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comparison test-data/amrfinderplus-db/bla.tsv @ 7:ba6990f72184 draft

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author iuc
date Wed, 05 Jun 2024 14:22:02 +0000
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127 blaLAT CEPHALOSPORIN bla-C 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2
128 blaMOX CEPHALOSPORIN bla-C 14 14 14 15 17 19 19 20 20 21 21 23 32 32 32
129 blaLUT CEPHALOSPORIN bla-A 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6
130 blaMIR CEPHALOSPORIN bla-C 5 5 6 6 16 17 20 22 22 22 23 23 26 27 27
131 blaLRG CEPHALOSPORIN bla-A 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
132 blaFONA CEPHALOSPORIN bla-A 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
133 blaFOX CEPHALOSPORIN bla-C 7 8 8 9 10 10 12 13 14 14 15 17 19 19 19
134 blaGES CEPHALOSPORIN bla-A 11 12 14 15 15 18 20 20 25 28 31 31 35 37 38
135 blaKLUC CEPHALOSPORIN bla-A 2 2 4 4 4 4 4 4 5 5 5 5 6 6 6
136 blaORN CEPHALOSPORIN bla-A 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
137 blaCME CEPHALOSPORIN bla-A 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 3 3 3
138 blaOCH CEPHALOSPORIN bla-C 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8
139 blaOHIO CEPHALOSPORIN bla-A 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
140 blaOXA CEPHALOSPORIN bla-D 20 20 20 21 23 23 24 29 33 36 44 47 52 54 54
141 blaACT CEPHALOSPORIN bla-C 17 19 25 29 55 61 83 88 101 112 122 142 158 174 179
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143 blaACI CEPHALOSPORIN bla-A 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
144 blaAQU CEPHALOSPORIN bla-C 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
145 blaADC CEPHALOSPORIN bla-C 43 46 61 84 95 103 130 176 187 226 229 238 264 312 320
146 blaBPU CEPHALOSPORIN bla-D 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
147 blaBEL CEPHALOSPORIN bla-A 3 3 3 3 3 3 4 4 4 4 4 4 4 4 4
148 blaBES CEPHALOSPORIN bla-A 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
149 blaBUT CEPHALOSPORIN bla-C 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
150 blaCTX-M CEPHALOSPORIN bla-A 100 112 125 132 141 159 174 192 210 221 231 239 246 257 257
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156 blaCGA CEPHALOSPORIN bla-A 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
157 blaCIA CEPHALOSPORIN bla-A 0 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4
158 blaEC CEPHALOSPORIN bla-C 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6
159 blaDES CEPHALOSPORIN bla-A 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
160 blaDHA CEPHALOSPORIN bla-C 7 8 8 8 20 21 23 24 27 28 28 28 28 31 31
161 blaERP CEPHALOSPORIN bla-A 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
162 blaOXA-PR CEPHALOSPORIN bla-D 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 3 3
163 blaOXY CEPHALOSPORIN bla-A 24 24 27 29 31 37 42 44 48 60 79 83 86 86 86
164 blaPDC_gen CEPHALOSPORIN bla-C 21 33 33 34 73 76 157 210 300 370 447 490 520 562 582
165 blaPME CEPHALOSPORIN bla-A 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
166 blaPLA CEPHALOSPORIN bla-A 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
167 blaPAC CEPHALOSPORIN bla-C 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
168 blaPER CEPHALOSPORIN bla-A 6 8 9 9 10 10 11 12 12 14 15 16 16 16 16
169 blaRAHN CEPHALOSPORIN bla-A 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 6 6 6
170 blaROB CEPHALOSPORIN bla-A 1 1 1 2 5 5 5 7 9 10 10 12 12 12 12
