# HG changeset patch
# User iuc
# Date 1639408465 0
# Node ID a8f207b43f64f26780a2bc528d8eeb85cf34361c
# Parent  3126da33847c36fcab69d4a7a45d82a9e6ff7633
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/homer commit 186b72f369eb2a11d92f4d63cac2e8ebe386b9bd"

diff -r 3126da33847c -r a8f207b43f64 homer_findMotifsGenome.xml
--- a/homer_findMotifsGenome.xml	Sun Sep 26 12:29:15 2021 +0000
+++ b/homer_findMotifsGenome.xml	Mon Dec 13 15:14:25 2021 +0000
@@ -115,20 +115,24 @@
     $advanced.homer12.quickMask
     -minlp '$advanced.homer12.minlp'
 #elif str( $advanced.homer12.version ) == "homer1":
+    -homer1
     -depth '$advanced.homer12.depth'
 #end if
 #if str( $background.use ) == "none":
     #if not $nomotif:
-        && cp '${output}'/homerResults.html outputHomer.html
+        && cp '${output}/homerResults.html' outputHomer.html
         && cp -r '${output}' '${html_homer_file.files_path}'
+        && cp -r '${output}/homerResults' homerResults
     #end if
     #if not $motif_options.noknown:
-        && cp '${output}'/knownResults.html outputKnown.html
+        && cp '${output}/knownResults.html' outputKnown.html
         && cp -r '${output}' '${html_file.files_path}'
+        && cp -r '${output}/knownResults' knownResults
     #end if
 #else
-   && cp '${output}'/homerResults.html outputHomer.html
+   && cp '${output}/homerResults.html' outputHomer.html
    && cp -r '${output}' '${html_homer_file.files_path}'
+   && cp -r '${output}/homerResults' homerResults
 #end if
         ]]></command>
     <inputs>
@@ -255,12 +259,21 @@
             <filter>motif_options['noknown'] is False</filter>
             <filter>background['use'] == "none"</filter>
         </data>
+        <collection name="output_collection_known" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: Known motifs files">
+            <discover_datasets directory="knownResults" pattern="(?P&lt;designation&gt;.+)\.motif" format="txt" visible="false"/>
+            <filter>motif_options['noknown'] is False</filter>
+            <filter>background['use'] == "none"</filter>
+        </collection>
         <data format="html" name="html_homer_file" from_work_dir="outputHomer.html" label="${tool.name} on ${on_string}: De novo motifs">
             <filter>nomotif is False</filter>
         </data>
+        <collection name="output_collection_de_novo" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: De novo motifs files">
+            <discover_datasets directory="homerResults" pattern="(?P&lt;designation&gt;.+)\.motif" format="txt" visible="false"/>
+            <filter>nomotif is False</filter>
+        </collection>
     </outputs>
     <tests>
-        <test expect_num_outputs="2">
+        <test expect_num_outputs="4">
             <param name="input" value="fake_phix_peaks.bed"/>
             <conditional name="genome">
                 <param name="source" value="installed"/>
@@ -271,58 +284,97 @@
                 <assert_contents>
                     <has_text text="fake_phix_peaks_bed_motif/ - Homer de novo Motif Results"/>
                     <has_text text="Total target sequences = 1"/>
-                    <has_text text="Jaspar"/>
+                    <!-- This is too much impredictible -->
