# HG changeset patch
# User ieguinoa
# Date 1643822175 0
# Node ID 5d59238cd3f45009db2cf3d2a2057eff4d1e7dc3

Uploaded

diff -r 000000000000 -r 5d59238cd3f4 .shed.yml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/.shed.yml	Wed Feb 02 17:16:15 2022 +0000
@@ -0,0 +1,12 @@
+categories:
+    - Data Export
+description: |
+    Submits experimental data and respective metadata to the European Nucleotide Archive (ENA). 
+long_description: |
+    The program submits experimental data and respective metadata to the European Nucleotide Archive (ENA). 
+    The metadata should be provided in separate tables corresponding to ENA objects STUDY, SAMPLE, EXPERIMENT and RUN
+name: ena_upload
+owner: iuc
+remote_repository_url: https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/ena_upload
+homepage_url: https://github.com/usegalaxy-eu/ena-upload-cli
+type: unrestricted
diff -r 000000000000 -r 5d59238cd3f4 README.md
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README.md	Wed Feb 02 17:16:15 2022 +0000
@@ -0,0 +1,31 @@
+# ena-upload-wrapper
+Galaxy wrapper for ena-cli-upload
+
+This tool is shipped in a ready to use Galaxy container found [here](https://github.com/ELIXIR-Belgium/ena-upload-container).
+
+## Setting up credentials on Galaxy
+
+The admin of the server can set up global credentials through a file with the format:
+```
+username: webin_id
+password: webin_password
+```
+
+The path to this file must be exported as an environment variable called $GALAXY_ENA_SECRETS
+
+Alternatively, the admin can enable users to set their own credentials for this tool.
+To enable it, make sure the file `config/user_preferences_extra_conf.yml` has the following section:
+
+```
+    ena_webin_account:
+        description: Your ENA Webin account details
+        inputs:
+            - name: webin_id
+              label: ENA Webin ID
+              type: text
+              required: False
+            - name: password
+              label: Password
+              type:  password
+              required: False
+```
diff -r 000000000000 -r 5d59238cd3f4 ena_upload.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/ena_upload.xml	Wed Feb 02 17:16:15 2022 +0000
@@ -0,0 +1,860 @@
+<tool id="ena_upload" name="ENA Upload tool" version="@VERSION@" profile="20.01" license="MIT">
+    <macros>
+        <token name="@VERSION@">0.5.3</token>
+        <import>samples_macros.xml</import>
+    </macros>
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="@VERSION@">ena-upload-cli</requirement>
+    </requirements>
+    <stdio>
+        <regex match="Oops" source="stderr" level="fatal"/>
+        <regex match="different file names between command line and RUN table" source="stderr" level="fatal"/>
+    </stdio>
+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+mkdir ./submission_files; 
+#set $studies_table_path = './submission_files/studies.tsv'
+#set $samples_table_path =   './submission_files/samples.tsv'
+#set $experiments_table_path = './submission_files/experiments.tsv'
+#set $runs_table_path =  './submission_files/runs.tsv'
+        
+#set $studies_table_path_updated = './submission_files/studies_updated.tsv'
+#set $samples_table_path_updated =   './submission_files/samples_updated.tsv'
+#set $experiments_table_path_updated = './submission_files/experiments_updated.tsv'
+#set $runs_table_path_updated =  './submission_files/runs_updated.tsv'
+
+#set working_dir = os.getcwd()
+#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables":
+  python '$__tool_directory__/extract_tables.py' --action $action_options.action --out_dir ./submission_files --studies $studies_json;
+#end if
+
+
+#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables":
+    cp $studies_table_path $studies_table_out &&
+    cp $samples_table_path $samples_table_out &&
+    cp $experiments_table_path $experiments_table_out &&
+    cp $runs_table_path $runs_table_out &&
+#end if
+#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "user_generated_tables":
+    ln -s '$action_options.input_format_conditional.experiments_users_table' $experiments_table_path &&
+    ln -s '$action_options.input_format_conditional.studies_users_table' $studies_table_path &&
+    ln -s '$action_options.input_format_conditional.runs_users_table' $runs_table_path &&
+    ln -s '$action_options.input_format_conditional.samples_users_table' $samples_table_path &&
+#end if
+#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "excel_tables":
+    ln -s '$action_options.input_format_conditional.xlsx_file' ./xlsx_input.xlsx &&
+#end if
+#if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "false" and $action_options.test_submit == "False":
+    webin_id=`grep 'username' $credentials`;
+    if [ "\$webin_id" = "" ]; then
+      ## No credentials in user defined preferences    
+      ## Fallback to global defined credentials (if exist)   
+      #import os
+      #if os.path.isfile(os.environ.get('GALAXY_ENA_SECRETS', '')):
+          credentials_path=\${GALAXY_ENA_SECRETS};     
+          webin_id=`grep 'username' \$GALAXY_ENA_SECRETS`;
+          if [ "\$webin_id" = "" ]; then
+              echo "No global credentials defined. Check your GALAXY_ENA_SECRETS file or set your credentials via: User -> Preferences -> Manage Information";
+              exit 1;
+          fi;
+      #else:
+          echo "No ENA credentials defined. Set your credentials via: User -> Preferences -> Manage Information";
+          exit 1;
+      #end if
+    else
+      credentials_path='$credentials';
+    fi;
+#end if
+
+#if $action_options.test_submit == "True" or $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "true":
+    credentials_path='test_fake_path';
+    #if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "true" and $action_options.input_format_conditional.input_format == "excel_tables":
+        echo "username: test_user" > \$credentials_path;
+        echo "password: test_password" >> \$credentials_path;
+    #end if
+#end if
+
+## create the list of files to upload and make the symlinks 
+#import re      
+#set $files_to_upload = list()
+#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables":
+    #for $study in $action_options.input_format_conditional.conditional_viral_metadata.rep_study:
+      #for $sample in $study.rep_sample:
+        #for $experiment in $sample.rep_experiment:
+          #for $run in $experiment.rep_runs:
+            #for $file in $run.upload_files:
+                #set $safename_reads_file = re.sub('[^\w\-_\.]', '_', $file.element_identifier)
+                #if $action_options.input_format_conditional.add_extension == "true":
+                    #set $extension = '.fastq'
+                #else
+                    #set $extension = ''
+                #end if
+                #if $file.is_of_type('fastq', 'fastqsanger'):
+                    ## compression output is defined as safename_reads_file so no need to symlink
+                    #set $safename_reads_file = $safename_reads_file + $extension + '.gz'
+                    gzip -c '$file' > $safename_reads_file &&
+                #else:
+                    #if $action_options.input_format_conditional.add_extension == "true":
+                        #if $file.is_of_type('fastq.gz', 'fastqsanger.gz'):
+                            #set $compression = '.gz' 
+                        #elif $file.is_of_type('fastqsanger.bz2', 'fastq.bz2'):
+                            #set $compression = '.bz2' 
+                        #end if
+                        #set $safename_reads_file = $safename_reads_file + $extension + $compression 
+                    #end if
+                    ln -s '$file' $safename_reads_file &&
+                #end if
+                $files_to_upload.append(str($safename_reads_file))
+            #end for
+          #end for
+        #end for
+      #end for
+    #end for
+#else:
+    #if $action_options.input_format_conditional.run_input_format_conditional.run_input_format == 'paired_list':
+        #for $pair in $action_options.input_format_conditional.run_input_format_conditional.paired_end_collection:
+            #set $safename_reads_file = re.sub('[^\w\-_\.]', '_', $pair.name)
+            ## Always need to add .fastq + compression suffix because the name is based on the pair name which has no extensions
+            #if $pair.forward.is_of_type('fastq', 'fastqsanger'):
+                ## compress the file, no need to create the link then
+                ## always add the compression suffix (.gz)
+                #set $safename_fwd_reads_file = $safename_reads_file + '_1' + 'fastq' + '.gz'
+                gzip -c '$file' > $safename_fwd_reads_file &&
+            #else
+                #if $pair.forward.is_of_type('fastq.gz', 'fastqsanger.gz'):
+                    #set $compression = '.gz'
+                #elif $pair.forward.is_of_type('fastqsanger.bz2', 'fastq.bz2'):
+                    #set $compression = '.bz2'
+                #end if
+                #set $safename_fwd_reads_file = $safename_reads_file + '_1' + '.fastq' + $compression
+                ln -s '$pair.forward' $safename_fwd_reads_file &&
+            #end if
+
+            #if $pair.reverse.is_of_type('fastq', 'fastqsanger'):
+                ## compress the file, no need to create the link then
+                #set $safename_reverse_reads_file = $safename_reads_file + '_1' + '.fastq' + '.gz'
+                gzip -c '$file' > $safename_rev_reads_file &&
+            #else
+                #if $pair.reverse.is_of_type('fastqsanger.bz2', 'fastq.bz2'):
+                    #set $compression = '.bz2'
+                #elif $pair.reverse.is_of_type('fastqsanger.gz', 'fastq.gz'):
+                    #set $compression = '.gz'
+                #end if
+                #set $safename_rev_reads_file = $safename_reads_file + '_2' + '.fastq' + $compression
+                ln -s '$pair.reverse' $safename_rev_reads_file &&
+            #end if
+            $files_to_upload.append(str($safename_fwd_reads_file))
+            $files_to_upload.append(str($safename_rev_reads_file))
+        #end for
+    #end if
+    #if $action_options.input_format_conditional.run_input_format_conditional.run_input_format == 'multiple_selection_list':
+        #for $file in $action_options.input_format_conditional.run_input_format_conditional.data:
+            #set $safename_reads_file = re.sub('[^\w\-_\.]', '_', $file.element_identifier)
+            #if $file.is_of_type('fastq', 'fastqsanger'):
+                ## always compress add the gz extension
+                #if $action_options.input_format_conditional.run_input_format_conditional.add_extension == "true":
+                    #set $safename_reads_file = $safename_reads_file + '.fastq.gz'
