:15px;line-height:24px;padding:5px 10px;background:#ebd9b2;border-bottom:solid #d8b365 1px;font-weight:bold}
+div.comment{color:grey}
+h2{text-align:center}</style></head>
+<h2><title>
+Summary of DimontPredictor results</title>
+</h2><body>
+<div class="head">
+Motif</div>
+<br /><img src="Motif0.png" alt="Motif" width="749" height="529"/><div class="comment">
+Sequence logo of the motif</div>
+<br /><div class="head">
+Motif (rc)</div>
+<br /><img src="Motif_(rc)1.png" alt="Motif (rc)" width="749" height="529"/><div class="comment">
+Sequence logo of the reverse complement of the motif</div>
+<br /><div class="head">
+Description of columns of binding site output (see history)</div>
+<br /><div>
+<table border="1"><tr><th>Column</th><th>Description</th></tr><tr><td>Sequence index</td><td>The index of the sequence</td></tr><tr><td>Position</td><td>The start position of predicted binding site (BS) within the sequence</td></tr><tr><td>Strand</td><td>The strand of the predicted BS</td></tr><tr><td>p-value</td><td>The p-value of the predicted BS</td></tr><tr><td>Binding site</td><td>The binding site as in the sequence</td></tr><tr><td>Adjusted binding site</td><td>The binding site in predicted orientation</td></tr><tr><td>Sequence annotation</td><td>The annotation of the original sequence</td></tr></table></div>
+<div class="comment">
+You can download the predictions as tab-separated file from the history.</div>
+<br /><div class="head">
+Protocol</div>
+<br /><div>
+<br />++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br /><br /><strong>Motif model</strong><br /><p><strong>motif probability:</strong> 0.906</p><p><strong>Probabilities at position 0:<strong><br/><table border="1"><tr><th>A</th><th>C</th><th>G</th><th>T</th></tr><tr><td>0.144</td><td>0.087</td><td>0.725</td><td>0.044</td></tr></table></p><p><strong>Probabilities at position 1:<strong><br/><table border="1"><tr><th>A</th><th>C</th><th>G</th><th>T</th></tr><tr><td>0.040</td><td>0.045</td><td>0.868</td><td>0.047</td></tr></table></p><p><strong>Probabilities at position 2:<strong><br/><table border="1"><tr><th>A</th><th>C</th><th>G</th><th>T</th></tr><tr><td>0.686</td><td>0.188</td><td>0.061</td><td>0.065</td></tr></table></p><p><strong>Probabilities at position 3:<strong><br/><table border="1"><tr><th>A</th><th>C</th><th>G</th><th>T</th></tr><tr><td>0.048</td><td>0.120</td><td>0.052</td><td>0.781</td></tr></table></p><p><strong>Probabilities at position 4:<strong><br/><table border="1"><tr><th>A</th><th>C</th><th>G</th><th>T</th></tr><tr><td>0.055</td><td>0.130</td><td>0.040</td><td>0.776</td></tr></table></p><p><strong>Probabilities at position 5:<strong><br/><table border="1"><tr><th>A</th><th>C</th><th>G</th><th>T</th></tr><tr><td>0.711</td><td>0.067</td><td>0.057</td><td>0.165</td></tr></table></p><p><strong>Probabilities at position 6:<strong><br/><table border="1"><tr><th>A</th><th>C</th><th>G</th><th>T</th></tr><tr><td>0.319</td><td>0.080</td><td>0.424</td><td>0.177</td></tr></table></p><br />++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br /><br /><strong>Predicting...</strong><br />Predicted 1897 binding sites.</div>
+<div class="comment">
+The protocol of this DimontPredictor run</div>
+<br /></body>
+</html>
+
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/dimont_test.fasta	Tue Nov 12 12:55:52 2013 -0500
@@ -0,0 +1,3680 @@
+> chr: chr2L; start: 161543; peakSummit: 499; maxT: 130.51
+ATTCCGTGCATCAGAGCGAGATACAAATAGGGCACTCAATAATATAGCTGTTCGCTCACGAACACCAACAAGGAAATTGACAGATGTATGGGTGATTTCCTGCTGCGCCCCAAAAGAAAATACGTAGGAGATTTAGAGCTACAAAACTACACGAATTATGGAAGAACGTGCAATAACAAAGCAAAAGAAGCGCACCACATGACCACATAGCCATTTATAAATACACAGCGAGTTTCTCGTTTTCCATGTACGAGAGAAAAGTACCAGCTATAAATTCTTTATGTACACGAGTATATGGCACGCACACACAAACCCAAACACCCTATGTACTTTGTGCGCTGAAGCAGCAACAACAGCTGGCTATCTCGCTCTAGCAACCACGTCAGACGGCAAACGTCAATTATAAGCAAACAAAGCGACGTTGCCTCATTTCACGAAAGCCGCAGCGAGGCAGAGCGAGAGCAAGCGAAATGGCGCTTCGCGGCAACGTTGCCAAACTTCAGCGTCGACTGCGTGTTGTTCTTGTAGTTTCCATGCTTCTTTAGTGCATGGAATTTTAACATGCTGTACCACCAACCCTCTTTACGGGGGATGGGGGATTATAATAACGCGCTGCTGACGTCGCTGCTCGCATTTTCCACCTTCTCGCATTCGTATTGTTGCAAAGGAAATGGCCCTATACAAGAAGTTTATCTTTGAATATACATACATACATATGTATATTTAGTACATGCCGTATTCCGTGCTTAAATTGAGGCAAAAGGAGGAGAACATATCTTGGGTCCATTGAAATTTCAATAAATTTAAATTGCTCTAGTTGAATTAAATTAAAAGCGTATTTTTAGTTGGTAAATTAAGGCAAATTGGCATTAGTGGAAAAAAAAATTGTGTAATAAAGTAAATCGCTTTAAGAAAAAGTCAAATATTGTAATCACAATGAAAAAGCTTCTATATAAAGTGCACGTGCAGTGTAAAATAAAAATTAGTGTCCGCTGGATCT
+> chr: chr2L; start: 221469; peakSummit: 499; maxT: 594.7
+ATTTCGCATCGAAATATTTGTATTTTTTGCTTTTACCTCCAAATAAATGCCTTTTCCATTGTTTATTGTTGGCGGTATCGTCGTTGCAGTTGTTGCTGCAATTTGTGAAGATTTGTTAAGATGCTCGCAGAACGCCGAGAAGCTGCTGAAGTCCATGGGTTTAATAACCTCCATTTTCGAACACACGGCAATATCACAGACTCACTGGTAATCAAGAATATATTGGCAAAATCGAAGCTTTACGCTTTCGTCATGATTATTGATTTCAATTAAGCACTAATTATCATTCATTGCGCCTCAATGACAACTATTTGCATTGTTGTTGTTGCCTCTGCAAATACATTATTCCATTTCGTTTGATTATCACTCCCTCTTCCTTTAGCGCACTCTCTTTCTCACGATTTATCGCGTTTCGTTTTCCCCGTCTTGCATCGAGTTTCCACGAGCACTTGGACTTTTTACAACTTTACACCGCGGCGCTCAAACAAATAATGAGCGGAGCGCATTGCGGACTAAAATACAAGACACACTCCTCACACACACACATAGGTAGGCAAACAACGGCGATGGCAGCGGCTAAAATCGAATGCGAATCAGCCAGAAAGAGAGACTCAGAAGAGAGGGAGCGCGGGAGAGTAGGAAACCAAACAATCGTGAGATTAAGTCAAACGCCGTTTTGGGTGAATGTGAATATGAATGAGGTGGGCTAAAACTGAGACCGACATCCAACTCGGAGGTGAATGAGCGTCACTTGCAATAAGGGAGAGCGACAGAGAGAGCATCGACTTCGGCTTCGCGAGAGTACAATTCAAGGGAGGGCGCGGGCAGAAGCAACCTAGATGCGATTGTGACTGTGAGTGTGCAGTGGATGGACGAGTTGAAGAAGAGCGGCCGCAGCGGGCACATTGTGTCAACTGTGTAATGTAAGCAAAGAAGCGAGACAAGAGCCTGCCGCACACTTACTCGCACCTAAACACAAACCCTGGAGCGGGGAGAGAAC
+> chr: chr2L; start: 276877; peakSummit: 499; maxT: 61.05
+ATCAGTGGAATGTGTCGGCTCTACGGCTAAAAGGTAAACGTTAACCAGGAAACTAGACTAGCTTCGAGCAAGTTTGCTAACCGGGGGCTTTCTCACCGCAGCTCTCTGGCTTTTTCGCTCCTCCTGTTTGTACACCATTTTCGATTGTTGTTGCCTTTGCGAGTGCGACCGGCGCTTGGTTTGCATTTTGATTCGGACTGATCGGCGCCTGCTGGGTGCTATGATCGCCGCCGGAACTGGCGGGCGGTGCGGGGGCAACGTCCATGGCTTCTATTTGCGTTTGCGCGACTCCAACCAAGCCCTGTTATCCGTGTTTTTGGACCGTGCCGTGAAATAATATTGCAGAATAGGGATGTAAAAACTACATCGATGCTTGGTGCGCTACTATCGCGGTGTTATCGATACTCCGCACCCAGTGTGACCGTCGAGCGCATGGCATAAATAAATAAGCCAGCGGCCAGCATTGCCATATAGTCAAAATGTTGCGGGGAACACCTTTTTCGTTTGCTGATGCATTTCTACATATGATCATATTTCTTATTTTATGTTGATGTTATCTTATGTTACGATCGAACAAAATAAATCCGATTTGTTTGCATATCATTCGACTTGTTGCAGCTATGACCGATAATAACCGATGCCGACCGATAACATGCAAATCTCGCTGACCGATAACATGGGTATATTTAAACTGGCCCTGAATGGTCGCACATTTGTTGCTTCAGCTTCACGTTGAGTCGCGTTTATTTTTGTTTTCCTCCTTGGTTCTTGTTTTTTTTTTCTCTTTTTTAAAAACACTGCAATCCTTCAAAGGGAACAATTAAACCAGGATATCCCGAGTCCAACGAAAGCGCCTTCACGATGCACTGACGAACCGCTGAGCAAGAAACGGGCATTCAGCCCATTAAAATTCACACAAGGCAGCTATTTAATGATTTTTATAAGCGGATGCAGTACTTAAACTTTCCGCGCATGCCAAACATTATGTGAGTGACTCGCC
+> chr: chr2L; start: 278166; peakSummit: 499; maxT: 151.57
+CACCTCGAACGCAACCAACACCTGTTTCGGCTCAAAATTGCCCTATGAGCTGAGCAGCCTAGATCTCACCGACTTCCACACCGAAAAGGAGCTGAACGATAAGCTGAACGACTACTATGCCCTGAAGCACGTGCCCAAATGTTGGGCAGCTATACAGGTGAGGAATCTTAATAACATCTAATGTACCTAATGATTTCAAAAGGTGGGGCCGAGTCTGTATGAAAATACAGATTGTCGCATTATTTTCTGATAAGGAGGTGCATTAGAAACAAGTTAAGCGCACAACTGTGATTACTTAATTACGCTTTGTGTTCAAGCAGTGAAAGTAATATGTGAATTGCTTTATCTTGGGAAGATTCAGATATATATACATATTCAGTTGTGGCTCAAGGTTTTCTGTAGATATTATAGTATTTCAAATCCATTTCTTCAATATTCCGGATTAGCTCAACACACCCATTTTTACATGTTTATAGCCCTTTTTGTGCGCCGTCTTTAAGCCGAAGTGTGAAAAAATCAACGGCGAGGACATGGTCTACCTGCCATCTTACGAGATGTGCCGAATTACCATGGAACCCTGTCGCATTTTGTACAACACGACGTTTTTCCCAAAATTCCTTCGCTGCAACGAAACACTCTTTCCGACGAAATGCACAAACGGAGCACGAGGAATGAAATTCAACGGAACTGGCCAGTGTTTAAGTCCTTTGGTTCCGACAGATACGTCAGCCAGCTATTATCCTGGCATCGAGGGCTGCGGCGTGCGATGCAAGGATCCACTCTATACCGATGATGAGCATCGGCAGATCCACAAACTGATCGGATGGGCTGGCAGCATATGTCTTCTGTCTAACCTTTTCGTGGTGTCCACCTTCTTCATCGACTGGAAGAATGCCAACAAGTATCCGGCAGTAATTGTGTTCTACATAAATCTTTGCTTTCTAATTGCTTGCGTCGGGTAAGTTTTGAGCACTATTTTGCATTTGTATTCTTAATCAAC
+> chr: chr2L; start: 282024; peakSummit: 499; maxT: 149
+AGGACTTTAGATTGTAGATTATAGATTTAAGTACGATATAAATAAGCCTCTTGGGCACACAAATCGTACCTCAGAAAGTGCCTTCAAGTTTACAAAATTATACATAATAATTTGTGTAACTAATAAACGATTTTAAATCCTCGAGTCCTAGCCTTGCTTTAATTTCTGTTGATTTAGGAGCTTAAACTCCGGACCCCAAACGACGTTGTTGGCGAACTCCCCGAGCAGATAGCAAACCAGGTTGAACCCCACAAGTAGTGCCAAGAACACGTAGCGCAGGTATGCGGGCAGCACTTCCAGAATGGGATACACCCACTCGCCACTGAAGTAGCGAACAATGTGCAGCCAGATGATGTAAAGCAGGATGAAGGAGACGTTGCCCGTGATGCCTGCCAATCGACTCGGATAGCGGCGGAAGCAGGTAAACAGGTCCATAATGGCCAAAAGGGCCACATTCGTGTGTACCACGTGATTCAACCAGCTGCAAATATTGAGAAACACAGGTAAATCAAAACTCGCCTCGCCTGATGAACAGAAAGTTTAGACAGGCTCGAAACAAAAGAGACTCCAGCAGACTAACATTGTGCATTGTACGCAAGTTAAACCGGCGGAAAAACATAAACACTTGCCTGGGGAAAATCGCATCCAGCGCTGAGGGAAAGATGAGCTCACGGTCCCACACGTAGATGACCCAAAACGAGAGGCAGACATTGTGGGCGACAGGAAAGGCAAAGGCGGCGAACACATAGTCCCTCACCGATCGCAACATGGATTTTGAATCCCCGGAGACATTGTTATCGCCGAAGAGATCGTTCAGCAGAGCCAATGAGTGGTAGATGGCCTGTAGAATGACGTCCAAGAAGGTAAGGTACTTGAACTTGCCGCCCCACCGCGCCTTCAGTTCATCCTCGTCTAGCAAATCCGTGGGCCAATGCACCCGGAAGTAGTGAAAGTATATCCCATACGAAAACTGCGCTGCCGCCAGGAGATGGACCAGGAA
+> chr: chr2L; start: 356026; peakSummit: 499; maxT: 226.17
+CGTTTAGGCGCCATTATAAGTAGTATGTTCGTAAAATATCCGTTGGACAAGGCAAACATTACCATCATCGCTATGAAAGTATAGTCGTGTTTTACCAAAACTGGCAGAAAGCTGTGTTCGCTGGAGTTTGAACATAGAAATAACGGAACAAACGCCATGCGCACTACAATAAATAGTAGCGAAGTGTTCTGGTTTAATGGTCGCTCCATCCAGCCAGCAAACAGACGACCAAAATAGTCACCGCAGTTAAATATCAGGTAGTTCACGACGGGCAGAAAATAAACATCTGTAAGAACACCGCATATGAGGCACGAACAAAAAGAATAGGTTTTCTGTTTACCTGTCCACACGCTGTGGCCGTACTCTGACTGCATAAGCACTGTAACTGCCGGATAGACAGACAGGGTCGTGGTATAGAGGAGCGCTAGGGAAATGGCATGCAGATAGATCTTCGACATGACCTGACGCAAAATAGGCTCAAGCGGCAAGCCCTCAGCGCTTCCATTCCGGTTGTGCGAGGGCACTGCCCGGATGACCTTGTACTTGTCGCCACCTTCGAGATAATACCTAAAGAAAGGCTTTCGAGCCAGGATTACGTAGCACACAATGCAAAGCAGGATGAGCACTCCTCCCACAATGAAGAAGATGAATGCAGTGGTATTGGGACCCGTGTCGAATGCAAGCACAAGAATGAAGGCCAGGGCTGTGAGGATACCACCAAGAGCCTGTCCGCTAACCACAGCGGTGATAAACTCGGAGGGAAATAGACCAGCGACTCCGTAGAGGGCTCCCGACATTGTAGCCGCAGATACTATATATAATAAATATTAAGTAAACACTCAAGGAGTACTTCATGGTACCCACTATTTAGCAGCACTACAATGATGAGAGTGATTAGGAAAAACTGTTCCTGCCACGTGTCTGTGTTGATCTCCACGAAGCCAGTTGTAACCCCGAAAAGGATGAGGATCATCCACAGCGTTCCTAACATCTTGGTGCG
+> chr: chr2L; start: 409933; peakSummit: 499; maxT: 75.62
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+TCAATCAGTATTAAATGGAACACCCCTATCTGACATATTTATTTTCCATTAATAGTAAGAAAAGCGCTAAGACAACGAGGTAATTTGAGCTATAAATACTTGTATACCTAGCACTTTTGTTAGGCCAAGCGATTGTTTTTGACGGATATATGTGGCAAATGCGCTAATCATGCGCCTAACCCTCGAATTTATCACATTACCCAGGGGAAATTTACATTACTGAGGCGGCACTGTGGCATACCATTTTCCCAGTGGGAAAGCTCTGCTAAATCCTAAAAAATGATGGCGAATAGTGCGGGGTCGTGGTTCGTGCTCAAAACCCGATCGCCGTGATTAATGAAGAGGCGCATGGTCCTAAAAAACTCAGCGCACCACGGCAACTCCCACAAATGACATTTCGGGAAATTAGTATGAGAAATTAACAAGTGCTCGCCATTGGTCATGTCGGCTTAGTGGAACAGATTCCCATTCCGGGCACACGGCTAATGTGTGGCCGCTCGGTTCGCCGGAGTCACCCGTGGTTCTTGGTTACCGGATTACCAGGGCAGGAATATTAGCCAGAGATGGGTAAAGCGGAAAAGAAAAACGAAAATGCTCCGGATGACCTACGTTTTTACGGGGCACATTAAAATTCAGTTTTTTTTTTTTCAAGAAGGTTGGCCCGCTTGAGGTTTCCACTTGCTCTAATGCTTATCTTCAATTTGCCGTCGACCACATCACACTTTTCACTTACTGCTTCCTCTCCATTTGTTATTTTTCCCGTGACGTCCTCGAGTTGCATCGATGGAAATCTTTTAAGCCGGCATCCCGGCATTCGACATCCCCTTTTTTCTTCCGTTGGTTACCAAAATGTGATTTAATCCATTATTTGTAATGCTGCCTCTCATTTCCCTTTGCCCCTGTCGCTTTGCCATTGCACTTAATCGCATATAAATAAAAATTTTCCCTTTTCCTTTCACATTCAATTTTCCATTGTTTCCACAGCGCCGTATCCGTATCT
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+> chr: chr2L; start: 6372876; peakSummit: 499; maxT: 840.33
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+> chr: chr2L; start: 17483953; peakSummit: 499; maxT: 53.72
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+CACTTCTGCACCCAACCTATACATACACGACGGGCACAAAGAAGTTGCCAGACAACGGTGAAAATTTCCCAACGGTACCGCCGACTTTTCTTACCGTTATTGTTACTGCGGCTGGCCAAATTGTTTTTTAAATGCGATTAATTGTTAACACTCACACACACACACTTGTGAGAGTGGTGGGCTATTTGCAGCAGGGTGCCACTAATCCACGGGGGTGGCGACTCCGCACAAAAGCACGGCACACACAAACACAGATACTTTGCTCTGCTCTTGACTATCTTTCAGATACTTTGCATACTATTATTCACTTTTTTGTAGGGTGGTGCACTAGCACCGCTGCAACCGGTTGGCGGATTGCTAATCGCGTACCGCTGCCGTATATCCGTCTATCCGTACCCGTATCCGTATCGGTGTCCCAAAACAAACGCTCACACGCACACACAAATACTCGCACGCTCTCGCGATTCGCCGACTAGCGCTGAAATCCGGTTCTCGATCGCTCGACGGTCCAAACAAGACTGAATCGGATGCTCAGATACTCGCCATCGGATTTAGATACAACGCTTAAACCGGCGctctctctctctccctctcatcctctctctttGCGCTTTCTGTGTGTGTGTGTGTCCGAAGGGGCGATTGTTTGGGAAATTTCTGGGACATTTCTCACCTGTTGCCTTGTGGACTGTGTTTGCTTGGATTTCAGCTGCAAATGTAGAACTTAATTATCTTTATAAGACGATAACTATTTTATTTTGAATATAAAACACTGATTAAACACTGATTGATTAGTTTAGTTTGTATATATTTATTTGCTTAACCAACAATATCCACACAAAGCCATGCCGAGCGATTTGGCGGAATATGTATGCTTACAAATGTGTTTATAATTTTTCACACGCTGATATTGAGGGAACATACATACATTAATATCAATTTAAGTTACTCGGAGTACAGTGCAAACTGCATCTATATCAATGGACAATAAAAAATACGT
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+gacgaaaataatttgtaaattgcttggagccccgttcgttctggcgctccactagtggtttattccttttagtacgcattttttcaacggcagatgcttcagcatcgccaattgcatcacttgaacgtttgattgtagttttttgcgaatatcacaattaaagaagaaaacagaaaatatttaatgtacaccaaaatgttctcagagagaatagaagattttacatccgcgttcgacaagagctagtcgaagactgTGTAATGaatttaaaatataatttaaatatGATATTCAATGCGCGAAAAAACATACTAAATCAGCAGAATGTCGTTTTTAACATCGAATTGCTAGTGTTGCTGTAATCACTTAGGCAATGTATCTTTGACGAAAACAGAGCAACACGTTCTTGAGATACATTTTCCCACGCCTTCAGTACCTGTGGAATTAGCATTAGCATTGGCTGACCACAACAATGCGAGTGGGCCGAGGGTCGTGGGCCGGAGTGCAGGATGACAGCACTAATCCGCGGCGACAGGTAAGCCTGCCCGTGCTAATGGCCATGTCTAATGGACGGCGTCGGCGCGTGCGTTCCTCTCCGTCCGGCGACTCACACGCGTCCTGCCCCTTCCAGGATTCGGGATTCTGGACTCAGGCGCGCCGTGTCGCGTCCCGAGTAATGAGTGCTTCGGTGGCCAGGATCGAGCAGCTCCTGGCAACGGGGCGGTGCCTGGCAACCCCGGAGATTGCGCAAGGTTGCCCCAAGGGGTGGATGCTGTCTGACTGGCTGACTGGCATGCTGGAGGAGGGCGGCTGCTCTTTGATTTGTTTATTGATACTGTAGTTACACTCCGCAGACGTCACCACCCCCATTATCCTGCGGATTCTGGGGTTGCCAGGCGGAGGAGGAGGACGTTGCACACGTGTCTGGGCGAGATTGATGGCACGTCTCTGGTTACAAAATATTTTGACTTCTTTTATCCGGCGGCGGCTTTTTGCCGAT
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+> chr: chr2R; start: 7503569; peakSummit: 499; maxT: 136.99
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+AAAATGCGTAATTTATTGCAAAAACTGGCAACAAAGCAACTCACACCGAAGAAAAATGTAAAAATCATAAAAATTTGCTACGCTTTGGGTCAACTTTCACTCAACGCAACATCAGCGACCTTTTTTTGTTTTTGGATCTGACCATGGCCAATTAGAGCCGCTGCAGCTGCTGCCTGAAAAGCCGAAAGAAGAGATACAAGGACCAGCACGAGCTACGCAGCCTCACACAGCAGGATAATAGGGAAAGAAAGGACAGGACAATGGAGGTTCAGAAGAAGCGAGCAAATGCTGGAAAATGCAGTGACAACAGGTGCAAAATTATTTTTTGTTTGTTGCGAGTGCGCGTGAAAATTTCCAGCTGGCCAGGGACAGGAATATGACCACTTAAGGCCTAATGTGCGAAAAGTTCCTTTGTCAATTTACACGCCCTCTCCTCACCAAGCGACCGTGAAAACTTCATTCATTTGCATGGCTAAGCTCAGGTAGCCGGGGATTATCCCTCGTTCTAACCAAAACCTCCTGCTACATTCGGGTTTATCCCACTTGTTTGGCTGGGAATTTCCCCCGCAGATTTACGGTGGTCAGCCAAATCCCGGTTAGCTGGAAAAATATCGCAGAAATAAGGGAAGGTACGGCTGCTAATGAATCCTGACATCTCAATCAATTTTGGGGGAATCGAAACGCAAGGGAGGTGGAACTTTCACCACCCCAAACAAAAAGTGAAAACGCACTCACCCGAGACCACAACATTTTCCCATTTTCCAAAACAGAAGCGGGCCACACGTCAATAAATCACACGATTTAATTTCAGACCAACAGAAGGCGAAAATTGTTGAGGTGGTTTGTGTGGATTGCGATGTGTTCCCTAGGACCGCAACTGCAACTAGGGACCATGGCCATAAAACATTTTATTGCTCATCATGTGCGGTCATAAATCTGAGAACGCAATCAGTTCTGGCCGGCTCCCCTATATATTCCGGCCatatatatatatatatat
