# HG changeset patch
# User iuc
# Date 1508448761 14400
# Node ID b48895989d78f3ca1e192fba35afef991d648d04
# Parent  d043b54b3bfb2ee482c018881c7b61237888b11f
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/flash commit e365f2835488e73b870c73502c24ff23d28b76a5

diff -r d043b54b3bfb -r b48895989d78 flash.xml
--- a/flash.xml	Wed Oct 04 16:03:42 2017 -0400
+++ b/flash.xml	Thu Oct 19 17:32:41 2017 -0400
@@ -1,12 +1,12 @@
 <?xml version="1.0"?>
-<tool id="flash" name="FLASH" version="@VERSION@.1">
+<tool id="flash" name="FLASH" version="@VERSION@.2">
     <description>adjust length of short reads</description>
+    <macros>
+        <token name="@VERSION@">1.2.11</token>
+    </macros>
     <requirements>
         <requirement type="package" version="@VERSION@">flash</requirement>
     </requirements>
-    <macros>
-        <token name="@VERSION@">1.2.11</token>
-    </macros>
     <version_command>flash --version | head -n 1</version_command>
     <command detect_errors="aggressive">
         <![CDATA[
@@ -17,23 +17,30 @@
                 $allow_outies
                 #if $layout.select_layout == 'individual':
                     '$layout.forward' '$layout.reverse'
+                    #set $input = $layout.forward
                 #else:
                     '$layout.reads.forward' '$layout.reads.reverse'
+                    #set $input = $layout.reads.forward
+                #end if
+                #if $input.dataset.extension == 'fastqsanger':
+                    -p 33
+                #else:
+                    -p 64
                 #end if
         ]]>
     </command>
     <inputs>
         <conditional name="layout">
-            <param name="select_layout" type="select">
+            <param name="select_layout" type="select" label="Input data structure">
                 <option value="individual">Individual datasets</option>
                 <option value="collection">Paired collection</option>
             </param>
             <when value="individual">
-                <param format="fastq" name="forward" type="data" label="Forward reads" />
-                <param format="fastq" name="reverse" type="data" label="Reverse reads" />
+                <param format="fastqsanger,fastqsolexa,fastqillumina" name="forward" type="data" label="Forward reads" />
+                <param format="fastqsanger,fastqsolexa,fastqillumina" name="reverse" type="data" label="Reverse reads" />
             </when>
             <when value="collection">
-                <param format="fastq" name="reads" type="data_collection" collection_type="paired" label="Read collection" />
+                <param format="fastqsanger,fastqsolexa,fastqillumina" name="reads" type="data_collection" collection_type="paired" label="Paired reads" />
             </when>
         </conditional>
         <param name="min_overlap" argument="--min-overlap" type="integer" optional="true" value="10" label="Minimum overlap" help="The minimum required overlap length between two reads to provide a confident overlap." />
@@ -43,44 +50,61 @@
         <param name="generate_histogram" type="boolean" truevalue="" falsevalue="" checked="false" label="Output a text rendering of the histogram" />
     </inputs>
     <outputs>
-        <data format="fastq" name="merged_reads" from_work_dir="out.extendedFrags.fastq" label="${tool.name} on ${on_string}: Merged reads" />
-        <data format="fastq" name="unmerged_reads_f" from_work_dir="out.notCombined_1.fastq" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged forward reads" />
-        <data format="fastq" name="unmerged_reads_r" from_work_dir="out.notCombined_2.fastq" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged reverse reads" />
