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changeset 1:7a889f2f2e15 draft default tip

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"planemo upload for repository https://github.com/ImmPortDB/immport-galaxy-tools/tree/master/flowtools/flowclr_summary commit ce895377ed593ace77016bd019a7998e13e470cc"
author azomics
date Mon, 22 Jun 2020 19:55:57 -0400
parents 479ff3a9023c
children
files flowclr_summary/flowclrstats.py flowclr_summary/flowclrstats.xml flowclr_summary/test-data/input.flowclr flowclr_summary/test-data/out.tabular flowclr_summary/test-data/report.tabular flowclrstats.py flowclrstats.xml test-data/input.flowclr test-data/out.tabular test-data/report.tabular
diffstat 10 files changed, 2302 insertions(+), 2301 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- a/flowclr_summary/flowclrstats.py	Mon Feb 27 12:57:41 2017 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,58 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env python
-
-######################################################################
-#                  Copyright (c) 2016 Northrop Grumman.
-#                          All rights reserved.
-######################################################################
-
-from __future__ import print_function
-import sys
-from argparse import ArgumentParser
-import pandas as pd
-
-
-def get_FLOCK_stats(input_file, output_file, out_file2):
-    df = pd.read_table(input_file)
-    summary = df.groupby('Population').describe().round(1)
-    counts = df['Population'].value_counts()
-    percent = (df['Population'].value_counts(normalize=True) * 100).round(decimals=2)
-    tot_count = len(df['Population'])
-
-    to_rm = summary.loc(axis=0)[:, ['count']].index.tolist()
-    df1 = summary[~summary.index.isin(to_rm)]
-    df1.to_csv(out_file2, sep="\t")
-
-    with open(output_file, "w") as outf:
-        outf.write("Population\tCount\tPercentage\n")
-        for pops in set(df.Population):
-            outf.write("\t".join([str(pops), str(counts.loc[pops]), str(percent.loc[pops])]) + "\n")
-        outf.write("Total\t" + str(tot_count) + "\t \n")
-    return
-
-
-if __name__ == '__main__':
-    parser = ArgumentParser(
-            prog="flowstats",
-            description="Gets statistics on FLOCK run")
-
-    parser.add_argument(
-          '-i',
-          dest="input_file",
-          required=True,
-          help="File locations for flow clr file.")
-
-    parser.add_argument(
-          '-o',
-          dest="out_file",
-          required=True,
-          help="Path to the directory for the output file.")
-
-    parser.add_argument(
-          '-p',
-          dest="out_file2",
-          required=True,
-          help="Path to the directory for the output file.")
-    args = parser.parse_args()
-
-    get_FLOCK_stats(args.input_file, args.out_file, args.out_file2)
-    sys.exit(0)
--- a/flowclr_summary/flowclrstats.xml	Mon Feb 27 12:57:41 2017 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,80 +0,0 @@
-<tool id="flowclr_stats" name="Generate summary statistics" version="1.0">
-  <description>of FLOCK output</description>
-  <requirements>
-    <requirement type="package" version="0.16.0">scipy</requirement>
-    <requirement type="package" version="0.17.1">pandas</requirement>
-  </requirements>
-  <stdio>
-    <exit_code range="1:" />
-  </stdio>
-  <command><![CDATA[
-    python $__tool_directory__/flowclrstats.py -i "${input}" -p "${output}" -o "${report}"
- ]]>
-  </command>
-  <inputs>
-    <param format="flowclr" name="input" type="data" collection_type="list" label="FLOCK file"/>
-  </inputs>
-  <outputs>
-    <data format="tabular" name="output" label="Summary statistics of ${input.name}"/>
-    <data format="tabular" name="report" label="Population report of ${input.name}"/>
-  </outputs>
-  <tests>
-    <test>
-      <param name="input" value="input.flowclr"/>
-      <output name="output" file="out.tabular" />
-      <output name="report" file="report.tabular" />
-    </test>
-  </tests>
-  <help><![CDATA[
-   This tool generates summary statistics on FLOCK output.
-
------
-
-**Input**
-
-Any flowclr file, output from FLOCK or Cross Sample, containing fluorescence intensity value par marker and assigned population.
-
-**Output**
-
-This tool produces two reports. One indicates the population distribution in the input file, the other gives descriptive summary statistics per population and marker.
-
------
-
-**Example**
-
-*Input* - fluorescence intensities per marker per event::
-
-   Marker1 Marker2 Marker3 Population
-   33      47      11      1
-   31      64      11      6
-   21      62      99      2
-   14      34      60      7
-
-*Output* - Summary statistics::
-
-   Population .    Marker1 Marker2 ...
-   1          mean 188.7   71.7    ...
-   1          std  49.6    40.2    ...
-   1          min  107.0   0.0     ...
-   1          25%  149.0   40.0    ...
-   1          50%  183.0   77.0    ...
-   1          75%  222.0   105.0   ...
-   1          max  379.0   147.0   ...