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+CAACAGCTCATATCGCCGGAGGCTCACTTGGCCAACGACGGAAGCTGCCTGCAGCAGGAAGTTCACCAAGATGGCGGGAGCCAAAGCGTGTTGTTGAATGTCCTTTTCGTACTCCTCGTGGGGTCTGAGTTGTCCGGCTTCCAGCTCCGTCATCCATTTACCATACACAATGTCAGTCAACGGCAACTGTAGCAATGTGGCCAATTGCAAAGCTTCCTCATAAGCTCGTGCCTCAGTCAGGGCATCTACCAGTCGCTTGTACTCGGGGCTATCCCTCCTCCCGAGCTGCTCGAGATCAATGGATAGTTCCCTTAGCCAGGTAGCAGCGACTCCGAAAACTTTATGCAGAAGGCAAAAATCCAGAAGATCACAAATATCGCCCACATCCGAACGACAAATGCACTCAAGGAAGCGCTGCTGCTGCAGTATGCAGTCAAAATTCGACTGCAATTGGATAAGCAGCAGGCCAATGGAGCGCTGCATCAACTGCTTTCTGGGCAGGGGACCACACAGAGGCAAAGCGACTGAATCCTGGCTCCAGCTAAAAAAGAACTGGCGCAGCTCCACAATTGTTGCATCACTAAAGTCTTCCTGGTGGCCAGTCAGTTGAAGAAAGCGGCACAGATGCGTGAGTTTGCAGTCCTGAAAGAGAAATAGGCTGTTATTAAACAAAGATATAGATGTTCATACCTACCGGATGAAAGATTTCTAGGCTGTGTAAAAGGGCATTCAGATGTCCGCCAGCGACAGCGCCTCTAATGACTGACCACACCCATTCTGATCGGTTCTCATCGCGCACCTTGGATGCCTCCTGAAGCTGCAGGCTCCACTGTCCGCTGGCCACCGAAAGCCAAACGATCCAGCACCAATCCCGGTTTTGCTCGCTGATTGTGGCTGCCAGTACAGCCAAGATAGGCAGCTCCTGGCGGATGCAGTGCCTTAAGAGGTTTATGCTACTGCAATGCGAACTGTTCCCAACCATCATCTCCAAAAACTTTGG
+> chr: chr2R; start: 18775937; peakSummit: 499; maxT: 51.28
+TGGATTCGCATGAAATGGGTTTTGGAATCATCTGTGAGACCAGGAGCTCACCAAGAAGTCCAGGTTGTTGTTCATGTTGTGGAACAGGCCTCCGACCATTGCAGCCAGATGGATGACATGCGTGGGCTTCTCTCGGGCGAAGAGTGCCTGCGTGGCGGCCAGATTTCTGTGGAGAGAATTTGTTTACGGATACGTTCAATTGAATTTCTTCATGACTTACGTCAAATCTGCATCTTTAGAGCCCGCAAAAAACCATTGCTCGTCCTCTGGGGACTGCTCCTTGATCACAGCCTCCAGGGCCTTGCCCACCAGCCCAGTTCCGCCTGTAACCAGAACTTTCTTCATGATTTTTGTGCGATTCCACAAATCAAGTCAATTAGTTTCTAAAGTAATTTTCGACTCAATGCGACCAGCTGCTTTAAATGCCGGCTAATCAGTCAGTGCTGCCTGCCTGGCGTTTTTAATCTAATCCTTTAGCTATTTCTTGTTATCAGAAAAAGCCACTTTTAGATTCTTTACTAAGCCCCATTTGGTCACACTGTGCCCAGGTAGTTTTTGTTTATGCGGTGTCGGATATGCGAAAAATAATTTAAATGGATATGGAAACGCAAGTTATAGACACCGTTAACGAGTTTCTGGTAATAGTGAAACCCTGCGTCTCCAAAAAATCACCCACTCATCCACGCTCTCCATTTCGCAGAAGGTCGACTCCCTTGACGAGGCGTTCGTTAGCGTCATTGTATTCAAGCCAAACACCGAGCAAGAACGAGCTACCCGCTTCGCCAATGATTTGGGTAGGTAAATGCGTCTGCTGGAACTCGAAAATTGTTAAAAACTATCTGTTTCAGTTACCGCCTTTGGGAACGTGGCGCAGGAGAACCGGGAGCAGGTGCTTCGGCTCTACCTGTTGCGTGCCGCCGGTGCCTCCGGATATCACATCAAAGTGCTGATGGCGGCACTGGTGAAGCTGGTGGACGCACACGTGATCACCGCCAGGATG
+> chr: chr2R; start: 18932167; peakSummit: 499; maxT: 248.62
+TATATTCACGCGAGCTACTTCACATATGTATGTCTAATTTAAAGGCATGATCTAAAATTGCATTTAAAACACATATTTCAATGCATACTTTCAGGCGCGCATTGAGATTGATTATCTTAAAATATATTTATACACTTTATCCAAAAAGTTGGCAACATTTATTTTGTCTTTTTGACCAATAAGAACACAAAATTCGCTCTTACTTTAAAAATAATCTCATCGTTAAGTATATTTCTGCATTAATTACCGACCAATAGTTTAAGCTTATATTACTTTGTGTTTTATAACAATAATAATAAATGTGCTGAGGGCAGTAAATCATATTGCTCATCATGTCCAAGCTCCTAAGTCCAGGTAGTTTTGGGACAGGGCAAAACCCTGTTGGTGGTTTTTCTAAGGGGACCATTTCGAGTCCTGGGTTTTGCTATTACCTAAGCCGGCGATCGGCGATCTGCGATCGGAGATCTTCGATCGTGGTTTTTTCCAGCGGAAGTTCGCGCTCTGCATTAATCGGGTATTTTTGGTGGCCCCGGCAGGCAAACAGATAATTATATCCGGAAATTTGACTTTTCGCTCGTATTTTTCTGGATTTTCGGAGCTCCGAGCCGCATTCGCCTGCGATTTTCTCGGTACGTGTGTGTGGGAATTCACTAATTAGGCATAATGAAACCTTTTCGTGGAGTTCCCCTCGGTTAGGGTTGTGGATTTGCACGCTTTACGATGGTTGGCAACTAACTGATGATTATTTAATAGCGGAATGATTTCGATGGGCGAGCGTCTAAACATTTCGGCTTGTTTCCTGGGAAATTCCTGCGATCCCAAAGTATATACAAATGGAAAATCCTCGCACAGCAAAGTTGATTGGGTAAATATGCAATCAGATAGATATAACTTATAATCGATTTATATATACTTACATCTAAATGAATTTGATACCCGATTTATGTGGATTTTCGTGTTTTTGATCAGGGGAGATTCATTGCGTCTTATTTTTTTTTTT
+> chr: chr2R; start: 18964839; peakSummit: 499; maxT: 59.51
+TTTCATCAAACAGGCGCAGATCAAATCCCTCGCAGCTGCCAACGGGCGCTCGAATCTTGTGCAGATCGAGAAACTCCACGGGAAGAGCATAGATGCGCGCCGAGCATGGCGAAATCTTTACACCTTCCGGCAGCCTGTCCTTGATTTTGGTGAGCAGGGTGCCAAAGTAGAAGTTGTCCCAGGGTAGAATCGCATTGAGGAAGTAGGGCTCAGCGAAAATGTGAGTGAGCGCAGCTAGCCGAGAGTCCTCCAGTTCCTCCACCTTGTCCAAAAACTGGACATTCTTAAGCTGGTTGTGCTTAACAATCGACTCGATTAATCTACGCGAGAAGCGATGGGGTTCGTGGAGCAGCACAGACGCAGCACCCAAAGCAGAGCTAGCAAGTCCCAGCAGGCAGCCGTTTCCGAGGACCAGGACATTCGACTTCTCCGCCTCTATGCTTTCCTCCAGGTAGCGCAGGTAGCGCTTGTTTCGCGGTGACTGGTTGAGCTGGCCAATCCTACTGCGTGAGTAGGTCATGTGCAGGTCGCAGGTGCAGGTATGCCGCCGCACGCTCTTCGTGGGCGCCTCTTCGCGTGCATCGAACCAGAGGGAGTACTCATCGTGGTGGCAGCTGAGGTGGAAGGATTTACCTGCCTCGAGCAGTTGCAGGGGCTTGGGTATGTAGTAGATGGCCTGCATCCAGTGATCCCGCCAGGGCACCACATTGGGCAGCGGATGATCCTTCGCCTTCTCAGCTGCCAGCTCCTTCAGCTGTGGATGCGCCCAGTAAGGAGCACAGCTGAGCAATATCTCCCCGTCATCGTCCAGCTGAATGTCCCACCAGTAGAAGACCAGCTCAGCGGCTCCCGGTTGCTTGGACTGCAGCTTTAGTAATTGCGACCGCTGCTTCTCCCGCTCCTGCTTGCGCTGGAAATCGAACTGGAAGATCTCGACGGGATCGGTGAGCGGGCGGAATGCGGAGCTTGGCAGCTGCGACAGCTGGACGTCGTGCAGCGC
+> chr: chr2R; start: 19012429; peakSummit: 499; maxT: 74.92
+TAGATCTCGAAGAAGCTGCAGTAAACTTTCAGATTAAGCTTGTTATAGGGAACCGTCTTTAGAGTGGAGAACACGTCCTTAGCGGCCATTGCATAGATGCCATCCATTGAGCTCTGATGCCTTCCGGGGAACTGACCACCCATCGTATAGGTCTTGCCGCTTCCAGTTTGTCCGTAGGCGAAACACGTGGCCATTCCGCCATCAAAAATGTGCTTTATCAAGGGTCGGGCTGTGAATTCGTAGACCGTGGCATTGGAGCACTCCTCGTCGAAGACGTAATCGAAACGGAAGCTATGATTTTCCAGGAACTTGACCAGGTTCACATGCTTGCGGGGCTCGTGGACCACCAATGTGTGCTTAGACGGAATGCTGACCACATCCTGTTCCCGGTCAGCCAGCTCCTTGCGCCTCAGTGGTCTCTTCCTCACACAAACCATAATTTGGTGGCAATTGATTCGTTCGTTCGTAGTACCACTTCTCACCCGCTGACTCTCCATTTGCTCGCGTTGCAGTCGTATCATTCTGGCTACTTCCCAGTTGGGATTTCCCGGATCTTCGTTCTTCCCCTGCTCCCGATCTAGACGAGTCCTGGCTTGTGCTTCTCGCCTCCGTTCCCGTTCTTTTCGCATTCTTTCAGCCTGGTGCACCACCTCGTCCTCTCGAACTGGCGGCGCCGTCTGCTGGCGTGGCGGGGCAGTGGCCAGTACAGGAGATAAGCTCCCAGTCGCTATTCGTTGTTTCATTGAACGTGGCGATATGGAGGCAGTTTGATTGGCTGACGCCGCATTGCCGCCACTGCAGCGGGGCGAGTCGAAGATATGAGGATTCATCAGGACCACCAGCTCCAGGGGCAGTTCCTTACCACGCACCGTATGTCCTTCGGGCCACTCCACCGTAATCAGCTTGGAGTCACCGCCCTCCAGTTTGATAATCTCCGCCAAGTGGACTCTACCGTCCGAGCGACGGATGAAAATCTTCTGTTCGATCGACAACTTATCCA
+> chr: chr2R; start: 19094088; peakSummit: 499; maxT: 827.12
+GCTTCAATTGTGTTTTTCCCCATTGTTTCGCTGCCCTTATTGTTGCTCAACATCTGGTCGCTTCTTTGGGGATTATGTGATTCGGCTTCACTTGGGGTCAAAGTTGACACGCATTTGCATTCGGGAGAAGGGAGAATGCGCCCCGCTCCGTAATTCACAAACAAGCGATTTAAAAGGCTTGCGGCACAATTTCAAAGCAAATGGCGGAAGAGTAAGGGTTAAGTGCCGCCTCAAATCGCCAGCTCTGGGTCACTTAGATGTCCTTTTGGGCCGTGGCTAGGCTACCTCGTTCTGCTTGCTCGGTATAATCGGCATTATGATTTCATTGCCGTCTCACCTGTTACACCTTCGCAGGTTGCTTTAGTTTCGGTTGATCCGGCCGTCTGAGCCGCTTTTTCCCTCTGTCTGGAGGCTGAGGGCCGGCGCTTGATTTTATGACCCTCATTAAGTGCGCTCAGCTCGCAGGTTATTCGCGCTGCTGGAAAGGAAAACTCGGGAAAACCCATTCGGATGCCCACCGCTTTCCTTTGTTTTTCCCTCGACGCCGTAGGGTGTCCTACAAATGGGTTCTTCGAACTCGCGTCCCGCATTCGGGACTCCGGTTTTGGAATTGTGTAAGAGTTTAGAGAGACAAATGGCTCTTGAGCCGCGTAATAGATCAGCGGAATTATCTTGTAACAATGTGCTCAACCGAGTTGAATAGCCAGCTAATGGGTTAGTTTAATGCTGTTAGGGGAACTAGTTCAATATAACACTGCAGGATGAGGCAGTAAGATTTATGCCCCTGAAAACGAGGTAGCTCGATGAATGGCCTTGCCTGTCAGTAGTGGGTGGAAGTCTTTGTCCTTTTTAAAGCAGCACAACGAAAGCAATAGGATAATAATGTAATTTTACTTATCCCACTGACTGTTTTATAAATGTAGAACTAAGCCAAACTCAAAGTAGAGCATTGGCTCATCCTAAAAAACAAACCCTTTATATTTAGACCCGCCAGGTGTAT
+> chr: chr2R; start: 19233434; peakSummit: 499; maxT: 392.67
+CAAATGTGGGTGAGAACTGAGTGACCGCCAGGTGACTGAAGTACCACAAAAGTTATTCATTTGTCCCATTAAATATGAATTAAACAACTCACTGAACTTCCTTGGTAACTATATCCGTGTAGTTACTTTTATAGTACCCACTTTGGGAATCATTTAGCCCGGCTTTGAAGTGCATTTCCAACTTGTAGATCTGATCCTTTACCAATTCCCGACCCAAGTGCAGGATGTAGAAGTTGTGCACCTCATTCACTTCGATTCGATTAACTCCAAACTTTTCCTGGCCAGAAACAACTGATGTTCGGTTCTCATCTATCTTTAAGTACGCCGCATGCAAGGTGATGTTCTTGGTGGTCTCCCGTGCCAGAAGATCTATTGTCACAGATCCCTCGAATCTTTGATCGGTGCTATTTAGGTGTGTGAGAATTCGCAGGTTGTAGTGCAAAGGCTCCACAGATCTGGGCAAACGATAATCCTCGTAGACAGCTCTGATGGAAGGAACAAGGATTAAGAAGATCCACCAGATCCAGAGACTTGGCTGAGCCCGCCACATGTTGGGATGCTGAGAAGGGAAAGATTAGGTACGGATTGGTATGGATGAGGTATTAGATTAAAAAGCTTATGAATACCCATGATTAGGCAGTGGCAAAAAAAGGATTATAATAGTACTACAAATCCAAGCTAAGATGCAGGTAGGCCTTTGCTTATTCATTATTAGTTTCCCAAATTATTTAGATAACAGTGAATATGTTTTGGAATATGTTTTCGAGGTTCCTCCGTGGTTCGTCCACCTCTCAAATTACGTGTTTAGTGCGGGGTGGTGGCTGCAATTCGAACACATCCCAATCCCAGCCACACCGCAATGTGAGTCTTTTCACAGGAAGACAACCCCACTGGAAACTCCGCGTGATGCAGTTCCTCAGTGGCCTGCGACACCGGTACTGCCTGTGGCGCCTCCGCCGCCTGCTGGGCGTGGCCTTCGACGAGGGCGGATTCCATGAGG
+> chr: chr2R; start: 19274480; peakSummit: 499; maxT: 59.5
+ATCAATAACTAATTCCGTACTCCCTATCTGGACTGGGACTGACGCCCAGACTTTGAAGAGCAAGCACAAGAAGCAAAGGCAACGCAATCGACCGCGCAACAAACGAAATCGCCTGGAAGACAGCCATTCAACGACACAAGAAACATCAGCCATCGACGCCACGAGTGCAATGCCCGGAAATGCTGTGGATCCATTGGCCACGGAGAAGACTCGTGACCAGATAATGGCCGAGCGGGAGGCGAAGAAGCTGGCTAAGCAGGCCAAGAAACAGAAAACTGCACCGACTCCTACTGCCGCCACTCCTGCTGTTCTGACCACTCCCTCTGCTCCGGCCACCAAAATCATCACTGAAGTGGAGCAGACCACCATTACCACTAAGCTGACGACCACCACCACAACAAAGGTGCAGGATGCAGTGGCTTCAAAGACGACTCAGCCAGCTGCGGTAAATGGCAAGGATGCGGAGGCGGGTGAAAAGACACGCGAGCAGATCAAGGCGGAACGCGAGGCCAAGAAGGCAGCCAAGAAAGCTGGCAAAGGCGGGGGAGCCAAGGTAGAGGGCATCGCACAACAGCTCGCTGACCTGAAAGTAGCAGAAAAAGCTCCAGTCGCAGCCAGTGCTGCACCTTCGACAACAGAAGCGGACCAGGAAAAGGTAACTTGCTACATTTATGATTTCCTTGCTTCATATACATCTCACCTCACCTTGCACAGAAAAAGCCAGCTCTTAGCAAAGCGGAGCGTCGCGCTATCCAAGAAGCCCAACGGGCAGCCAAGGCCCAGGTACAGACTAAAAAGGCCCAGCATGCAGCCAAGGCACCACCCAGCGCAGCTCCCAAAGGGCCGAACCGGAAGAGCGTTTCCCCCACCACAGCGGCCACCAGCAGTTCCCCCGTCAAATGTCCAGCCAGCACGCCCAATGTAGACTGCCGGGTGAAGCTGTTCAACCATCTGGTGTGCGCCAAGGAAGACAGCCAGTTCATCAACGATCCACTCGTTC
+> chr: chr2R; start: 19278616; peakSummit: 499; maxT: 81.87
+TGCCGGCGGCTCTGTTTGCCATGGCATTAATCTGCAAATGGCGTAAATGGATTATTTGCATTTATGCTCGCCTCGGGAGATTCCCCTGTCACACTCACCCGCGGTCGCGTGTCCACCACATACATGTAGTCCGTGTTGGAATTCGTCTTGCGTATGGCCTCCAGCATCTGCTCATCCTCCAGACAGCGGGCACTGAATCCGGACAGGGGCTGACTGCAGCGGCAGATGGAAGCCTGCAGTGGTTCCCAGTTATGTAAGTTTGCTGATAATATGAGTTATGTATATCTTCGCCTAACCTTGTTGTTGTGCAGATAGGTGAGCACTGGCAGCCGCCCCTTGGAGCGGAATCGCGAGCTGCTGATGAGCATCAGCGTGGTGGCCTCCTTGGGCACGTAAATCTGACGCGGATAGGTGTCGCACAGCTCGTACTTCTCGTTCATGGAGCACAGCGTCCAGGCCTCGTTGGGCACCAGCATGTGCTTGAACTCCGCCTCCAGTTTAAAGTAATCCCAGCCAGCGTTCTTGGGGAAATCATCCTTGTTCGGCTGGTAGTTGAAGCAGTACAATTTGTTGATGGACACTGTTCGCGGGATAGGAATGTAGGCTTGTGAATGGCGGCCGCATTGTTGTGTTTGGTGGATTCTTACCCGGCTGGAAGAGTTTCAGCAGCGAAGTGTAGACATCGTGGCACTCGGAGTCCTTGGGAATGACGAAAGTTACGGAGAGGAAGGTCTTGCAGCGGATGAGTAGCGGAGATCCTGTCGTGCTCAAGGGAAGCTTCTCAATGCTGGCCACGTGCATGTGCAGGATCTGAAGAGAGCGCAAAGCGTAAATACAAGTATATAACGTCCGGTGTGGTTAATAAATCTGCAGAGAATGGGTTGCGTTGGCTTATTTCCCCCAGCTACTCGGATGATTGCTGCTTATGGTTTGCTGCCCTTTGTGAGCGAAACATCCAAGAAGCCAGCTTGCGACCGTGACTTCGCCCAAGGCTGCTCTT
+> chr: chr2R; start: 19286766; peakSummit: 499; maxT: 56.15
+GTAGAGGATTAGATGTGCCACATCTTACCTTGCACACGGCAAAGCTGGCCAGTCCTCTGAGCAGCTCCAGCTGCAGCTCCGGATTGTTCTCGTGGGCGAGCTTGAAGATGTACGTCATGAGGAAGTCGTAGGCGATGCCCTCGTTGACCTTTACGATTTGCAGTATGACCTCGTAGATCTTGAACCAGCAATCCACGGGCGGCTTCTTCGACAAGAATAGCGCGCGCAGGAAGAGGTGCAGGCGCTGGCAGAATACCGTGTTGGCCTTGACATTCAGGGCGTCCACAAAAGCGAATACATCCTGGTTGTCGGAGGCGTCGAAGGACTCCACCAGTGTGGCCAAGTCGAAGGCGATCGCAATGTCCGGGTGATAATTGCGCATGTGAGCGGGCTTCAATTGCTTGGTGGAGATCACTTCTGCCTCCTGGTCGGATCTCTCAGGGTCCAACACCTTCTCGACTATCTGATGGGCCAAGGCCAAGCCTTCTGCGGGTATGAATGCAGTCTGAGACATCCACTGAATAATTCCGTCCAGACACATGTTCAGAATGTATTCATGGCCACAGCGCTCCTGCACCACCACGAACACGATGATGCGCAGCAGATCCGCCAGGTAAAAAGGGGACAGGACGTGCAAGACGTCGGCAAGAAGAACCAGGAGCACATGGTAGTGGTCCTTCGTTTGCTCCCGCGTGGCATGGAGCACTCGGAGCAGGCACTGCAGGCTTGGGCGCGGATCGATGCCATAGTTGGCCAGCTGCTTGATGAGACACGCTTGATAGATGCCCAAATCGATGGACTGTGCGTGGTCCTCTCGCTGCAAAAAGTGGTCGATGGCCTCAATGACCAAAATGCTGGTGCACAGACAGGTGTTCGCGTTGTTGAACTTGCTCCACGCCAACAGCTCCTGCATCAGAGCACGCGCCTCCGGTTGCTTTCCACTCAGATTGAGCAGACAGGTCCAAATGGGCTTCACATCGTGCAGAGTTTGGGGATTGCA
+> chr: chr2R; start: 19288903; peakSummit: 499; maxT: 52.26
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+TTGGCTTAGCAGTCTGATATACCCCACTTTTGATAGTGTGCCAGAAGTGTGACAATAGTGAATGGCCCTGGCCAATAGAGAGAGCCAGTGGGAGTGGGAGTGGGAGAGCCTTCCACACCTGCCGCCGATAAGAGTTTTTCCAGGCAGACACAACGACAATATTTAACCTCCGACGGCAGCTCATTTGAGTTTCACACGCCGACTGGAGGAGGAGGCGTAGGTGGTGGCCAGCCAGCAGACAGCAGCGAATCATCATCAAACGAGTCCGAAAGGAGCGTGAGGAGCAGTGAGGGCAGACACATGTCGCCATGTTGACAAGGGCGTGGGAGTGGGAATGGTTGCCAGCGATGTTCGGGATGTTTCCGATGCGGCTGGTGTGGCTGGTGGTGCTGCTCTGTTTGCTACCTGGGCAGGTGCTGCTCGGCAACGCCGCCTCGGTCACCTGGGGTCATGTCAACAAATACGCCAGCGTGCTGCACACCGAAGATGTTTACCTGACGCCGGGTAGCCCCGGCCGAGATGTGGCCTACGGCTTGCAGGTGAGACTTACAGCTAGCCACTTGGCTGGCAAATTGCTTAATCTCCTTGGGAATCTCCGGCAGAAAGCCAGCGATAACTACCGGATTACGGGTGTGCATGTCGAAGATCTAGGCGCCGATGAAGCGGAGGCGGTGCTCACGTCTGGCGGCATTGGCCAGCAGTTTGTGGTCCTCCGCTGCCGGCGACTTCGGGACTCCGAGGGGCAGCCGGAGCGAGCGGCTCATCTCGAGGTGTCCATCTATGGAGTGGACCTGTAGGCTGTCTGACCCATTGTTGTAAATATCAATTAGTGTACGGAGCTTTCAGCTGTGCAAGCCAAGGAAAGCACATAGGAAAATGGGTTGTATCTTTGAGATACAAAAAGCACATATATAAGCTTAAATTAGTATATATTTTAAGTAAACAAATTTCAAATATTTCACGCATAGAATAAATTCCTTTATGTTTATAGATAGCACTA
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+TCCGCGCATCTCGCCGAGATTAGCGGCTCAATCGCATCGCTTTCCGTGGACTTTAGTGACGTTTTTTTTTTTTGTAAAATGGATGAGATGATGTGTTGTTGGCTCAGTGgttgttgctgctgttgttgttgttgCTTGCAGAGCCAGTGGTTGGGAAGCGCGTAATTGGCCCTTTGGCGGCCTGCTGCGTCTGATTTCTTGGGCACAACTGAATTTATCGGAGTCGGTGGGGGTTTTCAAAGCGGGCGCTGCGATTAAAAGCGCGCAGTCAGCAGTAAAGATAAAAGATTTAATAAATTTGAAGGCTTGTTGTTATTGTGTTATGTTATGCGCGAACAGCTGTTTACCAGGGCTGACACGAGGTGCGATAGTTGCTGCTGGCAGCGATAGCTGGTCTTGCAGAGTAGAATTTCGCAAGGAAATAACTTTGTTTCACAAGTAAATATATTCGTAAAAAATATATTTATGTGTTAGTTTGATTGGTTAGCAAGGATTCCAATCAGGAATATGACTACTAGAAAAATCACGACCCCGATTACCGCTTGGAAGATGCCACCCGATAGCAAAACTATCGCCCATCACTAATTGCATTTCCCAGACGCGTTAGTACCACCGCCAAAAGCAGGCAGATGTTCATACAGGCGATTTTAACAACAGTGTTTTATAGATAAATTAACAAATTAAAGGTATTTTAAGGAGCTAGACAACATGCATTAGGAGCTACAAGCTCGCGGGCACAACTGGATACTAGCGATAGGCGTGCAGCGTGCGACTCGAGCGCGTTAAATGTCCGCAAAAGTCAGACTTCTACGCGCGTTTTTCGCTTGGGTAACTTAGTTTTCCCCGACCTGGGAAAAGTGCCACATTTCCAAAAGGTAAATGCACTGCCAAGAAGATTAATGCGGCTAAGATAAGAAAATCGTCAGTGACTCCCCGTGCTTACTTTCACTTTTCTCTGCCCCGTCAATCTAGCCATTCGTCAGGCTCCACAAACTGGAGC
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+CAATCTGAGTGTTAGGTGCATGGGAATGCACGCAGAGTGCGATTCACAAATGCACTCATTTACAATCAAATAATTATGTGCTAGAAATCACGGTAATTATGATATTTAAGCCCGTTTATAAATAGATAAGATGGAAAGAATTAGGTAATCTTAGTTCACCAGGAATTAATAAAGTGGACCATGAATTAAACCAACTACCCCTGAATATATAATGTTCCTAGAAACAAGGTCAGAAATGAGCAACTGGCTTCCTGAACTGGATAACGGAATGCAAAAATACTGCCCATTCTGGCCATAACCAATTTCTGGTTAAATATTGCTCAATCCCTTTGTTTGCCACCCTTTTACTTCACCGAGTCATGGAACGAACATCTGCAACATTAATGGCTTTTGCACCTGTTGGCCATGCGAAACTAGGCAGAAAAGGTGTTAGAGCTGGGAGATTTAGTTGGAATGCGAAACCCTTTCTCATACCACCGAATGATGAATTAAGCAAATTCTGGAAATTCCGCAACATGCTAGCGGCTCTGGCTCTGGCTCTGGAAAATGGGAATGAGGCGGAGGATGCGGCATTAACAATGGCCTGCGAGACTTAGCACCTGTGTGCCAGAATGCACTATCTCATGGAAATCTGTACAAATATTTGACGAGAGCTGAATAGAGTGAAATTTGCATGTGCCGTAACGGCGGCGAAGAACAAAGCCAACAGGTAAATGCACCGCTTGGCCATCCGCATCATTAACACGTCGAAGAAAAGGTGCGAAATCAATCACCGATTCGGGTATCTTTATGGGGTTTCCTTTATCTTCTCTCAACGTTCTGGCCAGGTTAAAAAATGTTAGGCCAAGAGAGCGAATGGAAACTAAATTTGGAATGTTCGGCAGCGTGGAATTTAATGCAATGCATTGGCCATGGGCACGTTCGAGTGACAAATGTCAATTTGCATTCGATTTGCAAATGTTTCTTTTGGCCGCCGTTAATTGCGCCCCCGCCCCGCCAA
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+> chr: chr3L; start: 762274; peakSummit: 499; maxT: 154.26
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+> chr: chr3L; start: 1560244; peakSummit: 499; maxT: 86.3
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+> chr: chr3L; start: 1696964; peakSummit: 499; maxT: 52.7