+                #else
+                    #set $safename_reads_file = $safename_reads_file + '.gz'
+                #end if   
+                gzip -c '$file' > $safename_reads_file &&
+            #else
+                #if $action_options.input_format_conditional.run_input_format_conditional.add_extension == "true":
+                    #if $file.is_of_type('fastq.gz', 'fastqsanger.gz'):
+                        #set $extension = '.fastq.gz'
+                    #elif $file.is_of_type('fastqsanger.bz2', 'fastq.bz2'):
+                        #set $extension = '.fastq.bz2'
+                    #end if
+                    #set $safename_reads_file = $safename_reads_file + $extension
+                #end if
+                ln -s '$file' $safename_reads_file &&
+            #end if      
+            $files_to_upload.append(str($safename_reads_file))
+        #end for
+    #end if
+#end if
+
+
+#if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "false" or $action_options.input_format_conditional.input_format == "excel_tables":
+#if $action_options.action == "add":
+ena-upload-cli
+    --tool 'ena-upload-cli v@VERSION@ @ Galaxy'
+    --action '$action_options.action'
+    --center '$action_options.center'
+    --secret \${credentials_path}
+    --data
+    #for $dataset in $files_to_upload:
+        '$dataset'
+    #end for
+#if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "true":
+    --draft
+#end if
+#if $action_options.input_format_conditional.input_format != "excel_tables":
+    --experiment '$experiments_table_path'
+    --study '$studies_table_path'
+    --run '$runs_table_path'
+    --sample '$samples_table_path'
+#else
+    --xlsx ./xlsx_input.xlsx 
+#end if
+--action add
+#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "user_generated_tables":
+        --checklist $action_options.input_format_conditional.checklist_id
+#else:
+    #if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables":
+        #if $action_options.input_format_conditional.conditional_viral_metadata.viral_sample == "true":
+          --checklist ERC000033
+        #end if
+    #else:
+          --checklist $action_options.input_format_conditional.checklist_id
+    #end if
+#end if
+
+#if $action_options.test_submit_parameters.submit_dev == "true":
+    -d
+#end if
+    >> '$output';
+#end if
+
+#if $action_options.action == "modify":
+    ena-upload-cli
+    --tool 'ena-upload-cli v@VERSION@ @ Galaxy'
+    --action '$action_options.action'
+    --center '$action_options.center'
+    --secret \${credentials_path}
+    --data
+    #for $dataset in $files_to_upload:
+        '$dataset'
+    #end for
+#if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "true":
+    --draft
+#end if
+#if $action_options.input_format_conditional.input_format != "excel_tables":
+    --experiment '$experiments_table_path'
+    --study '$studies_table_path'
+    --run '$runs_table_path'
+    --sample '$samples_table_path'
+#else
+    --xlsx ./xlsx_input.xlsx 
+    --auto_action
+#end if
+--action 'modify'
+#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "user_generated_tables":
+        --checklist $action_options.input_format_conditional.checklist_id
+#else:
+    #if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables":
+        #if $action_options.input_format_conditional.conditional_viral_metadata.viral_sample == "true":
+          --checklist ERC000033
+        #end if
+    #else:
+          --checklist $action_options.input_format_conditional.checklist_id
+    #end if
+#end if
+    >> '$output';
+#end if
+    #if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "false":
+        echo -e 'center_name\t$action_options.center' >> '$output';
+        echo -e 'action_option\t$action_options.action' >> '$output';
+        #if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables":
+            cp $studies_table_path_updated $studies_table_out 2>/dev/null;
+            cp $samples_table_path_updated $samples_table_out 2>/dev/null;
+            cp $experiments_table_path_updated $experiments_table_out 2>/dev/null;
+            cp $runs_table_path_updated $runs_table_out 2>/dev/null;
+        #end if
+    #else
+        ## for the excel input case, copy the upload-cli generated tables to the output files
+        ## this applies for both draft and real submissions
+        cp './ENA_template_experiment_updated.tsv' $experiments_table_out;
+        cp './ENA_template_sample_updated.tsv' $samples_table_out;
+        cp './ENA_template_study_updated.tsv' $studies_table_out;
+        cp './ENA_template_run_updated.tsv' $runs_table_out;
+    #end if
+#else:
+    exit 0;
+#end if
+
+]]></command>
+    <configfiles>
+        <configfile name="credentials"><![CDATA[
+#set $webin_id = $__user__.extra_preferences.get('ena_webin_account|webin_id', "").strip()
+#set $password = $__user__.extra_preferences.get('ena_webin_account|password', "").strip()
+#if $webin_id != "":
+    username: "$webin_id"
+    password: "$password"
+#end if
+        ]]></configfile>
+        <configfile name="studies_json">
+#import json
+#import re
+#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables":
+  #set $files_to_upload = list()
+  #set $studies = list()
+  #for $study in $action_options.input_format_conditional.conditional_viral_metadata.rep_study:
+    #set samples = list()
+    #for $sample in $study.rep_sample:
+      #set experiments = list()
+      #for $experiment in $sample.rep_experiment:
+        #set runs = list()
+        #for $run in $experiment.rep_runs:
+            #set run_files = list()
+            #for $file in $run.upload_files:
+              #set $safename_reads_file = re.sub('[^\w\-_\.]', '_', $file.element_identifier)
+              $run_files.append(str($safename_reads_file))
+            #end for
+            $runs.append((str($run.run_base_name),$run_files))
+        #end for
+    
+$experiments.append({'title':str($experiment.experiment_title),'experiment_design':str($experiment.experiment_design),'library_strategy':str($experiment.library_strategy),'library_source':str($experiment.library_source),'library_selection':str($experiment.library_selection),'library_layout':str($experiment.library_layout),'insert_size':str($experiment.insert_size),'library_construction_protocol':str($experiment.library_construction_protocol),'platform':str($experiment.platform),'instrument_model':str($experiment.instrument_model),'runs':$runs})
+      #end for
+      #if $action_options.input_format_conditional.conditional_viral_metadata.viral_sample == "true":
+
+$samples.append({'title':str($sample.sample_title),'description':str($sample.sample_description),'tax_name':str($sample.scientific_name),'tax_id':str($sample.tax_id),'collection_date':str($sample.collection_date),'geo_location':str($sample.geo_location_country),'host_common_name':str($sample.host_common_name),'host_subject_id':str($sample.host_subject_id),'host_health_state':str($sample.host_health_state),'host_sex':str($sample.host_sex),'host_scientific_name':str($sample.host_scientific_name),'collector_name':str($sample.collector_name),'collecting_institution':str($sample.collecting_institution),'isolate':str($sample.isolate),'experiments':$experiments})
+      #else:
+
+$samples.append({'title':str($sample.sample_title),'description':str($sample.sample_description),'tax_name':str($sample.scientific_name),'tax_id':str($sample.tax_id),'experiments':$experiments})
+      #end if
+    #end for
+    $studies.append({'title':str($study.study_title),'type':str($study.study_type),'abstract':str($study.study_abstract),'pubmed_id':str($study.study_pubmed_id),'samples':$samples})
+  #end for
+  #echo $json.dumps($studies)
+#end if
+        </configfile>
+    </configfiles>
+    <inputs>
+        <conditional name="action_options">
+            <param name="action" type="select" label="Action to execute">
+                <option value="add" selected="True">Add new data</option>
+                <option value="modify">Modify metadata</option>
+            </param>
+            <when value="add">
+                <expand macro="test_submit_section"/>    
+                <param name="test_submit" type="hidden" value="False" />
+                <expand macro="table_inputs_macro" />
+            </when>
+            <when value="modify">
+                <expand macro="test_submit_section"/>    
+                <param name="test_submit" type="hidden" value="False" />
+                <expand macro="table_inputs_macro" />
+            </when>
+        </conditional>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data name="output" format="txt" label="ENA submission receipt"/>
+        <data name="studies_table_out" format="tabular" label="Studies table">
+            <filter> action_options['input_format_conditional']['input_format'] == "build_tables" or action_options['input_format_conditional']['input_format'] == "excel_tables"</filter>
+        </data>
+        <data name="samples_table_out" format="tabular" label="Samples table">
+            <filter> action_options['input_format_conditional']['input_format'] == "build_tables" or action_options['input_format_conditional']['input_format'] == "excel_tables"</filter>
+        </data>
+        <data name="experiments_table_out" format="tabular" label="Experiments table">
+            <filter> action_options['input_format_conditional']['input_format'] == "build_tables" or action_options['input_format_conditional']['input_format'] == "excel_tables"</filter>
+        </data>
+        <data name="runs_table_out" format="tabular" label="Runs table">
+            <filter> action_options['input_format_conditional']['input_format'] == "build_tables" or action_options['input_format_conditional']['input_format'] == "excel_tables"</filter>
+        </data>
+    </outputs>
+    <tests>
+       <!--Test 1:  excel input of VIRAL samples -->
+        <test>
+            <conditional name="action_options">
+                <param name="action" value="add"/>
+                <section name="test_submit_parameters">
+                    <param name="submit_dev" value="false" />
+                    <param name="dry_run" value="true" />
+                </section>
+                <conditional name="input_format_conditional">
+                    <param name="input_format" value="excel_tables"/>
+                    <param name="checklist_id" value="ERC000033"/>
+                    <param name="xlsx_file" value="metadata_test_viral.xlsx"/>
+                    <conditional name="run_input_format_conditional">
+                        <param name="add_extension" value="false"/>
+                        <param name="run_input_format" value="multiple_selection_list"/>