+        <data format_source="reads['forward']" name="merged_reads" from_work_dir="out.extendedFrags.fastq" label="${tool.name} on ${on_string}: Merged reads">
+            <filter>layout['select_layout'] == 'collection'</filter>
+        </data>
+        <data format_source="reads['forward']" name="unmerged_reads_f" from_work_dir="out.notCombined_1.fastq" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged forward reads">
+            <filter>layout['select_layout'] == 'collection'</filter>
+        </data>
+        <data format_source="reads['reverse']" name="unmerged_reads_r" from_work_dir="out.notCombined_2.fastq" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged reverse reads">
+            <filter>layout['select_layout'] == 'collection'</filter>
+        </data>
+        <data format_source="forward" name="merged_paired_reads" from_work_dir="out.extendedFrags.fastq" label="${tool.name} on ${on_string}: Merged reads">
+            <filter>layout['select_layout'] == 'individual'</filter>
+        </data>
+        <data format_source="forward" name="unmerged_paired_reads_f" from_work_dir="out.notCombined_1.fastq" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged forward reads">
+            <filter>layout['select_layout'] == 'individual'</filter>
+        </data>
+        <data format_source="reverse" name="unmerged_paired_reads_r" from_work_dir="out.notCombined_2.fastq" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged reverse reads">
+            <filter>layout['select_layout'] == 'individual'</filter>
+        </data>
         <data format="tabular" name="hist" from_work_dir="out.hist" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged reads tabular histogram" />
         <data format="txt" name="histogram" from_work_dir="out.histogram" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged reads histogram">
             <filter>generate_histogram</filter>
         </data>
-        <data format="tabular" name="hist_in" from_work_dir="out.hist.innie" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged reads tabular histogram (in)" >
+        <data format="tabular" name="hist_in" from_work_dir="out.hist.innie" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged reads tabular histogram (in)">
             <filter>allow_outies</filter>
         </data>
-        <data format="tabular" name="hist_out" from_work_dir="out.hist.outie" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged reads tabular histogram (out)" >
+        <data format="tabular" name="hist_out" from_work_dir="out.hist.outie" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged reads tabular histogram (out)">
             <filter>allow_outies</filter>
         </data>
-        <data format="txt" name="histogram_in" from_work_dir="out.histogram.innie" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged reads histogram (in)" >
+        <data format="txt" name="histogram_in" from_work_dir="out.histogram.innie" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged reads histogram (in)">
             <filter>allow_outies and generate_histogram</filter>
         </data>
-        <data format="txt" name="histogram_out" from_work_dir="out.histogram.outie" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged reads histogram (out)" >
+        <data format="txt" name="histogram_out" from_work_dir="out.histogram.outie" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged reads histogram (out)">
             <filter>allow_outies and generate_histogram</filter>
         </data>
     </outputs>
     <tests>
         <test>
