Mercurial > repos > iuc > get_hrun

changeset 0:84f70ce0b830 draft default tip

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"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/get_hrun commit 5810d89666698dbe49ef17c334799fce76823621"
author iuc
date Tue, 02 Mar 2021 21:35:40 +0000
parents
children
files get_hrun.py get_hrun.xml macros.xml test-data/in.vcf test-data/out.vcf test-data/reference.fasta
diffstat 6 files changed, 652 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/get_hrun.py	Tue Mar 02 21:35:40 2021 +0000
@@ -0,0 +1,64 @@
+#!/usr/bin/env python
+import argparse
+
+import vcf
+from pyfaidx import Fasta
+from vcf.parser import _Info as VcfInfo
+
+
+parser = argparse.ArgumentParser(description='Generate report tables')
+parser.add_argument("--reference",
+                    required=True,
+                    help="Filepath to reference FASTA file")
+parser.add_argument("--in-vcf",
+                    required=True,
+                    help="Filepath to vcf file to be analyzed")
+parser.add_argument("--out-vcf",
+                    required=True,
+                    help="Filepath to vcf file to be output")
+
+args = parser.parse_args()
+ref_path = args.reference
+reference = Fasta(ref_path, sequence_always_upper=True, read_ahead=1000)
+in_vcf_path = args.in_vcf
+in_vcf_handle = open(in_vcf_path)
+in_vcf = vcf.Reader(in_vcf_handle)
+in_vcf.infos['HRUN'] = VcfInfo(
+    'HRUN', 1, 'Integer',
+    'Homopolymer length to the right of report indel position',
+    "get_hrun", "1.0")
+out_vcf_path = args.out_vcf
+out_vcf_handle = open(out_vcf_path, 'w')
+out_vcf = vcf.Writer(out_vcf_handle, in_vcf)
+for record in in_vcf:
+    chrom = record.CHROM
+    pos = record.POS - 1
+    ref = record.REF
+    calc_hrun = False
+    for alt in record.ALT:
+        if len(ref) != len(alt):
+            calc_hrun = True
+    if calc_hrun:
+        window = 50
+        hrun = 1
+        start = pos + 2
+        end = start + window
+        base = reference[chrom][pos + 1]
+        seq_len = len(reference[chrom])
+        for i in range(start, len(reference)):
+            base2 = reference[chrom][i]
+            if base == base2:
+                hrun += 1
+            else:
+                break
+        # Extend to left in case not left aligned
+        for i in range(pos, -1, -1):
+            if reference[chrom][i] == base:
+                hrun += 1
+            else:
+                break
+        record.add_info('HRUN', [hrun])
+    out_vcf.write_record(record)
+in_vcf_handle.close()
+out_vcf.close()
+out_vcf_handle.close()
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/get_hrun.xml	Tue Mar 02 21:35:40 2021 +0000
@@ -0,0 +1,41 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<tool id="get_hrun" name="Get homopolymer run length" version="@VERSION@+galaxy0" profile="@PROFILE@" license="MIT">
+    <description>Annotate indel variants with homopolymer context</description>
+    <macros>
+        <import>macros.xml</import>
+    </macros>
+    <expand macro="requirements"/>
+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+        ln -s '${reference}' ref.fa &&
+        samtools faidx ref.fa &&
+        python '${__tool_directory__}/get_hrun.py' --reference ref.fa --in-vcf '${in_vcf}' --out-vcf '${out_vcf}'
+]]></command>
+    <inputs>
+        <param argument="--in-vcf" type="data" format="vcf" label="Input VCF"/>
+        <param argument="--reference" type="data" format="fasta" label="Input Reference FASTA"/>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data name="out_vcf" format="vcf" label="${tool.name} on ${on_string}"/>
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="in_vcf" value="in.vcf"/>
+            <param name="reference" value="reference.fasta"/>
+            <output name="out_vcf" value="out.vcf"/>
+        </test>
+    </tests>
+    <help><![CDATA[
+.. class:: infomark
+
+**What it does**
+
+@WID@
+
+**Inputs**
+- VCF file
+- Reference file for that VCF
+**Outputs**
+- VCF with annotated homopolymers
+]]></help>
+    <expand macro="citations"/>
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml	Tue Mar 02 21:35:40 2021 +0000
@@ -0,0 +1,26 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<macros>
+    <token name="@VERSION@">1.0</token>
+    <token name="@PROFILE@">20.01</token>
+    <token name="@TOOL_VERSION@">0.5.9.2</token>
+    <xml name="requirements">
+        <requirements>
+            <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">pyfaidx</requirement>
+            <requirement type="package" version="0.6.8">pyvcf</requirement>
+            <requirement type="package" version="1.11">samtools</requirement>
+        </requirements>
+    </xml>
+
+    <xml name="citations">
+        <citations>
+            <citation type="doi">10.7287/peerj.preprints.970v1</citation>
+            <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btp352</citation>
+        </citations>
+    </xml>
+    <!--
+        Help
+    -->
+    <token name="@WID@"><![CDATA[
+This tools determines the homopolymer context of indels and returns them.
