# HG changeset patch
# User iuc
# Date 1645726840 0
# Node ID 6f6537780379d49613633ab48408ec7254b587fa
# Parent  4aab5ae907b64955783fa8236f3814cc323fdfdb
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/ena_upload commit 9961f24acebb17f837238df6541e1af59df1163b"

diff -r 4aab5ae907b6 -r 6f6537780379 check_remote.py
--- a/check_remote.py	Mon Nov 15 11:47:13 2021 +0000
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,23 +0,0 @@
-import json
-
-import requests
-
-URL = "https://www.ebi.ac.uk/ena/portal/api/search"
-
-
-def check_remote_entry(entry_type, query_dict, out_format='json'):
-    '''
-    Checks if an entry with that alias exists in the ENA repos
-    entry_type = [study | sample | experiment | run]
-    '''
-    assert entry_type in ['study', 'sample', 'experiment', 'run']
-    params_dict = {}
-    query_str = ' AND '.join(['%s="%s"' % (key, value) for (key, value) in query_dict.items()])
-    params_dict['query'] = query_str
-    params_dict['result'] = 'read_' + entry_type
-    params_dict['fields'] = entry_type + '_alias'
-    params_dict['format'] = out_format
-    response = requests.post(URL, data=params_dict)
-    if response.content != b'':
-        return json.loads(response.content)
-    return []
diff -r 4aab5ae907b6 -r 6f6537780379 dump_yaml.py
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/dump_yaml.py	Thu Feb 24 18:20:40 2022 +0000
@@ -0,0 +1,40 @@
+import sys
+
+import yaml
+
+
+def fetch_table_data(table_path):
+    data_dict = {}
+    with open(table_path) as table_to_load:
+        # load headers
+        headers = table_to_load.readline().strip('\n').split('\t')
+        row_id = 0
+        for line in table_to_load.readlines():
+            # print(line)
+            line_data = line.strip('\n').split('\t')
+            row_dict = {}
+            for col_num in range(len(headers)):
+                col_name = headers[col_num]
+                row_dict[col_name] = line_data[col_num]
+            data_dict[row_id] = row_dict
+            row_id += 1
+        return data_dict
+
+
+all_data_dict = {}
+print('YAML -------------')
+studies_table_path = sys.argv[1]
+table_data = fetch_table_data(studies_table_path)
+all_data_dict['ENA_study'] = table_data
+samples_table_path = sys.argv[2]
+table_data = fetch_table_data(samples_table_path)
+all_data_dict['ENA_sample'] = table_data
+experiments_table_path = sys.argv[3]
+table_data = fetch_table_data(experiments_table_path)
+all_data_dict['ENA_experiment'] = table_data
+runs_table_path = sys.argv[4]
+table_data = fetch_table_data(runs_table_path)
+all_data_dict['ENA_run'] = table_data
+# print(all_data_dict)
+print(yaml.dump(all_data_dict))
+print('YAML -------------')
diff -r 4aab5ae907b6 -r 6f6537780379 ena_upload.xml
--- a/ena_upload.xml	Mon Nov 15 11:47:13 2021 +0000
+++ b/ena_upload.xml	Thu Feb 24 18:20:40 2022 +0000
@@ -1,11 +1,10 @@
 <tool id="ena_upload" name="ENA Upload tool" version="@VERSION@" profile="20.01" license="MIT">
     <macros>
-        <token name="@VERSION@">0.4.3</token>
+        <token name="@VERSION@">0.5.3</token>
         <import>samples_macros.xml</import>
     </macros>
     <requirements>
         <requirement type="package" version="@VERSION@">ena-upload-cli</requirement>
-        <requirement type="package" version="1.2.0">xlrd</requirement>
     </requirements>
     <stdio>
         <regex match="Oops" source="stderr" level="fatal"/>
@@ -27,30 +26,27 @@
 #if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables":
   python '$__tool_directory__/extract_tables.py' --action $action_options.action --out_dir ./submission_files --studies $studies_json;
 #end if
+        
+credentials_path='test_fake_path';
+echo "username: test_user" > \$credentials_path;
+echo "password: test_password" >> \$credentials_path;
 
-#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "excel_tables":
-    python '$__tool_directory__/process_xlsx.py'
-    #if $action_options.input_format_conditional.viral_submission == "true":
-        --vir 
-    #end if
-    #if $action_options.test_submit_parameters.submit_dev == "true":
-        --dev
-    #end if
-    --action '$action_options.action' --form '$action_options.input_format_conditional.xlsx_file' --out_dir ./submission_files --verbose > '$output';
-#end if
 
-#if $action_options.input_format_conditional.input_format != "user_generated_tables":
+#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables":
     cp $studies_table_path $studies_table_out &&
     cp $samples_table_path $samples_table_out &&
     cp $experiments_table_path $experiments_table_out &&
     cp $runs_table_path $runs_table_out &&
-#else:
+#end if
+#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "user_generated_tables":
     ln -s '$action_options.input_format_conditional.experiments_users_table' $experiments_table_path &&
     ln -s '$action_options.input_format_conditional.studies_users_table' $studies_table_path &&
     ln -s '$action_options.input_format_conditional.runs_users_table' $runs_table_path &&
     ln -s '$action_options.input_format_conditional.samples_users_table' $samples_table_path &&
 #end if
-
+#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "excel_tables":
+    ln -s '$action_options.input_format_conditional.xlsx_file' ./xlsx_input.xlsx &&
+#end if
 #if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "false" and $action_options.test_submit == "False":
     webin_id=`grep 'username' $credentials`;
     if [ "\$webin_id" = "" ]; then
@@ -73,9 +69,6 @@
     fi;
 #end if
 
-#if $action_options.test_submit == "True":
-    credentials_path='test_fake_path';
-#end if
 
 ## create the list of files to upload and make the symlinks 
 #import re      
@@ -156,7 +149,7 @@
             #if $file.is_of_type('fastq', 'fastqsanger'):
                 ## always compress add the gz extension
                 #if $action_options.input_format_conditional.run_input_format_conditional.add_extension == "true":
-                    #set $safename_reads_file = $safename_reads_file + 'fastq.gz'
+                    #set $safename_reads_file = $safename_reads_file + '.fastq.gz'
                 #else
                     #set $safename_reads_file = $safename_reads_file + '.gz'
                 #end if   
@@ -164,9 +157,9 @@
             #else
                 #if $action_options.input_format_conditional.run_input_format_conditional.add_extension == "true":
                     #if $file.is_of_type('fastq.gz', 'fastqsanger.gz'):
-                        #set $extension = 'fastq.gz'
+                        #set $extension = '.fastq.gz'
                     #elif $file.is_of_type('fastqsanger.bz2', 'fastq.bz2'):
-                        #set $extension = 'fastq.bz2'
+                        #set $extension = '.fastq.bz2'
                     #end if
                     #set $safename_reads_file = $safename_reads_file + $extension
                 #end if
@@ -177,8 +170,6 @@
     #end if
 #end if
 
-
-#if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "false":
 #if $action_options.action == "add":
 ena-upload-cli
     --tool 'ena-upload-cli v@VERSION@ @ Galaxy'
@@ -189,24 +180,27 @@
     #for $dataset in $files_to_upload:
         '$dataset'
     #end for
+#if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "true":
+    --draft
+#end if
+#if $action_options.input_format_conditional.input_format != "excel_tables":
+    --experiment '$experiments_table_path'
+    --study '$studies_table_path'
+    --run '$runs_table_path'
+    --sample '$samples_table_path'
+#else
+    --xlsx ./xlsx_input.xlsx 
+#end if
 --action add
---experiment '$experiments_table_path'
---study '$studies_table_path'
---run '$runs_table_path'
---sample '$samples_table_path'
 #if $action_options.input_format_conditional.input_format == "user_generated_tables":
-    #if "$action_options.input_format_conditional.viral_submission" == "true":
-        --checklist ERC000033
-    #end if
+        --checklist $action_options.input_format_conditional.checklist_id
 #else:
     #if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables":
         #if $action_options.input_format_conditional.conditional_viral_metadata.viral_sample == "true":
           --checklist ERC000033
         #end if
     #else:
-        #if $action_options.input_format_conditional.viral_submission == "true":
-          --checklist ERC000033
-        #end if
+          --checklist $action_options.input_format_conditional.checklist_id
     #end if
 #end if
 
@@ -216,6 +210,8 @@
     >> '$output';
