# HG changeset patch
# User iuc
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"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/homer commit e49d856e0181edc6120220a1b819cba2466a4289"
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+chr10 96132305 96132306 chr10:96131980-96132540 14.3011 + 96132305 96132305 236,28,36
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+chr2 75786285 75786286 chr2:75786025-75786608 17.3776 + 75786285 75786285 236,28,36
diff -r 000000000000 -r ec974e69e0b5 test-data/CTCF_peaks_first.txt
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@@ -0,0 +1,67 @@
+PeakID (cmd=annotatePeaks.pl test-data/CTCF_peaks.bed none -gtf test-data/small_simplified.gtf -ann test-data/annotations_default_simplified.txt) Chr Start End Strand Peak Score Focus Ratio/Region Size Annotation Detailed Annotation Distance to TSS Nearest PromoterID Entrez ID Nearest Unigene Nearest Refseq Nearest Ensembl Gene Name Gene Alias Gene Description Gene Type
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+chr10:95550458-95550913 chr10 95550658 95550658 + 22.4312 NA NA NA NA NA
+chr10:97345244-97345845 chr10 97345535 97345535 + 21.9543 NA NA NA NA NA
+chr2:75150910-75151415 chr2 75151178 75151178 - 21.6232 NA Intergenic NA -435182 ENSMUST00000145799 ENSMUSG00000052371 ENSMUST00000145799 Hoxd3os1 antisense
+chr2:74300183-74300724 chr2 74300455 74300455 + 21.3163 NA Intergenic NA -367855 ENSMUST00000001872 ENSMUSG00000001819 ENSMUST00000001872 Hoxd13 protein_coding
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+chr2:74964211-74964829 chr2 74964544 74964544 - 19.6671 NA Intergenic NA -248548 ENSMUST00000145799 ENSMUSG00000052371 ENSMUST00000145799 Hoxd3os1 antisense
+chr2:74247519-74247926 chr2 74247702 74247702 - 19.6437 NA Intergenic NA -420608 ENSMUST00000001872 ENSMUSG00000001819 ENSMUST00000001872 Hoxd13 protein_coding
+chr2:75152384-75152964 chr2 75152697 75152697 - 19.3701 NA Intergenic NA -436701 ENSMUST00000145799 ENSMUSG00000052371 ENSMUST00000145799 Hoxd3os1 antisense
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+chr2:74715602-74716472 chr2 74715928 74715928 + 18.4944 NA promoter-TSS (ENSMUST00000145799) NA 68 ENSMUST00000145799 ENSMUSG00000052371 ENSMUST00000145799 Hoxd3os1 antisense
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+5' UTR (ENSMUST00000140666, exon 1 of 2) chr2 74745823 74746156 + 5UTR 127
+exon (ENSMUST00000140666, exon 1 of 2) chr2 74746157 74746220 + E 128
+exon (ENSMUST00000190553, exon 1 of 1) chr2 74746221 74746321 + E 155
+exon (ENSMUST00000047830, exon 3 of 3) chr2 74746322 74746495 + E 74
+TTS (ENSMUST00000140666) chr2 74746496 74747596 + TTS 48
+3' UTR (ENSMUST00000111983, exon 3 of 3) chr2 74747080 74747799 + 3UTR 116
+3' UTR (ENSMUST00000047830, exon 3 of 3) chr2 74747597 74747799 + 3UTR 73
+TTS (ENSMUST00000047830) chr2 74747800 74748900 + TTS 33
+TTS (ENSMUST00000053932) chr2 74748901 74748918 + TTS 36
+TTS (ENSMUST00000111983) chr2 74748919 74749271 + TTS 43
+TTS (ENSMUST00000190553) chr2 74749272 74749442 + TTS 56
+Intergenic--4 chr2 74749443 1500000000 + N 1900000000
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@@ -0,0 +1,87 @@
+Intergenic chr2 1 74667309 + N 1900000000
+promoter-TSS (ENSMUST00000001872) chr2 74667310 74668410 + P 1
+exon (ENSMUST00000001872, exon 1 of 2) chr2 74668411 74669078 + E 33
+intron (ENSMUST00000001872, intron 1 of 1) chr2 74669079 74669885 + I 88
+exon (ENSMUST00000001872, exon 2 of 2) chr2 74669886 74670136 + E 35
+3' UTR (ENSMUST00000001872, exon 2 of 2) chr2 74670137 74671498 + 3UTR 34
+TTS (ENSMUST00000001872) chr2 74671499 74672599 + TTS 17
+Intergenic--2 chr2 74672600 74674012 + N 1900000000
+promoter-TSS (ENSMUST00000001878) chr2 74674013 74675113 + P 2
+exon (ENSMUST00000001878, exon 1 of 2) chr2 74675114 74675654 + E 37
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+3' UTR (ENSMUST00000001878, exon 2 of 2) chr2 74676053 74677604 + 3UTR 38
+TTS (ENSMUST00000001878) chr2 74677605 74678556 + TTS 18
+promoter-TSS (ENSMUST00000048086) chr2 74678557 74679657 + P 4
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+intron (ENSMUST00000048086, intron 1 of 1) chr2 74679810 74681322 + I 88
+promoter-TSS (ENSMUST00000142312) chr2 74681323 74682423 + P 11
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+promoter-TSS (ENSMUST00000136302) chr2 74682446 74683546 + P 10
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+exon (ENSMUST00000048086, exon 2 of 2)--2 chr2 74685169 74686915 + E 45
+TTS (ENSMUST00000048086) chr2 74686916 74688016 + TTS 20
+intron (ENSMUST00000136302, intron 2 of 2)--2 chr2 74688017 74690923 + I 88
+promoter-TSS (ENSMUST00000061745) chr2 74690924 74692024 + P 6
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+intron (ENSMUST00000061745, intron 1 of 1) chr2 74692725 74694090 + I 88
+exon (ENSMUST00000061745, exon 2 of 2) chr2 74694091 74694093 + E 53
+TTS (ENSMUST00000136302) chr2 74694094 74694519 + TTS 26
+promoter-TSS (ENSMUST00000126966) chr2 74694520 74695620 + P 9
+TTS (ENSMUST00000061745) chr2 74695621 74696105 + TTS 22
+TTS (ENSMUST00000190845) chr2 74696106 74696726 - TTS 31
+promoter-TSS (ENSMUST00000059272) chr2 74696727 74697827 + P 5
+promoter-TSS (ENSMUST00000190845) chr2 74697828 74698586 - P 15
+exon (ENSMUST00000059272, exon 1 of 2) chr2 74698587 74698833 + E 47
+intron (ENSMUST00000059272, intron 1 of 1) chr2 74698834 74699179 + I 88
+exon (ENSMUST00000059272, exon 2 of 2) chr2 74699180 74699421 + E 49
+3' UTR (ENSMUST00000059272, exon 2 of 2) chr2 74699422 74700005 + 3UTR 48
+TTS (ENSMUST00000198895) chr2 74700006 74700107 - TTS 32
+TTS (ENSMUST00000059272) chr2 74700108 74701041 + TTS 21
+promoter-TSS (ENSMUST00000198895) chr2 74701042 74702142 - P 16