+]]></token>
+</macros>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/in.vcf	Tue Mar 02 21:35:40 2021 +0000
@@ -0,0 +1,10 @@
+##fileformat=VCFv4.1
+##medaka_version=1.0.3
+##contig=<ID=MN908947.3>
+##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Medaka genotype.">
+##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Medaka genotype quality score">
+#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	SAMPLE
+MN908947.3	29748	.	TAAAAAAAAAAA	TA	243.965	PASS		GT:GQ	1:244
+MN908947.3	29749	.	A	ATTT	243.965	PASS		GT:GQ	1:244
+MN908947.3	29765	.	TGGGGAACTCG	A	243.965	PASS		GT:GQ	1:244
+MN908947.3	29789	.	TATATGGAAGA	A	243.965	PASS		GT:GQ	1:244
\ No newline at end of file
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/out.vcf	Tue Mar 02 21:35:40 2021 +0000
@@ -0,0 +1,11 @@
+##fileformat=VCFv4.1
+##medaka_version=1.0.3
+##INFO=<ID=HRUN,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolymer length to the right of report indel position">
+##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Medaka genotype.">
+##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Medaka genotype quality score">
+##contig=<ID=MN908947.3>
+#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	SAMPLE
+MN908947.3	29748	.	TAAAAAAAAAAA	TA	243.965	PASS	HRUN=11;	GT:GQ	1:244
+MN908947.3	29749	.	A	ATTT	243.965	PASS	HRUN=11;	GT:GQ	1:244
+MN908947.3	29765	.	TGGGGAACTCG	A	243.965	PASS	HRUN=4;	GT:GQ	1:244
+MN908947.3	29789	.	TATATGGAAGA	A	243.965	PASS	HRUN=1;	GT:GQ	1:244
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/reference.fasta	Tue Mar 02 21:35:40 2021 +0000
@@ -0,0 +1,500 @@
+>MN908947.3
+ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCT
+GTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACT
+CACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATC
+TTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTT
+CGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGAGAAAAC
+ACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTTGG
+AGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGG
+CTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAA
+ACGTTCGGATGCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACT
+CGAAGGCATTCAGTACGGTCGTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGG
+CGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGTTCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGG
+TGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTAGGCGACGAGCTTGGCACTGA
+TCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTGTTACCCGTGA
+ACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGG
+CCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTC
+ATGCACTTTGTCCGAACAACTGGACTTTATTGACACTAAGAGGGGTGTATACTGCTGCCG
+TGAACATGAGCATGAAATTGCTTGGTACACGGAACGTTCTGAAAAGAGCTATGAATTGCA
+GACACCTTTTGAAATTAAATTGGCAAAGAAATTTGACACCTTCAATGGGGAATGTCCAAA
+TTTTGTATTTCCCTTAAATTCCATAATCAAGACTATTCAACCAAGGGTTGAAAAGAAAAA
+GCTTGATGGCTTTATGGGTAGAATTCGATCTGTCTATCCAGTTGCGTCACCAAATGAATG
+CAACCAAATGTGCCTTTCAACTCTCATGAAGTGTGATCATTGTGGTGAAACTTCATGGCA
+GACGGGCGATTTTGTTAAAGCCACTTGCGAATTTTGTGGCACTGAGAATTTGACTAAAGA
+AGGTGCCACTACTTGTGGTTACTTACCCCAAAATGCTGTTGTTAAAATTTATTGTCCAGC
+ATGTCACAATTCAGAAGTAGGACCTGAGCATAGTCTTGCCGAATACCATAATGAATCTGG
+CTTGAAAACCATTCTTCGTAAGGGTGGTCGCACTATTGCCTTTGGAGGCTGTGTGTTCTC
+TTATGTTGGTTGCCATAACAAGTGTGCCTATTGGGTTCCACGTGCTAGCGCTAACATAGG
+TTGTAACCATACAGGTGTTGTTGGAGAAGGTTCCGAAGGTCTTAATGACAACCTTCTTGA
+AATACTCCAAAAAGAGAAAGTCAACATCAATATTGTTGGTGACTTTAAACTTAATGAAGA
+GATCGCCATTATTTTGGCATCTTTTTCTGCTTCCACAAGTGCTTTTGTGGAAACTGTGAA
+AGGTTTGGATTATAAAGCATTCAAACAAATTGTTGAATCCTGTGGTAATTTTAAAGTTAC
+AAAAGGAAAAGCTAAAAAAGGTGCCTGGAATATTGGTGAACAGAAATCAATACTGAGTCC
+TCTTTATGCATTTGCATCAGAGGCTGCTCGTGTTGTACGATCAATTTTCTCCCGCACTCT
+TGAAACTGCTCAAAATTCTGTGCGTGTTTTACAGAAGGCCGCTATAACAATACTAGATGG
+AATTTCACAGTATTCACTGAGACTCATTGATGCTATGATGTTCACATCTGATTTGGCTAC
+TAACAATCTAGTTGTAATGGCCTACATTACAGGTGGTGTTGTTCAGTTGACTTCGCAGTG
+GCTAACTAACATCTTTGGCACTGTTTATGAAAAACTCAAACCCGTCCTTGATTGGCTTGA
+AGAGAAGTTTAAGGAAGGTGTAGAGTTTCTTAGAGACGGTTGGGAAATTGTTAAATTTAT
