# HG changeset patch # User itaxotools # Date 1675009948 0 # Node ID aef9a0c2c65e732735ba5cdb5d05ebb14bdd4a0f planemo upload commit 232ce39054ce38be27c436a4cabec2800e14f988-dirty diff -r 000000000000 -r aef9a0c2c65e DNAconvert Binary file DNAconvert has changed diff -r 000000000000 -r aef9a0c2c65e DNAconvert.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/DNAconvert.xml Sun Jan 29 16:32:28 2023 +0000 @@ -0,0 +1,184 @@ + + Converts genetic sequences between different formats + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 10.11646/megataxa.6.2.1 + + + diff -r 000000000000 -r aef9a0c2c65e README.md --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/README.md Sun Jan 29 16:32:28 2023 +0000 @@ -0,0 +1,107 @@ +# DNAconvert +Convert between different file formats containing genetic information. + +## Installation +Install the latest version directly using pip (requires Python 3.8 or later): +``` +pip install git+https://github.com/iTaxoTools/DNAconvert.git#egg=DNAconvert +``` + +## Executables +Download and run the standalone executables without installing Python.
+[See the latest release here.](https://github.com/iTaxoTools/DNAconvert/releases/latest) + +## Usage + usage: DNAconvert [-h] [--cmd] [--allow_empty_sequences] + [--informat INFORMAT] [--outformat OUTFORMAT] + [infile] [outfile] + DNAconvert + + positional arguments: + infile the input file + outfile the output file + + optional arguments: + -h, --help show this help message and exit + --cmd activates the command-line interface + --allow_empty_sequences + set this to keep the empty sequences in the output + file + --disable_automatic_renaming + disables automatic renaming, may result in duplicate + sequence names in Phylip and Nexus files + --informat INFORMAT format of the input file + --outformat OUTFORMAT + format of the output file + +### Batch processing + +If `infile` is a directory, all files in it will be converted. In this case `informat` and `outformat` arguments are required. + +Specifying names of the output files: +* `outfile` contains a '#' character: '#' will be replaced with the base names of input files. +* `outfile` is a directory: the output files will be written in it, with the same names as input files. + +## Supported formats +* `tab`: [Internal tab format][1] +* `tab_noheaders`: [Internal tab format][1] without headers +* `fasta`: FASTA format +* `relaxed_phylip`: relaxed Phylip format +* `fasta_hapview`: FASTA format for Haplotype Viewer +* `phylip`: Phylip format +* `fastq`: FASTQ format +* `fasta_gbexport`: FASTA format for export into Genbank repository +* `nexus`: NEXUS format +* `nexml`: DnaCharacterMatrix in NeXML format +* `genbank`: Genbank flat file format +* `mold_fasta`: FASTA format with sequence name matching requirements for the tool MolD + +## Recognised extension +If format is not provided, the program can infer it from the file extension + +Currently recognised: +* `.tab`, `.txt`, `.tsv`: [Internal tab format][1] +* `.fas`, `.fasta`, `.fna`: FASTA format +* `.rel.phy`: relaxed Phylip format +* `.hapv.fas`: FASTA format for Haplotype Viewer +* `.phy`: Phylip format +* `.fastq`, `.fq`: FASTQ format +* `.fastq.gz`, `.fq.gz`: FASTQ format compressed with Gzip +* `.gb.fas`: FASTA format for export into Genbank repository +* `.nex`: NEXUS format +* `.xml`: NeXML format +* `.gb`: Genbank flat file format + +Files with extension `.gz` are uncompressed automatically + +## Adding new formats +[Link to documentation](docs/ADDING_FORMATS.md) + +[1]: docs/TAB_FORMAT.md + +## Options +DNAconvert uses two parsers for NEXUS format: internal (default) and the one from python-nexus package. + +In the file `DNAconvert/config.json` (found in `%APPDATA%\iTaxoTools` or in `$XDG_CONFIG_HOME$/`) the key-value pair +``` +"nexus_parser" : "(method)"" +``` +determines the parser. `(method)` is either `internal` or `python-nexus`. + +## Generating an executable +Using [PyInstaller](http://www.pyinstaller.org) is recommended. You should first clone the repository and install DNAconvert with all dependencies (includes PyInstaller): +``` +git clone https://github.com/iTaxoTools/DNAconvert.git +cd DNAconvert +pip install ".[dev]" +``` + +After the following instruction, the directory `dist` will be created (among others) and the executable will be inside it: +``` +pyinstaller scripts/DNAconvert.spec +``` + +## Dependencies +Automatically installed when using pip: +* [python\-nexus](https://pypi.org/project/python-nexus/) +* [dendropy](https://pypi.org/project/DendroPy/) diff -r 000000000000 -r aef9a0c2c65e test-data/DNAconvert_examplefile2_iTaxoTools_0_1.fas --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/DNAconvert_examplefile2_iTaxoTools_0_1.fas Sun Jan 29 16:32:28 2023 +0000 @@ -0,0 +1,71 @@ +>Paradoxophyla_palmata_Ranomafana_FGMV_2002_466 +TAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATTCCCCCCGATTTACCTCACCACTTTTTGCCTATCCAGCCTGTATACCTCCGTCGTAAGCTTACCATATGAACGACTCTTAGTGAGCCATAAGATTATTACATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCCCACAAAGTGGAAAGAAATGGGCTACAATTTCTAACCTAGAACACACGAAAGACTACATGAAACACAGCCATGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGCGTTCTTTTTAACCAGGCGCTGGGACGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAAACGCCAACAAAAGTTTTTAACACAACTAAGCACAATAGAAGAGGTAAGTCGTAACACGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACTAACAAAATGTAGCTTAATTAAAACATCCCGCTTACACCGTGACCATATCTGTGAAACTCAGATCATTTTGAGCTGAAAACCTAGCCTAACTTTTATATACATTCAACCTATCTACATCTCAACTTTAACTAAAACATTCTTTCATATTAGTAAAGGCGATTGAAAATTTCTAAGAGCCATAGCAACAGTACCGCAAGGGAAAAGTGAAATAAAAATGAAATAAATCTAAAGCAAAACAAAGTAGAGATTTAACCTCGTACCTTTTGCATCATGATCTAGCAAGTCCGCCCAAGCAAAAAGCATTTAAGTTTGACTTCCCGAAACTAAACGAGCTACTTCAAAACAGCCTTCCCAGGGCCAACTCATCTCTGTTGCAAAAGAGTGAGAAGATTTTCAAGTAGTGGTGATAAACCTACCGAGCTTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAAGATTTTAGTCTAACCTTAAGTTTTTCTTACATCTCAATATTTTCTTAAACTTAAGAGCCATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGGATACAACCTAAGACACAGGGTAATGAATTAAATAAGTGACTAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTAAAAAAGCGTTAAAGCTTCATCACTCCTTTTATTAAATTCCAATTTTAACACAAAGCCCTTCATCATTACTGAATGAT +>Paradoxophyla_palmata_Ranomafana_FGMV_2002_467 +CGAGCTCAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTGTCCCACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATTCCCCCCGATTTACCTCACCACTTTTTGCCTATCCAGCCTGTATACCTCCGTCGTAAGCTTACCATATGAACGACTCTTAGTGAGCCATAAGATTATTACATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCCCACAAAGTGGAAAGAAATGGGCTACAATTTCTAACCTAGAACACACGAAAGACTACATGAAACACAGCCATGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGCGTTCTTTTTAACCAGGCGCTGGGACGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAAACGCCAACAAAAGTTTTTAACACAACTAAGCACAATAGAAGAGGTAAGTCGTAACACGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACTAACAAAATGTAGCTTAATTAAAACATCCCGCTTACACCGTGACCATATCTGTGAAACTCAGATCATTTTGAGCTGAAAACCTAGCCTAACTTTTATATACATTCAACCTATCTACATCTCAACTTTAACTAAAACATTCTTTCATATTAGTAAAGGCGATTGAAAATTTCTAAGAGCCATAGCAACAGTACCGCAAGGGAAAAGTGAAATAAAAATGAAATAAATCTAAAGCAAAACAAAGTAGAGATTTAACCTCGTACCTTTTGCATCATGATCTAGCAAGTCCGCCCAAGCAAAAAGCATTTAAGTTTGACTTCCCGAAACTAAACGAGCTACTTCAAAACAGCCTTCCCAGGGCCAACTCATCTCTGTTGCAAAAGAGTGAGAAGATTTTCAAGTAGTGGTGATAAACCTACCGAGCTTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAAGATTTTAGTCTAACCTTAAGTTTTTCTTACATCTCAATATTTTCTTAAACTTAAGAGCCATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGGATACAACCTAAGACACAGGGTAATGAATTAAATAAGTGACTAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTAAAAAAGCGTTAAAGCTTCATCACTCCTTTT +>Paradoxophyla_palmata_Andasibe_FGMV_2002_2371 +CGAGCCCAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTGTCCCACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATTCTCCCCGATTTACCTCACCACTTTTTGCCTACCCAGCCTGTATACCTCCGTCGTAAGCTTACCATATGAACGACTTTTAGTGAGCCATAAGATTATTACATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCCCACAAAGTGGAAAGAAATGGGCTACAATTTCTAACCTAGAACACACGAAAGACTACATGAAACACAGCCATGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGCGTTCTTTTTAACCAGGCGCTGGGACGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAAACGCCAACAAAAGTTTTTAACACAACTAAGCATAATAGAAGAGGTAAGTCGTAACACGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACTAACAAAATGTAGCTTAATCAAAACATCCCGCTTACACCGTGACCATATCTGTGAGACCCAGATCATTTTGAGCTAAAAACCTAGCCTAATTTTTTATACATACAACCTATCTACATCTCAACTTTAACTAAAACATTCTTTCATATTAGTAAAGGCGATTGAAAATTTCTAAGAGCCATAGTAATAGTACCGCAAGGGAAAAGTGAAATAAAAATGAAATAAATCTAAAGCAAAACAAAGTAGAGATCCAACCTCGTACCTTTTGCATCATGATCTAGCAAGTCCGCCCAAGCAAAAAGCATTTAAGTTTGACTTCCCGAAACTAAACGAGCTACTTCAAAACAGCCTTCCCAGGGCCAACTCATCTCTGTTGCAAAAGAGTGAGAAGATTTTCAAGTAGCGGTGATAAACCTACCGAGCTTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAAGATTTTAGTCTGACCTTAAGTTTTTCTTACATCTCAATATTTTCTTAAACTTAAGAGCCATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGAATACAACCTAAGACACTGGGTAATGAATTAAATTAGTGACTAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTAAAGATAGCGTTAAAGCTTCATCACTCCTTTA +>Paradoxophyla_palmata_Ranomafana_FGMV_2002_634 +CGAGCTCAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTGTCCCACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATTCCCCCCGATTTACCTCACCACTTTTTGCCTATCCAGCCTGTATACCTCCGTCGTAAGCTTACCATATGAACGACTCTTAGTGAGCCATAAGATTATTACATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCCCACAAAGTGGAAAGAAATGGGCTACAATTTCTAACCTAGAACACACGAAAGACTACATGAAACACAGCCATGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGCGTTCTTTTTAACCAGGCGCTGGGACGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAAACGCCAACAAAAGTTTTTAACACAACTAAGCACAATAGAAGAGGTAAGTCGTAACACGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACTAACAAAATGTAGCTTAATTAAAACATCCCGCTTACACCGTGACCATATCTGTGAAACTCAGATCATTTTGAGCTGAAAACCTAGCCTAACTTTTATATACATTCAACCTATCTACATCTCAACTTTAACTAAAACATTCTTTCATATTAGTAAAGGCGATTGAAAATTTCTAAGAGCCATAGCAACAGTACCGCAAGGGAAAAGTGAAATAAAAATGAAATAAATCTAAAGCAAAACAAAGTAGAGATTTAACCTCGTACCTTTTGCATCATGATCTAGCAAGTCCGCCCAAGCAAAAAGCATTTAAGTTTGACTTCCCGAAACTAAACGAGCTACTTCAAAACAGCCTTCCCAGGGCCAACTCATCTCTGTTGCAAAAGAGTGAGAAGATTTTCAAGTAGTGGTGATAAACCTACCGAGCTTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAAGATTTTAGTCTAACCTTAAGTTTTTCTTACATCTCAATATTTTCTTAAACTTAAGAGCCATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGGATACAACCTAAGACACAGGGTAATGAATTAAATAAGTGACTAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTAAAAAAGCGTTAAAGCTTCATCACTCCTTTT +>Paradoxophyla_palmata_Vohimana_FGZC_5054 +CGAGCCCAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTGTCCCACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATTCTCCCCGATTTACCTCACCACTTTTTGCCTACCCAGCCTGTATACCTCCGTCGTAAGCTTACCATATGAACGACTTTTAGTGAGCCATAAGATTATTACATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCCCACAAAGTGGAAAGAAATGGGCTACAATTTCTAACCTAGAACACACGAAAGACTACATGAAACACAGCCATGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGCGTTCTTTTTAACCAGGCGCTGGGACGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAAACGCCAACAAAAGTTTTTAACACAACTAAGCATAATAGAAGAGGTAAGTCGTAACACGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACTAACAAAATGTAGCTTAATCAAAACATCCCGCTTACACCGTGACCATATCTGTGAGACCCAGATCATTTTGAGCTAAAAACCTAGCCTAATTTTTTATACATACAACCTATCTACATCTCAACTTTAACTAAAACATTCTTTCATATTAGTAAAGGCGATTGAAAATTTCTAAGAGCCATAGTAATAGTACCGCAAGGGAAAAGTGAAATAAAAATGAAATAAATCTAAAGCAAGACAAAGTAGAGATCCAACCTCGTACCTTTTGCATCATGATCTAGCAAGTCCGCCCAAGCAAAAAGCATTTAAGTTTGACTTCCCGAAACTAAACGAGCTACTTCAAAACAGCCTTCCCAGGGCCAACTCATCTCTGTTGCAAAAGAGTGAGAAGATTTTCAAGTAGCGGTGATAAACCTACCGAGCTTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAAGATTTTAGTCTGACCTTAAGTTTTTCTTACATCTCAATATTTTCTTAAACTTAAGAGCCATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGAATACAACCTAAGACACAGGGTAATGAATTAAATTAGTGACTAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTAAAGATAGCGTTAAAGCTTCATCACTCCTTTA +>Paradoxophyla_palmata_Ranomafana_ZCMV_3036 +CGAGCTCAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTGTCCCACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATTCCCCCCGATTTACCTCACCACTTTTTGCCTATCCAGCCTGTATACCTCCGTCGTAAGCTTACCATATGAACGACTCTTAGTGAGCCATAAGATTATTACATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCCCACAAAGTGGAAAGAAATGGGCTACAATTTCTAACCTAGAACACACGAAAGACTACATGAAACACAGCCATGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGCGTTCTTTTTAACCAGGCGCTGGGACGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAAACGCCAACAAAAGTTTTTAACACAACTAAGCACAATAGAAGAGGTAAGTCGTAACACGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACTAACAAAATGTAGCTTAATTAAAACATCCCGCTTACACCGTGACCATATCTGTGAAACTCAGATCATTTTGAGCTGAAAACCTAGCCTAACTTTTATATACATTCAACCTATCTACATCTCAACTTTAACTAAAACATTCTTTCATATTAGTAAAGGCGATTGAAAATTTCTAAGAGCCATAGCAACAGTACCGCAAGGGAAAAGTGAAATAAAAATGAAATAAATCTAAAGCAAAACAAAGTAGAGATTTAACCTCGTACCTTTTGCATCATGATCTAGCAAGTCCGCCCAAGCAAAAAGCATTTAAGTTTGACTTCCCGAAACTAAACGAGCTACTTCAAAACAGCCTTCCCAGGGCCAACTCATCTCTGTTGCAAAAGAGTGAGAAGATTTTCAAGTAGTGGTGATAAACCTACCGAGCTTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAAGATTTTAGTCTAACCTTAAGTTTTTCTTACATCTCAATATTTTCTTAAACTTAAGAGCCATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGGATACAACCTAAGACACAGGGTAATGAATTAAATAAGTGACTAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTAAAAAAGCGTTAAAGCTTCATCACTCCTTTT +>Paradoxophyla_palmata_Ranomafana_ZCMV_3037 +CGAGCTCAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTGTCCCACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATTCCCCCCGATTTACCTCACCACTTTTTGCCTATCCAGCCTGTATACCTCCGTCGTAAGCTTACCATATGAACGACTCTTAGTGAGCCATAAGATTATTACATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCCCACAAAGTGGAAAGAAATGGGCTACAATTTCTAACCTAGAACACACGAAAGACTACATGAAACACAGCCATGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGCGTTCTTTTTAACCAGGCGCTGGGACGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAAACGCCAACAAAAGTTTTTAACACAACTAAGCACAATAGAAGAGGTAAGTCGTAACACGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACTAACAAAATGTAGCTTAATTAAAACATCCCGCTTACACCGTGACCATATCTGTGAAACTCAGATCATTTTGAGCTGAAAACCTAGCCTAACTTTTATATACATTCAACCTATCTACATCTCAACTTTAACTAAAACATTCTTTCATATTAGTAAAGGCGATTGAAAATTTCTAAGAGCCATAGCAACAGTACCGCAAGGGAAAAGTGAAATAAAAATGAAATAAATCTAAAGCAAAACAAAGTAGAGATTTAACCTCGTACCTTTTGCATCATGATCTAGCAAGTCCGCCCAAGCAAAAAGCATTTAAGTTTGACTTCCCGAAACTAAACGAGCTACTTCAAAACAGCCTTCCCAGGGCCAACTCATCTCTGTTGCAAAAGAGTGAGAAGATTTTCAAGTAGTGGTGATAAACCTACCGAGCTTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAAGATTTTAGTCTAACCTTAAGTTTTTCTTACATCTCAATATTTTCTTAAACTTAAGAGCCATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGGATACAACCTAAGACACAGGGTAATGAATTAAATAAGTGACTAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTAAAAAAGCGTTAAAGCTTCATCACTCCTTTT +>Paradoxophyla_palmata_Ranomafana_ZCMV_5796 +CGAGCTCAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTGTCCCACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATTCCCCCCGATTTACCTCACCACTTTTTGCCTATCCAGCCTGTATACCTCCGTCGTAAGCTTACCATATGAACGACTCTTAGTGAGCCATAAGATTATTACATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCCCACAAAGTGGAAAGAAATGGGCTACAATTTCTAACCTAGAACACACGAAAGACTACATGAAACACAGCCATGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGCGTTCTTTTTAACCAGGCGCTGGGACGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAAACGCCAACAAAAGTTTTTAACACAACTAAGCACAATAGAAGAGGTAAGTCGTAACACGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACTAACAAAATGTAGCTTAATTAAAACATCCCGCTTACACCGTGACCATATCTGTGAAACTCAGATCATTTTGAGCTGAAAACCTAGCCTAACTTTTATATACATTCAACCTATCTACATCTCAACTTTAACTAAAACATTCTTTCATATTAGTAAAGGCGATTGAAAATTTCTAAGAGCCATAGCAACAGTACCGCAAGGGAAAAGTGAAATAAAAATGAAATAAATCTAAAGCAAAACAAAGTAGAGATTTAACCTCGTACCTTTTGCATCATGATCTAGCAAGTCCGCCCAAGCAAAAAGCATTTAAGTTTGACTTCCCGAAACTAAACGAGCTACTTCAAAACAGCCTTCCCAGGGCCAACTCATCTCTGTTGCAAAAGAGTGAGAAGATTTTCAAGTAGTGGTGATAAACCTACCGAGCTTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAAGATTTTAGTCTAACCTTAAGTTTTTCTTACATCTCAATATTTTCTTAAACTTAAGAGCCATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGGATACAACCTAAGACACAGGGTAATGAATTAAATAAGTGACTAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTAAAAAAGCGTTAAAGCTTCATCACTCCTTTT +>Paradoxophyla_palmata_Ranomafana_ZCMV_5921 +CGAGCTCAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTGTCCCACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATTCCCCCCGATTTACCTCACCACTTTTTGCCTATCCAGCCTGTATACCTCCGTCGTAAGCTTACCATATGAACGACTCTTAGTGAGCCATAAGATTATTACATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCCCACAAAGTGGAAAGAAATGGGCTACAATTTCTAACCTAGAACACACGAAAGACTACATGAAACACAGCCATGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGCGTTCTTTTTAACCAGGCGCTGGGACGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAAACGCCAACAAAAGTTTTTAACACAACTAAGCACAATAGAAGAGGTAAGTCGTAACACGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACTAACAAAATGTAGCTTAATTAAAACATCCCGCTTACACCGTGACCATATCTGTGAAACTCAGATCATTTTGAGCTGAAAACCTAGCCTAACTTTTATATACATTCAACCTATCTACATCTCAACTTTAACTAAAACATTCTTTCATATTAGTAAAGGCGATTGAAAATTTCTAAGAGCCATAGCAACAGTACCGCAAGGGAAAAGTGAAATAAAAATGAAATAAATCTAAAGCAAAACAAAGTAGAGATTTAACCTCGTACCTTTTGCATCATGATCTAGCAAGTCCGCCCAAGCAAAAAGCATTTAAGTTTGACTTCCCGAAACTAAACGAGCTACTTCAAAACAGCCTTCCCAGGGCCAACTCATCTCTGTTGCAAAAGAGTGAGAAGATTTTCAAGTAGTGGTGATAAACCTACCGAGCTTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAAGATTTTAGTCTAACCTTAAGTTTTTCTTACATCTCAATATTTTCTTAAACTTAAGAGCCATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGGATACAACCTAAGACACAGGGTAATGAATTAAATAAGTGACTAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTAAAAAAGCGTTAAAGCTTCATCACTCCTTTT +>Paradoxophyla_palmata_Andasibe_road_to_park_ZCMV_8201 +CGAGCCCAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTGTCCCACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATTCTCCCCGATTTACCTCACCACTTTTTGCCTACCCAGCCTGTATACCTCCGTCGTAAGCTTACCATATGAACGACTTTTAGTGAGCCATAAGATTATTACATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCCCACAAAGTGGAAAGAAATGGGCTACAATTTCTAACCTAGAACACACGAAAGACTACATGAAACACAGCCATGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGCGTTCTTTTTAACCAGGCGCTGGGACGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAAACGCCAACAAAAGTTTTTAACACAACTAAGCATAATAGAAGAGGTAAGTCGTAACACGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACTAACAAAATGTAGCTTAATCAAAACATCCCGCTTACACCGTGACCATATCTGTGAGACCCAGATCATTTTGAGCTAAAAACCTAGCCTAATTTTTTATACATACAACCTATCTACATCTCAACTTTAACTAAAACATTCTTTCATATTAGTAAAGGCGATTGAAAATTTCTAAGAGCCATAGTAATAGTACCGCAAGGGAAAAGTGAAATAAAAATGAAATAAATCTAAAGCAAAACAAAGTAGAGATCCAACCTCGTACCTTTTGCATCATGATCTAGCAAGTCCGCCCAAGCAAAAAGCATTTAAGTTTGACTTCCCGAAACTAAACGAGCTACTTCAAAACAGCCTTCCCAGGGCCAACTCATCTCTGTTGCAAAAGAGTGAGAAGATTTTCAAGTAGCGGTGATAAACCTACCGAGCTTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAAGATTTTAGTCTGACCTTAAGTTTTTCTTACATCTCAATATTTTCTTAAACTTAAGAGCCATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGAATACAACCTAAGACACAGGGTAATGAATTAAATTAGTGACTAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTAAAGATAGCGTTAAAGCTTCATCACTCCTTTA 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+specimen2 Paradoxophyla palmata Ranomafana FGMV 2002.467 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+specimen3 Paradoxophyla palmata Andasibe FGMV 2002.2371 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+specimen4 Paradoxophyla palmata Ranomafana FGMV 2002.634 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+specimen5 Paradoxophyla palmata Vohimana FGZC 5054 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+specimen6 Paradoxophyla palmata Ranomafana ZCMV 3036 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+specimen7 Paradoxophyla palmata Ranomafana ZCMV 3037 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+specimen8 Paradoxophyla palmata Ranomafana ZCMV 5796 CGAGCTCAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTGTCCCACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATTCCCCCCGATTTACCTCACCACTTTTTGCCTATCCAGCCTGTATACCTCCGTCGTAAGCTTACCATATGAACGACTCTTAGTGAGCCATAAGATTATTACATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCCCACAAAGTGGAAAGAAATGGGCTACAATTTCTAACCTAGAACACACGAAAGACTACATGAAACACAGCCATGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGCGTTCTTTTTAACCAGGCGCTGGGACGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAAACGCCAACAAAAGTTTTTAACACAACTAAGCACAATAGAAGAGGTAAGTCGTAACACGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACTAACAAAATGTAGCTTAATTAAAACATCCCGCTTACACCGTGACCATATCTGTGAAACTCAGATCATTTTGAGCTGAAAACCTAGCCTAACTTTTATATACATTCAACCTATCTACATCTCAACTTTAACTAAAACATTCTTTCATATTAGTAAAGGCGATTGAAAATTTCTAAGAGCCATAGCAACAGTACCGCAAGGGAAAAGTGAAATAAAAATGAAATAAATCTAAAGCAAAACAAAGTAGAGATTTAACCTCGTACCTTTTGCATCATGATCTAGCAAGTCCGCCCAAGCAAAAAGCATTTAAGTTTGACTTCCCGAAACTAAACGAGCTACTTCAAAACAGCCTTCCCAGGGCCAACTCATCTCTGTTGCAAAAGAGTGAGAAGATTTTCAAGTAGTGGTGATAAACCTACCGAGCTTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAAGATTTTAGTCTAACCTTAAGTTTTTCTTACATCTCAATATTTTCTTAAACTTAAGAGCCATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGGATACAACCTAAGACACAGGGTAATGAATTAAATAAGTGACTAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTAAAAAAGCGTTAAAGCTTCATCACTCCTTTT +specimen9 Paradoxophyla palmata Ranomafana ZCMV 5796 +specimen10 Paradoxophyla palmata Ranomafana ZCMV 5921 CGAGCTCAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTGTCCCACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATTCCCCCCGATTTACCTCACCACTTTTTGCCTATCCAGCCTGTATACCTCCGTCGTAAGCTTACCATATGAACGACTCTTAGTGAGCCATAAGATTATTACATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCCCACAAAGTGGAAAGAAATGGGCTACAATTTCTAACCTAGAACACACGAAAGACTACATGAAACACAGCCATGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGCGTTCTTTTTAACCAGGCGCTGGGACGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAAACGCCAACAAAAGTTTTTAACACAACTAAGCACAATAGAAGAGGTAAGTCGTAACACGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACTAACAAAATGTAGCTTAATTAAAACATCCCGCTTACACCGTGACCATATCTGTGAAACTCAGATCATTTTGAGCTGAAAACCTAGCCTAACTTTTATATACATTCAACCTATCTACATCTCAACTTTAACTAAAACATTCTTTCATATTAGTAAAGGCGATTGAAAATTTCTAAGAGCCATAGCAACAGTACCGCAAGGGAAAAGTGAAATAAAAATGAAATAAATCTAAAGCAAAACAAAGTAGAGATTTAACCTCGTACCTTTTGCATCATGATCTAGCAAGTCCGCCCAAGCAAAAAGCATTTAAGTTTGACTTCCCGAAACTAAACGAGCTACTTCAAAACAGCCTTCCCAGGGCCAACTCATCTCTGTTGCAAAAGAGTGAGAAGATTTTCAAGTAGTGGTGATAAACCTACCGAGCTTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAAGATTTTAGTCTAACCTTAAGTTTTTCTTACATCTCAATATTTTCTTAAACTTAAGAGCCATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGGATACAACCTAAGACACAGGGTAATGAATTAAATAAGTGACTAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTAAAAAAGCGTTAAAGCTTCATCACTCCTTTT +specimen11 Paradoxophyla palmata Andasibe (road to park) ZCMV 8201 CGAGCCCAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTGTCCCACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATTCTCCCCGATTTACCTCACCACTTTTTGCCTACCCAGCCTGTATACCTCCGTCGTAAGCTTACCATATGAACGACTTTTAGTGAGCCATAAGATTATTACATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCCCACAAAGTGGAAAGAAATGGGCTACAATTTCTAACCTAGAACACACGAAAGACTACATGAAACACAGCCATGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGCGTTCTTTTTAACCAGGCGCTGGGACGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAAACGCCAACAAAAGTTTTTAACACAACTAAGCATAATAGAAGAGGTAAGTCGTAACACGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACTAACAAAATGTAGCTTAATCAAAACATCCCGCTTACACCGTGACCATATCTGTGAGACCCAGATCATTTTGAGCTAAAAACCTAGCCTAATTTTTTATACATACAACCTATCTACATCTCAACTTTAACTAAAACATTCTTTCATATTAGTAAAGGCGATTGAAAATTTCTAAGAGCCATAGTAATAGTACCGCAAGGGAAAAGTGAAATAAAAATGAAATAAATCTAAAGCAAAACAAAGTAGAGATCCAACCTCGTACCTTTTGCATCATGATCTAGCAAGTCCGCCCAAGCAAAAAGCATTTAAGTTTGACTTCCCGAAACTAAACGAGCTACTTCAAAACAGCCTTCCCAGGGCCAACTCATCTCTGTTGCAAAAGAGTGAGAAGATTTTCAAGTAGCGGTGATAAACCTACCGAGCTTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAAGATTTTAGTCTGACCTTAAGTTTTTCTTACATCTCAATATTTTCTTAAACTTAAGAGCCATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGAATACAACCTAAGACACAGGGTAATGAATTAAATTAGTGACTAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTAAAGATAGCGTTAAAGCTTCATCACTCCTTTA +specimen12 Paradoxophyla palmata Andasibe ZCMV 8742 TGTCCCACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATTCTCCCCGATTTACCTCACCACTTTTTGCCTACCCAGCCTGCCTACCCAGCCTGTATACCTCCGTCGTAAGCTTACCATATGAACGACTTTTAGTGAGCCATAAGATTATTACATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCCCACAAAGTGGAAAGAAATGGGCTACAATTTCTAACCTAGAACACACGAAAGACTACATGAAACACAGCCATGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGCGTTCTTTTTAACCAGGCGCTGGGACGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAAACGCCAACAAAAGTTTTTAACACAACTAAGCATAATAGAAGAGGTAAGTCGTAACACGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACTAACAAAATGTAGCTTAATCAAAACATCCCGCTTACACCGTGACCATATCTGTGAGACCCAGATCATTTTGAGCTAAAAACCTAGCCTAATTTTTTATACATACAACCTATCTACATCTCAACTTTAACTAAAACATTCTTTCATATTAGTAAAGGCGATTGAAAATTTCTAAGAGCCATAGTAATAGTACCGCAAGGGAAAAGTGAAATAAAAATGAAATAAATCTAAAGCAAAACAAAGTAGAGATCCAACCTCGTACCTTTTGCATCATGATCTAGCAAGTCCGCCCAAGCAAAAAGCATTTAAGTTTGACTTCCCGAAACTAAACGAGCTACTTCAAAACAGCCTTCCCAGGGCCAACTCATCTCTGTTGCAAAAGAGTGAGAAGATTTTCAAGTAGCGGTGATAAACCTACCGAGCTTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAAGATTTTAGTCTGACCTTAAGTTTTTCTTACATCTCAATATTTTCTTAAACTTAAGAGCCATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGAATACAACCTAAGACACAGGGTAATGAATTAAATTAGTGACTAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTAAAGATAGCGTTAAAGCTTCATCACTCCTTTACTTAAATTCCAATTTTAACAC +specimen13 Paradoxophyla tiarano Makira West (Angozongahy) ZCMV 11288 TTTGACCCCCCGAAACTAAGCGAGCTACTTAAAAACAGCCTTTTTAGGGCCAACCCATCTCTGTTGCAAAAGAGTGGGAAGATTTTCAAGTAGAGGTGATAAACCTACCGAGCTTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAGGATTTTAGTCCAACCCTAAGTTTTTAATTACACAAAAATATTCTATTAAACTTAGGAGTCATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGGATACAACCTAGAGTACCGGGTAATGAATTTAAACTGTGATCAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTTTAAATAGCGTTAAAGCTTCATCACTTCACTAAAAAAATTCCAACTTCAACACAAAACCCTTCACTTTTACTGAATGATTTTATACTCCTATAAAACACATCATGCTAGAACTAGTAACAAGAAACAGATTTTTCTCTTAAATGTAAGCATAGGCCAATATGAACAACTCAATGGCATTTACCGCCAAAAATCATTAGTGGTAACAAATTTCAAGAAAACCCCACTATAAACTTGCGTCAACCTTACACCAGAACATTTCAAGAAAGATTAAAAGAAAAGGAAGGAACTCGGCAAATCATAATCTCGCCTGTTTACCAAAAACATCGCCTCTTGATATTTCTATAAGAGGTCCAGCCTGCCCAGTGACTTAGTTAAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCGAAGGTAGCGCAATCACTTGTTCTTTAAATAAGGACTAGTATGAACGGCATCACGAAGATTATACTGTCTCCCATTTCCAATCAGTGAAACTGATCTTCCCGTGAAGAAGCGGGAATACACCTATAAGACGAGAAGACCCCATGGAGCTTTAAACTCAATAACAACTGTTTCTCTCCGTACCATGATAATTTAACAGAAATGATTATTAGTTTTCGGTTGGGGTGACCACGGAGCAAAACAAAACCTCCACGATGAAAAGAACAACCATTCTTTATCTAAGAGTCACTACTCTATGAATCAATAAACTGACATTCCTTGATCCAAAATTTTTGATCAACGAACCAAGTTACCCTGGGGATAACAGCGCAATCCATTTTAAGAG +specimen14 Paradoxophyla tiarano Makira West (way to turtle pond) ZCMV 11303 TTTGACCCCCCGAAACTAAGCGAGCTACTTAAAAACAGCCTTTTTAGGGCCAACCCATCTCTGTTGCAAAAGAGTGGGAAGATTTTCAAGTAGAGGTGATAAACCTACCGAGCTTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAGGATTTTAGTCCAACCCTAAGTTTTTAACTACACAAAAATATTCTATTAAACTTAGGAGCCATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGGATACAACCTAGAGTACCGGGTAATGAATTTAAACTGTGATCAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTTTAAATAGCGTTAAAGCTTCATCACTTCACTAAAAAAATTCCAACTTCAACACAAAACCCTTCACTTTTACTGAATGATTTTATACTCCTATAAAATACATCATGCTAGAACTAGTAACAAGAAACAGATTTTTCTCTTAAATGTAAGCATAGGCCAATATGAACAACTCAATGGCATTTACCGCCAAAAATCATTAGTGGTAACAAATTTCAAGAAAACCCCACTATAGACTTGCGTCAACCTTACACCAGAACATTTCAGAAAGATTAAAAGAAAAGGAAGGAACTCGGCAAATCATAATCTCGCCTGTTTACCAAAAACATCGCCTCTTGAWATTTCTATAAGAGGTCCAGCCTGCCCAGTGACTTAGTTAAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCGAAGGTAGCGCAATCACTTGTTCTTTAAATAAGGACTAGTATGAACGGCATCACGAAGATTATACTGTCTCCCATTTCCAATCAGTGAAACTGATCTTCCCGTGAAGAAGCGGGAATACACCTATAAGACGAGAAGACCCCATGGAGCTTTAAACTCAATAACAACTGTTTCTCTCCATACCATAATAATTTAACAGAAATGATTATTAGTTTTCGGTTGGGGTGACCACGGAGCAAAACAAAACCTCCACGATGAAAAGAACAACCATTCTTTATCTAAGAGTCACTACTCTATGAATCAATAAACTGACATTCCTTGATCCAAAATTTTTGATCAACGAACCAAGTTACCCTGGGGATAACAGCGCAATCCATTTTAAGAGC +specimen15 Scaphiophryne boribory Peyrieras FGMV 2000.A44 CGAGCCCAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTGTCCCACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATTCTCCCCGATAAACCTCACCGCTTCTAGCCTACTCAGCCTGTATACCTCCGTCGTAAGCTTACCATATGAACGCTAACTAGTGAGCTTAAAGATCTATTCATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCTTACGAAGCGGGAAGCAATGGGCTACAATTTCTAACTTAGAACACACGAAAGACTACATGAAACACAGTCATGAAGGCGGATTTAGCAGTAAAAAGAAAATAGAGAGTTCTTTTTAATTAGGCGCTGGGACGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAAACGCCCACAAACGTTAATTAACATCTAACCGCACAATAGAAGAGGTAAGTCGTAACACGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACTAACAAAATGTAGCTTAACCTAAAGCATCTCGCTTACACCGAGAACATGTCTGTTAAACCCAGATCATTTTGAGCTAAAAACCTAGCTCAAATTTACGCAAATGCCACAACCAAACAACTGCAATCAAACAAAACATTTTTAAATTTTTAGTAAAGGCGATTGAAAAATACCTAGAAGCTATAACAATAGTACCGCAAGGGAAAAGTGAAATAAAAGTGAAATAACTTTAAAGCAAGACTAAGCAGAGATTTAACCTCGTACCTTTTGCATCATGGTCTAGCTAGTTCAACCAAGCAAAACGCAATTGTAGTTTGACACCCCGAAACTAGGTGAGCTACTTCAAAACAGCCTTTAAGGGCCAACCCGTCTCTGTTGCAAAAGAGTGGGAAGATTTTCAAGTAGAGGTGATAGACCTACCGAACCTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAGGATTTAAGTCCTACCTTAAGTTTTTTTGTACTACAAAATATGCCAACAAACTTAAGAGCTATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGGAAACAACCTTAAACACAGGGTAATGATACTATAAACGTGACCAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTTTAAACAGCGTTAAAGCTTCATCACTT +specimen16 Scaphiophryne boribory Peyrieras FGMV 2000.B24 GAGGAGCCTGTTCTATAATCGATTCTCCCCGATAAACCTCACCGCTTCTAGCCTACTCAGCCTGTATACCTCCGTCGTAAGCTTACCATATGAACGCTAACTAGTGAGCTTAAAGATCTATTCATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCTTACGAAGCGGGAAGCAATGGGCTACAATTTCTAACTTAGAACACACGAAAGACTACATGAAACACAGTCATGAAGGCGGATTTAGCAGTAAAAAGAAAATAGAGAGTTCTTTTTAATTAGGCGCTGGGACGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAAACGCCCACAAACGTTAATTAACATCTAACCGCACAATAGAAGAGGTAAGTCGTAACACGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACTAACAAAATGTAGCTTAACCTAAAGCATCTCGCTTACACCGAGAACATGTCTGTTAAACCCAGATCATTTTGAGCTAAAAACCTAGCTCAAATTTACGCAAATGCCACAACCAAACAACTGCAATCAAACAAAACATTTTTAAATTTTTAGTAAAGGCGATTGAAAAATACCTAGAAGCTATAACAATAGTACCGCAAGGGAAAAGTGAAATAAAAGTGAAATAACTTTAAAGCAAGACTAAGCAGAGATTTAACCTCGTACCTTTTGCATCATGGTCTAGCTAGTTCAACCAAGCAAAACGCAATTGTAGTTTGACACCCCGAAACTAGGTGAGCTACTTCAAAACAGCCTTTAAGGGCCAACCCGTCTCTGTTGCAAAAGAGTGGGAAGATTTTCAAGTAGAGGTGATAGACCTACCGAACCTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAGGATTTAAGTCCTACCTTAAGTTTTTTTGTACTACAAAATATGCCAACAAACTTAAGAGCTATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGGAAACAACCTTAAACACAGGGTAATGATACTATAAACGTGACCAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTTTAAACAGCGTTAAAGCTTCATCACTTTATTTAACTAATAACCTCAATATTACAAAACCCTTTACCACTACTGAAT +specimen17 Scaphiophryne boribory Fierenana FGMV 2002.B56 CGAGCCCAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTGTCCCACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATTCTCCCCGATAAACCTCACCGCTTCTAGCCTACTCAGCCTGTATACCTCCGTCGTAAGCTTACCATATGAACGCTAACTAGTGAGCTTAAAGATCTATTCATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCTTACGAAGCGGGAAGCAATGGGCTACAATTTCTAACTTAGAACACACGAAAGACTACATGAAACACAGTCATGAAGGCGGATTTAGCAGTAAAAAGAAAATAGAGAGTTCTTTTTAATTAGGCGCTGGGACGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAAACGCCCACAAACGTTAATTAACATCTAACCGCACAATAGAAGAGGTAAGTCGTAACACGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACTAACAAAATGTAGCTTAACCTAAAGCATCTCGCTTACACCGAGAACATGTCTGTTAAACCCAGATCATTTTGAGCTAAAAACCTAGCTCAAATTTACGCAAATGCCACAACCAAACAACTGCAATCAAACAAAACATTTTTAAATTTTTAGTAAAGGCGATTGAAAAATACCTAGAAGCTATAACAATAGTACCGCAAGGGAAAAGTGAAATAAAAGTGAAATAACTTTAAAGCAAGACTAAGCAGAGATTTAACCTCGTACCTTTTGCATCATGGTCTAGCTAGTTCAACCAAGCAAAACGCAATTGTAGTTTGACACCCCGAAACTAGGTGAGCTACTTCAAAACAGCCTTTAAGGGCCAACCCGTCTCTGTTGCAAAAGAGTGGGAAGATTTTCAAGTAGAGGTGATAGACCTACCGAACCTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAGGATTTAAGTCCTACCTTAAGTTTTTTTGTACTACAAAATATGCCAACAAACTTAAGAGCTATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGGAAACAACCTTAAACACAGGGTAATGATACTATAAACGTGACCAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTTTAAACAGCGTTAAAGCTTCATCACTT +specimen18 Scaphiophryne boribory Fierenana FGMV 2002.B57 CGAGCCCAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTGTCCCACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATTCTCCCCGATAAACCTCACCGCTTCTAGCCTACTCAGCCTGTATACCTCCGTCGTAAGCTTACCATATGAACGCTAACTAGTGAGCTTAAAGATCTATTCATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCTTACGAAGCGGGAAGCAATGGGCTACAATTTCTAACTTAGAACACACGAAAGACTACATGAAACACAGTCATGAAGGCGGATTTAGCAGTAAAAAGAAAATAGAGAGTTCTTTTTAATTAGGCGCTGGGACGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAAACGCCCACAAACGTTAATTAACATCTAACCGCACAATAGAAGAGGTAAGTCGTAACACGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACTAACAAAATGTAGCTTAACCTAAAGCATCTCGCTTACACCGAGAACATGTCTGTTAAACCCAGATCATTTTGAGCTAAAAACCTAGCTCAAATTTACGCAAATGCCACAACCAAACAACTGCAATCAAACAAAACATTTTTAAATTTTTAGTAAAGGCGATTGAAAAATACCTAGAAGCTATAACAATAGTACCGCAAGGGAAAAGTGAAATAAAAGTGAAATAACTTTAAAGCAAGACTAAGCAGAGATTTAACCTCGTACCTTTTGCATCATGGTCTAGCTAGTTCAACCAAGCAAAACGCAATTGTAGTTTGACACCCCGAAACTAGGTGAGCTACTTCAAAACAGCCTTTAAGGGCCAACCCGTCTCTGTTGCAAAAGAGTGGGAAGATTTTCAAGTAGAGGTGATAGACCTACCGAACCTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAGGATTTAAGTCCTACCTTAAGTTTTTTTGTACTACAAAATATGCCAACAAACTTAAGAGCTATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGGAAACAACCTTAAACACAGGGTAATGATACTATAAACGTGACCAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTTTAAACAGCGTTAAAGCTTCATCACTT +specimen19 Scaphiophryne boribory Bemanevika DRV 6398 +specimen20 Scaphiophryne boribory Bemanevika DRV 6399 CGAGCCCAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTGTCCCACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATTCTCCCCGATAAACCTCACCACTTCTAGCCTACTCAGCCTGTATACCTCCGTCGTAAGCTTACCATATGAACGCTAACTAGTGAGCTTAAAGATCTATTCATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCTTACGAAGCGGGAAGCAATGGGCTACAATTTCTAACTTAGAACACACGAAAGACTACATGAAACACAGTCATGAAGGCGGATTTAGCAGTAAAAAGAAAATAGAGAGTTCTTTTTAATTAGGCGCTGGGACGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAAACGCCCACAAACGTTAATTAACACCCAACCGCACAATAGAAGAGGTAAGTCGTAACACGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACTAACAAAATGTAGCTTAACCTAAAGCATCTCGCTTACACCGAGAACATGTCTGTTAAATCCAGATCATTTTGAGCTAAAAACCTAGCTCAAATTTACGCAAATGCCACAACCAAACAACTGTAACCAAACAAAACATTTTAAATTTTTAGTAAAGGCGATTGAAAAATACCTAGAAGCTATAACAATAGTACCGCAAGGGAAAAGTGAAATAAAAGTGAAATAACTTTAAAGCAAGACTAAGCAGAGATTCAACCTCGTACCTTTTGCATCATGGTCTAGCTAGTTCAACCAAGCAAAACGCAATTGTAGTTTGACACCCCGAAACTAGGTGAGCTACTTCAAAACAGCCTTTAAGGGCCAACCCGTCTCTGTTGCAAAAGAGTGGGAAGATTTTCAAGTAGAGGTGATAGACCTACCGAACCTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAGGATTTAAGTCCTACCTTAAGTTTTTCTATACCTCAAAATATACCAATAAACTTAAGAGCCATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGGAGACAACCTTAAACACAGGGTAATGATATTCTAAACGTGACCAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTTTAAACAGCGTTAAAGCTTCATCACTTT +specimen21 Scaphiophryne boribory Bemanevika DRV 6400 CGAGCCCAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTGTCCCACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATTCTCCCCGATAAACCTCACCACTTCTAGCCTACTCAGCCTGTATACCTCCGTCGTAAGCTTACCATATGAACGCTAACTAGTGAGCTTAAAGATCTATTCATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCTTACGAAGCGGGAAGCAATGGGCTACAATTTCTAACTTAGAACACACGAAAGACTACATGAAACACAGTCATGAAGGCGGATTTAGCAGTAAAAAGAAAATAGAGAGTTCTTTTTAATTAGGCGCTGGGACGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAAACGCCCACAAACGTTAATTAACACCCAACCGCACAATAGAAGAGGTAAGTCGTAACACGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACTAACAAAATGTAGCTTAACCTAAAGCATCTCGCTTACACCGAGAACATGTCTGTTAAATCCAGATCATTTTGAGCTAAAAACCTAGCTCAAATTTACGCAAATGCCACAACCAAACAACTGTAACCAAACAAAACATTTTAAATTTTTAGTAAAGGCGATTGAAAAATACCTAGAAGCTATAACAATAGTACCGCAAGGGAAAAGTGAAATAAAAGTGAAATAACTTTAAAGCAAGACTAAGCAGAGATTCAACCTCGTACCTTTTGCATCATGGTCTAGCTAGTTCAACCAAGCAAAACGCAATTGTAGTTTGACACCCCGAAACTAGGTGAGCTACTTCAAAACAGCCTTTAAGGGCCAACCCGTCTCTGTTGCAAAAGAGTGGGAAGATTTTCAAGTAGAGGTGATAGACCTACCGAACCTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAGGATTTAAGTCCTACCTTAAGTTTTTCTATACCTCAAAATATACCAATAAACTTAAGAGCCATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGGAAACAACCTTAAACACAGGGTAATGATATTCTAAACGTGACCAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTTTAAACAGCGTTAAAGCTTCATCACTTT +specimen22 Scaphiophryne brevis Berenty FGMV 2002.B2 TAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATTCTCCCCGATAAACCTCACCGCTTCTAGCCTATCAGCCTGTATACCTCCGTCGTAAGCTTACCATATGAACGCCAATTAGTGAGCTTAAAGATCTTTTTCATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCTCACGAAGCGGGAAGCAATGGGCTACAATTTCTAAAATAGAACACACGAAAGACTACATGAAACACAGTCATGAAGGCGGATTTAGCAGTAAAAAGAAAATAGAGAGTTCTTTTTAATTAGGCGCTGGGACGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAAATGCCCATAAATGTTAACTAACACCCCACCGCACAATAGAAGAGGTAAGTCGTAACACGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACTAACAAAATGTAGCTTAACTTAAAGCATCCCGCTTACACCGAGAACATGTCTGTTAAATCCAGATCATTTTGAGCTAAAAACCTAGCTCAATTTATGCAAATGCCTAAACCAACCCTCCCGAAATCAAACAAAACATTTAACTTTTTTAGTAAAGGCGATTGAAAGAATACTAGAAGCTATAATAATAGTACCGCAAGGGAAAGGTGAAATAAAAATGAAATAACTTTAAAGCAAAATAAAGCAGAGATTTAACCTCGTACCTTTTGCATCATGGTCTAGCTAGTCCAACCAAGCAAAACGCACTTACAGTTTGACCCCCCGAAACTAGGTGAGCTACTTCAAAACAGCCTTCAAGGGCCAACCCGTCTCTGTTGCAAAAGAGTGGGAAGATTTTCAAGTAGAGGTGACAGACCTACCGAACCTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAGGATTTAAGTCCTGCCTTAAGCTTACCCTTATTCCAAAATATTCCCATAAGCCTAAGAGCCATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGGATACAACCTCCAACACAGGGTAATGATATTTTCAAATGTGACTAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTTTAAATAGCGTTAAAGCTTCATCACTTAACTATACTAATACCCATATATTTACAAAACCCTTCATCACTACTGA +specimen23 Scaphiophryne brevis Arboretum Toliara FGMV 2002.1534 CGAGCCCAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTGTCCCACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATTCTCCCCGATAAACCTCACCACTTCTAGCCTATCAGCCTGTATACCTCCGTCGTAAGCTTACCATATGAACGCCAATTAGTGAGCTTAAAGATCTTTTTCATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCTCACGAAGCGGGAAGCAATGGGCTACAATTTCTAAAATAGAACACACGAAAGACTACATGAAACACAGTCATGAAGGCGGATTTAGCAGTAAAAAGAAAATAGAGAGTTCTTTTTAATTAGGCGCTGGGACGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAAACGCCCATAAATGTTAACTAACACCCCACCGCACAATAGAAGAGGTAAGTCGTAACACGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACTAACAAAATGTAGCTTAACTTAAAGCATCCCGCTTACACCGAGAACATGTCTGTTAAATCCAGATCATTTTGAGCTAAAAACCTAGCTCAATTTATGCAAATGCCTAAACCAACCCCCCCCGAAATCAAACAAAACATTTAATTTTTTAGTAAAGGCGATTGAAAAAATACTAGAAGCTATAATAATAGTACCGCAAGGGAAAGGTGAAATAAAAATGAAATAACTTTAAAGCAAAATAAAGCAGAGATTTAACCTCGTACCTTTTGCATCATGGTCTAGCTAGTCCAACCAAGCAAAACGCACTTACAGTTTGACCCCCCGAAACTAGGTGAGCTACTTCAAAACAGCCTTCAAGGGCCAACCCGTCTCTGTTGCAAAAGAGTGGGAAGATTTTCAAGTAGAGGTGACAGACCTACCGAACCTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAGGATTTAAGTCCTGCCTTAAACTTACCCTTACTCCAAAATATTCCCGTAAGCTTAAGAGCCATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGGATACAACCTCCAACACAGGGTAATGATATTCTCAAATGTGACTAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTTTAAATAGCGTTAAAGCTTCATCACTT +specimen24 Scaphiophryne brevis Near Tranomaro (locality 6) FGZC 2334 AGCCCAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTGTCCCACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATTCTCCCCGATAAACCTCACCGCTTCTAGCCTATCAGCCTGTATACCTCCGTCGTAAGCTTACCATATGAACGCCAATTAGTGAGCTTAAAGATCTTTTTCATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCTCACGAAGCGGGAAGCAATGGGCTACAATTTCTAAAATAGAACACACGAAAGACTACATGAAACACAGTCATGAAGGCGGATTTAGCAGTAAAAAGAAAATAGAGAGTTCTTTTTAATTAGGCGCTGGGACGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAAATGCCCATAAATGTTAACTAACACCCCACCGCACAATAGAAGAGGTAAGTCGTAACACGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACTAACAAAATGTAGCTTAACTTAAAGCATCCCGCTTACACCGAGAACATGTCTGTTAAATCCAGATCATTTTGAGCTAAAAACCTAGCTCAATTTATGCAAATGCCTAAACCAACCCTCCCGAAATCAAACAAAACATTTAATTTTTTTAGTAGAGGCGATTGAAAGAATACTAGAAGCTATAATAATAGTACCGCAAGGGAAAGGTGAAATAAAAATGAAATAACTTTAAAGCAAAATAAAGCAGAGATTTAACCTCGTACCTTTTGCATCATGGTCTAGCTAGTCCAACCAAGCAAAACGCACTTACAGTTTGACCCCCCGAAACTAGGTGAGCTACTTCAAAACAGCCTTCAAGGGCCAACCCGTCTCTGTTGCAAAAGAGTGGGAAGATTTTCAAGTAGAGGTGACAGACCTACCGAACCTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAGGATTTAAGTCCTGCCTTAAGCTTACCCTTATTCCAAAATATTCCCATAAGCCTAAGAGCCATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGGATACAACCTCCGACACAGGGTAATGATATTTTCAAATGTGACTAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTTTAAATAGCGTTAAAGCTTCATCACTTAA +specimen25 Scaphiophryne brevis Near Tranomaro (locality 7) FGZC 2348 CGAGCCCAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTGTCCCACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATTCTCCCCGATAAACCTCACCGCTTCTAGCCTATCAGCCTGTATACCTCCGTCGTAAGCTTACCATATGAACGCCAATTAGTGAGCTTAAAGATCTTTTTCATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCTCACGAAGCGGGAAGCAATGGGCTACAATTTCTAAAATAGAACACACGAAAGACTACATGAAACACAGTCATGAAGGCGGATTTAGCAGTAAAAAGAAAATAGAGAGTTCTTTTTAATTAGGCGCTGGGACGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAAATGCCCATAAATGTTAACTAACACCCCACCGCACAATAGAAGAGGTAAGTCGTAACACGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACTAACAAAATGTAGCTTAACTTAAAGCATCCCGCTTACACCGAGAACATGTCTGTTAAATCCAGATCATTTTGAGCTAAAAACCTAGCTCAATTTATGCAAATGCCTAAACCAACCCTCCCGAAATCAAACAAAACATTTAATTTTTTTAGTAGAGGCGATTGAAAGAATACTAGAAGCTATAATAATAGTACCGCAAGGGAAAGGTGAAATAAAAATGAAATAACTTTAAAGCAAAATAAAGCAGAGATTTAACCTCGTACCTTTTGCATCATGGTCTAGCTAGTCCAACCAAGCAAAACGCACTTACAGTTTGACCCCCCGAAACTAGGTGAGCTACTTCAAAACAGCCTTCAAGGGCCAACCCGTCTCTGTTGCAAAAGAGTGGGAAGATTTTCAAGTAGAGGTGACAGACCTACCGAACCTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAGGATTTAAGTCCTGCCTTAAGCTTACCCTTATTCCAAAATATTCCCATAAGCCTAAGAGCCATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGGATACAACCTCCGACACAGGGTAATGATATTTTCAAATGTGACTAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTTTAAATAGCGTTAAAGCTTCATCACTT +specimen26 Scaphiophryne brevis Esomony FGZC 2350 CGAGCCCAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTGTCCCACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATTCTCCCCGATAAACCTCACCGCTTCTAGCCTATCAGCCTGTATACCTCCGTCGTAAGCTTACCATATGAACGCCAATTAGTGAGCTTAAAGATCTTTTTCATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCTCACGAAGCGGGAAGCAATGGGCTACAATTTCTAAAATAGAACACACGAAAGACTACATGAAACACAGTCATGAAGGCGGATTTAGCAGTAAAAAGAAAATAGAGAGTTCTTTTTAATTAGGCGCTGGGACGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAAATGCCCATAAATGTTAACTAACACCCCACCGCACAATAGAAGAGGTAAGTCGTAACACGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACTAACAAAATGTAGCTTAACTTAAAGCATCCCGCTTACACCGAGAACATGTCTGTTAAATCCAGATCATTTTGAGCTAAAAACCTAGCTCAATTTATGCAAATGCCTAAACCAACCCTCCCGAAATCAAACAAAACATTTAATTTTTTTAGTAGAGGCGATTGAAAGAATACTAGAAGCTATAATAATAGTACCGCAAGGGAAAGGTGAAATAAAAATGAAATAACTTTAAAGCAAAATAAAGCAGAGATTTAACCTCGTACCTTTTGCATCATGGTCTAGCTAGTCCAACCAAGCAAAACGCACTTACAGTTTGACCCCCCGAAACTAGGTGAGCTACTTCAAAACAGCCTTCAAGGGCCAACCCGTCTCTGTTGCAAAAGAGTGGGAAGATTTTCAAGTAGAGGTGACAGACCTACCGAACCTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAGGATTTAAGTCCTGCCTTAAGCTTACCCTTATTCCAAAATATTCCCATAAGCCTAAGAGCCATTCAAATAAGGTACAGCCTATTTGAAACAGGATACAACCTCCGACACAGGGTAATGATATTTTCAAATGTGACTAAGTGGGCCTAAAAGCAGCCAACTTTTAAATAGCGTTAAAGCTTCATCACTT +specimen27 Scaphiophryne brevis Esomony FGZC 2351 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+specimen28 Scaphiophryne brevis Esomony FGZC 2555 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+Paradoxophyla_palmata_Ranomafana_ZCMV_3037 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+Paradoxophyla_palmata_Ranomafana_ZCMV_5796 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+Paradoxophyla_palmata_Ranomafana_ZCMV_5921 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+Paradoxo_3 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+Paradoxo_4 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+Scaphio_18 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+Scaphio_19 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