+                        <param name="data" value="C030_exp5_clean.fastq,C053_exp5_clean.fastq,C026_exp5_clean.fastq,C067_exp5_clean.fastq"/>
+                    </conditional>
+                </conditional>
+            </conditional>
+            <param name="center" value="Some research center"/>
+            <output name="experiments_table_out">
+                <assert_contents>
+                    <has_n_lines n="5"/>
+                    <has_n_columns n="17"/>
+                    <has_line_matching expression="alias\ttitle\tstudy_alias\tsample_alias\tdesign_description\tlibrary_name\tlibrary_strategy\tlibrary_source\tlibrary_selection\tlibrary_layout\tinsert_size\tlibrary_construction_protocol\tplatform\tinstrument_model\taccession\tsubmission_date\tstatus"/>
+                    <has_line_matching expression="e_(.*)_026\tNanopore sequencing\tSARS-CoV-2_genomes_01\ts_(.*)"/>
+                </assert_contents>
+            </output>
+            <output name="studies_table_out">
+                <assert_contents>
+                    <has_n_lines n="2"/>
+                    <has_n_columns n="7"/>
+                    <has_line_matching expression="SARS-CoV-2_genomes_01\tWhole-genome sequencing of SARS-CoV-2 from Covid-19 patients\tWhole Genome Sequencing\tWhole-genome sequences of SARS-CoV-2 from oro-pharyngeal swabs obtained from Covid-19 patients(.*)"/>
+                </assert_contents>
+            </output>
+            <output name="samples_table_out">
+                <assert_contents>
+                    <has_n_lines n="5"/>
+                    <has_n_columns n="18"/>
+                </assert_contents>
+            </output>
+            <output name="runs_table_out">
+                <assert_contents>
+                    <has_n_lines n="5"/>
+                    <has_n_columns n="8"/>
+                    <has_line_matching expression="alias\texperiment_alias\tfile_name\tfile_format\taccession\tsubmission_date\tstatus\tfile_checksum"/>
+                    <has_line_matching expression="r_20201007_026\te_20201007_026\tC026_exp5_clean.fastq.gz\tFASTQ(.*)"/>
+                </assert_contents>
+            </output>
+        </test>
+        <!--Test 2: excel input of VIRAL samples with extended columns-->
+        <test>
+            <conditional name="action_options">
+                <param name="action" value="add"/>
+                <section name="test_submit_parameters">
+                    <param name="submit_dev" value="false" />
+                    <param name="dry_run" value="true" />
+                </section>
+                <conditional name="input_format_conditional">
+                    <param name="input_format" value="excel_tables"/>
+                    <param name="checklist_id" value="ERC000033"/>
+                    <param name="xlsx_file" value="metadata_test_viral_optional_columns.xlsx"/>
+                    <conditional name="run_input_format_conditional">
+                        <param name="add_extension" value="false"/>
+                        <param name="run_input_format" value="multiple_selection_list"/>
+                        <param name="data" value="C030_exp5_clean.fastq,C053_exp5_clean.fastq,C026_exp5_clean.fastq,C067_exp5_clean.fastq"/>
+                    </conditional>
+                </conditional>
+            </conditional>
+            <param name="center" value="Some research center"/>
+            <output name="experiments_table_out">
+                <assert_contents>
+                    <has_n_lines n="5"/>
+                    <has_n_columns n="17"/>
+                    <has_line_matching expression="alias\ttitle\tstudy_alias\tsample_alias\tdesign_description\tlibrary_name\tlibrary_strategy\tlibrary_source\tlibrary_selection\tlibrary_layout\tinsert_size\tlibrary_construction_protocol\tplatform\tinstrument_model\taccession\tsubmission_date\tstatus"/>
+                    <has_line_matching expression="e_(.*)_026\tNanopore sequencing\tSARS-CoV-2_genomes_01\ts_(.*)"/>
+                </assert_contents>
+            </output>
+            <output name="studies_table_out">
+                <assert_contents>
+                    <has_n_lines n="2"/>
+                    <has_n_columns n="7"/>
+                    <has_line_matching expression="alias\ttitle\tstudy_type\tstudy_abstract\taccession\tsubmission_date\tstatus"/>
+                    <has_line_matching expression="SARS-CoV-2_genomes_01\tWhole-genome sequencing of SARS-CoV-2 from Covid-19 patients\tWhole Genome Sequencing\tWhole-genome sequences of SARS-CoV-2 from oro-pharyngeal swabs obtained from Covid-19 patients(.*)"/>
+                </assert_contents>
+            </output>
+            <output name="samples_table_out">
+                <assert_contents>
+                    <has_n_lines n="5"/>
+                    <has_n_columns n="43"/>
+                </assert_contents>
+            </output>
+            <output name="runs_table_out">
+                <assert_contents>
+                    <has_n_lines n="5"/>
+                    <has_n_columns n="8"/>
+                    <has_line_matching expression="alias\texperiment_alias\tfile_name\tfile_format\taccession\tsubmission_date\tstatus\tfile_checksum"/>
+                    <has_line_matching expression="r_20201007_026\te_20201007_026\tC026_exp5_clean.fastq.gz\tFASTQ(.*)"/>
+                </assert_contents>
+            </output>
+        </test>
+        <!--Test 3: excel input of NON-VIRAL samples-->
+        <test>
+            <conditional name="action_options">
+                <param name="action" value="add"/>
+                <section name="test_submit_parameters">
+                    <param name="submit_dev" value="false" />
+                    <param name="dry_run" value="true" />
+                </section>
+                <conditional name="input_format_conditional">
+                    <param name="input_format" value="excel_tables"/>
+                    <param name="checklist_id" value="ERC000011"/>
+                    <param name="xlsx_file" value="metadata_test_nonviral_1_run.xlsx"/>
+                    <conditional name="run_input_format_conditional">
+                        <param name="add_extension" value="true"/>
+                        <param name="run_input_format" value="multiple_selection_list"/>
+                        <param name="data" value="sample_no_extension"/>
+                    </conditional>
+                </conditional>
+            </conditional>
+            <param name="center" value="Some research center"/>
+            <output name="experiments_table_out">
+                <assert_contents>
+                    <has_n_lines n="2"/>
+                    <has_n_columns n="17"/>
+                    <has_line_matching expression="alias\ttitle\tstudy_alias\tsample_alias\tdesign_description\tlibrary_name\tlibrary_strategy\tlibrary_source\tlibrary_selection\tlibrary_layout\tinsert_size\tlibrary_construction_protocol\tplatform\tinstrument_model\taccession\tsubmission_date\tstatus"/>
+                </assert_contents>
+            </output>
+            <output name="studies_table_out">
+                <assert_contents>
+                    <has_n_lines n="2"/>
+                    <has_n_columns n="7"/>
+                    <has_line_matching expression="alias\ttitle\tstudy_type\tstudy_abstract\taccession\tsubmission_date\tstatus"/>
+                </assert_contents>
+            </output>
+            <output name="samples_table_out">
+                <assert_contents>
+                    <has_n_lines n="2"/>
+                    <has_n_columns n="8"/>
+                    <has_line_matching expression="alias\ttitle\tscientific_name\tsample_description\taccession\tsubmission_date\tstatus\ttaxon_id"/>
+                </assert_contents>
+            </output>
+            <output name="runs_table_out">
+                <assert_contents>
+                    <has_n_lines n="2"/>
+                    <has_n_columns n="8"/>
+                    <has_line_matching expression="alias\texperiment_alias\tfile_name\tfile_format\taccession\tsubmission_date\tstatus\tfile_checksum"/>
+                    <has_line_matching expression="r_20201007_026\te_20201007_026\tsample_no_extension.fastq.gz\tFASTQ(.*)"/>
+                </assert_contents>
+            </output>
+        </test>
+        <!--Test 4: failure on excel input of NON-VIRAL samples with runs PAIRED collection -->
+        <test expect_failure="true">
+            <conditional name="action_options">
+                <param name="action" value="add"/>
+                <section name="test_submit_parameters">
+                    <param name="submit_dev" value="false" />
+                    <param name="dry_run" value="false" />
+                </section>
+                <conditional name="input_format_conditional">
+                    <param name="add_extension" value="true"/>
+                    <param name="input_format" value="excel_tables"/>
+                    <param name="checklist_id" value="ERC000011"/>
+                    <param name="xlsx_file" value="metadata_test_nonviral.xlsx"/>
+                    <conditional name="run_input_format_conditional">
+                        <param name="run_input_format" value="paired_list"/>
+                        <param name="paired_end_collection">
+                            <collection type="list:paired">
+                                <element name="paired_run_name">
+                                    <collection type="paired">
+                                        <element name="forward" value="1.fastqsanger.gz" ftype="fastqsanger.gz" />
+                                        <element name="reverse" value="2.fastqsanger.gz" ftype="fastqsanger.gz" />
+                                    </collection>
+                                </element>
+                            </collection>
+                        </param>
+                    </conditional>
+                </conditional>
+            </conditional>
+            <param name="center" value="Some research center"/>
+            <assert_command>
+                <has_text_matching expression="ena-upload-cli"/>
+                <has_text_matching expression="--data 'paired_run_name_1.fastq.gz' 'paired_run_name_2.fastq.gz'"/>
+                <has_text_matching expression="--action 'add' --center 'Some research center'"/>
+            </assert_command>
+        </test>
+        <!--Test 5: build tables from user input fields NON-VIRAL samples-->
+        <test>
+            <conditional name="action_options">
+                <param name="action" value="add"/>
+                <section name="test_submit_parameters">