+Intergenic--3 chr2 74702143 74703614 + N 1900000000
+promoter-TSS (ENSMUST00000151380) chr2 74703615 74703904 + P 14
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+5' UTR (ENSMUST00000019749, exon 1 of 2) chr2 74705253 74705547 + 5UTR 40
+exon (ENSMUST00000019749, exon 1 of 2) chr2 74705548 74706118 + E 41
+intron (ENSMUST00000074721, intron 1 of 1) chr2 74706119 74706513 + I 88
+exon (ENSMUST00000019749, exon 2 of 2) chr2 74706514 74706711 + E 43
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+Intergenic--4 chr2 74708934 74709192 + N 1900000000
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+intron (ENSMUST00000145799, intron 2 of 2) chr2 74710294 74710926 - I 88
+promoter-TSS (ENSMUST00000111983) chr2 74710927 74712027 + P 8
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+5' UTR (ENSMUST00000111983, exon 1 of 3) chr2 74712030 74712316 + 5UTR 58
+intron (ENSMUST00000111983, intron 1 of 2) chr2 74712317 74714270 + I 88
+exon (ENSMUST00000145799, exon 2 of 3) chr2 74714271 74714401 - E 80
+intron (ENSMUST00000145799, intron 1 of 2) chr2 74714402 74715705 - I 88
+exon (ENSMUST00000145799, exon 1 of 3) chr2 74715706 74715895 - E 81
+promoter-TSS (ENSMUST00000145799) chr2 74715896 74716996 - P 13
+intron (ENSMUST00000111983, intron 1 of 2)--2 chr2 74716997 74722552 + I 88
+exon (ENSMUST00000144040, exon 2 of 7) chr2 74722553 74722631 + E 73
+intron (ENSMUST00000144040, intron 2 of 6) chr2 74722632 74723331 + I 88
+exon (ENSMUST00000144040, exon 3 of 7) chr2 74723332 74723367 + E 74
+intron (ENSMUST00000144040, intron 3 of 6) chr2 74723368 74725462 + I 88
+exon (ENSMUST00000144040, exon 4 of 7) chr2 74725463 74725597 + E 75
+intron (ENSMUST00000144040, intron 4 of 6) chr2 74725598 74725844 + I 88
+exon (ENSMUST00000144040, exon 5 of 7) chr2 74725845 74725978 + E 76
+intron (ENSMUST00000144040, intron 5 of 6) chr2 74725979 74726875 + I 88
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+intron (ENSMUST00000144040, intron 6 of 6) chr2 74726933 74728358 + I 88
+exon (ENSMUST00000144040, exon 7 of 7) chr2 74728359 74728767 + E 78
+TTS (ENSMUST00000144040) chr2 74728768 74729868 + TTS 28
+intron (ENSMUST00000111983, intron 1 of 2)--3 chr2 74729869 74743927 + I 88
+5' UTR (ENSMUST00000111983, exon 2 of 3) chr2 74743928 74744011 + 5UTR 59
+exon (ENSMUST00000111983, exon 2 of 3) chr2 74744012 74744555 + E 60
+intron (ENSMUST00000111983, intron 2 of 2) chr2 74744556 74746321 + I 88
+exon (ENSMUST00000111983, exon 3 of 3) chr2 74746322 74747079 + E 62
+3' UTR (ENSMUST00000111983, exon 3 of 3) chr2 74747080 74748170 + 3UTR 61
+TTS (ENSMUST00000111983) chr2 74748171 74749271 + TTS 24
+Intergenic--5 chr2 74749272 1500000000 + N 1900000000
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@@ -0,0 +1,8 @@
+Annotation Number of peaks Total size (bp) Log2 Ratio (obs/exp) LogP enrichment (+values depleted)
+3UTR 5.0 4601 8.659 -26.809
+TTS 47.0 16013 10.092 -290.509
+Exon 32.0 8271 10.491 -205.971
+Intron 24.0 28234 8.304 -118.153
+Intergenic 0.0 74668827 -17.479 1369.495
+Promoter 81.0 23880 10.301 -519.342
+5UTR 12.0 1148 11.925 -89.692
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/annotations_exon_start.txt Sun Aug 08 11:02:42 2021 +0000
@@ -0,0 +1,110 @@
+Intergenic chr2 1 74667309 + N 1900000000
+promoter-TSS (ENSMUST00000001872) chr2 74667310 74668410 + P 1
+exon (ENSMUST00000001872, exon 1 of 2) chr2 74668411 74669078 + E 59
+intron (ENSMUST00000001872, intron 1 of 1) chr2 74669079 74669885 + I 145
+exon (ENSMUST00000001872, exon 2 of 2) chr2 74669886 74671498 + E 60
+TTS (ENSMUST00000001872) chr2 74671499 74672599 + TTS 30
+Intergenic--2 chr2 74672600 74674012 + N 1900000000
+promoter-TSS (ENSMUST00000001878) chr2 74674013 74675113 + P 2
+exon (ENSMUST00000001878, exon 1 of 2) chr2 74675114 74675654 + E 62
+intron (ENSMUST00000001878, intron 1 of 1) chr2 74675655 74675813 + I 145
+exon (ENSMUST00000001878, exon 2 of 2) chr2 74675814 74677604 + E 63
+TTS (ENSMUST00000001878) chr2 74677605 74678556 + TTS 31
+promoter-TSS (ENSMUST00000048086) chr2 74678557 74679657 + P 6
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+intron (ENSMUST00000048086, intron 1 of 1) chr2 74679810 74681322 + I 145
+promoter-TSS (ENSMUST00000142312) chr2 74681323 74682423 + P 20
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+promoter-TSS (ENSMUST00000136302) chr2 74682446 74683546 + P 17
+intron (ENSMUST00000136302, intron 1 of 2) chr2 74683547 74683902 + I 145
+exon (ENSMUST00000048086, exon 2 of 2) chr2 74683903 74684067 + E 79
+TTS (ENSMUST00000142312) chr2 74684068 74685168 + TTS 49
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+exon (ENSMUST00000048086, exon 2 of 2)--2 chr2 74685169 74686915 + E 79
+TTS (ENSMUST00000048086) chr2 74686916 74688016 + TTS 35
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+promoter-TSS (ENSMUST00000061745) chr2 74690924 74692024 + P 9
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+intron (ENSMUST00000061745, intron 1 of 1) chr2 74692725 74694090 + I 145
+exon (ENSMUST00000061745, exon 2 of 2) chr2 74694091 74694093 + E 90
+TTS (ENSMUST00000136302) chr2 74694094 74694519 + TTS 46
+promoter-TSS (ENSMUST00000126966) chr2 74694520 74695620 + P 15
+promoter-TSS (ENSMUST00000152027) chr2 74695621 74695701 + P 25
+TTS (ENSMUST00000061745) chr2 74695702 74696105 + TTS 38
+TTS (ENSMUST00000190845) chr2 74696106 74696726 - TTS 57
+promoter-TSS (ENSMUST00000059272) chr2 74696727 74697827 + P 8
+promoter-TSS (ENSMUST00000190845) chr2 74697828 74698586 - P 28
+exon (ENSMUST00000059272, exon 1 of 2) chr2 74698587 74698833 + E 86
+intron (ENSMUST00000059272, intron 1 of 1) chr2 74698834 74699179 + I 145
+exon (ENSMUST00000059272, exon 2 of 2) chr2 74699180 74700005 + E 87
