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8 {"identifiers":{"genomicHGVSId":"1:g.10539C>A"},"variantInternalId":"chr1_10539_C_A","variation":{"variantType":"SNP","location":{"interval":{"start":{"type":"Number","value":10538},"type":"SequenceInterval","end":{"type":"Number","value":10539}},"type":"SequenceLocation","sequence_id":"HGVSid:1:g.10539C>A"},"referenceBases":"C","alternateBases":"A"},"variantQuality":{"QUAL":100,"FILTER":"PASS"},"_info":{"datasetId":"beacon","genome":"hg19","vcf2bff":{"cwd":"/tmp/tmphh5lpw3n/job_working_directory/000/2/working","hostname":"galaxy-planemo-khaled-2","fileout":"genomicVariationsVcf.json.gz","version":"2.0.0","filein":"./sample.vcf.gz","user":"khaled","projectDir":"./","ncpuhost":4}},"_position":{"start":[10538],"assemblyId":"hg19","refseqId":"1","endInteger":10539,"end":[10539],"startInteger":10538},"molecularAttributes":{"molecularEffects":[{"id":"ENSGLOSSARY:0000164","label":"upstream_gene_variant"},{"id":"ENSGLOSSARY:0000164","label":"upstream_gene_variant"},{"label":"downstream_gene_variant","id":"ENSGLOSSARY:0000165"},{"label":"intergenic_region","id":"ENSGLOSSARY:0000174"}],"aminoacidChanges":["","","","."],"annotationImpact":["MODIFIER","MODIFIER","MODIFIER","MODIFIER"],"geneIds":["LOC102725121","DDX11L1","WASH7P","CHR_START-LOC102725121"]},"caseLevelData":[{"zygosity":{"id":"GENO:GENO_0000458","label":"0|1"},"biosampleId":"HG01461"},{"zygosity":{"id":"GENO:GENO_0000458","label":"0|1"},"biosampleId":"HG02775"},{"zygosity":{"label":"0|1","id":"GENO:GENO_0000458"},"biosampleId":"NA20822"}]},
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iuc
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