-   2          mean 36.8    186.5   ...
-   2          std  40.6    50.5    ...
-   2          min  0.0     119.0   ...
-   2          25%  0.0     150.0   ...
-   2          50%  20.0    174.0   ...
-   2          75%  73.0    208.0   ...
-   2          max  124.0   433.0   ...
-
-*Output* - Population report::
-
-   Population Count Percentage
-   1          3866  43.92
-   2          2772  31.50
-   3          2163  24.58
-   Total      8801
-]]>
-  </help>
-</tool>
--- a/flowclr_summary/test-data/input.flowclr	Mon Feb 27 12:57:41 2017 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,2000 +0,0 @@
-FSC	SSC	CD4	CCR3	CD8	CCR7	Population
-331	143	550	85	24	124	10
-359	290	240	313	256	277	12
-261	107	10	93	0	4	5
-431	216	109	55	604	193	6
-417	144	560	77	207	10	10
-371	94	513	0	0	312	2
-765	1023	173	276	185	233	25
-620	1023	165	229	245	287	21
-362	196	54	108	317	228	12
-410	142	520	215	35	277	18
-282	166	6	0	5	97	5
-333	125	509	153	54	137	1
-364	109	514	0	144	109	10
-587	306	358	236	174	230	22
-286	114	46	0	18	112	5
-735	1023	201	284	223	175	25
-330	76	479	21	4	45	10
-667	938	127	193	286	146	21
-376	92	560	194	0	26	1
-459	743	114	203	194	219	21
-388	135	518	141	33	138	18
-554	1023	0	163	150	141	21
-397	123	524	224	151	145	18
-592	219	69	124	617	302	6
-985	1023	421	292	257	220	26
-398	193	23	91	609	162	6
-319	98	516	205	59	58	1
-352	92	545	70	172	333	2
-346	88	82	84	196	98	5
-468	191	539	134	124	132	18
-644	1023	158	242	257	123	21
-334	183	0	145	570	280	6
-382	101	522	151	0	117	1
-433	172	64	0	614	166	6
-344	138	553	81	0	68	10
-370	171	145	24	579	303	6
-282	159	0	101	514	169	6
-650	983	150	281	217	281	25
-616	1023	124	212	258	181	21
-337	160	10	37	610	297	6
-315	58	512	128	0	48	1
-1023	1023	258	386	352	342	26
-455	107	551	183	0	235	18
-800	1023	239	284	288	280	25
-344	129	41	0	185	40	5
-583	820	154	239	202	135	21
-376	146	105	90	627	206	6
-634	1023	97	138	235	183	21
-350	104	548	51	0	116	10
-604	987	203	256	188	247	21
-353	160	38	173	630	225	6
-361	135	505	132	186	236	18
-304	105	494	0	0	144	2
-285	99	82	0	35	118	5
-301	87	0	0	611	300	6
-575	895	149	252	212	99	21
-685	1023	81	283	235	87	21
-262	138	3	73	31	107	5
-637	1023	148	174	244	203	21
-355	124	100	75	632	179	6
-372	125	528	15	0	55	10
-970	1023	212	249	303	282	26
-557	854	136	192	106	202	21
-400	200	0	58	0	108	5
-1023	1023	541	714	391	495	19
-606	1023	359	459	356	417	23
-385	208	109	39	566	279	6
-367	196	48	179	205	153	12
-322	66	74	114	548	275	6
-814	1023	215	243	240	226	25
-379	167	63	142	617	303	6
-419	268	562	49	0	200	2
-426	187	160	123	549	185	6
-416	212	68	67	10	83	5
-354	107	532	71	59	272	2
-437	232	562	0	210	130	2
-421	230	159	177	393	257	12
-365	202	55	0	537	181	6
-315	104	505	88	0	118	10
-406	160	550	128	70	108	1
-598	1023	140	256	234	258	21
-346	102	515	0	92	84	10
-626	276	399	170	227	141	24
-319	72	546	0	0	73	10
-513	83	534	48	62	215	2
-365	124	505	0	0	126	10
-322	115	527	0	75	70	10
-347	97	495	259	149	107	1
-612	347	483	189	165	185	24
-394	133	75	0	620	225	6
-597	1023	102	135	222	260	21
-479	276	645	65	89	92	10
-652	1023	123	0	219	247	21
-419	158	101	102	583	240	6
-310	134	108	207	0	26	5
-470	1023	374	475	433	480	23
-354	124	378	0	0	197	2
-656	960	180	193	246	179	21