-            <param name="forward" value="flash_forward_in1.fastq" />
-            <param name="reverse" value="flash_reverse_in1.fastq" />
+            <param name="select_layout" value="individual" />
+            <param name="forward" value="flash_forward_in1.fastqsanger" ftype="fastqsanger" />
+            <param name="reverse" value="flash_reverse_in1.fastqsanger" ftype="fastqsanger" />
             <param name="generate_histogram" value="false" />
-            <output name="merged_reads" file="flash_merged_out1.fastq" />
-            <output name="unmerged_reads_f" file="flash_unmerged_f_out1.fastq" />
-            <output name="unmerged_reads_r" file="flash_unmerged_r_out1.fastq" />
+            <output name="merged_paired_reads" file="flash_merged_out1.fastqsanger" ftype="fastqsanger" />
+            <output name="unmerged_paired_reads_f" file="flash_unmerged_f_out1.fastqsanger" ftype="fastqsanger" />
+            <output name="unmerged_paired_reads_r" file="flash_unmerged_r_out1.fastqsanger" ftype="fastqsanger" />
             <output name="hist" file="flash_hist_out1.tabular" />
         </test>
         <test>
-            <param name="forward" value="flash_forward_in2.fastq" />
-            <param name="reverse" value="flash_reverse_in2.fastq" />
+            <param name="select_layout" value="individual" />
+            <param name="forward" value="flash_forward_in2.fastqsanger" ftype="fastqsanger" />
+            <param name="reverse" value="flash_reverse_in2.fastqsanger" ftype="fastqsanger" />
             <param name="allow_outies" value="true" />
             <param name="generate_histogram" value="true" />
-            <output name="merged_reads" file="flash_merged_out2.fastq" />
-            <output name="unmerged_reads_f" file="flash_unmerged_f_out2.fastq" />
-            <output name="unmerged_reads_r" file="flash_unmerged_r_out2.fastq" />
+            <output name="merged_paired_reads" file="flash_merged_out2.fastqsanger" ftype="fastqsanger" />
+            <output name="unmerged_paired_reads_f" file="flash_unmerged_f_out2.fastqsanger" ftype="fastqsanger" />
+            <output name="unmerged_paired_reads_r" file="flash_unmerged_r_out2.fastqsanger" ftype="fastqsanger" />
             <output name="hist" file="flash_hist_out2.tabular" />
             <output name="histogram" file="flash_hist_out2.txt" />
             <output name="hist_in" file="flash_hist_in_out2.tabular" />
@@ -88,6 +112,20 @@
             <output name="hist_out" file="flash_hist_out_out2.tabular" />
             <output name="histogram_out" file="flash_hist_out_out2.txt" />
         </test>
+        <test>
+            <param name="select_layout" value="collection" />
+            <param name="generate_histogram" value="false" />
+            <param name="reads">
+                <collection type="paired">
+                    <element name="forward" value="flash_forward_in3.fastqillumina" ftype="fastqillumina" />
+                    <element name="reverse" value="flash_reverse_in3.fastqillumina" ftype="fastqillumina" />
+                </collection>
+            </param>
+            <output name="merged_reads" file="flash_merged_out3.fastqillumina" ftype="fastqillumina" />
+            <output name="unmerged_reads_f" file="flash_unmerged_f_out3.fastqillumina" ftype="fastqillumina" />
+            <output name="unmerged_reads_r" file="flash_unmerged_r_out3.fastqillumina" ftype="fastqillumina" />
+            <output name="hist" file="flash_hist_out3.tabular" />
+        </test>
     </tests>
     <help>
 <![CDATA[
@@ -108,4 +146,4 @@
     <citations>
         <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btr507</citation>