+                    <param name="submit_dev" value="false" />
+                    <param name="dry_run" value="true" />
+                </section>
+                <conditional name="input_format_conditional">
+                    <param name="input_format" value="build_tables"/>
+                    <param name="add_extension" value="true"/>
+                    <conditional name="conditional_viral_metadata">
+                        <param name="viral_sample" value="False"/>
+                        <repeat name="rep_study">
+                            <param name="study_title" value="Test study title"/>
+                            <param name="study_abstract" value="Test study abstract"/>
+                            <param name="study_type" value="Epigenetics"/>
+                            <param name="study_pubmed_id" value="Test study pubmedID"/>
+                            <repeat name="rep_sample">
+                                <param name="sample_title" value="Test Sample title"/>
+                                <param name="sample_description" value="Test Sample description"/>
+                                <param name="scientific_name" value="Test Sample scientific name"/>
+                                <param name="tax_id" value="Test Sample tax_id"/>
+                                <repeat name="rep_experiment">
+                                    <param name="experiment_title" value="Test experiment title"/>
+                                    <param name="experiment_design" value="Test experiment design description"/>
+                                    <param name="library_strategy" value="CTS"/>
+                                    <param name="library_source" value="GENOMIC"/>
+                                    <param name="library_selection" value="PCR"/>
+                                    <param name="library_layout" value="SINGLE"/>
+                                    <param name="insert_size" value="150"/>
+                                    <param name="library_construction_protocol" value="Test library construction"/>
+                                    <param name="platform" value="ILLUMINA"/>
+                                    <param name="instrument_model" value="Illumina HiSeq 4000"/>
+                                    <repeat name="rep_runs">
+                                        <param name="upload_files" value="1.fastqsanger.gz,sample.fq" ftype="fastqsanger"/>
+                                    </repeat>
+                                </repeat>
+                            </repeat>
+                        </repeat>
+                    </conditional>
+                </conditional>
+            </conditional>
+            <param name="center" value="Some research center"/>
+            <output name="experiments_table_out">
+                <assert_contents>
+                    <has_n_lines n="2"/>
+                    <has_n_columns n="17"/>
+                </assert_contents>
+            </output>
+            <output name="studies_table_out">
+                <assert_contents>
+                    <has_n_lines n="2"/>
+                    <has_n_columns n="8"/>
+                    <has_line_matching expression="alias\tstatus\taccession\ttitle\tstudy_type\tstudy_abstract\tpubmed_id\tsubmission_date"/>
+                </assert_contents>
+            </output>
+            <output name="samples_table_out">
+                <assert_contents>
+                    <has_n_lines n="2"/>
+                    <has_n_columns n="8"/>
+                </assert_contents>
+            </output>
+            <output name="runs_table_out">
+                <assert_contents>
+                    <has_n_lines n="3"/>
+                    <has_n_columns n="8"/>
+                    <has_line_matching expression="alias\tstatus\taccession\texperiment_alias\tfile_name\tfile_format\tfile_checksum\tsubmission_date"/>
+                </assert_contents>
+            </output>
+        </test>
+        <!--Test 6: RUN failing build tables from user input fields NON-VIRAL samples-->
+        <test expect_failure="true">
+            <conditional name="action_options">
+                <param name="action" value="add"/>
+                <section name="test_submit_parameters">
+                    <param name="submit_dev" value="true" />
+                    <param name="dry_run" value="false" />
+                </section>
+                <conditional name="input_format_conditional">
+                    <param name="input_format" value="build_tables"/>
+                    <param name="add_extension" value="true"/>
+                    <conditional name="conditional_viral_metadata">
+                        <param name="viral_sample" value="false"/>
+                        <repeat name="rep_study">
+                            <param name="study_title" value="Test study title"/>
+                            <param name="study_abstract" value="Test study abstract"/>
+                            <param name="study_type" value="Epigenetics"/>
+                            <param name="study_pubmed_id" value="Test study pubmedID"/>
+                            <repeat name="rep_sample">
+                                <param name="sample_title" value="Test Sample title"/>
+                                <param name="sample_description" value="Test Sample description"/>
+                                <param name="scientific_name" value="Test Sample scientific name"/>
+                                <param name="tax_id" value="Test Sample tax_id"/>
+                                <repeat name="rep_experiment">
+                                    <param name="experiment_title" value="Test experiment title"/>
+                                    <param name="experiment_design" value="Test experiment design description"/>
+                                    <param name="library_strategy" value="CTS"/>
+                                    <param name="library_source" value="GENOMIC"/>
+                                    <param name="library_selection" value="PCR"/>
+                                    <param name="library_layout" value="SINGLE"/>
+                                    <param name="insert_size" value="150"/>
+                                    <param name="library_construction_protocol" value="Test library construction"/>
+                                    <param name="platform" value="ILLUMINA"/>
+                                    <param name="instrument_model" value="Illumina HiSeq 4000"/>
+                                    <repeat name="rep_runs">
+                                        <param name="upload_files" value="1.fastqsanger.gz,sample.fq" ftype="fastqsanger"/>
+                                    </repeat>
+                                </repeat>
+                            </repeat>
+                        </repeat>
+                    </conditional>
+                </conditional>
+            </conditional>
+            <param name="center" value="Some research center"/>
+            <assert_stdout>
+                <has_text_matching expression="No ENA credentials defined"/>
+            </assert_stdout>
+        </test>
+        <!--Test 7: with submit_test to skip credentials checksRUN failing build tables from user input fields NON-VIRAL samples
+            also tests compression of uncompressed inputs and adding the .gz suffix -->
+        <test expect_failure="true">
+            <conditional name="action_options">
+                <param name="action" value="add"/>
+                <section name="test_submit_parameters">
+                    <param name="submit_dev" value="true" />
+                    <param name="dry_run" value="false" />
+                </section>
+                <param name="test_submit" value="True"/>
+                <conditional name="input_format_conditional">
+                    <param name="add_extension" value="true"/>
+                    <param name="input_format" value="build_tables"/>
+                    <conditional name="conditional_viral_metadata">
+                        <param name="viral_sample" value="false"/>
+                        <repeat name="rep_study">
+                            <param name="study_title" value="Test study title"/>
+                            <param name="study_abstract" value="Test study abstract"/>
+                            <param name="study_type" value="Epigenetics"/>
+                            <param name="study_pubmed_id" value="Test study pubmedID"/>
+                            <repeat name="rep_sample">
+                                <param name="sample_title" value="Test Sample title"/>
+                                <param name="sample_description" value="Test Sample description"/>
+                                <param name="scientific_name" value="Test Sample scientific name"/>
+                                <param name="tax_id" value="Test Sample tax_id"/>
+                                <repeat name="rep_experiment">
+                                    <param name="experiment_title" value="Test experiment title"/>
+                                    <param name="experiment_design" value="Test experiment design description"/>
+                                    <param name="library_strategy" value="CTS"/>
+                                    <param name="library_source" value="GENOMIC"/>
+                                    <param name="library_selection" value="PCR"/>
+                                    <param name="library_layout" value="SINGLE"/>
+                                    <param name="insert_size" value="150"/>
+                                    <param name="library_construction_protocol" value="Test library construction"/>
+                                    <param name="platform" value="ILLUMINA"/>
+                                    <param name="instrument_model" value="Illumina HiSeq 4000"/>
+                                    <repeat name="rep_runs">
+                                        <param name="run_base_name" value="run_from_hospital_X"/>
+                                        <param name="upload_files" value="sample.fq,sample.fq" ftype="fastqsanger"/>
+                                    </repeat>
+                                </repeat>
+                            </repeat>
+                        </repeat>
+                    </conditional>
+                </conditional>
+            </conditional>
+            <param name="center" value="Some research center"/>
+            <assert_command>
+                <has_text_matching expression="ena-upload-cli"/>