 #end if
 
+
+
 #if $action_options.action == "modify":
     ena-upload-cli
     --tool 'ena-upload-cli v@VERSION@ @ Galaxy'
@@ -226,40 +222,54 @@
     #for $dataset in $files_to_upload:
         '$dataset'
     #end for
+#if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "true":
+    --draft
+#end if
+#if $action_options.input_format_conditional.input_format != "excel_tables":
+    --experiment '$experiments_table_path'
+    --study '$studies_table_path'
+    --run '$runs_table_path'
+    --sample '$samples_table_path'
+#else
+    --xlsx ./xlsx_input.xlsx 
+    --auto_action
+#end if
 --action 'modify'
---experiment '$experiments_table_path'
---study '$studies_table_path'
---run '$runs_table_path'
---sample '$samples_table_path'
 #if $action_options.input_format_conditional.input_format == "user_generated_tables":
-    #if "$action_options.input_format_conditional.viral_submission" == "true":
-        --checklist ERC000033
-    #end if
+        --checklist $action_options.input_format_conditional.checklist_id
 #else:
     #if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables":
         #if $action_options.input_format_conditional.conditional_viral_metadata.viral_sample == "true":
           --checklist ERC000033
         #end if
     #else:
-        #if $action_options.input_format_conditional.viral_submission == "true":
-          --checklist ERC000033
-        #end if
+          --checklist $action_options.input_format_conditional.checklist_id
     #end if
 #end if
     >> '$output';
 #end if
+
+#if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "false":
     echo -e 'center_name\t$action_options.center' >> '$output';
     echo -e 'action_option\t$action_options.action' >> '$output';
-    #if $action_options.input_format_conditional.input_format != "user_generated_tables":
-        cp $studies_table_path_updated $studies_table_out 2>/dev/null;
-        cp $samples_table_path_updated $samples_table_out 2>/dev/null;
-        cp $experiments_table_path_updated $experiments_table_out 2>/dev/null;
-        cp $runs_table_path_updated $runs_table_out 2>/dev/null;
-    #end if
-#else:
-    exit 0;
+#end if
+        
+## copy updated files
+#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "excel_tables":
+    ## for the excel input case, copy the upload-cli generated tables to the output files
+    ## this applies for both draft and real submissions
+    cp './ENA_template_experiment_updated.tsv' $experiments_table_out;
+    cp './ENA_template_sample_updated.tsv' $samples_table_out;
+    cp './ENA_template_study_updated.tsv' $studies_table_out;
+    cp './ENA_template_run_updated.tsv' $runs_table_out;
+#else
+    cp $studies_table_path_updated $studies_table_out 2>/dev/null;
+    cp $samples_table_path_updated $samples_table_out 2>/dev/null;
+    cp $experiments_table_path_updated $experiments_table_out 2>/dev/null;
+    cp $runs_table_path_updated $runs_table_out 2>/dev/null;
 #end if
 
+python '$__tool_directory__/dump_yaml.py' $studies_table_out $samples_table_out $experiments_table_out $runs_table_out >> $output;
 ]]></command>
     <configfiles>
         <configfile name="credentials"><![CDATA[
@@ -341,7 +351,7 @@
         </data>
     </outputs>
     <tests>
-        <!--Test 1:  excel input of VIRAL samples -->
+       <!--Test 1:  excel input of VIRAL samples -->
         <test>
             <conditional name="action_options">
                 <param name="action" value="add"/>
@@ -351,12 +361,12 @@
                 </section>
                 <conditional name="input_format_conditional">
                     <param name="input_format" value="excel_tables"/>
-                    <param name="viral_submission" value="True"/>
+                    <param name="checklist_id" value="ERC000033"/>
                     <param name="xlsx_file" value="metadata_test_viral.xlsx"/>
                     <conditional name="run_input_format_conditional">
-                        <param name="add_extension" value="true"/>
+                        <param name="add_extension" value="false"/>
                         <param name="run_input_format" value="multiple_selection_list"/>
-                        <param name="data" value="sample.fq"/>
+                        <param name="data" value="C030_exp5_clean.fastq,C053_exp5_clean.fastq,C026_exp5_clean.fastq,C067_exp5_clean.fastq"/>
                     </conditional>
                 </conditional>
             </conditional>
@@ -365,16 +375,15 @@
                 <assert_contents>
                     <has_n_lines n="5"/>
                     <has_n_columns n="17"/>
-                    <has_line_matching expression="alias\tstatus\taccession\ttitle\tstudy_alias\tsample_alias\tdesign_description\tlibrary_name\tlibrary_strategy\tlibrary_source\tlibrary_selection\tlibrary_layout\tinsert_size\tlibrary_construction_protocol\tplatform\tinstrument_model\tsubmission_date" />
-                    <has_line_matching expression="e_(.*)_026\tmodify\taccession_ena\tNanopore sequencing\tSARS-CoV-2_genomes_01\ts_(.*)"/>
+                    <has_line_matching expression="alias\ttitle\tstudy_alias\tsample_alias\tdesign_description\tlibrary_name\tlibrary_strategy\tlibrary_source\tlibrary_selection\tlibrary_layout\tinsert_size\tlibrary_construction_protocol\tplatform\tinstrument_model\taccession\tsubmission_date\tstatus"/>
+                    <has_line_matching expression="e_(.*)_026\tNanopore sequencing\tSARS-CoV-2_genomes_01\ts_(.*)"/>
                 </assert_contents>
             </output>
             <output name="studies_table_out">
                 <assert_contents>
                     <has_n_lines n="2"/>
-                    <has_n_columns n="8"/>
-                    <has_line_matching expression="alias\tstatus\taccession\ttitle\tstudy_type\tstudy_abstract\tpubmed_id\tsubmission_date"/>
-                    <has_line_matching expression="SARS-CoV-2_genomes_01\tadd\tENA_accession\tWhole-genome sequencing of SARS-CoV-2 from Covid-19 patients\tWhole Genome Sequencing\tWhole-genome sequences of SARS-CoV-2 from oro-pharyngeal swabs obtained from Covid-19 patients(.*)"/>
+                    <has_n_columns n="7"/>
+                    <has_line_matching expression="SARS-CoV-2_genomes_01\tWhole-genome sequencing of SARS-CoV-2 from Covid-19 patients\tWhole Genome Sequencing\tWhole-genome sequences of SARS-CoV-2 from oro-pharyngeal swabs obtained from Covid-19 patients(.*)"/>
                 </assert_contents>
             </output>
             <output name="samples_table_out">
@@ -387,8 +396,8 @@
                 <assert_contents>
                     <has_n_lines n="5"/>
                     <has_n_columns n="8"/>
-                    <has_line_matching expression="alias\tstatus\taccession\texperiment_alias\tfile_name\tfile_format\tfile_checksum\tsubmission_date"/>
-                    <has_line_matching expression="r_(.*)_026\tmodify\tena_run_accession\te_(.*)_026\tC026_exp5_clean.fastq.gz\tfastq\t\tsubmission_date_ENA"/>
+                    <has_line_matching expression="alias\texperiment_alias\tfile_name\tfile_format\taccession\tsubmission_date\tstatus\tfile_checksum"/>
+                    <has_line_matching expression="r_20201007_026\te_20201007_026\tC026_exp5_clean.fastq.gz\tFASTQ(.*)"/>
                 </assert_contents>
             </output>
         </test>
@@ -402,12 +411,12 @@
                 </section>
                 <conditional name="input_format_conditional">
                     <param name="input_format" value="excel_tables"/>
-                    <param name="viral_submission" value="True"/>
+                    <param name="checklist_id" value="ERC000033"/>
                     <param name="xlsx_file" value="metadata_test_viral_optional_columns.xlsx"/>
                     <conditional name="run_input_format_conditional">
-                        <param name="add_extension" value="true"/>
+                        <param name="add_extension" value="false"/>
                         <param name="run_input_format" value="multiple_selection_list"/>
-                        <param name="data" value="sample.fq"/>
+                        <param name="data" value="C030_exp5_clean.fastq,C053_exp5_clean.fastq,C026_exp5_clean.fastq,C067_exp5_clean.fastq"/>
                     </conditional>
                 </conditional>
             </conditional>
@@ -416,30 +425,39 @@
                 <assert_contents>
                     <has_n_lines n="5"/>
                     <has_n_columns n="17"/>