+CTCAACCTGTGCTTGTGAAATTGTCGGTGGACAAATTGTCACCTGTGCAAAGGAAATTAA
+GGAGAGTGTTCAGACATTCTTTAAGCTTGTAAATAAATTTTTGGCTTTGTGTGCTGACTC
+TATCATTATTGGTGGAGCTAAACTTAAAGCCTTGAATTTAGGTGAAACATTTGTCACGCA
+CTCAAAGGGATTGTACAGAAAGTGTGTTAAATCCAGAGAAGAAACTGGCCTACTCATGCC
+TCTAAAAGCCCCAAAAGAAATTATCTTCTTAGAGGGAGAAACACTTCCCACAGAAGTGTT
+AACAGAGGAAGTTGTCTTGAAAACTGGTGATTTACAACCATTAGAACAACCTACTAGTGA
+AGCTGTTGAAGCTCCATTGGTTGGTACACCAGTTTGTATTAACGGGCTTATGTTGCTCGA
+AATCAAAGACACAGAAAAGTACTGTGCCCTTGCACCTAATATGATGGTAACAAACAATAC
+CTTCACACTCAAAGGCGGTGCACCAACAAAGGTTACTTTTGGTGATGACACTGTGATAGA
+AGTGCAAGGTTACAAGAGTGTGAATATCACTTTTGAACTTGATGAAAGGATTGATAAAGT
+ACTTAATGAGAAGTGCTCTGCCTATACAGTTGAACTCGGTACAGAAGTAAATGAGTTCGC
+CTGTGTTGTGGCAGATGCTGTCATAAAAACTTTGCAACCAGTATCTGAATTACTTACACC
+ACTGGGCATTGATTTAGATGAGTGGAGTATGGCTACATACTACTTATTTGATGAGTCTGG
+TGAGTTTAAATTGGCTTCACATATGTATTGTTCTTTCTACCCTCCAGATGAGGATGAAGA
+AGAAGGTGATTGTGAAGAAGAAGAGTTTGAGCCATCAACTCAATATGAGTATGGTACTGA
+AGATGATTACCAAGGTAAACCTTTGGAATTTGGTGCCACTTCTGCTGCTCTTCAACCTGA
+AGAAGAGCAAGAAGAAGATTGGTTAGATGATGATAGTCAACAAACTGTTGGTCAACAAGA
+CGGCAGTGAGGACAATCAGACAACTACTATTCAAACAATTGTTGAGGTTCAACCTCAATT
+AGAGATGGAACTTACACCAGTTGTTCAGACTATTGAAGTGAATAGTTTTAGTGGTTATTT
+AAAACTTACTGACAATGTATACATTAAAAATGCAGACATTGTGGAAGAAGCTAAAAAGGT
+AAAACCAACAGTGGTTGTTAATGCAGCCAATGTTTACCTTAAACATGGAGGAGGTGTTGC
+AGGAGCCTTAAATAAGGCTACTAACAATGCCATGCAAGTTGAATCTGATGATTACATAGC
+TACTAATGGACCACTTAAAGTGGGTGGTAGTTGTGTTTTAAGCGGACACAATCTTGCTAA
+ACACTGTCTTCATGTTGTCGGCCCAAATGTTAACAAAGGTGAAGACATTCAACTTCTTAA
+GAGTGCTTATGAAAATTTTAATCAGCACGAAGTTCTACTTGCACCATTATTATCAGCTGG
+TATTTTTGGTGCTGACCCTATACATTCTTTAAGAGTTTGTGTAGATACTGTTCGCACAAA
+TGTCTACTTAGCTGTCTTTGATAAAAATCTCTATGACAAACTTGTTTCAAGCTTTTTGGA
+AATGAAGAGTGAAAAGCAAGTTGAACAAAAGATCGCTGAGATTCCTAAAGAGGAAGTTAA
+GCCATTTATAACTGAAAGTAAACCTTCAGTTGAACAGAGAAAACAAGATGATAAGAAAAT
+CAAAGCTTGTGTTGAAGAAGTTACAACAACTCTGGAAGAAACTAAGTTCCTCACAGAAAA
+CTTGTTACTTTATATTGACATTAATGGCAATCTTCATCCAGATTCTGCCACTCTTGTTAG
+TGACATTGACATCACTTTCTTAAAGAAAGATGCTCCATATATAGTGGGTGATGTTGTTCA