+                <has_text_matching expression="--data 'sample.fq.fastq.gz' 'sample.fq.fastq.gz'"/>
+                <has_text_matching expression="--action 'add' --center 'Some research center'"/>
+                <not_has_text text="modify" />
+            </assert_command>
+            <assert_stderr>
+                <has_text_matching expression="Oops, the file test_fake_path does not exist"/>
+            </assert_stderr>
+        </test>
+        <!--Test 8: viral submission - User input metadata - Add extension = False-->
+        <test expect_failure="true">
+            <conditional name="action_options">
+                <param name="action" value="add"/>
+                <section name="test_submit_parameters">
+                    <param name="submit_dev" value="false" />
+                    <param name="dry_run" value="false" />
+                </section>
+                <param name="test_submit" value="True"/>
+                <conditional name="input_format_conditional">
+                    <param name="add_extension" value="False"/>
+                    <param name="input_format" value="build_tables"/>
+                    <conditional name="conditional_viral_metadata">
+                        <param name="viral_sample" value="true"/>
+                        <repeat name="rep_study">
+                            <param name="study_title" value="Test study title"/>
+                            <param name="study_abstract" value="Test study abstract"/>
+                            <param name="study_type" value="Epigenetics"/>
+                            <param name="study_pubmed_id" value="Test study pubmedID"/>
+                            <repeat name="rep_sample">
+                                <param name="sample_title" value="Test Sample title"/>
+                                <param name="sample_description" value="Test Sample description"/>
+                                <param name="scientific_name" value="Test Sample scientific name"/>
+                                <param name="tax_id" value="Test Sample tax_id"/>
+                                <param name="collection_date" value="2020"/>
+                                <param name="geo_location_country" value="Belgium"/>
+                                <param name="host_common_name" value="Human"/>
+                                <param name="host_subject_id" value="Patient_001"/>
+                                <param name="host_health_state" value="healthy"/>
+                                <param name="host_sex" value="female"/>
+                                <param name="host_scientific_name" value="homo sapiens"/>
+                                <param name="collector_name" value="John The Collector"/>
+                                <param name="collecting_institution" value="Hospital 01"/>
+                                <param name="isolate" value="sample_001"/>
+                                <repeat name="rep_experiment">
+                                    <param name="experiment_title" value="Test experiment title"/>
+                                    <param name="experiment_design" value="Test experiment design description"/>
+                                    <param name="library_strategy" value="CTS"/>
+                                    <param name="library_source" value="GENOMIC"/>
+                                    <param name="library_selection" value="PCR"/>
+                                    <param name="library_layout" value="SINGLE"/>
+                                    <param name="insert_size" value="150"/>
+                                    <param name="library_construction_protocol" value="Test library construction"/>
+                                    <param name="platform" value="ILLUMINA"/>
+                                    <param name="instrument_model" value="Illumina HiSeq 4000"/>
+                                    <repeat name="rep_runs">
+                                        <param name="run_base_name" value="run_from_hospital_X"/>
+                                        <param name="upload_files" value="1.fastqsanger.gz,2.fastqsanger.gz" ftype="fastqsanger.gz"/>
+                                    </repeat>
+                                </repeat>
+                            </repeat>
+                        </repeat>
+                    </conditional>
+                </conditional>
+            </conditional>
+            <param name="center" value="Some research center"/>
+            <assert_command>
+                <has_text_matching expression="ena-upload-cli"/>
+                <has_text_matching expression="--data '1.fastqsanger.gz' '2.fastqsanger.gz'"/>
+                <has_text_matching expression="--action 'add' --center 'Some research center'"/>
+                <has_text_matching expression="--checklist ERC000033"/>
+            </assert_command>
+            <assert_stderr>
+                <has_text_matching expression="Oops, the file test_fake_path does not exist"/>
+            </assert_stderr>
+        </test>
+        <!--Test 9: modify option and auto compression - viral submission - User input metadata-->
+        <test expect_failure="true">
+            <conditional name="action_options">
+                <param name="action" value="modify"/>
+                <section name="test_submit_parameters">
+                    <param name="submit_dev" value="false" />
+                    <param name="dry_run" value="false" />
+                </section>
+                <param name="test_submit" value="True"/>
+                <conditional name="input_format_conditional">
+                    <param name="add_extension" value="False"/>
+                    <param name="input_format" value="build_tables"/>
+                    <conditional name="conditional_viral_metadata">
+                        <param name="viral_sample" value="True"/>
+                        <repeat name="rep_study">
+                            <param name="study_title" value="Test study title"/>
+                            <param name="study_abstract" value="Test study abstract"/>
+                            <param name="study_type" value="Epigenetics"/>
+                            <param name="study_pubmed_id" value="Test study pubmedID"/>
+                            <repeat name="rep_sample">
+                                <param name="sample_title" value="Test Sample title"/>
+                                <param name="sample_description" value="Test Sample description"/>
+                                <param name="scientific_name" value="Test Sample scientific name"/>
+                                <param name="tax_id" value="Test Sample tax_id"/>
+                                <param name="collection_date" value="2020"/>
+                                <param name="geo_location_country" value="Belgium"/>
+                                <param name="host_common_name" value="Human"/>
+                                <param name="host_subject_id" value="Patient_001"/>
+                                <param name="host_health_state" value="healthy"/>
+                                <param name="host_sex" value="female"/>
+                                <param name="host_scientific_name" value="homo sapiens"/>
+                                <param name="collector_name" value="John The Collector"/>
+                                <param name="collecting_institution" value="Hospital 01"/>
+                                <param name="isolate" value="sample_001"/>
+                                <repeat name="rep_experiment">
+                                    <param name="experiment_title" value="Test experiment title"/>
+                                    <param name="experiment_design" value="Test experiment design description"/>
+                                    <param name="library_strategy" value="CTS"/>
+                                    <param name="library_source" value="GENOMIC"/>
+                                    <param name="library_selection" value="PCR"/>
+                                    <param name="library_layout" value="SINGLE"/>
+                                    <param name="insert_size" value="150"/>
+                                    <param name="library_construction_protocol" value="Test library construction"/>
+                                    <param name="platform" value="ILLUMINA"/>
+                                    <param name="instrument_model" value="Illumina HiSeq 4000"/>
+                                    <repeat name="rep_runs">
+                                        <param name="run_base_name" value="run_from_hospital_X"/>
+                                        <param name="upload_files" value="sample.fq" ftype="fastqsanger"/>
+                                    </repeat>
+                                </repeat>
+                            </repeat>
+                        </repeat>
+                    </conditional>
+                </conditional>
+            </conditional>
+            <param name="center" value="Some research center"/>
+            <assert_command>
+                <has_text_matching expression="ena-upload-cli"/>
+                <has_text_matching expression="--data 'sample.fq.gz'"/>
+                <has_text_matching expression="--action 'modify' --center 'Some research center'"/>
+                <has_text_matching expression="--checklist ERC000033"/>
+                <not_has_text text="add" />
+            </assert_command>
+            <assert_stderr>
+                <has_text_matching expression="Oops, the file test_fake_path does not exist"/>
+            </assert_stderr>
+        </test>
+    </tests>
+    <help><![CDATA[
+        This is a wrapper for the ENA upload tool in https://github.com/usegalaxy-eu/ena-upload-cli
+        The input metadata can be submitted following the tabular format of the templates in https://github.com/usegalaxy-eu/ena-upload-cli/tree/master/example_tables
+        It is also possible to submit an excel file by following the template in https://drive.google.com/file/d/1ncC22--tW2v-EI-te_r86sAZujIPAjlX/view?usp=sharing
+        For viral submissions a larger set of metadata is required, you can find the template in https://drive.google.com/file/d/1Gx78GKh58PmRjdmJ05DBbpObAL-3oUFX/view?usp=sharing
+    ]]></help>
+    <citations>
+    </citations>
+</tool>
diff -r 000000000000 -r 5d59238cd3f4 extract_tables.py
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/extract_tables.py	Wed Feb 02 17:16:15 2022 +0000
@@ -0,0 +1,102 @@
+import argparse
+import json
+import pathlib
+from datetime import datetime
+
+"""
+Parse the configfile generated by the Galaxy tool.