+                    <!-- <has_text text="Jaspar"/> -->
                 </assert_contents>
             </output>
+            <output_collection name="output_collection_known" type="list" count="0">
+            </output_collection>
+            <output_collection name="output_collection_de_novo" type="list">
+                <element name="motif1">
+                    <assert_contents>
+                        <has_text text=">"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
+            </output_collection>
         </test>
-        <test expect_num_outputs="2">
+        <test expect_num_outputs="4">
             <param name="input" value="CTCF_peaks_shifted.bed"/>
             <conditional name="genome">
                 <param name="source" value="history"/>
-                <param name="fasta" value="chr2_subset.fa"/>
+                <param name="fasta" value="chr2_subset.fa.gz"/>
             </conditional>
             <output name="html_file">
                 <assert_contents>
                     <has_text text="CTCF_peaks_shifted_bed_motif - Homer Known Motif Enrichment Results"/>
-                    <has_text text="Total Target Sequences = 40"/>
+                    <has_text text="Total Target Sequences = 24"/>
                     <has_text text="CTCF(Zf)/CD4+-CTCF-ChIP-Seq(Barski_et_al.)/Homer"/>
                 </assert_contents>
             </output>
             <output name="html_homer_file">
                 <assert_contents>
                     <has_text text="CTCF_peaks_shifted_bed_motif/ - Homer de novo Motif Results"/>
-                    <has_text text="Total target sequences = 40"/>
+                    <has_text text="Total target sequences = 24"/>
                     <has_text_matching expression="CTCF(Zf)|CTCF/MA|BORIS|CTCFL"/>
                 </assert_contents>
             </output>
+            <output_collection name="output_collection_known" type="list">
+                <element name="known1">
+                    <assert_contents>
+                        <has_text text=">"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
+            </output_collection>
+            <output_collection name="output_collection_de_novo" type="list">
+                <element name="motif1">
+                    <assert_contents>
+                        <has_text text=">"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
+            </output_collection>
         </test>
-        <test expect_num_outputs="2">
+        <test expect_num_outputs="4">
             <param name="input" value="CTCF_peaks_shifted.bed"/>
             <param name="mask" value="true"/>
             <conditional name="genome">
                 <param name="source" value="history"/>
-                <param name="fasta" value="chr2_subset.fa"/>
+                <param name="fasta" value="chr2_subset.fa.gz"/>
             </conditional>
             <output name="html_file">
                 <assert_contents>
                     <has_text text="CTCF_peaks_shifted_bed_motif - Homer Known Motif Enrichment Results"/>
-                    <has_text text="Total Target Sequences = 34"/>
+                    <has_text text="Total Target Sequences = 18"/>