-699	941	213	266	293	172	25
-720	1023	145	295	215	340	25
-577	859	90	237	149	83	21
-455	95	527	139	0	276	18
-578	1023	347	465	307	431	23
-780	853	198	256	230	270	25
-360	98	543	0	62	182	2
-388	181	0	83	591	176	6
-749	1023	204	271	260	263	25
-735	418	510	74	113	232	22
-766	1023	347	411	384	191	25
-440	144	203	136	619	334	6
-378	181	520	81	120	155	2
-386	152	502	225	1	133	18
-732	501	493	156	228	199	24
-359	73	492	52	0	50	10
-324	102	505	126	0	73	1
-790	1023	256	318	318	176	25
-399	153	359	106	25	42	15
-350	162	6	132	586	215	6
-528	948	43	222	192	155	21
-408	113	545	183	210	104	1
-595	885	136	156	236	131	21
-329	118	0	24	574	198	6
-404	136	534	207	44	123	1
-319	172	79	0	0	185	5
-349	126	529	174	118	246	18
-594	1023	154	287	261	125	21
-344	148	65	155	646	279	6
-400	154	286	0	141	125	15
-442	219	574	51	136	222	2
-406	193	108	173	669	348	6
-295	128	78	0	37	96	5
-394	133	545	200	17	209	18
-339	130	123	132	616	288	6
-377	123	39	203	468	238	6
-382	145	506	0	27	110	10
-616	1023	111	248	225	212	21
-622	1023	136	195	260	200	21
-725	1023	127	258	233	144	25
-365	132	551	0	96	146	2
-355	148	519	75	9	153	2
-299	129	0	57	621	289	6
-349	140	14	0	604	249	6
-349	133	531	117	38	225	18
-360	153	81	132	596	193	6
-522	249	355	237	178	203	22
-328	122	502	0	24	93	10
-318	92	448	112	22	193	2
-388	168	124	3	574	127	6
-369	129	569	145	18	30	1
-902	1023	190	262	316	406	26
-743	290	247	243	164	94	24
-334	139	48	95	631	232	6
-710	415	421	123	237	257	22
-391	146	45	162	631	300	6
-360	127	158	37	657	187	6
-371	153	513	0	64	97	10
-424	116	543	75	0	45	10
-378	151	71	10	628	200	6
-354	108	534	0	0	180	2
-516	925	0	258	242	95	21
-364	70	476	240	0	183	18
-663	965	235	215	117	121	21
-537	1023	356	445	384	408	23
-302	141	140	214	4	227	12
-275	122	7	5	69	149	5
-365	161	519	135	73	21	1
-436	177	112	213	115	108	12
-343	124	507	0	180	51	10
-262	49	370	76	0	145	15
-659	1023	156	228	233	197	21
-476	200	560	86	2	299	2
-368	117	537	0	159	73	10
-347	94	507	191	237	0	1
-616	1023	77	252	239	193	21
-675	1023	224	235	272	291	25
-1023	1023	331	424	407	399	26
-853	489	446	314	232	167	24
-345	108	524	55	40	179	2
-740	1023	184	293	239	224	25
-839	1023	206	147	257	257	25
-323	99	488	137	0	0	1
-299	120	70	0	0	114	5
-352	118	520	197	137	107	1
-1023	1023	340	443	403	386	26
-538	1023	339	477	324	354	23
-386	153	563	25	82	306	2
-772	1023	152	310	205	237	25
-464	365	119	132	634	174	6
-899	1023	426	810	395	544	19
-346	158	544	0	39	150	2
-686	1023	274	284	136	252	25
-357	171	99	0	0	57	5
-378	167	60	200	598	237	6
-354	122	532	237	78	268	18
-611	900	33	205	139	170	21
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-386	133	570	183	195	70	1
-768	1023	193	246	278	232	25
-410	169	106	135	157	175	12
-416	112	43	0	613	294	6
-627	1023	225	276	212	245	25
-350	104	68	0	623	193	6
-377	148	116	2	616	213	6
-650	980	161	77	216	173	21
-342	158	510	0	0	167	2
-561	1023	117	313	179	125	21
-331	176	497	172	0	141	1
--- a/flowclr_summary/test-data/out.tabular	Mon Feb 27 12:57:41 2017 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,141 +0,0 @@
-Population		CCR3	CCR7	CD4	CD8	FSC	SSC
-1	mean	179.5	73.3	522.9	54.7	361.5	121.0
-1	std	42.7	40.1	27.8	62.0	37.1	33.2
-1	min	112.0	0.0	444.0	0.0	262.0	58.0
