# HG changeset patch # User iuc # Date 1503389768 14400 # Node ID 2953303df0113d09c21976cd17c538cc6587ecf5 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/kallisto/ commit fc0426e784d0eb5ca37484d2d0c088da289996dd diff -r 000000000000 -r 2953303df011 kallisto_pseudo.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/kallisto_pseudo.xml Tue Aug 22 04:16:08 2017 -0400 @@ -0,0 +1,224 @@ + + + - run pseudoalignment on RNA-Seq transcripts + + macros.xml + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + pseudobam + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + `__ is a program for quantifying abundances of transcripts from RNA-Seq data, or more generally of target sequences using high-throughput sequencing reads. It is based on the novel idea of pseudoalignment for rapidly determining the compatibility of reads with targets, without the need for alignment. + ]]> + + + diff -r 000000000000 -r 2953303df011 macros.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Tue Aug 22 04:16:08 2017 -0400 @@ -0,0 +1,15 @@ + + + 0.43.1 + + + kallisto + samtools + + + + + doi:10.1038/nbt.3519 + + + \ No newline at end of file diff -r 000000000000 -r 2953303df011 test-data/cached_locally/kallisto_indexes.loc --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/cached_locally/kallisto_indexes.loc Tue Aug 22 04:16:08 2017 -0400 @@ -0,0 +1,1 @@ +sacCer2_chrX sacCer2 S. cerevisiae Chromosome X (sacCer2_chrX) ${__HERE__}/sacCer2_chrX.kallistei diff -r 000000000000 -r 2953303df011 test-data/cached_locally/sacCer2_chrX.kallistei Binary file test-data/cached_locally/sacCer2_chrX.kallistei has changed diff -r 000000000000 -r 2953303df011 test-data/felCat8_chrM.fa --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 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changed diff -r 000000000000 -r 2953303df011 test-data/kallisto_pseudo_out6.cells --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/kallisto_pseudo_out6.cells Tue Aug 22 04:16:08 2017 -0400 @@ -0,0 +1,2 @@ +cell1 +cell1 diff -r 000000000000 -r 2953303df011 test-data/kallisto_pseudo_out6.ec --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/kallisto_pseudo_out6.ec Tue Aug 22 04:16:08 2017 -0400 @@ -0,0 +1,1 @@ +0 0 diff -r 000000000000 -r 2953303df011 test-data/kallisto_pseudo_out6.tab --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/kallisto_pseudo_out6.tab Tue Aug 22 04:16:08 2017 -0400 @@ -0,0 +1,2 @@ +0 0 18 +0 1 18 diff -r 000000000000 -r 2953303df011 test-data/kallisto_quant_out1.tab --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/kallisto_quant_out1.tab Tue Aug 22 04:16:08 2017 -0400 @@ -0,0 +1,2 @@ +target_id length eff_length est_counts tpm +chrM 16299 15800.9 100 1e+06 diff -r 000000000000 -r 2953303df011 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test-data/sacCer2_chrM_F.fq.gz Binary file test-data/sacCer2_chrM_F.fq.gz has changed diff -r 000000000000 -r 2953303df011 test-data/sacCer2_chrM_R.fq --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sacCer2_chrM_R.fq Tue Aug 22 04:16:08 2017 -0400 @@ -0,0 +1,792 @@ +@chrI_176449_177020_5:0:1_5:0:0_0/2 +TGGTCAAATTAACTTCAATCGCTGCCGGTGTCGCCGCCATTGCTGCTGTTGCCTCGGCCGCAGGAACCACTACATTAACTCAATCTGACGAAAGAGTTAATTTGGTTGAATTAGGTGTTTATGATTCCGATATCAGAGCTCATTTGGCTGAATACTACTCTTTCTAAGCTGCTCACCCAACTGAAACTTATCCAGTTGAA ++ +22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@chrI_93599_94144_3:1:0_9:0:0_1/2 +TGTTATATCTAAGCCTTCCAAGCGACCCACACACCATTCGCATTCATCAGACGGGAGTTCTAGCACGCAGACAGATATATCGTTACAGAGCTTGCTTTACCATGATCTTGAAAGCTCACCAAAGAAACATGTTTCGCCGTCAAGACCGCCCTCTGTAGCTTCCGAATCCTCTCCTGCCGTTGCTCATCCCATTGGGCTTT ++ 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+22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@chrXVI_174529_175059_1:1:0_2:0:0_2/2 +TCATCACTGTTGGTGCACACTTCAAGCAAGCTAACAACTTTTTGTGGCCATTCAAGTTGTCCAACCCATCTGGTGGTTGGGGTGTCCCAAGAAAGTTCAAGCATTTCCTCCAAGGTGGTTCTTTCGGTAACCGTGAAGAATTCATCAATAAATTGGTTAAGGCTATGAACTAACATTATTCCGTGTGGCAATAATCTCAA ++ +22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@chrXVI_286197_286773_3:0:0_1:0:0_3/2 +AATTCTCGCAAACACGTCACAAGAAACACATTAATGCAAAATGTGGCACAGTCAAAAAACTGCGAAAATGTGTAAAAGATGAAAAGAACCGTGATCAGCACCAGCAGTGTACCAGATTTTGTGATCTGATTTATTATAGATTTACTCGATGACCTGAACTTGAATTATATTTAAATCGATGAAGGGGTTGAAACAGGTGT ++ 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+22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@chrXVI_389175_389686_2:0:0_4:0:0_6/2 +TACCAACCGGTTGTGAGGTATATTGCACCTGATAAGATTGTTGATAGTTGGGTGCGTATCTAGAGGCGTGTTCATTCTGGTTTGGTGTATACGAACTAATAGAGCTTGTATGGCCTCTATGGGTCTTTACAAAATTGGGGGTATTTACGGCCGAAGCGGCAAGGTTTTGCACAACTGATGGATATTGCTTCTGCTGAACT ++ +22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@chrXVI_680224_680728_0:0:0_3:0:0_7/2 +GAGGAATGTTTTGGTTTGGTATATGAGGAATGTGATGATGCGTAGGGGTAGTTGTGGACAATCGATTGTTCCTGGTGTGAGACAGTGGTTTGACAATATAAGTTGTTCCCATCTGCTTTAGCTGCTGGTACTGATCCAGTTGAAAATCTTGCAGAGAAGGTAATAGAGGGGGAGGAAAATATTGATTTGAATTGTTGATA ++ +22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@chrXVI_216257_216697_2:0:0_4:0:0_8/2 +ATTCCAGTTGCGATCATTTCATCTCGAGGAGTGATGACTAGAGAACATCCGATCTACACAGTAGAAGACAAATTCGATTTCATCAAAGATAAACTAAGAGACAAAAAGAAGGGAGAGGTACTTTCTGAGATAATGCTATATCTTGTCGAAAAATCACTCGATCTCATTGACGATCCATTCATCCCATTCAGCATATCGAA ++ +22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@chrXVI_912895_913350_7:0:0_5:0:0_9/2 +ATAACCATTTAGCGTGGAAAGGACTTTTTCTCTTATTTAGAACCACTGAGGTTGTCCCAGACATACTTTCGTATGATGAATATTTTGACCTGTGTGGCCAATATGCAGACGCACTTTAAAAGCCGGAACAGTCTCAAGTAGAACTAATAAATGACAAAAAATTACTACAGCAAACGCATCCATATTGTCAAAAAGCCTTT ++ +22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@chrXVI_908795_909263_5:0:0_2:0:0_a/2 +ATTTCGCCTGAGCTTGAAAGGGCGCAGTAGTTGGTTTAGAGTAATGGTATGGTTGTCTGATAGGTATCCTACTTTTTATGAAAGAACTTGAAATGCTATCAATTGATCTTGGAGATATTGAACTTTTGAATTTTGTAGGACTGTTTCCCATTTGGTTGAGCAAACGGTCATTCTCGTCATCATCATCTTCTTCTACTCCT ++ +22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@chrXVI_766516_767017_5:0:0_7:0:0_b/2 +TTACTTCCTTACAATGTTTCAACCAGCAAGAAAATCCCGTTTACCCTGAATTGCTGGCCCCCTTTTATGAAAATTCATCCTATAATAAGAACGCGCCAATGGTAGAAATATTTTGGATCCTGGGGCCATCAGTTGGAGGTATTTCAGATCTGGAAGATTTGATTGTTTCTCTACATCCATTGATTTTCAAGATGGATCAC ++ +22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@chrXVI_693308_693805_2:0:0_2:0:0_c/2 +CTAAGTTGCCAACTTACACCGCCAAGGACTCTGCCGTGGCCACTAGAAAATTATCAGAAACTGTTCTTGAGGATGTTTACAATCAATTGCCAGAGTTGATTGGTGGTTCTGCCGATTTAACACCTTCTAACTTGACCAGATGGAAGGAAGGCCTTGACTACCAACCTCCTTCTTCCGGTTCAGGTAACTACTCTGGTAGA ++ +22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@chrXVI_289557_289973_4:0:0_3:0:0_d/2 +AACATTAAAAACAAATTTTTAGAAAAACAAAAGCTGAATTAAAGACTAAATATTACACAATTTCTTCATACATTTCCGCCCCAAAGTCAAACAGCCTAAATAATATAAAAATTAACTTTTGGCAGCTCCAACCTCTGTACTGCCATCTAAAACTTTTCCAGTAAACGGCTTATATACAGTTAACAACCCGTCACTATCAA ++ +22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@chrXVI_866925_867424_2:1:0_4:0:0_e/2 +ACAGTTCGCTCTGAAATCTCCCCCTGGGTTTCCCAATGGAATGAAACGTTGGAAAAAGAACTATCCGACCCTCGATCTAATTTGACTAGACATATTAGGATGAATTTCGAAACCTTTAGGTCATTACCTACATTGAAAAATAGCATAATTCCATTAGTAGCGACATCCAAAAATTTTGGTTCACTGTGCACTGCCATAAA ++ +22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@chrXVI_47666_48026_6:0:0_6:1:0_f/2 +CTAGACGACCACATTCCATTGGTTGTTATGCAAACGGGTTCCGGTACCCAGTCTAACATGAATGGTAATGAAGTTCTTTCCAATCGTGCCATTGAGATCCTAGGAGGCAAGCTTGGATCTAAACAAGTCCATCCAAACAATCATTGCAACCAATCTCAATCATCCAATGATACTTTCCCCACTGTCATGCATATCGCTGC ++ +22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 diff -r 000000000000 -r 2953303df011 test-data/sacCer2_chrM_R.fq.gz Binary file test-data/sacCer2_chrM_R.fq.gz has changed diff -r 000000000000 -r 2953303df011 tool-data/kallisto_indexes.loc.sample --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tool-data/kallisto_indexes.loc.sample Tue Aug 22 04:16:08 2017 -0400 @@ -0,0 +1,33 @@ +# kallisto_indexes.loc.sample +# This is a *.loc.sample file distributed with Galaxy that enables tools +# to use a directory of indexed data files. This one is for kallisto. +# See the wiki: http://wiki.galaxyproject.org/Admin/NGS%20Local%20Setup +# First create these data files and save them in your own data directory structure. +# Then, create a kallisto_indexes.loc file to use those indexes with tools. +# Copy this file, save it with the same name (minus the .sample), +# follow the format examples, and store the result in this directory. +# The file should include an one line entry for each index set. +# The path points to the "basename" for the set, not a specific file. +# It has four text columns seperated by TABS. +# +# +# +# So, for example, if you had sacCer3 indexes stored in: +# +# /depot/data2/galaxy/sacCer3/kallisto_indexes/ +# +# containing sacCer3 genome and sacCer3.*.ht2 files, such as: +# +# -rw-rw-r-- 1 dave dave 12M Sep 23 13:57 sacCer3.fa +# -rw-rw-r-- 1 dave dave 2.9M Sep 23 13:57 sacCer3.kallisto +# +# then the kallisto_indexes.loc entry could look like this: +# +#sacCer3 sacCer3 S. cerevisiae Apr. 2011 (SacCer_Apr2011/sacCer3) (sacCer3) /depot/data2/galaxy/sacCer3/kallisto_indexes/sacCer3.kallisto +# +#More examples: +# +#mm10 mm10 Mouse (mm10) /depot/data2/galaxy/kallisto_indexes/mm10 +#dm3 dm3 D. melanogaster (dm3) /depot/data2/galaxy/kallisto_indexes/dm3 +# +# diff -r 000000000000 -r 2953303df011 tool_data_table_conf.xml.sample --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tool_data_table_conf.xml.sample Tue Aug 22 04:16:08 2017 -0400 @@ -0,0 +1,13 @@ + + + + + value, dbkey, name, path + +
+ + + value, dbkey, name, path + +
+
diff -r 000000000000 -r 2953303df011 tool_data_table_conf.xml.test --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tool_data_table_conf.xml.test Tue Aug 22 04:16:08 2017 -0400 @@ -0,0 +1,6 @@ + + + value, dbkey, name, path + +
+