                     <has_text text="CTCF(Zf)/CD4+-CTCF-ChIP-Seq(Barski_et_al.)/Homer"/>
                 </assert_contents>
             </output>
             <output name="html_homer_file">
                 <assert_contents>
                     <has_text text="CTCF_peaks_shifted_bed_motif/ - Homer de novo Motif Results"/>
-                    <has_text text="Total target sequences = 34"/>
-                    <has_text_matching expression="CTCF(Zf)|CTCF/MA|BORIS|CTCFL"/>
+                    <has_text text="Total target sequences = 18"/>
+                    <!-- This is too much impredictible -->
+                    <!-- <has_text_matching expression="CTCF(Zf)|CTCF/MA|BORIS|CTCFL|NFATC2"/> -->
                 </assert_contents>
             </output>
+            <output_collection name="output_collection_known" type="list">
+                <element name="known1">
+                    <assert_contents>
+                        <has_text text=">"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
+            </output_collection>
+            <output_collection name="output_collection_de_novo" type="list">
+                <element name="motif1">
+                    <assert_contents>
+                        <has_text text=">"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
+            </output_collection>
         </test>
-        <test expect_num_outputs="1">
+        <test expect_num_outputs="2">
             <param name="input" value="CTCF_peaks_shifted.bed"/>
             <conditional name="genome">
                 <param name="source" value="history"/>
-                <param name="fasta" value="chr2_subset.fa"/>
+                <param name="fasta" value="chr2_subset.fa.gz"/>
             </conditional>
             <section name="motif_options">
                 <param name="mset" value="plants"/>
@@ -331,13 +383,14 @@
             <output name="html_file">
                 <assert_contents>
                     <has_text text="CTCF_peaks_shifted_bed_motif - Homer Known Motif Enrichment Results"/>
-                    <has_text text="Total Target Sequences = 40"/>
-                    <has_text text="RAP26"/>
+                    <has_text text="Total Target Sequences = 24"/>
                 </assert_contents>
             </output>
+            <output_collection name="output_collection_known" type="list" count="0">
+            </output_collection>
         </test>
         <!-- background tests -->
-        <test expect_num_outputs="1">
+        <test expect_num_outputs="2">
             <param name="input" value="fake_phix_peaks.bed"/>
             <conditional name="genome">
                 <param name="source" value="installed"/>
@@ -353,8 +406,15 @@
                     <has_text text="Yeast"/>
                 </assert_contents>
             </output>
+            <output_collection name="output_collection_de_novo" type="list">
+                <element name="motif1">
+                    <assert_contents>
+                        <has_text text=">"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
+            </output_collection>
         </test>
-        <test expect_num_outputs="1">
+        <test expect_num_outputs="2">
             <param name="input" value="fake_phix_peaks.bed"/>