+TTS (ENSMUST00000198895) chr2 74700006 74700107 - TTS 58
+TTS (ENSMUST00000059272) chr2 74700108 74701041 + TTS 37
+promoter-TSS (ENSMUST00000198895) chr2 74701042 74702142 - P 29
+Intergenic--3 chr2 74702143 74702247 + N 1900000000
+TTS (ENSMUST00000132326) chr2 74702248 74703348 - TTS 45
+exon (ENSMUST00000132326, exon 2 of 2) chr2 74703349 74703614 - E 108
+promoter-TSS (ENSMUST00000151380) chr2 74703615 74703904 + P 24
+promoter-TSS (ENSMUST00000019749) chr2 74703905 74705005 + P 3
+promoter-TSS (ENSMUST00000074721) chr2 74705006 74705252 + P 10
+5' UTR (ENSMUST00000019749, exon 1 of 2) chr2 74705253 74705547 + 5UTR 64
+exon (ENSMUST00000019749, exon 1 of 2) chr2 74705548 74706118 + E 65
+intron (ENSMUST00000074721, intron 1 of 1) chr2 74706119 74706513 + I 145
+exon (ENSMUST00000019749, exon 2 of 2) chr2 74706514 74706711 + E 66
+TTS (ENSMUST00000151380) chr2 74706712 74707206 + TTS 53
+TTS (ENSMUST00000074721) chr2 74707207 74707832 + TTS 39
+TTS (ENSMUST00000019749) chr2 74707833 74708933 + TTS 32
+intron (ENSMUST00000132326, intron 1 of 1) chr2 74708934 74709042 - I 145
+TTS (ENSMUST00000156342) chr2 74709043 74709192 - TTS 55
+TTS (ENSMUST00000145799) chr2 74709193 74710293 - TTS 52
+intron (ENSMUST00000145799, intron 2 of 2) chr2 74710294 74710926 - I 145
+promoter-TSS (ENSMUST00000111983) chr2 74710927 74712027 + P 14
+promoter-TSS (ENSMUST00000132326) chr2 74712028 74713054 - P 16
+promoter-TSS (ENSMUST00000156342) chr2 74713055 74713526 - P 26
+exon (ENSMUST00000139005, exon 2 of 2) chr2 74713527 74714401 - E 113
+intron (ENSMUST00000145799, intron 1 of 2) chr2 74714402 74715705 - I 145
+exon (ENSMUST00000139005, exon 1 of 2) chr2 74715706 74715895 - E 114
+promoter-TSS (ENSMUST00000145799) chr2 74715896 74716029 - P 23
+promoter-TSS (ENSMUST00000139005) chr2 74716030 74717130 - P 18
+intron (ENSMUST00000111983, intron 1 of 2) chr2 74717131 74720977 + I 145
+promoter-TSS (ENSMUST00000047904) chr2 74720978 74722078 + P 5
+5' UTR (ENSMUST00000047904, exon 1 of 6) chr2 74722079 74722177 + 5UTR 71
+intron (ENSMUST00000047904, intron 1 of 5) chr2 74722178 74722552 + I 145
+5' UTR (ENSMUST00000047904, exon 2 of 6) chr2 74722553 74722631 + 5UTR 72
+intron (ENSMUST00000144040, intron 2 of 6) chr2 74722632 74723331 + I 145
+5' UTR (ENSMUST00000047904, exon 3 of 6) chr2 74723332 74723367 + 5UTR 73
+intron (ENSMUST00000144040, intron 3 of 6) chr2 74723368 74725069 + I 145
+promoter-TSS (ENSMUST00000083566) chr2 74725070 74725727 + P 11
+promoter-TSS (ENSMUST00000053932) chr2 74725728 74726828 + P 7
+promoter-TSS (ENSMUST00000111980) chr2 74726829 74727174 + P 12
+5' UTR (ENSMUST00000047904, exon 5 of 6) chr2 74727175 74727278 + 5UTR 75
+exon (ENSMUST00000047904, exon 5 of 6) chr2 74727279 74727705 + E 76
+intron (ENSMUST00000053932, intron 1 of 3) chr2 74727706 74728261 + I 145
+exon (ENSMUST00000047904, exon 6 of 6) chr2 74728262 74728767 + E 77
+TTS (ENSMUST00000144040) chr2 74728768 74729022 + TTS 50
+TTS (ENSMUST00000111980) chr2 74729023 74729059 + TTS 41
+TTS (ENSMUST00000047904) chr2 74729060 74730160 + TTS 34
+intron (ENSMUST00000053932, intron 2 of 3) chr2 74730161 74731912 + I 145
+promoter-TSS (ENSMUST00000144544) chr2 74731913 74733013 + P 22
+5' UTR (ENSMUST00000144544, exon 1 of 2) chr2 74733014 74733040 + 5UTR 128
+intron (ENSMUST00000144544, intron 1 of 1) chr2 74733041 74735514 + I 145
+promoter-TSS (ENSMUST00000111982) chr2 74735515 74736615 + P 13
+5' UTR (ENSMUST00000111982, exon 1 of 3) chr2 74736616 74736705 + 5UTR 98
+intron (ENSMUST00000111982, intron 1 of 2) chr2 74736706 74738618 + I 145
+promoter-TSS (ENSMUST00000047830) chr2 74738619 74739719 + P 4
+intron (ENSMUST00000047830, intron 1 of 2) chr2 74739720 74743927 + I 145
+5' UTR (ENSMUST00000047830, exon 2 of 3) chr2 74743928 74744011 + 5UTR 68
+exon (ENSMUST00000047830, exon 2 of 3) chr2 74744012 74744113 + E 69
+TTS (ENSMUST00000144544) chr2 74744114 74744673 + TTS 51
+promoter-TSS (ENSMUST00000140666) chr2 74744674 74745774 + P 19
+promoter-TSS (ENSMUST00000190553) chr2 74745775 74745822 + P 27
+5' UTR (ENSMUST00000140666, exon 1 of 2) chr2 74745823 74746156 + 5UTR 115
+exon (ENSMUST00000140666, exon 1 of 2) chr2 74746157 74746220 + E 116
+exon (ENSMUST00000190553, exon 1 of 1) chr2 74746221 74746321 + E 142
+exon (ENSMUST00000047830, exon 3 of 3) chr2 74746322 74746495 + E 70
+TTS (ENSMUST00000140666) chr2 74746496 74747596 + TTS 48
+exon (ENSMUST00000047830, exon 3 of 3)--2 chr2 74747597 74747799 + E 70
+TTS (ENSMUST00000047830) chr2 74747800 74748900 + TTS 33
+TTS (ENSMUST00000053932) chr2 74748901 74748918 + TTS 36
+TTS (ENSMUST00000111983) chr2 74748919 74749271 + TTS 43
+TTS (ENSMUST00000190553) chr2 74749272 74749442 + TTS 56
+Intergenic--4 chr2 74749443 1500000000 + N 1900000000
diff -r 000000000000 -r ec974e69e0b5 test-data/annotations_exon_start_stats.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/annotations_exon_start_stats.txt Sun Aug 08 11:02:42 2021 +0000
@@ -0,0 +1,7 @@
+Annotation Number of peaks Total size (bp) Log2 Ratio (obs/exp) LogP enrichment (+values depleted)
+TTS 41.0 16013 9.992 -250.473
+Exon 30.0 12152 9.939 -181.768
+Intron 24.0 28234 8.401 -119.856
+Intergenic 0.0 74668827 -17.395 1282.574
+Promoter 81.0 23880 10.397 -526.320
+5UTR 12.0 1148 12.021 -90.517
diff -r 000000000000 -r ec974e69e0b5 test-data/annotations_small_TSSTTS.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/annotations_small_TSSTTS.txt Sun Aug 08 11:02:42 2021 +0000
@@ -0,0 +1,164 @@
+Intergenic chr2 1 74668259 + N 1900000000
+promoter-TSS (ENSMUST00000001872) chr2 74668260 74668360 + P 1
+exon (ENSMUST00000001872, exon 1 of 2) chr2 74668361 74669078 + E 59