-1	25%	146.2	42.5	505.0	0.0	334.0	99.0
-1	50%	173.5	79.5	526.0	32.0	359.5	114.5
-1	75%	209.2	106.8	543.0	94.8	385.8	139.0
-1	max	284.0	141.0	588.0	237.0	485.0	322.0
-2	mean	30.2	194.1	526.4	68.8	372.8	128.0
-2	std	38.3	52.8	31.7	71.5	43.8	37.6
-2	min	0.0	128.0	378.0	0.0	266.0	61.0
-2	25%	0.0	153.0	509.0	0.0	344.2	101.0
-2	50%	5.0	184.0	531.0	52.5	367.0	120.0
-2	75%	59.8	222.0	546.0	119.8	397.0	147.8
-2	max	118.0	385.0	596.0	332.0	513.0	303.0
-3	mean	33.0	303.0	532.0	532.0	383.0	184.0
-3	std						
-3	min	33.0	303.0	532.0	532.0	383.0	184.0
-3	25%	33.0	303.0	532.0	532.0	383.0	184.0
-3	50%	33.0	303.0	532.0	532.0	383.0	184.0
-3	75%	33.0	303.0	532.0	532.0	383.0	184.0
-3	max	33.0	303.0	532.0	532.0	383.0	184.0
-4	mean	182.5	384.0	50.0	86.0	380.5	234.0
-4	std	75.7	75.0	70.7	73.5	12.0	19.8
-4	min	129.0	331.0	0.0	34.0	372.0	220.0
-4	25%	155.8	357.5	25.0	60.0	376.2	227.0
-4	50%	182.5	384.0	50.0	86.0	380.5	234.0
-4	75%	209.2	410.5	75.0	112.0	384.8	241.0
-4	max	236.0	437.0	100.0	138.0	389.0	248.0
-5	mean	63.0	101.5	64.5	88.1	338.7	160.1
-5	std	63.5	62.5	46.9	84.6	47.1	55.4
-5	min	0.0	0.0	0.0	0.0	261.0	48.0
-5	25%	0.0	57.0	25.0	22.5	301.8	125.0
-5	50%	49.0	104.5	68.0	76.0	332.0	154.0
-5	75%	116.0	143.0	101.2	116.2	374.8	190.2
-5	max	224.0	272.0	196.0	408.0	439.0	560.0
-6	mean	84.7	243.3	70.2	608.5	375.5	153.2
-6	std	65.4	59.8	52.8	48.3	44.5	45.3
-6	min	0.0	2.0	0.0	354.0	262.0	53.0
-6	25%	17.0	212.0	28.0	591.0	350.0	129.0
-6	50%	93.0	252.0	65.0	619.0	376.0	151.0
-6	75%	137.0	287.0	108.0	640.0	398.0	176.0
-6	max	205.0	375.0	281.0	712.0	673.0	445.0
-7	mean	225.4	238.8	69.5	624.5	408.5	182.1
-7	std	21.0	65.3	44.9	55.2	33.3	56.1
-7	min	197.0	141.0	0.0	492.0	378.0	112.0
-7	25%	207.2	183.8	41.2	621.2	384.8	144.5
-7	50%	223.5	255.0	67.0	637.5	399.0	177.5
-7	75%	245.5	273.8	111.2	654.0	415.5	209.2
-7	max	252.0	347.0	126.0	680.0	481.0	299.0
-10	mean	23.1	67.7	521.7	49.8	356.6	118.1
-10	std	32.6	35.8	30.0	62.1	39.7	32.3
-10	min	0.0	0.0	424.0	0.0	261.0	50.0
-10	25%	0.0	41.0	506.0	0.0	330.0	100.0
-10	50%	0.0	72.0	522.0	25.0	354.0	116.0
-10	75%	43.5	94.5	541.5	87.0	382.0	137.0
-10	max	113.0	131.0	645.0	266.0	479.0	276.0
-12	mean	197.6	153.2	115.5	176.8	402.5	283.7
-12	std	56.3	87.1	59.2	104.4	63.4	157.1
-12	min	64.0	0.0	0.0	0.0	262.0	102.0
-12	25%	163.0	97.2	82.8	109.0	361.5	179.8
-12	50%	196.0	156.5	111.0	163.0	405.5	219.0
-12	75%	231.5	214.2	144.8	227.8	441.0	329.8
-12	max	333.0	350.0	295.0	393.0	590.0	679.0
-13	mean	405.0	291.0	348.0	312.0	470.0	425.0
-13	std						
-13	min	405.0	291.0	348.0	312.0	470.0	425.0
-13	25%	405.0	291.0	348.0	312.0	470.0	425.0
-13	50%	405.0	291.0	348.0	312.0	470.0	425.0
-13	75%	405.0	291.0	348.0	312.0	470.0	425.0
-13	max	405.0	291.0	348.0	312.0	470.0	425.0
-15	mean	71.0	130.6	305.4	72.7	374.9	129.7
-15	std	66.2	66.1	51.0	86.2	68.8	65.9
-15	min	0.0	0.0	215.0	0.0	262.0	40.0
-15	25%	13.0	95.0	269.0	0.0	331.5	81.5
-15	50%	52.0	141.0	305.0	47.0	369.0	109.0
-15	75%	104.0	180.0	338.5	124.5	406.5	156.5
-15	max	208.0	248.0	396.0	325.0	523.0	280.0
-16	mean	468.6	172.7	115.4	161.9	408.9	423.0
-16	std	66.1	69.5	59.7	36.0	65.6	154.3
-16	min	377.0	49.0	12.0	124.0	322.0	219.0
-16	25%	412.5	147.0	87.5	136.5	363.0	310.0
-16	50%	499.0	193.0	118.0	151.0	403.0	409.0