             <conditional name="genome">
                 <param name="source" value="installed"/>
@@ -370,6 +430,13 @@
                     <has_text text="YAP5"/>
                 </assert_contents>
             </output>
+            <output_collection name="output_collection_de_novo" type="list">
+                <element name="motif1">
+                    <assert_contents>
+                        <has_text text=">"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
+            </output_collection>
         </test>
     </tests>
     <help><![CDATA[
diff -r 3126da33847c -r a8f207b43f64 macros.xml
--- a/macros.xml	Sun Sep 26 12:29:15 2021 +0000
+++ b/macros.xml	Mon Dec 13 15:14:25 2021 +0000
@@ -4,7 +4,7 @@
     This is the HOMER version that introduced the preparsed structure expected
     by the current version. -->
     <token name="@IDX_VERSION@">4.11</token>
-    <token name="@VERSION_SUFFIX@">1</token>
+    <token name="@VERSION_SUFFIX@">2</token>
     <xml name="xrefs">
         <xrefs>
             <xref type="bio.tools">homer</xref>
diff -r 3126da33847c -r a8f207b43f64 test-data/CTCF_peaks_shifted.bed
--- a/test-data/CTCF_peaks_shifted.bed	Sun Sep 26 12:29:15 2021 +0000
+++ b/test-data/CTCF_peaks_shifted.bed	Mon Dec 13 15:14:25 2021 +0000
@@ -22,19 +22,3 @@
 mm10_dna	975927	975928	chr2:74715602-74716472	18.4944	+	74715927	74715927	236,28,36
 mm10_dna	1224543	1224544	chr2:74964211-74964829	19.6671	-	74964543	74964543	46,49,145
 mm10_dna	1237548	1237549	chr2:74977360-74977813	6.64332	+	74977548	74977548	236,28,36
-mm10_dna	1315369	1315370	chr2:75055077-75055687	25.0987	-	75055369	75055369	46,49,145
-mm10_dna	1398095	1398096	chr2:75137844-75138351	14.9999	-	75138095	75138095	46,49,145
-mm10_dna	1411177	1411178	chr2:75150910-75151415	21.6232	-	75151177	75151177	46,49,145
-mm10_dna	1412696	1412697	chr2:75152384-75152964	19.3701	-	75152696	75152696	46,49,145
-mm10_dna	1468425	1468426	chr2:75208163-75208613	20.9151	-	75208425	75208425	46,49,145
-mm10_dna	1572439	1572440	chr2:75312148-75312690	12.976	-	75312439	75312439	46,49,145
-mm10_dna	1578398	1578399	chr2:75318086-75318603	15.8984	-	75318398	75318398	46,49,145
-mm10_dna	1775510	1775511	chr2:75515254-75515778	6.45021	-	75515510	75515510	46,49,145
-mm10_dna	1823785	1823786	chr2:75563556-75564002	6.81984	-	75563785	75563785	46,49,145
-mm10_dna	1848782	1848783	chr2:75588511-75588998	13.9441	-	75588782	75588782	46,49,145
-mm10_dna	1850417	1850418	chr2:75590116-75590691	15.844	-	75590417	75590417	46,49,145
-mm10_dna	1863329	1863330	chr2:75603091-75603554	11.5679	-	75603329	75603329	46,49,145
-mm10_dna	1865891	1865892	chr2:75605600-75606199	11.5138	+	75605891	75605891	236,28,36
-mm10_dna	1918764	1918765	chr2:75658517-75658909	0.26272	+	75658764	75658764	236,28,36
-mm10_dna	2041339	2041340	chr2:75781071-75781581	10.7504	-	75781339	75781339	46,49,145
-mm10_dna	2046285	2046286	chr2:75786025-75786608	17.3776	+	75786285	75786285	236,28,36
diff -r 3126da33847c -r a8f207b43f64 test-data/chr2_subset.fa
--- a/test-data/chr2_subset.fa	Sun Sep 26 12:29:15 2021 +0000
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,40942 +0,0 @@
->mm10_dna range=chr2:73740000-75787000 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=lower