-                    <has_line_matching expression="alias\tstatus\taccession\ttitle\tstudy_alias\tsample_alias\tdesign_description\tlibrary_name\tlibrary_strategy\tlibrary_source\tlibrary_selection\tlibrary_layout\tinsert_size\tlibrary_construction_protocol\tplatform\tinstrument_model\tsubmission_date" />
-                    <has_line_matching expression="e_(.*)_026\tmodify\taccession_ena\tNanopore sequencing\tSARS-CoV-2_genomes_01\ts_(.*)"/>
+                    <has_line_matching expression="alias\ttitle\tstudy_alias\tsample_alias\tdesign_description\tlibrary_name\tlibrary_strategy\tlibrary_source\tlibrary_selection\tlibrary_layout\tinsert_size\tlibrary_construction_protocol\tplatform\tinstrument_model\taccession\tsubmission_date\tstatus"/>
+                    <has_line_matching expression="e_(.*)_026\tNanopore sequencing\tSARS-CoV-2_genomes_01\ts_(.*)"/>
                 </assert_contents>
             </output>
             <output name="studies_table_out">
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-                    <has_n_columns n="8"/>
-                    <has_line_matching expression="alias\tstatus\taccession\ttitle\tstudy_type\tstudy_abstract\tpubmed_id\tsubmission_date"/>
-                    <has_line_matching expression="SARS-CoV-2_genomes_01\tadd\tENA_accession\tWhole-genome sequencing of SARS-CoV-2 from Covid-19 patients\tWhole Genome Sequencing\tWhole-genome sequences of SARS-CoV-2 from oro-pharyngeal swabs obtained from Covid-19 patients(.*)"/>
+                    <has_n_columns n="7"/>
+                    <has_line_matching expression="alias\ttitle\tstudy_type\tstudy_abstract\taccession\tsubmission_date\tstatus"/>
+                    <has_line_matching expression="SARS-CoV-2_genomes_01\tWhole-genome sequencing of SARS-CoV-2 from Covid-19 patients\tWhole Genome Sequencing\tWhole-genome sequences of SARS-CoV-2 from oro-pharyngeal swabs obtained from Covid-19 patients(.*)"/>
                 </assert_contents>
             </output>
             <output name="samples_table_out">
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             <output name="runs_table_out">
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-                    <has_line_matching expression="alias\tstatus\taccession\texperiment_alias\tfile_name\tfile_format\tfile_checksum\tsubmission_date"/>
-                    <has_line_matching expression="r_(.*)_026\tmodify\tena_run_accession\te_(.*)_026\tC026_exp5_clean.fastq.gz\tfastq\t\tsubmission_date_ENA"/>
+                    <has_line_matching expression="alias\texperiment_alias\tfile_name\tfile_format\taccession\tsubmission_date\tstatus\tfile_checksum"/>
+                    <has_line_matching expression="r_20201007_026\te_20201007_026\tC026_exp5_clean.fastq.gz\tFASTQ(.*)"/>
+                </assert_contents>
+            </output>
+            <output name="output">
+                <assert_contents>
+                    <has_line_matching expression="YAML -------------"/>
+                    <has_line_matching expression="ENA_experiment:"/>
+                    <has_line_matching expression="ENA_sample:"/>
+                    <has_line_matching expression="ENA_study:"/>
+                    <has_line_matching expression="ENA_run:"/>
                 </assert_contents>
             </output>
         </test>
@@ -453,43 +471,43 @@
                 </section>
                 <conditional name="input_format_conditional">
                     <param name="input_format" value="excel_tables"/>
-                    <param name="viral_submission" value="False"/>
-                    <param name="xlsx_file" value="metadata_test_nonviral.xlsx"/>
+                    <param name="checklist_id" value="ERC000011"/>
+                    <param name="xlsx_file" value="metadata_test_nonviral_1_run.xlsx"/>
                     <conditional name="run_input_format_conditional">
                         <param name="add_extension" value="true"/>
                         <param name="run_input_format" value="multiple_selection_list"/>
-                        <param name="data" value="sample.fq"/>
+                        <param name="data" value="sample_no_extension"/>
                     </conditional>
                 </conditional>
             </conditional>
             <param name="center" value="Some research center"/>
             <output name="experiments_table_out">
                 <assert_contents>
-                    <has_n_lines n="5"/>
+                    <has_n_lines n="2"/>
                     <has_n_columns n="17"/>
-                    <has_line_matching expression="alias\tstatus\taccession\ttitle\tstudy_alias\tsample_alias\tdesign_description\tlibrary_name\tlibrary_strategy\tlibrary_source\tlibrary_selection\tlibrary_layout\tinsert_size\tlibrary_construction_protocol\tplatform\tinstrument_model\tsubmission_date" />
+                    <has_line_matching expression="alias\ttitle\tstudy_alias\tsample_alias\tdesign_description\tlibrary_name\tlibrary_strategy\tlibrary_source\tlibrary_selection\tlibrary_layout\tinsert_size\tlibrary_construction_protocol\tplatform\tinstrument_model\taccession\tsubmission_date\tstatus"/>
                 </assert_contents>
             </output>
             <output name="studies_table_out">
                 <assert_contents>
                     <has_n_lines n="2"/>
-                    <has_n_columns n="8"/>
-                    <has_line_matching expression="alias\tstatus\taccession\ttitle\tstudy_type\tstudy_abstract\tpubmed_id\tsubmission_date"/>
+                    <has_n_columns n="7"/>
+                    <has_line_matching expression="alias\ttitle\tstudy_type\tstudy_abstract\taccession\tsubmission_date\tstatus"/>
                 </assert_contents>
             </output>
             <output name="samples_table_out">
                 <assert_contents>
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+                    <has_n_lines n="2"/>
                     <has_n_columns n="8"/>
-                        <has_line_matching expression="alias\ttitle\tscientific_name\tsample_description\tstatus\taccession\ttaxon_id\tsubmission_date"/>
+                    <has_line_matching expression="alias\ttitle\tscientific_name\tsample_description\taccession\tsubmission_date\tstatus\ttaxon_id"/>
                 </assert_contents>
             </output>
             <output name="runs_table_out">
                 <assert_contents>
-                    <has_n_lines n="5"/>
+                    <has_n_lines n="2"/>
                     <has_n_columns n="8"/>
-                    <has_line_matching expression="alias\tstatus\taccession\texperiment_alias\tfile_name\tfile_format\tfile_checksum\tsubmission_date"/>
-                    <has_line_matching expression="r_(.*)_026\tmodify\tena_run_accession\te_(.*)_026\tC026_exp5_clean.fastq.gz\tfastq\t\tsubmission_date_ENA"/>
+                    <has_line_matching expression="alias\texperiment_alias\tfile_name\tfile_format\taccession\tsubmission_date\tstatus\tfile_checksum"/>
+                    <has_line_matching expression="r_20201007_026\te_20201007_026\tsample_no_extension.fastq.gz\tFASTQ(.*)"/>
                 </assert_contents>
             </output>
         </test>
@@ -504,7 +522,7 @@
                 <conditional name="input_format_conditional">
                     <param name="add_extension" value="true"/>
                     <param name="input_format" value="excel_tables"/>
-                    <param name="viral_submission" value="False"/>
+                    <param name="checklist_id" value="ERC000011"/>
                     <param name="xlsx_file" value="metadata_test_nonviral.xlsx"/>
                     <conditional name="run_input_format_conditional">
                         <param name="run_input_format" value="paired_list"/>
@@ -538,7 +556,7 @@
                 </section>
                 <conditional name="input_format_conditional">
                     <param name="input_format" value="build_tables"/>
-                    <param name="add_extension" value="true"/>
+                    <param name="add_extension" value="false"/>
                     <conditional name="conditional_viral_metadata">
                         <param name="viral_sample" value="False"/>
                         <repeat name="rep_study">
@@ -550,7 +568,7 @@
                                 <param name="sample_title" value="Test Sample title"/>
                                 <param name="sample_description" value="Test Sample description"/>