+This file is JSON-formatted and should be converted to a set of tabular files.
+"""
+
+FILE_FORMAT = 'fastq'
+
+parser = argparse.ArgumentParser()
+parser.add_argument('--studies', dest='studies_json_path', required=True)
+parser.add_argument('--out_dir', dest='out_path', required=True)
+parser.add_argument('--action', dest='action', required=True)
+args = parser.parse_args()
+
+with open(args.studies_json_path, 'r') as studies_json_file:
+    studies_dict = json.load(studies_json_file)
+studies_table = open(pathlib.Path(args.out_path) / 'studies.tsv', 'w')
+studies_table.write('\t'.join(['alias', 'status', 'accession', 'title', 'study_type',
+                               'study_abstract', 'pubmed_id', 'submission_date']) + '\n')
+samples_table = open(pathlib.Path(args.out_path) / 'samples.tsv', 'w')
+experiments_table = open(pathlib.Path(args.out_path) / 'experiments.tsv', 'w')
+experiments_table.write('\t'.join(['alias', 'status', 'accession', 'title', 'study_alias',
+                                   'sample_alias', 'design_description', 'library_name',
+                                   'library_strategy', 'library_source', 'library_selection',
+                                   'library_layout', 'insert_size',
+                                   'library_construction_protocol', 'platform', 'instrument_model',
+                                   'submission_date']) + '\n')
+runs_table = open(pathlib.Path(args.out_path) / 'runs.tsv', 'w')
+runs_table.write('\t'.join(['alias', 'status', 'accession', 'experiment_alias', 'file_name',
+                            'file_format', 'file_checksum', 'submission_date']) + '\n')
+
+action = args.action
+
+dt_oobj = datetime.now(tz=None)
+timestamp = dt_oobj.strftime("%Y%m%d_%H:%M:%S")
+for study_index, study in enumerate(studies_dict):
+    study_alias = 'study_' + str(study_index) + '_' + timestamp
+    studies_table.write('\t'.join([study_alias, action, 'ENA_accession', study['title'],
+                                   study['type'], study['abstract'], study['pubmed_id'],
+                                   'ENA_submission_data']))
+    if "geo_location" in study['samples'][0].keys():           # sample belongs to a viral sample
+        samples_table.write('\t'.join(['alias', 'status', 'accession', 'title', 'scientific_name',
+                                       'taxon_id', 'sample_description', 'collection_date',
+                                       'geographic_location', 'host_common_name', 'host_subject_id',
+                                       'host_health_state', 'host_sex', 'host_scientific_name',
+                                       'collector_name', 'collecting_institution', 'isolate',
+                                       'submission_date']) + '\n')
+    else:
+        samples_table.write('\t'.join(['alias', 'status', 'accession', 'title', 'scientific_name',
+                                       'taxon_id', 'sample_description', 'submission_date']) + '\n')
+    for sample_index, sample in enumerate(study['samples']):
+        sample_alias = 'sample_' + str(sample_index) + '_' + timestamp
+        if "geo_location" in sample.keys():  # sample belongs to a viral sample
+            if sample['collector_name'] == '':
+                sample['collector_name'] = 'unknown'
+            samples_table.write('\t'.join([sample_alias, action, 'ena_accession', sample['title'],
+                                           sample['tax_name'], sample['tax_id'],
+                                           sample['description'], sample['collection_date'],
+                                           sample['geo_location'], sample['host_common_name'],
+                                           sample['host_subject_id'], sample['host_health_state'],
+                                           sample['host_sex'], sample['host_scientific_name'],
+                                           sample['collector_name'],
+                                           sample['collecting_institution'], sample['isolate'],
+                                           'ENA_submission_date']) + '\n')
+        else:
+            samples_table.write('\t'.join([sample_alias, action, 'ena_accession', sample['title'],
+                                           sample['tax_name'], sample['tax_id'],
+                                           sample['description'], 'ENA_submission_date']) + '\n')
+        for exp_index, exp in enumerate(sample['experiments']):
+            exp_alias = 'experiment_' + str(exp_index) + '.' + str(sample_index) + '_' + timestamp
+            lib_alias = 'library_' + str(exp_index) + '_' + str(sample_index)
+            experiments_table.write('\t'.join([exp_alias, action, 'accession_ena', exp['title'],
+                                               study_alias, sample_alias, exp['experiment_design'],
+                                               lib_alias, exp['library_strategy'],
+                                               exp['library_source'], exp['library_selection'],
+                                               exp['library_layout'].lower(), exp['insert_size'],
+                                               exp['library_construction_protocol'],
+                                               exp['platform'], exp['instrument_model'],
+                                               'submission_date_ENA']) + '\n')
+            run_index = 0
+            # exp['runs'] is a list of lists
+            for (base_run, run_files) in exp['runs']:
+                run_index += 1
+                if base_run != '':
+                    run_alias = base_run
+                else:
+                    # no alias provided, generated a unique one
+                    run_alias = '_'.join(['run_' + str(run_index), str(exp_index),
+                                          str(sample_index)]) + '_' + timestamp
+                for file_entry in run_files:
+                    runs_table.write('\t'.join([run_alias, action, 'ena_run_accession', exp_alias,
+                                                file_entry, FILE_FORMAT, 'file_checksum',
+                                                'submission_date_ENA']) + '\n')
+
+studies_table.close()
+samples_table.close()
+experiments_table.close()
+runs_table.close()
diff -r 000000000000 -r 5d59238cd3f4 samples_macros.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/samples_macros.xml	Wed Feb 02 17:16:15 2022 +0000
@@ -0,0 +1,261 @@
+<macros>
+    <xml name="checklist_input_macro">
+        <param type="select" name="checklist_id" label="Select the metadata checklist" help="You can find metadata templates for each checklist at: https://github.com/ELIXIR-Belgium/ENA-metadata-templates">
+            <option value="ERC000011">ENA default sample checklist (ERC000011)</option>
+            <option value="ERC000012">GSC MIxS air (ERC000012)</option>
+            <option value="ERC000013">GSC MIxS host associated (ERC000013)</option>
+            <option value="ERC000014">GSC MIxS human associated (ERC000014)</option>
+            <option value="ERC000015">GSC MIxS human gut (ERC000015)</option>
+            <option value="ERC000016">GSC MIxS human oral (ERC000016)</option>
+            <option value="ERC000017">GSC MIxS human skin (ERC000017)</option>
+            <option value="ERC000018">GSC MIxS human vaginal (ERC000018)</option>
+            <option value="ERC000019">GSC MIxS microbial mat biolfilm (ERC000019)</option>
+            <option value="ERC000020">GSC MIxS plant associated (ERC000020)</option>
+            <option value="ERC000021">GSC MIxS sediment (ERC000021)</option>
+            <option value="ERC000022">GSC MIxS soil (ERC000022)</option>
+            <option value="ERC000023">GSC MIxS wastewater sludge (ERC000023)</option>
+            <option value="ERC000024">GSC MIxS water (ERC000024)</option>
+            <option value="ERC000025">GSC MIxS miscellaneous natural or artificial environment (ERC000025)</option>
+            <option value="ERC000027">ENA Micro B3 (ERC000027)</option>
+            <option value="ERC000028">ENA prokaryotic pathogen minimal sample checklist (ERC000028)</option>
+            <option value="ERC000029">ENA Global Microbial Identifier reporting standard checklist GMI_MDM:1.1 (ERC000029)</option>
+            <option value="ERC000030">ENA Tara Oceans (ERC000030)</option>
+            <option value="ERC000031">GSC MIxS built environment (ERC000031)</option>
+            <option value="ERC000032">ENA Influenza virus reporting standard checklist (ERC000032)</option>
+            <option value="ERC000033">ENA virus pathogen reporting standard checklist (ERC000033)</option>
+            <option value="ERC000034">ENA mutagenesis by carcinogen treatment checklist (ERC000034)</option>
+            <option value="ERC000035">ENA Crop Plant sample enhanced annotation checklist (ERC000035)</option>
+            <option value="ERC000036">ENA sewage checklist (ERC000036)</option>
+            <option value="ERC000037">ENA Plant Sample Checklist (ERC000037)</option>
+            <option value="ERC000038">ENA Shellfish Checklist (ERC000038)</option>
+            <option value="ERC000039">ENA parasite sample checklist (ERC000039)</option>
+            <option value="ERC000040">ENA UniEuk_EukBank Checklist (ERC000040)</option>
+            <option value="ERC000041">ENA Global Microbial Identifier Proficiency Test (GMI PT) checklist (ERC000041)</option>
+            <option value="ERC000043">ENA Marine Microalgae Checklist (ERC000043)</option>