171 blaRTG CEPHALOSPORIN bla-A 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
172 blaSHV CEPHALOSPORIN bla-A 39 40 48 49 51 51 51 51 52 53 53 53 53 53 53
173 blaSGM CEPHALOSPORIN bla-A 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
174 blaSRT CEPHALOSPORIN bla-C 3 3 3 3 3 3 3 4 4 4 4 5 5 5 5
175 blaTEM CEPHALOSPORIN bla-A 75 77 79 82 82 85 86 87 90 90 91 91 91 91 91
176 blaVEB CEPHALOSPORIN bla-A 9 9 9 10 10 16 18 19 21 25 27 30 31 31 34
177 blaTRU CEPHALOSPORIN bla-C 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
178 blaTLA CEPHALOSPORIN bla-A 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2
179 cepA CEPHALOSPORIN bla-A 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
180 blaCMA CEPHALOTHIN bla-C 0 0 0 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2
181 blaCSA CEPHALOTHIN bla-C 0 0 0 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2
182 blaOXA-1_fam BETA-LACTAM bla-D 3 5 5 6 6 6 7 7 8 8 9 10 10 10 10
183 blaRSD1 BETA-LACTAM bla-D 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1
184 blaSPG-1_fam CARBAPENEM bla-B 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
185 blaPEDO-1_fam CARBAPENEM bla-B 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
186 blaMSI-1_fam CARBAPENEM bla-B 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1
187 blaCAU/MBL1b CARBAPENEM bla-B 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2
188 blaOXA-1_fam CEPHALOSPORIN bla-D 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2
189 blaOXY-1 CEPHALOSPORIN bla-A 5 5 5 5 6 7 9 10 12 12 17 18 18 18 18
190 blaRSC1 CEPHALOSPORIN bla-C 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1
191 blaRSD2 BETA-LACTAM bla-D 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1
192 blaOXA-2_fam BETA-LACTAM bla-D 4 5 5 5 7 7 7 7 8 9 9 11 19 20 21
193 blaPEDO-2_fam CARBAPENEM bla-B 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
194 blaRSA2 CARBAPENEM bla-A 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1
195 blaDHT2 CARBAPENEM bla-B 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1
196 blaRSD2 CEPHALOSPORIN bla-D 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1
197 blaOXY-2 CEPHALOSPORIN bla-A 11 11 14 15 16 18 21 22 22 22 27 28 29 29 29
198 blaOXA-2_fam CEPHALOSPORIN bla-D 6 6 6 6 6 6 7 9 10 10 10 10 10 10 10
199 blaTLA2 CEPHALOSPORIN bla-A 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
200 blaPEDO-3_fam CARBAPENEM bla-B 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
201 blaCRD3 CARBAPENEM bla-B 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1
202 blaOXY-3 CEPHALOSPORIN bla-A 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3 3 3 3 3 3
203 blaOXY-4 CEPHALOSPORIN bla-A 1 1 1 1 1 1 1 1 1 4 4 5 5 5 5
204 blaOXA-5_fam BETA-LACTAM bla-D 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2
205 blaOXY-5 CEPHALOSPORIN bla-A 2 2 2 3 3 4 4 4 5 5 10 10 11 11 11
206 blaALG6 CARBAPENEM bla-B 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1
207 blaOXY-6 CEPHALOSPORIN bla-A 4 4 4 4 4 5 5 5 5 7 9 10 11 11 11
208 blaADC-8_fam CEPHALOSPORIN bla-C 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
209 blaOXA-10_fam BETA-LACTAM bla-D 4 7 8 8 8 9 11 12 14 20 22 24 38 40 43
210 blaOXA-10_fam CARBAPENEM bla-D 0 0 0 0 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2
211 blaOXA-10_fam CEPHALOSPORIN bla-D 11 11 11 11 12 12 12 12 14 15 15 15 15 15 15
212 blaALG11 CARBAPENEM bla-B 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1
