Mercurial > repos > iuc > gemini_de_novo
diff test-data/gemini_dump_result.tabular @ 4:9db3e299b1c8 draft default tip
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/gemini commit 283362494058ed64143b1f27afb447b8a1cb4313
| author | iuc |
|---|---|
| date | Fri, 14 Dec 2018 12:59:25 -0500 |
| parents | d5b01cc263be |
| children |
line wrap: on
line diff
--- a/test-data/gemini_dump_result.tabular Wed Oct 17 13:28:19 2018 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,97 +0,0 @@ -chrom start end ref alt type sub_type aaf in_dbsnp gene sample genotype -chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 child_1 G/A -chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 child_2 G/G -chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 dad_2 G/A -chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 mom_2 G/G -chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 dad_1 G/G -chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 mom_1 G/A -chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 child_3 G/A -chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 dad_3 G/A -chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 mom_3 G/A -chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 child_4 G/A -chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 dad_4 G/A -chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 mom_4 G/A -chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 child_1 A/A -chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 child_2 A/G -chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 dad_2 A/A -chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 mom_2 A/G -chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 dad_1 A/A -chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 mom_1 A/A -chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 child_3 A/A -chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 dad_3 A/A -chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 mom_3 A/G -chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 child_4 A/G -chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 dad_4 A/A -chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 mom_4 A/A -chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P child_1 TTCT/TTCT -chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P child_2 TTCT/TTCT -chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P dad_2 TTCT/TTCT -chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P mom_2 TTCT/TTCT -chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P dad_1 TTCT/TTCT -chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P mom_1 TTCT/TTCT -chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P child_3 TTCT/TTCT -chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P dad_3 TTCT/TTCT -chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P mom_3 TTCT/TTCT -chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P child_4 TTCT/T -chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P dad_4 TTCT/T -chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P mom_4 TTCT/TTCT -chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 child_1 G/G -chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 child_2 G/G -chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 dad_2 G/G -chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 mom_2 G/G -chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 dad_1 G/G -chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 mom_1 G/G -chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 child_3 G/A -chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 dad_3 G/G -chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 mom_3 G/G -chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 child_4 G/G -chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 dad_4 G/G -chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 mom_4 G/G -chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 child_1 G/C -chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 child_2 G/G -chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 dad_2 G/G -chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 mom_2 G/C -chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 dad_1 G/G -chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 mom_1 G/G -chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 child_3 G/G -chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 dad_3 G/C -chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 mom_3 G/G -chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 child_4 G/C -chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 dad_4 G/G -chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 mom_4 G/G -chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 child_1 A/A -chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 child_2 A/A -chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 dad_2 A/A -chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 mom_2 A/A -chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 dad_1 A/A -chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 mom_1 A/A -chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 child_3 A/A -chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 dad_3 A/A -chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 mom_3 A/A -chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 child_4 A/G -chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 dad_4 A/G -chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 mom_4 A/G -chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P child_1 C/C -chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P child_2 C/C -chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P dad_2 C/C -chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P mom_2 C/C -chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P dad_1 C/A -chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P mom_1 C/C -chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P child_3 C/A -chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P dad_3 C/C -chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P mom_3 C/C -chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P child_4 C/A -chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P dad_4 C/A -chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P mom_4 C/A -chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 child_1 A/A -chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 child_2 A/A -chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 dad_2 A/A -chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 mom_2 A/A -chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 dad_1 A/G -chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 mom_1 A/G -chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 child_3 A/G -chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 dad_3 A/G -chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 mom_3 A/G -chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 child_4 A/G -chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 dad_4 A/G -chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 mom_4 A/G