busco: test-data/test-db/busco_downloads/information/lineages

comparison test-data/test-db/busco_downloads/information/lineages_list.2021-12-14.txt @ 18:94170eee0ad8 draft

planemo upload commit 09dff03131fb917a00cc291580ed7c4f38b266c9

author	iuc
date	Fri, 14 Apr 2023 08:13:46 +0000
parents
children

comparison

equal deleted inserted replaced

-:e824f5d958d0
+:94170eee0ad8
+################################################
+Datasets available to be used with BUSCO v4 and v5:
+bacteria_odb10
+- acidobacteria_odb10
+- actinobacteria_phylum_odb10
+- actinobacteria_class_odb10
+- corynebacteriales_odb10
+- micrococcales_odb10
+- propionibacteriales_odb10
+- streptomycetales_odb10
+- streptosporangiales_odb10
+- coriobacteriia_odb10
+- coriobacteriales_odb10
+- aquificae_odb10
+- bacteroidetes-chlorobi_group_odb10
+- bacteroidetes_odb10
+- bacteroidia_odb10
+- bacteroidales_odb10
+- cytophagia_odb10
+- cytophagales_odb10
+- flavobacteriia_odb10
+- flavobacteriales_odb10
+- sphingobacteriia_odb10
+- chlorobi_odb10
+- chlamydiae_odb10
+- chloroflexi_odb10
+- cyanobacteria_odb10
+- chroococcales_odb10
+- nostocales_odb10
+- oscillatoriales_odb10
+- synechococcales_odb10
+- firmicutes_odb10
+- bacilli_odb10
+- bacillales_odb10
+- lactobacillales_odb10
+- clostridia_odb10
+- clostridiales_odb10
+- thermoanaerobacterales_odb10
+- selenomonadales_odb10
+- tissierellia_odb10
+- tissierellales_odb10
+- fusobacteria_odb10
+- fusobacteriales_odb10
+- planctomycetes_odb10
+- proteobacteria_odb10
+- alphaproteobacteria_odb10
+- rhizobiales_odb10
+- rhizobium-agrobacterium_group_odb10
+- rhodobacterales_odb10
+- rhodospirillales_odb10
+- rickettsiales_odb10
+- sphingomonadales_odb10
+- betaproteobacteria_odb10
+- burkholderiales_odb10
+- neisseriales_odb10
+- nitrosomonadales_odb10
+- delta-epsilon-subdivisions_odb10
+- deltaproteobacteria_odb10
+- desulfobacterales_odb10
+- desulfovibrionales_odb10
+- desulfuromonadales_odb10
+- epsilonproteobacteria_odb10
+- campylobacterales_odb10
+- gammaproteobacteria_odb10
+- alteromonadales_odb10
+- cellvibrionales_odb10
+- chromatiales_odb10
+- enterobacterales_odb10
+- legionellales_odb10
+- oceanospirillales_odb10
+- pasteurellales_odb10
+- pseudomonadales_odb10
+- thiotrichales_odb10
+- vibrionales_odb10
+- xanthomonadales_odb10
+- spirochaetes_odb10
+- spirochaetia_odb10
+- spirochaetales_odb10
+- synergistetes_odb10
+- tenericutes_odb10
+- mollicutes_odb10
+- entomoplasmatales_odb10
+- mycoplasmatales_odb10
+- thermotogae_odb10
+- verrucomicrobia_odb10
+archaea_odb10
+- thaumarchaeota_odb10
+- thermoprotei_odb10
+- thermoproteales_odb10
+- sulfolobales_odb10
+- desulfurococcales_odb10
+- euryarchaeota_odb10
+- thermoplasmata_odb10
+- methanococcales_odb10
+- methanobacteria_odb10
+- methanomicrobia_odb10
+- methanomicrobiales_odb10
+- halobacteria_odb10
+- halobacteriales_odb10
+- natrialbales_odb10
+- haloferacales_odb10
+eukaryota_odb10
+- alveolata_odb10
+- apicomplexa_odb10
+- aconoidasida_odb10
+- plasmodium_odb10
+- coccidia_odb10
+- euglenozoa_odb10
+- fungi_odb10
+- ascomycota_odb10
+- dothideomycetes_odb10
+- capnodiales_odb10
+- pleosporales_odb10
+- eurotiomycetes_odb10
+- chaetothyriales_odb10
+- eurotiales_odb10
+- onygenales_odb10
+- leotiomycetes_odb10
+- helotiales_odb10
+- saccharomycetes_odb10
+- sordariomycetes_odb10
+- glomerellales_odb10
+- hypocreales_odb10
+- basidiomycota_odb10
+- agaricomycetes_odb10
+- agaricales_odb10
+- boletales_odb10
+- polyporales_odb10
+- tremellomycetes_odb10
+- microsporidia_odb10
+- mucoromycota_odb10
+- mucorales_odb10
+- metazoa_odb10
+- arthropoda_odb10
+- arachnida_odb10
+- insecta_odb10
+- endopterygota_odb10
+- diptera_odb10
+- hymenoptera_odb10
+- lepidoptera_odb10
+- hemiptera_odb10
+- mollusca_odb10
+- nematoda_odb10
+- vertebrata_odb10
+- actinopterygii_odb10
+- cyprinodontiformes_odb10
+- tetrapoda_odb10
+- mammalia_odb10
+- eutheria_odb10
+- euarchontoglires_odb10
+- glires_odb10
+- primates_odb10
+- laurasiatheria_odb10
+- carnivora_odb10
+- cetartiodactyla_odb10
+- sauropsida_odb10
+- aves_odb10
+- passeriformes_odb10
+- stramenopiles_odb10
+- viridiplantae_odb10
+- chlorophyta_odb10
+- embryophyta_odb10
+- liliopsida_odb10
+- poales_odb10
+- eudicots_odb10
+- brassicales_odb10
+- fabales_odb10
+- solanales_odb10
+viruses (no root dataset)
+- alphaherpesvirinae_odb10
+- baculoviridae_odb10
+- rudiviridae_odb10
+- betaherpesvirinae_odb10
+- herpesviridae_odb10
+- poxviridae_odb10
+- tevenvirinae_odb10
+- aviadenovirus_odb10
+- enquatrovirus_odb10
+- teseptimavirus_odb10
+- bclasvirinae_odb10
+- fromanvirus_odb10
+- skunavirus_odb10
+- betabaculovirus_odb10
+- pahexavirus_odb10
+- alphabaculovirus_odb10
+- tunavirinae_odb10
+- simplexvirus_odb10
+- gammaherpesvirinae_odb10
+- varicellovirus_odb10
+- cheoctovirus_odb10
+- guernseyvirinae_odb10
+- tequatrovirus_odb10
+- chordopoxvirinae_odb10
+- peduovirus_odb10
+- iridoviridae_odb10
+- spounavirinae_odb10

Mercurial > repos > iuc > busco

comparison test-data/test-db/busco_downloads/information/lineages_list.2021-12-14.txt @ 18:94170eee0ad8 draft