+AGAGGGTGTTTTAACTGCTGTGGTTATACCTACTAAAAAGGCTGGTGGCACTACTGAAAT
+GCTAGCGAAAGCTTTGAGAAAAGTGCCAACAGACAATTATATAACCACTTACCCGGGTCA
+GGGTTTAAATGGTTACACTGTAGAGGAGGCAAAGACAGTGCTTAAAAAGTGTAAAAGTGC
+CTTTTACATTCTACCATCTATTATCTCTAATGAGAAGCAAGAAATTCTTGGAACTGTTTC
+TTGGAATTTGCGAGAAATGCTTGCACATGCAGAAGAAACACGCAAATTAATGCCTGTCTG
+TGTGGAAACTAAAGCCATAGTTTCAACTATACAGCGTAAATATAAGGGTATTAAAATACA
+AGAGGGTGTGGTTGATTATGGTGCTAGATTTTACTTTTACACCAGTAAAACAACTGTAGC
+GTCACTTATCAACACACTTAACGATCTAAATGAAACTCTTGTTACAATGCCACTTGGCTA
+TGTAACACATGGCTTAAATTTGGAAGAAGCTGCTCGGTATATGAGATCTCTCAAAGTGCC
+AGCTACAGTTTCTGTTTCTTCACCTGATGCTGTTACAGCGTATAATGGTTATCTTACTTC
+TTCTTCTAAAACACCTGAAGAACATTTTATTGAAACCATCTCACTTGCTGGTTCCTATAA
+AGATTGGTCCTATTCTGGACAATCTACACAACTAGGTATAGAATTTCTTAAGAGAGGTGA
+TAAAAGTGTATATTACACTAGTAATCCTACCACATTCCACCTAGATGGTGAAGTTATCAC
+CTTTGACAATCTTAAGACACTTCTTTCTTTGAGAGAAGTGAGGACTATTAAGGTGTTTAC
+AACAGTAGACAACATTAACCTCCACACGCAAGTTGTGGACATGTCAATGACATATGGACA
+ACAGTTTGGTCCAACTTATTTGGATGGAGCTGATGTTACTAAAATAAAACCTCATAATTC
+ACATGAAGGTAAAACATTTTATGTTTTACCTAATGATGACACTCTACGTGTTGAGGCTTT
+TGAGTACTACCACACAACTGATCCTAGTTTTCTGGGTAGGTACATGTCAGCATTAAATCA
+CACTAAAAAGTGGAAATACCCACAAGTTAATGGTTTAACTTCTATTAAATGGGCAGATAA
+CAACTGTTATCTTGCCACTGCATTGTTAACACTCCAACAAATAGAGTTGAAGTTTAATCC
+ACCTGCTCTACAAGATGCTTATTACAGAGCAAGGGCTGGTGAAGCTGCTAACTTTTGTGC
+ACTTATCTTAGCCTACTGTAATAAGACAGTAGGTGAGTTAGGTGATGTTAGAGAAACAAT
+GAGTTACTTGTTTCAACATGCCAATTTAGATTCTTGCAAAAGAGTCTTGAACGTGGTGTG
+TAAAACTTGTGGACAACAGCAGACAACCCTTAAGGGTGTAGAAGCTGTTATGTACATGGG
+CACACTTTCTTATGAACAATTTAAGAAAGGTGTTCAGATACCTTGTACGTGTGGTAAACA
+AGCTACAAAATATCTAGTACAACAGGAGTCACCTTTTGTTATGATGTCAGCACCACCTGC
+TCAGTATGAACTTAAGCATGGTACATTTACTTGTGCTAGTGAGTACACTGGTAATTACCA
+GTGTGGTCACTATAAACATATAACTTCTAAAGAAACTTTGTATTGCATAGACGGTGCTTT
+ACTTACAAAGTCCTCAGAATACAAAGGTCCTATTACGGATGTTTTCTACAAAGAAAACAG
+TTACACAACAACCATAAAACCAGTTACTTATAAATTGGATGGTGTTGTTTGTACAGAAAT
+TGACCCTAAGTTGGACAATTATTATAAGAAAGACAATTCTTATTTCACAGAGCAACCAAT
+TGATCTTGTACCAAACCAACCATATCCAAACGCAAGCTTCGATAATTTTAAGTTTGTATG