                                 <param name="scientific_name" value="Test Sample scientific name"/>
-                                <param name="tax_id" value="Test Sample tax_id"/>
+                                <param name="tax_id" value="2697049"/>
                                 <repeat name="rep_experiment">
                                     <param name="experiment_title" value="Test experiment title"/>
                                     <param name="experiment_design" value="Test experiment design description"/>
@@ -563,7 +581,7 @@
                                     <param name="platform" value="ILLUMINA"/>
                                     <param name="instrument_model" value="Illumina HiSeq 4000"/>
                                     <repeat name="rep_runs">
-                                        <param name="upload_files" value="1.fastqsanger.gz,sample.fq" ftype="fastqsanger"/>
+                                        <param name="upload_files" value="1.fastqsanger.gz,sample.fq" ftype="fastqsanger.gz"/>
                                     </repeat>
                                 </repeat>
                             </repeat>
@@ -621,7 +639,7 @@
                                 <param name="sample_title" value="Test Sample title"/>
                                 <param name="sample_description" value="Test Sample description"/>
                                 <param name="scientific_name" value="Test Sample scientific name"/>
-                                <param name="tax_id" value="Test Sample tax_id"/>
+                                <param name="tax_id" value="2697049"/>
                                 <repeat name="rep_experiment">
                                     <param name="experiment_title" value="Test experiment title"/>
                                     <param name="experiment_design" value="Test experiment design description"/>
@@ -649,16 +667,16 @@
         </test>
         <!--Test 7: with submit_test to skip credentials checksRUN failing build tables from user input fields NON-VIRAL samples
             also tests compression of uncompressed inputs and adding the .gz suffix -->
-        <test expect_failure="true">
+        <test expect_failure="false">
             <conditional name="action_options">
                 <param name="action" value="add"/>
                 <section name="test_submit_parameters">
                     <param name="submit_dev" value="true" />
-                    <param name="dry_run" value="false" />
+                    <param name="dry_run" value="true" />
                 </section>
                 <param name="test_submit" value="True"/>
                 <conditional name="input_format_conditional">
-                    <param name="add_extension" value="true"/>
+                    <param name="add_extension" value="false"/>
                     <param name="input_format" value="build_tables"/>
                     <conditional name="conditional_viral_metadata">
                         <param name="viral_sample" value="false"/>
@@ -671,7 +689,7 @@
                                 <param name="sample_title" value="Test Sample title"/>
                                 <param name="sample_description" value="Test Sample description"/>
                                 <param name="scientific_name" value="Test Sample scientific name"/>
-                                <param name="tax_id" value="Test Sample tax_id"/>
+                                <param name="tax_id" value="2697049"/>
                                 <repeat name="rep_experiment">
                                     <param name="experiment_title" value="Test experiment title"/>
                                     <param name="experiment_design" value="Test experiment design description"/>
@@ -685,7 +703,7 @@
                                     <param name="instrument_model" value="Illumina HiSeq 4000"/>
                                     <repeat name="rep_runs">
                                         <param name="run_base_name" value="run_from_hospital_X"/>
-                                        <param name="upload_files" value="sample.fq,sample.fq" ftype="fastqsanger"/>
+                                        <param name="upload_files" value="1.fastqsanger.gz,2.fastqsanger.gz" ftype="fastqsanger.gz"/>
                                     </repeat>
                                 </repeat>
                             </repeat>
@@ -696,25 +714,22 @@
             <param name="center" value="Some research center"/>
             <assert_command>
                 <has_text_matching expression="ena-upload-cli"/>
-                <has_text_matching expression="--data 'sample.fq.fastq.gz' 'sample.fq.fastq.gz'"/>
+                <has_text_matching expression="--data '1.fastqsanger.gz' '2.fastqsanger.gz'"/>
                 <has_text_matching expression="--action 'add' --center 'Some research center'"/>
                 <not_has_text text="modify" />
             </assert_command>
-            <assert_stderr>
-                <has_text_matching expression="Oops, the file test_fake_path does not exist"/>
-            </assert_stderr>
         </test>
         <!--Test 8: viral submission - User input metadata - Add extension = False-->
-        <test expect_failure="true">
+        <test expect_failure="false">
             <conditional name="action_options">
                 <param name="action" value="add"/>
                 <section name="test_submit_parameters">
                     <param name="submit_dev" value="false" />
-                    <param name="dry_run" value="false" />
+                    <param name="dry_run" value="true" />
                 </section>
                 <param name="test_submit" value="True"/>
                 <conditional name="input_format_conditional">
-                    <param name="add_extension" value="False"/>
+                    <param name="add_extension" value="false"/>
                     <param name="input_format" value="build_tables"/>
                     <conditional name="conditional_viral_metadata">
                         <param name="viral_sample" value="true"/>
@@ -727,7 +742,7 @@
                                 <param name="sample_title" value="Test Sample title"/>
                                 <param name="sample_description" value="Test Sample description"/>
                                 <param name="scientific_name" value="Test Sample scientific name"/>
-                                <param name="tax_id" value="Test Sample tax_id"/>
+                                <param name="tax_id" value="2697049"/>
                                 <param name="collection_date" value="2020"/>
                                 <param name="geo_location_country" value="Belgium"/>
                                 <param name="host_common_name" value="Human"/>
@@ -766,21 +781,18 @@
                 <has_text_matching expression="--action 'add' --center 'Some research center'"/>
                 <has_text_matching expression="--checklist ERC000033"/>
             </assert_command>
-            <assert_stderr>
-                <has_text_matching expression="Oops, the file test_fake_path does not exist"/>
-            </assert_stderr>
         </test>
         <!--Test 9: modify option and auto compression - viral submission - User input metadata-->
-        <test expect_failure="true">
+        <test expect_failure="false">
             <conditional name="action_options">
                 <param name="action" value="modify"/>
                 <section name="test_submit_parameters">
                     <param name="submit_dev" value="false" />
-                    <param name="dry_run" value="false" />
+                    <param name="dry_run" value="true" />
                 </section>
                 <param name="test_submit" value="True"/>
                 <conditional name="input_format_conditional">
-                    <param name="add_extension" value="False"/>
+                    <param name="add_extension" value="fasle"/>
                     <param name="input_format" value="build_tables"/>
                     <conditional name="conditional_viral_metadata">
                         <param name="viral_sample" value="True"/>
@@ -793,7 +805,7 @@
                                 <param name="sample_title" value="Test Sample title"/>
                                 <param name="sample_description" value="Test Sample description"/>
