Mercurial > repos > iuc > fastp

--- a/fastp.xml	Tue Jun 03 08:49:17 2025 +0000
+++ b/fastp.xml	Fri Jun 13 12:05:32 2025 +0000
@@ -554,7 +554,8 @@
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         </test>
         <!-- 11. Test fastqsanger files with different length -->
-        <test expect_exit_code="255" expect_failure="true">
+        <!-- Adapted for the updated version of fastp, which now ignores unmatched reads and continues filtering as expected -->
+        <test expect_num_outputs="4">
             <conditional name="single_paired">
                 <param name="single_paired_selector" value="paired_collection"/>
                 <param name="paired_input">
@@ -564,6 +565,18 @@
                     </collection>
                 </param>
             </conditional>
+            <section name="output_options">
+                <param name="report_json" value="False"/>
+            </section>
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+                <assert_contents>
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+                </assert_contents>
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+            <output_collection name="output_paired_coll" type="paired">
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         </test>
         <!-- 12. Test merge reads in combination with paired -->
         <test expect_num_outputs="7">
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@@ -1,5 +1,5 @@
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@@ -0,0 +1,388 @@
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++
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++
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