+TCTCCCAATCCACCGCCCACTCATACACCACCCACTCATCCACCTCCGCCTTCTACTCTTGGCTTCTTTTGCTGATGCCACTGCAGCACCTGTTCAAATCATTTCTCATTTGAGTTTAATGTCCATGCAGCAACACGTTCCTTTTCGACCCTCGACTTAGAGGTACACTTAAACCAAAAGTTAGAGAAGTGCTGAAACAATATAATTGGAATGTATCAGCCGTAATGAGAGTGACTTTCCCCTTCAGGAGATTTCTCTCAGTGCAGCCTGCACGTGCAGCTGATTGGTTCATTTCATACTTTCATGCAATATGGAGATAATGTTTGCTCCTGTCCAGGTCCTCGCTCAAAGCGAGCGAGAGAGCAGATAATGGGGAACAGAGACGGCAGCACATAATTGCCAGGATTACGCTGGCTCATAAAGTTTTCCCGGGCATCTGCAATTGTGTTTGCACTTCTCTTCAATACCCGAGGATTCAGAAATGTTTGCCGGAAAGGGTGGCGAGCGGGAAATGGCTGTTTGCTGATATCGTTTATTTAATATTTAATTGAATCCATGCCGAGTCGATTTTTTCCATTATACAAGACCTGACCATCTCGATATTGGGGGTCCTGTCCGGCGAGTCCTTTGCGGGAAATTAGTCCCGGCTTATCGGCTCATTTGGTTGCGTAAATTGGAGATGAAAATTCCGAAATACCTGTACTAATCCGATCTCATAAATGCCGACGATTGCTATCCTCCTACACTTTAACATTTATTATCTCATATCGGGACAGCAGCCAGTTTAAACCGTATATATATAGTACTGAAAATAAAGCAAATTAATAAGTTTCGGTTAAAGTTGTAAGCCGCATCCTTTTGGGGCCCGAGTTTATTACTCAAAGGAATTGGTTGGGGCCCACAGAAGCAGCGGATGCCCATAAATATATCATGAAATCAAAAAGTTTGCCACAACTTCTACTTCTGGTTGGTTGCCGCTTCTTTTTGATTGGTGCCAGGA
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+GCCACGATGTCCTTCGATGAGAAGATGGGCAATAGGTACAGATAGTTGGCCTGCACCTTGCCCCATTGGTCCAGTGTTTCATTGACGCGCATGATTTTCTCATACCACGCCCGCACCTCCTCCTCGCAGGGCTTCATGAATGCCGATCCGCGCATGACAAGCGTCTTGAGAATGTGGTCATCCAGCAGGGCCTGAATGTCATCCAGGCTGCTGAGGATCTGCACGCCCGTCTCCTTGTAGGGACCATAGGGAAACACCCTGGTCTCCCATTCCTTGATCATGGCCTGCAGTGCGTTCCACAGCTGCAACTCTTTGTTGGCCCCAATGCTGATGATTTCAAACTGATCGAGAATCGGGTCCAGGCCAGAGTTAAGAATCTTGCGTAGAGTGGTCCCTGCATCGGGTGTAACATCGAATCCCGCAATTTCTGACATCTCCTTCCAGTGGCGTTTGCGCAGAGCAGGATTACACATGGTGTTCACTATAAACACGCCAGTGGTGAAGTCTTTGATTGACTGTATCATCGAGGTGCACAGTCGCAAGGGCACTGGGTGCTTAGCCGGATCTGGATCTTCAGTTTGACCCTGCAGGAAAGTCGAAAGTTGTGGTATCACAAAATGATCAGTGGTCAGCCAGTGGTCTCACCTTGAATTTGCACACGGGATTGTCGATCAGATCCTGCTTGATCTTGACCCTGTAGTACTTCTGGTTCTTCTGGAACTCCTTCAGGTAGTCATCTGTAGTTCGCTCCACGAACTGGGGCTCAAGGTACTCGAAGGGTCCGTCGTTCCACACGCTCAAGTAACGCTGCCATTCAATGCAGCATCTACAGATGGCAAAGGTTCCAAGTGTATACATGAAATCTTTGATTATTCCTTAAAGATATATCACTTACTTCATAAGCTCGGCAAAGGGGTAAACAAACGTTTTGATAATATCCAGCTTGGGATACTCGGTCAGGGCGACTTTGAAGAGCTTCTCCTCCTTGTTGATCCACGCC
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+GGGCCGGCCCAGAACAGGCCTGATAGTTCGTAATTATTGCGTACCTACATACCTACTGGGGTAGGCGAATATGCGTATTAAACATTACATAGCCTAGGGGCAACAGTAGTGATTGACTCTAGTTCGCTGCGGTTGGGATTCATTGGTCCTTCGGCCGCTCCACTCGCTACCTCTCGAACTGCAGCACGTAGTCTTTGAGCGGGCCCGGCAGGTTCAGGCAGTTGATGTTTTGGGCCAGCTTGCGGTTCATCGCCTCATAGATGGCCCAGCGGGATAGCTGCTTTAGACTGCGCGGCCGACGGTAGAGGGACGAGATCAGGGCTATTAGCTGCTCCGTCTTCTTACTGGGCACCTGTGCCACGTAAAAGTTGTGTAGGGACTTGAGGCAATTAAAGAGCGGCTCGTGGTGCATAGTCAGGTAGAAGAGGTGAATGACGCGTGTATACGTCGCGTTCGGATCGTTCAAGATGAACTCCTTCTTCGTGATCAGGATGATGTAGTAGAAAAGCAGGTAGCACGAGTTGGTGCGAAACGAACTGCGAAAAGTTGCCAGCTCGTTGGAGAAGATGGCGGTGCCGGGCGTTGTCTTTCCGCTGAGCACTATGTTGGGGTCAGCCCCGTACTGGATTAGCGTCAGAGTCAACTCGTAGACGCACTCCATGTCGTGGCAGGTGCGCACATTATGCACCATGTCCATCACCGCCTGCAGAATGTGCTGATATGTCTTATTGCAGTCCAGGCCGTGCTGAAGTAGCATCAGTAGGATGTTCTTGATGAAGTCGAAGTTGGTGCGCTTTTGAGCATCACAATTAAGCGTAAAGTTTTCGCTAACCGTAAACACGAGCACGTGCAGTGGTTTAAGGTTGGCGCGGTAGGAGCAATTGGGATTCGCTCCGTGCTGCAGCAGCATGCGGATGCAGTTCAGATAGCAGACCTGAAACAAGGGATTAGCTTTTGCGCAAATAAAATGGAATGTACGAGACAGACCTTCATGGAGTGC
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+TATTCGCTATCCTAGTGCACCACGGGACCCAGCGGCTCGCCCCTAATGTTGGCCAAATCCAGGCGGGAGTCGATGGTCTCGTCTATCAGTCCGATCACCGCGATGTTGTCCCCCCGGATGATGTGCAGTCCCAGCACGATTTGCTCGATGCCGGAGGTGGTAGAGAAGACGCGCTCATGGCACTCGTCTATGATGATATTGATGGTCTGGTCGAATCCCTTGAGTGTCCCGATGAAGTTCCGTCCGTCTGCCGTAATGATGGAGACTGTGTGATTGATATACGACTCCAGACCGGACATTTTAGCAGTCTTTCCTTGATAACTTCTCCAAACAGAACAAAATAAATACTAATTGTGGCAAGAGGCTAGCGACGCGCTCTCCGATAACGATAACTGTGCCGCAAATCAGCTGTTCCGGCTCTGGTGCTCATGTAATCGGTGGTCAACATTCTATTTTCCGAAAAAATTAAATTAAACTGATTAAAATGCTGCGTCGCATTGTCCAAGTGGGTGCCCGGGAGTTGAGCCGAGCCCAATCGTCAACCGCCAGCGCGGAAAAGTGGGACCTGTACGCCGGAGTGCTCGTAGAGCGTCTCCCTGTGGTGTCCAAGTCCCTTAATCCGCTGGAAAAACAGTTCCAAGACTTGCTATGGCGCGTGGAGTACGAAAACAGCCTGAAGTCTGACCATGAACTCAAGCATGAACGTGAGATCGTCCAGGCGGAGCTCATAAAGCAGGGCAAGATCCAGGTGGACTTGGAGGACGCAGGATCCAAGCAGACAGCTCAGGACCTCAAGGACGCCTACGTCGAGGAGCTAAAAAAGTTCCAGTTGGGCTCCCGCACCACGCCCGATGACCAGGCCAACAGAACCACCTCCACGGACCGCTGTCTGGATGACACGCTCTACCTTTTGGTACAGCAGAAGCTGGGCCAGCAGGAGCACCTCATTCTACCGCAGGGAAAGCGTGAGGAGGGAGAGTCCATGCGTCAGACTGCAGAA
+> chr: chr3L; start: 1790191; peakSummit: 499; maxT: 72.41
+AGGACCGCCTTTTGGGCTTTTCGAAGCAGCTCGGCCAGATCTTCTTGACTGCCCACATATTCTGGCCGCAAGCTGAGGCAGTGCAACCACTGCTGGAGCTGATAGAGAAACTCCGACAGGCTGAATCCAATATCCGGACTGAGCTGGAGCTCACTGGAGCCGCCGCCACCTGCAGCTGCTGCATCTGCCTTGTTCCTATTGCAGTTGCACACTTTGGTGGCTAACTCCTGAAGGTCGCCATGATAAAATGTGGACTGAAGCACGCTCGACTGGAGCCACTGTTGCAGCTGAGTCTGGGCTTGCACCCGGATTAAATGAGCATATGTAGACCGCAATACCGCATTGGTGCTGGAGGGCAGAAGGCCATCCAAGGAGTGCTCTATGCGCCTGTCCAGCATTTGGTGCACATGCTCCTTCCAACGCTGACACGCATTCTCCCTGGCATCTTGAAAGATCTCATGCAGCTCCTGAAACACCTCCTCGAGCATCGTGGATTTAATTTCGTTGACTTTGGCATCCGCGGAGGCCTTCGACGGGAGCAGAATCTCCTGCTGGGCGTCCTTAACGACACACTTAAAAGTGCGCTCCGTGACGAACTCGATCAACCTCCTGGTGGACGCGTTTTGGGATTGGAGATAGGCATCGACCAATTTGCGCTGCTGCTGCTCCGCGGGACTCAGTTCGCTTGCCACTATCGCGTCCTTGGAAATGGAACTGCTGTTCTGCTGCAACTGCTCCAACCGAGTGGTTATGTACCGGAACCGCCCACTTTTCGCTTGCCTAGAGGGCGTGATGCTCACCCGGAATTCCTGCAGGAAAGGGCAAGCCACGGGCAGAAGTTCGTCCAACAAGGGGGCGTGCGATTTATCGTGACACGAGAGGTCCTTTAGGCAGATATCCACAATTGCCGAAATGCTTCCGACTCCGGCTTCCTGTGCCCTGTAATTGTAGTAGCCATTAACCAACTGCGGCTGTGCATCCAAAAGCCATCCAATGCAGC
+> chr: chr3L; start: 1860747; peakSummit: 499; maxT: 62.19
+TCGTTCACATTCACTTTGGCTTTGGCTGAGGTCTCCATGAAGGCGCAGTTGAACTGGGTGGCCAGGTTCTTGCCCAGCTCCTTGCCGACGACGCGCTCCTCTTCGAGGTCGCACTTGTTGCCCACGAGCACCATGGGCACATCGTCCGTGTCCTTCACCCGGAGTATCTGCTCGCGCAGGTCCTGCAGATCGTTAAACGTCGATTGCGCCGTGATCGAGTAGACCAGCACGAATCCCTGGCCGTTCTTCATGTACAAATCCCGCATGGCCGTGAACTGCTCCGTACCCGCCGTGTCCAGGATCTCCAGCATGCACTGCTGTCCGTCCACCTCCACCTGCTTCCTGTAACTGTCCTCGATGGTGGGATCGTACTTCTCCACGAAGATGCACTGGACAAACTGGACTGTCAGCGCGGATTTGCCCACGCCGCCGCTTCCAAGGACCACGATTTTGTACTCACGCATGCTGGCTGCTGTGCTGTTTGTATATCCTTCGTATATCTCTTGTTTTGTGCTAAATTCTAGGGAAGAGACCCAAAATGCAGGTAGGCCAGGTAGGTGGGTTCACTTTCCAGGTGGCTCTCCCTCGAAAATCACTTGTTTTTAGGCGTTGTTCGGCGATTGCTTGTCGGTTGCAGTTGTTTTTTGTTTTTGTTTTTTTTTGTTGCTCTTGCTTATTAGTTAATATATGTTTTATATTTAAAGTAAATTGTTTGTTGTTGTTGCTTTTGCTGTTGATAACCTTTGTGCCgtgtaagtgactgcgtgagtgtgtgtgtgttagtgtgtgtgaatgtgtgatggtgtttgtgCTCCCTCTCTCGCTCGCTCCTTCCGCCGAGTTGCGTGCGTTCAATTGTTGCTTTTTTGAGCGGAAATATCCTGGCTTGACTGTTCCTCGAGACGGCCGTCACTGCTACCGAGAGCACACTGTGGGGGGAGTAAGAAGAAAGGCGCTTTTTAGACACAATAAACGCTAAATTCTTTGCGAGTCTTTTTGG
+> chr: chr3L; start: 1869488; peakSummit: 499; maxT: 52.72
+TGCATGGAAATTAAGCGCCAAACAATGTTTGTTGATTCACCACCTCCAACGAATCCGCCCTCGATACTCGTAGAGGTGGGTTTGTTTGGGGGCTTGTACCTGTACGCTTTCATTATCTTCCCCAGATACAAAAAGAAGCTCACCTTTTTCAATTTCGCGTAGGTGGGTTGCCGTGTAGATACGGATAGTTACAGAAGCCAAAAACTGAATCCACTTCCATGCCAGACCCCTTCTCTGCTGCTGCTTAGAGAGACAATTTGTCACCGGGCATCGATCAAACATCCGGACATCCCAGTGGCCTGGCAACGGGCGCCATTGAGACCTGGATGGCGGGCCATAACCGCAAGGGAGCGGAGTGGTGCCGCTAATGTCTGGAGTGCACATCCAAGTTCATTAGTCTTGGATGGGTGCGGAAAAGCTACGCGACACGAAATGGAAAGTTTTGGCGAAGTTTCCAGCTGGTGAATGGTCGTAAATCGCAGTGCGAAAAGCTAAAGTTCTAAAAATATCCCGGCACTTGAAGGCAATCGATGTGCCCGCAGCTGGCAGAGATGGGCGAACGCGAGCCGGAGTCGGACGAGGACTGCGAGGTCTATTGTAAGTCGTTCCCCGTAGGCTGGTAGCAGCAGCATGTCCTTACTCATGGATTATTCCGCAGTCCTGAAGCCGGTCAACGAGTACAACATTGTGGACAGGATCAAGGAGGCCAACAAGGAGCTCTTTGCGCTGGACGACGAGGCCTCCAATGGCAACGGCAAGGTGACGAAGGTGAAGTTTGCCCTGAATCTGGAGGATTACGAGCCCACGGAGCAGCAGAAGGATCTCAGTCCCAGTCCGCCCGATGAGCTGCTGCAGCAGTTGACGCAGCTGAAGCTGAAGCCCATTGCAGAGGAAGAACCAGCGGCTGCAGACGAGACCAAGGTGGTAGAAACGCCTCCTCCGATGGAAGAACCCCAAGTAGATGATGAAGTGGAGGAGGAGATATGCGAGGAAATCGTGG
+> chr: chr3L; start: 1952161; peakSummit: 499; maxT: 51.4
+GTCCAGAAAAACGGCGTAAGTCTGTGGATAAATTCAAAAGAAGATAAGCATCTATTGCATACATTTCACAGGACATCATCACTCACTGCTGGGTGAAACACATTGATGGCCTCCACGGCACTCTCCCCGCTCTGTTTGTAGCCGAAGATCAGGTCTATCCAGTTATGAATCTGATTCCGTACCAATTCCGACTCCAAAGCCTGGCGGTGGATAAGGACAAATAGCCGGGAGTCTCGCTGACTCCATGGTGGTAGTGAGACATCCTCCACACGCTCCCCATTTTGTCGGCAACCGAATTTAAAGCGTTCGAAGTTTTCAAACATCTCCGGCAGGCAGAAGAATTCCGGAATGAGTTCCTTCACATCCGTGGGACTATCCCGGCTAGCCAACAACCAAGTGGTGTTCAGGGCATGGAACGTGCGATCCGGTAAATCAAAGTCGTTGTCCTGGTAACGCAGAAAGTAGCTGGTAAACGGAGGAACCCGTACCAGGAAGTGCAGCACAGTGCCGGAATTCGAGTAATGGGAGCTGTAATGATAGGGCTTAAGGATCAGCGAGCCCATGGTGGTGTTGGTACTGTCAATGTACTGGAAGGGGAGAAGAGAGATTATTTTCCAATGGATTGCTGAATAAGATCGTTACATACTGTATAGTTGCTGATGTAGTGCTTCTCGTTCTCCTCCACCTGCACGGCAATGGGTCGTCCAAGTCGCCTGAAGTTGTGTCCCTCCCGCAGATCCAAAACCTCCGAGTTGTAGTTGGCCAGCACCCAGGGAAACACTGGGTACTGCATGAGATCGTTGTAAGTACGTCCGGAGATCTGGTTGAGGGTCATTAGATACTCCCAGTTGGTCAAAAGACCCTCGCGCCACTGCTGGGTGATGGCAATTACCTTGGACTGGTCGGGCGTGGCTACGATTTTATCACAGAATACCTCGCGCATAATCTTCCAGTCGTCGGCGTTCTGCAGCGAGAAGAACAGCGACTTGTTCGTATCGAG
+> chr: chr3L; start: 2044231; peakSummit: 499; maxT: 57.61
+TCACTGCAACGTCATTCAGTGGCTCCACGATTTCAGGTGGTAGCTCGATTACAACTAGCTCACAGCTGCATTCCTGTCCCTCGATCTTGCATGTGTACTGACCCTCGTCATGGATGGTGACATCACGGATAACCAGCCGACGAGCCTTTCCATCCTTGATGAACTCGACGTTCTTGTTTTCTGGTGTGATTTTCTCGCCGTCCTTGTACCAAGTGACTTCAGTCGCCTCGGTTGTAAGCTCCACATCCAAAATGGCGGTATCTTTTTCGGTTACCTCGTAATCCTCCAGAACCTTGATAAAGTCCGGCTTACGTTGCAATACCTCGACAGTCGATTGAGTTTCTTGCTTTTTAACCTTGCACGTATAGGTTCCAGAATCACGTAGATTCGTGTTTCTGATCACCAACTTGTGAGTCTTGCCATCCTCAACCACGACGCGATGATCCATTCCGCTAAGTTCCTTGCCATTGAAGAACCACTTGGTGGTAACTACGTGGGAGGTCTCGCACTCCAGGGTAAGAGATTGCACCTCTTCAATGGTGATGGTCTTCTTAAGCTTCTTCGTAAACGTCACTTCATCGACCTCGACAATCACACGGGCGCCATGGGATGTTTTGCCAATGGGATTACTTGCAATACATTTGTAGTCTCCCGAATCGGTTTCTGGATTGGCATCCTTGATGATAAGCTCGATGTTCTCGCCATCGTAAACCTGCTGGATGCGCTCGCTGGGGAACAATGGTGTGTTGTTGAAGAGCCACTGAACCTCAGGCACCGGGTTACCGGAAACCTTGGCTGGCAAGCGAATTTCGCCCTTTTGTGGAACATTCTGCTCTTCAAACCGTTCCACGAAAAGTGGTGGCTCAGCATTACCGCCAGCGGGTTCTGAATTTGGAAATAAGTCTTGTTAGTACATAGTGCGACAACATTTATAGTAGACCTAAACATGAAACACAGAACTTACCTTCGATTGTTAGATTAGCAGTGGTCTCCACGCTAC
+> chr: chr3L; start: 2094769; peakSummit: 499; maxT: 119.17
+TATTTCTTGATGGTAGCTTCCATTTGGGTTAGAGCATCTGAACGCTTCATGCCGCGAGGAACTTGGTTCTGGAGTAAGATGGTAGGGAGTTCTGAAAAAAAAAAACAAATATTATATTGAATGCGTTAAATACAATGTCTGTGTATCCTAACTTACTCTTGCAAGACACTGTAGCTCTGGTGCGATCCTCGCCGTAGTTGTTAATGGCACGGCACACGTACTCTCCAGAGTCCTCTCCATAGACATACAGAATATCCAGGGAAACAAAGCCCATGTCGAAAATATTTCTATAACGATGTCCAGAAGGCAAGGGCTTGCCATTGCGGTACCATTCGACGCGCAGGCTGGGATCCGTCTTGGGTTCCACCTGGCATTCAAAGCGAACGGCCTCGGCTTCATCGACAGTCACAGAAGTGATCTGTGTGGTGAACTTTGGTGGTCCAAACACTTCCTCAACCACCTTTGGCGCTTCTGGGATGCGTCCTCGCTCCAGCTCCTTCAACTTTTCGGAGGTCATGCCCTCTGGCAACTGCGACTCGTACACAATATTGTGCTTTCCCTTGCAAGTGACCTTTGCGCTAGTTGTGGCAGTGCCCCACTTGTTGGTTGCCCGGCAAGTATACTCGCCTGAATCCCTGGCATAGATGTAGTCCACATCCAAAGCAATAAAGCCAAAGTCGTTGAGCTGATGGACCCTAGATCCAGTAGCCATAACATGACCATTATAGAACCACTCAATGCGCATGGTTGGATCGCCGACAGGCTCCACACGGCAGTCAAAGTGAATTGGACCACCCTCAGGAACATCCAAATTGTCCTTTATTTCCTCGGTGAATTTCGGGGGATTGGGCTGCTCGTCTTCAGTCACAAGCTCCTCACGCTTATGCATGGTCTCCTCAAGTTTCTGCAGACTCTCAGTGCCGGTGCGGAAGTTGGAGGGCAACTGGGGCTCCATAACGATGCCTTGGCGACCCTTAACCTGCAATTTGCAAGAGACCGT
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+TGCAGGTGTAAATAGCGGAGTCATCAGCACGCAATCCGTTGATGGACAGTGTAACTAGTCCAAAGTCAAAGGTACTGCGAATTCGGGAGCCAGTGGTTAGAGAAATACCATTCTTAAACCACTCAATGCGGAGGTTGGGATCCGCGCGGGGTTCAACTTGGGCTTCCAAAAGGACGTGCTGACCCTCATGCAGCTTGTCGTAGCTCTGCAGATGCGTGGTGAAGACCGGAGCTTGTTGGGGTGTCGAGTCAACAAACATCTCTGGTACACGATTCATGGCAGCCTCCTTCAGTCGAATAGCCTCCCAAGACTCCGGAATCAAAGGCTGACCATCAATATTCGACTTGGTCTTAACCTTCATGGCAGTAGAAGATACAGCCTCACCGGCGGCGTTGTAAGCACGGCACATGTAGACACCGGCATCCTCTGGTACCACTGCAGTAATGTCCAGGGTGACGAATCCAAAGTCGTGTGTGGTGCGCAGGCGAGAGCCCATTTGAAGCTCCACGCCGTTGATAAACCACTCAAACTTCAGAGAAGGATCTCCCACAGGCACGACTCGTGCTTCGAAGTGTGCATGAGTACCCTCCCACAACTCCGAAGGTCCAGTGAGCAGTTGAGTGAAGATGGGCTTCTCAAACAGGCGCTCTGGTTCAGTGGGGCGTGGTGCCAGTGGTTTCTCCAGTTGATGGATGCGACTGATACTGTCCGGATGCTGAGTATCCATTTGGATGCTGGCCTCAGATACCACGCGCATAGAGGCGGTGGTTACTGCCTCACCCAGTGGATTGACGGCGCGGCACATGTACACGCCCTCATCCTCCTTGCGAATATGTGAGATGTCGAGGGACACAAAACCGAAATCGTGCTGCTTGGTGATACGGGAGCTATCTTCAATGATCTTTTCGTTGCGGTACCACTCGACCTTCAGATTGGGATCTCCCACTGGAATCAAGCGCGCCTCGAAGTGAGCCGTCTGATGTTCATTGATTCTGTCGAT
+> chr: chr3L; start: 2100680; peakSummit: 499; maxT: 141.19
+AAATCGTAGGTGGTCTTGAAGCGGTGACCAGTCTGTATGGGCCTACCGTTGCAGTACCACTCCACCTTCATGGTAGGATCATTCACAGGAATTAATGTGGCCTCCAGGTGGACGGGAGCTCCCTCGTTGACCTTGGCATTACGCAGAGGGCGGCCGAACTGAGGACGCTCGGCATGGAACTGTTCCTCGTCCGTTTTCCTCTGGAATCGCGAAGTATCTTCCAGATGCTGGATCTTAGTCAGAGCCTCCTCGTGCTGAGTCTCGTGAATGATGGAAGAGCGTGAGGTGACGTTGAGCACAATCGAGTTGATGGCTTCACCGAGGTTGTTGGTGACTCGGCAAGTGTACTCGCCGCTGTCCTCAGCATAGACAGTGAGGATGTCTAAAGCCGCAAATCCAAAGTCGTACGTGGTGCGGAAGCGATGACCAGTGCTAAGTGGCTTACCATTATGGAACCACTCCACCTTGAGGTTGGGATCTGGGTAGGGTTCAATGCGGCACTCGTAGTGGGCACTTTGACCCTCAACTAGGTTGCTGGGTCCAATAAGCTTGGTAACAAATACCGGGGCGGTGGTCACCGTGTACTCCTCCTCCTCCCTGCGCTGGTACCTGCTGTGATCCTCCAACTGATGGATCTTGTGCATGGCGGCTTCGTGCTGGGTCTCCAGTTGAATGGAGGTCTTAGATTGCACAATGAGCGAGGCAGAGGTAACCGCTTGACCCAGCTCGTTGACGGCCCGACAGGTGTAGGTTCCAGAGTCTTCGGGATTCACATACTTCATGTTGAGAGCCACATAACCAAAATCATGCATGGTGGTAGTGCGGTTGGAGGCTTCAATAGGTTGCCCGTTTCGCAACCACTCAACCGTTAATTTCGGATCTCCCACTGGAATCAAGCGAGCCTCAAAGTGCACAGCTTGGTTTTCAGCCACACGCACATCCCTTACCGGCATGGTGAAGACAGGTGCCTGGGACACGAATTCGTCCTGAACGCTGATGC
+> chr: chr3L; start: 2103155; peakSummit: 499; maxT: 62.04
+TCGCCCATCGGTTCAAGGCGGCACTCCAGATGGATGTTCTTGCCATCGTGGATAGGCTTTGGATCACTCAGTGGTGTCACAAACACTGGCTTGGACTTCGAGATCTCTTCGATGTCATACTGAGGCTCCACGAACGGCTTGTTTTCCAAGTTTTGAGTCTTCTCGTACAGACCGCGGTGCATGCTAGATGTGTCGATACTGGAACGAGCTATCAAGATAAAAGTCAATTGACATTGGTTCTCAGAAGGATTAGTACTGGGTTTTGAACTTACTTTCCACTATCATCGTTGCTTGCTGCTGAGCTTCACCTAGCTTGTTCCTAGCCACCACGAGGTAGACGCCAGCATCTTCAGCGCGCACCTGGGAAATGTCCAGGGCGACATAACCGAAATCGTAGTATGTCTGGATGCGATTAGCGGCTGTGATGGAGCGACCGTTGTGGTACCACTCAATCACCAGACCCAAATCGCTCTGGGGCTCAACACGGGCCTCAAAGTGAGCGCGCTGGCCTTCGAGGATTTTGGTTGTTCCCTTGAGGGGGCCGAGGAAACGGGGAGCCTGGGTGATGTAGGTCTCCTCCTCCTCGCGACGTCCGTAGCGCGACGAGTCCTCGAGATGCTGGATCTTCTGCAGACCACCTGGGTGTTGCGACTCCGAAACGATTTCGTTCTTGGAGATAACCGTAAGCTGAGCCACGGTGGTATCCTGACCCATCGCATTGTAGGCGCGGCAGGTGTAGGTGCCGGCGTCATAGATGGTCAGCTGCTTGATGGTCAGTGCCACGTAGCCAAAGTTATGGTAGGTGGTGATCCTGGAACTGGCTTCCAGAGGCTGTCCATCCTTCAGCCACTCGACGCGCATGGTTGAATCTCCAACGGGTTCAAGTCTTGCCTCGAAGTGCGCATGCGCGTGCTCGCGCAGATCCAACTGGTTTTGGATCGGTGTCTTGAATTGGGGCGGGGCAATAGCCTCGGCAGCCTCTTGGACATGACGACGCTGC
+> chr: chr3L; start: 2105638; peakSummit: 499; maxT: 79.46
+TTGACTAGAATCTTGTGCGAGGCATCGTCGCGCACTTGCCGGCCGTTGATAAGCCAAAAGACCTCGGGATAAGGATTGCCAGTAACGCGGCAATCAAACCTGGTCATACGACCCTCGGTAATCTCGCGATCTCCGAAAGCCTTCACAAAGGCTGGCGGCAATGCTTTGCCGGCCTCCAATTGCTCGGCCATTACGTCCACGGGCTTCGGTTCGTAGGCGGTTTCCGCAGCGGGTTCCACGGCCAACACGGCGGATGAAACCACGCAGCCCTGCAAATTCTCGGCAAGCAGGGTGTAATGACCGCCATCGCGAGCCGTGGCGTTCTTCACGCGAAGCGTAGCCACTCCACTCGAATAGGAGATCTCGTACTTCTGCGAGGCCACCAATCGCTGGCCATTATGGAACCAGGTGAGCCGGGGCTTGGGGTTGGAGCCGACGCGTGCGGTGAACACGGCATCAGATCCCTCGATTAGCTTGGAGCTACGCGGTTTCTGCGAGATCTGCGGCGCCTGCGCAGGACCCTGATTGCGGTCCAGCTCCTGGGAGAGCTGGGAGTCCTGCTCGTAGCCAGATCGACGGGTGATGGCCTCACGGAAGGAAACCTCGCGTAACAGCCTGTACTCGAACGTGTCCACACGGAACTCCTCCTCAATGGAGGTGTACGAGTATCCGTTCGAGTAGATGTTCTTCTCCAAATTCTGGATGGGCTGCAGGGCGGGCATCGGTGCTCCCTCCGGCTGGATGTAGACGCTACAGATGGCCTCGCCATACTGATTGCGGGCAGTGCACGTGTACTCGCCCTCGTCGCCGGGTCCGATCTGATTGATCAGCAGGGACACATCGCCGGTGGCCTCGTTGTAGCTCATCCGGAACTTCTGCGACTCGAGAAGGGGTGCGCCTTTTCGGGTCCAGGTCACGAATGGCTTCGGGTTGCCACGCAGGCGTCCCTCGAACAGGGCATTGCCGCCCTGGGCGAAGCGAGCGTTCTTGAAGATCTGCT