+            <option value="ERC000044">COMPARE-ECDC-EFSA pilot human-associated reporting standard (ERC000044)</option>
+            <option value="ERC000045">COMPARE-ECDC-EFSA pilot food-associated reporting standard (ERC000045)</option>
+            <option value="ERC000047">GSC MIMAGS (ERC000047)</option>
+            <option value="ERC000048">GSC MISAGS (ERC000048)</option>
+            <option value="ERC000049">GSC MIUVIGS (ERC000049)</option>
+            <option value="ERC000050">ENA binned metagenome (ERC000050)</option>
+            <option value="ERC000051">PDX Checklist (ERC000051)</option>
+            <option value="ERC000052">HoloFood Checklist (ERC000052)</option>
+            <option value="ERC000053">Tree of Life Checklist (ERC000053)</option>
+        </param>
+    </xml>
+    <xml name="test_submit_section">
+        <section name="test_submit_parameters" expanded="true" title="Testing options">
+            <param name="submit_dev" type="boolean" truevalue="true" falsevalue="false" label="Submit to test ENA server?" help="By selecting yes the reads will be submitted to the ENA test server. Uploads to test platform will not be public and will be removed in 24hrs. Performing a preliminary test upload is advised to check for errors with metadata structure. You can find the uploads to the test platform at https://wwwdev.ebi.ac.uk/ena/" />
+            <param name="dry_run" type="boolean" truevalue="true" falsevalue="false" label="Print the tables but do not submit the datasets" help="If yes is selected then NO submission will be performed."/>
+        </section>
+    </xml>
+    <xml name="run_inputs_macro">
+        <conditional name="run_input_format_conditional">
+            <param name="run_input_format" type="select" label="Select runs input format">
+                <option value="multiple_selection_list" selected="True">Select individual datasets or datasets collection</option>
+                <option value="paired_list" selected="False">Input from a paired collection</option>
+            </param>
+            <when value="multiple_selection_list">
+                <param name="add_extension" type="boolean" checked="False" label="Add .fastq.(gz,.bz2) extension to the Galaxy dataset names to match the ones described in the input tables?"/>
+                <param name="data" type="data" format="fastq,fastqsanger,fastqsanger.gz,fastqsanger.bz2,fastq.gz,fastq.bz2" multiple="true" label="Select individual datasets or a dataset collection" help="Names should match the compressed run's files names defined in the metadata"/>
+            </when>
+            <when value="paired_list">
+                <param name="paired_end_collection" collection_type="list:paired" type="data_collection" format="fastq,fastqsanger,fastqsanger.gz,fastqsanger.bz2,fastq.gz,fastq.bz2" label="List of paired-end runs files" help="Names should match the compressed run's files names defined in the metadata" />
+            </when>
+        </conditional>
+    </xml>
+    <xml name="table_inputs_macro">
+        <conditional name="input_format_conditional">
+            <param name="input_format" type="select" label="Would you like to submit pregenerated table files or interactively define the input structures?">
+                <option value="excel_tables" selected="True">User generated metadata tables based on Excel templates</option>
+                <option value="build_tables" selected="False">Interactive generation of the study structure (recommended for small studies)</option>
+                <option value="user_generated_tables" selected="False">User generated tabular files (studies - samples - experiments - runs) </option>
+            </param>
+            <when value="excel_tables">
+                <!--<param name="viral_submission" type="boolean" label="Does your submission data belong to a viral sample?" help="If you select yes then your data will be submitted using the ENA virus pathogen reporting standard checklist (see: https://ena-browser-docs.readthedocs.io/en/latest/help_and_guides/sars-cov-2-submissions.html)" />-->
+                <expand macro="checklist_input_macro"/>
+                <param name="xlsx_file" type="data" format="xlsx" label="Select Excel (xlsx) file based on templates" />
+                <expand macro="run_inputs_macro" />
+            </when>
+            <when value="user_generated_tables">
+                <!--<param name="viral_submission" type="boolean" label="Does your submission data belong to a viral sample?" help="If you select yes then your data will be submitted using the ENA virus pathogen reporting standard checklist (see: https://ena-browser-docs.readthedocs.io/en/latest/help_and_guides/sars-cov-2-submissions.html)" />-->
+                <expand macro="checklist_input_macro"/>
+                <expand macro="run_inputs_macro" />
+                <param name="studies_users_table" type="data" format="tabular" multiple="false" label="Studies table" help="Studies metadata file"/>
+                <param name="samples_users_table" type="data" format="tabular" multiple="false" label="Samples table" help="Samples metadata file"/>
+                <param name="experiments_users_table" type="data" format="tabular" multiple="false" label="Experiments table" help="Experiments metadata file"/>
+                <param name="runs_users_table" type="data" format="tabular" multiple="false" label="Runs table" help="Runs metadata file"/>
+            </when>
+            <when value="build_tables">
+                <param name="add_extension" type="boolean" checked="false" label="Add .fastq.(gz.bz2) extension to the Galaxy dataset names to match the ones described in the input tables?"/>
+                <conditional name="conditional_viral_metadata">
+                    <param name="viral_sample" type="boolean" truevalue="true" falsevalue="false" label="Does your submission contains viral samples?" />
+                    <when value="true">
+                        <expand macro="viral_samples" />
+                    </when>
+                    <when value="false">
+                        <expand macro="nonviral_samples" />
+                    </when>
+                </conditional>
+            </when>
+        </conditional>
+        <param name="center" type="text" optional="False" label="Affiliation center"/>
+    </xml>
+    <xml name="viral_samples">
+        <repeat name="rep_study" title="Study" min="1">
+            <param name="study_title" type="text" optional="False" label="Please provide a short descriptive title for the study"/>
+            <param name="study_abstract" type="text" optional="True" label="Please provide an abstract to describe the study in detail"/>
+            <param name="study_type" type="select" label="Please select the type of study">
+                    <options from_data_table="study_type">
+                        <column name="value" index="0"/>
+                    </options>
+            </param>
+            <param name="study_pubmed_id" type="text" optional="True" value="" label="Please provide the PubMed id if exists (or leave it blank)"/>
+            <repeat name="rep_sample" title="Samples associated with this study" min="1" >
+                <param name="sample_title" type="text" label="Sample title"/>
+                <param name="sample_description" type="text" help="e.g: liver cells" label="Describe the type of sample"/>
+                <param name="scientific_name" type="text" label="Enter the species of the sample" help="e.g Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2"/>
+                <param name="tax_id" type="text" label="Enter the taxonomic ID corresponding to the sample species" />
+                <param name="collection_date" type="text" label="Collection date" optional="True" help="options are: YYYY, YYYY-MM, YYYY-MM-DD, not collected, restricted access or not provided">
+                    <option value="not collected">not collected</option>
+                    <option value="restricted access">restricted access</option>
+                    <option value="not provided">not provided</option>
+                    <validator type="regex"  message="Data format is not valid">(^[0-9]{4}(-[0-9]{2}(-[0-9]{2}(T[0-9]{2}:[0-9]{2}(:[0-9]{2})?Z?([+-][0-9]{1,2})?)?)?)?(/[0-9]{4}(-[0-9]{2}(-[0-9]{2}(T[0-9]{2}:[0-9]{2}(:[0-9]{2})?Z?([+-][0-9]{1,2})?)?)?)?)?$)|(^not collected$)|(^not provided$)|(^restricted access$)</validator>
+                </param>
+                <param name="geo_location_country" type="select" label="Select the country where the sample was obtained">
+                    <options from_data_table="geographic_location_1">
+                        <column name="value" index="0"/>
+                    </options>
+                </param>
+                <param name="host_common_name" type="text" label="Host common name" help="e.g human"/>
+                <param name="host_subject_id" type="text" label="Host subject id"/>
+                <param name="host_health_state" type="select" label="Host health state">
+                    <options from_data_table="host_health_state_1">
+                        <column name="value" index="0"/>
+                    </options>
+                </param>
+                <param name="host_sex" type="select" label="Host sex">
+                    <options from_data_table="host_sex_1">
+                        <column name="value" index="0"/>
+                    </options>