-16	75%	517.0	210.0	160.0	179.5	454.0	544.0
-16	max	545.0	253.0	183.0	226.0	503.0	625.0
-18	mean	188.0	204.9	527.7	57.2	390.3	132.1
-18	std	45.5	61.7	31.4	65.1	49.0	35.1
-18	min	116.0	131.0	410.0	0.0	262.0	57.0
-18	25%	150.0	158.0	508.0	0.0	361.0	109.0
-18	50%	184.0	183.0	532.0	35.0	385.0	128.0
-18	75%	218.0	241.0	549.5	98.0	417.5	148.5
-18	max	315.0	425.0	591.0	369.0	566.0	264.0
-19	mean	704.1	515.5	492.4	442.4	945.8	984.4
-19	std	170.2	118.9	109.8	136.5	89.4	139.2
-19	min	456.0	380.0	362.0	313.0	777.0	521.0
-19	25%	583.0	450.0	404.0	358.0	899.0	1023.0
-19	50%	751.0	481.0	467.0	395.0	968.0	1023.0
-19	75%	810.0	544.0	541.0	479.0	1023.0	1023.0
-19	max	1023.0	841.0	764.0	804.0	1023.0	1023.0
-21	mean	221.4	172.0	142.3	216.5	614.4	973.4
-21	std	53.6	65.3	49.4	43.4	58.1	74.6
-21	min	0.0	0.0	0.0	84.0	417.0	643.0
-21	25%	193.8	129.5	111.0	192.8	579.0	938.8
-21	50%	230.5	179.0	146.0	222.0	616.0	1023.0
-21	75%	256.0	224.0	173.0	246.0	651.2	1023.0
-21	max	328.0	304.0	311.0	320.0	776.0	1023.0
-22	mean	179.1	260.8	398.4	173.6	680.2	443.1
-22	std	84.5	39.3	57.3	60.4	76.1	96.1
-22	min	0.0	203.0	250.0	25.0	522.0	239.0
-22	25%	131.0	230.0	359.0	137.0	623.0	377.0
-22	50%	186.0	257.0	413.0	174.0	685.0	458.0
-22	75%	243.0	279.0	433.0	217.0	737.0	503.0
-22	max	387.0	388.0	550.0	295.0	855.0	607.0
-23	mean	482.7	423.5	339.7	362.9	546.7	1000.9
-23	std	58.4	37.5	41.5	61.4	89.7	56.3
-23	min	410.0	321.0	196.0	245.0	338.0	740.0
-23	25%	453.8	406.0	322.8	323.8	490.8	1023.0
-23	50%	468.0	434.5	347.5	357.0	554.5	1023.0
-23	75%	490.2	451.5	366.0	388.0	606.2	1023.0
-23	max	738.0	480.0	404.0	609.0	765.0	1023.0
-24	mean	180.9	145.2	401.3	175.7	679.4	404.8
-24	std	74.3	47.1	74.2	54.8	59.1	103.7
-24	min	0.0	25.0	215.0	0.0	568.0	182.0
-24	25%	156.0	118.0	383.0	144.0	634.0	329.0
-24	50%	189.0	141.0	401.0	180.0	675.0	394.0
-24	75%	229.0	187.0	428.0	217.0	707.0	476.0
-24	max	314.0	199.0	573.0	268.0	853.0	693.0
-25	mean	267.9	222.3	184.8	249.6	731.6	1009.3
-25	std	44.2	58.9	48.5	40.8	64.8	52.0
-25	min	147.0	22.0	45.0	107.0	595.0	487.0
-25	25%	243.8	190.0	157.0	226.0	683.0	1023.0
-25	50%	271.0	225.5	188.0	251.0	726.0	1023.0
-25	75%	289.5	263.0	213.0	275.5	774.0	1023.0
-25	max	463.0	384.0	372.0	384.0	917.0	1023.0
-26	mean	334.5	348.9	322.6	304.2	967.1	980.0
-26	std	60.8	75.1	88.2	45.8	63.1	109.3
-26	min	160.0	179.0	180.0	181.0	854.0	573.0
-26	25%	298.0	295.0	245.0	282.0	903.0	1023.0
-26	50%	331.0	346.0	300.0	303.0	995.0	1023.0
-26	75%	370.0	399.0	401.0	340.0	1023.0	1023.0
-26	max	478.0	499.0	513.0	407.0	1023.0	1023.0
--- a/flowclr_summary/test-data/report.tabular	Mon Feb 27 12:57:41 2017 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,22 +0,0 @@
-Population	Count	Percentage
-1	194	9.7
-2	194	9.7
-3	1	0.05
-4	2	0.1
-5	140	7.0
-6	309	15.46
-7	10	0.5
-10	187	9.35
-12	72	3.6
-13	1	0.05
-15	23	1.15
-16	7	0.35
-18	151	7.55
-19	13	0.65
-21	292	14.61
-22	53	2.65
-23	36	1.8
-24	41	2.05
-25	232	11.61
-26	41	2.05
-Total	1999	 
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/flowclrstats.py	Mon Jun 22 19:55:57 2020 -0400
@@ -0,0 +1,56 @@
+#!/usr/bin/env python
+
+######################################################################
+#                  Copyright (c) 2016 Northrop Grumman.
