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comparison test-data/genomicVariationsVcf.json @ 0:30605b5fc43f draft

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author iuc
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6 {"caseLevelData":[{"biosampleId":"HG02315","zygosity":{"label":"0|1","id":"GENO:GENO_0000458"}}],"molecularAttributes":{"geneIds":["LOC102725121","DDX11L1","WASH7P","CHR_START-LOC102725121"],"annotationImpact":["MODIFIER","MODIFIER","MODIFIER","MODIFIER"],"molecularEffects":[{"id":"ENSGLOSSARY:0000164","label":"upstream_gene_variant"},{"label":"upstream_gene_variant","id":"ENSGLOSSARY:0000164"},{"id":"ENSGLOSSARY:0000165","label":"downstream_gene_variant"},{"label":"intergenic_region","id":"ENSGLOSSARY:0000174"}],"aminoacidChanges":["","","","."]},"_info":{"vcf2bff":{"projectDir":"./","user":"khaled","ncpuhost":4,"filein":"./sample.vcf.gz","version":"2.0.0","cwd":"/tmp/tmphh5lpw3n/job_working_directory/000/2/working","fileout":"genomicVariationsVcf.json.gz","hostname":"galaxy-planemo-khaled-2"},"datasetId":"beacon","genome":"hg19"},"variantQuality":{"FILTER":"PASS","QUAL":100},"_position":{"endInteger":10506,"end":[10506],"startInteger":10505,"start":[10505],"assemblyId":"hg19","refseqId":"1"},"variation":{"variantType":"SNP","location":{"sequence_id":"HGVSid:1:g.10506C>G","type":"SequenceLocation","interval":{"start":{"value":10505,"type":"Number"},"end":{"type":"Number","value":10506},"type":"SequenceInterval"}},"referenceBases":"C","alternateBases":"G"},"variantInternalId":"chr1_10506_C_G","identifiers":{"genomicHGVSId":"1:g.10506C>G"}},
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9 {"variantQuality":{"QUAL":100,"FILTER":"PASS"},"_info":{"genome":"hg19","datasetId":"beacon","vcf2bff":{"user":"khaled","projectDir":"./","ncpuhost":4,"version":"2.0.0","filein":"./sample.vcf.gz","cwd":"/tmp/tmphh5lpw3n/job_working_directory/000/2/working","hostname":"galaxy-planemo-khaled-2","fileout":"genomicVariationsVcf.json.gz"}},"_position":{"start":[10541],"assemblyId":"hg19","refseqId":"1","startInteger":10541,"endInteger":10542,"end":[10542]},"molecularAttributes":{"annotationImpact":["MODIFIER","MODIFIER","MODIFIER","MODIFIER"],"geneIds":["LOC102725121","DDX11L1","WASH7P","CHR_START-LOC102725121"],"aminoacidChanges":["","","","."],"molecularEffects":[{"label":"upstream_gene_variant","id":"ENSGLOSSARY:0000164"},{"label":"upstream_gene_variant","id":"ENSGLOSSARY:0000164"},{"label":"downstream_gene_variant","id":"ENSGLOSSARY:0000165"},{"id":"ENSGLOSSARY:0000174","label":"intergenic_region"}]},"caseLevelData":[{"zygosity":{"id":"GENO:GENO_0000458","label":"1|0"},"biosampleId":"HG02064"}],"identifiers":{"genomicHGVSId":"1:g.10542C>T"},"variation":{"location":{"interval":{"end":{"value":10542,"type":"Number"},"type":"SequenceInterval","start":{"value":10541,"type":"Number"}},"type":"SequenceLocation","sequence_id":"HGVSid:1:g.10542C>T"},"referenceBases":"C","alternateBases":"T","variantType":"SNP"},"variantInternalId":"chr1_10542_C_T"},
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