+                </param>
+                <param name="host_scientific_name" type="text" label="Host scientific name" help="e.g Homo sapiens"/>
+                <param name="collector_name" type="text" label="Collector name" help="Leave blank if unknown"/>
+                <param name="collecting_institution" type="text" label="Collecting institution"/>
+                <param name="isolate" type="text" label="Isolate"/>
+                <repeat name="rep_experiment" title="Sequencing experiments performed with this sample" min="1" >
+                    <param name="experiment_title" type="text" label="Specify an experiment title" />
+                    <param name="experiment_design" type="text" label="Describe the experiment design" />
+                    <param name="library_strategy" type="select" label="Library strategy" help="The library strategy specifies the sequencing technique intended for this library">
+                        <options from_data_table="library_strategy">
+                            <column name="value" index="0"/>
+                        </options>
+                    </param>
+                    <param name="library_source" type="select" label="Select library source" help="The library source specifies the type of source material that is being sequenced">
+                        <options from_data_table="library_source">
+                            <column name="value" index="0"/>
+                        </options>
+                    </param>
+                    <param name="library_selection" type="select" label="Library selection" help="The library selection specifies whether any method was used to select for or against, enrich, or screen the material being sequenced">
+                        <options from_data_table="library_selection">
+                            <column name="value" index="0"/>
+                        </options>
+                    </param>
+                    <param name="library_layout" type="select" label="Library layout">
+                        <options from_data_table="library_layout">
+                            <column name="value" index="0"/>
+                        </options>
+                    </param>
+                    <param name="insert_size" type="integer" value="0" label="Specify the insert size"/>
+                    <param name="library_construction_protocol" type="text" label="Please describe the library construction protocol"/>
+                    <param name="platform" type="select" label="Select the sequencing platform used">
+                        <option value="LS454">LS454</option>
+                        <option value="ILLUMINA">Illumina</option>
+                        <option value="HELICOS">Helicos</option>
+                        <option value="ABI_SOLID">ABI Solid</option>
+                        <option value="COMPLETE_GENOMICS">Complete Genomics</option>
+                        <option value="BGISEQ">BGI Seq</option>
+                        <option value="OXFORD_NANOPORE">Oxford Nanopore</option>
+                        <option value="PACBIO_SMRT">PacBio</option>
+                        <option value="ION_TORRENT">Ion Torrent</option>
+                        <option value="CAPILLARY">Capillary sequencing</option>
+                    </param>
+                    <param name="instrument_model" type="select" label="Instrument model">
+                        <options from_data_table="instrument_model">
+                            <column name="value" index="0"/>
+                        </options>
+                    </param>
+                    <repeat name="rep_runs" title="Runs executed within this experiment" min="1" >
+                        <param name="run_base_name" type="text" optional="False" value="" label="Run alias" help="If an alias is not provided it will be generated combining the sample and experiment indexes"/>
+                        <param name="upload_files" type="data" format="fastq,fastqsanger,fastqsanger.gz,fastqsanger.bz2,fastq.gz,fastq.bz2" multiple="true" label="File(s) associated with this run"/>
+                    </repeat>
+                </repeat>
+            </repeat>
+        </repeat>
+    </xml>
+    <xml name="nonviral_samples">
+    <repeat name="rep_study" title="Study" min="1">
+        <param name="study_title" type="text" optional="False" label="Please provide a short descriptive title for the study"/>
+        <param name="study_abstract" type="text" optional="True" label="Please provide an abstract to describe the study in detail"/>
+        <param name="study_type" type="select" label="Please select the type of study">
+                <options from_data_table="study_type">
+                    <column name="value" index="0"/>
+                </options>
+        </param>
+        <param name="study_pubmed_id" type="text" optional="True" value="" label="Please provide the PubMed id if exists (or leave it blank)"/>
+        <repeat name="rep_sample" title="Samples associated with this study" min="1" >
+            <param name="sample_title" type="text" label="Sample title"/>
+            <param name="sample_description" type="text" help="e.g: liver cells" label="Describe the type of sample"/>
+            <param name="scientific_name" type="text" label="Enter the species of the sample" help="e.g Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2"/>
+            <param name="tax_id" type="text" label="Enter the taxonomic ID corresponding to the sample species" />
+            <repeat name="rep_experiment" title="Sequencing experiments performed with this sample" min="1" >
+                <param name="experiment_title" type="text" label="Specify an experiment title" />
+                <param name="experiment_design" type="text" label="Describe the experiment design" />
+                <param name="library_strategy" type="select" label="Library strategy" help="The library strategy specifies the sequencing technique intended for this library">
+                    <options from_data_table="library_strategy">
+                        <column name="value" index="0"/>
+                    </options>
+                </param>
+                <param name="library_source" type="select" label="Select library source" help="The library source specifies the type of source material that is being sequenced">
+                    <options from_data_table="library_source">
+                        <column name="value" index="0"/>
+                    </options>
+                </param>
+                <param name="library_selection" type="select" label="Library selection" help="The library selection specifies whether any method was used to select for or against, enrich, or screen the material being sequenced">
+                    <options from_data_table="library_selection">
+                        <column name="value" index="0"/>
+                    </options>
+                </param>
+                <param name="library_layout" type="select" label="Library layout">
+                    <options from_data_table="library_layout">
+                        <column name="value" index="0"/>
+                    </options>
+                </param>
+                <param name="insert_size" type="integer" value="0" label="Specify the insert size"/>
+                <param name="library_construction_protocol" type="text" label="Please describe the library construction protocol"/>
+                <param name="platform" type="select" label="Select the sequencing platform used">
+                    <option value="LS454">LS454</option>
+                    <option value="ILLUMINA" selected="True">Illumina</option>
+                    <option value="HELICOS">Helicos</option>
+                    <option value="ABI_SOLID">ABI Solid</option>
+                    <option value="COMPLETE_GENOMICS">Complete Genomics</option>
+                    <option value="BGISEQ">BGI Seq</option>
+                    <option value="OXFORD_NANOPORE">Oxford Nanopore</option>
+                    <option value="PACBIO_SMRT">PacBio</option>
+                    <option value="ION_TORRENT">Ion Torrent</option>
+                    <option value="CAPILLARY">Capillary sequencing</option>
+                </param>
+                <param name="instrument_model" type="select" label="Instrument model">
+                    <options from_data_table="instrument_model">
+                        <column name="value" index="0"/>
+                    </options>
+                </param>
+                <repeat name="rep_runs" title="Runs executed within this experiment" min="1" >
+                    <param name="run_base_name" type="text" optional="False" value="" label="Run alias" help="If an alias is not provided it will be generated combining the sample and experiment indexes"/>
+                    <param name="upload_files" type="data" format="fastq,fastqsanger,fastqsanger.gz,fastqsanger.bz2,fastq.gz,fastq.bz2" multiple="true" label="File(s) associated with this run"/>
+                </repeat>
+            </repeat>
+        </repeat>
+    </repeat>
+    </xml>
+</macros>
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Binary file test-data/1.fastqsanger.gz has changed
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+RANDOM PCR
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+<!-- Paths are relative to the value of `tool_data_path` in galaxy.ini -->
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