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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/flash.xml Tue Sep 26 16:42:09 2017 -0400 @@ -0,0 +1,89 @@ +<?xml version="1.0"?> +<tool id="flash" name="FLASH" version="1.2.11"> + <description>adjust length of short reads</description> + <requirements> + <requirement type="package" version="1.2.11">flash</requirement> + </requirements> + <version_command>flash --version | head -n 1</version_command> + <command detect_errors="aggressive"> + <![CDATA[ + flash --threads=\${GALAXY_SLOTS:-1} + -m $min_overlap + -M $max_overlap + -x $max_mismatch_density + $allow_outies + '$forward' '$reverse' + ]]> + </command> + <inputs> + <param format="fastq" name="forward" type="data" label="Forward reads" /> + <param format="fastq" name="reverse" type="data" label="Reverse reads" /> + <param name="min_overlap" argument="--min-overlap" type="integer" optional="true" value="10" label="Minimum overlap" help="The minimum required overlap length between two reads to provide a confident overlap." /> + <param name="max_overlap" argument="--max-overlap" type="integer" optional="true" value="65" label="Maximum overlap" help="Maximum overlap length expected in approximately 90% of read pairs. Overlaps longer than the maximum overlap parameter are still considered as good overlaps, but the mismatch density is calculated over the first max_overlap bases in the overlapped region rather than the entire overlap." /> + <param name="max_mismatch_density" argument="--max-mismatch-density" type="float" optional="true" value="0.25" label="Maximum mismatch density" help="Maximum allowed ratio between the number of mismatched base pairs and the overlap length. Two reads will not be combined with a given overlap if that overlap results in a mismatched base density higher than this value." /> + <param name="allow_outies" argument="--allow-outies" type="boolean" truevalue="--allow-outies" falsevalue="" checked="false" label="Combine read pairs in both orientations" help="FLASH uses the same parameters when trying each orientation. If a read pair can be combined in either orientation, the better-fitting one will be chosen using the same scoring algorithm that FLASH normally uses." /> + </inputs> + <outputs> + <data format="fastq" name="merged_reads" from_work_dir="out.extendedFrags.fastq" label="${tool.name} on ${on_string}: Merged reads" /> + <data format="fastq" name="unmerged_reads_f" from_work_dir="out.notCombined_1.fastq" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged forward reads" /> + <data format="fastq" name="unmerged_reads_r" from_work_dir="out.notCombined_2.fastq" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged reverse reads" /> + <data format="tabular" name="hist" from_work_dir="out.hist" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged reads tabular histogram" /> + <data format="txt" name="histogram" from_work_dir="out.histogram" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged reads histogram" /> + <data format="tabular" name="hist_in" from_work_dir="out.hist.innie" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged reads tabular histogram (in)" > + <filter>allow_outies</filter> + </data> + <data format="tabular" name="hist_out" from_work_dir="out.hist.outie" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged reads tabular histogram (out)" > + <filter>allow_outies</filter> + </data> + <data