+intron (ENSMUST00000001872, intron 1 of 1) chr2 74669079 74669885 + I 158
+exon (ENSMUST00000001872, exon 2 of 2) chr2 74669886 74670136 + E 61
+3' UTR (ENSMUST00000001872, exon 2 of 2) chr2 74670137 74671548 + 3UTR 60
+TTS (ENSMUST00000001872) chr2 74671549 74671649 + TTS 30
+Intergenic--2 chr2 74671650 74674962 + N 1900000000
+promoter-TSS (ENSMUST00000001878) chr2 74674963 74675063 + P 2
+5' UTR (ENSMUST00000001878, exon 1 of 2) chr2 74675064 74675086 + 5UTR 62
+exon (ENSMUST00000001878, exon 1 of 2) chr2 74675087 74675654 + E 63
+intron (ENSMUST00000001878, intron 1 of 1) chr2 74675655 74675813 + I 158
+exon (ENSMUST00000001878, exon 2 of 2) chr2 74675814 74676052 + E 65
+3' UTR (ENSMUST00000001878, exon 2 of 2) chr2 74676053 74677654 + 3UTR 64
+TTS (ENSMUST00000001878) chr2 74677655 74677755 + TTS 31
+Intergenic--3 chr2 74677756 74679506 + N 1900000000
+promoter-TSS (ENSMUST00000048086) chr2 74679507 74679607 + P 6
+exon (ENSMUST00000048086, exon 1 of 2) chr2 74679608 74679809 + E 83
+intron (ENSMUST00000048086, intron 1 of 1) chr2 74679810 74682272 + I 158
+promoter-TSS (ENSMUST00000142312) chr2 74682273 74682373 + P 20
+5' UTR (ENSMUST00000142312, exon 1 of 2) chr2 74682374 74682392 + 5UTR 130
+exon (ENSMUST00000142312, exon 1 of 2) chr2 74682393 74683167 + E 131
+intron (ENSMUST00000142312, intron 1 of 1) chr2 74683168 74683395 + I 158
+promoter-TSS (ENSMUST00000136302) chr2 74683396 74683496 + P 17
+exon (ENSMUST00000136302, exon 1 of 3) chr2 74683497 74683509 + E 122
+intron (ENSMUST00000136302, intron 1 of 2) chr2 74683510 74683902 + I 158
+exon (ENSMUST00000048086, exon 2 of 2) chr2 74683903 74684117 + E 84
+TTS (ENSMUST00000142312) chr2 74684118 74684218 + TTS 49
+exon (ENSMUST00000048086, exon 2 of 2)--2 chr2 74684219 74686965 + E 84
+TTS (ENSMUST00000048086) chr2 74686966 74687066 + TTS 35
+intron (ENSMUST00000136302, intron 2 of 2) chr2 74687067 74691873 + I 158
+promoter-TSS (ENSMUST00000061745) chr2 74691874 74691974 + P 9
+5' UTR (ENSMUST00000061745, exon 1 of 2) chr2 74691975 74691979 + 5UTR 95
+exon (ENSMUST00000061745, exon 1 of 2) chr2 74691980 74692724 + E 96
+intron (ENSMUST00000061745, intron 1 of 1) chr2 74692725 74694090 + I 158
+exon (ENSMUST00000061745, exon 2 of 2) chr2 74694091 74694143 + E 98
+TTS (ENSMUST00000136302) chr2 74694144 74694244 + TTS 46
+exon (ENSMUST00000061745, exon 2 of 2)--2 chr2 74694245 74694368 + E 98
+3' UTR (ENSMUST00000061745, exon 2 of 2) chr2 74694369 74695054 + 3UTR 97
+TTS (ENSMUST00000061745) chr2 74695055 74695155 + TTS 38
+Intergenic--4 chr2 74695156 74695469 + N 1900000000
+promoter-TSS (ENSMUST00000126966) chr2 74695470 74695570 + P 15
+promoter-TSS (ENSMUST00000152027) chr2 74695571 74695651 + P 25
+exon (ENSMUST00000126966, exon 1 of 2) chr2 74695652 74695732 + E 118
+intron (ENSMUST00000126966, intron 1 of 1) chr2 74695733 74696717 + I 158
+TTS (ENSMUST00000190845) chr2 74696718 74696818 - TTS 57
+exon (ENSMUST00000190845, exon 2 of 2) chr2 74696819 74696841 - E 156
+intron (ENSMUST00000190845, intron 1 of 1) chr2 74696842 74697030 - I 158
+exon (ENSMUST00000126966, exon 2 of 2) chr2 74697031 74697314 + E 119
+TTS (ENSMUST00000126966) chr2 74697315 74697415 + TTS 44
+exon (ENSMUST00000190845, exon 1 of 2) chr2 74697416 74697535 - E 157
+promoter-TSS (ENSMUST00000190845) chr2 74697536 74697636 - P 28
+Intergenic--5 chr2 74697637 74697676 + N 1900000000
+promoter-TSS (ENSMUST00000059272) chr2 74697677 74697777 + P 8
+5' UTR (ENSMUST00000059272, exon 1 of 2) chr2 74697778 74698055 + 5UTR 91
+exon (ENSMUST00000059272, exon 1 of 2) chr2 74698056 74698833 + E 92
+intron (ENSMUST00000059272, intron 1 of 1) chr2 74698834 74699179 + I 158
+exon (ENSMUST00000059272, exon 2 of 2) chr2 74699180 74699421 + E 94
+3' UTR (ENSMUST00000059272, exon 2 of 2) chr2 74699422 74700157 + 3UTR 93
+TTS (ENSMUST00000059272) chr2 74700158 74700258 + TTS 37
+Intergenic--6 chr2 74700259 74700955 + N 1900000000
+TTS (ENSMUST00000198895) chr2 74700956 74701056 - TTS 58
+exon (ENSMUST00000198895, exon 1 of 1) chr2 74701057 74701091 - E 158
+promoter-TSS (ENSMUST00000198895) chr2 74701092 74701192 - P 29
+Intergenic--7 chr2 74701193 74703197 + N 1900000000
+TTS (ENSMUST00000132326) chr2 74703198 74703298 - TTS 45
+exon (ENSMUST00000132326, exon 2 of 2) chr2 74703299 74703622 - E 120
+intron (ENSMUST00000132326, intron 1 of 1) chr2 74703623 74704564 - I 158
+promoter-TSS (ENSMUST00000151380) chr2 74704565 74704665 + P 24
+5' UTR (ENSMUST00000151380, exon 1 of 3) chr2 74704666 74704724 + 5UTR 147
+intron (ENSMUST00000151380, intron 1 of 2) chr2 74704725 74704854 + I 158
+promoter-TSS (ENSMUST00000019749) chr2 74704855 74704955 + P 3
+5' UTR (ENSMUST00000019749, exon 1 of 2) chr2 74704956 74705101 + 5UTR 66
+promoter-TSS (ENSMUST00000074721) chr2 74705102 74705202 + P 10
+5' UTR (ENSMUST00000074721, exon 1 of 2) chr2 74705152 74705202 + 5UTR 99
+5' UTR (ENSMUST00000019749, exon 1 of 2)--2 chr2 74705203 74705547 + 5UTR 66
+exon (ENSMUST00000019749, exon 1 of 2) chr2 74705548 74706118 + E 67
+intron (ENSMUST00000074721, intron 1 of 1) chr2 74706119 74706513 + I 158
+exon (ENSMUST00000019749, exon 2 of 2) chr2 74706514 74706761 + E 69
+TTS (ENSMUST00000151380) chr2 74706762 74706862 + TTS 53
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+TTS (ENSMUST00000074721) chr2 74707257 74707357 + TTS 39
+3' UTR (ENSMUST00000019749, exon 2 of 2)--2 chr2 74707358 74707882 + 3UTR 68
+TTS (ENSMUST00000019749) chr2 74707883 74707983 + TTS 32
+intron (ENSMUST00000132326, intron 1 of 1)--2 chr2 74707984 74709992 - I 158
+TTS (ENSMUST00000156342) chr2 74709993 74710093 - TTS 55
+exon (ENSMUST00000156342, exon 2 of 2) chr2 74710094 74710142 - E 153
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+exon (ENSMUST00000145799, exon 3 of 3) chr2 74710244 74710281 - E 144