+> chr: chr3L; start: 2186232; peakSummit: 499; maxT: 170.47
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+GAACATTTGAATATGAGCAAGGATGTAATTTGATATTTTTCCCAGACCGAAAATCCCGTTCCGTTCGCAGGAAGTGCGACTTGTAATTTTCGATATGGGCGCCTCCTGTTTGTTTGGAATTAATGAAATTTAGACATAAAAATGTATTTCCACCACGACAGGCAAACAAACTGAAGATGGTGAAGAATAGATAGCACTCTCTCGTTTGAAGTGACTCATGAGGGTAATCAGTGGAAATTGAGTTATCCTCGAGGACATATGGATCAAGTGGACGAACGGACCGTTCAGGGAAATGAAATAAACTTTGACTTAGTTTTGCTAAACGATTCTGATTTGTTTGTCCAGCAAAAGAAAAAGTTTCCCCTGATTTGCGAAAGGTTCTGCGTTTTCAGGCCGACAAAAAAAGAAAGTTCTTAGGTTCCTTTGTTGTCGACTTCAGTAGCGCATCCCACACACGCCTCTTGTTATCTCATCAGACTCACCTATCCCCTAAGCCTCCTTTTGCCAAAAAAAAGGGAAAATCTGATGAGTGAAAGATGCAGCCAGACAAAAACGCGAAACGAAATCCGCCTAATGCGATTTTCAAGTGGAAAGCAATGAGAATGTCCTTGCAGCCGCCGAGTGCTCATCCAAACTACATTTTCTCTCATTTTTCAAGGCTGCACAGCCAGTGAAAAAAATCAGAGACAATGCCAAAAACTGGAACAAAGCCTTTTGCAAAAAAATAAAGGACCAAACAAAAAGAAGTGCCTGACTGTCTGGACGGCTTGCGAGCGCCGCTGTCAGGATGATGGGTGAGTCCTGGCCCATTGTCGTTGTGTTTTCAAGGACCCAGGATCTAGGCATAGACCTAGACATAGACCTAAATGAAATTTTTGGCACCGCTCTAGGGGAATTTATAGCTTCGAATCAGCAGGAGCACGGAACCGGGAACAAGGAGGGACACCAAGCAGTTAATGACGTTGCAATGGAAAACAAAACGAGAAATAATGAGTTTTCC
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+AGACGGAAAATCACGAAATATCCACGCGAGTTTCCATTTTTCTTAGTTGATTTTTCCTCCTTTTATTAGTCCTTTTTATACGTGTGCACGTATCGCCGTGTATCTATGAGAAATACGAGATTCCAATTTGGTACACGGCATTGGATTACATGACAACGACTTTCCACTCACTGCCGTTAATGAGTTCAACTTCGCATCGCTGACTTTTCGATTTATCCATAGGTTCTTCATTTGTGAGTTTTGAGTGTTCAGTTTCAAATTTTGCAGCTGGATTCGGACTGCTTTAAGATGCCGCCACGCCCTGCAACATGCGGTTTTGTTTGGGCTTCTTGGCCAGGTCAATCTACTGCTCGCAAAACCGCAACATGTCGCTGCTGCTTGTGGGTGTGAGCTGGGCTACTGTATCTAAATCCGTATCTGTATCTCTGTTTCTCAGTATCTCAGTATCCGCATCTGCCCATCTGCATCTCCATGCCGAGTAGTCAGTGTATCCTTAGCTAAGCCTCAGCTTAATGCGCTTGCATAAACAATGGACGACCCTCCGTATCTTCATCTCATCTCCGCATCTGTAAGCGGATTTGCCCTAATGTCATTCGACAGTCCTTTCTCCTTTTCAGATGTTTACCGGCCCTCTTTTAAGTCTCTGAAAAGTATGCACTGCTAAACGGTCGCATAATTAGATCAGCTTCGGATTTCAAACTAGTGGATGTTTGGGCGCATCAAAGGTTGCCACCGGCAAAAATCGTAATAAAATCTTATCAAATTCATGGCAGTAGGAAATGAGAAACCGTTAGCTTATGAGAAAATCAAGTTGTCACGACAACCATGCACATATGGCAGTTCTTTGAGGATTCGATTGGCAAGCCAACCACCAGTTGAATGCAGACTGGAAAGGTCCTGTCCCACTCCAGACATCCACATTCCGAGGAAATCCAGCGCATGCGCTGTTGTGGATGCCAAGTTTCGTGGCAGGATACCAAGTTTCGGGCTTAGCACAAAA
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+GTGACATTCTCGGCATTTGGATTCACATATCGCAGGACAATACGATACAGAGATGACTTAAAGACATTGACCTCGTTCCGTACATCGTTCTGAATGGCGTTGAACACCACATAGCCCTTGCTGCTAAATCCGGGGAATGCCGCCTCATCGTAGTCGTAGCGCACCTGAGTGCCCGATGGTAGTGATCCATCCTCGTATTCGTACTGGAACTGATGCAGCGTTGGGAAGAAGTGGGTGGTCAGTGGCTGGGTACATGCCAGACCCGTAATCCTCGGGTGGCACTTACACTGTCCGCTGATCTTGTCGCAAACACTTTGCCACGAGCCGCCCACATCGCAACTGCAGTCCTTGCAGCCAAACAGCGAGGCACTGTCCAGATCGAAGGTACCATCCCGACACTCCTGGCAGCGCCTGCCTTGAGTATGCGGCTTGCAGGGACACTGTCCGGACTTCGAGGTACAGGTGTCCAGTGCGGAAATAGTACCATCTGTCCAACAATCGCAAATCTCACATCCCTCAGTATTGCTGATGTTCAGGTTCCAGTACAATGGCTTGCACTCATTGCAGATCCTGCCCGTCACTCGCTCCTTGCACTTGCAGAGCTCACCCACGGGCACCGATCCGCATCCGGCGAACTTATCGATCACTCCTGCAGGATCACAGTTGCAGTCCTCGCAGCTGGGGAAGTTGTAGAAGCCCTCCTTACAGGAATCGCACTGACGTCCGTCAAAGTTGGGCTGACACAAGCACTGTCCGTCTGAATTACAGGACACTCCCTGAGATCCGTGAGAGTCACAGTGACAAGCTGCAAATCAAGATAAATTAGAGGTTATTAAAATTGAAATGAAATCTGATGGCTGAGGGTACATACGTAGACAATCCGGATAGCTGTAGTATCCGGCAGTACAGAGCGTGCACTGTTTCCCGGCAAAGTTGTTGAGGCAGTTACATTTGCCCGTGTTGTCGCAGGTGATCGCCGAACTACCCGTGCTGGAGCAGT
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+ATCTGCCAGTTGCAGCAGCCCGTGATTGCGGGCCAAGAGCAAAACGCGAGTGGAAATTTCGATTATTGTATTGTTTGTTGCCATGCATAAGACACTTGTGCAAAATGGGCATTAGCAGACACTAACGAATAGTACTAAACAATGGCGCAGTGATTGGGACACGAAATATAAATAAAATATTTGTTTATTTGAGCGTGCGGCGCTTTGCCAAATTAATCGCTCTCTTTCTGGCATTTCCACTCTCTTCTTTACGCGCCTTTCATTCAGTCgcgcgtatgtgtgcgggtgtgcgtgcgtgtgtgtatgAGCCAGTGACGTAAACAAATGCACAAAAGCGAATGAGTGCAAGAATTTGAAAAATGCGATTGTCGATTCACGTGCCAAAAAAAAGTAACAACAAACGGGAGCAGCAGGCAGAGAACAACTCAGGCAGCAACAAATTGACATAACGTTATTGTTTTCGGTCCTCTGTTTTGTGCACCGCATTCGCTGTATTTTCACCAGCTCAGCTGTGCAATTTCGCCTTGGTGTTGGTGAGCGCAACACGTTTGTGTTCGAGTGGGAGAGATACATAGCAAGAGAGCTAACGTAAACTCCTCTGCCAGCGTCGCTGCTGAAGTCGGCGTCGGCAGCGTGCGTCATTGATGTGCGACAGGTAAGAAGACGCCGCGCTCCAAATATACCCAATTTCCCAAATTACCATAGTTAATTACTTACATAGACGAATATGAAACCAAAACTTATCAATTAGGCGGCAGGGCGGCACCTTTCGCAGGTAATTTTCCCAAACGCACACATTCCTACATACGTAAATAAAGCTCTCATGCAGCTTCGTTTACGTTTTTCGAGATAAGGCAAACGAGTTAATGACACTCGCGGAGCAAAGCATTCTTGCACACGCTGCGTCTCCTCTTTCTCGCTCCCTCCTCTTCCCATTCCGACTTCCCTCGCACCCCCTCTTGACGCGTTCATCACGCTCTTGGCCCCAACTTGTCGATCG
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+TCACATAGGCCCCGTAGATCCAACAAAAGGCGTGCACGTAGTCCATATCCTTGTCCCCAAAACACTGGATGGGATCGCCGAAATATTGTTTCGAGGAAAGCAAAAATGTGCAGGCCAAAAGCAGGGCCACTGTGACTTTGGAGTGCAGCGTGAAAATAGCATCGTAGATGTGCACCGACTTGAACTGCAGATACTTGGAGAGCGGTTTAACAGCTGCGTACATGATGGCGTATTTATTTTATTTAATTTCGGGCGTAAAACAAAAATTTTGGGGCGGTTGTAAAGTTTGACGATTTAACTTGTACCAAAAGCACGCGGCATCATAACGGTTGATGTATACTATGGTTGTCTCTTTCTTACTCACGCCTGGGAACCTTACGTACAAACCGCAATTTCCAGCAGCCAGCTTTTGGCAGGCACTGATTTCGGCTGGAAAGAAGTCAGATTTGACGAGAAAATAGCGGGACTGCCAGCTCTGTTGGGGCTAAAAACTGTTTTTACCATCTGGTAACACTAGCACGTTGCACATGTTAAATCTTCGTGTTGACAAATTGAAATCTACTGAAAATCGAGTTAATTTAATAAAAGTTGCGTATTTTCGCCTGCAGCTTGAACGGTAAGCGCTCCAGGATGAAGGAACATATGTCCACCAAGCAGCACGAGCGCAACGAGAAGAAGAAAAAGAAGCTGGCGGCCCTGGCGAACCTGATGGAGCTCAACGATCGCGATCGATTGCACGAGGCAGAGTTGGCCAAAAAACGCGATGCAGAGGTCGAAGTGGAGGAGAAGTCAACAGCGAAGGCGGAGGACGGGGACGACGGTTTCATCGTGGTGGGCAGCAAACGCAAGCCGCGAAACCGTCGTCAAAACAACGAGCTGGAGGCGGATTCACAGACTGCCCCAGGAACATCAGATCCTGAAGAGCCGGTGAACAAGAAAATCCGCAATTACGATGCTGGTGGAGATAGCCTGCCGCTGGAGATTGGCTCGCTATCCGAGG
+> chr: chr3L; start: 6647826; peakSummit: 499; maxT: 50.83
+TTCTCGCTTCTCGTCGCATGTGTTTATGATTAATTTCCTGGAATAAAACAAATATGATGCCTTGAGCGCATACGTGACAATGATTGGATTAGGCCATGGCCATGAAATTGCTCCCGAGGCGCTGACGAATCCTCCGGATTTGGATGAAAAGTTTTGCAAGCTTTTAGGTGTGCTCTTTATGGTGTTTACCCACCTATTATCCAGCCGACCTAAAGTTAATTTTAAATTCCGAGCTCAATTTCGCCGGGGTAATTGCTCATTTGAAAAGGGCAACTCAGCATCAGCATCAGCTTCATTTCGCCAAAAAGCTTTTGTGCTAGCGAAATATAGTATAAAAAGACACTCTTTATTTACTGTCAGCCACTTGGGCCAATTAATTGCTGTTATGGGCGAAAGCGAAAGACTTGCCCCTTTGTGCGCTGTCACTACCAGCAGATTGCGGACTTTTCCGGAGATAGTGTGCGGGATGTTTTTAGCCAAGCGGAGTTGGTCGGTAGTTCCTCCCCAGAAAGTACCTGTGTGAGCTCATTAACCAGGATGGCGGAGGGGTATGCCAAAGTCCAGCGGATGGCATCACTATGGCGCATACTTGTTTTACCTCCAATTGGAAACTCAAACGgctgctcaagctgttgcttctgcttttgctcctgctgctcctgctcccgttggctgcCACGAGCATCCTTAGACGAGTTAAGTAGACTACTAAATGACGGCGGACTACGTCGGCTGATGATGAGCTTGCCTTGCCCCGGTTCTCGGTCTCGTCCTCGTTGTCCTTCTATATTCCTGATGAGGGTTGCCGTTGTCGAGTTGTCGACTTGACTCAGGCTGGAGATTGAAGATGGAGATGGAGATTGAGCGAAAGGGGAAAAGCGGGTAAGCGGGAAACGCCTCGCACTTAAGTGTGTTTTCAAAATTAAAGCCTGTTAATGAGATTCGCTTTGCTGACTCACGTTAAGTGGCTTAGAGTGTATCGCAAGTAAGCACTTTTGGC
+> chr: chr3L; start: 6696268; peakSummit: 499; maxT: 76.87
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+> chr: chr3L; start: 6724181; peakSummit: 499; maxT: 95.59
+CTCCTGATTTCAGACCCGCATACAATTGGAAGCCTTGCTGCAGCGCCTGCGCATGTGCCTGCAGCTGATTATTGGTGGCTGCGGCTGCGGAAGCCATTGATTGCGGCATATTGTACTGCGGCATGGCTTGGTGCTGCTGTTGTTGGGCGGCCACCTgttgatgttgctgttgctgctgctgggcagagacttgttgctgctgatgctgctgctgagcggccacctgttgctgctgttgcgcctgttgttgctgctgctgttgttgttgctgctgctgcttggcagCTGCAGCCGCAGCTTCAGCCGCAATTGTAGCTGCCTTCTTTTTCCGTCCCCTTTTCGCTGGAGCTTTGACTTCTGCTGGCGGAACGGCAGGAGCTtgctgctgctgctgttgttgttgttgtggctgctgctgttgctgGTGAGCGGGATTGTTGTTGCCAGGAACATAATTACCCGGCAGTTGCTGCGCCGGATTACCATAAGCCGAAGCCGCTGAGCTCGAAGCGCTGTACATATGGGCTGCTGGCGGCATGGTCTTGTCGAAATAGTTTCCAGCATAGCCCAACATCGATTGCATCAAAGGATTGCTGTAGGTTTGCGGAGGCGGTGGCGTTGGCTTGTTGTAGGCGGCCAAGTGATGCGTCTGACTGAGATGATGCTGGTGCGCCGTAGAGGGCAGGTTCATCATGTTGCTGCTCGATTCGCTTACCGCAGCAGCAACTGTCGACTGAGCTGCAGGAGGTTTGTCCGGCACTGCAGTTGCCTGTTGCTGGGCGGTATAATTATGGTTAAGTTGTGCTtgctgttgctgatagttgagttgttgcggcggttgctgttgttgctgctgcggcaatttttgcgcctgcgtttgctgctgctgttgctggtagttttgactgagtgccgtctgaagctgagtgagatgtggctgcgattgctgggactgctgctgcggttgttgctgcGTTTGTTGGTTCGCCTGTTGCTTGTT
+> chr: chr3L; start: 6729203; peakSummit: 499; maxT: 66.5
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+> chr: chr3L; start: 6735127; peakSummit: 499; maxT: 270.38
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+> chr: chr3L; start: 6972581; peakSummit: 499; maxT: 86.94
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+> chr: chr3L; start: 7114702; peakSummit: 499; maxT: 54.88
+CCACCACCACAGTGGTCACGGTGAGCATGACGGATAAACCAAAGGCTGCGACGGAGGAGAAGATCAACCCAGCGGAACAGGATGCGCCGGGTCACTTCGATCGCCATGCCCTGGCTCGCCGCACACGACGCTACAAAAGACCCACGGACTACAGCAGTGGCAATGAGGAGGCGCTGACCACCAGCACAGCAGAGGCAAAGACTTCTCCATCGAAGCCAGAGCCACCCGCACCCGAGAAGTCCAAGCAGAAGGAGCGCACGATCAACAAGCTGGAGAAGGTGGGTCGCCACATAAGCTCCATCAATCAGGAGGATGTAAGGGAGGCCATTCGGAATCTTAAATCACCCACGGGAACTCCAGAACGACCTTGGAGTCCGCCACGGGATATCACACCCTCCAAGCTAAAACTGTCCGCCAGTGGTCACCACGAACTGAATGACGAAGGCTTCGAGGAGACTCAGAGTCTTGTGTCGGACACTCCGTCTCACGGAAAGGGCGAGAGCACAAACTCCTCCTGCAACGAGGGTGTAAACGAGACTCCTGCCCGCCAGCGGCCGATGCAGAAGCAAAAGCCCACAACCACCAGCATCAGCCAGATGGGCAGTCGGTTGGCCGATCGCCTGCAGCAGGCCAGGATGAAGAGTTCCGGATCCTCAGGATCGGCAGCCAGCAAGTCACAAAACCAAATCCCTGCCACCCAAACTGCAACGGTCAAGAGGAGCCTCTCCGCCAGCAGACCGCTGCGCATGCCCAACGGTCAGCCGTTGGCCAGTGCAGCTCCGCTGAGATCCGCATCCACTGTGAGACGCTCGCCGCAGGAGCAACAGGTTCTAGCCGGCGTGGAGCGGAGCAGTTCGAGAAACAGTCTGCGCTCCTCGCGATCGTCCATCAACAGTGGAGCCTCCACTCAAACTGTAGTGAGACGACTGCCCGCCGTTCAGCGAGCGGGAGCCACTGTGTCCGTTGACTCCTCGCCCAGCAAAAGACCACTGGCCGCCCA
+> chr: chr3L; start: 7127837; peakSummit: 499; maxT: 76.49
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+GTGATTTCATTTGGTTCGGCAGCATAATTGCATGTACCGCCACAACAGAGCGGGATAAACGAACCGCTGATACCTAATGGAATCCGGTGGCAATGGATCCAGTGCGTCCTTGTGCTGGCAGGGTAGCTCCTGTTCGAATCGATTCTCCCGTTCTCTCTCCATGCTGAGTGGCTCTGTGCAAATACACGAGGCGAAAGCTCAATGAGCAAAGAAGGCGATGCAGTTGCAATATGAAATTTAAAACGCTCAAAGGCATATCCATAACCAGTCAGAGCGGAAGGAGCAGCAGGAGCAGAAGCAGCTACCGCTCGGTAAGTCGAAGGACAAAAAAAGGACATGCGATGCGAGGGCTGAGCAAATATGAGCGCTTTTTGTGCCATGATAGACGACGACAGAAGATTGAGGGCTGTGGAGTGCAGAAATGGAGAACGGCAATGATTCCAACTGAGACTCTCCAAGGATGTGACCGTTTGCATGGGAATGGGAGTGGTACGTGTGTGAGTTTGCCATCCACAAACTCACATGCACACCAGCTCAAGTGCCCCGTTGCCATTGACGACTTGAGCAGCGCAGTCGCGTCGTTTATATAGTTGATGCTGCAAGTAGAAGATTTTTGACTTTTATGCAACAATTCGCCAGCGAAACGACGCTGGCAGTCGAAGGATGGAGTCGGGATGGCAGGATATGTAGCCAGCCAGCCAGACAATCCCTTGCCGAATTCCCTGCTCCTGGCAGTGACATGCCAAGTGGGTTTGGCAAGTTCGCCATGGCATTCCGTGCACTTCCCGCCACCCGCACACGCACTTGGCATGTAAAATAGTTTTTTGCCCGCCCCGCAGTTCTTATCCAAGTCGTTTGTTTCGTTCCGTGCAATTAGACTTTGGCAGCTCACAGCAAACTGATCCGGCCACGACCGAAATCGGTGGGGAGCTTGGCCATCAGAACTTGAAACTAGTATTTTTGGGGTTGCGCACTGCAAGCAGGTGAAGTAATTTTATCA
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+TTTTTGTATTGCGTTTTTACCTTTTGTATCCGGGATTGTCTAATATGTCAGGATATTTTATTCATCCGTTTTGTTGTAGTGGGGGGAGGTGGGGTGGCTTTATTGTTCAGAGATTACGCAATCAAGTATCAAATATCGGATACACTTAGCCATCTGTAGGTCGAAACATACATCCCAGGAGCCCAACCTTGATCCCCGCCCTCGCAAGGATGTGTGAAATTTCCATGGAATTTTCACAGAGCCCGAGAGGCAAGCCAAGAAATCAGCCAGAAGAAGCGCTAATCGTTCGCCTTCTCGGAAGTTGGGATTGGGTTAATTTCGGAATTTCCTGCGTTCAATAAAACGGTCGCACTAATAAGGCCAAACAGCCAGAGGAACTGGACGAGTGGAATTAGCATTAGTCAGACAATGGAATGGGCTAGGCATTTAGCTTTTGTCCCTGCACACGCGACCTTCCCACCCATCCGAAAAAATGGAAATACCCACAACAGATCGCGCGACTCTCGCGTCTGTTTCTACTTAGGATTATTGCTGATCTTAAGTCTCCCATCACCGATCGCGAAAAGGTTGAGTACTGATCCGTCATAAAAATCACACTCTTTGCCTAACAACTTTAGCTCACCGAAAACGCCTCGAAATCACTCCTACCCGAAGCACTGACTGCTGATCAAGGACATCTGACCTGCAAGGGATCGAAGTTTTATGATATCCTTTACTAGTGGGAGGCAAAAGTGGGTGGGTTGTTTCAGGTTCTCATCATGGCAGCGTTGAGTGGGCAGAACTAATCGAAAATGTGCTCAGTTGTATAATTTCCTAATGATAGTTATCAACATACTACGAAAGGATTTAGAAATTTATATTTCACTGTAGCGATGAATAAATATAACTGGAAATGTCTAGAAAATGGTTTACACGGCGGCCCATAAAAAAATATGTAGATCTTAGATATTCAAAATTTAAATTATCTTGCGATGTAAGTTAATAGGCAAAAGTGCATTCT
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+TTTATCAGGGGTCTCGATCAGCTGAGGCATTTGAGCATTGATGTTCCGAGTCCTGGCTGAGCATGTCTGCTCCTGCTTCCATATCCTATATCTCGCTGTTTTGCCTTTGCAGGACTACCCGCTGTTCAACCGCTGTTCTCTGGACATCGAAATCGGCTAACGACCTGCCCAGGGATATCCTCTAACCTCTCGCACTCACACTCTTACTCTGCCTGTCTACCCGTCTCTTTTTTCGGTGCATTGCTATGGTTTTATGATACCGGCAAAAACATAAATTCCCCCTTTTGTTCCTTTTGCCTGTATGCCGTTTTTTCGGTTTTTTGTTTGGCCAAACTGGCCAGAGGAAAAAAAATGAGTGGCAGGCCACTTGAGTAAGGACCCCTTGTTTTGGGTTTTCGGTATTTGGATTTTCGGTTCTGGAAACTCTGGACATGGTATGGTATTGATATTGGTCTGGGTGCCGCACTCTAATGACTAATCGACCTTGCCGACAACTCGTAGATCTTGCAGGTAGAAAGTCGCCGCTTTTTGGCAATTTACGATGGCCGACAACAAAAAATGCAGCACTCCAATTGGAAGCTATAAATCCGAGGGAGTAAAACGTTTGGCCTTTGTGTTGTATCTTTTTGTTTTGGGGGGCAGTCTTTGCCTCTGCCTCGGTGACCTTTTTGCAGGTTGAACGACTTGTCCTTTAGGTGGTTTTGGATTACCAGTGGTCTTGCTCGTGGTCTTGATCTGCTGTCATAGCGTTAATTTCCTTCATGACTCACAAATGGGTCCAATCAAAAGGGAATAGCGATTGCCAAACGAAAAATCGAAACGACTTTCAAAAAATGCCTATAGCTTGTTTCGGTTTCATTTTCGTTTGAGTTTCGGTTTTTTTTTTGATTTCGAAGCAGCGCCTTTTAGCTTTTTCAAGCGGCCTTTTAGCACAAGCTCAACCAGATATGCACACAGACACAAAAACCAACCCATACACGTGAACACCTGATTTTTCGAC
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+TCAAACCCGAGCCGACACTCAGTGGAATCAGCTAAGTCGGCCGTCTTATGACAACAGAAAATCCAAAGAGTTGCAGCCGATTGCAGCGGCCAGTTGCATAAAATGCCAAATTGTCTGGGCCGGCAAAACAGCTAACAGCTAACAGCAAGCAGCTAACAACAAGCGACGTACGACGAATGGCCAAATTTGGAGCTGCCAAGTGGAAAATGCAATCGGAGTTTCGAGACAGCTGGTTTATGGCCGGCTTCAACCGGCCGGCTTGCTGACCAAAATTGGCCAACGAACAACTCGCGATCGGGGCTGCATGCAACAAAGTCACCTATCCTCGATTTAATTGCCACTAAAATGTCACAACGGGCAAATTAAACGGTTTTATTATGACGTTTGGCTAATTCAAAGCGAGCCAAACCAAAAGAAAAATCCCATGCAAGTGCAGGCAGTCAGCGAAGAGAAGAGTAGGGGTCATAAAATTGAATTTAATCCGGCTGAAAGTGGCTTTGCCTGTTGGCTCCTTCACCTTTTGGGCCACACCCACTTTGCCTGAGCCGTCTTACCGCTGGCCTTTTGTTTTTGGCTCGCATGTAATCCGCATTTCCCTGCACACTTGCAGTCGTGTTTATTTATTTGCCAACTCATTTAAGCAAATGACCAGGCCAAGACATCGGCCGTTCCGATCGCGATAAGTCCAAGCAGCCTTACGAATGGCATTCAACTCTTAATAAATTGATGTCCGATCTCCATGTGGGCCGATTGTTCCTGGACGCACACCGATCTGGCGGTCTTATTTTGATTTTTATACCCTAGTGGGGGGTAATGGAATTTTGGTAATCAGCTGGTACAAAAACAAGCCAATTACTCGGAAATGCATGAACGCATTTCTTTAATTTTATTTGTTAATTATTTCTAGCATGTCTGATTGTTTCTGCTGATTTTGCTAATAACAATTTTCATCATTTTAATTTGGAAGGGTATTTCCCAATTCGACCCTAAATTGGCCCTT
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+TGCTGGAGCAAATTCTGAGCAACAATACCCTTAATACGAAAGTTAAATTTATTTTTTCTTTTGTTTAATGGTTAAAAAAGATGAGATCATCCTTCTAAAAAACCAGGTAGTATCATTCCCTTGCTAATTATTTCTAAGTCCAAGTGCAAAAACAGTGTATATTTTAATACCTTTAAATAGCAGAATAAACATATCATAACTAATAACTGCCTCGTGTTAAATATGAAAAATTGGGGtaataaaatttcatttatattaattttataatttttCCATCATTTCTTCGAACGCACTTTTTTTCCTCGGTGTACATTTTCGCGAGTGTGGGAGAGAGCGGCGTGCTCCCGCGCTCTCGCCCAGCTGGTAATTACCGTTCGTTTAGCATTTCTCTGCCCGCTTATCAATTAATCAGCTTCTAAGCCGCGACGTCGACTGCACAGCTCGGCAATTGCAATTTTCACCTTCGTCTCGTTTGCCGGTTTTATTGCTTAATCCGCACATCATTCGGTTGATAATTTTCGCTTTACGGTTCGGGAAAACTCAAAACCCACGAAAAAAAAATGTGTAGAAGAGCACATAAAACCTCCGTACAACGTTGATATAATTCAGTGTACAATtgtgtgagtgcagtgctgattgtgttcgtgtgtccgtgtgtgtgtgggtgtgcgctttgcggttgtgtgcgtgtgCACATTGCCGATGCTCGAACCGCTTTTCATTCTGTGCCTGACCGCCGTTCTAGAGGTACCATTATAAAAGACGCGTGCCGCTCCAAAACCGATGGAGTTCGATTCGAGACCGCAAAGGTTCTGTGTCCTGCCTGGCAGCCTCTGAAAAATACCTACATACATAATACTTCTGGAGCAAAAAAAAGTTGCAAGTGCTTACTCGTAGTGATATAACCAAGAATAGTAGTGATTTTAGTAAAGAATTTTGACGAAAGTAAACCGTGAAAAATGCATTTAATCGCCCTCTCCTTAATAGGTAAATTATTATC
