# HG changeset patch # User iuc # Date 1625355217 0 # Node ID 553b27c30eb8284786a8a1c3f7c445553a9d7440 "planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/beagle commit ccb3f8eaa99490f8513200e45fc59e5011fb41e8" diff -r 000000000000 -r 553b27c30eb8 beagle.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/beagle.xml Sat Jul 03 23:33:37 2021 +0000 @@ -0,0 +1,314 @@ + + phasing genotypes and imputing ungenotyped markers + + macros.xml + + + + + + +
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+ `_ + +---- + +.. class:: infomark + +**Input files** + +Beagle uses `Variant Call Format `_ +(VCF) 4.3 for input and output genotype data. Pseuodoautosomal and non-pseudoautosomal +X-chromosome genotypes must be in separate input files and analysed separately unless male +haploid genotypes are coded as homozygous diploid genotypes. + +In the VCF file, if any heterozygote genotype is unphased (with "/" allele separator) in a marker window, +it will consider all heterozygote genotypes to be unphased, regardless of the allele separator used ("|" or "/"). +Beagle assumes that an the VCF file has a name ending in ".gz" is compressed with gzip or bgzip, +and that a reference VCF file that has a name ending in β€œ.bref3” is compressed with bref version 3. + +---- + +.. class:: infomark + +**Output files** + +There are two output files. The log file gives a summary of the analysis that includes the +Beagle version, the command line arguments, and compute time. + +The vcf.gz file is a bgzip-compressed VCF file that contains phased, non-missing +genotypes for all non-reference samples. The output vcf.gz file can be uncompressed with the +unix gunzip utility. + +If a reference panel is specified and ungenotyped markers are imputed, the VCF INFO +field will contain: + + :: + + - A "DR2" subfield with the estimated squared correlation between the estimated allele dose and the true allele dose. + - An "AF" subfield with the estimated alternate allele frequencies in the target samples. + - The "IMP" flag if the marker is imputed. + + ]]> + +
diff -r 000000000000 -r 553b27c30eb8 macros.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Sat Jul 03 23:33:37 2021 +0000 @@ -0,0 +1,23 @@ + + 5.2_21Apr21.304 + 0 + + + topic_0196 + + + operation_0487 + + + + + beagle + + + + + 10.1016/j.ajhg.2018.07.015 + 10.1086/521987 + + + diff -r 000000000000 -r 553b27c30eb8 test-data/plink.map --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/plink.map Sat Jul 03 23:33:37 2021 +0000 @@ -0,0 +1,664 @@ +22 . 1.457757 15287922 +22 . 1.585395 16370978 +22 . 1.585931 16372046 +22 . 1.586426 16373044 +22 . 1.586781 16373740 +22 . 1.587307 16374612 +22 . 1.587384 16374641 +22 . 1.58785 16374814 +22 . 1.587972 16374956 +22 . 1.588043 16375126 +22 . 1.588197 16375526 +22 . 1.58891 16377591 +22 . 1.588919 16377625 +22 . 1.589008 16378022 +22 . 1.589064 16378306 +22 . 1.589651 16381583 +22 . 1.589799 16382408 +22 . 1.594725 16384600 +22 . 1.609336 16389667 +22 . 1.611332 16390714 +22 . 1.627759 16397311 +22 . 1.628313 16397695 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