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+TTCCTTCATTAATACTTGCCCTGTGTTCTGTCCTACCCCAACAAGATCCT
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+TCTTCGCAGGTAGAATGCAAACATCACACCTCAGCTTTATCACCGTGCCA
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+CCCCACTCCCCGAAAGACTAGCATTTAAATGGTGTCCTCTTAACTTCGTA
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+GTGAAACAGAGAGTTAAAGGGTTAATGAAGAGTCAGCACCACTTTATGAC
+AGCTCGTTTTGTGCTCATTCCCAAACAATGGCTCCACAACCTTGTAAGAA
+TGAAAACTGCAAGCCTGCACCTTCCAAGGAATAAGCAAGGGTGAAGGACT
+GGTTTTTCTAGGCCATTTCCACTATAAAACCTGCTCTTGTTCTCAAGCAA
+AAGCAACTATAGGAAGCCCTCCGGGAAGCTTCGGATGCCTCTCCGGCATC
+TCTTGCTGGCCAGCAGCCCCTTGCCTCTGCTAAATGTGTTCTGCTAAATC
+AAGGCCCTCCCTCTGCTCCATAAAACTGCTCTTATGTTCTAACCAGTCTT
+AACCAACGTCACCTAGACTTAGAAGCACACAAGCAGAAGCTACCAGAAGC
+TCCACCCACTGGTGCATAGGGCAGCAGCTGAATGCTCAGGTACCCCAACT
+TGACACCCATGCCCCCTAGATTGGTCCTTCCTCGGTTGCAGAAACCTAGA
+GACTGTTCACAAGAAGACAATCTGCCTTCTTGGATACATCTCTTGCTCCT
+CACCTGATGAATGGATATAACGACACCCCAAGAGGTTGAAAAGCAACCAA
+AGAGAATATACTCAAACACACAACCTCCTCGTTCTCAGATGTGCTCACTC
+TGGGTAGGAACTGGGGCATCTGATCCCAGTGAGGACTCAGACCATGAAGG
+TCCCAGGTGCTAGGAAGTAGGCGCTGCTTGCTGAGATTCTCAACACATTT
+AGATGCGACTGTTCTTTCTTTTCCAGGAAAATTCCCCAAAATGTAGAGGC
+AATACCTCCTTGCCCCATTCTAGTAAATCCTCTCTGTAGCACATTACACT
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+AAACCAGAGTAGCTGGAGCTTGGACCTCTATTTGTTGGCTGTCTACAGAT
+TTACAATGTAGCGCCATGTGGATCTTCAGAGTCAAAGTGTTAGAAATCTA
+AGGTGCTCATTCGACCCCCAAAAAAGTACAATGGGCAAAGAAAGCAGGAA
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+GCAAAGTTTCTCTCAACAATGTTTATCATTCTTTTTGCAGTGAAACAATG
+GCCTAAAATCCCTTCCGATTTTTAAATAATTCAGACTATGAACCTTACTT
+TAAGATTGGGTATTTTTCTTATTGTCTTCATTACATCCAAGACAAAATAG
+TTTTATTACTAATAAGGGGAAGAATCACCCATGTCCATTGCCAACTAACT
+TTAACAATTCCAAATTCATAAAAAATAATTATTGTTTGTGTTACTACTTA
+GGAAAATGGGCAGAAGTTGTTCCTGGTCCCCAGGGAACTCTTTCTTCTCT
+TTAGAACTAGAATTCTGCACAAGTTATAATAAATTAGTGCTGGACCATCC
+CCTCTATTAGAGGTAAGAGCCATGAAATTAGAACTGCAGTTGTTTGCCCA
+TTAGTTCTCACAGCCTGGTCAGGGTcatctctcagcttcccttgcagcta
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+atatgtgcaCATGCTAGCTCTTCAGTTTTAAGAACCACAAGTCTCCCACT
+TCCCACTGGCTGGAATGGAAGTCAAGCAGATATAATGTCAGTTTCAGTCA
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+GTATTCCTGGATGATTCTGGAATTCTGCCTTCCTGGAGGCTAAACTGTGA
+AAGAAAAAGTGGACATCTATTTTTTTCAACTTACAAAATAATGAGTTTCA
+TTGTGATATTTTTATACACATTTATCATTGTAATTTTTGCCCCCTATTCC
+TTCTCTCACCCTTCCTCTCCCCTCCTCCAGGTACCTTCCTCCCTCTAAAC
+ATCCTCCCTCTCACTTTCACAGACATCTATACTGATTAAACCACTGTATT
+TTGTTATAGCATTTTGATAGATACTTAATTCAGAAAATTTAACTTTCACT
+CACACTAGTCTAAATTTGTACCAGATAGTCCCTTTCTGCACAGAAAACTG
+ATACTCTCCAATGTGGGCAGCCATGAAAATGAACACTTAATGTGTGTTAT
+AGACACACAGGGAGCCTTCTCAGTATTGTCTTTTAAAGTGAAAGTACCAA
+CCTCAGTCTCCAGAACGGAAACATTGGCACTACTACTTGCCCACCTTTAC
+TACTTTGAGATAAGTACTTGCCTTGGTTACATCATCCATAAACATGATGT
+ATCCATAAACATCATGCTGGACAAAGCCCATCACACACAGCTATTATGAG
+ATATGCTGAGAACACAAGTTTATGGTCATTGTTAGTAGGTGTTATGATAA
+TGAAGATAGTGTCACTATGTCTTTGACAAATTTAGGGAACTACACAGGAC
+ATAAAGTCTTATAGGACATAGCTTCAATTTCCATAAGCTTTGGTGAAATG
+ACAAAAAAAAATATGTAACTCTTGCAAATTTGGAAACCTCTATTTTTTTT
+CTATTTTTCTATTTTCTATTTTTATCCCTCCGTGAAGCAGCTCTTTCTTT
+ATTTTGATTCCCTGGTTTCTAAACTGTAGTACAACTCAAATATGTTTATT
+CTGAGAGCATTCTAAGTGCCATAATTTACACAACAGGTATTTCATGATTT
+CATCTTCCTAAATTGTTTCAGAAGCTCAGCTTGTCCTGGCTTGTCATGAG
+TTTTCATTCTTCCCTTCTTAGTCACCATTTATACCTCATGTTTTCAGAAA
+CCTGTATACTTGGCTAGAAGCATAAGGGCAAATATTAGCTATTTGGAAAT
+TCCATTATCTTAGAAGTAAAAAGAGCTGGAAAGTGTGGAGAATTAAGGGT
+AGGAATTACTGAATACTGTCCATTCCAAAACTAAGACTTAGGGCGAGTGG
+GGAGGGATGGAGAAAGGAAGCAGATTACTATAAGATTTGAGACACTTATA
+TTTTAGATGGGTTTATGGGATGGTAAAAATAGCAAATTGAAATGAGGATA
+TTGAAATAACTGATAACATGCACAGTGATTACAGATCCCAGAAGACTGAT
+ACTAGAACACCCAAACTGTAGTTTTATAAGTCATAAGGTTCTAAAAGTGA
+TACATCAAGAAAGTgaggaggaggaggaggaggaagaggaggaggagAGA
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+ATCACAAGTTGTAAAAAAATTAGCTTTAGTGTATCAGTTAGGAGATTAAA
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+aggctgacctcgaactcagaaatccgcctgcctcttttacttttACTTAT
+GGATTATACTTTTTTTTTAATTCCCCTCAGAGATGTTTCATTTTACCACG
+TTGAAGGTATGGGCCACCTTTTAGCCCCTGTCCAGCTCACTACACATGGA
+CAATTTAGAGTTCTTTGGAGCACTGTATGGCCTTTGAAATGCCATCCATT
+ACGGGGACTGGCCTCCTTGTTTTTCCCTGTCAGCAGATTCTGTGGAGAGC
+ATCTTGCTGGTAGACCCCATTTTATTGTCTAATGATGAGATTCAATGAAG
+CAGTGAAGGGTAAGGCTTTTAAAATATCCCTAGTGGGGCTTTGATATAGA
+GCATAAAGGTCTCCTCTCTGGACCCGCTCCACTCCTTTTCTCCTGCTTTA
+TTAATTCAACCGTAAATTGCACACTTTTAATGAAGTGTTACCTTTCTGCT
+AACTTCCCCAGCTTCAGTTCGGTGCAGCTCCTGATGGTACAGGGACCAGT
+TTACAGCTGGCTCCAAGCATCAGCTGACAAGAGGATCCAACCTAGCATTG
+TCACGGATCTTAAATGAAGCCAACACGTTAGCAAACCAGGTGGTTTGGAG
+TTGGGCCGTATCAGATGCCCAGAGGAAGGACACAAATCACCATGCCTCTG
+TAACCAGCATGCCACAGGACCTGAGGAGAGTACAGCTAGCATTATTTTAA
+AGATACAGACAACATCGTAAGCCTGTGGGAGACACATGCATGGGGAAGGG
+GGTTCGGGGAGGGGGTTAATTCCCTCATCCATTATCAATAATCATTTGCA
+TTGCTATGTGATTAGATCTATTTGAGGGaaaaacaaaagcaaaaaccaaa
+acaaaaCCTTGTTGgtcaggcatggtggtgtacacctttaagcccagcac
+tcagaaggcaaaagcagaggtaggtggatgtcgatgcattcaagtccagc
+ctgggctatataatcacatgctgtctagaaacaaaaCAAGCAGGCATGTG
+TTTGGAGAAGGGTGGTCTATGGCCGTTTGTTGCCACTGAACTCTACTGAG
+AACCCAGACCTGCCGGCATTTTTTTCACCTCTATTGCCATCTAGAGGAGA
+CAATTGGAAGGACATGAAGTAAGTCCCCAGATGGAATTAAGTGAAAACCA
+ATACTGGAAAGAAACATTTGTACAAAACTCTAAGAATCACTACACTTTGT
+TGGCTCCAACTTTATGTTTTTCTCCTCTCTTTCCATCTGGCTCAGTTACA
+GGCAGGATTTGAATATCCACTTATGGGCTTTTATATCAGCACTTCCGGCA
+TTTCGAGGGCTCCGGTGGACACCTCTTATAGACATAAAATCATGAAACTT
+TCTGATGAGGTGgtttgtttgtttgtttgtttacttgGATTTTGGTGAAT
+GGAGAAGAGGATGGAGCCTTTCAACACAGAGAGGCAGTTTCCTGACGTCC
+ATAGCCTCAGAACCTATTCATTTTGTGGGGTGTTTATAGGTAGCACGTTG
+GTCAAATATGTTTTGCTAGGGAGAGCAGTACTGAGCCGTTTTCTTTACAA
+CCTTTAAATTACTGGTGTGCACTGTGGACTTGAGGAGATCAAACACGGGG
+CAAGCAGTGACCTTGGAGCCTCCTGCCTTTCACAGAACCGATGGGAAATA
+TCCTGTGTACACTTCAAGGACTGTTCCCACAGGCAAGAGAAGCTGGCCTG
+CTGCATGCACACCATGTGCAAACAGACCAGCCCTTCCTCAGCTCTCCTGC