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+GGCCATCCATCCCCTATCCAATGTAACTAGGTGGCCAGCCCACGGAGCACTTGCCAGTTGTCATTCGGTTCTCACTGCAAACGGACCGACCACGTGAAATTCGGTTCTTTCGGTTTCGGAATATTGCATCATACATAGCTTGGACTAGCCAAGGAGATACCACTAACTCACCCTTGGATTATCCACGCAATGGCAGCCGGTGTCTTCAAGAGTTTTATGCGCGACTTCTTTGCGGTCGGTTGATAGCGAAATCAATTTTAGAACTAAAGAATTTTTTTTTTAATTTTTACTAAGGCTTCCAAAAATTGCCCAAATTTGCTGACTGAGTTCGAAACGTAATCTAAGGTTTGAGTTCAAGTTCAAGCGGTCCTACTGTATTCAAGACCCCATGGAGGTCCTTGAGAACAGTTCCAGCTGACGAAATGTTTGGAATGCGGGAAATCAGCCAGCAGTCGACTGGATAATCCCTGCTAATCCACGGCAAAAGTGCAGCCGGATTAGGGCATTCAATCGAGGTGGTCAAAAGCGCTAAGACCCATTCACCCATTTTCTTACAGGTGAAATACGATGAGCAGCGAAATGATCCGCAAGCGGAACGACTGGATGGCAACGGACGACTGTATCCCAACTGCTCGTCGGATGTGTGGCTGCGATCCTGCGAGCGGGAGATAGTTGATCCCATTGAGGGCCATCACAGCGGGCACATTCCCAAATGGATATGCGGTAGTCTGTTGCGCAATGGACCCGGCAGCTGGAAGGTGGGCGACATGACCTTCGGCCATCTGTTCGACTGCTCCGCCCTGCTGCACCGATTTGCCATTCGGAATGGACGCGTCACCTACCAGAATCGCTTCGTGGACACGGAAACACTGCGAAAGAATCGCTCTGCCCAGCGGATTGTGGTCACGGAGTTTGGCACAGCTGCTGTTCCGGATCCCTGTCACTCGATCTTCGATAGATTTGCGGCCATTTTTCGACCGGATAGTGGAACGGATAACTC
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+> chr: chr3R; start: 9726850; peakSummit: 499; maxT: 315.02
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+GATTGTTGTTATGACACTCCGGGCTCATTAGTTGCCGCTTTGCTCGATTGCACCTCGTTGGCAGTGGTGGTAGTGATAGTGGTGGTGGGGCTGCTGCGGTTATTATTGCATCGCATGCTCGGTCACTAATTGCGTAAATTGTTTACGTTTCGAAAATATAATGAAGTCATTTCCATTAGCACAAAGCGCAGCCATAAATTGCCGCCAACGAAGTTGCAGTTCGCAATCGATGGAGCGCTATGGAATGGCATTTTCAATGGCGCGTAATGAAATTGGAGGCGCAAGGAGCTCGTATGCCATATGCCAGCATCTTATGCGGATACATGTGCATCAGGACCAGGATCGTCAAAAGCAACACGTCTTGCCGGCAGGCGACATCGATACCATTTGCCGGCATCGAATTGCTATAGCTTTTCCGAGCGCGAAGGGAAAACCCTTTTGTGAGTGTGCGGCATTCACGTTTTGCTTTATTAAATTTTCACCGCTTCGCTTTGTCCCTGCCGGCTGGCAGTTCGAGTATTTCACTCACCATGTGCGTGTTTATTGCATATTTCTTTTGTTATTGTTCTTATTGCTGGCTGTGGCTGTTGCCACTGCATATTTATGCGTTTGTTTGCCCCAAGAACGGGGCACAGAAGACCCATCAGCGTAACTGCAACAGCCGCAACGGCACTGAACCGTGCACTATTTGCATTTGCATGCATTTCGCATGGCAGTTCCAGTTGCAGAGGCACTGGCAGTGGCATGGCAGCCAAAAGATGGCAAAAGACAGCGGATCTGGAGCCGGCGCCGCCAAATGTGCGTCATTTGCATGGAAAATCGCTTTTCTGTGCGCGCCACATTTCACGCTGGCAGACCTACGTTTTCTTCACTTTTCCCTGACGTTTTTCCCCTGTCTTTCCTGCTTCCCGCTTCCCGCTTTTCCAGCTGCCCGAATTCCGTATGCAACGCAACAATAGTTTTGCATATAAATGGATTTCGAGTGTGCATTTAGAGATCT
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+CTGATTTTCCGCCACACAGGAGTAGTTGCCAAAGTCCTGCGGATGCACTTTGCGTATAATCAGCGTGTGCCTTGATCCCCGCGTCTCCATGATGTGCCGCTCCGTGGTATCCAATTGCATGGTGTCTTTGAACCAAATTACCTGTAAATAATTGAAAACTTGGTCAATCGAGGCGAGCACGAGTTTCGAACTGGCGAATGTGTCCAGGTGAGTGGTGTGCGTGATTGCGTTTCAACCGGTGTACCTGGGACCAGGTCGAGGTTGGAGTTTTGTGGTAGAGTTTTTTTTTTAAGAGGGGTTTGGTGGTGGAGGTTCACCGGTTGGGGGGCAAAAGTTAAGACGATTTGCGGCGAGAGTACTTCCACTGCCACTTCGTGCGGCTGTCACTTGAGCGTCAATTAAGCGTAATTCTTGTTGAAATTGAAAACCAGATCGACGTGCCCCACCGACGATTATTGATTTCCCATCAGATTTTTACCCCCAGCAGTTGTGGCCAACGACGTCTGGCATGAAATTCATCTTCGATTCGGCAACGAATCGGCATTGTTTGTACCTATTTGTTTGCAACATATTTTTGAAGCCAGCTACGACAACATGTTTTGTGTGTCAAGTGCGAGACCCGAATCCTCTGCAAACAAATCCTGAAAAAGGACTCACGGTCATGTGAATGTGTTTGGATGCCAACTACGCAGACGGAGAGGACCGTGCGTGCTTTGTAAATGAATTGAGGGCGCGAGTCACTGCAGCGCCGGGCTGTCGCCGCGCTGACAGCTCGTAGAcaggatacgcgaggatatggcagaatacgccaggatacggcaggatacggccggatacggGACGCAGTCGGCAGATAAGCAAGGACAGAACGCACGAATTAACAGGGGATACGGGCAGCTCCAAAAGCACCACAACGAGCAGCAGGTGCCCGATGCCATGACGCACATACCGAAATCCAATCTCCAGTCCCCGTCCGCCACAAAGGCACAAATATTAAAAC
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+TGCTGGGCAAAAAACGAAAAAAAAAAACAAGAAAAACTGTGCGTCAGCTACAAAGCGCCGGCGACGAGGAAAACGACGATGCCAAAAGGCGATGGCAAACAATTTAATACGTTTAAGCGAATGTGTCAACAGGGCAAGCTGCCTTGAGCCTTAGGGCTCTGAGCGATGAACAATGAATTGCGGGGATGGTGGTCCTGCGGCGGGTCCTGCGAGTGCGGATGCGAAGGACCGAAGAGCGAAGACCAAGCACTTTTGACACCATGACAAGGCCTGACGTGGCCAGCCAAGGTCCTGGAATTGAATTGATTCGATTACGCTGCGGGCACAATAATGAAGTGTCAAATGTTGTATTTATCTGCTGCGGAAACATTCGGGCAGGAAGCACAGGCCAGGACTCTAGGCAGGACTTTGACTTTGGCGATAAAGTAGGAAAGCAAAGCCAAAAGTCAGCAGCACGCACTTGCGAAAAAGTGGAGCCTGTCAGGCGACAGGACTTGGCACGACCCTCGATGCCATGTTGCTGGCACTTTATTTGATTCCTCTGCTGCTTTTTCTGCTCAGGACTCCGCAAGACTCTGCTTTTTTTTTTCTATTCCTATTTTTTGACCTGCCTATTTGGTGTTTTGTTTTCTCGCTTCTTTCTTTGTGCCGTTCTGGCCTGGTAAATATAATTTCTTTTGTATCCCGGCTAGTCAGTTGTCTGTTTTGAGCCCGGCTCGTTGCTTGTGACAATATTTTCGCAAGCCGGATAAAGGCGTTGGCAGCACGTGCCTGTGCTCCTGTCAATCGAGTCCTTGATGCGGATAATAACGAAATAATGTCAAAGGAGGCAAGTTGCTCCGCCGTGGAATTCGAGGCAAGGGTTTCCTGCGCTGCTGTTGTTGTCTTGGGATTTGCCATTCGAGTGCTAATAAACCAAATGACTTTGTGCCACTTGGGCACTGATCCGCGTCCCCGGCAAATTCAGAGGGGAGCTAAGATGAAAAAGAAAATAGATGAA
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+AATCAAGGATTACCTCAGCAAACACACACAGAGTGGCACTGGTATTGATGCACTGCGAGAACGATAATCCCCAAGAAAATCTTTACGAGAAAAGTACTTCAACAGAATCTTTATCAGATATCTTTTGCTTTGTTTTGAGTATTAGTATTAGCTTGTGAGACACCCATCGATCTATATAATAAAAGTATACTTTCCTAATCTTCTTTTACATATTTTAATTGTTAATTTTTTTCGTCCTAATCGTGCACTTCCACATTTCTTCTCCTCCTGCATCAACACACAATTTTCGAACAGCTCTTGTGGGTCGTTTGTGAGGTGGAGACCACAAGCCCGAAAAGCATTGCCAAAATTGAGTGAAAACCAAAGTTTGATACTGTTGTTGCAACGTTACGTGCCACACCCCCGGCCGATGGGCCACGCCCACTTCCGCCACATGTTAAAACAATCTAAAAAGTTAGCGGGAAAACAATGTGATTGCAAGTGAAATATTCATGGAGTGCACTTTTGACATCAAACTTGGCCAAGCCGCAAAAGACGGCGAAGTTGAACTGCTGGCGATAAAGGGGGGAGGGTGGCCAAAATGCTTGTTGGCCAGGTTAGTAGAAGGGAATAGAGCCGAAAAGAAGAAGAAGACCAGAACAGTGAGGCAGTGTAGCACTAATTTCGCAGCCACACTGGCCATGCGGCAAACTGATAGTAAACTCCACCGCTGGAACCCACAATGAATACCCACATGCCCGCCACTCTCTATGCACCACCACCATTCCATTTTCGCACACATGTGGGCTATAAAATCTGAAGTTATGTTGAACAATTTTTGGCCAACTGCTGTGGGTAATTTGTTTGCTCGCGTTCCTGTGGTTTAACAACATGTTATCCTGCGCCTGGGCCCACGAAAATCAATGGAACGCTTCTCGACCGCTGAATAAATTGCTCGTGCGCTTCCCCAATTTTTTTTTTTTTCTTGTGTGCTGTTAGGGCATTCAGTATTTATTAAGTC
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+TTTATGCATACTTCACTGTGTAAACAGCGTGAAATTTTGTAGCGAACGTTTTGCAAAATTTATAAGGAAAGAGAATAGGGAATGGTGGACTTAAAACTTAACGCCAAAACCATTCCCGACTTATGCAAATCGAAATGAAAAATGAATGCCAGCTGTTTCGGCGCGTGTTGGAGCTTACTTCCTAGTTTTCAGCTGCCAAGGAACCAGACCAATTGATCGGCCATTCCAAGTTAAGTACCTACAAATGCCAAAACgaaggagaagaagcagaagaaggtggaggaggaggTCAGAGTTCCAGGTCAGACAAGACAAGTGTCCAGAGCTTAGCCAGCCAACCTGGGGTGCTGATTTAATGCCCTGCACTTGAGGCTCAGTGCGTAATTTTATGAGGCCCATTCCCGGGTTTTATTGGCCAGAGCGCCGACAATAAACTGTTTATGTTTATTATTTGCTGATGACCTACGTGCAACAAACCCGGGAGCAGGAGCTTCAACCTTTAATAGTGGCGCGTCAAATGAATCACTTACGGCCATTCGGACTGAAAGGCCCAAAAACTCTTGCCCCGTGAAATTCCTGACGGTCAGTAGAAGAAACTGAGAATGTTTGGCAGTAGTAAAAGCAGCGGATGTGGCCTGACTGCGTAAATTACAAATTAGCAATCACAATAAAACCGGCGCAATAAATTCCCAAAAGCTTAAGGCAAACGAGTGGCGAGCAACTTTTCTTTTTCATTAAACGGCCCTCGTCCGAAAAACTACGAGCAGTTCAACTCGAATCAAATGAAGCACGAAAAACAAATCAAAGTTTCACCGCTCGGAACAGCCACCCAACCACTCACTCACTCGCACTGGCAATCACATTCTCGACTTTCAGATATTCACAGCCCGATTCGGATTCAGATCCAGATACAGATACAGATACACACATTTACACCCGTACTTTGGGCGAGAGTGTGAGTACAAATAGGATGCGGATGCGTGTGCGTTGAGCAATTTGA
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+TACTCCATACGTGAGCTGGTCAATTCGTACAACAAGATAGCCCGAGAAGATGGAAACATTGCCAAGGTCTACAAGCCATCTGCCAGGTAGGCTGCTGAAGATGATTTGATATGAGTAGTCGTATGTTCTAATGTTCAAAGATATGCTTCTTATGTGATTGAATATGGTTCTGaatataaatatatatttattaCTCTTTTATTTCAGGGTCCTACAGCACAATCAGTCCACCTCCTCCTTGTACGGCACCGATGTTGTGTGCGAGGAGCACCGCAATCTCATCGAAAGCATCTCGCGCCAGGTGGTCTTTGACTGCGCAGCAGCCACCTCTGTGATGTCCACCAATGCGTTAGCCTTTTTGCTGCTCACCCGCTTTAGGAACGGTGCCGAGGAGCAGATTCTGTCGGAGGCTCTGGACGACTTGCGAAACTCGTTGTCGGGCTGCAAGGACATTGGTTTTTCCGGGGAATCCTCGCAAATTGTGGCATATGCCTGTGACCTACTCGGCTCAGGTAGGCTGACCGTCGTCTTTTTTATCGTCTGGCATACAGGCTAATTTAATTTTAATTGTTTAGGTCTTGTGACTCGCTCTCGGGATGAGAACGGGCGTTTGGTGATTAAGGCTGTGAATTCAGTGGAAAGCTTTATTGAGCTGGCTTACTATTCGAACATGCTGACGCCGCACTTTGCCCTCAGCTCGATATTGTTGACCACCTTCCACTCACTGCTTCCGGAAACGGAGAATAAGAAAGAAGCCGCCGTGTCGCGCAAAAAGCTGATAGACACCGCGCTGGAAAACTGCCAGATCTATCGCTACGAATTTATTCTGAACAAACCGACGCAGGTGCTGGAAAATTTGCTGTACCAGCAGTTGGACGACCTCTTGATTAGTGGTTGCGTTTTGACCGAAAAGGTAGCGTCTATCAAACTTCACTTTTCTTGCCATTCGAGTAAATTCTAATTTCAATGCTCTATAGCTCCATGACGATTTGCCGAATGG
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+TTCTGCAAGTCGGTCGTCTGTGGGTATTTGAGTCTCGTTACAAGGTGGAGTTAAATCGTGTACCCGCCGGAAATTGGGTGCTCATCGAAGGCATCGATCAGTGTATCGTTAAGACCTCCACAATTGTGGATATTAATGTTCCAGAAGACCTCTACATATTCCGACCACTGAAGTTCAACACCCAGAGCATTATCAAGATTGCTGTGGAGCCAGTGAATCCATCCGAGCTTCCCAAGATGTTGGATGGCCTCCGCAAGGTGAATAAATCCTATCCACTTCTCTCCACTCGAGTTGAAGAATCCGGCGAGCATGTTATTCTGGGCACTGGCGAGCTGTACTTGGATTGTGTCATGCACGATCTGCGGAAGATGTACTCCGAGATCGACATCAAAGTGGCGGATCCCGTCGTGGCTTTTTGCGAAACAGTTGTGGAAACGAGTTCCCTGAAATGTTTCGCCGAAACGCCGAATAAGAAAAACAAAATAACCATGATCTCGGAGCCACTGGAGAAGGGACTGGCCGAGGACATTGAGAACGGAACCGTCTGCATAAACTGGAACAAAAAGCGCATCGGCGAGTTCTTCCAAGTCAACTACGATTGGGATCTGCTTGCGGCGCGTTCCATTTGGGCCTTCGGTCCCGACTCCACGGGTCCAAATATCCTGGTCGACGACACCCTGCCCTCGGAAGTGGACAAGAACCTGCTGACCGCGGTTAAGGATTCGATTGTGCAGGGCTTCCAATGGGGAACGCGAGAAGGGCCGCTGTGCGAGGAGCCAATCCGTAATGTCAAGTTTAAGATTCTCGATGGCGTCATCGCCAACGAGGCGTTGCATCGAGGCGGTGGACAGATCATTCCAACAGCCCGTCGTGTGGCATACTCGGCGTTTTTGATGGCCACCCCACGTTTAATGGAACCATATCTATTTGTGGAGGTTCAGGCGCCGGCAGATTGTGTATCCGCTGTCTATACTGTGCTGGCCAGGCGCAGGTAAGTTTT
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+AAAAACTGATCTACGCTGGCGTCATATTGACGGATGACCGCACCGTTGGTTCATACAACGTTGATGAAAAAAAGTTCATTGTGGTAATGTTGACACGCGATTCGTCTAGTTCAAATCGTAATCAACTTAGTGTAAAAGAAAGTAATAAATTGACTAGCACCGACGATTCAAAGCAATCTATGCCTTGCGAAGAAGCCAACCATACCAATTCGCCTAGTTCCACAAATACAGAAGATTCAGTTTTATCACGTGAAACCAGACCTTTATCTAGTGACGAATTGATTGGCGAGTTGGCCCAGGCTTCCTTACAATCGCGCGCTGAATCTAATTTGCTTATGGGTGACGAATACAACCAAACAGTCCTATCAATGGTGGAAATGGGTTACCCAAGAGAGCAGGTTGAACGTGCGATGGCTGCTAGTTATAACAACCCGGAAAGAGCCGTTGAATATCTCATTAATGGCATACCTGCAGAGGAAGGTACTTTTTACAATAGGCTGAATGAATCAACGAATCCTAGTCTAATCCCCTCCGGACCGCAACCTGCGTCGGCAACCTCTGCCGAGCGTTCAACAGAATCAAATTCAGGTAACTTGATGGGATTTCAATCAGCAGTCAATTTATGTATTCTTGTATGAAACGAAAATATATAATTTCTACCCAGAAGTACTAAATTTGCACACTTCAAAACATAGTGAAATTAATAAACCCGATTTGGCTCTCGCTCTTTAATGAAATTATACGGCCTTAACATAATTGCGTTAGTTTTCCTGGTCAAGAAATATTGTTGATCAAAACTTATGTTGCACATTCGTTAATAAATAATAAAAGAGTTCTCTTAGTACTGGAAATATATGCAGCTGTTAAAGATTCACTAAAATGTTTGTGAGCTCGTTGTCCCGCAGTATCATTTACATATATATGTCAACAGACACTAAAGGAGCGATAATTCACGAATTTTTGTCACTATTCTCTTCAAGGACAGGGCATCACTATATGT
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+> chr: chr4; start: 527598; peakSummit: 499; maxT: 67.45
+caacaaccacgacgacgacgaAGGCCCTTTTCGGAGAGGGCCGAAAATATGCAGAAAGGAGACACCATCATCATATTCTGGGGCTGACGAGACGCCGAGATACAGTCAGTAGCGAAGCCAAGCGCAAGCAGCGCATTATGtataaattatttatttacatataaattatatttGTACTCGCGCGCCGCTCGCTGATAGGAGAGGGAGATGGTCTGGATTGTGGGCGTAGCGATTCTTCTCCTGGGACCAAGCCGAACGACGAGTCGCCACGGTGTCTCCGTCTCCTCCAGGCACCCCAGTCTCTGCCTCCACATCTGTCTCAACTTTTACCAGGGCCCGCTCCGTGAGTGCGCATACAATTACAATTACCGCGCAGAGACATATGTACACGCACACTGGCAGCCGAAAGGGGTACGCGAAATGAGGCCCAAGCAACAACAAGGATGAAAATAGAAATTAGCAACAAAGCCGACAACGAACCCGAACCAGGGGCCGAAACTAAAGCCGAGCATTGGAAACCTGTTTTATTTTCCATGCCGTTCTGTTGCTGTTGTTGCGGTGGCGCAAGCTTCTCAAATGGCAAAAGTGATTTTGGTCGGTGCTATGAGCGGAGAAGGGAGGATTAAAGAGAGGGTGACCGAGAAAGAGAGGCAGATCCATCCGCACTCTCTCTATCCTCGGCTCTTTCTATTATGTTCGTCAATATTAATTAAATTAAGAGTTACTTCTCTCAGTCAGCTCTCACCCTCTCGCCCAACATCACCGACCGACCCCCCCTTACCAACAACACAACGACAGAAAATTTCGCTCCGCAGCTTTGTCTCGCATCTCTTTCTTTTGAGTGAACGCTGGCACACACCTATGTATATGCGGGCGAAAACCGTATGCACGCACACGAGTGCGAGCGAGGCAAAGTGCGGTGGCAATGATTTAGTTGTTCTCATTGTTTTTCGCTTGTTTGGTTAAATAAAATAGGATTGGTAGGAGTGGAGAGCTGAAG
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+> chr: chrX; start: 3762813; peakSummit: 499; maxT: 110.77
+TTCCCACCGCCCTCTCTTTCGCGCAAAGCTGCGGCAGTCAAGTTCAATGCTGTTGGAATGACGACTTGCTGAATTAGTGGACACCCCGCCCACCGACGGGCACTATCGCTGGGAGTCCACTAATCGGGCGTGGAGCAGCTGTATTCCTTCTAATTTGTGCGAGCAGTGTTTCCTGTTGTTTCAGAAGGCTTGTGGAATGTGCATCCCTATCGTGCACCCACAGTATTCCAGCTTGTAGCCATTGTTGTGGCAACTGTTTGTCGTTTGGCGTTCTTAAAGAGAGAATATAGTTCTAGAAACCCATATCCTATTTGCGATTTAACGTTATCTTGTGTTATCTGCGCTGAATCTTGTGGTTATCCCCTCGCTTTTCTTTAAGCTGTGCCAATGAGCTGGCAGGTACGGAATCGATCTTATCTCGATCATATTCCTATCCCCTATCTGGCGATTAAACCCCCGGCCGTGCAAAATGGTCGAGTGCCAAGTGCCTGTTATCTATGTTTGTTTTCTTTACGGCTTTGAGTAATTTGTTGGACTTTCCCAGGCAGCCATAAATCTATCCAGCTGTAAATATTTATGGTCCGCATTAGCTATTGTTTCGCGTCGAGATTGCTTAGGTTTTTCACGAAAACGCCGCGCTATACCACAAGATTGCACAGTTCCGGAAATATATAGATACATGTGCCTGAAAGGTTGTCAATTTCGCACTATATTTTAGTCCAGCACTCAGACTCACCGTTTCGAAACCGTTGCGGTCATCTTCGGCGAAGTGGATGTGCTGGAATCGATCATCCCTATCACGAAAGCGGGCAAAGTGCCAAGCTGCAGAAAGTCCATATATATGTGGGTGGTCTTTGGAAAACTGGTGATGCACTTACCGCGACTGAATTCAGAGCTGCTCATCAGGTGACTGGATTCGAAGCTCGAGCTGGATATGGATGTGGCTGTGCTAGAGAATTCGGGATTCCGCTGTCTATGAAGCATGCTTGAGCTGTAGCCT
+> chr: chrX; start: 4002463; peakSummit: 499; maxT: 286.61
+CAGGGGAAGTGGAAGTGGGGAGAGCGGGAAAATCGGCGGCCGTTAGTCAGTTAGTCAATCAACGTGATTGGCCAGCCGCTTGAGGCGCAGCTTTCCGACCATTTATGGCCATAAATGTGCAAATAAATAAATATATAGATTCGCGATGCCTTTTCTCCGCTTCTCTGCTTCTTCTCCGTTTTGCTTTTGGTGCGGTCGCTGCCCTTGTACCGATTGCATTTTAGCGCAGCTGTTCCATCGAATGCAATGCAGTCCCAATCCGACTGATGACTTGATACCAATAAGATATCGGTGCACAAAGAGGATTCTTTGTCCGGCGCAACTCTGATTGGAACTCGGGGGGCATGCTATGTGGCACGCACACTCGAATTTCGCAACTAAAAATAAACGTGATAAAATGCAGTTTAACCGCTCGACCAAGTACACATGTCTTCTGATAAGAATGCCAGTGCTAAAAAACAAAGGCCAAGAACGGCAGCAAAGCGAATTGGAGTCTTAATCTGTTTCCAGTTGGAAAGGTTCGCTGAACTCCTCGCTCTCTCCGCTCCGGACCGTTTCCTCTTTCTTTCTCCCTCCTTCTGATAGGAACACACACTAGCATGACTCGTCCTTGCTGCGCCTGTGTGTGTGTGAGTGTGTGCGTGCCTTTGAGTCATCGTTATCGCCCCACATTTCTCCACATGGCTATCGCTTGAGAAATCAACGGTCAACAAAGAGATATTACGTTTCTGTTTAAAGAAAATGAATTATTTATTAAGGCGCAACACAGTATCAACAAAAGCAAACAGTGAAGAGCAACAAATTGTCAATCGGAAAGTTGGCTTCCCCTTTCTCACCAATAACATCGATATCCTCTTCCGGCTTGGCTCCAATTGGATTTGTTGTTTCTAACTTGAAATGTTTACATAGGGAATTCGTTTGCTTTTCAATTGTTAATAAGGTAACAAAAAGGCGATCCAAGCCAAACAGTAATTGTAACAGTAACTTTTTGTATGCTTCG
+> chr: chrX; start: 4272997; peakSummit: 499; maxT: 94.46
+AATCTTGAGTATTTATTATTTAATGCGTGAATTTGTAATAGATCGAGGTGATGCTGGTGCTGGTGCATAACATTGCTCAATAAGCGGACACCTTGTTGGATTTTTATGGAGACCATGGTGCAGGCACTTCTCGCAGTGGTCATGTCCTGGCTGTTGTCCCTACAATTCCGATGACGTTGCCAAGAGAGTGGGATGCATGCATCACTAGCCGTCACATGGCCAACTGTTTTGGCTTCCTGCTTTCGACCAATCTGCGACTGTCATCCGTCATTCCATTTACTGGATGCTTGCCATTTCTTTGGCTCCCGAATCTCCGCCTCTTCATCTGCATCTCCTCAAAACAAGGTAAAGTAGGGTAAATTGATGTAGTTGGGGTTGACATCCTCAAGTGGCCCAGTGGGCATTGTTCGACGATTTGCGTTTGTCGAGCGCGCAGTAATTAAGTTGAAGTTGCACAGTAGATCCCCGATAAGCATAGGGATCAGGATACGGTCACGGTGGTTAGGGATAATCCCCCAGATCAAAAGGATACGATCCTCGATCTTTTGTGCCTCCTTTGAACATCAATCGGGGCAATTGGATTGACAATATCAGATCGCCGGAAGGGGATCTGCTTCGAAATAATTGTGAACCACGGTAATTGATTTGCAAGGAATCATTATGTTTAGCTGCGGTGCTCTGACTCCTCTAGATCCTGATCTATATAGAACCTTTTATAAGAATTTTGAAAACGATCACAAAAGAACAGTGACAAAGCACTGAGATATTCGAAGTCATCAAGGCAATCATTACCCTCTGCCTTTAAGCTACTCATTAAAGTCATCTAATGAAGCACGGCCATTAGTGATCGATATTTGCTCCACCAAACGGTAAAGATCAGCAATGAAGATCACTCTATTCTCCCCCAGTTCTTTCTAACTCTCGGCCTTTGTGGCCAATTAGCTGCTGCCACAAAATGAAATCATTTCTCACAGCTATTGCTGGGCCTTCGACCAAAGTA