+#                          All rights reserved.
+######################################################################
+
+from __future__ import print_function
+from argparse import ArgumentParser
+import pandas as pd
+
+
+def get_FLOCK_stats(input_file, output_file, out_file2):
+    df = pd.read_table(input_file)
+    summary = df.groupby('Population').describe().round(1)
+    counts = df['Population'].value_counts()
+    percent = (df['Population'].value_counts(normalize=True) * 100).round(decimals=2)
+    tot_count = len(df['Population'])
+
+    to_rm = summary.loc(axis=0)[:, ['count']].index.tolist()
+    df1 = summary[~summary.index.isin(to_rm)]
+    df1.to_csv(out_file2, sep="\t")
+
+    with open(output_file, "w") as outf:
+        outf.write("Population\tCount\tPercentage\n")
+        for pops in set(df.Population):
+            outf.write("\t".join([str(pops), str(counts.loc[pops]), str(percent.loc[pops])]) + "\n")
+        outf.write("Total\t" + str(tot_count) + "\t \n")
+    return
+
+
+if __name__ == '__main__':
+    parser = ArgumentParser(
+            prog="flowstats",
+            description="Gets statistics on FLOCK run")
+
+    parser.add_argument(
+          '-i',
+          dest="input_file",
+          required=True,
+          help="File locations for flow clr file.")
+
+    parser.add_argument(
+          '-o',
+          dest="out_file",
+          required=True,
+          help="Path to the directory for the output file.")
+
+    parser.add_argument(
+          '-p',
+          dest="out_file2",
+          required=True,
+          help="Path to the directory for the output file.")
+    args = parser.parse_args()
+
+    get_FLOCK_stats(args.input_file, args.out_file, args.out_file2)
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/flowclrstats.xml	Mon Jun 22 19:55:57 2020 -0400
@@ -0,0 +1,83 @@
+<tool id="flowclr_stats" name="Generate summary statistics" version="1.0+galaxy0">
+  <description>of FLOCK output</description>
+  <requirements>
+    <requirement type="package" version="0.17.1">pandas</requirement>
+  </requirements>
+  <stdio>
+    <exit_code range="1:" />
+  </stdio>
+  <command><![CDATA[
+    python $__tool_directory__/flowclrstats.py -i '${input}' -p '${output}' -o '${report}'
+ ]]>
+  </command>
+  <inputs>
+    <param format="flowclr" name="input" type="data" collection_type="list" label="FLOCK file"/>
+  </inputs>
+  <outputs>
+    <data format="tabular" name="output" label="Summary statistics of ${input.name}"/>
+    <data format="tabular" name="report" label="Population report of ${input.name}"/>
+  </outputs>
+  <tests>
+    <test>
+      <param name="input" value="input.flowclr"/>
+      <output name="output" file="out.tabular" />
+      <output name="report" file="report.tabular" />
+    </test>
+  </tests>
+  <help><![CDATA[
+   This tool generates summary statistics on FLOCK output.
+
+-----
+
+**Input**
+
+Any flowclr file, output from FLOCK or Cross Sample, containing fluorescence intensity value par marker and assigned population.
+
+**Output**
+
+This tool produces two reports. One indicates the population distribution in the input file, the other gives descriptive summary statistics per population and marker.
+
+-----
+
+**Example**
+
+*Input* - fluorescence intensities per marker per event::
+
