<?xml version="1.0"?>
<root>
    <metadata>
        <gencode>11</gencode>
        <genomes>
              <genome path="/tmp/tmpWtvfKr/files/000/dataset_20.dat">
                <metadata>
                  <dataset id="b28067233c6d9fa0" hid="1"
                      size="171.6 KB"
                      edam_format="format_1929"
                      file_ext="fasta" />
                  <history id="fa6d20d0fb68383f"
                      user_email="test@bx.psu.edu"
                      user_id="2"
                      display_name="test_history"/>
                  <metadata
                      dbkey="?"
                      data_lines="2881"
                      sequences="1"
                      />
                  <tool
                      tool_id="upload1"
                      tool_version="1.1.6"
                      />
                </metadata>
              </genome>
        </genomes>
        <general>
            <defaultLocation></defaultLocation>
            <trackPadding>20</trackPadding>

            <shareLink>true</shareLink>
            <aboutDescription></aboutDescription>
            <show_tracklist>true</show_tracklist>
            <show_nav>true</show_nav>
            <show_overview>true</show_overview>
            <show_menu>true</show_menu>
            <hideGenomeOptions>false</hideGenomeOptions>
        </general>
        <galaxyUrl>http://localhost</galaxyUrl>
    </metadata>
    <tracks>
        <track cat="Auto Coloured" format="pileup" visibility="default_off">
            <files>
              <trackFile path="/tmp/tmpWtvfKr/files/000/dataset_21.dat" ext="bam" label="merlin-sample.bam">
                <metadata>
                  <dataset id="c18708cec3343c17" hid="2"
                      size="12.9 KB"
                      edam_format="format_2572"
                      file_ext="bam" />
                  <history id="fa6d20d0fb68383f"
                      user_email="test@bx.psu.edu"
                      user_id="2"
                      display_name="test_history"/>
                  <metadata
                      dbkey="?"
                      bam_index="__lt__galaxy.model.MetadataFile object at 0x7f6200f6d1d0__gt__"
                      bam_version="1.3"
                      sort_order="coordinate"
                      read_groups=""
                      reference_names="[SafeStringWrapper(unicode:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f62008d8a70 on: u__sq__Merlin__sq__]"
                      reference_lengths="[172788]"
                      bam_header="{SafeStringWrapper(unicode:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f62006f0a10 on: u__sq__SQ__sq__: [{SafeStringWrapper(unicode:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f62006f0d70 on: u__sq__LN__sq__: 172788, SafeStringWrapper(unicode:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f62006f0f50 on: u__sq__SN__sq__: SafeStringWrapper(unicode:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f6200fe0470 on: u__sq__Merlin__sq__}], SafeStringWrapper(unicode:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f6200fe0b90 on: u__sq__PG__sq__: [{SafeStringWrapper(unicode:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f6200fe07d0 on: u__sq__PN__sq__: SafeStringWrapper(unicode:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f6200fe0d10 on: u__sq__minimap2__sq__, SafeStringWrapper(unicode:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f6200fe0590 on: u__sq__ID__sq__: SafeStringWrapper(unicode:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f6200fe0cb0 on: u__sq__minimap2__sq__, SafeStringWrapper(unicode:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f6200fe03b0 on: u__sq__VN__sq__: SafeStringWrapper(unicode:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f6200fe0ad0 on: u__sq__2.5-r572__sq__, SafeStringWrapper(unicode:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f6200fe0e90 on: u__sq__CL__sq__: SafeStringWrapper(unicode:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f6200fe00b0 on: u__sq__minimap2 -a -x sr -t 1 reference.fa /net/datasrv3hs.sanbi.ac.za/datastore/cip0/software/galaxy/galaxy-ctb/galaxy/database/files/004/dataset_4697.dat__sq__}], SafeStringWrapper(unicode:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f6200fe0a10 on: u__sq__HD__sq__: {SafeStringWrapper(unicode:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f6200fe0830 on: u__sq__SO__sq__: SafeStringWrapper(unicode:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f6200fe0350 on: u__sq__coordinate__sq__, SafeStringWrapper(unicode:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f6200fe0e30 on: u__sq__VN__sq__: SafeStringWrapper(unicode:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f62008d10b0 on: u__sq__1.3__sq__}}"
                      columns="12"
                      column_names="[SafeStringWrapper(str:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f6200e95f18 on: __sq__QNAME__sq__, SafeStringWrapper(str:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f6200e958e8 on: __sq__FLAG__sq__, SafeStringWrapper(str:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f6200e957e0 on: __sq__RNAME__sq__, SafeStringWrapper(str:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f6200e95b50 on: __sq__POS__sq__, SafeStringWrapper(str:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f6200e95788 on: __sq__MAPQ__sq__, SafeStringWrapper(str:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f6200e95730 on: __sq__CIGAR__sq__, SafeStringWrapper(str:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f6200e95d60 on: __sq__MRNM__sq__, SafeStringWrapper(str:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f6200e95d08 on: __sq__MPOS__sq__, SafeStringWrapper(str:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f6200e95c58 on: __sq__ISIZE__sq__, SafeStringWrapper(str:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f6200e952b8 on: __sq__SEQ__sq__, SafeStringWrapper(str:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f6200e95418 on: __sq__QUAL__sq__, SafeStringWrapper(str:__lt__class __sq__galaxy.tools.wrappers.ToolParameterValueWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__galaxy.util.object_wrapper.SafeStringWrapper__sq____gt__,__lt__class __sq__numbers.Number__sq____gt__,__lt__type __sq__NoneType__sq____gt__,__lt__type __sq__NotImplementedType__sq____gt__,__lt__type __sq__bool__sq____gt__,__lt__type __sq__bytearray__sq____gt__,__lt__type __sq__ellipsis__sq____gt__) object at 7f6200e95998 on: __sq__OPT__sq__]"
                      />
                  <tool
                      tool_id="upload1"
                      tool_version="1.1.6"
                      />
                </metadata>
              </trackFile>
            </files>

            <options>

                <pileup>
                    <auto_snp>false</auto_snp>
                    <bam_indices>
                        <bam_index>/tmp/tmpWtvfKr/files/_metadata_files/000/metadata_1.dat</bam_index>
                    </bam_indices>
                </pileup>
            </options>
        </track>
    </tracks>
    <plugins
        ComboTrackSelector=""
        Bookmarks=""
        GCContent=""
        theme=""
        />
</root>