+> chr: chrX; start: 4347507; peakSummit: 499; maxT: 63.96
+TGTGCATACATTTTTCGCAGTGTCCAGAAATTATGCCCGTCTAAGCTGAAAATGGGGGAGAAAAAGATGTGAAGTACGTAGCTGGGGCATATGTCTGCTGCCATTAGTTTCCCCATAGTTCAAAGCATAGTTGGCCATCTTCTGTGCCCATTCAACCATGGAGAAGTGGTCTGGATCATCATCCCAGCCAACGTATTTCCAATCCTCAGCATCCCCGACCATGTATTGCCGAAACCGAGCAGACGAAGCGAAAATCAACAACAACGAAAAAAAAAAAAAAAAAATGCTGTCCGAGGAGAGGAACTGAACGGAACGGGTTGACAAACTAAACTCAAGTGGAGTTCCATTTCCGGACACGAACACGGACGCAAATCAAATTAATTGAGGCGCAAAGCACACACACACACACTCACACACTGGAGAGTCCTTTGGCCCATCCTTGGGATAAACCGTATTGTACCTACGCCTTTCAACCTCAATCTCGGGCAGCGTTCTCTGGTGGTTTTCTTGAAACAATTCGCTTAGAAAATCAAAGGCGGCCCGCAACTGCACGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGCATGGGCAATGGGATATGTTATAAGGTAGATGGGATATGGCCAATTTGTCTGCTTTAGACGCGCTCTTTAAGGGCCATCCCGGGGTCAGGTAGTTAGGTGTTGCCCAAAATACAATTTGAAAGGCTCTTTTGAAGTTGACAGCCTCCGATTCAGATCCAGATACAGATCCTTGCCATCCTTGGCTCGTGTGGTCGAAGGTCTCTAAAGGATGATAATATTGAAGGAGAGTGGGGGAGTGAGAGCTCTGCGCTGAATTGCTTTCAATTGAAGTGGATTGGAGTGGATGGAATGCTCATTGTGCCACCAATTAGGCAACTGACAAAGTCTAATGTCCCATGGCGGCTACCTCGGCAACGAACTTGATCACCTCACTGCGAATCGATATAACTATTTTTATGATTATCAAATGATTTTATGAGTGTGTGC
+> chr: chrX; start: 4350433; peakSummit: 499; maxT: 305.73
+CTGGCATTTTTTGGGCTTATCTACATCTGCGCTTGTTCGCATTTGTGGAAAACACTTGGCACAGATAAGAGGCAGGAAAATTTTGAAAGCCTGCACCCAGGACTGAGAGGAAATTAATTAAGTGGATGTGCTGTTCAAAACTAAAGTGTTTGATGAATCAGCTGCTAAAAAAAAAATGCAATGCTTTTCGAGCATAGAATGCGAATCAGCTGTTCAAAACAGATACATACATAAAATGCATATATAAAAATGCATCCAATTAGGTGGGATATCTATTCGTGGATAATTTCAGAGGTCTACACCCGATACCTACGGCCTTACTTCGCCCAATCCCTCATTAACATCGGGCCACAAAGGAGAGAAGTCAGCAATGGTCCTCTCAATGGCAGTTAATCCCCTTGATGATTAGTTGCGGCCCGCCCCTGGATTCTTCTCGTTTCGATTCGATTTTGCTGATGGGATCGGATCGTATCCGTATCGTATCGGATCGGATGGATGCTGCTGAATGGCAGGATTATGCGAGCCACAGCAACAAGATTATCCTATCCTAATATCCTTAGGGAGTAGGTAGTGAAAAGGCGCATCTTGGCCTGGGATCCCCGATCGTTGTCTAACAACATAATTAACCAGACCCACGCCCACTTTTTCCTCTTTCTTTCGTTCGTGAATGTTTGAGGTTTTTCGAGATTGCTCATACGCCACGTCTCCCGCGGTGCAGTCACCACAATCTTTGGGCTTCTTTCttttttttttttttattattatGTATTATGCTCCTCTATTTATTATTATTCCCCGTCCCGGATTTCTTTATTGTCTCCTTGCGCTGCGGTGCATGTCTAAACAAATGCTTAGAAATTAAGGGCGCGCGACGACAGCTGAAGACGAGTTTATGATGCCAGGACAATGCACGCATGCTGTGCAAAGGATCCCGGGATCCCATTGTGCGGCAAGTGTGCGTGCAGAGCGATTAAGACCCCTTGCTTCTCTACCCCCCCCA
+> chr: chrX; start: 4840159; peakSummit: 499; maxT: 51.57
+AATAGATCGCCAGCGGCTAATTTGATTTTTGCATTATATATTTTTTATGGCGAAACTGCACTTTATGTGGCTAATAATTGCTAATTATCAGCCACCATAGATATTAATTGCGCACTTATAGCATCTGAATTGTGGCAATCTATATAAGAACGCTCCTCGGAATAAATTTTGCATAAAGACTAACCCCACCCACTCACAAGTGGATCTAAACAATTATCCACTGAAATAGGATTGCGAAACGATACGATAACGGAATGCGTAATCCAACACTGGACATTCCCGAAGGCACCAAGAAATCGATCAGATTCGCAGTTTTTTCTAAATACTTTCGATGGGCCAGACAGGAAATGCGATCAAAGTGCTACGGTTTACGCCAAAGAAATGCCAATCCCCGAAGTATCGTAAACAGATATTTATGTATAGAATTTGCCTTTTGCATACGCATACCTAAGGGTAATCCGAACTGTACGCAAAAGGGTATAGAAATGCGAGGAGATGACGAtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTTTTCCTGCTGCATTTCGCTGGAAACAACAATGCACGGAACGGTGGAAAAACCCATCATCACAGTTGATGGCCACTCTGGGATTACGGAGGCCGCTCATTGATGATAACTGGATGTCGGGGCCGGGCACACATGGTGATCCATGGTGTTGTGGGTTCGTGGACTAGCTGGCTAGCCTTATGCAATGCCAATTTCAATAGGTGCACAACACACCACGAGATGATGCACTCACTCAATGGCATCGAAACGGAACCCTCGTGAATCACTTTCGTTGGCATTGTGCAAAGTGATACACTCATGATTAGGCAGATGAACTGGTAGATTCACGCTCTTATCGCTCAATACGTTTGCCAATATGCCGAGTGCGTTATCTAGCTGATTAATGCGAAATTGTACCGATGTTAGCATGTAGGTCAATTTGGAGGTTGGGCACTGGGGATGTAAGGACTGGACAGAGTGACTGAACGGCGCGATTAAT
+> chr: chrX; start: 4940712; peakSummit: 499; maxT: 252.23
+TCAATCAGAGGCCAACATTTTAAAAATGTGTTATTTCTTAAAATTTTAACTTGATATGAAATTAAAAAAAAAAAGGATTAAGTTGATCCTCAGTTTTATGTTATTATTCTATTAAGTTTTGAAGGGGCAGCGCACTAATTTCTTATGGTGCACCTCTCTCACCTGCGAACGAGGCTTCGTTTTCAGTTTCGGACGTGAGTTCGTCTTCGTTTTTACCTTCGGCTCGTTGCTCTCTCTCTCTCTACCTCCGCACACCAGCTCAAAGTTAGCTGTAAATTTGTTACGTCGCCGCAAAAGAGCGTATGCGTGCGTGTATGTATATGAGTGTGTGTGCCACACAGGTGTGCGACGCTCTGAATTCGCCGTCGCTTACATCACTTGCTCTCCATGTGTGTGTGTGTGTCGGTGAAATAACGTTAGTTATCCGTTGGCAGCGCACCTGTGCGGGTTGAAAAGAGATGGAGCTAGGCCTTCTTATTTGCCATTCTAAGCGCATTCTAAGCGATCTTCTCTCACACATACAAACGCATGCGCACAAGGATTTAGGGGAAGGAGAGAGCTGGTGAAAGAGAGAGAGAGAGAATGAGACGCACACCTGAGAGCGAGAAATGCCTGCGTTGCCAACTATTTTGCCGTTTAATTTCGCTTATATGGGTACATTTTTCCATCTTACTTGCCGCTGTTGCTTCTTCTTATTTGGCTCGTTATTTCTTCTTATTGTATTTACCGCGGTTCTCTTTCCATCGTTGTACACAAACACACTCGCACAGATATAATAATGATGAAATTCTTCAAGGGCCACAATCATGCCTCCTTTTTTGGGGTTCTTTTTATCGAAAATCAAATGACTTAGGAAACAAACTAGCCAGAATATTTAATTATAATTAGGAGGATATTTAAAAACATTATTTGCAAACTATTTCATTTAAACAAATCGTTTTAATAATTGATATCTATTGATAGGCTTAAGAACATTTAAGAAAAATATCTATTTAAATTT
+> chr: chrX; start: 5314400; peakSummit: 499; maxT: 208.59
+TTCCGTCACATCTCTCTGTTTTGGCAAACACACACACGCACTTTTTTTGTACTAGGTTATGTTCCGCGTGCTGCGATTTCTTACCTTTGTGAACCGCTTGGGTAACTTATTTTGCTCACTATCTTTGGGTGCTTTCAAAGCTATCTACTGCACACGCGAGTTGTGTATTGTTTTTGCTTATTTGCTGGCGATTTACTGTCGTTTTCTCAACGCTAAAGTGCTGCACGAATTAAACACGTGTCTACGTTCCACCTTTTACAAATCACAATAACATGGCCGGCGTGCGGCAGTGTTGCCATGCATCCGCAAAACTCTGGCAATCGGAGCTGCCTGCTTAATCACCCGCACTCGCGATGGCCAAATCCTCGAATTACAAGAGCCTTTGTGCACACAAAAAAAAAATATAGAAAAAATCACTTCACAGTTTGAATCGCAGCCCAATTATTTCTAGAAAGCCGAAAAACGTGTGCACGGAGTGCTGGTTATCAAATCGAATGGCAGCACATGCACAAACAGGGCTGCCCACGCTCATCGATAGGTATCGATTGGGGCAATAGGTATTTTCTTAGGCGGCGTTGCCACCGAATGTGCACAAAAGTGTTGCAAATTTCGCGATATTTCGTTACGATATTTTGTGGAGCAATACTTTTGGGCATTTGTAATTTTCCAACGTAGTTCTTGGGAAGTTCTGATTTCATTTTGTCTTACCACAATATGCTTGTTCATGCGAATTTCAGCCTATTTTTTGTCAGTATAGCGCACTATAAATCGATAATTTCGAAATAATATTTATATAGGAGCAGATAGCGACTTCAATATCTCAAAGAAAACAATCACTAAAAATCTTCTTTTTAATTTAACACAGTGATGTGTGTAATTCCAAATGatatttttttaaatttataaaGCGGCGCAAAATAAAAAAAAGACCAAGCTAGTTAGTAGTGAATGCATACATAGATTTTTGAAATCCCTTCAATGATTTAATTACCTCCTGTTT
+> chr: chrX; start: 5389637; peakSummit: 499; maxT: 291.87
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+> chr: chrX; start: 5411049; peakSummit: 499; maxT: 179.6
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+> chr: chrX; start: 5454085; peakSummit: 499; maxT: 80.47
+CCAGAAAACAAAAAAAAAAACAAAGCAAAGGCAAGTTTTGCAATGTTGTAAAGACTACGCGAAATGGGATTTGCGAATGGAGGTTTTGAGATTTTGCGCTGGCACGCGTCGCAGAAAAACACACAACAAATTCGCAATAATTTCCACGTTAAACTGTTGCCTGCGTTAATGTGCACCAGGAGTTTtgtcgtcgcagttgctgtttctgtttgctgttgctgttgctgtcgtgctgttgctgccgttatgttgctgctggtgGTTGGCTTTCGACTTGGCTTTGCATTTCGCTTTGGATTTGGCCAAGGAGGCATTCAGCTAACAAACGGTAAACGGCCAGCGGAGCTTTGCTCTTCCGAGGACCTCAAATCGCATGGCAAGCGCagcagcaacatttgcagcagcagcagcaacaccaacagcagcagcaacagcagtaacggcggcaacggcggcaaaagcagcgcgccgacagcgacGCTCGCGTCGACTGCGCTGCCCGGCAACGGTAAATATTCAGGGGCGGTCTCTGTCGCACGCTAGCCGCACTCTTCGCCGCTCAGCGAGTGCGAGGGAGTCAGCAGCATATGGGCCTTCCCCTCGGCAACATGGCGCATGTGCGACATCCATTCGCCGTTAGAGTGAGGAGAGCAGCAAGCGCCTTCCAAGCACCATCTAGCCGTGCTCTTCTCGCACACGCGTAACCTTCCAGTTTTCCCGCGAACTTCCAGTTCGGACCGAAACGCATTAGTGTTGGTGCGCTGCTTGCCGTTGTATTGGTGCCCGATTGCCACAGTGTGCGGCGCCCATTTTGTGTGAGTGAAAGAGAGCCAGAGAGCGCAAGAGTGGGAGAGGGCATGGTCAACAGGGCTGGGGTGGCGCAAAAAAAGGCGCAAGAAAACAACTATTTCGCAGACCCGAACTCGAACTCGGAACTCCAACCGCTCTCCGTTCAATGAAGGACGCCAATTTATGGCCCAAAAAACGAGCCACCATTCGG
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+> chr: chrX; start: 5568437; peakSummit: 499; maxT: 778.9
+GTCAGTCGATTGTCTTCGCGCGCCTTGCGCGTGCATGTGGTGGTCATGTAGGATCCGCCGCCGGACGACGAGGAGCCCTTGGCCGCTGCGATCTGGAAGTTATCGTGGTTGCGAATCTTCTTTTTCTGGTGCAGCACCGTAATGTAGATGCACGAGTACGAAACGATGATCACCAGGCAAGGCAGCAGGAAGCCGATCACGAACAGCGTCTTCTTGATCGATCGCCCCTCCTTCTTGAGTATTGTGCAGGAGAAGGTGGCCTCGTCCAGGCCCATCTCGCCCCAGATGCCCAATATGGGCGGCAGCTGGGAAGATAAAAACCGATTAGTTGAATGTGTGCACACAAATCGAAGACGCCTTACTTACCAACAGCAGAAAGGAGACGGCCCAAACGAACAACAGCTGCAGGGTTATGAACTTAGGCTTATATATCTGCGAGTAGCGGCTGTGGCAAGCGATGAGTATATATCTGCCAGGGGATTAGGGTGACGGTTGCGGATTAGCTTGCGACAATGCGGACTAGACTTGGGCCTACCTGTTCAGGGTGATGCCCACCATGCTGAGGAGTGAAACAGCCACATTGCCATAGAAGATCACCGGAAAGATCTTGCACAATGTGGTACCAAAAGTCCAGCTCTGTCGTTGGAATCGAGCAAATTATAATCATTCACTAATTGTATATTACATTCACAGGTATAATGACTCACCTCCTGGAAGAATCGCACTGCGGTCAGTGGCAGGCTGAAGGAGCAGAAGAGCAGGTCGGAGATGCTTAGCGAAATGACGAAGGCGGTTGTGGCATGCTCCCGTATCGTGGGGCTCTTGAGCAGCGCCAGCAGGGTAATCAGGTTGCCTGTGCGGCAATTCAGCATAGAGAAACAGGTTAGCTAATCGAGGAGCTGAATGTGGGATGCCAATTACTCACCAAGAACGCCGATCGTCACAAAGACACAGGCACTAATGGCCGCGAATAATGTCGCCGAATGCGGGTAGATCGATT
+> chr: chrX; start: 5631532; peakSummit: 499; maxT: 51.55
+CCTCCTCCTCCTCCTACGCTACTGCTGCTGCTGCTGCCCCTTTCCGACGTTCCTGCTTTCCGACTCACAGCAGCGCTGTGTTGTTTGCACAATATCTTTTGTTGTGTTATGGTTATTTCGCTCTTTTATTTTGCGTAATGTTTTCTGCAACTTCTTTTCGGCACACACACAGCACAACACACACACACACGTATAGAGACAGGCACCGCCACTTTTACTTTTTACGCTCCTCCCTCAATCCGCTTCACCGCTGTGAACTGCGCTCCACCGAAACTCCTCTGGCTGCTCTTTCGTTCGCACACACATACACGCGCACACACCGAAAAAAAATTTATTATTTATGTGGCTTATTTTATTTAACACACGCCTGTGTTTTCGCTCCTTATTTTATTTTCGCGCTGCGCATTTTTGTTCCGTTAGTTGGTCTGTTCTCTGTGTTGATACTCGTAGCGCAGACTTCCGATAACATTGAGTGTATCGCAGTAACTGCCAGTCGATGTATCGCTGGCGTCCTATCGCACTGGCGGACCGATTACGACTGAGCCATCGGGAGAGCAGATCAGCTGGCCGTTAATCGATAGCTATCGGTGCTGTGCAACACTACTATCGTCGGCCGCGAGCGTGACGAACGCAAATATGAGCAGCCACTTTTTAGTATTTTTGTGATATTTTGTGATTTAAAAATACCATACGGTATTTTAATCCGTTATTTTTCAAACCCACTCGACATAATACCGAATGCAAATTCGAAAATTTAACGGTACAATTTTAATTCAAAAAATTCGTGCAACGCATATTTGCATCAATTAAATCGAGGAAAATTTAATGATAATGCaaataattacaataaaataatattaaaatGTTTGATAAATAGTCTTTCATTAAAAGCTAAGAAAAACTTGTTCTAAAACGTTCCAAAGCCAAAGACGTTAACTTATATCCCCCAAATTAGATGGTCTTAAATGATGCAATGGGTAAAAGTAAAAGGCTTTGGAGG
+> chr: chrX; start: 5773924; peakSummit: 499; maxT: 69.65
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\ No newline at end of file
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+<name><className>java.lang.String</className>conjugate gradients (F., R.)</name><comment>null</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>BYTE</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>false</required><isSet><className>java.lang.Boolean</className>true</isSet><errorMessage><className>java.lang.String</className></errorMessage><isRangeable><className>java.lang.Boolean</className>true</isRangeable><validator>null</validator><defaultValue>null</defaultValue><value><className>java.lang.Byte</className>17</value></simpleParameter>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameter</className><simpleParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>conjugate gradients (P., R. positive)</name><comment>null</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>BYTE</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>false</required><isSet><className>java.lang.Boolean</className>true</isSet><errorMessage><className>java.lang.String</className></errorMessage><isRangeable><className>java.lang.Boolean</className>true</isRangeable><validator>null</validator><defaultValue>null</defaultValue><value><className>java.lang.Byte</className>18</value></simpleParameter>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameter</className><simpleParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>quasi newton (D., F., P.)</name><comment>null</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>BYTE</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>false</required><isSet><className>java.lang.Boolean</className>true</isSet><errorMessage><className>java.lang.String</className></errorMessage><isRangeable><className>java.lang.Boolean</className>true</isRangeable><validator>null</validator><defaultValue>null</defaultValue><value><className>java.lang.Byte</className>19</value></simpleParameter>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameter</className><simpleParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>quasi newton (B., F., G., S.)</name><comment>null</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>BYTE</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>false</required><isSet><className>java.lang.Boolean</className>true</isSet><errorMessage><className>java.lang.String</className></errorMessage><isRangeable><className>java.lang.Boolean</className>true</isRangeable><validator>null</validator><defaultValue>null</defaultValue><value><className>java.lang.Byte</className>20</value></simpleParameter>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameter</className><simpleParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>limited memory quasi newton (B., F., G., S.; n=3)</name><comment>null</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>BYTE</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>false</required><isSet><className>java.lang.Boolean</className>true</isSet><errorMessage><className>java.lang.String</className></errorMessage><isRangeable><className>java.lang.Boolean</className>true</isRangeable><validator>null</validator><defaultValue>null</defaultValue><value><className>java.lang.Byte</className>3</value></simpleParameter>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameter</className><simpleParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>limited memory quasi newton (B., F., G., S.; n=4)</name><comment>null</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>BYTE</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>false</required><isSet><className>java.lang.Boolean</className>true</isSet><errorMessage><className>java.lang.String</className></errorMessage><isRangeable><className>java.lang.Boolean</className>true</isRangeable><validator>null</validator><defaultValue>null</defaultValue><value><className>java.lang.Byte</className>4</value></simpleParameter>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameter</className><simpleParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>limited memory quasi newton (B., F., G., S.; n=5)</name><comment>null</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>BYTE</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>false</required><isSet><className>java.lang.Boolean</className>true</isSet><errorMessage><className>java.lang.String</className></errorMessage><isRangeable><className>java.lang.Boolean</className>true</isRangeable><validator>null</validator><defaultValue>null</defaultValue><value><className>java.lang.Byte</className>5</value></simpleParameter>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameter</className><simpleParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>limited memory quasi newton (B., F., G., S.; n=6)</name><comment>null</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>BYTE</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>false</required><isSet><className>java.lang.Boolean</className>true</isSet><errorMessage><className>java.lang.String</className></errorMessage><isRangeable><className>java.lang.Boolean</className>true</isRangeable><validator>null</validator><defaultValue>null</defaultValue><value><className>java.lang.Byte</className>6</value></simpleParameter>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameter</className><simpleParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>limited