                                 <param name="scientific_name" value="Test Sample scientific name"/>
-                                <param name="tax_id" value="Test Sample tax_id"/>
+                                <param name="tax_id" value="2697049"/>
                                 <param name="collection_date" value="2020"/>
                                 <param name="geo_location_country" value="Belgium"/>
                                 <param name="host_common_name" value="Human"/>
@@ -817,7 +829,7 @@
                                     <param name="instrument_model" value="Illumina HiSeq 4000"/>
                                     <repeat name="rep_runs">
                                         <param name="run_base_name" value="run_from_hospital_X"/>
-                                        <param name="upload_files" value="sample.fq" ftype="fastqsanger"/>
+                                        <param name="upload_files" value="1.fastqsanger.gz" ftype="fastqsanger.gz"/>
                                     </repeat>
                                 </repeat>
                             </repeat>
@@ -828,21 +840,17 @@
             <param name="center" value="Some research center"/>
             <assert_command>
                 <has_text_matching expression="ena-upload-cli"/>
-                <has_text_matching expression="--data 'sample.fq.gz'"/>
+                <has_text_matching expression="--data '1.fastqsanger.gz'"/>
                 <has_text_matching expression="--action 'modify' --center 'Some research center'"/>
                 <has_text_matching expression="--checklist ERC000033"/>
                 <not_has_text text="add" />
             </assert_command>
-            <assert_stderr>
-                <has_text_matching expression="Oops, the file test_fake_path does not exist"/>
-            </assert_stderr>
         </test>
     </tests>
     <help><![CDATA[
         This is a wrapper for the ENA upload tool in https://github.com/usegalaxy-eu/ena-upload-cli
         The input metadata can be submitted following the tabular format of the templates in https://github.com/usegalaxy-eu/ena-upload-cli/tree/master/example_tables
-        It is also possible to submit an excel file by following the template in https://drive.google.com/file/d/1ncC22--tW2v-EI-te_r86sAZujIPAjlX/view?usp=sharing
-        For viral submissions a larger set of metadata is required, you can find the template in https://drive.google.com/file/d/1Gx78GKh58PmRjdmJ05DBbpObAL-3oUFX/view?usp=sharing
+        It is also possible to submit an excel file by following the template in https://github.com/ELIXIR-Belgium/ENA-metadata-templates
     ]]></help>
     <citations>
     </citations>
diff -r 4aab5ae907b6 -r 6f6537780379 extract_tables.py
--- a/extract_tables.py	Mon Nov 15 11:47:13 2021 +0000
+++ b/extract_tables.py	Thu Feb 24 18:20:40 2022 +0000
@@ -44,10 +44,10 @@
                                    'ENA_submission_data']))
     if "geo_location" in study['samples'][0].keys():           # sample belongs to a viral sample
         samples_table.write('\t'.join(['alias', 'status', 'accession', 'title', 'scientific_name',
-                                       'taxon_id', 'sample_description', 'collection_date',
-                                       'geographic_location', 'host_common_name', 'host_subject_id',
-                                       'host_health_state', 'host_sex', 'host_scientific_name',
-                                       'collector_name', 'collecting_institution', 'isolate',
+                                       'taxon_id', 'sample_description', 'collection date',
+                                       'geographic location (country and/or sea)', 'host common name', 'host subject id',
+                                       'host health state', 'host sex', 'host scientific name',
+                                       'collector name', 'collecting institution', 'isolate',
                                        'submission_date']) + '\n')
     else:
         samples_table.write('\t'.join(['alias', 'status', 'accession', 'title', 'scientific_name',
diff -r 4aab5ae907b6 -r 6f6537780379 mappings.py
--- a/mappings.py	Mon Nov 15 11:47:13 2021 +0000
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,29 +0,0 @@
-
-optional_samples_cols_mapping = {
-    "collection date": "collection_date",
-    "geographic location (latitude)": "geographic_location_latitude",
-    "geographic location (longitude)": "geographic_location_longitude",
-    "geographic location (region)": "geographic_location_region",
-    "sample capture status": "sample_capture_status",
-    "host disease outcome": "host_disease_outcome",
-    "host_age": "host_age",
-    "virus identifier": "virus_identifier",
-    "receipt date": "receipt_date",
-    "definition for seropositive sample": "definition_for_seropositive_sample",
-    "serotype (required for a seropositive sample)": "serotype",
-    "host habitat": "host_habitat",
-    "isolation source host-associated": "isolation_source_host_associated",
-    "host behaviour": "host_behaviour",
-    "isolation source non-host-associated": "isolation_source_non_host_associated",
-    "subject exposure": "subject_exposure",
-    "subject exposure duration": "subject_exposure_duration",
-    "type exposure": "type_exposure",
-    "personal protective equipment": "personal_protective_equipment",
-    "hospitalisation": "hospitalisation",
-    "illness duration": "illness_duration",
-    "illness symptoms": "illness_symptoms",
-    "sample storage conditions": "sample_storage_conditions",
-    "strain": "strain",
-    "host description": "host_description",
-    "gravidity": "gravidity"
-}
diff -r 4aab5ae907b6 -r 6f6537780379 process_xlsx.py
--- a/process_xlsx.py	Mon Nov 15 11:47:13 2021 +0000
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,307 +0,0 @@
-import argparse
-import pathlib
-import sys
-
-import xlrd
-import yaml
-from check_remote import check_remote_entry
-from mappings import optional_samples_cols_mapping
-
-FILE_FORMAT = 'fastq'
-
-
-def identify_action(entry_type, alias):
-    ''' define action ['add' | 'modify'] that needs to be perfomed for this entry '''
-    query = {entry_type + '_alias': alias}
-    remote_accessions = check_remote_entry(entry_type, query)
-    if isinstance(remote_accessions, list) and len(remote_accessions) > 0:
-        print(f'Found: {entry_type} entry with alias {alias}')
-        return 'modify'
-    else:
-        print(f'No {entry_type} entry found with alias {alias}')
-        return 'add'
-
-
-def extract_data(xl_sheet, expected_columns, optional_cols=None):
-    """
-    1. Check that the columns I expect are present in the sheet
-    (any order and mixed with others, it's just a verification that
-    the user filled the correct template)
-    2. Fill a dictionary with the rows data indexed by first column in list"""
-    sheet_columns = {}
-    if optional_cols is None:
-        optional_cols = []
-    optional_cols_loaded = []
-    for sh_col in range(xl_sheet.ncols):
-        if (xl_sheet.cell(0, sh_col).value in expected_columns) \
-           or (xl_sheet.cell(0, sh_col).value in optional_cols):
-            if xl_sheet.cell(0, sh_col).value in sheet_columns.keys():
-                sys.exit("Duplicated columns found")
-            else:
-                sheet_columns[xl_sheet.cell(0, sh_col).value] = sh_col
-                if xl_sheet.cell(0, sh_col).value in optional_cols:
-                    # store the list of optional cols available
-                    optional_cols_loaded.append(xl_sheet.cell(0, sh_col).value)
-    provided_cols = expected_columns + optional_cols_loaded
-
-    # check that the required columns are all present
-    # TODO: revise this for optional columns
-    for col in range(len(expected_columns)):
-        assert expected_columns[col] in sheet_columns.keys(), \
-            "Expected column %s not found" % expected_columns[col]
-
-    # fetch rows in a dict
-    data_dict = {}
-    # the first of the expected columns will be the index
-    index_col = sheet_columns[expected_columns[0]]
-    # skip first 2 rows: column names + comments rows
-    for row_id in range(2, xl_sheet.nrows):
-        row_dict = {}
-        for col in range(1, len(provided_cols)):
-            sheet_col_index = sheet_columns[provided_cols[col]]
-            row_dict[provided_cols[col]] = xl_sheet.cell(row_id, sheet_col_index).value
-        # should check for duplicate alias/ids?