+TCCTCTCTGTCTAAACATTGTTGAAGCTTTGTTTTGGGGTTGAGTGGCTT
+AAAGACTGTAACCATGGTCACTAACAACAGGGATACATCTTTGTGAGCGT
+ATCGTTGAGTGTGCTTTCGTAAGCCTCAATGGTATGAGCTAATTTACTCT
+ATGACATGGCCTCTTGTGCAACCAGCAACTGTAAATGCAGCATCAGGAGG
+CTGCTGCTGGCCTAACATGACAAACTTTTAAGTAAACTCCTTTTGATCTG
+GTCTGTGTTGTGCCTCTGCTCATGCATGAGGGGCCCAGACCAGGGTGTTT
+GTTAGGCAtcctctgtcactctctaccttattctgcgtgtgtgggggtct
+gtttataaacctgggggttattattttttctcactacataggcagttaat
+aggctccagtgagtctcccctctctaccttctacagccctggggttacat
+gtacgcatacaataatgcctggcttgttctatgggtgctaggatctgaac
+ccaggtcctcagagttgtgcagcaagcatgattaatcactgagacaaatc
+atcacctgccTTCTCTATTTCTTGGAAAAGATCTCACGTAGCCTGTTATG
+TAGCTGAAGATGACTTTGAGTTTCtttttttgttttaaaagatttatttg
+tttgtttgttttatgtatatgagtacactgtagttgtacagatggttgtg
+agccatcttgtagttactgggaattgaactcagaacttctgCTCGCTCTA
+GCCCTGCTCATTCTGGCCCCACTTTCTCCAGCCCaaagatttatttatta
+tgtataagtacactgtagctcacacacaccagaagagggcgtcagatctc
+attacagatggttgtgagccaccatgtggttgctgggatttgatctcagg
+acctttggaagagcagtcagtgctcttaaccgctgagtcatctctccaga
+cccaaccttgaattctcctgcatctccctcctggatgcttggattacagg
+actccaccacactgggtttatgtggtgctgaggtcgaatgccgagcttgg
+tgcaagtgctcttccgacggagctgcttctccaacctcTTCTGTTTTACT
+TTTCTTAGTACGTAGGACCACACTCTAAAATAAAGACAAAAACACTAACT
+TAGCAACGCACATGTGGGTACTGTGTTCCTTTATTGTCCTTAGGAAGCAT
+TCTGTATTGTACATAACTGTGCTGTACTTTCATAAGTGTAACAGCATGGT
+GGCTGTATCTACTCCAACAATGTCATGACAGGGATGGAATGTGCTGTGCT
+ACATTGTGAGGTTGGCAATGTCACAAAATCTCCAGTTGCATTGTATCTGT
+AAGACACCAACTATGCCGGCCTGTGACTACCCAACTATCAGTGTGTGGGT
+CCTTAACTACGTCCCCCCCACCCCCAGAAGGAATGCAGTAGGGATGGGtt
+tcttttttttttttttttcttttctttcttttttttttttttttttggtt
+tttcgagacagggtttctctgtgtagccctggctgtcctggaactcactt
+tgtagaccaggctgggctcgaactcagaaatccgcctgcctctgcctccc
+gagtgctgggattaaaggcgtgcgccaccacgcctagcAGGGATGGGTTT
+CTTTTTGACAGTTGCTATGTCCAGATGAAACACAGTAAGCTCATCGGTAA
+CATAAGACACACTCTATCAGCACCAAGGAGCATGCTGTAAGATGGTCTCT
+CTACTTCCAATACATCTAGTCTACTAACTCCACGAAGGGCCCAGTGGGAG
+GGAGACCAGAGCTGAGAGAGCAAGAGCCTTTGTTGCACCATGGAGTAAGT
+AGAGTGATACGTTTACATACAAAGATTTCTTAGATAGATAAATGATCATC
+CTACCAGATTTATTCATTGTAACTGGAACAGTGGGACTTTGTTTCTTGTG
+GAGCAAGGCCACATTCTTCCGTGGAAGGCAGCCTTACAGGAAGGTGGTTA
+TAGTAGCACCATTGTTAGAGCAGTTCACCCCAGTTTAGAAGGTTTAAATG
+CCAATGACTATGTGACTATGAATATCTATTGTGTTAATCCTGCAATTTTA
+TGTACATTGCAGTGCTCTGCTGCTGAGCCCCGTACTTAGCTCTTGGGTTT
+ttttgttttgttttgttttgttttgttttgttttAGCTTTAGCTTGGCCT
+GAACTATGTAGCCTGGGCAGGCCTCACGCTTGTGGTCCTCCCCACCTCAG
+CATCAAGTAAATAATATTAATGTTTCTTCTGCAATAGCTTTTCTGCTATT
+TTTAGGGAAAGAAATATGCAATTCACATTTTTTGATTCAAGATTATAATA
+TCATAATCATATAATACCTGATTGTTTAGATATTAATGAGGCTGGTAGAA
+AATATCATCCCTTACGAGGGAAATGTGCTATTTTCATCTTATAAAGAAGC
+AACTCAGAGACACTTGCGTGTTCAGTAATGTGAGGAGACAGGAGCAGGTT
+CTAATTCAGTTCTATTTGACTCCTGGTCCTAAAACTATTGGTTTATCTGA
+TCTTGGAGCAGAGTAATTTTAGAAAATGCTTGCGTATTCTttttgttgtt
+gaagtgggggtctttctcaatagcccacattgaccttgaactcataaact
+caagcaatcctcctgatacccaagtagctgagtctacatgtctgggcctc
+tgtgctcggttGCCTCTGATTTTCATCATCTGAAACTAAGACCTGCCAAA
+GTGGGGGGGGGGCAGTTTTCCTGAGATTTCGAGACTTGCATGCGCGGTAC
+TGGATTGATGTGAGAGCACCCTCTGGGGCCATCTCTGTTCTAATCCCCGG
+GCTTGGTCTTCTGCAGCCTTTGGAAAGGTTATGTTTCAGAATAGGTGTTG
+GTTTACACCGATGTTTTTCAATGCTTCATAGTCATTTTTCAAGATAATTC
+AGTTATGACTCTATAAAAGAAAACTAAAGAAACAGGGTTAAATTCAGGTC
+ATTTGAAAGGAAGTCTTTgccagctggtggtagcacatgcttttaatcct
+agcactgtggaggcagacacaagtggatttctgtgagttcgaggccagcc
+tggtctacagagctagtcccaggataaatagtgttTCCCTATCttttttt
+ttttttttttaatttctttgaaaaatatttCTGGCAGCTTCAAGGGCAGA
+AGTTGTTTATTTGTGTGTGTGatttttttaattaggtatttttctcgttt
+acattttcaatgctatcccaaaggtcccccatacccaaccccccaatccc
+ctacccacccactccccctttttggccctggcgttcccctgtactggggc
+atataaagtttgcaagtccaatgggcctctctttgcagtgatggccgact
+agaccatcttttgatacatatgcagctagagacaagagctccggggtact
+ggttagttcataatgttgtcccacctatagggttgcagttccctatagct
+ccttgggtactttctctagctcctccattgggggctgtgtgaGTGTTGCC
+CTATCTTGAAAAagaaggaggaggaagaggaggaggaggagaaagaAAGA
+GTATTTGTGTGTGACATAGTCTGAATTTGCCAGGTTTGTGAACATATTTT
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+aaaggccaggctcccatggctatcaaccggccaaggtatatcaagtttca
+gtaagaAGGAAGCTGGATTCTTGAAGAACTAAGGACAGATGGAGAGCGAA
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+TTCTAACTGCCTGTAGGATGACACTGGGGGCAGACACAAGATGTACATTC
+TTAGTAAACAAAGCCATGCTCCGTTGTGTCCACTAGGAGGCACTGTAGCA
+CCAGTGCACTATCGTCTGTCCTTCAATTTATCCAAGTCAATTTATTTTCC
+TTAAACCTTCAAATTCAAGTTTATGCTACCGTGAAAGCTAAGATTTAATT
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+TCATGATTTTGAAAGGGCATCAGGAGGGGCTTGAAATTCTCAAGGGAAAT
+ATAGATTGGACCAATCCCGACTTccctaacaatgaagtcataaatgaaga
+agtgtgcaaactccatgtgaagacaactataatattactcaagggtagaa
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+gctgtATAAATTTAAAGCTATTCTACAAATATACTCACACATATAATGTG
+ATCAAAAATTTTTTTTAGAAACTTGATAAAGTTTATTGAGGACAATGAAG
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+TGAACGTAAATATCTCTTTATAGGTCTCTgggaatggctgagcagggaac
+gtgcctgccacacatgcatgaagacgtgagtttgtatacccagagtatac
+a
diff -r 000000000000 -r ec974e69e0b5 test-data/fake_phix_peaks.bed
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/fake_phix_peaks.bed Sun Aug 08 11:02:42 2021 +0000
@@ -0,0 +1,1 @@
+phiX174 1400 1500
diff -r 000000000000 -r ec974e69e0b5 test-data/generate_tests.sh
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/generate_tests.sh Sun Aug 08 11:02:42 2021 +0000
@@ -0,0 +1,59 @@
+#! /usr/bin/bash
+## Generate input data:
+if [ ! -e test-data/small_simplified.gtf ]; then
+ wget http://ftp.ensembl.org/pub/release-102/gtf/mus_musculus/Mus_musculus.GRCm38.102.gtf.gz -O /tmp/Mus_musculus.GRCm38.102.gtf.gz
+ zcat /tmp/Mus_musculus.GRCm38.102.gtf.gz | head -n 5 > test-data/small.gtf
+ zcat /tmp/Mus_musculus.GRCm38.102.gtf.gz | awk -v OFS="\t" -v start=74667792 -v end=74748393 '$1 == "2" && $5 > start && $4 < end{print "chr"$0}' >> test-data/small.gtf
+ # annotatePeaks.pl gives different results all time. I need to simplify the gtf.