+   Marker1 Marker2 Marker3 ... Population
+   33      47      11      ... 1
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+365	96	538	0	0	119	10
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+561	1023	117	313	179	125	21
+331	176	497	172	0	141	1
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/out.tabular	Mon Jun 22 19:55:57 2020 -0400
@@ -0,0 +1,141 @@
+Population		CCR3	CCR7	CD4	CD8	FSC	SSC
+1	mean	179.5	73.3	522.9	54.7	361.5	121.0
+1	std	42.7	40.1	27.8	62.0	37.1	33.2
+1	min	112.0	0.0	444.0	0.0	262.0	58.0
+1	25%	146.2	42.5	505.0	0.0	334.0	99.0
+1	50%	173.5	79.5	526.0	32.0	359.5	114.5
+1	75%	209.2	106.8	543.0	94.8	385.8	139.0
+1	max	284.0	141.0	588.0	237.0	485.0	322.0
+2	mean	30.2	194.1	526.4	68.8	372.8	128.0
+2	std	38.3	52.8	31.7	71.5	43.8	37.6
+2	min	0.0	128.0	378.0	0.0	266.0	61.0
+2	25%	0.0	153.0	509.0	0.0	344.2	101.0
+2	50%	5.0	184.0	531.0	52.5	367.0	120.0
+2	75%	59.8	222.0	546.0	119.8	397.0	147.8
+2	max	118.0	385.0	596.0	332.0	513.0	303.0
+3	mean	33.0	303.0	532.0	532.0	383.0	184.0
+3	std						
+3	min	33.0	303.0	532.0	532.0	383.0	184.0
+3	25%	33.0	303.0	532.0	532.0	383.0	184.0
+3	50%	33.0	303.0	532.0	532.0	383.0	184.0
+3	75%	33.0	303.0	532.0	532.0	383.0	184.0
+3	max	33.0	303.0	532.0	532.0	383.0	184.0
+4	mean	182.5	384.0	50.0	86.0	380.5	234.0
+4	std	75.7	75.0	70.7	73.5	12.0	19.8
+4	min	129.0	331.0	0.0	34.0	372.0	220.0
+4	25%	155.8	357.5	25.0	60.0	376.2	227.0
+4	50%	182.5	384.0	50.0	86.0	380.5	234.0
+4	75%	209.2	410.5	75.0	112.0	384.8	241.0
+4	max	236.0	437.0	100.0	138.0	389.0	248.0
+5	mean	63.0	101.5	64.5	88.1	338.7	160.1
+5	std	63.5	62.5	46.9	84.6	47.1	55.4
+5	min	0.0	0.0	0.0	0.0	261.0	48.0
+5	25%	0.0	57.0	25.0	22.5	301.8	125.0
+5	50%	49.0	104.5	68.0	76.0	332.0	154.0
+5	75%	116.0	143.0	101.2	116.2	374.8	190.2
+5	max	224.0	272.0	196.0	408.0	439.0	560.0
+6	mean	84.7	243.3	70.2	608.5	375.5	153.2
+6	std	65.4	59.8	52.8	48.3	44.5	45.3
+6	min	0.0	2.0	0.0	354.0	262.0	53.0
+6	25%	17.0	212.0	28.0	591.0	350.0	129.0
+6	50%	93.0	252.0	65.0	619.0	376.0	151.0
+6	75%	137.0	287.0	108.0	640.0	398.0	176.0
+6	max	205.0	375.0	281.0	712.0	673.0	445.0
+7	mean	225.4	238.8	69.5	624.5	408.5	182.1
+7	std	21.0	65.3	44.9	55.2	33.3	56.1
+7	min	197.0	141.0	0.0	492.0	378.0	112.0
+7	25%	207.2	183.8	41.2	621.2	384.8	144.5
+7	50%	223.5	255.0	67.0	637.5	399.0	177.5
+7	75%	245.5	273.8	111.2	654.0	415.5	209.2
+7	max	252.0	347.0	126.0	680.0	481.0	299.0
+10	mean	23.1	67.7	521.7	49.8	356.6	118.1
+10	std	32.6	35.8	30.0	62.1	39.7	32.3
+10	min	0.0	0.0	424.0	0.0	261.0	50.0
+10	25%	0.0	41.0	506.0	0.0	330.0	100.0
+10	50%	0.0	72.0	522.0	25.0	354.0	116.0
+10	75%	43.5	94.5	541.5	87.0	382.0	137.0
+10	max	113.0	131.0	645.0	266.0	479.0	276.0
+12	mean	197.6	153.2	115.5	176.8	402.5	283.7
+12	std	56.3	87.1	59.2	104.4	63.4	157.1
+12	min	64.0	0.0	0.0	0.0	262.0	102.0
+12	25%	163.0	97.2	82.8	109.0	361.5	179.8
+12	50%	196.0	156.5	111.0	163.0	405.5	219.0
+12	75%	231.5	214.2	144.8	227.8	441.0	329.8
+12	max	333.0	350.0	295.0	393.0	590.0	679.0
+13	mean	405.0	291.0	348.0	312.0	470.0	425.0
+13	std						
+13	min	405.0	291.0	348.0	312.0	470.0	425.0
+13	25%	405.0	291.0	348.0	312.0	470.0	425.0
+13	50%	405.0	291.0	348.0	312.0	470.0	425.0
+13	75%	405.0	291.0	348.0	312.0	470.0	425.0
+13	max	405.0	291.0	348.0	312.0	470.0	425.0
+15	mean	71.0	130.6	305.4	72.7	374.9	129.7
+15	std	66.2	66.1	51.0	86.2	68.8	65.9
+15	min	0.0	0.0	215.0	0.0	262.0	40.0