-        if xl_sheet.cell(row_id, index_col).value in data_dict.keys():
-            tmp = data_dict[xl_sheet.cell(row_id, index_col).value]
-            data_dict[xl_sheet.cell(row_id, index_col).value] = [tmp]
-            data_dict[xl_sheet.cell(row_id, index_col).value].append(row_dict)
-        else:
-            data_dict[xl_sheet.cell(row_id, index_col).value] = row_dict
-    return data_dict, optional_cols_loaded
-
-
-def paste_xls2yaml(xlsx_path):
-    print('YAML -------------')
-    xls = xlrd.open_workbook(xlsx_path)
-    content_dict = {}
-    for sheet_name in xls.sheet_names():
-        if sheet_name == 'controlled_vocabulary':
-            continue
-        xls_sheet = xls.sheet_by_name(sheet_name)
-        sheet_contents_dict = {}
-        colnames = []
-        for col in range(xls_sheet.ncols):
-            colnames.append(xls_sheet.cell(0, col).value)
-        # skip first 2 rows (column names and suggestions)
-        for row_id in range(2, xls_sheet.nrows):
-            row_dict = {}
-            for col_id in range(0, xls_sheet.ncols):
-                row_dict[colnames[col_id]] = xls_sheet.cell(row_id, col_id).value
-            # should check for duplicate alias/ids?
-            sheet_contents_dict[row_id] = row_dict
-        content_dict[sheet_name] = sheet_contents_dict
-    yaml.dump(content_dict, sys.stdout)
-    print('YAML -------------')
-
-
-parser = argparse.ArgumentParser()
-parser.add_argument('--form', dest='xlsx_path', required=True)
-parser.add_argument('--out_dir', dest='out_path', required=True)
-parser.add_argument('--action', dest='action', required=True)
-parser.add_argument('--vir', dest='viral_submission', required=False, action='store_true')
-parser.add_argument('--dev', dest='dev_submission', required=False, action='store_true')
-parser.add_argument('--verbose', dest='verbose', required=False, action='store_true')
-args = parser.parse_args()
-
-xl_workbook = xlrd.open_workbook(args.xlsx_path)
-
-# PARSE STUDIES
-#################
-xl_sheet = xl_workbook.sheet_by_name('ENA_study')
-if xl_sheet.nrows < 3:
-    raise ValueError('No entries found in studies sheet')
-studies_dict = {}
-studies_col = ['alias', 'title', 'study_type', 'study_abstract']
-studies_dict, _ = extract_data(xl_sheet, studies_col)
-
-# PARSE SAMPLES
-#################
-xl_sheet = xl_workbook.sheet_by_name('ENA_sample')
-if xl_sheet.nrows < 3:
-    raise ValueError('No entries found in samples')
-
-samples_cols_excel = ['alias', 'title', 'scientific_name', 'sample_description']
-# optional_samples_cols_mapping = {}
-if args.viral_submission:
-    # load columns names from the table
-    samples_cols_excel = samples_cols_excel + ['geographic location (country and/or sea)',
-                                               'host common name', 'host health state',
-                                               'host sex', 'host scientific name', 'collector name',
-                                               'collecting institution', 'isolate']
-
-samples_dict, samples_optional_cols_loaded = extract_data(xl_sheet, samples_cols_excel,
-                                                          optional_samples_cols_mapping.keys())
-# PARSE EXPERIMENTS
-#################
-xl_sheet = xl_workbook.sheet_by_name('ENA_experiment')
-if xl_sheet.nrows < 3:
-    raise ValueError('No experiments found in experiments sheet')
-exp_columns = ['alias', 'title', 'study_alias', 'sample_alias', 'design_description',
-               'library_name', 'library_strategy', 'library_source', 'library_selection',
-               'library_layout', 'insert_size', 'library_construction_protocol',
-               'platform', 'instrument_model']
-
-experiments_dict, _ = extract_data(xl_sheet, exp_columns)
-
-# PARSE RUNS SHEET
-#################
-xl_sheet = xl_workbook.sheet_by_name('ENA_run')
-if xl_sheet.nrows < 3:
-    raise ValueError('No entries found in runs sheet')
-run_cols = ['alias', 'experiment_alias', 'file_name', 'file_format']
-runs_dict, _ = extract_data(xl_sheet, run_cols)
-
-# WRITE HEADERS TO TABLES
-studies_table = open(pathlib.Path(args.out_path) / 'studies.tsv', 'w')
-studies_table.write('\t'.join(['alias', 'status', 'accession', 'title', 'study_type',
-                               'study_abstract', 'pubmed_id', 'submission_date']) + '\n')
-samples_table = open(pathlib.Path(args.out_path) / 'samples.tsv', 'w')
-
-samples_cols = ['alias', 'title', 'scientific_name', 'sample_description']
-# extend the samples_cols list to add the ones that are filled by the CLI
-samples_cols = samples_cols + ['status', 'accession', 'taxon_id', 'submission_date']
-if args.viral_submission:
-    # extend the samples columns with the viral specific data
-    samples_cols = samples_cols + ['geographic location (country and/or sea)', 'host common name',
-                                   'host subject id', 'host health state', 'host sex',
-                                   'host scientific name', 'collector name',
-                                   'collecting institution', 'isolate']
-    if len(samples_optional_cols_loaded) > 0:
-        for optional_cols_excel in samples_optional_cols_loaded:
-            samples_cols.append(optional_samples_cols_mapping[optional_cols_excel])
-samples_table.write('\t'.join(samples_cols) + '\n')
-
-experiments_table = open(pathlib.Path(args.out_path) / 'experiments.tsv', 'w')
-experiments_table.write('\t'.join(['alias', 'status', 'accession', 'title', 'study_alias',
-                                   'sample_alias', 'design_description', 'library_name',
-                                   'library_strategy', 'library_source', 'library_selection',
-                                   'library_layout', 'insert_size', 'library_construction_protocol',
-                                   'platform', 'instrument_model', 'submission_date']) + '\n')
-
-runs_table = open(pathlib.Path(args.out_path) / 'runs.tsv', 'w')
-runs_table.write('\t'.join(['alias', 'status', 'accession', 'experiment_alias', 'file_name',
-                            'file_format', 'file_checksum', 'submission_date']) + '\n')
-action = args.action
-# actionable_items
-# WRITE  DICTIONARIES TO TABLE FILES
-
-# ADD A TIMESTAMP TO THE ALIAS? SEEMS LIKE ENA REQUIRES ALL ENTRIES FOR A WEBIN TO HAVE UNIQUE IDS?