+ cat test-data/small.gtf | grep -v -P "ENSMUST00000152027|ENSMUST00000156342|ENSMUST00000139005|ENSMUST00000144544|ENSMUST00000111982|ENSMUST00000140666|ENSMUST00000190553|ENSMUST00000132326|ENSMUST00000047830|ENSMUST00000047904|ENSMUST00000111980|ENSMUSG00000065500|ENSMUSG00000100642" > test-data/small_simplified.gtf
+fi
+if [ ! -e test-data/CTCF_peaks.bed ]; then
+ wget https://raw.githubusercontent.com/lldelisle/scriptsForWilleminEtAl2021/main/CTCF/E12_Limbs_Wt_CTCF_colored.bed -O test-data/CTCF_peaks.bed
+fi
+if [ ! -e test-data/CTCF_peaks_shifted.bed ]; then
+ cat test-data/CTCF_peaks.bed | grep "chr2" | awk -v OFS="\t" '{$1="mm10_dna"; $2-=73740000; $3-=73740000; print}' > test-data/CTCF_peaks_shifted.bed
+fi
+# chr2_subset.fa was downloaded from UCSC
+# https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=1136019667_XgAJOvV4a3CY4ibCu6RrUcvGxLNo&g=htcGetDna2&table=&i=mixed&o=56694975&l=56694975&r=56714605&getDnaPos=chr2%3A73740000-75787000&db=mm10&hgSeq.cdsExon=1&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&hgSeq.casing=upper&hgSeq.maskRepeats=on&boolshad.hgSeq.maskRepeats=0&hgSeq.repMasking=lower&boolshad.hgSeq.revComp=0&submit=get+DNA
+
+. <(planemo conda_env homer_gtf_to_annotation.xml)
+echo "$(which homer)"
+## homer_gtf_to_annotation
+## First test
+parseGTF.pl test-data/small.gtf ann -features exon start_codon stop_codon > /tmp/annotations.txt
+assignGenomeAnnotation /tmp/annotations.txt /tmp/annotations.txt -prioritize test-data/annotations_default.txt > test-data/annotations_default_stats.txt
+## Second test
+parseGTF.pl test-data/small.gtf ann -features exon start_codon > /tmp/annotations2.txt
+assignGenomeAnnotation /tmp/annotations2.txt /tmp/annotations2.txt -prioritize test-data/annotations_exon_start.txt > test-data/annotations_exon_start_stats.txt
+## Third test
+parseGTF.pl test-data/small.gtf ann -features exon start_codon stop_codon -annTSSstartOffset -50 -annTSSendOffset 50 -annTTSstartOffset -50 -annTTSendOffset 50 > /tmp/annotations3.txt
+assignGenomeAnnotation /tmp/annotations3.txt /tmp/annotations3.txt -prioritize test-data/annotations_small_TSSTTS.txt > test-data/annotations_small_TSSTTS_stats.txt
+
+## For annotatePeaks.pl
+parseGTF.pl test-data/small_simplified.gtf ann -features exon start_codon stop_codon > /tmp/annotations.txt
+assignGenomeAnnotation /tmp/annotations.txt /tmp/annotations.txt -prioritize test-data/annotations_default_simplified.txt
+
+## homer_annotatePeaks
+## First test
+annotatePeaks.pl test-data/CTCF_peaks.bed none -gtf test-data/small_simplified.gtf -ann test-data/annotations_default_simplified.txt > test-data/CTCF_peaks_first.txt
+## Second test
+annotatePeaks.pl test-data/CTCF_peaks.bed none -ann test-data/annotations_default.txt > test-data/CTCF_peaks_second.txt
+## Third test
+annotatePeaks.pl test-data/CTCF_peaks.bed none -gtf test-data/small_simplified.gtf > test-data/CTCF_peaks_third.txt
+## Fourth test
+annotatePeaks.pl test-data/fake_phix_peaks.bed test-data/phiX174.fasta -CpG > test-data/phiXcpg.txt
+## Fifth test
+annotatePeaks.pl test-data/fake_phix_peaks.bed none > test-data/phiX_nothing.txt
+
+## findMotifsGenome
+# ! Genome preparsing is giving different results...
+findMotifsGenome.pl test-data/fake_phix_peaks.bed test-data/phiX174.fasta fake_phix_peaks_bed_motif
+mv fake_phix_peaks_bed_motif test-data/motif_test1
+# Thus I needed to use has_text for the other outputs
+# findMotifsGenome.pl test-data/CTCF_peaks_shifted.bed test-data/chr2_subset.fa CTCF_peaks_shifted_bed_motif
+# mv CTCF_peaks_shifted_bed_motif test-data/motif_test2
+# findMotifsGenome.pl test-data/CTCF_peaks_shifted.bed test-data/chr2_subset.fa CTCF_peaks_shifted_bed_motif -mask
+# mv CTCF_peaks_shifted_bed_motif test-data/motif_test3
+# findMotifsGenome.pl test-data/CTCF_peaks_shifted.bed test-data/chr2_subset.fa CTCF_peaks_shifted_bed_motif -mset plants -nomotif
+# mv CTCF_peaks_shifted_bed_motif test-data/motif_test4
+
diff -r 000000000000 -r ec974e69e0b5 test-data/motif_test1/homerMotifs.all.motifs
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/motif_test1/homerMotifs.all.motifs Sun Aug 08 11:02:42 2021 +0000
@@ -0,0 +1,165 @@
+>CTAATGAGCT 1-CTAATGAGCT 10.296193 -2.906976 0 T:1.0(100.00%),B:219.7(5.48%),P:1e-1 Tpos:101.0,Tstd:0.0,Bpos:96.2,Bstd:70.8,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00
+0.100 0.700 0.100 0.100
+0.100 0.100 0.100 0.700
+0.700 0.100 0.100 0.100
+0.700 0.100 0.100 0.100
+0.100 0.100 0.100 0.700
+0.100 0.100 0.700 0.100
+0.700 0.100 0.100 0.100
+0.100 0.100 0.700 0.100
+0.100 0.700 0.100 0.100
+0.100 0.100 0.100 0.700
+>ATCAAGATGA 2-ATCAAGATGA 10.296193 -2.906976 0 T:1.0(100.00%),B:219.8(5.48%),P:1e-1 Tpos:113.0,Tstd:0.0,Bpos:94.6,Bstd:75.6,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00
+0.700 0.100 0.100 0.100
+0.100 0.100 0.100 0.700
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+0.100 0.100 0.100 0.700
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+0.700 0.100 0.100 0.100
+>GTTGCTGCCA 3-GTTGCTGCCA 10.296193 -2.906976 0 T:1.0(100.00%),B:219.9(5.49%),P:1e-1 Tpos:140.0,Tstd:0.0,Bpos:103.4,Bstd:83.3,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00
+0.100 0.100 0.700 0.100
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+0.100 0.100 0.700 0.100
+0.100 0.700 0.100 0.100
+0.100 0.100 0.100 0.700
+0.100 0.100 0.700 0.100
+0.100 0.700 0.100 0.100
+0.100 0.700 0.100 0.100
+0.700 0.100 0.100 0.100
+>CCTGAGACTG 4-CCTGAGACTG 10.296193 -2.902420 0 T:1.0(100.00%),B:220.0(5.49%),P:1e-1 Tpos:181.0,Tstd:0.0,Bpos:96.7,Bstd:84.1,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00
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+0.100 0.100 0.700 0.100
+0.700 0.100 0.100 0.100
+0.100 0.100 0.700 0.100
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+0.100 0.100 0.700 0.100
+>CGAGGCTAAC 5-CGAGGCTAAC 10.296193 -2.897885 0 T:1.0(100.00%),B:221.5(5.53%),P:1e-1 Tpos:90.0,Tstd:0.0,Bpos:103.4,Bstd:66.4,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00
+0.100 0.700 0.100 0.100
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+>ATGAGCTTAATC 1-ATGAGCTTAATC 12.355432 -2.920769 0 T:1.0(100.00%),B:216.0(5.39%),P:1e-1 Tpos:105.0,Tstd:0.0,Bpos:97.7,Bstd:71.4,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00
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+>TGCCATCTCAAA 2-TGCCATCTCAAA 12.355432 -2.920769 0 T:1.0(100.00%),B:216.2(5.39%),P:1e-1 Tpos:146.0,Tstd:0.0,Bpos:105.7,Bstd:83.1,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00