memory quasi newton (B., F., G., S.; n=7)</name><comment>null</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>BYTE</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>false</required><isSet><className>java.lang.Boolean</className>true</isSet><errorMessage><className>java.lang.String</className></errorMessage><isRangeable><className>java.lang.Boolean</className>true</isRangeable><validator>null</validator><defaultValue>null</defaultValue><value><className>java.lang.Byte</className>7</value></simpleParameter>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameter</className><simpleParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>limited memory quasi newton (B., F., G., S.; n=8)</name><comment>null</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>BYTE</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>false</required><isSet><className>java.lang.Boolean</className>true</isSet><errorMessage><className>java.lang.String</className></errorMessage><isRangeable><className>java.lang.Boolean</className>true</isRangeable><validator>null</validator><defaultValue>null</defaultValue><value><className>java.lang.Byte</className>8</value></simpleParameter>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameter</className><simpleParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>limited memory quasi newton (B., F., G., S.; n=9)</name><comment>null</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>BYTE</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>false</required><isSet><className>java.lang.Boolean</className>true</isSet><errorMessage><className>java.lang.String</className></errorMessage><isRangeable><className>java.lang.Boolean</className>true</isRangeable><validator>null</validator><defaultValue>null</defaultValue><value><className>java.lang.Byte</className>9</value></simpleParameter>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameter</className><simpleParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>limited memory quasi newton (B., F., G., S.; n=10)</name><comment>null</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>BYTE</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>false</required><isSet><className>java.lang.Boolean</className>true</isSet><errorMessage><className>java.lang.String</className></errorMessage><isRangeable><className>java.lang.Boolean</className>true</isRangeable><validator>null</validator><defaultValue>null</defaultValue><value><className>java.lang.Byte</className>10</value></simpleParameter>
+</parameter></set>
+</parameterSet>
+</collection><selected><className>java.lang.Integer</className>2</selected><defaultSelected><className>java.lang.Integer</className>4</defaultSelected></collectionParameter>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.SelectionParameter</className><collectionParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>termination condition</name><comment><className>java.lang.String</className>the terminantion condition for stopping the training algorithm</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>PARAMETERSET</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>true</required><userSelected><className>java.lang.Boolean</className>true</userSelected><errorMessage>null</errorMessage><rangeable><className>java.lang.Boolean</className>true</rangeable><collection><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameterSet</className><parameterSet>
+<set>
+<numberOfParameters><className>java.lang.Integer</className>8</numberOfParameters><parameter><className>de.jstacs.parameters.ParameterSetContainer</className><parameterSetContainer>
+<name><className>java.lang.String</className>AbsoluteValueConditionParameterSet</name><comment><className>java.lang.String</className></comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>PARAMETERSET</name></datatype><errorMessage>null</errorMessage><parameterClass><className>java.lang.Class</className><name>de.jstacs.algorithms.optimization.termination.AbsoluteValueCondition$AbsoluteValueConditionParameterSet</name></parameterClass></parameterSetContainer>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.ParameterSetContainer</className><parameterSetContainer>
+<name><className>java.lang.String</className>CombinedConditionParameterSet</name><comment><className>java.lang.String</className></comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>PARAMETERSET</name></datatype><errorMessage>null</errorMessage><parameterClass><className>java.lang.Class</className><name>de.jstacs.algorithms.optimization.termination.CombinedCondition$CombinedConditionParameterSet</name></parameterClass></parameterSetContainer>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.ParameterSetContainer</className><parameterSetContainer>
+<name><className>java.lang.String</className>IterationConditionParameterSet</name><comment><className>java.lang.String</className></comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>PARAMETERSET</name></datatype><errorMessage>null</errorMessage><parameterClass><className>java.lang.Class</className><name>de.jstacs.algorithms.optimization.termination.IterationCondition$IterationConditionParameterSet</name></parameterClass></parameterSetContainer>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.ParameterSetContainer</className><parameterSetContainer>
+<name><className>java.lang.String</className>MultipleIterationsConditionParameterSet</name><comment><className>java.lang.String</className></comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>PARAMETERSET</name></datatype><errorMessage>null</errorMessage><parameterClass><className>java.lang.Class</className><name>de.jstacs.algorithms.optimization.termination.MultipleIterationsCondition$MultipleIterationsConditionParameterSet</name></parameterClass></parameterSetContainer>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.ParameterSetContainer</className><parameterSetContainer>
+<name><className>java.lang.String</className>SmallDifferenceOfFunctionEvaluationsConditionParameterSet</name><comment><className>java.lang.String</className></comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>PARAMETERSET</name></datatype><errorMessage>null</errorMessage><parameters><className>de.jstacs.algorithms.optimization.termination.SmallDifferenceOfFunctionEvaluationsCondition$SmallDifferenceOfFunctionEvaluationsConditionParameterSet</className><instanceParameterSet>
+<superParameterSet>
+<parameterSet>
+<set>
+<numberOfParameters><className>java.lang.Integer</className>1</numberOfParameters><parameter><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameter</className><simpleParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>epsilon</name><comment><className>java.lang.String</className>the epsilon for the difference of function evaluations used for deciding whether to stop the algorithm or not</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>DOUBLE</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>true</required><isSet><className>java.lang.Boolean</className>true</isSet><errorMessage>null</errorMessage><isRangeable><className>java.lang.Boolean</className>true</isRangeable><validator><className>de.jstacs.parameters.validation.NumberValidator</className><NumberValidator>
+<className><className>java.lang.String</className>java.lang.Double</className><lowerBound><className>java.lang.String</className>0.0</lowerBound><upperBound><className>java.lang.String</className>1.7976931348623157E308</upperBound></NumberValidator>
+</validator><defaultValue><className>java.lang.Double</className>1.0E-6</defaultValue><value><className>java.lang.Double</className>1.0E-4</value></simpleParameter>
+</parameter></set>
+</parameterSet>
+</superParameterSet>
+<instanceClass><className>java.lang.Class</className><name>de.jstacs.algorithms.optimization.termination.SmallDifferenceOfFunctionEvaluationsCondition</name></instanceClass></instanceParameterSet>
+</parameters></parameterSetContainer>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.ParameterSetContainer</className><parameterSetContainer>
+<name><className>java.lang.String</className>SmallGradientConditonParameterSet</name><comment><className>java.lang.String</className></comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>PARAMETERSET</name></datatype><errorMessage>null</errorMessage><parameterClass><className>java.lang.Class</className><name>de.jstacs.algorithms.optimization.termination.SmallGradientConditon$SmallGradientConditonParameterSet</name></parameterClass></parameterSetContainer>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.ParameterSetContainer</className><parameterSetContainer>
+<name><className>java.lang.String</className>SmallStepConditionParameterSet</name><comment><className>java.lang.String</className></comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>PARAMETERSET</name></datatype><errorMessage>null</errorMessage><parameterClass><className>java.lang.Class</className><name>de.jstacs.algorithms.optimization.termination.SmallStepCondition$SmallStepConditionParameterSet</name></parameterClass></parameterSetContainer>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.ParameterSetContainer</className><parameterSetContainer>
+<name><className>java.lang.String</className>TimeConditionParameterSet</name><comment><className>java.lang.String</className></comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>PARAMETERSET</name></datatype><errorMessage>null</errorMessage><parameterClass><className>java.lang.Class</className><name>de.jstacs.algorithms.optimization.termination.TimeCondition$TimeConditionParameterSet</name></parameterClass></parameterSetContainer>
+</parameter></set>
+</parameterSet>
+</collection><selected><className>java.lang.Integer</className>4</selected><defaultSelected><className>java.lang.Integer</className>4</defaultSelected></collectionParameter>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameter</className><simpleParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>line epsilon</name><comment><className>java.lang.String</className>the threshold for stopping the line search in the numerical training</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>DOUBLE</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>true</required><isSet><className>java.lang.Boolean</className>true</isSet><errorMessage>null</errorMessage><isRangeable><className>java.lang.Boolean</className>true</isRangeable><validator><className>de.jstacs.parameters.validation.NumberValidator</className><NumberValidator>
+<className><className>java.lang.String</className>java.lang.Double</className><lowerBound><className>java.lang.String</className>0.0</lowerBound><upperBound><className>java.lang.String</className>1.7976931348623157E308</upperBound></NumberValidator>
+</validator><defaultValue><className>java.lang.Double</className>1.0E-9</defaultValue><value><className>java.lang.Double</className>1.0E-5</value></simpleParameter>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameter</className><simpleParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>start distance</name><comment><className>java.lang.String</className>the start distance for the line search in the numerical training</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>DOUBLE</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>true</required><isSet><className>java.lang.Boolean</className>true</isSet><errorMessage>null</errorMessage><isRangeable><className>java.lang.Boolean</className>true</isRangeable><validator><className>de.jstacs.parameters.validation.NumberValidator</className><NumberValidator>
+<className><className>java.lang.String</className>java.lang.Double</className><lowerBound><className>java.lang.String</className>0.0</lowerBound><upperBound><className>java.lang.String</className>1.7976931348623157E308</upperBound></NumberValidator>
+</validator><defaultValue><className>java.lang.Double</className>1.0</defaultValue><value><className>java.lang.Double</className>1.0</value></simpleParameter>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameter</className><simpleParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>free parameters</name><comment><className>java.lang.String</className>Indicates whether only the free parameters or all parameters should be used.</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>BOOLEAN</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>true</required><isSet><className>java.lang.Boolean</className>true</isSet><errorMessage><className>java.lang.String</className></errorMessage><isRangeable><className>java.lang.Boolean</className>true</isRangeable><validator>null</validator><defaultValue><className>java.lang.Boolean</className>false</defaultValue><value><className>java.lang.Boolean</className>false</value></simpleParameter>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.EnumParameter</className><collectionParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>KindOfParameter</name><comment><className>java.lang.String</className>Indicates whether special plugIn parameters or the zero vector should be used as start parameters. For non-concave problems it is highly recommended to use plugIn parameters.</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>STRING</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>true</required><userSelected><className>java.lang.Boolean</className>true</userSelected><errorMessage>null</errorMessage><rangeable><className>java.lang.Boolean</className>true</rangeable><collection><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameterSet</className><parameterSet>
+<set>
