|
[up]
|
|
drwxr-xr-x |
 F3D0_S188_L001_R1_001.fastq.gz
|
75124 |
-rw-r--r-- |
|
F3D0_S188_L001_R1_001.tab
|
59 |
-rw-r--r-- |
|
F3D0_S188_L001_R2_001.fastq.gz
|
102152 |
-rw-r--r-- |
|
F3D141_S207_L001_R1_001.fastq.gz
|
70756 |
-rw-r--r-- |
|
F3D141_S207_L001_R1_001.tab
|
61 |
-rw-r--r-- |
|
F3D141_S207_L001_R2_001.fastq.gz
|
101187 |
-rw-r--r-- |
|
assignTaxonomyAddspecies.tab
|
9743 |
-rw-r--r-- |
|
assignTaxonomyAddspecies_boot.tab
|
8540 |
-rw-r--r-- |
|
complexity.pdf
|
5176 |
-rw-r--r-- |
|
complexity_fwd.pdf
|
5995 |
-rw-r--r-- |
|
complexity_rev.pdf
|
6001 |
-rw-r--r-- |
|
dada2_species.loc
|
447 |
-rw-r--r-- |
|
dada2_taxonomy.loc
|
473 |
-rw-r--r-- |
|
dada_F3D0_S188_L001_R1.Rdata
|
41788 |
-rw-r--r-- |
|
dada_F3D0_S188_L001_R2.Rdata
|
38444 |
-rw-r--r-- |
|
dada_F3D141_S207_L001_R1.Rdata
|
32630 |
-rw-r--r-- |
|
dada_F3D141_S207_L001_R2.Rdata
|
27810 |
-rw-r--r-- |
|
filterAndTrim.tab
|
61 |
-rw-r--r-- |
|
filterAndTrim_F3D0_R1.fq.gz
|
74613 |
-rw-r--r-- |
|
filterAndTrim_F3D0_R2.fq.gz
|
101226 |
-rw-r--r-- |
|
filterAndTrim_F3D141_R1.fq.gz
|
70198 |
-rw-r--r-- |
|
filterAndTrim_F3D141_R2.fq.gz
|
99746 |
-rw-r--r-- |
|
filterAndTrim_single_F3D0_R1.fq.gz
|
32255 |
-rw-r--r-- |
|
filterAndTrim_single_F3D141_R1.fq.gz
|
41171 |
-rw-r--r-- |
|
filterAndTrim_single_filters_F3D0_R1.fq.gz
|
13372 |
-rw-r--r-- |
|
filterAndTrim_single_filters_F3D141_R1.fq.gz
|
14212 |
-rw-r--r-- |
|
filterAndTrim_single_trimmers_F3D0_R1.fq.gz
|
12875 |
-rw-r--r-- |
|
filterAndTrim_single_trimmers_F3D141_R1.fq.gz
|
12677 |
-rw-r--r-- |
|
gentest.R
|
7673 |
-rw-r--r-- |
|
learnErrors.pdf
|
14372 |
-rw-r--r-- |
|
learnErrors_R1.Rdata
|
14233 |
-rw-r--r-- |
|
learnErrors_R1.pdf
|
14259 |
-rw-r--r-- |
|
learnErrors_R2.Rdata
|
14504 |
-rw-r--r-- |
|
makeSequenceTable.pdf
|
4545 |
-rw-r--r-- |
|
makeSequenceTable.tab
|
8054 |
-rw-r--r-- |
|
mergePairs_F3D0_S188_L001.Rdata
|
1632 |
-rw-r--r-- |
|
mergePairs_F3D0_S188_L001_nondefault.Rdata
|
2790 |
-rw-r--r-- |
|
mergePairs_F3D141_S207_L001.Rdata
|
1050 |
-rw-r--r-- |
|
mergePairs_F3D141_S207_L001_nondefault.Rdata
|
1977 |
-rw-r--r-- |
|
qualityProfile.pdf
|
27310 |
-rw-r--r-- |
|
qualityProfile_fwd.pdf
|
48761 |
-rw-r--r-- |
|
qualityProfile_rev.pdf
|
52974 |
-rw-r--r-- |
|
reference.fa.gz
|
67096 |
-rw-r--r-- |
|
reference_species.fa.gz
|
32638 |
-rw-r--r-- |
|
removeBimeraDenovo.tab
|
8054 |
-rw-r--r-- |
|
removeBimeraDenovo_F3D0_dada_uniques.tab
|
10945 |
-rw-r--r-- |
|
removeBimeraDenovo_F3D0_mergepairs.Rdata
|
2021 |
-rw-r--r-- |
|
seqCounts_dadaF.tab
|
82 |
-rw-r--r-- |
|
seqCounts_filter.tab
|
75 |
-rw-r--r-- |
|
seqCounts_filter_both.tab
|
111 |
-rw-r--r-- |
|
seqCounts_merge.tab
|
88 |
-rw-r--r-- |
|
seqCounts_nochim.tab
|
55 |
-rw-r--r-- |
|
seqCounts_seqtab.tab
|
55 |
-rw-r--r-- |