-AACTCAAAACACCCTTAAGAAATAGATATAACTCATATGCCTTTTAAAGA
-TGGGAAAATCAGTAACTGAGAGACCAAGGCATAAACACAGTTAAACACCC
-TCAGCACACAGTCAGTCCTTAACCCAGATCATATTATTTCATTGCACATG
-CTCATAACTGTGACTGATAACAGAGATGCTTATGAACAAGGCAACAGTGA
-GAGCCAGGCAGCTCATCTACAAGTATTGATTTAGTCAGAAAGAACCAGAG
-AATGGAGAGGAGGCACTCTAAAGAAGGTCACATGAATAGAAGGCTATGTA
-AACTGCTCAGACAGGCTCTGCTGGTATTTGAGGGGACCCTTCAAATGCAG
-GCCCAAGAGTCTAACACTAAGCTAAATAATGTATTCAAATAGCCAGTGTG
-GAAGGCTAGCAGAGGGATGCTGATATCTCTTATAGCCAGGTTCATTCACA
-GAATTGGTAACATTCTTGCTATTGATGGCTTCCTTATACTACATCCTTCA
-CTGGAAGTCTTGGGATGTTCCCTAGTTGTCATGTCCAAATAGAGTGACCA
-TATCTTAAATCTATTAAGGCTGAAGTGCTAACTCTGAGCCCCACATCATG
-CTTATCTCTTGAAGCACCACTATCCTGACTGGGCTCAGTGAATGGAAGGG
-CACTATGAAAGAGTCCTGTTAAGGTCAAGAACAGCAACCTCTTCCAAGTT
-CAAATTCTCTTAAGCTAAAAATTCTGCTGTAATGTAATATGCAGATAAAC
-TCTGCATAATCTTGCATTTTCTCTttcctgtaatattaactatgaatcat
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-TAAGCAAGTGGATTTTCTATTTAAAACTGTGGCTTGGGAAGAGTGCAGCT
-GGACAATGTGGGAAGTTCTCTTGGGTTTCTCTACTCCTCTTTCTCCTCAG
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-TAAGCCCTCCCTCTACCAAATTGTTTTGTCAATCAAATGTAAAGCACATT
-ATTGTGCAGAGGGGCTCTCTATCACAAAACATAAACATAAAGCGCTCTGC
-TCCTTAATGTGGAGATAAAACTGATGTAATAAAACCAGTTTGCACAACTG
-CATAGATGTGACTTGGTTACTTTCCCCTCTGTGGTGGGAGAAGAAATAGG
-TGATATGtgtctgagttagtgttctattgctgtgaaaagacgccacgatc
-aaggcaattgtcatacaagtaagcagttaatcgggggattgattacagtt
-tcagaaggttaggccattatcatcgtggtggggcgtgtggcagcattctg
-gcaggcatagtgctggagaaggagctgagagcttaatacatcctgatctg
-taggcagaaagcagagagggggGAGATggagagggggaggggggggggaa
-ggagagggaaggagagggggagggggagggggagggggagggggagggag
-aggtggtggggtaggggagactgagcctggcatgggttttgaaacctcaa
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-AGGAGATGTGGTAAGGcagtggttctcaaagtgggtgacggcccctttgg
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-tagttatgaagtagcaacaaaaataattttgtggttggggggtcaccaca
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-AAGGGTTATTCCTAGATTGATGACTGGGGTTTCAAGAGATACAGGCACgg
-ctggagagatggctcagtggtaagagcactggctgcttgctcttccagag
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-aatgatatctggagcctttttctggtatgtctgaagacagctgctgtgta
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-CTCTCATCAGAGCCAGCTGGCTGGACCCAATGTCCCAGGAGATGCACTGG
-GCCCAACTTGTGTTGAGGAAAATAGTGGTAGCTGCTCAGACTAAGAGTAG
-GTTCCCCTTCCCTAGCCTCAAAACACCACAGTCAATCACACATGGGCTTC
-ATCTACTTCCTCATTTCCTTTGGGCAGCCATCCCAGGAACCCTACGATGC
-AAGAACAGGGGAAGGAAGGTCTGAAATTAAATTCTGAACTAGAATATTTA
-GGTAATCCCAGTTGACAGACAAATCACAGAACCCACTTGAGAGCATCTAG
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-TTAGGAAATCACATTTCCTCTGGGGCAGATTTTGCATAGGTGTTTGTGGA
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-GGACTCCAGGAGTCTATGGCAGCAGCAGTAGCCCATAATAACCCTTGCAA
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-gggagggaggggggaggaaggtaggggggaagggagagagggggagggag
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-ACAGTGAATGTAGAGCGTTATTCACAAACACAGTTGGCCAGGGGAGGAGA
-GAAGGCTCAGATGGAGAGAATGTGGCTTCTTCAGTCTAGGAAGGAAGGAA
-CTGGTGGAGAGGCAAAGTTAAAGATACAGTAAGTGAGAAAGAACAGCAGA
-GAGATGGGATAGTGATAAAAAGGGACCAGGTAGGTAGTGGCTGACACCCG
-GCACAGGATGCACACGGGATAATGACCCCGTGGAGTGGGTCTCAGGGGGT
-AAAGAACGGAGAAAAAACGCAGTGTATACAGAGAGGAGCAGGCCCTgtct
-ccacttatggtggctggagaggaagcagcgttctcgggaggaaacggatt
-tttctggctagaaggtgaagagGTCGAGACGTCATGGGCAATGAGATGGT
