fastreer_dist2tree: test-data/test.vcf comparison

comparison test-data/test.vcf @ 0:a21e02af4488 draft default tip

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author	iuc
date	Mon, 03 Nov 2025 09:27:29 +0000
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+##INFO=<ID=END,Number=1,Type=Integer,Description="End coordinate of this variant">
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+##INFO=<ID=MC,Number=.,Type=String,Description="Merged calls.">
+##INFO=<ID=MEINFO,Number=4,Type=String,Description="Mobile element info of the form NAME,START,END<POLARITY; If there is only 5' OR 3' support for this call, will be NULL NULL for START and END">
+##INFO=<ID=MEND,Number=1,Type=Integer,Description="Mitochondrial end coordinate of inserted sequence">
+##INFO=<ID=MLEN,Number=1,Type=Integer,Description="Estimated length of mitochondrial insert">
+##INFO=<ID=MSTART,Number=1,Type=Integer,Description="Mitochondrial start coordinate of inserted sequence">
+##INFO=<ID=SVLEN,Number=.,Type=Integer,Description="SV length. It is only calculated for structural variation MEIs. For other types of SVs; one may calculate the SV length by INFO:END-START+1, or by finding the difference between lengthes of REF and ALT alleles">
+##INFO=<ID=SVTYPE,Number=1,Type=String,Description="Type of structural variant">
+##INFO=<ID=TSD,Number=1,Type=String,Description="Precise Target Site Duplication for bases, if unknown, value will be NULL">
+##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Total number of alternate alleles in called genotypes">
+##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Estimated allele frequency in the range (0,1)">
+##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples with data">
+##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
+##INFO=<ID=EAS_AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele frequency in the EAS populations calculated from AC and AN, in the range (0,1)">
+##INFO=<ID=EUR_AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele frequency in the EUR populations calculated from AC and AN, in the range (0,1)">
+##INFO=<ID=AFR_AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele frequency in the AFR populations calculated from AC and AN, in the range (0,1)">
+##INFO=<ID=AMR_AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele frequency in the AMR populations calculated from AC and AN, in the range (0,1)">
+##INFO=<ID=SAS_AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele frequency in the SAS populations calculated from AC and AN, in the range (0,1)">
+##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total read depth; only low coverage data were counted towards the DP, exome data were not used">
+##INFO=<ID=AA,Number=1,Type=String,Description="Ancestral Allele. Format: AA|REF|ALT|IndelType. AA: Ancestral allele, REF:Reference Allele, ALT:Alternate Allele, IndelType:Type of Indel (REF, ALT and IndelType are only defined for indels)">
+##INFO=<ID=VT,Number=.,Type=String,Description="indicates what type of variant the line represents">
+##INFO=<ID=EX_TARGET,Number=0,Type=Flag,Description="indicates whether a variant is within the exon pull down target boundaries">
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