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view test-data/alignments/1.maf @ 5:a64dc31ab7f2 draft

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"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/circos commit 39a0176dab234a07118a79ac44ca7d79469d3b91"
author iuc
date Thu, 23 Jan 2020 07:27:22 -0500
parents 014a21767ac4
children
line wrap: on
line source

##maf version=1 scoring=lastz.v1.04.00
# lastz.v1.04.00 --strand=both --ambiguous=iupac --chain --traceback=160M --format=maf --action:target=multiple
#
# hsp_threshold      = 3000
# gapped_threshold   = 3000
# x_drop             = 910
# y_drop             = 9400
# gap_open_penalty   = 400
# gap_extend_penalty = 30
#        A    C    G    T
#   A   91 -114  -31 -123
#   C -114  100 -125  -31
#   G  -31 -125  100 -114
#   T -123  -31 -114   91
a score=8421
s CP020543.1 76314 796 + 4617024 ATGTTGCTTATGGCATTGATAAAAACTTTCTTTTTGGTTGTGGTGTTTCAATCACGTCAGTTTTGTTACATAACAACGACGTGAGTTTTGTTTTCCACGTTTTTATTGATGATATCCCTGAAGCCGATATCCAGCGTTTAGCCCAATTGGCGAAAAGCTATCGTACCTGTATCCAGATCCATCTGGTAAATTGTGAACGGCTTAAGGCATTACCGACGACCAAAAATTGGTCTATTGCCATGTATTTCCGTTTTGTAATTGCAGATTACTTTATTGA-------TCAACAAGATAAGATCCTTTACCTGGATGCTGATATCGCCTGTCAGGGAAACTTAAAGCCGCTGATAACAATGGATCTTGCCAATAACGTTGCTGCTGTTGTTACTGAACGCGATGCTAACTGGTGGTCGTTACGGGGTCAAAGTCTGCAGTGTAATGAACTTGAAAAGGGTTACTTTAATTCAGGTGTCCTGTTAATTAAT-----ACACTAGCGTGGGCGCAG----GAGTCCGTTTCTGCTAAAGCGATGTCGATGCTTGCTGATAAAACCATCGTTTCCCATTTAACCTATATGGATCAAGATATTCTTAATCTTATCCTGTTAGGGAAAGTTAAATTCATTGATGCTAAATACAATACGCAG---TTTAGTTTAAATTATGAATTAAAAAAATCATTTGTTTGTC------------------------CAATTAATGATGAAACCGTATTAATTCATTATGTCGGCCCGACAAAACCCTGGCATTACTGGGCCAGTTATCCAAGTGCGCAACCATTTATCAAAGCCAAAGAAGCATCGCCCTGGAAAAA
s CP020543.2 77326 805 + 4617024 ATGTTTCCTACGGTATCGATAAGAATTTTTTGTATGGTGCTGGCGTTTCAATTTCTTCCGTTTTGATTAATAATTCAGATATTAATTTTGTCTTTCATGTTTTCACTGATTATGTGGATGATGATTATTTAAAGTCATTTAATGAAACAGCAAAACAATTTAATACCTCAATTATTGTATATTTAATTGACCCCAAATACTTTGCTGATCTGCCGACGTCACAGTTTTGGTCGTACGCGACATACTTCAGGGTATTGTCTTTTGAATATCTGAGTGAAAGTATTTCCACA-------CTGCTGTATCTGGATGCCGATGTTGTTTGTAAAGGAAGCCTGAAACCTCTCACAGAAATTATATTTAAAGATGAGTTTGCTGCGGTCATTCCTGA---CAATGATAGTACTCAGGCGGCATGTGCAAAACGCCTCAACATTCCCGAAATGAATGGACGTTATTTCAATGCAGGCGTTATCTATGTCAATCTTAAAAAATGGCATGAA-GCAAATTTGACACCGTATTTACTCAAACTTTTACGA--------GGGGAAACTAAATATGGCTCTCTTAAATATTTAGATCAGGATGCGTTGAATATCGC------------ATTTAA---TATGAATAATATCTACCTTGCGAAGGGTTTTGATACTATTTATACCCTGAAAAACGAACTTTATGATCGTAGTCATCGAAAGTATCAGCAAACCATTACCGATAAAACAGTGTTGATTCACTATACAGGGATAACTAAACCATGGCATAGCTGGGCTGGATATCCGTCTGCATCATACTTTAATATCGCGCGTGAACAATCTCCCTGGAAGAA
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