+0.100 0.100 0.100 0.700
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+>GAGACTGA 3-GAGACTGA 8.236954 -2.897885 0 T:1.0(100.00%),B:221.9(5.54%),P:1e-1 Tpos:183.0,Tstd:0.0,Bpos:97.7,Bstd:84.4,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00
+0.100 0.100 0.700 0.100
+0.700 0.100 0.100 0.100
+0.100 0.100 0.700 0.100
+0.700 0.100 0.100 0.100
+0.100 0.700 0.100 0.100
+0.100 0.100 0.100 0.700
+0.100 0.100 0.700 0.100
+0.700 0.100 0.100 0.100
+>CTTAATCA 4-CTTAATCA 8.236954 -2.888876 0 T:1.0(100.00%),B:223.5(5.58%),P:1e-1 Tpos:108.0,Tstd:0.0,Bpos:94.6,Bstd:75.1,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00
+0.100 0.700 0.100 0.100
+0.100 0.100 0.100 0.700
+0.100 0.100 0.100 0.700
+0.700 0.100 0.100 0.100
+0.700 0.100 0.100 0.100
+0.100 0.100 0.100 0.700
+0.100 0.700 0.100 0.100
+0.700 0.100 0.100 0.100
+>GATGATGC 5-GATGATGC 8.236954 -2.888876 0 T:1.0(100.00%),B:223.5(5.58%),P:1e-1 Tpos:117.0,Tstd:0.0,Bpos:93.3,Bstd:78.0,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00
+0.100 0.100 0.700 0.100
+0.700 0.100 0.100 0.100
+0.100 0.100 0.100 0.700
+0.100 0.100 0.700 0.100
+0.700 0.100 0.100 0.100
+0.100 0.100 0.100 0.700
+0.100 0.100 0.700 0.100
+0.100 0.700 0.100 0.100
diff -r 000000000000 -r ec974e69e0b5 test-data/motif_test1/homerResults.html
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/motif_test1/homerResults.html Sun Aug 08 11:02:42 2021 +0000
@@ -0,0 +1,489 @@
+
fake_phix_peaks_bed_motif/ - Homer de novo Motif Results
+
+Homer de novo Motif Results (fake_phix_peaks_bed_motif/)
+Known Motif Enrichment Results
+Gene Ontology Enrichment Results
+If Homer is having trouble matching a motif to a known motif, try copy/pasting the matrix file into
+STAMP
+More information on motif finding results: HOMER
+ | Description of Results
+ | Tips
+
+Total target sequences = 1
+Total background sequences = 4009
+* - possible false positive
+
+Rank | Motif | P-value | log P-pvalue | % of Targets | % of Background |
+STD(Bg STD) |
+Best Match/Details | Motif File |
+1
+* |
+ | 1e-1 | -2.921e+00 | 100.00% | 5.39% | 0.0bp (71.4bp) | Oc/dmmpmm(Noyes_hd)/fly(0.654) More Information | Similar Motifs Found | motif file (matrix) |
+2
+* |
+ | 1e-1 | -2.921e+00 | 100.00% | 5.39% | 0.0bp (83.1bp) | RFX1/RFX1_YPD/[](Harbison)/Yeast(0.645) More Information | Similar Motifs Found | motif file (matrix) |
+3
+* |
+ | 1e-1 | -2.916e+00 | 100.00% | 5.43% | 0.0bp (65.4bp) | PH0015.1_Crx/Jaspar(0.629) More Information | Similar Motifs Found | motif file (matrix) |
+4
+* |
+ | 1e-1 | -2.912e+00 | 100.00% | 5.44% | 0.0bp (83.7bp) | RAV1(2)(AP2/EREBP)/Arabidopsis thaliana/AthaMap(0.661) More Information | Similar Motifs Found | motif file (matrix) |
+5
+* |
+ | 1e-1 | -2.907e+00 | 100.00% | 5.48% | 0.0bp (75.6bp) | SNRNP70K(RRM)/Drosophila_melanogaster-RNCMPT00143-PBM/HughesRNA(0.785) More Information | Similar Motifs Found | motif file (matrix) |
+6
+* |
+ | 1e-1 | -2.907e+00 | 100.00% | 5.49% | 0.0bp (83.3bp) | DEL1(E2FDP)/colamp-DEL1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer(0.657) More Information | Similar Motifs Found | motif file (matrix) |
+7
+* |
+ | 1e-1 | -2.898e+00 | 100.00% | 5.53% | 0.0bp (70.2bp) | HNRNPA1L2(RRM)/Homo_sapiens-RNCMPT00023-PBM/HughesRNA(0.812) More Information | Similar Motifs Found | motif file (matrix) |
+8
+* |
+ | 1e-1 | -2.889e+00 | 100.00% | 5.58% | 0.0bp (78.0bp) | AGL42/MA1201.1/Jaspar(0.903) More Information | Similar Motifs Found | motif file (matrix) |
+
+
+
diff -r 000000000000 -r ec974e69e0b5 test-data/motif_test1/homerResults/motif1.info.html
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif1.info.html Sun Aug 08 11:02:42 2021 +0000
@@ -0,0 +1,1753 @@
+Motif 1
+Information for 1-ATGAGCTTAATC (Motif 1)
+
+
+
+Reverse Opposite:
+
+
+p-value: | 1e-1 |
+log p-value: | -2.921e+00 |
+Information Content per bp: | 1.530 |
+Number of Target Sequences with motif | 1.0 |
+Percentage of Target Sequences with motif | 100.00% |
+Number of Background Sequences with motif | 216.0 |
+Percentage of Background Sequences with motif | 5.39% |
+Average Position of motif in Targets | 105.0 +/- 0.0bp |
+Average Position of motif in Background | 97.7 +/- 71.4bp |
+Strand Bias (log2 ratio + to - strand density) | 10.0 |
+Multiplicity (# of sites on avg that occur together) | 1.00 |
+Motif File: | file (matrix) reverse opposite |
+SVG Files for Logos: | forward logo reverse opposite |
+
+Matches to Known Motifs
+
+
+Oc/dmmpmm(Noyes_hd)/fly
+
+
+Match Rank: | 1 |
+Score: | 0.65 |
+ Offset: | 4 |
+ Orientation: | forward strand |
+Alignment: | ATGAGCTTAATC-- ----NNTTAATCCN |
+ |
+
+
+
+
+
+ |
+ |
+
+PHO2(MacIsaac)/Yeast
+
+
+Match Rank: | 2 |
+Score: | 0.65 |
+ Offset: | 5 |
+ Orientation: | reverse strand |
+Alignment: | ATGAGCTTAATC -----CTTAAT- |
+ |
+
+
+
+
+
+ |
+ |
+
+oc/dmmpmm(Noyes)/fly
+
+
+Match Rank: | 3 |
+Score: | 0.65 |
+ Offset: | 6 |
+ Orientation: | forward strand |
+Alignment: | ATGAGCTTAATC- ------TTAATCC |
+ |
+
+
+
+
+
+ |
+ |
+
+Gsc/dmmpmm(Noyes_hd)/fly
+
+
+Match Rank: | 4 |
+Score: | 0.64 |
+ Offset: | 4 |
+ Orientation: | forward strand |
+Alignment: | ATGAGCTTAATC-- ----NNTTAATCCN |
+ |
+
+
+
+
+
+ |
+ |
+
+bcd/dmmpmm(Noyes_hd)/fly
+
+
+Match Rank: | 5 |
+Score: | 0.64 |
+ Offset: | 4 |
+ Orientation: | forward strand |
+Alignment: | ATGAGCTTAATC-- ----GGTTAATCCN |
+ |
+
+
+
+
+
+ |
+ |
+
+OTX2/MA0712.1/Jaspar
+
+
+Match Rank: | 6 |
+Score: | 0.64 |
+ Offset: | 6 |
+ Orientation: | forward strand |
+Alignment: | ATGAGCTTAATC-- ------TTAATCCT |
+ |
+
+
+
+
+
+ |
+ |
+
+OTX1/MA0711.1/Jaspar
+
+
+Match Rank: | 7 |
+Score: | 0.63 |
+ Offset: | 6 |
+ Orientation: | forward strand |
+Alignment: | ATGAGCTTAATC-- ------TTAATCCG |
+ |
+
+
+
+
+
+ |
+ |
+
+ESRRB/MA0141.3/Jaspar
+
+
+Match Rank: | 8 |
+Score: | 0.63 |
+ Offset: | -1 |
+ Orientation: | reverse strand |
+Alignment: | -ATGAGCTTAATC NATGACCTTGA-- |
+ |
+
+
+
+
+
+ |
+ |
+
+GSC2/MA0891.1/Jaspar
+
+
+Match Rank: | 9 |
+Score: | 0.63 |
+ Offset: | 5 |
+ Orientation: | forward strand |
+Alignment: | ATGAGCTTAATC--- -----CCTAATCCGC |
+ |
+
+
+
+
+
+ |
+ |
+
+Pitx1/MA0682.1/Jaspar
+
+
+Match Rank: | 10 |
+Score: | 0.63 |
+ Offset: | 6 |
+ Orientation: | forward strand |
+Alignment: | ATGAGCTTAATC-- ------TTAATCCC |
+ |
+
+
+
+
+
+ |
+ |
+
+
+