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diff test-data/Mutect2-out2.vcf @ 1:fd2d6e035c3f draft
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tool_collections/gatk4 commit 5d2fd48454149b3cfa39aaba71e3b19f89087516"
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--- a/test-data/Mutect2-out2.vcf Wed Oct 30 15:33:59 2019 -0400 +++ b/test-data/Mutect2-out2.vcf Mon Nov 18 13:45:47 2019 -0500 @@ -11,7 +11,7 @@ ##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description="Normalized, Phred-scaled likelihoods for genotypes as defined in the VCF specification"> ##FORMAT=<ID=PS,Number=1,Type=Integer,Description="Phasing set (typically the position of the first variant in the set)"> ##FORMAT=<ID=SB,Number=4,Type=Integer,Description="Per-sample component statistics which comprise the Fisher's Exact Test to detect strand bias."> -##GATKCommandLine=<ID=Mutect2,CommandLine="Mutect2 --tumor-sample SRR8525881 --output output.vcf --interval-set-rule UNION --interval-exclusion-padding 0 --input input.bam --read-validation-stringency SILENT --reference reference.fa --add-output-sam-program-record true --add-output-vcf-command-line true --verbosity ERROR --QUIET true --read-filter AmbiguousBaseReadFilter --read-filter FirstOfPairReadFilter --read-filter GoodCigarReadFilter 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+##GATKCommandLine=<ID=Mutect2,CommandLine="Mutect2 --tumor-sample SRR8525881 --output output.vcf --input input.bam --reference reference.fa --QUIET true --f1r2-median-mq 50 --f1r2-min-bq 20 --f1r2-max-depth 200 --genotype-pon-sites false --genotype-germline-sites false --af-of-alleles-not-in-resource -1.0 --mitochondria-mode false --tumor-lod-to-emit 3.0 --initial-tumor-lod 2.0 --pcr-snv-qual 40 --pcr-indel-qual 40 --max-population-af 0.01 --downsampling-stride 1 --callable-depth 10 --max-suspicious-reads-per-alignment-start 0 --normal-lod 2.2 --ignore-itr-artifacts false --gvcf-lod-band -2.5 --gvcf-lod-band -2.0 --gvcf-lod-band -1.5 --gvcf-lod-band -1.0 --gvcf-lod-band -0.5 --gvcf-lod-band 0.0 --gvcf-lod-band 0.5 --gvcf-lod-band 1.0 --minimum-allele-fraction 0.0 --independent-mates false --disable-adaptive-pruning false --dont-trim-active-regions false --max-extension 25 --padding-around-indels 150 --padding-around-snps 20 --kmer-size 10 --kmer-size 25 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T C . . DP=22;ECNT=14;MBQ=37,28;MFRL=271,309;MMQ=60,60;MPOS=38;POPAF=7.30;TLOD=4.85 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:20,2:0.125:22:8,0:10,1:9,11,0,2 -K03455 4996 . AC GA . . DP=25;ECNT=14;MBQ=38,32;MFRL=285,203;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=5.72 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:21,3:0.152:24:6,1:10,1:8,13,1,2 -K03455 4997 . C T,A . . DP=25;ECNT=14;MBQ=38,37,38;MFRL=282,292,264;MMQ=60,60,60;MPOS=10,31;POPAF=7.30,7.30;TLOD=8.86,34.99 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:8,3,13:0.148,0.517:24:4,0,5:3,2,8:5,3,5,11 -K03455 5004 . G A . . DP=26;ECNT=14;MBQ=37,36;MFRL=262,288;MMQ=60,60;MPOS=51;POPAF=7.30;TLOD=4.21 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:24,2:0.107:26:7,1:13,1:8,16,1,1 -K03455 5015 . A G . . DP=34;ECNT=14;MBQ=38,38;MFRL=269,258;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=88.69 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:10,22:0.677:32:4,5:6,16:4,6,5,17 -K03455 5018 . A G . . 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T C . . DP=32;ECNT=13;MBQ=33,20;MFRL=264,292;MMQ=60,60;MPOS=17;POPAF=7.30;TLOD=6.07 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:29,3:0.128:32:13,1:15,1:15,14,1,2 +K03455 4996 . AC GA . . DP=36;ECNT=13;MBQ=37,26;MFRL=264,256;MMQ=60,60;MPOS=21;POPAF=7.30;TLOD=11.76 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:29,6:0.181:35:10,2:12,3:14,15,3,3 +K03455 4997 . C T,A . . DP=36;ECNT=13;MBQ=20,20,38;MFRL=278,131,257;MMQ=60,60,60;MPOS=10,31;POPAF=7.30,7.30;TLOD=14.89,42.60 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1/2:11,5,19:0.149,0.553:35:6,1,7:3,3,12:6,5,11,13 +K03455 5015 . A G . . DP=49;ECNT=13;MBQ=27,37;MFRL=245,251;MMQ=60,60;MPOS=30;POPAF=7.30;TLOD=126.23 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:14,32:0.721:46:7,8:6,23:6,8,14,18 +K03455 5018 . A G . . DP=49;ECNT=13;MBQ=33,20;MFRL=257,180;MMQ=60,60;MPOS=26;POPAF=7.30;TLOD=14.66 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:SB 0/1:43,6:0.129:49:13,1:21,5:19,24,2,4 +K03455 5027 . G A . . 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