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-GGTTAACAGGAAGGTTTTTATTATGCATGAGAGAGAGAACGTATCCAGAA
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-GGAAGGTGAACAGCAAGGGAAGAGAGAATAGTGAAAGCGGGGGCGGGGGG
-GGGGCGTAGAGAGACTATCAGAGCCATAGAGAGAGCAAGGGAGGAGGAGC
-CAAAGGGGAGGAGCTACAGGGTGCTGTGCGGGGAGAATAGTGGGAGCTGA
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-TCCAGGATAGGGGCTTTGAACTGTGTAGCAAGTACTTGTGAGTAGGGACT
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-CACTAGAAACCCTCTTATCGTTCAGGCTGAGCTGGACCTAGACTCAATTT
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-tctggtcactaaaatgtatgtggatttctccttccaacaaacattttcta
-gggatgcagtgttgttgtgtcttaacaatttagcttggttctaacattgt
-ctactggagatggcatcagaaccaacaaattctggagtgtctcaggattg
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-tagagtcctgattgactaccccaaatccgaagttcccatccctcctcccc
-agcattcattaattggctagagcaactcacaaaacagaaaaacccttccg
-tttgcttttactgggcataatgaagagccagatgggtgcaaaatgctggg
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-CCCTTGTCTCAGCCTGAGCACAGAGAGaaaaaggaagcagcaagcagagt
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-gccgccatactttctgggctatgatggaccgaatgccctcaaactgacca
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-TCGATccctcctccctccttctccccttcctcctcccccttcctcccccc
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-ttttttttttttaatttatatgagtacactgtagctgtcttcagacccac
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-ccactgagccatatctccagccacctgacgtgaactcttcagcgacaggc
-tagcctctgcctcttgagtgctgggattaaaggcatgtactactctgcct
-ggGTTCTCTCTCTTCTTAGattttatgtatatgagtgttttgcctattgt
-gtgtctgtgtaagcctggttcccaaagaggtcagagaaggggatcagatc
-atctgacactggagttacagatagttgtgagctgccacgtgggtgttaga
-aatcaaagcgtatcctctgggagagcagccagtgctcttaactgctgagc
-catctctctagccccTCAAATATCTGGTTCTTCTTATATTATCATGCACC
-AGAGAGGAATGAAGGACCACAGCTCTGGAAGGACCTTTCTTGAACACATT
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-GCTAGTCAGGAAGAGCATCCAAGCCTCCTGGGACTTAGTTTTGCCCTGTG
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-AGGACAGGTGTGATGTTAATAGCAATTTCCTGGAATGATTGCGgggggag
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-aagttcaggaaatcaaagtcaactttggttccacagcaaataggaagcca
-acttgggttgcataaaatactgtcacaaCCCTCAACCCTTCCTTTCCCCA
-AAATTAATTAAAGAGAGAGAGAGATCAAAATTGAGTTAAAGAATATATGA
-ACTGATATTCACTTCTTTTCTTTCTTTTCTTTTTttttggtttttcgaga
-cagggtttctctgtgtagccctggctgtcctggaactcactctgtagacc
-aggctgacctcgaactcagaaatccgcctgcctcttttacttttACTTAT
-GGATTATACTTTTTTTTTAATTCCCCTCAGAGATGTTTCATTTTACCACG
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-TAACCAGCATGCCACAGGACCTGAGGAGAGTACAGCTAGCATTATTTTAA
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-GGTTCGGGGAGGGGGTTAATTCCCTCATCCATTATCAATAATCATTTGCA
-TTGCTATGTGATTAGATCTATTTGAGGGaaaaacaaaagcaaaaaccaaa
-acaaaaCCTTGTTGgtcaggcatggtggtgtacacctttaagcccagcac
-tcagaaggcaaaagcagaggtaggtggatgtcgatgcattcaagtccagc
-ctgggctatataatcacatgctgtctagaaacaaaaCAAGCAGGCATGTG
-TTTGGAGAAGGGTGGTCTATGGCCGTTTGTTGCCACTGAACTCTACTGAG
-AACCCAGACCTGCCGGCATTTTTTTCACCTCTATTGCCATCTAGAGGAGA
-CAATTGGAAGGACATGAAGTAAGTCCCCAGATGGAATTAAGTGAAAACCA
-ATACTGGAAAGAAACATTTGTACAAAACTCTAAGAATCACTACACTTTGT
-TGGCTCCAACTTTATGTTTTTCTCCTCTCTTTCCATCTGGCTCAGTTACA
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-TTTCGAGGGCTCCGGTGGACACCTCTTATAGACATAAAATCATGAAACTT