+<numberOfParameters><className>java.lang.Integer</className>3</numberOfParameters><parameter><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameter</className><simpleParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>ZEROS</name><comment>null</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>STRING</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>false</required><isSet><className>java.lang.Boolean</className>true</isSet><errorMessage><className>java.lang.String</className></errorMessage><isRangeable><className>java.lang.Boolean</className>false</isRangeable><validator>null</validator><defaultValue>null</defaultValue><value><className>java.lang.String</className>ZEROS</value></simpleParameter>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameter</className><simpleParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>LAST</name><comment>null</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>STRING</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>false</required><isSet><className>java.lang.Boolean</className>true</isSet><errorMessage><className>java.lang.String</className></errorMessage><isRangeable><className>java.lang.Boolean</className>false</isRangeable><validator>null</validator><defaultValue>null</defaultValue><value><className>java.lang.String</className>LAST</value></simpleParameter>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameter</className><simpleParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>PLUGIN</name><comment>null</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>STRING</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>false</required><isSet><className>java.lang.Boolean</className>true</isSet><errorMessage><className>java.lang.String</className></errorMessage><isRangeable><className>java.lang.Boolean</className>false</isRangeable><validator>null</validator><defaultValue>null</defaultValue><value><className>java.lang.String</className>PLUGIN</value></simpleParameter>
+</parameter></set>
+</parameterSet>
+</collection><selected><className>java.lang.Integer</className>2</selected><defaultSelected><className>java.lang.Integer</className>2</defaultSelected><selectedEnum><className>java.lang.String</className>PLUGIN</selectedEnum><defaultSelectedEnum><className>java.lang.String</className>PLUGIN</defaultSelectedEnum><enumName><className>java.lang.Class</className><name>de.jstacs.classifiers.differentiableSequenceScoreBased.OptimizableFunction$KindOfParameter</name></enumName></collectionParameter>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameter</className><simpleParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>Normalize</name><comment><className>java.lang.String</className>If true the conditional likelihood will be normalized to the number of data sets.</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>BOOLEAN</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>true</required><isSet><className>java.lang.Boolean</className>true</isSet><errorMessage><className>java.lang.String</className></errorMessage><isRangeable><className>java.lang.Boolean</className>true</isRangeable><validator>null</validator><defaultValue><className>java.lang.Boolean</className>true</defaultValue><value><className>java.lang.Boolean</className>true</value></simpleParameter>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameter</className><simpleParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>Threads</name><comment><className>java.lang.String</className>The number of threads that is used during an optimization.</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>INT</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>true</required><isSet><className>java.lang.Boolean</className>true</isSet><errorMessage>null</errorMessage><isRangeable><className>java.lang.Boolean</className>true</isRangeable><validator><className>de.jstacs.parameters.validation.NumberValidator</className><NumberValidator>
+<className><className>java.lang.String</className>java.lang.Integer</className><lowerBound><className>java.lang.String</className>1</lowerBound><upperBound><className>java.lang.String</className>128</upperBound></NumberValidator>
+</validator><defaultValue><className>java.lang.Integer</className>1</defaultValue><value><className>java.lang.Integer</className>1</value></simpleParameter>
+</parameter></set>
+</parameterSet>
+</superParameterSet>
+<instanceClass><className>java.lang.Class</className><name>de.jstacs.classifiers.differentiableSequenceScoreBased.gendismix.GenDisMixClassifier</name></instanceClass></instanceParameterSet>
+</superParameters>
+<variableLength><className>java.lang.Boolean</className>true</variableLength><alphabet><className>de.jstacs.parameters.SelectionParameter</className><collectionParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>Alphabet</name><comment><className>java.lang.String</className>The alphabet the model works on</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>PARAMETERSET</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>true</required><userSelected><className>java.lang.Boolean</className>true</userSelected><errorMessage>null</errorMessage><rangeable><className>java.lang.Boolean</className>true</rangeable><collection><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameterSet</className><parameterSet>
+<set>
+<numberOfParameters><className>java.lang.Integer</className>2</numberOfParameters><parameter><className>de.jstacs.parameters.ParameterSetContainer</className><parameterSetContainer>
+<name><className>java.lang.String</className>AlphabetContainerParameterSet</name><comment><className>java.lang.String</className></comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>PARAMETERSET</name></datatype><errorMessage>null</errorMessage><parameters><className>de.jstacs.data.AlphabetContainerParameterSet</className><alphabetContainerParameterSet>
+<superParameters>
+<instanceParameterSet>
+<superParameterSet>
+<parameterSet>
+<set>
+<numberOfParameters><className>java.lang.Integer</className>1</numberOfParameters><parameter><className>de.jstacs.parameters.SelectionParameter</className><collectionParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>Alphabet</name><comment><className>java.lang.String</className>Select a discrete alphabet</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>PARAMETERSET</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>true</required><userSelected><className>java.lang.Boolean</className>false</userSelected><errorMessage>null</errorMessage><rangeable><className>java.lang.Boolean</className>true</rangeable><collection><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameterSet</className><parameterSet>
+<set>
+<numberOfParameters><className>java.lang.Integer</className>4</numberOfParameters><parameter><className>de.jstacs.parameters.ParameterSetContainer</className><parameterSetContainer>
+<name><className>java.lang.String</className>DNAAlphabetParameterSet</name><comment><className>java.lang.String</className></comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>PARAMETERSET</name></datatype><errorMessage>null</errorMessage><parameters><className>de.jstacs.data.alphabets.DNAAlphabet$DNAAlphabetParameterSet</className></parameters></parameterSetContainer>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.ParameterSetContainer</className><parameterSetContainer>
+<name><className>java.lang.String</className>ProteinAlphabetParameterSet</name><comment><className>java.lang.String</className></comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>PARAMETERSET</name></datatype><errorMessage>null</errorMessage><parameters><className>de.jstacs.data.alphabets.ProteinAlphabet$ProteinAlphabetParameterSet</className></parameters></parameterSetContainer>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.ParameterSetContainer</className><parameterSetContainer>
+<name><className>java.lang.String</className>GenericComplementableDiscreteAlphabetParameterSet</name><comment><className>java.lang.String</className></comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>PARAMETERSET</name></datatype><errorMessage>null</errorMessage><parameters><className>de.jstacs.data.alphabets.GenericComplementableDiscreteAlphabet$GenericComplementableDiscreteAlphabetParameterSet</className><instanceParameterSet>
+<superParameterSet>
+<parameterSet>
+<set>
+<numberOfParameters><className>java.lang.Integer</className>1</numberOfParameters><parameter><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameter</className><simpleParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>Values of the index for computings the reverse complement</name><comment><className>java.lang.String</className></comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>STRING</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>true</required><isSet><className>java.lang.Boolean</className>false</isSet><errorMessage>null</errorMessage><isRangeable><className>java.lang.Boolean</className>false</isRangeable><validator>null</validator><defaultValue>null</defaultValue><value>null</value></simpleParameter>
+</parameter></set>
+</parameterSet>
+</superParameterSet>
+<instanceClass><className>java.lang.Class</className><name>de.jstacs.data.alphabets.GenericComplementableDiscreteAlphabet</name></instanceClass></instanceParameterSet>
+</parameters></parameterSetContainer>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.ParameterSetContainer</className><parameterSetContainer>
+<name><className>java.lang.String</className>DiscreteAlphabetParameterSet</name><comment><className>java.lang.String</className></comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>PARAMETERSET</name></datatype><errorMessage>null</errorMessage><parameters><className>de.jstacs.data.alphabets.DiscreteAlphabet$DiscreteAlphabetParameterSet</className><instanceParameterSet>
+<superParameterSet>
+<parameterSet>
+<set>
+<numberOfParameters><className>java.lang.Integer</className>2</numberOfParameters><parameter><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameter</className><simpleParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>Values of the alphabet</name><comment><className>java.lang.String</className>The possible values of the discrete alphabet.If the alphabet consists of single characters, e.g. A, C, G, and T, the values may be set as a single string, e.g. &amp;quot;ACGT&amp;quot;.If the alphabet consists of multi-character symbols, e.g. Gly, Asp, Ser,the symbols must be separated by spaces.</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>STRING</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>true</required><isSet><className>java.lang.Boolean</className>false</isSet><errorMessage>null</errorMessage><isRangeable><className>java.lang.Boolean</className>false</isRangeable><validator>null</validator><defaultValue>null</defaultValue><value>null</value></simpleParameter>
+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.SelectionParameter</className><collectionParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>Case insensitive</name><comment><className>java.lang.String</className>Use the alphabet case insensitive</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>BOOLEAN</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>true</required><userSelected><className>java.lang.Boolean</className>false</userSelected><errorMessage>null</errorMessage><rangeable><className>java.lang.Boolean</className>true</rangeable><collection><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameterSet</className><parameterSet>
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+<name><className>java.lang.String</className>Case insensitive</name><comment>null</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>BOOLEAN</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>false</required><isSet><className>java.lang.Boolean</className>true</isSet><errorMessage><className>java.lang.String</className></errorMessage><isRangeable><className>java.lang.Boolean</className>true</isRangeable><validator>null</validator><defaultValue>null</defaultValue><value><className>java.lang.Boolean</className>true</value></simpleParameter>
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+<name><className>java.lang.String</className>Case sensitive</name><comment>null</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>BOOLEAN</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>false</required><isSet><className>java.lang.Boolean</className>true</isSet><errorMessage><className>java.lang.String</className></errorMessage><isRangeable><className>java.lang.Boolean</className>true</isRangeable><validator>null</validator><defaultValue>null</defaultValue><value><className>java.lang.Boolean</className>false</value></simpleParameter>
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+</parameterSet>
+</collection><selected><className>java.lang.Integer</className>0</selected><defaultSelected><className>java.lang.Integer</className>0</defaultSelected></collectionParameter>
+</parameter></set>
+</parameterSet>
+</superParameterSet>
+<instanceClass><className>java.lang.Class</className><name>de.jstacs.data.alphabets.DiscreteAlphabet</name></instanceClass></instanceParameterSet>
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+</parameter></set>
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+</collection><selected><className>java.lang.Integer</className>0</selected><defaultSelected><className>java.lang.Integer</className>0</defaultSelected></collectionParameter>
+</parameter></set>
+</parameterSet>
+</superParameterSet>
+<instanceClass><className>java.lang.Class</className><name>de.jstacs.data.AlphabetContainer</name></instanceClass></instanceParameterSet>
+</superParameters>
+<type><className>de.jstacs.data.AlphabetContainer$AlphabetContainerType</className><name>DISCRETE</name></type><simple><className>java.lang.Boolean</className>true</simple></alphabetContainerParameterSet>
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+</parameter><parameter><className>de.jstacs.parameters.ParameterSetContainer</className><parameterSetContainer>
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+</alphabet><length><className>de.jstacs.parameters.SimpleParameter</className><simpleParameter>
+<name><className>java.lang.String</className>Length</name><comment><className>java.lang.String</className>The length of sequences the model can work on</comment><datatype><className>de.jstacs.DataType</className><name>INT</name></datatype><required><className>java.lang.Boolean</className>true</required><isSet><className>java.lang.Boolean</className>true</isSet><errorMessage>null</errorMessage><isRangeable><className>java.lang.Boolean</className>true</isRangeable><validator><className>de.jstacs.parameters.validation.NumberValidator</className><NumberValidator>
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