+TGATAATATCAAATTTGCTGATGATTTAAACCAGTTAACTGGTTATAAGAAACCTGCTTC
+AAGAGAGCTTAAAGTTACATTTTTCCCTGACTTAAATGGTGATGTGGTGGCTATTGATTA
+TAAACACTACACACCCTCTTTTAAGAAAGGAGCTAAATTGTTACATAAACCTATTGTTTG
+GCATGTTAACAATGCAACTAATAAAGCCACGTATAAACCAAATACCTGGTGTATACGTTG
+TCTTTGGAGCACAAAACCAGTTGAAACATCAAATTCGTTTGATGTACTGAAGTCAGAGGA
+CGCGCAGGGAATGGATAATCTTGCCTGCGAAGATCTAAAACCAGTCTCTGAAGAAGTAGT
+GGAAAATCCTACCATACAGAAAGACGTTCTTGAGTGTAATGTGAAAACTACCGAAGTTGT
+AGGAGACATTATACTTAAACCAGCAAATAATAGTTTAAAAATTACAGAAGAGGTTGGCCA
+CACAGATCTAATGGCTGCTTATGTAGACAATTCTAGTCTTACTATTAAGAAACCTAATGA
+ATTATCTAGAGTATTAGGTTTGAAAACCCTTGCTACTCATGGTTTAGCTGCTGTTAATAG
+TGTCCCTTGGGATACTATAGCTAATTATGCTAAGCCTTTTCTTAACAAAGTTGTTAGTAC
+AACTACTAACATAGTTACACGGTGTTTAAACCGTGTTTGTACTAATTATATGCCTTATTT
+CTTTACTTTATTGCTACAATTGTGTACTTTTACTAGAAGTACAAATTCTAGAATTAAAGC
+ATCTATGCCGACTACTATAGCAAAGAATACTGTTAAGAGTGTCGGTAAATTTTGTCTAGA
+GGCTTCATTTAATTATTTGAAGTCACCTAATTTTTCTAAACTGATAAATATTATAATTTG
+GTTTTTACTATTAAGTGTTTGCCTAGGTTCTTTAATCTACTCAACCGCTGCTTTAGGTGT
+TTTAATGTCTAATTTAGGCATGCCTTCTTACTGTACTGGTTACAGAGAAGGCTATTTGAA
+CTCTACTAATGTCACTATTGCAACCTACTGTACTGGTTCTATACCTTGTAGTGTTTGTCT
+TAGTGGTTTAGATTCTTTAGACACCTATCCTTCTTTAGAAACTATACAAATTACCATTTC
+ATCTTTTAAATGGGATTTAACTGCTTTTGGCTTAGTTGCAGAGTGGTTTTTGGCATATAT
+TCTTTTCACTAGGTTTTTCTATGTACTTGGATTGGCTGCAATCATGCAATTGTTTTTCAG
+CTATTTTGCAGTACATTTTATTAGTAATTCTTGGCTTATGTGGTTAATAATTAATCTTGT
+ACAAATGGCCCCGATTTCAGCTATGGTTAGAATGTACATCTTCTTTGCATCATTTTATTA
+TGTATGGAAAAGTTATGTGCATGTTGTAGACGGTTGTAATTCATCAACTTGTATGATGTG
+TTACAAACGTAATAGAGCAACAAGAGTCGAATGTACAACTATTGTTAATGGTGTTAGAAG
+GTCCTTTTATGTCTATGCTAATGGAGGTAAAGGCTTTTGCAAACTACACAATTGGAATTG
+TGTTAATTGTGATACATTCTGTGCTGGTAGTACATTTATTAGTGATGAAGTTGCGAGAGA
+CTTGTCACTACAGTTTAAAAGACCAATAAATCCTACTGACCAGTCTTCTTACATCGTTGA
+TAGTGTTACAGTGAAGAATGGTTCCATCCATCTTTACTTTGATAAAGCTGGTCAAAAGAC
+TTATGAAAGACATTCTCTCTCTCATTTTGTTAACTTAGACAACCTGAGAGCTAATAACAC
+TAAAGGTTCATTGCCTATTAATGTTATAGTTTTTGATGGTAAATCAAAATGTGAAGAATC
+ATCTGCAAAATCAGCGTCTGTTTACTACAGTCAGCTTATGTGTCAACCTATACTGTTACT