-TCTGATGAGGTGgtttgtttgtttgtttgtttacttgGATTTTGGTGAAT
-GGAGAAGAGGATGGAGCCTTTCAACACAGAGAGGCAGTTTCCTGACGTCC
-ATAGCCTCAGAACCTATTCATTTTGTGGGGTGTTTATAGGTAGCACGTTG
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-CAAGCAGTGACCTTGGAGCCTCCTGCCTTTCACAGAACCGATGGGAAATA
-TCCTGTGTACACTTCAAGGACTGTTCCCACAGGCAAGAGAAGCTGGCCTG
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-AAAGACTGTAACCATGGTCACTAACAACAGGGATACATCTTTGTGAGCGT
-ATCGTTGAGTGTGCTTTCGTAAGCCTCAATGGTATGAGCTAATTTACTCT
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-GTTAGGCAtcctctgtcactctctaccttattctgcgtgtgtgggggtct
-gtttataaacctgggggttattattttttctcactacataggcagttaat
-aggctccagtgagtctcccctctctaccttctacagccctggggttacat
-gtacgcatacaataatgcctggcttgttctatgggtgctaggatctgaac
-ccaggtcctcagagttgtgcagcaagcatgattaatcactgagacaaatc
-atcacctgccTTCTCTATTTCTTGGAAAAGATCTCACGTAGCCTGTTATG
-TAGCTGAAGATGACTTTGAGTTTCtttttttgttttaaaagatttatttg
-tttgtttgttttatgtatatgagtacactgtagttgtacagatggttgtg
-agccatcttgtagttactgggaattgaactcagaacttctgCTCGCTCTA
-GCCCTGCTCATTCTGGCCCCACTTTCTCCAGCCCaaagatttatttatta
-tgtataagtacactgtagctcacacacaccagaagagggcgtcagatctc
-attacagatggttgtgagccaccatgtggttgctgggatttgatctcagg
-acctttggaagagcagtcagtgctcttaaccgctgagtcatctctccaga
-cccaaccttgaattctcctgcatctccctcctggatgcttggattacagg
-actccaccacactgggtttatgtggtgctgaggtcgaatgccgagcttgg
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-AAGACACCAACTATGCCGGCCTGTGACTACCCAACTATCAGTGTGTGGGT
-CCTTAACTACGTCCCCCCCACCCCCAGAAGGAATGCAGTAGGGATGGGtt
-tcttttttttttttttttcttttctttcttttttttttttttttttggtt
-tttcgagacagggtttctctgtgtagccctggctgtcctggaactcactt
-tgtagaccaggctgggctcgaactcagaaatccgcctgcctctgcctccc
-gagtgctgggattaaaggcgtgcgccaccacgcctagcAGGGATGGGTTT
-CTTTTTGACAGTTGCTATGTCCAGATGAAACACAGTAAGCTCATCGGTAA
-CATAAGACACACTCTATCAGCACCAAGGAGCATGCTGTAAGATGGTCTCT
-CTACTTCCAATACATCTAGTCTACTAACTCCACGAAGGGCCCAGTGGGAG
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-AGAGTGATACGTTTACATACAAAGATTTCTTAGATAGATAAATGATCATC
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-GAGCAAGGCCACATTCTTCCGTGGAAGGCAGCCTTACAGGAAGGTGGTTA
-TAGTAGCACCATTGTTAGAGCAGTTCACCCCAGTTTAGAAGGTTTAAATG
-CCAATGACTATGTGACTATGAATATCTATTGTGTTAATCCTGCAATTTTA
-TGTACATTGCAGTGCTCTGCTGCTGAGCCCCGTACTTAGCTCTTGGGTTT
-ttttgttttgttttgttttgttttgttttgttttAGCTTTAGCTTGGCCT
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-TTTAGGGAAAGAAATATGCAATTCACATTTTTTGATTCAAGATTATAATA
-TCATAATCATATAATACCTGATTGTTTAGATATTAATGAGGCTGGTAGAA
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-CTAATTCAGTTCTATTTGACTCCTGGTCCTAAAACTATTGGTTTATCTGA
-TCTTGGAGCAGAGTAATTTTAGAAAATGCTTGCGTATTCTttttgttgtt
-gaagtgggggtctttctcaatagcccacattgaccttgaactcataaact
-caagcaatcctcctgatacccaagtagctgagtctacatgtctgggcctc
-tgtgctcggttGCCTCTGATTTTCATCATCTGAAACTAAGACCTGCCAAA
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-TGGATTGATGTGAGAGCACCCTCTGGGGCCATCTCTGTTCTAATCCCCGG
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-agcactgtggaggcagacacaagtggatttctgtgagttcgaggccagcc
-tggtctacagagctagtcccaggataaatagtgttTCCCTATCttttttt
-ttttttttttaatttctttgaaaaatatttCTGGCAGCTTCAAGGGCAGA
-AGTTGTTTATTTGTGTGTGTGatttttttaattaggtatttttctcgttt
-acattttcaatgctatcccaaaggtcccccatacccaaccccccaatccc
-ctacccacccactccccctttttggccctggcgttcccctgtactggggc
-atataaagtttgcaagtccaatgggcctctctttgcagtgatggccgact
