# HG changeset patch # User iuc # Date 1526716435 14400 # Node ID 386220cf68772a26d5ba94ae86457fa2a72264f1 # Parent b714f4620411f257227457a9a53e3331a157b6b2 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/featurecounts commit 2bd06c2b43c295fb4cf172c4f156fed5475855a4 diff -r b714f4620411 -r 386220cf6877 featurecounts.xml --- a/featurecounts.xml Mon May 07 06:21:58 2018 -0400 +++ b/featurecounts.xml Sat May 19 03:53:55 2018 -0400 @@ -1,4 +1,4 @@ - + Measure gene expression in RNA-Seq experiments from SAM or BAM files. subread @@ -81,16 +81,9 @@ '${alignment}' - ## Removal of comment - && grep -v "^#" "output" - - #if $format.value != "tabdel_short": - ## and remove column-header line - | tail -n+2 - #else - ## update header - | sed --expression='s|${alignment}|${alignment.element_identifier}|g' - #end if + ## Remove comment and add sample name to header + && grep -v "^#" "output" + | sed -e 's|${alignment}|${alignment.element_identifier}|g' > body.txt ## Set the right columns for the tabular formats #if $format.value == "tabdel_medium": @@ -101,7 +94,7 @@ && cut -f 6 body.txt > gene_lengths.txt && paste expression_matrix.txt gene_lengths.txt > expression_matrix.txt.bak && mv -f expression_matrix.txt.bak '${output_medium}' - #elif $format.value == "tabdel_short" or $format.value == "tabdel_short_noheader": + #elif $format.value == "tabdel_short": && cut -f 1,7 body.txt > '${output_short}' #else: && cp body.txt '${output_full}' @@ -112,19 +105,10 @@ #end if #if str($extended_parameters.exon_exon_junction_read_counting_enabled.count_exon_exon_junction_reads) == "-J": - #if $format.value != "tabdel_short": - && tail -n+2 'output.jcounts' > '${output_jcounts}' - #else: - - && sed --expression='s|${alignment}|${alignment.element_identifier}|g' 'output.jcounts' > '${output_jcounts}' - #end if + && sed -e 's|${alignment}|${alignment.element_identifier}|g' 'output.jcounts' > '${output_jcounts}' #end if - #if $format.value != "tabdel_short": - && tail -n+2 'output.summary' > '${output_summary}' - #else: - && sed --expression='s|${alignment}|${alignment.element_identifier}|g' 'output.summary' > '${output_summary}' - #end if + && sed -e 's|${alignment}|${alignment.element_identifier}|g' 'output.summary' > '${output_summary}' ]]> - - + @@ -428,7 +411,7 @@ - format == "tabdel_short_noheader" or format == "tabdel_short" + format == "tabdel_short" @@ -470,23 +453,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -523,13 +489,13 @@ - + - + - + @@ -582,7 +548,7 @@ Output format ------------- -FeatureCounts produces a table containing counted reads, per gene, per row. 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