     </citations>
-</tool>
\ No newline at end of file
+</tool>
diff -r d043b54b3bfb -r b48895989d78 test-data/flash_forward_in1.fastq
--- a/test-data/flash_forward_in1.fastq	Wed Oct 04 16:03:42 2017 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,2000 +0,0 @@
-@chrM_460_919_3:0:0_1:0:0_0/1
-CGACTCATCTAGGCATTTTCAGTGCCTTGCTTTATATGTTTAAGCTACATTAACTGGGATGTGGGGCTAACGTAGACATGTAAAATGTTGATCGATAGGGACGAATTAGAGTCAGGTCGGTATATCTATAGATAACTGCGAACAGAGTTATGATTTAGTATTAGTAGCTAGTAATAATAGGGGATTGGTAAGCTTATAAG
-+
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-@chrM_7564_8021_3:0:0_2:0:0_1/1
-GAAATACGATTTCCTCAATGGGCTCTTTCCTCTCATTAACAGCAGACATGTTAATAGTTTTCATAGTGTGAGAAGCTTTCGCATCCAAGCTAGAAGTGGCCATAGTAGAACTAACCACAACTAATCTTGAATGATTGCATGGATGTCCTCCTCCGTACCACACATTTGAAGAGCCAACTTACGTACTATTAAAATAAGAA
-+
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-@chrM_9159_9700_2:0:1_4:0:0_2/1
-GGAATGTGCTTTCTCGGATAATGTCTCGTCATCATTGAAATATAGTTAGTAAGTTGGTAGTTATTCCAAGGGTTAACAGCAGTGTTAAGTTGTAGTGGAATCATATAGCCAGGCCTTAGGTTATTAAGAGGGCTGAAAGGGCTCCTGTAAGTGTCCATGGGCTAGGGTTGACTATGTGGTATGCATTGGTTTGGTGGGTC
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-@chrM_1576_2102_2:1:0_1:0:0_3/1
-TCTTTCATCTTTCCCTTGCGGTACTTTCTCTATAGCGCCAAGTTAAATTTCTATCTCCTATACTTTTATAAGGTGACTAAATGTTTTGTTTTATTATCTAGTGTTAGTTGTGTTTGTAGATGTTTGGGCTAGCTTTAGCTCAAGATGGTCAGTTTAATATGAAATCTTCTGGGTGTAAGCCAGATGCTTTGTTTAAGCTA
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-@chrM_2856_3324_2:0:0_6:0:0_4/1
-AGCTGGTGCACCATCGGGATGTCCTGATCCAACATCGAGTTCGTAAACCCTATTGTCGATATGGACTCTGAAATAGGATTGCGCTGTTATCCCTAGGGTAACTTGTTCCGATGATCAATGTATTTGGATCAATACGTGATGTAGTACTTTCGACTGGTTAGTCTAGATTTAAATCACTCGGAGGTTGTTTTATTCTCCGA
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-@chrM_5342_5909_5:0:0_5:0:0_5/1
-GGCTGAATGACAGCTATCATAATGTACCGCCCCACAATAATAATCTAAAACCTAACTATCTATATCATTATAACACTCACCACCTACATACTATTTATACACAACTCCACCACAACAACAGCATCCCTATCACAAACATGAAATAAAACCCCTCTAATCACCTCACTCATCCTAGTATTAATAATATCCGTGGGAGGCCT
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-@chrM_11616_12104_4:0:0_7:0:0_6/1
-CTGTAGCCCCCGGGGTCGGATTATTGTTCGGCTATGTACTCGTTCATAGTTTGAGTTTGCAAGGCAGAATCGCATAGATGAGGTCAGTCCATGAGCCATTATTAAGGCTGTAGCTCCTATATAGCTTCAGGGTGTTTGGATCAGAACTGGTACAATTACTAGGGCCCTGTGACTTACGGATGAGTATGCGATTAGGGATT
-+
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-@chrM_11745_12199_2:0:0_3:0:0_7/1
-ACAAATAGCTCTCCGATTAGATTAATTGTGGGTGGTAGGGCTAGGTTTGCGAGGCTAGCTAGTAGTCATCAGGCAGCTATTAGGGTGAGGCTAGTCTGTAGCCCCCGGGCTAGGATTATTGTTCGGCTATGTACTCGTTCATAGTTTGAGTTTGCAAGGCAGAATCGCATAGATGAGGTCAGTCCATGAGCAATTATTAA
-+
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-@chrM_4974_5463_3:0:0_4:0:0_8/1
-GCTGTTGTTGTGGTGGAGTTGTGTCTAAATAGTATGAAGGTGGTTAGTGTTATACTGATATAGATAGTTAGGTTTAAGATTATTATTGTGGGGCTGTACATTATGATAGCTGTCATTCAGCCTATATGGGCGAATGAGGAGTATGCTATTATTTTTCGTAGTTGTGTTTGGTTTAGGCCTCCTCAGCCTCCGATTATGAC
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-@chrM_9579_10013_2:0:0_3:0:0_9/1
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+@chrM_6047_6502_2:0:0_6:0:0_1f3/2
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+@chrM_3561_4058_2:0:0_2:0:0_14d/2
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+@chrM_7016_7567_4:0:0_5:0:0_27/2
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+@chrM_12371_12852_6:0:0_5:0:0_28/2
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+@chrM_6078_6610_7:0:0_6:0:0_29/2
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+@chrM_11969_12486_5:0:0_4:0:0_2a/2
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++
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+@chrM_9102_9561_3:0:1_3:0:0_2b/2
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