213 blaOXA-12_fam BETA-LACTAM bla-D 3 3 3 3 3 3 3 4 4 4 5 9 11 11 11
214 blaOXA-22_fam BETA-LACTAM bla-D 1 1 1 1 1 2 2 2 5 5 6 6 7 7 7
215 blaOXA-23_fam CARBAPENEM bla-D 14 15 16 17 20 25 25 26 27 40 41 45 47 49 51
216 blaGRD23 CARBAPENEM bla-B 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1
217 blaOXA-24_fam CARBAPENEM bla-D 6 6 7 7 7 8 8 8 9 9 10 11 12 12 13
218 blaGRD33 CARBAPENEM bla-B 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1
219 blaOXA-46_fam BETA-LACTAM bla-D 3 4 4 4 4 4 4 4 5 6 6 6 6 6 6
220 blaOXA-48_fam BETA-LACTAM bla-D 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 2 7 9
221 blaOXA-48_fam CARBAPENEM bla-D 4 5 7 10 12 17 24 25 25 27 27 27 27 27 27
222 blaOXA-48_fam CEPHALOSPORIN bla-D 0 0 0 1 2 2 2 5 5 7 15 18 23 25 25
223 blaOXA-50_fam BETA-LACTAM bla-D 4 4 4 6 7 7 7 7 7 13 24 44 58 60 60
224 blaOXA-51_fam BETA-LACTAM bla-D 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 6
225 blaOXA-51_fam CARBAPENEM bla-D 66 80 87 100 141 156 172 185 273 322 326 339 374 375 375
226 blaOXA-55_fam BETA-LACTAM bla-D 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 7 7 7 7
227 blaOXA-55_fam CARBAPENEM bla-D 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
228 blaOXA-58_fam CARBAPENEM bla-D 4 4 4 4 6 6 7 7 7 7 7 7 8 8 8
229 blaOXA-60_fam BETA-LACTAM bla-D 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1
230 blaOXA-60_fam CARBAPENEM bla-D 1 1 1 1 1 2 2 2 5 5 6 6 6 6 6
231 blaOXA-61_fam BETA-LACTAM bla-D 2 2 3 3 3 9 9 9 49 49 49 49 49 49 49
232 blaOXA-62_fam CARBAPENEM bla-D 1 1 1 1 2 10 10 10 10 10 10 10 12 12 14
233 blaOXA-63_fam BETA-LACTAM bla-D 4 5 5 5 5 14 14 14 14 14 14 14 23 23 23
234 blaSPN79 CARBAPENEM bla-B 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1
235 blaOXA-85_fam BETA-LACTAM bla-D 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
236 blaOXA-114_fam BETA-LACTAM bla-D 7 7 14 21 21 21 23 23 23 26 26 26 26 26 26
237 blaOXA-134_fam CARBAPENEM bla-D 1 1 5 16 16 17 18 18 21 21 22 24 28 28 28
238 blaOXA-143_fam BETA-LACTAM bla-D 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 3 3 3
239 blaOXA-143_fam CARBAPENEM bla-D 2 2 3 5 5 6 6 6 7 8 8 8 8 8 8
240 blaOXA-184_fam BETA-LACTAM bla-D 0 0 2 2 2 8 8 8 39 39 39 39 39 39 39
241 blaOXA-211_fam BETA-LACTAM bla-D 0 0 0 0 0 0 1 1 5 5 5 6 6 7 7
242 blaOXA-211_fam CARBAPENEM bla-D 0 2 2 7 8 9 10 10 11 11 11 11 11 11 11
243 blaOXA-213_fam CARBAPENEM bla-D 0 1 2 32 34 38 42 47 51 67 67 86 97 99 102
244 blaOXA-214_fam BETA-LACTAM bla-D 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 2 2 2 2
245 blaOXA-214_fam CARBAPENEM bla-D 0 2 2 4 4 4 4 4 5 5 5 5 5 5 5
246 blaOXA-229_fam CARBAPENEM bla-D 0 0 3 8 9 9 9 9 10 15 17 23 25 26 26
247 blaOXA-266_fam BETA-LACTAM bla-D 0 0 0 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2
248 blaOXA-274_fam CARBAPENEM bla-D 0 0 0 2 4 5 5 5 5 5 5 6 6 6 6
249 blaOXA-286_fam CARBAPENEM bla-D 0 0 0 10 13 13 13 15 15 15 15 15 16 17 17
250 blaOXA-364_fam BETA-LACTAM bla-D 0 0 1 1 1 2 3 3 3 5 5 5 5 5 5
251 blaOXA-372_fam CARBAPENEM bla-D 0 0 0 0 1 1 1 1 2 2 2 3 3 3 3
252 blaOXA-493_fam BETA-LACTAM bla-D 0 0 0 0 0 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2
253 blaOXA-542_fam CARBAPENEM bla-D 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1
254 blaOXA-548_fam BETA-LACTAM bla-D 0 0 0 0 0 0 0 6 6 6 6 6 6 6 6
255 blaOXA-576_fam BETA-LACTAM bla-D 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1
256 blaOXA-727_fam BETA-LACTAM bla-D 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 2 2 2 2 2
257