+15	25%	13.0	95.0	269.0	0.0	331.5	81.5
+15	50%	52.0	141.0	305.0	47.0	369.0	109.0
+15	75%	104.0	180.0	338.5	124.5	406.5	156.5
+15	max	208.0	248.0	396.0	325.0	523.0	280.0
+16	mean	468.6	172.7	115.4	161.9	408.9	423.0
+16	std	66.1	69.5	59.7	36.0	65.6	154.3
+16	min	377.0	49.0	12.0	124.0	322.0	219.0
+16	25%	412.5	147.0	87.5	136.5	363.0	310.0
+16	50%	499.0	193.0	118.0	151.0	403.0	409.0
+16	75%	517.0	210.0	160.0	179.5	454.0	544.0
+16	max	545.0	253.0	183.0	226.0	503.0	625.0
+18	mean	188.0	204.9	527.7	57.2	390.3	132.1
+18	std	45.5	61.7	31.4	65.1	49.0	35.1
+18	min	116.0	131.0	410.0	0.0	262.0	57.0
+18	25%	150.0	158.0	508.0	0.0	361.0	109.0
+18	50%	184.0	183.0	532.0	35.0	385.0	128.0
+18	75%	218.0	241.0	549.5	98.0	417.5	148.5
+18	max	315.0	425.0	591.0	369.0	566.0	264.0
+19	mean	704.1	515.5	492.4	442.4	945.8	984.4
+19	std	170.2	118.9	109.8	136.5	89.4	139.2
+19	min	456.0	380.0	362.0	313.0	777.0	521.0
+19	25%	583.0	450.0	404.0	358.0	899.0	1023.0
+19	50%	751.0	481.0	467.0	395.0	968.0	1023.0
+19	75%	810.0	544.0	541.0	479.0	1023.0	1023.0
+19	max	1023.0	841.0	764.0	804.0	1023.0	1023.0
+21	mean	221.4	172.0	142.3	216.5	614.4	973.4
+21	std	53.6	65.3	49.4	43.4	58.1	74.6
+21	min	0.0	0.0	0.0	84.0	417.0	643.0
+21	25%	193.8	129.5	111.0	192.8	579.0	938.8
+21	50%	230.5	179.0	146.0	222.0	616.0	1023.0
+21	75%	256.0	224.0	173.0	246.0	651.2	1023.0
+21	max	328.0	304.0	311.0	320.0	776.0	1023.0
+22	mean	179.1	260.8	398.4	173.6	680.2	443.1
+22	std	84.5	39.3	57.3	60.4	76.1	96.1
+22	min	0.0	203.0	250.0	25.0	522.0	239.0
+22	25%	131.0	230.0	359.0	137.0	623.0	377.0
+22	50%	186.0	257.0	413.0	174.0	685.0	458.0
+22	75%	243.0	279.0	433.0	217.0	737.0	503.0
+22	max	387.0	388.0	550.0	295.0	855.0	607.0
+23	mean	482.7	423.5	339.7	362.9	546.7	1000.9
+23	std	58.4	37.5	41.5	61.4	89.7	56.3
+23	min	410.0	321.0	196.0	245.0	338.0	740.0
+23	25%	453.8	406.0	322.8	323.8	490.8	1023.0
+23	50%	468.0	434.5	347.5	357.0	554.5	1023.0
+23	75%	490.2	451.5	366.0	388.0	606.2	1023.0
+23	max	738.0	480.0	404.0	609.0	765.0	1023.0
+24	mean	180.9	145.2	401.3	175.7	679.4	404.8
+24	std	74.3	47.1	74.2	54.8	59.1	103.7
+24	min	0.0	25.0	215.0	0.0	568.0	182.0
+24	25%	156.0	118.0	383.0	144.0	634.0	329.0
+24	50%	189.0	141.0	401.0	180.0	675.0	394.0
+24	75%	229.0	187.0	428.0	217.0	707.0	476.0
+24	max	314.0	199.0	573.0	268.0	853.0	693.0
+25	mean	267.9	222.3	184.8	249.6	731.6	1009.3
+25	std	44.2	58.9	48.5	40.8	64.8	52.0
+25	min	147.0	22.0	45.0	107.0	595.0	487.0
+25	25%	243.8	190.0	157.0	226.0	683.0	1023.0
+25	50%	271.0	225.5	188.0	251.0	726.0	1023.0
+25	75%	289.5	263.0	213.0	275.5	774.0	1023.0
+25	max	463.0	384.0	372.0	384.0	917.0	1023.0
+26	mean	334.5	348.9	322.6	304.2	967.1	980.0
+26	std	60.8	75.1	88.2	45.8	63.1	109.3
+26	min	160.0	179.0	180.0	181.0	854.0	573.0
+26	25%	298.0	295.0	245.0	282.0	903.0	1023.0
+26	50%	331.0	346.0	300.0	303.0	995.0	1023.0
+26	75%	370.0	399.0	401.0	340.0	1023.0	1023.0
+26	max	478.0	499.0	513.0	407.0	1023.0	1023.0
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/report.tabular	Mon Jun 22 19:55:57 2020 -0400
@@ -0,0 +1,22 @@
+Population	Count	Percentage
+1	194	9.7
+2	194	9.7
+3	1	0.05
+4	2	0.1
+5	140	7.0
+6	309	15.46
+7	10	0.5
+10	187	9.35
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+13	1	0.05
+15	23	1.15
+16	7	0.35
+18	151	7.55
+19	13	0.65
+21	292	14.61
+22	53	2.65
+23	36	1.8
+24	41	2.05
+25	232	11.61
+26	41	2.05
+Total	1999