-agaccatcttttgatacatatgcagctagagacaagagctccggggtact
-ggttagttcataatgttgtcccacctatagggttgcagttccctatagct
-ccttgggtactttctctagctcctccattgggggctgtgtgaGTGTTGCC
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-TGAACGTAAATATCTCTTTATAGGTCTCTgggaatggctgagcagggaac
-gtgcctgccacacatgcatgaagacgtgagtttgtatacccagagtatac
-a
diff -r 3126da33847c -r a8f207b43f64 test-data/chr2_subset.fa.gz
Binary file test-data/chr2_subset.fa.gz has changed
diff -r 3126da33847c -r a8f207b43f64 test-data/generate_tests.sh
--- a/test-data/generate_tests.sh	Sun Sep 26 12:29:15 2021 +0000
+++ b/test-data/generate_tests.sh	Mon Dec 13 15:14:25 2021 +0000
@@ -11,10 +11,10 @@
   wget https://raw.githubusercontent.com/lldelisle/scriptsForWilleminEtAl2021/main/CTCF/E12_Limbs_Wt_CTCF_colored.bed -O test-data/CTCF_peaks.bed
 fi
 if [ ! -e test-data/CTCF_peaks_shifted.bed ]; then
-  cat test-data/CTCF_peaks.bed | grep "chr2" | awk -v OFS="\t" '{$1="mm10_dna"; $2-=73740000; $3-=73740000; print}' > test-data/CTCF_peaks_shifted.bed
+  cat test-data/CTCF_peaks.bed | grep "chr2" | awk -v OFS="\t" '$3<75000000 && $2>73740000{$1="mm10_dna"; $2-=73740000; $3-=73740000; print}' > test-data/CTCF_peaks_shifted.bed
 fi
 # chr2_subset.fa was downloaded from UCSC
-# https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=1136019667_XgAJOvV4a3CY4ibCu6RrUcvGxLNo&g=htcGetDna2&table=&i=mixed&o=56694975&l=56694975&r=56714605&getDnaPos=chr2%3A73740000-75787000&db=mm10&hgSeq.cdsExon=1&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&hgSeq.casing=upper&hgSeq.maskRepeats=on&boolshad.hgSeq.maskRepeats=0&hgSeq.repMasking=lower&boolshad.hgSeq.revComp=0&submit=get+DNA
+# https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=1234982067_JnS4z30UVCNarTg26Ztd1Oh6nfu6&g=htcGetDna2&table=&i=mixed&o=56694975&l=56694975&r=56714605&getDnaPos=chr2%3A73740000-75000000&db=mm10&hgSeq.cdsExon=1&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&hgSeq.casing=upper&hgSeq.maskRepeats=on&boolshad.hgSeq.maskRepeats=0&hgSeq.repMasking=lower&boolshad.hgSeq.revComp=0&submit=get+DNA
 
 . <(planemo conda_env homer_gtf_to_annotation.xml)
 echo "$(which homer)"
@@ -50,6 +50,7 @@
 findMotifsGenome.pl test-data/fake_phix_peaks.bed test-data/phiX174.fasta fake_phix_peaks_bed_motif
 mv fake_phix_peaks_bed_motif test-data/motif_test1
 # Thus I needed to use has_text for the other outputs
+# gunzip -c test-data/chr2_subset.fa.gz > test-data/chr2_subset.fa
 # findMotifsGenome.pl test-data/CTCF_peaks_shifted.bed test-data/chr2_subset.fa CTCF_peaks_shifted_bed_motif
 # mv CTCF_peaks_shifted_bed_motif test-data/motif_test2
 # findMotifsGenome.pl test-data/CTCF_peaks_shifted.bed test-data/chr2_subset.fa CTCF_peaks_shifted_bed_motif -mask
diff -r 3126da33847c -r a8f207b43f64 test-data/scanMotif_res1.bed
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/scanMotif_res1.bed	Mon Dec 13 15:14:25 2021 +0000
@@ -0,0 +1,1 @@
+phiX174	1449	1460	1-ATGAGCTTAATC,BestGuess:Oc	12.355433	+
diff -r 3126da33847c -r a8f207b43f64 test-data/scanMotif_res1.txt
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/scanMotif_res1.txt	Mon Dec 13 15:14:25 2021 +0000
@@ -0,0 +1,1 @@
+1-ATGAGCTTAATC,BestGuess:Oc/dmmpmm(Noyes_hd)/fly(0.654)-1	phiX174	1449	1460	+	12.355433	ATGAGCTTAATC