-# dt_oobj = datetime.now(tz=None)
-# timestamp = dt_oobj.strftime("%Y%m%d_%H:%M:%S")
-runs_included = []
-exp_included = []
-for study_alias, study in studies_dict.items():
-    # study_alias = study_alias + '_' + timestamp
-    if args.dev_submission:
-        entry_action = args.action
-    else:
-        entry_action = identify_action('study', study_alias)
-    studies_table.write('\t'.join([study_alias, entry_action, 'ENA_accession', study['title'],
-                                   study['study_type'], study['study_abstract'], '',
-                                   'ENA_submission_data']) + '\n')  # assuming no pubmed_id
-for sample_alias, sample in samples_dict.items():
-    # sample_alias = sample_alias + '_' + timestamp
-    if args.dev_submission:
-        entry_action = args.action
-    else:
-        entry_action = identify_action('sample', sample_alias)
-    samples_row_values = [sample_alias, sample['title'], sample['scientific_name'],
-                          sample['sample_description'], entry_action, 'ena_accession',
-                          '', 'ENA_submission_date']
-    if args.viral_submission:
-        # add the values that are unique for the viral samples
-        if sample['collector name'] == '':
-            sample['collector name'] = 'unknown'
-        samples_row_values = samples_row_values + \
-            [sample['geographic location (country and/or sea)'], sample['host common name'],
-             'host subject id', sample['host health state'], sample['host sex'],
-             sample['host scientific name'], sample['collector name'],
-             sample['collecting institution'], sample['isolate']]
-        # add the (possible) optional columns values
-        if len(samples_optional_cols_loaded) > 0:
-            for optional_col in samples_optional_cols_loaded:
-                # parse values stored as in excel date format (=float)
-                if optional_col in ('collection date', 'receipt date'):
-                    # check if excel stored it as date
-                    if isinstance(sample[optional_col], float):
-                        year, month, day, hour, minute, second = xlrd.xldate_as_tuple(
-                            sample[optional_col], xl_workbook.datemode)
-                        month = "{:02d}".format(month)
-                        day = "{:02d}".format(day)
-                        hour = "{:02d}".format(hour)
-                        minute = "{:02d}".format(minute)
-                        second = "{:02d}".format(second)
-                        if optional_col in ('collection date'):
-                            # collection date uses the format 2008-01-23T19:23:10
-                            sample[optional_col] = str(year) + '-' + str(month) + '-' + str(day) + \
-                                'T' + str(hour) + ':' + str(minute) + ':' + str(second)
-                        if optional_col in ('receipt date'):
-                            # receipt date uses forma: 2008-01-23
-                            sample[optional_col] = str(year) + '-' + str(month) + '-' + str(day)
-                # excel stores everything as float so I need to check if
-                # the value was actually an int and keep it as int
-                if isinstance(sample[optional_col], float):
-                    if int(sample[optional_col]) == sample[optional_col]:
-                        # it is not really a float but an int
-                        sample[optional_col] = int(sample[optional_col])
-                samples_row_values.append(str(sample[optional_col]))
-    samples_table.write('\t'.join(samples_row_values) + '\n')
-
-    for exp_alias, exp in experiments_dict.items():
-        # should I check here if any experiment has a study or sample alias that is incorrect?
-        # (not listed in the samples or study dict)
-        # process the experiments for this sample
-        if exp['sample_alias'] == sample_alias:
-            # check the remote status
-            if args.dev_submission:
-                entry_action = args.action
-            else:
-                entry_action = identify_action('experiment', exp_alias)
-            experiments_table.write('\t'.join([exp_alias, entry_action, 'accession_ena', exp['title'],
-                                               exp['study_alias'], sample_alias,
-                                               exp['design_description'], exp['library_name'],
-                                               exp['library_strategy'], exp['library_source'],
-                                               exp['library_selection'],
-                                               exp['library_layout'].lower(),
-                                               str(int(exp['insert_size'])),
-                                               exp['library_construction_protocol'],
-                                               exp['platform'], exp['instrument_model'],
-                                               'submission_date_ENA']) + '\n')
-            exp_included.append(exp_alias)
-            for run_alias, run in runs_dict.items():
-                # check that the experiments library_layout is set to paired
-                # when multiple entries are associated with the same run alias
-                if not isinstance(run, list):
-                    runs_list = [run]
-                else:
-                    runs_list = run
-                for run_entry in runs_list:
-                    if run_entry['experiment_alias'] == exp_alias:
-                        if args.dev_submission:
-                            entry_action = args.action
-                        else:
-                            entry_action = identify_action('run', run_alias)
-                        runs_table.write('\t'.join([run_alias, entry_action, 'ena_run_accession',
-                                                    exp_alias, run_entry['file_name'],
-                                                    FILE_FORMAT, '',
-                                                    'submission_date_ENA']) + '\n')
-                runs_included.append(run_alias)
-
-# check if any experiment or run was not associated with any sample
-for run in runs_dict.keys():
-    if run not in runs_included:
-        print(f'The run {run} is listed in the runs section but not associated with any \
-              used experiment')
-
-for exp in experiments_dict.keys():
-    if exp not in exp_included:
-        print(f'The experiment {exp} is listed in the experiments section but not associated \
-              with any used sample')
-
-studies_table.close()
-samples_table.close()
-experiments_table.close()
-runs_table.close()
-
-if args.verbose:
-    paste_xls2yaml(args.xlsx_path)
diff -r 4aab5ae907b6 -r 6f6537780379 samples_macros.xml
--- a/samples_macros.xml	Mon Nov 15 11:47:13 2021 +0000
+++ b/samples_macros.xml	Thu Feb 24 18:20:40 2022 +0000
@@ -1,4 +1,48 @@
 <macros>
+    <xml name="checklist_input_macro">
+        <param type="select" name="checklist_id" label="Select the metadata checklist" help="You can find metadata templates for each checklist at: https://github.com/ELIXIR-Belgium/ENA-metadata-templates">
+            <option value="ERC000011">ENA default sample checklist (ERC000011)</option>
+            <option value="ERC000012">GSC MIxS air (ERC000012)</option>
+            <option value="ERC000013">GSC MIxS host associated (ERC000013)</option>
+            <option value="ERC000014">GSC MIxS human associated (ERC000014)</option>
+            <option value="ERC000015">GSC MIxS human gut (ERC000015)</option>
+            <option value="ERC000016">GSC MIxS human oral (ERC000016)</option>
+            <option value="ERC000017">GSC MIxS human skin (ERC000017)</option>
+            <option value="ERC000018">GSC MIxS human vaginal (ERC000018)</option>
+            <option value="ERC000019">GSC MIxS microbial mat biolfilm (ERC000019)</option>
+            <option value="ERC000020">GSC MIxS plant associated (ERC000020)</option>
+            <option value="ERC000021">GSC MIxS sediment (ERC000021)</option>
+            <option value="ERC000022">GSC MIxS soil (ERC000022)</option>
+            <option value="ERC000023">GSC MIxS wastewater sludge (ERC000023)</option>
+            <option value="ERC000024">GSC MIxS water (ERC000024)</option>
+            <option value="ERC000025">GSC MIxS miscellaneous natural or artificial environment (ERC000025)</option>
+            <option value="ERC000027">ENA Micro B3 (ERC000027)</option>
+            <option value="ERC000028">ENA prokaryotic pathogen minimal sample checklist (ERC000028)</option>
+            <option value="ERC000029">ENA Global Microbial Identifier reporting standard checklist GMI_MDM:1.1 (ERC000029)</option>
+            <option value="ERC000030">ENA Tara Oceans (ERC000030)</option>
