Mercurial > repos > iuc > cnvkit_reference
directory /test-data/ @ 5:ee80db1d39c0 draft
| name | size | permissions | 
|---|---|---|
| [up] | drwxr-xr-x | |
|  access-excludes.bed | 0 | -rw-r--r-- | 
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|  capture.bed | 579 | -rw-r--r-- | 
|  capture.split.bed | 653 | -rw-r--r-- | 
|  capture.target.bed | 208 | -rw-r--r-- | 
|  excludes.bed | 0 | -rw-r--r-- | 
|  excludes_1.bed | 0 | -rw-r--r-- | 
|  fasta_indexes.loc | 1157 | -rw-r--r-- | 
|  gene-breaks.txt | 57 | -rw-r--r-- | 
|  gene-sex.txt | 59 | -rw-r--r-- | 
|  gene_genemetrics.txt | 31 | -rw-r--r-- | 
|  gene_segmetrics.cns | 106 | -rw-r--r-- | 
|  genome.fasta | 16909 | -rw-r--r-- | 
|  genome.fasta.fai | 19 | -rw-r--r-- | 
|  multible_capture.antitarget.bed | 0 | -rw-r--r-- | 
|  normal.antitargetcoverage.cnn | 31 | -rw-r--r-- | 
|  normal.bam | 245496 | -rw-r--r-- | 
|  normal.bam.bai | 128 | -rw-r--r-- | 
|  normal.targetcoverage.cnn | 2070 | -rw-r--r-- | 
|  ref-tas.cnn | 2572 | -rw-r--r-- | 
|  reference.antitarget-tmp.bed | 0 | -rw-r--r-- | 
|  reference.cnn | 3226 | -rw-r--r-- | 
|  reference.cnn.1 | 3226 | -rw-r--r-- | 
|  reference.cnn.2 | 2556 | -rw-r--r-- | 
|  reference.target-tmp.bed | 1081 | -rw-r--r-- | 
|  sample-diagram.pdf | 6747 | -rw-r--r-- | 
|  sample-heatmap.png | 11753 | -rw-r--r-- | 
|  sample-scatter.pdf | 10490 | -rw-r--r-- | 
|  sample-scatter.png | 12015 | -rw-r--r-- | 
|  sample.cnr | 2399 | -rw-r--r-- | 
|  sample.cns | 94 | -rw-r--r-- | 
|  sample.cnv.bed | 26 | -rw-r--r-- | 
|  sample.cnv.cdt | 2522 | -rw-r--r-- | 
|  sample.cnv.input | 90 | -rw-r--r-- | 
|  sample.cnv.jtv | 1856 | -rw-r--r-- | 
|  sample.cnv.seg | 79 | -rw-r--r-- | 
|  sample.cnv.tsv | 2345 | -rw-r--r-- | 
|  sample.cnv.txt | 1463 | -rw-r--r-- | 
|  sample.cnv.vcf | 1547 | -rw-r--r-- | 
|  sample.targetcoverage.cnn | 1205 | -rw-r--r-- | 
|  test.targetcoverage.cnn | 2092 | -rw-r--r-- | 
|  tumor-diagram.pdf | 6757 | -rw-r--r-- | 
|  tumor-heatmap.png | 8239 | -rw-r--r-- | 
|  tumor-scatter.pdf | 10661 | -rw-r--r-- | 
|  tumor-scatter.png | 13642 | -rw-r--r-- | 
|  tumor.antitargetcoverage.cnn | 31 | -rw-r--r-- | 
|  tumor.bam | 52884 | -rw-r--r-- | 
|  tumor.bam.bai | 104 | -rw-r--r-- | 
|  tumor.bintest.cns | 1890 | -rw-r--r-- | 
|  tumor.call.cns | 112 | -rw-r--r-- | 
|  tumor.cnr | 2265 | -rw-r--r-- | 
|  tumor.cns | 123 | -rw-r--r-- | 
|  tumor.targetcoverage.cnn | 2092 | -rw-r--r-- | 
|  tumor_1.bam | 52884 | -rw-r--r-- | 