+AGATCAGGCATTAGTGTCTGATGTTGGTGATAGTGCGGAAGTTGCAGTTAAAATGTTTGA
+TGCTTACGTTAATACGTTTTCATCAACTTTTAACGTACCAATGGAAAAACTCAAAACACT
+AGTTGCAACTGCAGAAGCTGAACTTGCAAAGAATGTGTCCTTAGACAATGTCTTATCTAC
+TTTTATTTCAGCAGCTCGGCAAGGGTTTGTTGATTCAGATGTAGAAACTAAAGATGTTGT
+TGAATGTCTTAAATTGTCACATCAATCTGACATAGAAGTTACTGGCGATAGTTGTAATAA
+CTATATGCTCACCTATAACAAAGTTGAAAACATGACACCCCGTGACCTTGGTGCTTGTAT
+TGACTGTAGTGCGCGTCATATTAATGCGCAGGTAGCAAAAAGTCACAACATTGCTTTGAT
+ATGGAACGTTAAAGATTTCATGTCATTGTCTGAACAACTACGAAAACAAATACGTAGTGC
+TGCTAAAAAGAATAACTTACCTTTTAAGTTGACATGTGCAACTACTAGACAAGTTGTTAA
+TGTTGTAACAACAAAGATAGCACTTAAGGGTGGTAAAATTGTTAATAATTGGTTGAAGCA
+GTTAATTAAAGTTACACTTGTGTTCCTTTTTGTTGCTGCTATTTTCTATTTAATAACACC
+TGTTCATGTCATGTCTAAACATACTGACTTTTCAAGTGAAATCATAGGATACAAGGCTAT
+TGATGGTGGTGTCACTCGTGACATAGCATCTACAGATACTTGTTTTGCTAACAAACATGC
+TGATTTTGACACATGGTTTAGCCAGCGTGGTGGTAGTTATACTAATGACAAAGCTTGCCC
+ATTGATTGCTGCAGTCATAACAAGAGAAGTGGGTTTTGTCGTGCCTGGTTTGCCTGGCAC
+GATATTACGCACAACTAATGGTGACTTTTTGCATTTCTTACCTAGAGTTTTTAGTGCAGT
+TGGTAACATCTGTTACACACCATCAAAACTTATAGAGTACACTGACTTTGCAACATCAGC
+TTGTGTTTTGGCTGCTGAATGTACAATTTTTAAAGATGCTTCTGGTAAGCCAGTACCATA
+TTGTTATGATACCAATGTACTAGAAGGTTCTGTTGCTTATGAAAGTTTACGCCCTGACAC
+ACGTTATGTGCTCATGGATGGCTCTATTATTCAATTTCCTAACACCTACCTTGAAGGTTC
+TGTTAGAGTGGTAACAACTTTTGATTCTGAGTACTGTAGGCACGGCACTTGTGAAAGATC
+AGAAGCTGGTGTTTGTGTATCTACTAGTGGTAGATGGGTACTTAACAATGATTATTACAG
+ATCTTTACCAGGAGTTTTCTGTGGTGTAGATGCTGTAAATTTACTTACTAATATGTTTAC
+ACCACTAATTCAACCTATTGGTGCTTTGGACATATCAGCATCTATAGTAGCTGGTGGTAT
+TGTAGCTATCGTAGTAACATGCCTTGCCTACTATTTTATGAGGTTTAGAAGAGCTTTTGG
+TGAATACAGTCATGTAGTTGCCTTTAATACTTTACTATTCCTTATGTCATTCACTGTACT
+CTGTTTAACACCAGTTTACTCATTCTTACCTGGTGTTTATTCTGTTATTTACTTGTACTT
+GACATTTTATCTTACTAATGATGTTTCTTTTTTAGCACATATTCAGTGGATGGTTATGTT
+CACACCTTTAGTACCTTTCTGGATAACAATTGCTTATATCATTTGTATTTCCACAAAGCA
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+TAGTACTTTTGAAGAAGCTGCGCTGTGCACCTTTTTGTTAAATAAAGAAATGTATCTAAA
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