+            <option value="ERC000031">GSC MIxS built environment (ERC000031)</option>
+            <option value="ERC000032">ENA Influenza virus reporting standard checklist (ERC000032)</option>
+            <option value="ERC000033">ENA virus pathogen reporting standard checklist (ERC000033)</option>
+            <option value="ERC000034">ENA mutagenesis by carcinogen treatment checklist (ERC000034)</option>
+            <option value="ERC000035">ENA Crop Plant sample enhanced annotation checklist (ERC000035)</option>
+            <option value="ERC000036">ENA sewage checklist (ERC000036)</option>
+            <option value="ERC000037">ENA Plant Sample Checklist (ERC000037)</option>
+            <option value="ERC000038">ENA Shellfish Checklist (ERC000038)</option>
+            <option value="ERC000039">ENA parasite sample checklist (ERC000039)</option>
+            <option value="ERC000040">ENA UniEuk_EukBank Checklist (ERC000040)</option>
+            <option value="ERC000041">ENA Global Microbial Identifier Proficiency Test (GMI PT) checklist (ERC000041)</option>
+            <option value="ERC000043">ENA Marine Microalgae Checklist (ERC000043)</option>
+            <option value="ERC000044">COMPARE-ECDC-EFSA pilot human-associated reporting standard (ERC000044)</option>
+            <option value="ERC000045">COMPARE-ECDC-EFSA pilot food-associated reporting standard (ERC000045)</option>
+            <option value="ERC000047">GSC MIMAGS (ERC000047)</option>
+            <option value="ERC000048">GSC MISAGS (ERC000048)</option>
+            <option value="ERC000049">GSC MIUVIGS (ERC000049)</option>
+            <option value="ERC000050">ENA binned metagenome (ERC000050)</option>
+            <option value="ERC000051">PDX Checklist (ERC000051)</option>
+            <option value="ERC000052">HoloFood Checklist (ERC000052)</option>
+            <option value="ERC000053">Tree of Life Checklist (ERC000053)</option>
+        </param>
+    </xml>
     <xml name="test_submit_section">
         <section name="test_submit_parameters" expanded="true" title="Testing options">
             <param name="submit_dev" type="boolean" truevalue="true" falsevalue="false" label="Submit to test ENA server?" help="By selecting yes the reads will be submitted to the ENA test server. Uploads to test platform will not be public and will be removed in 24hrs. Performing a preliminary test upload is advised to check for errors with metadata structure. You can find the uploads to the test platform at https://wwwdev.ebi.ac.uk/ena/" />
@@ -23,17 +67,19 @@
     <xml name="table_inputs_macro">
         <conditional name="input_format_conditional">
             <param name="input_format" type="select" label="Would you like to submit pregenerated table files or interactively define the input structures?">
-                <option value="excel_tables" selected="True">User generated metadata tables based on Excel templates</option>
+                <option value="excel_tables" selected="True">User generated metadata tables based on Excel template</option>
                 <option value="build_tables" selected="False">Interactive generation of the study structure (recommended for small studies)</option>
                 <option value="user_generated_tables" selected="False">User generated tabular files (studies - samples - experiments - runs) </option>
             </param>
             <when value="excel_tables">
-                <param name="viral_submission" type="boolean" label="Does your submission data belong to a viral sample?" help="If you select yes then your data will be submitted using the ENA virus pathogen reporting standard checklist (see: https://ena-browser-docs.readthedocs.io/en/latest/help_and_guides/sars-cov-2-submissions.html)" />
-                <param name="xlsx_file" type="data" format="xlsx" label="Select Excel (xlsx) file based on templates" />
+                <!--<param name="viral_submission" type="boolean" label="Does your submission data belong to a viral sample?" help="If you select yes then your data will be submitted using the ENA virus pathogen reporting standard checklist (see: https://ena-browser-docs.readthedocs.io/en/latest/help_and_guides/sars-cov-2-submissions.html)" />-->
+                <expand macro="checklist_input_macro"/>
+                <param name="xlsx_file" type="data" format="xlsx" label="Select Excel (xlsx) file based on template" />
                 <expand macro="run_inputs_macro" />
             </when>
             <when value="user_generated_tables">
-                <param name="viral_submission" type="boolean" label="Does your submission data belong to a viral sample?" help="If you select yes then your data will be submitted using the ENA virus pathogen reporting standard checklist (see: https://ena-browser-docs.readthedocs.io/en/latest/help_and_guides/sars-cov-2-submissions.html)" />
+                <!--<param name="viral_submission" type="boolean" label="Does your submission data belong to a viral sample?" help="If you select yes then your data will be submitted using the ENA virus pathogen reporting standard checklist (see: https://ena-browser-docs.readthedocs.io/en/latest/help_and_guides/sars-cov-2-submissions.html)" />-->
+                <expand macro="checklist_input_macro"/>
                 <expand macro="run_inputs_macro" />
                 <param name="studies_users_table" type="data" format="tabular" multiple="false" label="Studies table" help="Studies metadata file"/>
                 <param name="samples_users_table" type="data" format="tabular" multiple="false" label="Samples table" help="Samples metadata file"/>
@@ -161,7 +207,7 @@
             <param name="sample_title" type="text" label="Sample title"/>
             <param name="sample_description" type="text" help="e.g: liver cells" label="Describe the type of sample"/>
             <param name="scientific_name" type="text" label="Enter the species of the sample" help="e.g Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2"/>
-            <param name="tax_id" type="text" label="Enter the taxonomic ID corresponding to the sample species" />
+            <param name="tax_id" type="integer" value="0" label="Enter the taxonomic ID corresponding to the sample species" />
             <repeat name="rep_experiment" title="Sequencing experiments performed with this sample" min="1" >
                 <param name="experiment_title" type="text" label="Specify an experiment title" />
                 <param name="experiment_design" type="text" label="Describe the experiment design" />
diff -r 4aab5ae907b6 -r 6f6537780379 test-data/C026_exp5_clean.fastq
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/C026_exp5_clean.fastq	Thu Feb 24 18:20:40 2022 +0000
@@ -0,0 +1,400 @@
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:6911:8255/1
+ATCTGGTTCCTACTTCAGGGCCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTACGTTCAATATT
++
+BCCCCFFFFFFFGGGGGGGGGGGHHHHGHGHHHHHHHHHGGGGGGHHHHGHHHHHHHHHHGHHHHHHGGHGGHHHGHHHHFHHGHHHHHHHHHGHEHEFFGHHEGGCEFGGFHHHBGHHGHHHHGHFHHHGHGHGHGGCDFDDACGGGGGGGAAFFFFFFFFFBAFFFFFB;FFFFFFADDFFFFFFFFFFEFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFFFFFEFFFFFFFFBFEFFFFEFE;DFFFDFBFF/9BFB
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:14518:9998/1
+GTTATTATTATGTCCTACAAGCATTAATTAATTAACACACTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGGGATAGACCTGTGATCCATCGTGAT
++
+AAAAAFFFFFFFGGGGGGGGGGHGGHHHHGHHHHHHHGCGHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHHHHHHHGHHGFHFE5BGEEHFGGGHHHHHHHHFBHHGGGGFHGHHFGHHHHGHHHHHHGEGGGGFHFHGEGHHGGCDGDGHGGGDGGHGGCGGGHGHHH/ACDG?.1FGCDCCGCA.CC@CDCHFHGFFGGGEBFGAB//CEFBFGG.:;D;;A0AFFFFFB..:@ABFF//;BFFFFFBF/9D:A//
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:18422:19051/1
+GTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGTCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTACG
++
+CCCCCFDDDDDFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHFHHHHGGGGHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHGGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHGCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGFDHGFHCFGGGGFGGFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF;FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFEFBFFFFFFFFFF:FFF.
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:25545:21098/1
+ATTAATTAACACACTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATAAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGGCTTATTTAAGGGGAACGGGTGGGG
++
+33AA?DFD5BDFGGGFEBDGEGHEGHGEGHCEGGHHCHGHHFFHHGFGAGE53FF2FAFFGDE5FFFE5GFBFGAEE1GHHHGHHHEHE3FGHF@GEGEGGHHGG3FAGFFDE?EEE3GFEGFGFGGCG?GHHHFHGGGC@DHFFHD/A<C@EGFDCGGGHFHHHEGFGHBFHG0:CEHFCHGGED.;0CEF.F99B0CFFEEFGGG0FBFBBF0F/FFBDE?/9//9B.FFBFFFFFFBF..A..;@B--
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:5446:12248/1
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++
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