format="txt" name="histogram_in" from_work_dir="out.histogram.innie" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged reads histogram (in)" > + <filter>allow_outies</filter> + </data> + <data format="txt" name="histogram_out" from_work_dir="out.histogram.outie" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged reads histogram (out)" > + <filter>allow_outies</filter> + </data> + </outputs> + <tests> + <test> + <param name="forward" value="flash_forward_in1.fastq" /> + <param name="reverse" value="flash_reverse_in1.fastq" /> + <output name="merged_reads" file="flash_merged_out1.fastq" /> + <output name="unmerged_reads_f" file="flash_unmerged_f_out1.fastq" /> + <output name="unmerged_reads_r" file="flash_unmerged_r_out1.fastq" /> + <output name="hist" file="flash_hist_out1.tabular" /> + <output name="histogram" file="flash_hist_out1.txt" /> + </test> + <test> + <param name="forward" value="flash_forward_in2.fastq" /> + <param name="reverse" value="flash_reverse_in2.fastq" /> + <param name="allow_outies" value="true" /> + <output name="merged_reads" file="flash_merged_out2.fastq" /> + <output name="unmerged_reads_f" file="flash_unmerged_f_out2.fastq" /> + <output name="unmerged_reads_r" file="flash_unmerged_r_out2.fastq" /> + <output name="hist" file="flash_hist_out2.tabular" /> + <output name="histogram" file="flash_hist_out2.txt" /> + <output name="hist_in" file="flash_hist_in_out2.tabular" /> + <output name="histogram_in" file="flash_hist_in_out2.txt" /> + <output name="hist_out" file="flash_hist_out_out2.tabular" /> + <output name="histogram_out" file="flash_hist_out_out2.txt" /> + </test> + </tests> + <help> +<![CDATA[ +FLASH (Fast Length Adjustment of SHort reads) is an accurate and fast tool +to merge paired-end reads that were generated from DNA fragments whose +lengths are shorter than twice the length of reads. Merged read pairs result +in unpaired longer reads, which are generally more desired in genome +assembly and genome analysis processes. + +Briefly, the FLASH algorithm considers all possible overlaps at or above a +minimum length between the reads in a pair and chooses the overlap that +results in the lowest mismatch density (proportion of mismatched bases in +the overlapped region). Ties between multiple overlaps are broken by +considering quality scores at mismatch sites. When building the merged +sequence, FLASH computes a consensus sequence in the overlapped region. +]]> + </help> + <citations> + <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btr507</citation> + </citations> +</tool> \ No newline at end of file
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/flash_forward_in1.fastq Tue Sep 26 16:42:09 2017 -0400 @@ -0,0 +1,2000 @@ +@chrM_460_919_3:0:0_1:0:0_0/1 +CGACTCATCTAGGCATTTTCAGTGCCTTGCTTTATATGTTTAAGCTACATTAACTGGGATGTGGGGCTAACGTAGACATGTAAAATGTTGATCGATAGGGACGAATTAGAGTCAGGTCGGTATATCTATAGATAACTGCGAACAGAGTTATGATTTAGTATTAGTAGCTAGTAATAATAGGGGATTGGTAAGCTTATAAG ++ +22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@chrM_7564_8021_3:0:0_2:0:0_1/1 +GAAATACGATTTCCTCAATGGGCTCTTTCCTCTCATTAACAGCAGACATGTTAATAGTTTTCATAGTGTGAGAAGCTTTCGCATCCAAGCTAGAAGTGGCCATAGTAGAACTAACCACAACTAATCTTGAATGATTGCATGGATGTCCTCCTCCGTACCACACATTTGAAGAGCCAACTTACGTACTATTAAAATAAGAA ++ +22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@chrM_9159_9700_2:0:1_4:0:0_2/1 +GGAATGTGCTTTCTCGGATAATGTCTCGTCATCATTGAAATATAGTTAGTAAGTTGGTAGTTATTCCAAGGGTTAACAGCAGTGTTAAGTTGTAGTGGAATCATATAGCCAGGCCTTAGGTTATTAAGAGGGCTGAAAGGGCTCCTGTAAGTGTCCATGGGCTAGGGTTGACTATGTGGTATGCATTGGTTTGGTGGGTC ++ +22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@chrM_1576_2102_2:1:0_1:0:0_3/1 +TCTTTCATCTTTCCCTTGCGGTACTTTCTCTATAGCGCCAAGTTAAATTTCTATCTCCTATACTTTTATAAGGTGACTAAATGTTTTGTTTTATTATCTAGTGTTAGTTGTGTTTGTAGATGTTTGGGCTAGCTTTAGCTCAAGATGGTCAGTTTAATATGAAATCTTCTGGGTGTAAGCCAGATGCTTTGTTTAAGCTA ++ +22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@chrM_2856_3324_2:0:0_6:0:0_4/1 +AGCTGGTGCACCATCGGGATGTCCTGATCCAACATCGAGTTCGTAAACCCTATTGTCGATATGGACTCTGAAATAGGATTGCGCTGTTATCCCTAGGGTAACTTGTTCCGATGATCAATGTATTTGGATCAATACGTGATGTAGTACTTTCGACTGGTTAGTCTAGATTTAAATCACTCGGAGGTTGTTTTATTCTCCGA ++ +22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@chrM_5342_5909_5:0:0_5:0:0_5/1 +GGCTGAATGACAGCTATCATAATGTACCGCCCCACAATAATAATCTAAAACCTAACTATCTATATCATTATAACACTCACCACCTACATACTATTTATACACAACTCCACCACAACAACAGCATCCCTATCACAAACATGAAATAAAACCCCTCTAATCACCTCACTCATCCTAGTATTAATAATATCCGTGGGAGGCCT ++ +22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@chrM_11616_12104_4:0:0_7:0:0_6/1 +CTGTAGCCCCCGGGGTCGGATTATTGTTCGGCTATGTACTCGTTCATAGTTTGAGTTTGCAAGGCAGAATCGCATAGATGAGGTCAGTCCATGAGCCATTATTAAGGCTGTAGCTCCTATATAGCTTCAGGGTGTTTGGATCAGAACTGGTACAATTACTAGGGCCCTGTGACTTACGGATGAGTATGCGATTAGGGATT ++ +22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@chrM_11745_12199_2:0:0_3:0:0_7/1 +ACAAATAGCTCTCCGATTAGATTAATTGTGGGTGGTAGGGCTAGGTTTGCGAGGCTAGCTAGTAGTCATCAGGCAGCTATTAGGGTGAGGCTAGTCTGTAGCCCCCGGGCTAGGATTATTGTTCGGCTATGTACTCGTTCATAGTTTGAGTTTGCAAGGCAGAATCGCATAGATGAGGTCAGTCCATGAGCAATTATTAA ++ +22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@chrM_4974_5463_3:0:0_4:0:0_8/1 +GCTGTTGTTGTGGTGGAGTTGTGTCTAAATAGTATGAAGGTGGTTAGTGTTATACTGATATAGATAGTTAGGTTTAAGATTATTATTGTGGGGCTGTACATTATGATAGCTGTCATTCAGCCTATATGGGCGAATGAGGAGTATGCTATTATTTTTCGTAGTTGTGTTTGGTTTAGGCCTCCTCAGCCTCCGATTATGAC ++ +22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@chrM_9579_10013_2:0:0_3:0:0_9/1 +AACCTCAGGCCTGGCTATATGATTCCACTACAACTTAACACTGCTGTTACCCCTTGGAATAACTACCAACTTACTAACTATATATCAATGATGACGAGACATTATCCGAGAAAGCAGATTCCAAGGCCATCATACACCTATCGTTCAAAAAGGCCTTCGATACGGAATAATCCTCTTTATCATCTCAGAAGTATTCTTTT ++ +22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@chrM_12698_13119_5:0:0_3:0:0_a/1 +TGCTCGGCCATATCATCATCCGATAAGTAGAAAAGATATGATTCCTACTCCCTCTGAGCCGATGAATAGTTGAAATAGATAGTTAGCGGTAACTAGAATTATCATAGTGATTAGGAATATGAGGAGATATTTAAAGAATCGGTTGATGTATGGGTCTTAGTGCATGTACCACATTGAGAATTCTATGATGGACCATGTGA ++ +22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@chrM_13306_13843_4:0:0_6:0:0_b/1 +TATACGACGTGTTGGCTGACTCGATGATTAGGTCTATGGAATAAAAACCTGTTAGGAAAGGTATACCTGTGAGTGCGAGGCTTCCAATGATTAGGGAGGTAGTGGTGAAGGGCATTGGTTAGTATAATCCGCGTATTATTCGAATGTCTTGTTCGTCGTTCAGACTGTGGATAATTGATCCTGAACATCTGAATAGCATG ++ 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+22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@chrM_6073_6613_4:0:0_6:0:0_e/1 +GCTAGGGGTGGTTATACTGTTCACCCAGTTCCTGCTCCGGCTTCTACCATCGATGAGGCGAGTAAGAGTAGAAAGGAAGGAGGGAGGAGTCAGAAGCTCATGTTTTTTAATCGGGGAAATGCTATGTCAGGAGCTCCAATAATTAATGGGACCAATCAGTTTCCGAACCCTCCAATTATAATAGGCATCACCATAAAAAA ++ +22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@chrM_12336_12829_5:0:0_5:0:0_f/1 +AACCCATCATTTACACGAGAAAACGCCCTAATCGCCCTCCACCTACTCCCCCTTCTCCTCCTATCACTTAACCCTAAGATTGAACTAGGCCCCATTTACAGTAAATATAGTTTAATAAACACATTAGATTGTGAATCTAATAATGGAAGTGCAAGTCTTCTTATTTACCGAAAAAGTATGCAAGAACTGCTAATACATGC ++ 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